新等位基因人类白细胞抗原B*4609的发现和确认

目的 鉴定一个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*4609.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现反应格局异常的可疑新等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序分型结果一个为B*151101,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*460101基因序列相比,在第3外显子区域中527位碱基发生A→T突变,导致176位编码氨基酸由谷氨酸(GAG)变成缬氨酸(GTG).结论 样本中含有HLA-B新等位基因序列.该序列申报后,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4609.     

人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

新等位基因HLA-B*40:96的确认及家系遗传

目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因,调查该基因的家系遗传情况.方法 应用Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1例HLA-B位点反应格局异常,采用DNA测序分型技术进行新等位基因鉴定并对该基因的先证者进行家系调查.结果 DNA序列确定为一个新HLA-B等位基因序列,与同源性最高的HLA-B* 40:06:01相比,在第2外显子有7个碱基不同,分别是302位G→A、309位G→C、311位A→C、313位C→G、314位T→C、317位G→T、319位G→C,并导致相应密码子编码的氨基酸发生了改变,密码子101位由丝氨酸(Ser)→天冬氨酸(Asn)、104位由天冬氨酸(Asn)→苏氨酸(Thr)、105位由亮氨酸(Leu)→丙氨酸(Ala)、106位由精氨酸(Arg)→亮氨酸(Leu)、107位由甘氨酸(Gly)→精氨酸(Arg).家系分析表明该新基因来自先证者父亲.结论 鉴定了一个HLA-B新等位基因,2009年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 40:96.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B*4446

目的鉴定中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-序列特异性引物及PCR-序列特异性寡核苷酸探针技术进行HLA分型。发现1个与HLA-B*44相关的未知基因,使用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的B*4409基因序列的差异。结果新基因第3外显子区域序列与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*4409基因序列相比有3个碱基发生替代。第538位碱基由G→C,第539位碱基A→T以及第540位碱基C→G,使编码产物180位氨基酸由天冬氨酸变成亮氨酸。结论发现一个新的HLA-B等位基因,于2005年9月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4446。     

新等位基因人类白细胞抗原B*15:133的鉴定及其原核表达

背景：国际上至2010-04共报告人类白细胞抗原4 633个等位基因,中国自2000年至少发现200个新的等位基因,由于资金和时间有限,大部分新等位基因未作血清分型、家系研究以及进一步的功能性研究。 目的：在健康志愿者人群中发现新等位基因,并对其进行家系研究,同时构建重链胞外区多肽的原核细胞表达载体,鉴定其在原核细胞中是否表达。 方法：利用PCR-SSO和PCR-SBT技术,对人群的人类白细胞抗原进行筛选。使用血清学和SBT技术对拥有新等位基因的供者进行家系分析。用分子克隆的方法构建表达载体转染原核细胞,运用Western-blot鉴定是否表达。 结果与结论：发现一个新等位基因与人类白细胞抗原B*15:18:01在第419位相差一个核苷酸,C->T, 即Codon116位 TCC->TTC,导致氨基酸由丝氨酸改变成苯丙氨酸。最终确定命名为人类白细胞抗原B*15:133。血清学表达B71(70)抗原。发现此供者的新等位基因来自于母亲。表达载体pET30a(+)- B*15:133在原核细胞中表达的多肽可被抗HIS标签单克隆抗体特异性识别。结果表明,使用分子生物学技术在大样本的筛查下发现了新等位基因人类白细胞抗原B*15:133,利用分子克隆的方法成功构建表达载体pET30a(+)- B*15:133,并在原核细胞中有大量高纯度蛋白表达。     

人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*3020的鉴定及确认

目的 鉴定及确认1名中国人的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序方法,通过软件分析该基因序列及与最相近HLA等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP基因分型结果显示该样品HLA-A谱型为与已知HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型;测序结果显示该样品HLA-A位点第2外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致.软件分析表明该基因序列与序列最相近的等位基因A*300101,在所检测的第1～3外显子中的差异只是在第2外显子区域产生了nt 294 C→A一个碱基替代,并导致相应的密码子98由GAC(D)→GAA(E).结论 该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA-A*3020.     

人类白细胞抗原新等位基因DRB1*1219的确认及其序列分析

目的 鉴定分析1个白血病患者家庭HLA-DRB1位点1个新等位基因.方法 应用PCR-序列特异性引物及Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相关的未知基因.应用DNA测序技术进行鉴定分析并与已知序列比对分析.结果 先证者DRB1位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的DRB1*120201相比,第2外显子第341位核苷酸碱基发生了C→T,结果导致相应85位密码子编码的丙氨酸变为缬氨酸.结论 测序表明被测样本含有1个HLA-DRB1新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1219(序列号EJ374889).

Abstract：

Objective To identify a novel HLA DRB1 allele in a Chinese leukemia family. Methods A new HLA-DRB1 allele was initially detected by polymerase chain reaction-sequence specific primer and unusual reaction pattern by Luminex RSSO, then DNA sequencing was performed to identify the sequence of the novel allele. Results The DNA sequencing revealed the presence of the new allele which differs from the closest macthing HLA- DRB1 * 120201 by a single nucleotide substitution at position (341 C→T in exon 2),resulting in an amino acid change from Ala to Val at coden 85. Conclusion A novel allele was confirmed by DNA sequencing and has been designated HLA-DRB1 * 1219 by the WHO Nomenclature Committee.     

新等位基因HLA-DRB1*12:02:10的序列分析及确认

背景:人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)个体遗传学差异的本质是在编码其抗原产物的基因水平上,各种诱导因素下所产生的新等位基因,在人群中的频率分布、抗原的血型血清学检测和生物学功能等均有待进一步研究.目的:HLA新等位基因HLA-DRB1*12:02:10的确认及序列分析.方法:采用...     

汉族人群中新等位基因人类白细胞抗原-DPA1*01:11的鉴定

背景：在群体遗传学研究中,发现一个样本人类白细胞抗原-DPA1位点结果异常,而国际上与人类白细胞抗原-DPA1等位基因相关的报道较少。 目的：鉴定一个人类白细胞抗原-DPA1*01相关的新变异等位基因。 方法：在群体遗传学研究中,采用PCR产物直接测序分型方法,对人类白细胞抗原-DPA1基因第2外显子进行双向测序。对出现异常分型结果的样本,进行分子克隆和单倍体测序。 结果与结论：发现一个样本的人类白细胞抗原-DPA1位点结果异常,经分子克隆和单倍体测序,检出了一个正常的人类白细胞抗原-DPA1*01:03和一个DPA1*01相关的新变异等位基因,该新等位基因的序列与DPA1*01:03的序列最接近,其差异是在第二外显子区域的242位碱基发生A>G的替换,并导致了相应的第50位密码子由CAA>CGA,编码的氨基酸残基由谷氨酰胺变成精氨酸。该等位基因为人类白细胞抗原新的等位基因,已被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原-DPA1*01:11(提交序列号HWS10015443)。     

新等位基因HLA-B*9526的确认和序列分析

目的 鉴定中国人群中人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*9526,并进行核苷酸序列分析.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现1个反应格局异常的等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出反应格局异常的DNA样本,经过克隆测序得到两个等位基因,分型结果一个为B*5403,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*1507基因序列相比在第3外显子区域中425位碱基发生A→G突变,导致142位编码氨基酸由酪氨酸变成半胱氨酸.结论 一个新的HLA-B等位基因被确认,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9526.     

Identification of a novel HLA-B allele HLA-B*9526 in a Chinese donor

A novel human leukocyte antigen-B (HLA-B) allele, B*9526, was identified. The B*9526 allele has one nucleotide change from the closest matching allele B*1507 resulting in an amino acid change from Y(TAC) to C(TGC) at codon 142.     

Identification of a novel HLA-B*40 allele, HLA-B*4071, by sequence-based typing

HLA-B*4071 allele shows six nucleotides difference from B*4005 allele in exon 3 at nucleotides 419A>T, 420C>A, 463C>A, 477C>G, 486G>C and 527A>T, resulting in three amino acid changes Tyr116Leu, Arg131Ser and Glu152Val.     

Identification of a novel HLA-B allele, HLA-B*5904

The new human leukocyte antigen (HLA) class I allele, HLA-B*5904 was identified in Japanese individual. HLA-B*5904 differs from HLA-B*5901 by two non-synonymous nucleotide exchanges at codon 163 (ACG to CTG).     

HLA新等位基因B*5618的序列分析

目的识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法、聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)方法以及基因测序分型(sequence-based typing,SBT)技术,发现1个与HLA-B*5610等位基因相近的未知等位基因。以基因特异性引物单独扩增B*56基因并对第2、3、4外显子进行双向测序,序列经BLAST验证并分析该基因与B*5610基因的核苷酸序列差异。结果该基因为新的等位基因,其序列已被GenBank接受(编号为EF016753)。新等位基因与最接近的B*5610相比,在第3外显子上有4个核苷酸的不同,即第379位C→G(密码子127CTG→GTG,氨基酸127Leu→Val);第412位A→G(密码子138AAC→GAC,氨基酸138Asn→Asp);第419位T→C、第420位A→C(密码子140TTA→TCC,氨基酸140Leu→Ser)。结论该等位基因为新的HLA-B等位基因,2006年9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5618。     

Identification of a novel HLA-B allele, HLA-B*3713, in a Chinese individual

A novel human leukocyte antigen (HLA) class I allele, HLA-B*3713, has been identified in a Chinese individual. The HLA-B*3713 allele differs from the closest matching allele B*370101 by one nucleotide substitutions in exon 3 at nt 527(T-->A), resulting in an amino acid change from Val (GTG) to Glu (GAG) at codon 152.     

HLA-DRB1*1218新等位基因克隆测序鉴定及内含子序列分析

目的 鉴定中国人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)DRB1基因,分析新等位基因第1和2内含子序列信息.方法 采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针反向杂交法(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)对广东地区随机正常人群进行HLA常规基因分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相近的未知基因,对先证者DNA应用组特异性引物扩增HLA-DRB1位点第2外显子,PCR产物经克隆到质粒载体中以获得单链,对克隆所得产物进行HLA-DRB1基因的第2外显子及第1和第2内含子双向测序分析.并与DRB1*120201基因序列的第2外显子和DRB1*03010101等位基因内含子相比较.结果 发现该个体的一个HLA-DRB1*080302基因被确认,而另一个HLA-DRB1基因为新等位基因,其序列被GenBank接受(编号为FJ481086).新等位基因与最相近的DRB1*120201相比,在第2外显子上有1个核苷酸的不同,即第262位G→C(密码子59 GAG→CAG,氨基酸59 Glu→Gln).DRB1*1218与DRB1*03010101等位基因第2内含子序列完全相同,而与DRB1*03010101等位基因第1内含子序列相比较有12个碱基不同.结论 发现并鉴定一个新的HLA等位基因,经世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1218.