PCR-SSO流式荧光微珠法HLA-A*02高分辨分型检测模棱两可结果的统计分析

背景:由于HLA的复杂多态性,实际分型过程中难免会出现一些结果判读模棱两可现象.目的:统计分析基于PCR-SSO 流式荧光微珠HLA-A*02高分辨分型方法的模棱两可组合结果种类、比例,探讨解决模棱两可解决方法,提高高分辨分型比例.方法:对河南骨髓库捐献者 1 100人份HLA分型结果进行统计分析,计数法进行分类统计分析软件给出的包含HLA-A*02:01\02:09模棱两可组合代码,计算百分比;与确认为A*02:09的基因多态性分布进行比对,找出与A*02:09关联性较强的等位基因,用补充实验进行复核、确认,建立A*02:01\02:09模棱两可组合的判读方法.结果与结论:1 039例有效数据中包含A*02:01\02:09模棱两可组合279例(279/1 039,26.853%),代码种类19种,检出比例较高的有DMDC,DYVK,GMDD,GMDE;34例确认为A*0209的基因多态性统计显示A*0209的出现与A*11:01 (0.147 1)B*07:02(0.264 7)、DRB1*01:01(0.264 7 )、DRB1*03:01(0.117 6)有较强关联,选出高风险标本38例,经检测外显子1~7,并用SBT复核确认有1例结果为A*02:09(代码组合为GMDC),其余241例未检出A*02:09.提示 A*02:09的出现与B*07:02、DRB1*01:01、DRB1*03:01有较强关联,重点对这些关联标本进行外显子1~7检测,可有效地检出A*02:09.通过统计分析制定合理的判定规则和必要的复核实验可有效地简化操作程序,节省时间,降低费用,提高高分辨比例.     

人类白细胞抗原基因分型与微珠反应格局

背景:Flow-rSSO结合流式细胞分析技术和PCR-SSO技术的高通量分型方法,是目前国外人类白细胞抗原分型中应用最多的方法.目的:筛选同组不同等位基因之间的微珠反应格局,加强人类白细胞抗原基因分型方法的标准化,使分型向最快最准确的方向发展.方法:使用TECAN DNA全自动工作站从457份中华骨髓库捐献者全血样本中提取基因组DNA,DNA样本用One LambdarSSO HLA-A、B和DRB1基因分型高分试剂盒进行PCR扩增、分子杂交和Luminex流式磁珠分析仪检测.参考0ne Lambda公司提供等位基因微珠格局表(HLA-A,B and DRB1)分析常见等位基因,并对常见等位基因与微珠的相关性进行研究.结果与结论:同一组常见等位基因除相同微珠反应格局外,与某个或某几个有区别的微珠是密切相关的.就临床组织器官移植而言,采用中分辨度DNA分型技术是最佳选择,一方面有利于快速筛选,另一方面能够降低匹配难度.就科研工作而言,一般采用高分辨率分型方法.     

中国西北汉族人群HLA-A~* 02等位基因的分布特点

目的研究西北汉族人群HLA-A* 02等位基因的分布特点。方法对760份健康无血缘关系的西北汉族人群HLA-A* 02等位基因进行高分辨基因分型,计算HLA-A* 02各等位基因构成比并与其他不同地区人群进行比较。结果 760份样本中,检出9种HLA-A* 02等位基因,以A* 0201(48.86%)为优势等位基因,A* 0207(22.72%)和A* 0206(15.91%)比较常见,纯合子主要为A* 0201/A* 0201,杂合子主要为A* 0201/A* 0207。结论西北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布特点比较接近北方汉族人群,但具有其自身分布特点。     

DNA测序用于HLA常规分型方法难以确定样本的检测

由于中华骨髓库的建设推动了我国HLA分型检测技术的快速发展,从微量淋巴毒试验到SSP方法、到SSO杂交技术、再到基因芯片、DNA测序只经过了短短几年的时间[1-2].目前临床移植配型主要采用SSP方法,骨髓库建设则主要采用PCR-SSO荧光微珠流式杂交分型技术,该方法与SSP法相比,具有高通量、高分辨率、高可靠性等特点.但是由于现有的分型试剂均是以目前已经发现的基因序列为基础进行设计的,而且大多数是以西方人群资料为依据,在用来进行中国人群的HLA分型检测时不可避免的出现新的反应格局,有时无法与试剂盒所提供的判断模板相匹配,因而出现不确定的模棱两可结果.     

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因频率分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1 5位点在高分辨基因分型水平上的等位基因频率特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用直接计数法计算各位点基因频率。结果在718名捐献志愿者中,共检出28个HLA-A等位基因、61个HLA-B等位基因、30个HLA-C等位基因、40个HLA-DRB1等位基因、18个HLA-DQB1等位基因;其中HLA-A位点最常见等位基因为A*1101(21.66%)、A*2402(16.37%)、A*0201(13.79%);HLA-B位点最常见等位基因为B*4001(11.49%)、B*4601(9.54%);HLA-C位点最常见等位基因为Cw*0702(15.74%)、Cw*0102(15.32%)、Cw*0304(11.56%);HLA-DRB1位点最常见等位基因为DRB1*0901(14.69%)、DRB1*1501(12.40%)、DRB1*0701(9.89%);HLA-DQB1位点最常见等位基因为DQB1*0301(20.54%)、DQB1*0303(15.81%)、DQB1*0601(10.79%)。结论本研究在高分辨基因分型水平提供了一套有关中国人群HLA-A,-B,-C,-DRB1和-DQB1 5位点基因频率数据。     

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨单体型频率初步分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB15位点在高分辨基因分型水平上的单体型频率及连锁不平衡特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用Arle-quin3.1软件以最大似然法分析单体型频率。结果双座位连锁不平衡分析显示,HLA-C与HLA-B、HLA-DRB1与HLA-DQB1呈现较为显著的连锁不平衡;多位点单体型频率分析结果显示,最常见的2、3、4、5位点单体型分别为:A*0207-B*4601(7.34%)、Cw*0102-B*4601(8.71%)、B*1302-DRB1*0701(6.19%)、DRB1*0901-DQB1*0303(14.27%)、A*3001-B*1302-DRB1*0701(5.36%)、A*0207-B*4601-Cw*0102(7.06%)、A*3001-Cw*0602-B*1302-DRB1*0701(5.36%)、Cw*0602-B*1302-DRB1*0701-DQB1*0202(6.12%)、A*3001-Cw*0602-B*1302-DRB1*0701-DQB1*0202(5.29%)。结论本研究提供了中华骨髓库718名捐献者HLA5位点高分辨单体型频率遗传学数据,将为临床寻找HLA匹配的无关供者、法医学鉴定、HLA与疾病相关研究等提供分子遗传学参考。     

流式磁珠反向杂交法HLA基因分型中磁珠读数减少对结果的影响

目的分析流式磁珠反向杂交法HLA基因分型中磁珠读取数目减少对结果的影响。方法将正常杂交、读取、获得基因分型结果的样本溶液分别按照1∶2、1∶4、1∶8、1∶16的倍数稀释,进行再次读取、判定分型结果。结果所有样本稀释前后每种磁珠的荧光信号反应格局一致,分型结果完全相同。结论读取到的磁珠数目在一定范围内的减少,通过仔细分析,可保证分型结果准确可靠。     

PCR—SBT法HLA基因分型模棱两可结果的判读及解决对策

目的研究PCR—SBT法HLA基因分型结果判读中出现的模棱两可问题并提出解决策略。方法对306名随机抽取的组织配型患者的DNA采用PCR-序列特异性引物（Sequence Specific Primer,SSP）低分辨方法检测,同时采用PCR—SBT法进行HLA—A,B,DRB1高分辨基因分型。PCR—SBT法模棱两可结果用PCR—SSP高分辨方法复核确认。结果所有306例检测标本的高低分辨血清学抗原一致,经PCR—SBT基因测序方法检测有111份模棱两可结果,占36．3％（111／306）。其中HLA—A座位有30对等位基因存在模棱两可结果,占所有检测标本等位基因总数的3．3％;HLA—B座位有66对,占7．2％;HLA—DRB1座位有36对,占3．9％。所有模棱两可标本经PCR—SSP HLA基因高分辨分型试剂PCR—SSP等方法复核确认。结论针对PCR—SBT法进行HLA—A,B,DRB1高分辨基因分型模棱两可结果所建立的解决策略,对于提高HLA数据分型的速度和分型准确性有重要意义。     

流式磁珠反向SSO法HLA分型结果判读影响因素及解决对策的研究

目的研究流式磁珠反向SSO法HLA-A、B、DRB1分型结果判读中出现的常见问题,并提出相应的解决策略。方法对3 219名随机抽取的深圳市无关造血干细胞供者及组织配型患者的DNA采用流式磁珠反向SSO法进行HLA-A、B、DRB1低分辨基因分型,模棱两可结果用PCR-序列特异性引物(Sequence Specific Primer,SSP)法及PCR-SBT测序方法等方法复核确认。结果3 219份样本中发现有95份(95/3 219)28种类型的模棱两可结果,其中HLA-A位点有3(3/28)种,HLA-B位点有25(25/28)种,91.6%的模棱两可结果其样本的荧光值在阳性控制线上,本研究观察到的模棱两可结果通过基因频率分析、PCR-SSP法及PCR-SBT基因测序等方法得以定型。结论建立流式磁珠反向SSO法HLA-A、B、DRB1基因分型模棱两可结果解决策略,对提高HLA数据分析的速度和分型的准确性有重要的意义。     

供、患者HLA-A、B、DRB1高分辨分型的无关供者外周血造血干细胞移植32例回顾分析

目的探讨供、患者的人类白细胞抗原HLA-A、B、DRB1基因高分辨相合及亚型相合,无关供者外周血造血干细胞移植后效果的情况,为临床造血干细胞移植治疗选择适配供者提供理论依据。方法采用PCR-SSP或SBT技术对供、患者HLA-A、B、DRB1的基因进行高分辨分型,定期随访患者在造血干细胞移植后状况,统计分析移植后效果。结果32例患者与供者的HLA低分辨分型结果完全相合,HLA-A、B、DRB1基因高分辨分型全相合的患者与HLA-A、B、DRB1基因高分辨分型不相合的患者,造血干细胞植活和两年半内的移植存活率比较,无统计学差异。结论HLA低分辨分型结果完全相合是临床医生选择造血干细胞移植的重要条件之一,供、患者HLA-A、B、DRB1高分辨分型是外周血造血干细胞移植治疗前组织配型不可少的实验之一,但HLA-A、B、DRB1基因高分辨分型错配对无关供者外周血造血干细胞移植的造血干细胞植活和两年半内的移植存活率影响较小,HLA基因高分辨分型可以帮助临床医生选择合适的供者。