浙江省2006-2007年暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 分析浙江省2006-2007年暴发性病毒性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行病学特征.方法 收集监测期间暴发性病毒性胃肠炎疫情患者的粪便标本及相关流行病学资料.采用RT-PCR及荧光定量RT-PCR检测诺如病毒.随机选掸部分阳性标本扩增部分多聚酶区和衣壳蛋白片段,进行序列测定,结合诺如病毒I(GI)、Ⅱ(GⅡ)基因型参考株进行进化分析.结果 诺如病毒感染暴发性胃肠炎共5起,发生时间均集中于9-12月,送检标本63份,诺如病毒检测阳性45份.序列分析结果显示,浙江省诺如病毒序列与诺如病毒GⅡ/4型参考株同源性最高,其中与北京2006年、荷兰2006年诺如病毒GⅡ/4型变异株最为接近,核苷酸同源性分别为99.7%和98.5%～99.0%.诺如病毒与北京、荷兰流行的GⅡ/4型变异株处于同一分支.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,流行时间集中于秋季,其流行株为GⅡ/4型变异病毒株.     

佛山市南海区诺如病毒引起急性胃肠炎暴发的流行病学研究

目的 了解佛山市南海区暴发的急性胃肠炎中诺如病毒感染的流行特征.方法 对南海区 2006-2007 年暴发的2起急性病毒性胃肠炎疫情进行流行病学调查和分子流行病学研究,将收集到的患者的粪便、肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异性引物和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经过分析核酸序列分析病毒的基因型.结果 两起暴发流行的急性胃肠炎均由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起.结论 诺如病毒是引起南海区秋冬季急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型.     

2011年-2013年珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的病毒分子流行病学分析

目的研究珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征及流行株基因型的演化情况。方法收集珠海市2011年-2013年28起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本619份,采用荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)定性检测诺如病毒RNA,按要求选取部分诺如病毒RNA阳性标本扩增诺如病毒衣壳蛋白,进行测序及同源性分析。结果其中17起疫情由诺如病毒感染引发,检测阳性率为19.55%(121/619);选取诺如病毒RNA阳性标本57份进行测序分型,成功分型的标本为47份,全部为No V GⅡ,14株为GⅡ.4型(其中5株为GⅡ.4 2006b,另外9株为GⅡ.4/Sydney_2012);12株属于GⅡ.3型;3株属于GⅡ.5型;18株属于GⅡ.6型。结论珠海市诺如病毒引起的食物中毒流行株属于GⅡ组,但基因亚型存在多样性,并且在短时间内造成多处暴发疫情,提示该状况将是今后防控监测的重点。     

杭州地区2009-2010年急性腹泻患者中杯状病毒的检测和分型

目的 了解2009-2010年杭州地区急性腹泻患者中杯状病毒基因型别和分子流行病学特征.方法 收集2009-2010年杭州地区920例急性腹泻患者的粪便标本和流行病学资料,用多重PCR方法进行杯状病毒检测,测定部分标本的阳性扩增片段基因序列,并对序列进行系统进化分析.结果 急性腹泻患者杯状病毒检出率为21.8％(201/920),其中诺如病毒(NV)G Ⅰ型25例、GⅡ型170例、札如病毒(SAV) 11例,4例为NVⅠ型和Ⅱ型混合感染、1例为NVⅡ型和SAV混合感染.NV基因型别包括:GⅠ-1(3株)、G Ⅰ-2(1株)、GⅡ-4/2006b变异株(7株)、GⅡ-2(1株)、GⅡ-7(1株)和GⅡ-4/2008变异株(2株);SAV基因型别包括:G Ⅰ -2(5株)、GⅠ-1(4株)和GⅡ-1(1株).杯状病毒的流行在不同季节、年龄组人群均有发病.结论 杯状病毒是2009-2010年引起杭州地区急性腹泻的主要病原之一,其病原具有病毒多样性和基因型别多样性,NVGⅡ-4/2006b变异株或类似株可能是2009-2010年杭州地区流行的优势株.     

2013年海盐县诺如病毒流行株的监测和基因型分析

目的了解2013年海盐县诺如病毒流行株基因型谱分布。方法 2013年收集170例腹泻患者粪便标本,利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,挑选部分毒株进行核苷酸序列测定并构建系统进化树。结果检测170例腹泻患者粪便标本,诺如病毒阳性24份,检出率为14.12%;其中诺如病毒GⅠ基因组1份,占4.17%,序列测定为GⅠ.2基因型;GⅡ基因组23份,占95.83%,选4株进行序列测定,比对结果 1株属于GⅡ.4基因型2006b变异株,3株属于GⅡ.4基因型Sydney变异株。结论 2013年海盐县诺如病毒流行株基因型呈现多样性,以GⅡ.4 Sydney变异株为优势流行株,首次检出GⅠ基因组。     

一起养老院急性胃肠炎疫情的病原学分析

目的明确一起养老院感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别。方法通过流行病学调查,查明罹患率。对发病老人和部分工作人员进行肛拭子采样,采用细菌培养检测常规肠道致病菌,应用胶体金法检测轮状病毒,采用实时荧光定量RT-PCR进行诺如病毒核酸检测,应用常规RT-PCR扩增部分NoV阳性株衣壳蛋白的N/S区,PCR产物纯化回收、测序,利用Clustal X、MEGA4.1软件分析其基因序列。结果 21份病例及工作人员肛拭子样本,肠道致病菌和轮状病毒均为阴性,19份样本诺如病毒核酸阳性,毒株排除重组株的可能,测序样本均属GⅡ.4型诺如病毒,其与Hu/NSW696T/2006/AUS（EF684915）的同源性高达99%。结论经诺如病毒核酸序列分析,该疫情是一起由GⅡ.4-2006b型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发。     

北京地区诺如病毒感染的流行病学调查

目的调查北京地区诺如病毒感染的流行情况。方法对暴发疫情的急性胃肠炎患者和散发诺如病毒阳性患者全部进行现场问卷式调查，并采集患者粪便标本，应用ELISA和RT—PCR方法检测诺如病毒，选择阳性PCR产物进行克隆测序。结果2006年11月至2007年3月，北京市共计报告急性诺如病毒胃肠炎暴发疫情8起，经现场流行病学调查全部确认为院内感染暴发。在报告的409例急性散发病毒性胃肠炎病例中，共检出诺如病毒阳性患者158例，检出率38．63％。其中40～44岁年龄组检出率最高，为55．00％，55～59岁年龄组检出率最低，为21．74％。阳性患者中年龄最大者91岁，最小者仅6个月，平均年龄为40岁。男性患者84例，女性74例。序列分析结果显示，北京地区诺如病毒流行株与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株最为接近，为GⅡ／4型变异株。结论诺如病毒是2006—2007年北京地区冬季病毒性腹泻的一个重要病原体，北京地区诺如病毒流行株与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株属同一类GⅡ／4型变异株。     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。     

学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果 120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37. 5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ. 2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ. 2型。     

2006-2007年杭州市余杭区诺如病毒性腹泻分子流行病学研究

目的研究杭州市余杭区群发性腹泻中诺如病毒的分子流行病学特点。方法采集2006-2007年6起余杭区群发性腹泻疫情患者的粪便和肛拭子标本,采用荧光定量PCR技术进行诺如病毒检测,然后对病毒的N/S区域进行序列测定。结果6起群发性腹泻疫情都是由诺如病毒引起的,基因分析显示这些病毒都属基因Ⅱ型4组。结论诺如病毒是余杭区群发性非细菌性胃肠炎的重要病原体之一,在现阶段存在优势毒株是GII.4型,正在发生变异。     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.

Abstract：

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

Outbreaks of noroviral gastroenteritis in Florida, 2006-2007

Noroviruses are an important cause of sporadic cases and outbreaks of acute gastroenteritis. During 2006-2007, widespread increases in acute gastroenteritis outbreaks consistent with norovirus were observed in the United States. We conducted a statewide survey to characterize norovirus outbreak activity in Florida during a 1-year period. From July 2006 to June 2007, 257 outbreaks of norovirus gastroenteritis were identified in 39 of Florida's 67 counties. About 44% of outbreaks were laboratory confirmed as norovirus and 93% of these were due to genogroup GII. About 63% of outbreaks occurred in long-term care facilities and 10% of outbreaks were classified as foodborne. The median number of ill persons per outbreak was 24, with an estimated total of 7880 ill persons. During the study period, norovirus outbreak activity in Florida was widespread, persistent, and consistent with increased activity observed in other parts of the country.     

北京地区诺如病毒分子生物学特点初步研究

目的了解北京地区诺如病毒的分子生物学特点。方法收集北京市2007年1—3月非细菌性胃肠炎暴发和散发病例，采集患者粪便标本，使用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）对粪便标本进行诺如病毒RNA检测，对RT—PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序。结果检测38例粪便标本，共有27例阳性。随机选择其中4例PCR产物进行克隆测序，获得4株诺如病毒序列进行比对分析，结果显示，该4株病毒序列与诺如病毒GⅡ／4型参考株同源性最高，其中与荷兰和日本提交的诺如病毒GⅡ／4型变异株最为接近，同源性分别为97．8％～98．5％和95．2％～95．9％。系统发生树分析表明，该4株诺如病毒与荷兰、日本流行的GⅡ／4型变异株处于同一分支上。结论北京地区存在诺如病毒GⅡ／4型变异株流行，其与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株属同一类GⅡ／4型变异株。     

Molecular epidemiology of norovirus associated with gastroenteritis and emergence of norovirus GII.4 variant 2012 in Japanese pediatric patients

In late 2012, an outbreak of acute gastroenteritis due to norovirus variant Sydney_2012 occurred and have been reported from many counties. In this study, we described surveillance study of the incidence of norovirus infections among Japanese pediatric patients in association with gastroenteritis and investigated the antigenic change of the new variant Sydney_2012 circulated in Japanese populations. A total of 2381 fecal specimens collected from children with acute gastroenteritis in Hokkaido, Tokyo, Shizuoka, Kyoto, Osaka, and Saga from 2009 to 2013 were examined for norovirus and further analyzed molecularly. A high proportion (39.3%) of norovirus positive samples and several genotypes were detected. Norovirus GII.4 dominated over other genotypes (71.4%). The Den_Haag_2006b (43.2%) was detected as the predominant variant and co-circulated with New_Orleans_2009 (17.8%) until March 2012. Subsequently, they were displaced by Sydney_2012. The Sydney_2012 variant has been responsible for the majority of norovirus infections in 2012–2013 (85.7%). Although Sydney_2012 variant has a common ancestor with New_Orleans_2009 variant, analysis of P2 sub-domain showed a high level of diversity in comparison with other variants in four amino acid changes at the antigenic sites. The change in particular residue 393 of new variant may affect HBGA recognition. Analysis of noroviruses circulating in the past 4 years revealed a change of predominant variant of norovirus GII.4 in each epidemic season. The change of amino acid in putative epitopes may have led the virus escape from the existing herd immunity and explain the increase of new variant outbreaks.     

南宁市朝阳溪污水中诺如病毒GⅡ.4型变异株基因分析

目的了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)GⅡ.4变异株的基因特征。方法 2011年1~12月采集72份南宁市朝阳溪污水,经实时荧光逆转录-聚合酶反应(Realtime RT-PCR)方法进行NV核糖核酸(RNA)检测,阳性标本进行基因克隆测序和遗传进化分析。结果 72份污水中均能检测到NV RNA,基因Ⅰ组(GenogroupⅠ,GⅠ)NV RNA阳性率为70.83%,基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)阳性率则达100.00%,共为16个基因型,有18株为GⅡ.4型,其中2株为2006b变异株,其余16株均为2010变异株。检测到的2006b变异株和2010变异株在衣壳蛋白N/S区第94位氨基酸均发生变异,而在第6位、第15位仅2010变异株发生了变异,2006b变异株(除SW2011041-2株外)均无变异。这些变异株与同年南宁市腹泻病例中NV GⅡ.4型变异株核苷酸型内同源性分别为96.70%~98.93%和97.42%~99.64%。结论南宁市朝阳溪污水中NV存在很高的遗传多样性,其来源可能是周边居民中的感染者;GⅡ.4型NV中2010变异株为优势株,其在人群中可能存在隐性感染;污水监测是人间NV感染监测的重要补充。     

Occurrence of Norovirus GII.4 Sydney Variant-related Outbreaks in Korea

Human noroviruses are major causative agents of food and waterborne outbreaks of nonbacterial acute gastroenteritis. In this study, we report the epidemiological features of three outbreak cases of norovirus in Korea, and we describe the clinical symptoms and distribution of the causative genotypes. The incidence rates of the three outbreaks were 16.24% (326/2,007), 4.1% (27/656), and 16.8% (36/214), respectively. The patients in these three outbreaks were affected by acute gastroenteritis. These schools were provided unheated food from the same manufacturing company. Two genotypes (GII.3 and GII.4) of the norovirus were detected in these cases. Among them, major causative strains of GII.4 (Hu-jeju-47-2007KR-like) were identified in patients, food handlers, and groundwater from the manufacturing company of the unheated food. In the GII.4 (Hu-jeju-47-2007KR-like) strain of the norovirus, the nucleotide sequences were identical and identified as the GII.4 Sydney variant. Our data suggests that the combined epidemiological and laboratory results were closely related, and the causative pathogen was the GII.4 Sydney variant strain from contaminated groundwater.