多重实时PCR及脉冲场凝胶电泳技术在一起食源性疾病暴发事件中的应用

目的探讨多重实时PCR(multiplex real-time PCR,MRP)和脉冲场凝胶电泳(pulse field gel elec-trophoresis,PFGE)技术在食源性疾病检测中的应用。方法利用多重实时PCR技术对39份样本增菌培养物进行沙门菌侵袭蛋白A基因(invA)、肠产毒素性大肠埃希菌不耐热肠毒素基因(elt)、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌侵袭力基因(ipaH)的检测,并根据多重实时PCR的结果有针对性的开展了常规的分离培养鉴定工作。应用PFGE对10株分离菌株进行分子分型。结果 10份患者肛拭检出沙门菌侵袭蛋白A(invA)基因,并从这10份样本中分离到10株都柏林血清型沙门菌。39份样本均未检出肠产毒素性大肠埃希菌不耐热肠毒素基因(elt)、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌侵袭力基因(ipaH)。10株都柏林血清型沙门菌PFGE条带完全一致。结论多重实时PCR有助于提高细菌性食源性疾病的判明率,指导病原菌的常规分离培养,PFGE可用于细菌性食源性疾病的追踪溯源。     

北京地区腹泻病患者致泻性大肠埃希菌感染类型及其流行特征

目的：了解北京地区腹泻人群中致泻性大肠埃希菌（DEC）毒力基因的分布及流行特征。方法对2012-2013年监测医院的腹泻患者粪便样本进行分离培养,再采用实时荧光PCR检测毒力基因。结果6370份粪便标本有253份阳性,共分离到DEC 262株,阳性检出率为4.0%（253/6370）,9份标本发现两种不同型别的DEC混合感染。肠致病性大肠埃希菌（EPEC）为42.8%,其中非典型EPEC占42.0%,典型EPEC占0.8%;肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）为38.9%,其中耐热肠毒素基因st阳性占24.8%,不耐热型肠毒素基因lt阳性占9.9%,st和lt均阳性占4.2%;肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）为15.3%;肠侵袭性大肠埃希菌（EIEC）为2.7%;检出1株产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）,血清型为O26∶K60。ETEC感染具有明显的年龄分布特征;各型DEC全年均有检出,且呈季节性变化。结论北京地区腹泻病患者DEC感染类型以EPEC和ETEC为主,且EPEC分离株多为非典型,并存在混合感染,不同型别DEC感染具有年龄和季节性分布特征。     

3种食源性致病菌的多重PCR快速检测方法的建立

目的:建立快速检测食源性致病菌的多重PCR方法。方法:本研究根据肠毒性大肠埃希菌(enterotoxigenicE.coli,ETEC)的大肠杆菌不耐热毒素(Heat labileenterotoxin,LT)的B亚单位(LTB)、伤寒沙门菌(Salmonella typhi)的侵袭蛋白A(invasion protein A,invA)、福氏志贺菌(Shigella flexneri)侵袭性质粒抗原H基因(invasion plasmid antigen H,ipaH),分别设计了三对引物,预计PCR扩增的目的基因片段为194、279和435 bp。对单个基因PCR和单管多重PCR扩增的特异性、敏感性分析以及建立L16(43)正交试验对单管多重PCR扩增条件如引物浓度、dNTP浓度和Tm值等的优化,建立了快速检测肠毒性大肠埃希菌、伤寒沙门菌和福氏志贺菌的稳定的单管多重PCR方法。结果:该方法检测的灵敏度分别为:145 pg/ml肠毒性大肠埃希菌的基因组DNA、100 ng/ml伤寒沙门菌的基因组DNA、7 ng/ml福氏志贺菌的基因组DNA,与单基因PCR检测的灵敏度相同。并且模拟检测食品中的细菌,结果很稳定。结论:该方法操作简单、检验周期短、特异性和灵敏度高,能够快速地实现对食品中的多种致病菌的诊检和监控。     

多重实时PCR快速同时检测沙门菌和志贺菌

目的 建立改良分子信标，多重实时PCR同时检测沙门菌和志贺菌的快速方法，应用于食源性致病菌的快速诊断。方法 根据GenBank公布的沙门菌侵袭性基因invA和ssaR基因，分别设计一对引物和改良分子信标探针，用同色荧光标记，用于同体系检测沙门菌。志贺菌根据ipaH基因的保守序列，设计引物和改良分子信标探针，加入沙门菌检测体系中，建立三重实时PCR一改良分子信标检测体系，应用于同时对沙门菌、志贺菌食物中毒的快速诊断和门诊肠道致病菌的检测。结果 改良分子信标一多重实时PCR反应体系DNA灵敏度为69～93fg/μl。菌液灵敏度为32～64CFU／ml或1～2CFu／PCR反应体系，无交叉反应。该反应体系同时检测134株沙门菌和67株志贺菌，均出现特异的荧光信号，两种细菌检测互不干扰。对细菌性食物中毒样本等共1100份同时进行沙门菌和志贺菌检测，569份沙门菌实时PCR阳性，其中551份沙门菌培养阳性；42份志贺菌实时PCR阳性，其中41份志贺菌培养阳性。从样品处理到检测结果仅需时间2h至1d。结论 改良分子信标-多重实时PCR检测体系快速、灵敏度高，特异性强，可用于沙门菌和志贺菌食物中毒的快速诊断，伤寒、痢疾等肠道传染病的初筛及预防医学门诊的健康人群体检，为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。     

实时荧光PCR检测肠产毒性大肠埃希菌耐热肠毒素基因

目的：建立实时荧光PCR的方法检测肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）耐热肠毒素（ST Ia和ST Ib）基因。方法：设计引物和探针,优化实时荧光PCR检测STIa和STIb基因的反应条件。检测ST阳性或阴性的20株大肠埃希菌和2株霍乱弧菌以评估方法的特异性。对90份腹泻病人肛拭子标本,经BP增菌4 h后以煮沸法提取DNA模板,直接检测STIa和STIb基因,阳性标本以普通PCR检测ST基因进行复核,并从阳性的初始肛拭子标本中分离鉴定携带ST的菌株。结果：实时荧光PCR具有较高的特异性。90份腹泻病人标本中,9份标本ST Ib基因阳性（10.0%）,2份标本为ST Ia基因阳性（2.2%）;阳性标本以普通PCR复核,符合率为100%。在9份STIb基因阳性和2份ST Ia基因阳性的初始肛拭子标本中,分别有8份和2份分离到STIb基因阳性的ETEC和STIa阳性的ETEC。结论：建立的实时荧光PCR方法,可用于ETEC菌株ST毒力基因鉴定和临床腹泻粪便标本的直接快速筛检。     

大肠埃希菌中强毒力岛的irp1、irp3、irp4基因检测

目的检测大肠埃希菌中耶尔森菌强毒力岛的irp1、irp3、irp4基因.方法采用PCR与菌落原位斑点杂交技术,检测1990～1992年分离于我国五大军区腹泻病人的106株大肠埃希菌的irp1、irp3、irp4基因,其中肠产毒型大肠埃希菌（Enterotoxigenic E.coli,ETEC）94株、肠侵袭型大肠埃希菌（Enteroinvasive E. coli,EIEC）1株、肠致病型大肠埃希菌（Enteropathic E. coli,EPEC）10株及肠凝集型大肠埃希菌（Enteropathic aggregative E. coli,EAEC）1株.结果irp1、irp3和irp4阳性检出率分别为12.3%（13/106）、86.8%（92/106）和61.3%（65/106）,差异有显著性（X2=122.27,P＜0.05）.94株ETEC中,10株irp1阳性（阳性率10.6%）,81株irp3阳性（阳性率86.2%）,55株irp4阳性（阳性率58.5%）;10株EPEC中,1株irp1阳性,9株irp3阳性,8株irp4阳性;1株EIEC和1株EAEC,irp1、irp3和irp4基因均为阳性.结论大肠埃希菌中携有耶尔森菌强毒力岛的irp1、irp3、irp4基因,这3个基因在小肠结肠炎耶尔森菌（Y.enterocolitica）和大肠埃希菌（E.coli）之间存在水平性转移.     

腹泻症候群致泻性大肠埃希氏菌血清型及毒力基因检测

目的：通过对腹泻症候群中致泻大肠埃希菌的血清型和多重PCR检测,了解本地区致泻大肠埃希菌的血清群、型分布规律,所携带毒力基因及相互之间的相关性,为腹泻症候群中致泻大肠埃希菌的检测、鉴定提供科学依据,以提高阳性株的检出率。方法：对本地区2012-2013年腹泻症候群监测医院门诊未使用过抗生素腹泻患者的稀便、水样便、黏脓便或脓血便标本通过増菌、各种选择性培养基筛选出病原菌,后经生化试验、多重PCR试验和血清型分型试验进行鉴定。结果：本次检测共检出65株血清凝集致泻大肠埃希菌,分属EPEC、EIEC、ETEC,以EPEC为主,占83.08%,共8个血清型,其中血清型O55：H59、O128：H67占58.47%;共检出4种相关毒力基因,其中escV 49株（75.38%）。未分血清型菌株27株,检出相关毒力基因共5种,分属EPEC、EIEC、ETEC、EAEC,其中escV 15株（55.56%）。结论：本地区腹泻症候群中血清学阳性致泻大肠埃希菌以EPEC为主,常见血清型为O55：H59、O128：H67,毒力基因为escV、escV＋bfpB、invE、elt。未分血清型致泻大肠埃希菌毒力基因为escV、escV＋bfpB、invE、elt、astA,与已分型菌株携带基因基本一致。腹泻患者的大肠埃希菌检测中,在传统的细菌分离培养、生化试验、血清学鉴定的基础上,有必要进行大肠埃希菌的毒力基因检测,以提高阳性检出率,避免漏检,提高致泻性大肠埃希菌的诊断。     

社区腹泻患者感染致泻大肠埃希菌分布与耐药性分析

目的了解社区腹泻患者感染致泻大肠埃希菌(Diarrheagenic E.coli,DEC)的常见类型及耐药性,为制定有效治疗措施提供参考依据。方法收集医院2013年7-11月442例门诊腹泻患者粪便标本,采用针对肠致病性大肠埃希菌(EPEC)、非典型EPEC(ATEC)、肠产毒素性大肠埃希菌(ETEC)、肠凝聚性大肠埃希菌(EAEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)、产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)6种类型DEC共11对致病基因(escV、bfpB、stx1、stx2、elt、estIa、estIb、invE、astA、aggR、pic)的特异性引物对分离得到的大肠埃希菌进行多重PCR测定;应用微量稀释法检测DEC对常用抗菌药物的敏感性。结果 442例门诊腹泻患者中130例分离到DEC,占29.4%,其中10例同时分离到两种致病菌,6例分离到同一种致病菌包括两种基因型;共分离到147株DEC,包括EAEC100株占68.0%、ETEC7株占4.8%、ATEC9株占6.1%、EIEC和STEC各1株,未分型29株占19.7%。结论社区DEC以EAEC最为常见,且出现ATEC感染;DEC对常用抗菌药物的耐药性因致病性不同而异,临床治疗需考虑DEC类型并加强耐药性监测。     

分子生物学方法鉴定由自毙鼠分离的细菌

目的 对1株由自毙鼠分离的细菌（X175菌株）进行属、种及型的鉴定。方法 ①采用16S rDNA对X175菌株进行种属鉴定;②应用荧光PCR检测X175菌株是否存在致泻性大肠埃希菌常见毒素基因（stx1/stx2/eae、lt/st、aggR/ipaH）及大肠埃希菌O104、H4基因;③应用PCR检测X175菌株是否存在肠出血性大肠埃希菌（EHEC）O104∶H4的9个毒力基因。结果 ①经16S rDNA鉴定,X175菌株与大肠埃希菌埃希菌属的一些菌株相似度达99%,进化树显示X175菌株与大肠埃希菌O104∶H4菌株的亲缘关系较近;②大肠埃希菌O104基因和ipaH基因检测结果均为阳性,stx1/stx2/eae、lt/st、aggR、志贺菌/沙门菌、H4等基因检测结果均为阴性;③肠出血性大肠埃希菌O104∶H4九个毒力因子检测结果均为阴性。结论 X175菌株为大肠埃希菌O104弱毒型菌株,H抗原和其他一些特性还需进一步研究。     

2015-2016年江阴市致泻性大肠埃希菌监测及其毒力基因分析

目的了解2015-2016年江阴市致泻性大肠埃希菌[肠致病性大肠埃希菌(EPEC)、肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)、肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)]的感染、分布及其毒力基因的携带情况。方法对2015-2016年哨点医院提供的感染性腹泻样本进行实时荧光定量PCR检测,确定其致病型别及其携带的毒力基因。结果 359份腹泻标本中,检出致泻性大肠埃希菌31份,检出率8.64%,其中EAEC 15份,检出率4.18%,EPEC 13份,检出率3.62%,ETEC 3份,检出率0.84%,未检出EIEC及EHEC。15株EAEC中,携带astA基因8株,携带aggR+pic基因6株,携带astA+aggR+pic基因1株。13株EPEC均携带eae基因,3株ETEC均携带estI基因。致泻性大肠埃希菌主要集中在夏秋季节高发,2015年主要以EPEC为主,2016年主要以EAEC为主。结论江阴市致泻性大肠埃希菌主要以EAEC和EPEC两个型别为主,携带的毒力基因呈多态性,显示其致病力和侵袭力具有多样性和复杂性,应加强监测。     

四种食源性致病菌多重PCR检测方法的建立

目的建立一种多重PCR检测方法同时检测食品中沙门菌、志贺菌、金黄色葡萄球菌和单增李斯特菌。方法参考沙门菌侵袭蛋白A(invA)基因序列,志贺菌侵袭性质粒抗原(ipaH)基因序列,金黄色葡萄球菌引物设计参考耐热核酸酶(nuc)基因序列,单增李斯特菌引物设计参考溶血素蛋白(hly)基因序列设计引物,通过多重PCR对4种食源性致病菌的目的基因进行扩增,并对反应体系进行优化。结果对15株目标菌和17株非目标菌的检测未出现假阳性和假阴性结果,产物分子量与预期一致;4种菌的检测灵敏度分别至少达到10pg/μl;对产物的测序分析表明所得序列与目的基因序列吻合;对319份样品的检测结果显示,其中4份生鲜乳中检出金黄色葡萄球菌,1份生猪肉中检出沙门菌。结论该方法具有良好的检测特异性,可供食源性致病菌的快速检测。     

多重PCR检测食品中的金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌

目的建立一种能同时检测食品中金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌的多重PCR检测方法。方法采用7.5%NaCl肉汤对食品样品中的金黄色葡萄球菌进行增菌,同时采用GN增菌剂对食品样品中的志贺菌和沙门菌进行增菌。根据金黄色葡萄球菌的nuc基因、志贺菌的ipaH基因、沙门菌的invA基因设计引物,通过多重聚合酶链反应(PCR)反应对食品样品中上述三种病原菌的目标基因进行扩增,同时对反应体系进行优化。结果特异性实验表明本方法的特异性良好。对污染金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌的牛奶样品进行检测,检出限为1cfu/ml。结论本实验建立的多重PCR检测方法适用于食品中金黄色葡萄球菌、志贺菌和沙门菌的快速检测,具有快速、简便、灵敏的特点。     

2010年福建南平及永安监测点致泻大肠杆菌的监测报告

目的:为了解福建省腹泻病人中致泻大肠杆菌的感染情况。方法:应用多重PCR或单重PCR方法检测致泻大肠杆菌的EPEC/EHEC eaeA基因、EHEC stx基因、EAEC aggR基因、EIEC ipaH、EIEC virA、ETEC ST、ETEC LT、EPEC bfp基因。API 20E生化鉴定条进行生化试验。血清学鉴定。结果:2010年度共分离得19株致泻大肠杆菌,检出率为10.9%。1株EAEC;1株tEPEC;4株aEPEC;13株ETEC。19株分离的致泻大肠杆菌经API 20E鉴定均为大肠埃希菌。1株tEPEC与EPEC三种多价诊断血清型均不凝集,而1株aEPEC血清型为O111:K58(B4)。13株ETEC菌株血清型:多数为O6:K15,1株O25:K19(L),3株未能分型。结论:监测结果对于我们了解福建省致泻大肠杆菌感染情况,预警潜在发生疫情的可能性有其重要性。这些菌种的获得可以为下一步研究其毒力特征、分子分型及耐药性积累原始材料。     

沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157∶H7的多重PCR快速检测体系的初步探讨

目的建立能在12小时内同时快速检测沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157∶H7的多重PCR体系。方法碱性蛋白胨水(BPW)非选择性增菌6h;100℃10min制备DNA模板;根据大肠杆菌O157∶H7的uidA基因、志贺菌的ipaH基因及沙门菌的invA基因序列设计各菌引物,进行PCR扩增及电泳检测。同时优化反应体系,测定体系灵敏度和特异性。结果该多重PCR体系能在12h内同时检测3种目的菌;灵敏度为10～30cfuml;通过对23株目的菌和15株非目的菌检测,提示该体系特异性高。结论初步探讨出能在12h内快速、灵敏、特异地同时测定沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157∶H7的多重PCR体系。     

沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7的多重PCR快速检测体系的初步探讨

目的建立能在12小时内同时快速检测沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7的多重PCR体系。方法碱性蛋白胨水（BPW）非选择性增菌6h；100℃10min制备DNA模板；根据大肠杆菌O157：H7的uidA基因、志贺菌的ipaH基因及沙门菌的invA基因序列设计各菌引物，进行PCR扩增及电泳检测。同时优化反应体系，测定体系灵敏度和特异性。结果该多重PCR体系能在12h内同时检测3种目的菌；灵敏度为10～30cfu／ml；通过对23株目的菌和15株非目的菌检测，提示该体系特异性高。结论初步探讨出能在12h内快速、灵敏、特异地同时测定沙门菌、志贺菌和大肠杆菌O157：H7的多重PCR体系。     

LAMP技术应用于志贺菌及侵袭性大肠埃希菌ipaH基因快速检测

目的:建立一种适合基层实验室快速检测志贺菌及侵袭性大肠埃希菌(EIEC)的实验方法。方法:根据志贺菌及EIEC共同含有的侵袭性质粒抗原ipaH基因序列设计4条引物,应用环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal am-plification)方法,分别对8株背景明确的不同血清型志贺菌标准株、34株志贺菌地方分离株、1株EIEC实验标准株、7株大肠埃希菌本室保存标准株、3株大肠埃希菌暴发株、10株其他肠道实验对照株进行检测,验证该方法的特异性及最低检测限,通过肉眼目测与电泳检测比较结果。结果:本方法中共计42株志贺菌、1株EIEC及1株44147大肠埃希菌,经用LAMP方法检测,均为绿色并电泳有相应阶梯状条带为阳性结果,而9株其他大肠埃希菌及10株其他肠道实验对照株均呈橙色并电泳无相应阶梯状条带为阴性结果。至于1株44147大肠埃希菌为何也检测出ipaH基因,我们怀疑该菌株要么是EIEC中的一种,要么是在长期进化过程中从别处获得该基因,这尚待今后做进一步探讨。本方法具有较好的特异性,其最低检测限为53 cfu/反应,自然光下通过肉眼即可判断结果,从菌株核酸的提取至检测完成仅需1.5 h左右。应用本方法对24份不同临床病人样本进行实际考核,3份痰液、1份胸积水、2份粪便及18份尿样经检测ipaH基因均为阴性,该结果与分离培养/普通PCR检测结果相符。结论:本次建立的LAMP方法,能快速、特异地检测志贺菌/EIEC,较适合基层实验室应用。