单碱基延伸法检测乙型肝炎病毒YMDD基序变异

目的 建立一种简便、快速检测乙型肝炎病毒(HBV)P基因区色氨酰-蛋氨酰-天冬氨酰-天冬氨酰(YMDD)基序变异混合株组成的检测方法.方法 聚合酶链反应(PCR)扩增含有YMDD基序的聚合酶(P)基因区片段,将PCR产物捕获至链亲合素包被的微孔板,以探针与PCR产物杂交,该探针3'末端位于待检测变异点上游一位碱基;在4个独立的微孔中分别加入4种荧光素标记的双脱氧核苷酸(Fluorescien-12-ddNTP)及Klenow酶进行单碱基延伸反应;酶标抗荧光素抗体结合Fluorescien-12-ddNTP,加底物显色,测定各孔吸光度,根据公式计算野生株及变异株在混合毒株中所占百分比.结果 以野生株和变异株单克隆质粒不同比例混合的标准品,验证本方法可检测混合株中含量少至10%的毒株,模板的适宜浓度范围为100 fg/ml～1 ng/ml.结论 单碱基延伸法是一种简便、快速、灵敏度和特异性较高的点突变检测方法,且可以检测混合株中各成分所占百分比.     

PCR和实时荧光PCR法检测华支睾吸虫的比较研究

目的 利用PCR技术建立快速、灵敏、特异的检测华支睾吸虫的方法,并比较PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的灵敏性和特异性,探讨其在华支睾吸虫检测中的应用价值.方法 根据华支睾吸虫的特异性基因序列,设计了PCR引物及实时荧光PCR的特异性引物和探针,分别进行灵敏性和特异性实验.结果 设计的引物能够扩增华支睾吸虫DNA,而且探针的特异性很高.实时荧光PCR对华支睾吸虫的检测阈值为3 fg/μl,灵敏度比PCR高两个数量级.结论 PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的灵敏性和特异性均很高,操作简便,为华支睾吸虫的检测提供了有效的技术手段和方法.     

PCR和实时荧光PCR方法检测华支睾吸虫

目的利用PCR技术建立快速、灵敏、特异的检测华支睾吸虫的方法，比较PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的灵敏性和特异性，探讨其在华支睾吸虫检测中的应用。方法根据华支睾吸虫的特异性基因序列，设计了PCR引物及实时荧光PCR的特异性引物和探针，分别进行灵敏性和特异性试验。结果设计的引物能够扩增华支睾吸虫，而且探针的特异性很高。实时荧光PCR对华支睾吸虫的最低检测浓度为3fg/ul，实时荧光PCR的灵敏性比常规PCR高2个数量级。结论PCR和实时荧光PCR检测华支睾吸虫的准确性和特异性均高，操作简便，为华支睾吸虫感染的诊治和预防提供有效的技术手段和方法依据。     

SYBR Green荧光PCR检测美洲钩虫方法的建立

目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。     

检测乙型肝炎病毒"a"决定簇热点突变基因芯片的制备和初步应用

目的为快速、高通量检测HBV"a"决定簇热点突变,制备基因芯片,并进行了初步应用。方法应用HBV基因保守序列设计PCR扩增引物,针对"a"决定簇突变设计简并探针,制备了检测126A、126S、144A、145R、145E、144A 145R和144A 145E突变的基因芯片。通过对质粒参考品或样本进行测定,以评价芯片的特异性、灵敏度、重复性和检测劣势株的能力,并对45例乙型肝炎患者的血清样本同时应用基因芯片和PCR产物直接测序法进行检测比较。结果所制备的基因芯片能特异性检测出质粒参考品,灵敏度为5×103拷贝/μl。同一样本检测10次,芯片内和芯片间变异系数均小于15%。当劣势株占HBV毒株10%以上时,基因芯片即可检出。芯片法测得45例样本中126A、126S-1和126S-2的阳性率(分别为46.67%、35.56%和24.44%)显著高于PCR产物直接测序法(分别为9.00%、4.44%和2.22%;P值分别为0.000、0.000和0.002),克隆测序验证了基因芯片法的特异性。结论基因芯片法可快速、有效地检测HBV特定位点突变株,为HBV突变的大规模筛查提供了方法。     

多种方法研究乙型肝炎病毒多聚酶变异

以DNA测序结果为标准,采用寡核苷酸芯片技术和基于荧光定量聚合酶链反应(FQ—PCR)的UniArray技术分析24例使用拉米夫定治疗12个月以上的慢性乙型肝炎(CHB)患者YMDD变异的情况,检测HBV DNA和丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平,以探讨上述两种方法检测YMDD突变的价值及     

拉米夫定治疗慢性乙型肝炎中变异病毒株的动态变化

目的:建立定量检测及监测乙肝病毒DNA的rtM204I/V(YMDD)及rtL180M变异的方法.方法:以克隆、测序鉴定及构建乙肝病毒DNA YMDD及变异(YIDD和YVDD)质粒作为标准,4例接受拉米夫定治疗(100 mg/d,疗程48 wk以上)的慢性乙型肝炎患者血清标本为对象,用焦磷酸测序的方法检测变异位点核苷酸的频率,并计算变异株的含量比例,通过检测不同变异株类型的标准质粒,确定测序峰图的背景信号.结果:通过检测标准质粒后,确定背景信号为5%,变异位点调整后的核苷酸频率转化为变异病毒株的比例后,4例患者治疗前均检测出变异的病毒株(4.5%-33%),并且随治疗时间延长呈增多的趋势.病毒载量及ALT分析提示基因型耐药发生后,将发生病毒学反跳及临床耐药.结论:焦磷酸测序可以定量检测及动态监测变异病毒株的含量.拉米夫定耐药突变株在拉米夫定治疗前已存在,并随治疗时间的增加而增长,出现病毒学反弹及临床耐药.     

TaqMan-MGB荧光定量PCR快速检测结核分枝杆菌katG基因突变

目的 建立一种特异、灵敏、快速检测结核分枝杆菌katG基因突变的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。方法 根据结核分枝杆菌katG基因主要发生315位点突变的特点,设计一对特异性TaqMan-MGB探针和引物,通过反应条件优化,建立荧光定量PCR方法;用克隆到PMD18-T载体上katG基因阳性标准品及不同菌株来评价该方法的特异性、敏感性和重复性。结果 灵敏度高,检测目的基因的最低检测下限10copies/μl,比常规PCR灵敏高100倍;特异性高,检测16株非结核分枝杆菌标准株和7种常见呼吸道感染细菌的标准株均为阴性;与测序法相比,野生型和突变型探针的敏感性和特异性均为100%。重复性好,批内批间CT值变异系数均小于1%。结论：TaqMan-MGB荧光定量PCR的方法能特异、灵敏、快速检测结核杆菌菌株katG 315位点突变。     

焦磷酸测序技术检测乙型肝炎病毒多个基因型耐药突变方法的建立及初步评价

目的建立焦磷酸测序(Pyrosequencing,PyroS)法检测HBV反转录酶基因区(rt区)与核苷(酸)类似物(NAs)耐药相关基因突变的检测方法。方法针对HBVDNArt区10个已知常见耐药突变位点的12种突变形式,分别构建野生型和突变型质粒作为标准品;设计通用PCR扩增引物和针对不同突变位点的焦磷酸测序引物,建立基于PyroS技术的HBV耐药突变检测方法。分别采用传统的双脱氧测序法和我们构建的PyroS法对接受/未接受NAs治疗的慢性乙型肝炎患者95份血清标本进行检测比较,并采用克隆测序法进行结果验证。结果 1.构建了HBVrt区常见耐药突变的野生株和变异株标准质粒,并建立了能对12种常见NAs耐药突变同时进行检测的PyroS方法;证实当标准质粒浓度≥1000拷贝/mL时,PyroS法对耐药突变位点的检出率、特异性和重复率均可达100%;2.对95份临床血清标本共检测了950个耐药相关氨基酸置换位点,PyroS法检测结果与直接测序法相符位点939个(符合率98.84%),PyroS法较直接测序法多检出8份标本中共11个变异位点,克隆测序法证实了焦磷酸测序法结果。结论成功建立了能同时定量检测10个已知NAs相关耐药基因突变的PyroS技术,可用于临床抗病毒疗效的监测、及早发现基因型耐药突变,并指导治疗方案的及时调整。     

拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中HBV YMDD变异及基因芯片检测

建立乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片对拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中出现的肝炎病毒P基因区YMDD变异进行快速准确的检测方法。设计特异性寡核苷酸探针数组 ,特殊处理芯片载体。用点样法制备乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片。在本院住院治疗病人中选择 3 0例服用拉米夫定后 ,可能出现YMDD变异的病人进行基因芯片杂交检测分析 ;同时用PCR直接测序法对上述 3 0例病人血清标本进行双盲HBVDNA聚合酶活性区域测序对照。 3 0例服药后HBVDNA反跳病人中 ,基因芯片测得HBVYMDD变异 2 1例 ,其中YVDD变异 11例。YIDD变异 10例。HBVDNAPCR直接序列测定结果与基因芯片检测结果完全一致。乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片可以同时检测YVDD、YIDD变异 ,同PCR直接测序法比较 ,准确率达 10 0 % ,无假阳性     

HBV P基因YMDD变异的检测及临床应用的研究

目的　采用错配PCR扩增方法进行HBVP基因YMDD变异的检测 ,对其临床意义进行初步的研究。方法　应用分子克隆方法 ,构建YMDD、YVDD、YIDD变异的阳性质粒 ,并进行敏感性及特异性试验。对 44例经拉米夫定治疗 1年HBVDNA持续阳性的乙型肝炎患者检测YMDD变异情况。结果　经PCR方法、酶切鉴定及直接测序鉴定出YMDD、YVDD、YIDD质粒构建成功 ,且该方法具有较好的敏感性和特异性。 44例拉米夫定治疗 1年HBVDNA持续阳性的乙型肝炎患者存在YMDD变异 ,半年出现变异 5例 ,变异率为 11 . 3 6%:1年出现变异 7例 ,变异率为 15 . 91%。结论　本检测方法简便、实用 ,抗病毒药物压力是导致HBVYMDD变异的重要因素。     

乙型肝炎病毒P基因变异的检测及其意义

目的采用错配PCR扩增方法进行乙型肝炎病毒(HBV)P基因YMDD变异的检测,并对其临床意义进行初步研究.方法应用分子克隆方法,构建YMDD、YVDD、YIDD变异的阳性质粒,并进行敏感性及特异性试验.对44例经拉米夫定治疗1年、HBVDNA持续阳性的乙型肝炎患者检测YMDD变异情况.结果经PCR方法、酶切鉴定及直接测序鉴定出YMDD、YVDD和YIDD质粒构建成功,且该方法具有较好的敏感性和特异性.44例拉米夫定治疗1年、HBVDNA持续阳性的乙型肝炎患者存在YMDD变异,半年出现变异5例,变异率为11.36%;1年出现变异7例,变异率为15.91%.结论本检测方法简便、实用,抗病毒药物压力是导致HBVYMDD变异的重要因素.     

基因芯片和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法检测拉米夫定耐药的慢性乙型肝炎患者YMDD变异

目的对基因芯片和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)两种方法检测YMDD变异进行比较。方法取40例临床考虑拉米夫定耐药的患者血清，分别用基因芯片和PCR-RFLP法检测YMDD基序变异情况。随机抽取8份血清标本进行测序验证两种方法的准确性。结果40例患者血清标本中，用基因芯片法检测出YMDD变异阳性标本27例，其中，YIDD变异4例，YVDD变异16例，YVDD／YMDD共存12例；YIDD与YVDD混合变异7例。用PCR-RFLP法检测出变异阳性标本21例。在变异株中，YIDD变异和YVDD变异各9例，YIDD／YVDD混合变异3例，明显低于基因芯片的检出率。结论1、用基因芯片能快速灵敏地检测YMDD变异情况，并能检测到患者体内变异株与野生株混合存在形式；2、基因芯片能同时检测两种YMDD变异株和YMDD野生株，优于PCR-RFLP法，适用于临床检测乙型肝炎病毒YMDD变异。     

Detection of YMDD mutation using mutant-specific primers in chronic hepatitis B patients before and after lamivudine treatment

INTRODUCTIONHepatitis B virus (HBV) is one of the most common infectious diseases in the world. More than 300 million people worldwide are estimated to have chronic HBV infection. Ten percent of these patients will die as a direct consequence of persistent viral infection[1]. Nucleoside analogue therapy allows safe, long-term suppression of HBV and is a major milestone in the treatment of chronic hepatitis B. Lamivudine, the f irst of these agents approved worldwide, effectively supp…     

Comparison of ligase detection reaction and real-time PCR for detection of low abundant YMDD mutants in patients with chronic hepatitis B

AIM： TO compare the ligase detection reaction （LDR） and real-time PCR for detection of low abundant YMDD mutants in patients with chronic hepatitis B infection. METHODS： Mixtures of plasmids and serum samples from 52 chronic hepatitis B patients with low abundant lamivudine-resistant mutations were tested with LDR and real-time PCR. Time required and reagent cost for both assays were evaluated. RESULTS： Real-time PCR detected 100, 50, 10, 1 and 0.1% of YIDD plasmid, whereas LDR detected 100, 50, 10, 1, 0.1, and 0.01% of YIDD plasmid, in mixtures with YMDD plasmid of 106 copies/mL. Among the 52 clinical serum samples, completely concordant results were obtained for all samples by both assays, and 39 YIDD, 9 YVDD, and 4 YIDD/YVDD were detected. Cost and time required for LDR and real-time PCR are 60/80 CNY （8/10.7 US dollars） and 4.5/2.5 h, respectively. CONCLUSION： LDR and real-time PCR are both sensitive and inexpensive methods for monitoring low abundant YMDD mutants during lamivudine therapy in patients with chronic hepatitis B. LDR is more sensitive and less expensive, while real-time PCR is more rapid.     

Construction and expression of eukaryotic plasmids containing lamivudine-resistant or wild-type strains of Hepatitis B Virus genotype C

AIM： To construct eukaryotic expression plasmids of full-length Hepatitis B Virus （HBV） genotype C genome, which contain lamivudine-resistant mutants （YIDD, YVDD） or wild-type strain （YMDD）, and to observe the expression of HBV DNA and antigens [hepatitis B surface antigen （HBsAg） and hepatitis B e antigen （HBeAg）] of the recombinant plasmids in HepG2 cells. METHODS： Three HBV full-length genomes were amplified from the plasmids pMD18T-HBV/YIDD, pMD18T-HBV/YVDD and pMD18T-HBV/YMDD, using PCR. Three recombinant plasmids were generated by inserting each of the PCR products into the eukaryotic expression vector pcDNA3.1 （＋）, between the EcoRI and HindⅢ sites. After being characterized by restriction endonuclease digestion, and DNA sequence analysis, the recombinant plasmids were transfected into HepG2 cells. At 48 and 72 h post-transfection, the levels of intracellular viral DNA replication were detected by real-time PCR, and the expression of HBsAg and HBeAg in the cell culture supernatant was determined by ELISA.
RESULTS： Restriction endonuclease digestion and DNA sequence analysis confirmed that the three recombinant plasmids were correctly constructed. After transfecting the plasmids into HepG2 cells, high levels of intracellular viral DNA replication were observed, and HBsAg and HBeAg were secreted into the cell culture supernatant.
CONCLUSION： Eukaryotic expression plasmids pcDNA3.1 （＋）-HBV/YIDD, pcDNA3.1 （＋）-HBV/YVDD or pcDNA3.1 （＋）-HBV/YMDD, which contained HBV genotype C full-length genome, were successfully constructed. After transfection into HepG2 cells, the recombinant plasmids efficiently expressed HBV DNA, HBsAg and HBeAg. Our results provide an experimental basis for the further study of HBV lamivudine-resistant mutants.     

基因芯片高通量检测乙型肝炎病毒拉米夫定耐药株及对其突变热点的分析

目的 通过大规模、多位点检测深圳地区拉米夫定耐药株，进一步了解拉米夫定耐药突变的各种分布状况。方法 用基因芯片法对552份乙型肝炎患者血清进行检测，得出l92份拉米夫定耐药突变标本，再对192份耐药标本检测结果进行分析。结果 192份耐药标本中，191份YMDD突变，124份528位点突变，9份555位点突变。YMDD突变中88％为：YVDD、528位点同时突变；YIDD单独突变；YIDD、528位点同时突变。YMDD突变密码子91％为：GTG、ATT；9％为：ATA、ATC。结论 552位点(YMDD)突变为核心突变，528、555位点的突变为协同突变。YVDD突变总是与528位点同时出现；YIDD突变则表现为多样化。YMDD突变密码子约有9％为少见密码子ATA、ATC，这可能是传统聚合酶链反应法检测YMDD突变阳性率较低的原因。