西藏自治区1999～2002年儿童埃柯病毒7型分子流行病学分析

目的研究西藏自治区1999~2002年≤5岁儿童埃柯病毒7型(ECHO7)VP1区编码基因特征及其分子流行病学特点。方法选取1999~2002年从西藏自治区<15岁急性弛缓性麻庳(AFP)病例和≤5岁到儿童医院就诊儿童及部分健康儿童的659份粪便标本中分离的16株ECHO7病毒,进行核糖核酸(RNA)提取,VP1编码区逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),PCR产物的核苷酸序列测定和分析。结果1999年的标本分离到9株,2000年分离到7株,VP1区核苷酸序列测定结果证实,此16株经血清中和试验定型的病毒全部为ECHO7病毒。其它年份未分离到ECHO7病毒。16株ECHO7病毒VP1区基因全长都是876bp,翻译的氨基酸全长292aa。所测16株ECHO7病毒序列之间同源性为86.73~100.00%。所测序列和ECHO7原型株——Wallace株相比,同源性为77.85%~78.99%;和引起致死性脑脊髓炎的ECHO7变异株——UMMC株相比,同源性为81.67%~83.79%。所构建的ECHO7病毒遗传进化树将已知的ECHO7病毒划分为4个基因型,西藏自治区分离的ECHO7病毒独自形成1个基因型(D基因型)。结论首次报告的西藏自治区1999、2000年儿童中流行的ECHO7病毒为一个新的基因型(D基因型)。16株D基因型病毒划分为2个基因亚型D1、D2。1999年流行的为D1;2000年流行的为D2。西藏自治区1999、2000年ECHO7流行为不同的病毒亚型引起。2001~2002年未发现ECHO7的持续流行。     

我国柯萨奇病毒A组6型VP1区基因分子流行病学特征

  目的  分析我国2010―2018年柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CV-A6）毒株VP1区基因流行和进化规律,为手足口病的防治提供科学依据。  方法  从GenBank获得2010―2018年我国CV-A6病毒全长VP1区核苷酸序列,用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5（iTOLV5）软件构建进化树,用DNAstar V8.1.3软件对核苷酸同源性进行分析。  结果  880条序列来源的CV-A6毒株以D3亚型为主,占毒株总数的95.45%,不同基因型核苷酸同源性为80.8%~86.0%,同基因型内核苷酸同源性为88.1%~100.0%。D2亚型VP1区相对稳定,无整体氨基酸变异情况;而D3毒株VP1区发生多点氨基酸替换,其中A5T、T283A、N137S、V242I、A30V、I174V氨基酸替换循环出现,这种进化模式与越南地区相似,但与日本地区却不同。VP1区5T、30A、137N、242V比例逐年增加,可能与CV-A6引起我国手足口的轻症和重症病例比例上升有关。  结论  具有VP1区遗传多样性的CV-A6 D3株的出现可能是CV-A6在反复流行的一个重要因素,这有助于解释我国CV-A6的流行情况和流行特点。     

盐城地区柯萨奇病毒A组16型分离株VP1区基因分子生物信息学分析

目的 分析盐城地区柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1区蛋白结构和B细胞表位。方法 基于盐城地区2017年CVA16分离株J837 VP1区蛋白序列,采用分子生物信息学软件预测蛋白质理化特性、亲水性、二级结构和抗原表位等。结果 盐城地区CVA16分离株VP1区编码蛋白为亲水蛋白,无信号肽,有1个跨膜螺旋区域,二级结构以无规则卷曲为主,存在7个潜在的B细胞抗原表位。结论 本文成功预测了CVA16分离株VP1区蛋白二级结构和B细胞优势表位,为CVA16疫苗研研发提供了科学依据。     

人类埃柯病毒6的基因特征分析

目的 对来自10个国家和中国4个省不同时间分离的69株ECHO6病毒VP1区基因特征进行分析.方法 在GenBank,EMBL和DDBJ 3个基因库中进行BLASTN搜索,共得到69株ECHO6病毒基因可用,用Mega软件计算病毒基因同源性并构建基因进化树.结果 69株ECHO6病毒可分为4个基因型(基因型A～D),C基因型又可分为7个亚型,D基因型可分为8个亚型.不同毒株的核苷酸差异率为10.6％～ 24.5％(氨基酸差异率为0.8％～7.3％),不同基因型之间的核苷酸差异率为17.6％～ 22.4％(氨基酸差异率3.5％～6.6％).结论 ECHO6不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点.     

开封地区病毒性脑炎病原分离株Echo30的分子流行病学分析

目的研究开封地区2008年病毒性脑炎病原分离株Echo30VP1区基因特征及其分子流行病学特点。方法对开封地区2008年病毒性脑炎监测病例脑脊液标本中分离到的8株Echo30病毒进行VP1区全基因序列测定,与GeneBank上发表的ECHO30型VP1区进行同源性比较,通过构建进化树对其进行遗传进化分析。结果所测8株Echo30VP1区基因全长均为876bp,翻译的氨基酸全长292aa。8株病毒VP1区核苷酸同源性为92.8%～99.7%,氨基酸同源性为93.0%～99.7%;与GenBank相关毒株基因组序列比对显示开封地区2008年分离株均与江苏省2003年分离株同源性较高;进化分析表明属于第7组。结论 2008年开封地区Echo30分离株与2003年江苏省分离株亲缘关系最近,可能具有相同来源。     

一起疑似病毒性脑膜炎暴发病原学检测分析

目的 2014年10月浙江省金华市荣光小学发生疑似病毒性脑膜炎暴发疫情,为及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源。方法 开展流行病学调查,采集患者脑脊液和咽拭子样本6份,检测人类肠道病毒（HEV）核酸和分离病毒,对HEV分离株VP1基因测序,进行同源性与进化分析。结果 在全校328名学生中,发病7例,罹患率2.13%。患者年龄7~8岁;临床症状为发热、头痛、呕吐等;从5例患者6份样本中均检测到HEV核酸,其中3份脑脊液中分离到3株肠道病毒埃可30型（echovirus 30,E30）;新分离株与E30原型株之间VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为81.8%和91.8%~92.1%;进化分析显示：新分离株位于E30 G基因亚型分支上,与2013年浙江省CHN/ZJ/RA-72/13株亲缘关系最近。结论 引起2014年10月浙江省金华市荣光小学聚集性病毒性脑膜炎暴发疫情的病原为E30 G基因亚型病毒。     

埃柯19型病毒的鉴定及VP1区基因特征分析

[目的]研究河南省埃柯19型病毒分离株VP1区基因特征。[方法]从2009年手足口病例标本中分离病毒,提取RNA并逆转录,应用VPl区特异型引物扩增VPl区全长基因片段并进行序列测定、系统发生树构建和核苷酸同源性分析。[结果]从2009年河南省手足口病人标本中分离出的肠道病毒,其中一株VP1区扩增成功,VPl全基因序列测定和同源性比较分析表明,该分离株为埃柯19型肠道病毒,且与山东省2009年分离株同源性最高,达到97.3%。[结论]河南省手足口病原谱中存在埃柯19型病毒,并与山东分离株属同一分支。     

柯萨奇病毒A24型变异株VP1基因变异分析

目的:从分子水平探讨2002年-2008年柯萨奇病毒A24型变异株(Coxsackie virus type A24 vari-ant,CoxA 24v)VP1基因变异情况。方法:在GenBank基因库上下载26株2002年-2008年引起AHC的CoxA 24v病毒株VP1基因核苷酸和氨基酸全序列,分析各株之间核苷酸和氨基酸序列差异;并与CoxA24原型株Joseph株核苷酸和氨基酸序列进行比较。结果:各株之间VP1基因核苷酸全序列的同源性为94.3%～100%,氨基酸全序列的同源性为97.7%～100%;与Joseph株比较,核苷酸全序列的同源性为76.4%～77.9%,氨基酸全序列的同源性为90.5%～91.8%。结论:2002年-2008年CoxA 24v病毒株VP1基因在核苷酸水平上存在着一定的变异,在氨基酸层面上也存在变异,但变异幅度相对较小。     

昆明市手足口病病原构成及柯萨奇病毒A组6型基因特征分析（2016—2018年）

目的:了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况,阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）基因特征。方法:对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型（EV-A71）+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测,并对非EV-A...     

2018年济南市14株柯萨奇病毒A组6型VP1基因特征分析

目的 分析济南市导致手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)分离株VP1基因特征及氨基酸变异。方法 2018年济南市HFMD常规监测病例样本经实时荧光RT-PCR检测,随机选择部分CVA6核酸阳性样本进行细胞分离鉴定,扩增阳性分离株VP1基因序列并进行同源性比较、氨基酸变异及系统进化分析。结果 2018年共检测652份样本,其中CVA6核酸阳性率为47.85%（312/652）,远高于人肠道病毒A组71型（human enterovirus A 71, EV71）（7.06%, 46/652）和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16, CVA16)（8.44%,55/652 ）,为济南市HFMD最主要病原体。通过细胞分离成功获得14株CVA6病毒,经VP1基因系统进化分析显示,济南市CVA6分离株均为基因D5亚型,VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.2%~100%和98.0%~100%,与2017年广东株（GenBank 登录号MG385796、MG385815）、广西株（GenBank 登录号MH018512）、云南株（GenBank 登录号LC413143）及2014年江西株（GenBank 登录号KY913482）等亲缘关系较近。VP1蛋白主要存在V174I等位点变异,与国内流行的D5亚型基本一致。结论 2018年CVA6病毒为导致济南HFMD的主要病原,与广东、广西、云南和江西等省分离株亲缘关系较近,属于我国目前流行的基因D5亚型。     

埃可病毒30型所致无菌性脑膜炎爆发的血清流行病学分析

目的了解章丘市≤15岁健康人群埃可病毒30型(ECHO30)的人群感染情况。方法用中和抗体检测技术测定血清抗体水平。结果章丘市存在ECHO30所致无菌性脑膜炎的爆发,≤15岁健康人群中和抗体几何平均滴度(GMT)为1∶53.08,非常显著地高于非流行区的GMT(1∶32.45)。流行区中和抗体滴度集中分布在1∶64~1∶256(36.52%),年龄别抗体水平有差异,≥3岁人群随着年龄的增长,抗体水平呈下降趋势。非流行区人群血清中和抗体水平无年龄别差异。结论ECHO30所致疾病流行后,人群具有一定的免疫力;非流行区未出现该毒株所致疾病的流行。     

ECHO30所致无菌性脑膜炎暴发的病原学检测分析

[目的]明确引起无菌性脑膜炎暴发的病原体，从病原学角度探讨引起暴发的原因。[方法]按照WHO规定的标准方法进行病毒的分离、型别鉴定以及血清中和抗体试验；采用传统的技术测定分离株的生物学特性。[结果]43份大便标本共分离19株肠道病毒阳性株，阳性率44.12％，型别鉴定均为ECHO30；分离株具备强毒株的“D”特征；76.92％双份血清抗体呈4倍升高。[结论]2003年济南章丘市无菌性脑膜炎暴发的病原体为具备强毒株特征的ECHO30。     

2011年福建省德化县1起埃可病毒30型引起的脑膜炎暴发调查

[目的]查明德化县病毒性脑膜炎暴发的规模,明确发病病因、高危人群,提出针对性的控制措施。[方法]对2011年发生在德化县的病毒性脑膜炎暴发疫情进行现场流行病学调查和病原学检测。[结果]2011年1月1日至6月6日,合计发病104例,分布在9个乡镇,其中县城90例（占86．54％）,男性71例、女性33例,年龄3～14岁,5月63例（占58．33％）。卫生习惯得分,36例病人为19．61±2．85分,108名健康对照为24．07±2．73分（P〈0．01）。检测6例病人的咽拭子、肛拭子、脑脊液共10份,ECHO30病毒分离与核酸鉴定均阳性。[结论]此次病毒性脑膜炎暴发是由ECHO30所致,卫生习惯差是发病的重要原因。。     

1起埃可病毒6型所致无菌性脑膜炎暴发的血清流行病学调查

[目的]了解埃可病毒6型（ECH06）所致无菌性脑膜炎暴发流行后长汀县≤15岁健康儿童以及非流行区健康儿童的中和抗体水平。[方法]采集流行区和非流行区健康儿童血清,用微量板法测定血清中和抗体水平。[结果]流行区（长汀县）≤15岁健康儿童中和抗体GMT为1：62．17,显著高于非流行区（漳平市）的GMT（1：10．72）;流行区中和抗体阳性率为36．74％,非流行区阳性率为5．60％;ECH06在各年龄组间感染情况无显著差异（P〉0．05）。[结论]ECH06所致疾病流行后,人群具有较高的免疫力。     

一起由埃可病毒9型所致病毒性脑膜炎的暴发调查

病毒性脑膜炎是由各种病毒引起的中枢神经系统感染性疾病,其中以非脊髓灰质炎病毒（NPEV）最为常见,2009年7—10月,同心县发生一起不明原因的病毒性脑膜炎暴发,     

章丘市埃可病毒30型致无菌性脑膜炎暴发后健康儿童血清流行病学分析

目的 了解章丘市ECH030型致无菌性脑膜炎暴发1年后≤15岁健康儿童埃可病毒30型（ECH030）的人群感染情况。方法中和抗体检测技术测定血清抗体水平。结果章丘市存在ECH030所致无菌性脑膜炎的暴发，≤15岁健康人群中和抗体几何平均滴度（GMT）为1：53．08，显著高于非流行区的GMT（1：32．45）。流行区中和抗体滴度集中分布在1：64—1：256（36．52％），年龄别抗体水平有差异，≥3岁人群随着年龄的增长，抗体水平呈下降趋势。非流行区人群血清中和抗体水平无年龄别差异。结论ECH030所致疾病流行后，人群具有一定的免疫力；非流行区未出现该毒株所致疾病的流行。     

登革2型病毒浙江分离株的鉴定与分子流行病学研究

目的 为了对2004年浙江省报告的输入性疑似登革热病例查明病因，从分子水平分析流行毒株的生物学特征，追踪传染源，为疾病的预防控制提供实验室依据。方法 对疑似患者血清标本采用ELISA、IFA和荧光RT—PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸，并用C6／36和BHK-21细胞分离登革病毒。采用RT—PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后分别进行序列测定，并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果 从患者血清中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革2型病毒核酸，并分离到登革2型病毒；浙江省登革2型病毒分离株（ZJ／01／04）与登革2型国际标准株Jamaica、国内Fujian／10／99株和Saudi／92株在E基因上氨基酸的同源性分别为97．1％、99．2％和99．6％，而与登革1、3、4型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68．7％、66．9％和63．6％。基因进化树显示ZJ／OI／04分离株与Saudi／92株亲缘关系最近，在进化树的同一分支上。结论 从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革2型病毒引起，该毒株最有可能来源于沙特阿拉伯。     

福建省一起流行性腮腺炎爆发的病毒分离及基因特征分析

目的对福建省一起流行性腮腺炎(腮腺炎)爆发疫情进行病毒分离,了解其基因特征。方法应用非洲绿猴肾细胞分离病毒,逆转录-聚合酶链反应扩增小疏水蛋白(Small Hydrophobic Protein,SH)基因片段,测序并分析其基因特征。结果从爆发点采集的4例标本中,分离到3株腮腺炎病毒,均属于G基因型。此福建株与国内其他省流行的F基因型病毒株核苷酸差异性>9%,与S(上海,Shanghai)79疫苗株SH基因核苷酸差异17.6%,与1999～2005年英国流行的G2基因亚型病毒株核苷酸同源性最高(97.4%～99.8%)。结论此起爆发为G基因型腮腺炎病毒引起,是否为输入性病毒?目前在中国使用的疫苗所产生的抗体能否完全阻断?需进一步加强监测。     

浙江省2008年病毒性脑膜脑炎病原柯萨奇B组5型病毒VP_1区基因变异分析

目的研究浙江省2008年病毒性脑膜脑炎中分离到的柯萨奇B组5型病毒(Coxsackie Virus B5,CVB5)VP1区的基因特征,并与其他国家的分离株和CVB5原型株进行比较,探讨病毒VP1区的变异与病毒性脑膜脑炎流行的关系。方法用人喉癌上皮细胞和人横纹肌肉瘤细胞对脑脊液(Cerebrospinal Fluid,CSF)和粪便标本进行病毒分离,对分离到的病毒株提取核糖核酸,再用逆转录-聚合酶链反应扩增CVB5VP1区基因片段并进行序列测定,用DNA MAN和Bioedit等软件进行分析处理。结果从浙江省2008年病毒性脑膜脑炎患者CSF和粪便标本中,分离到的5株CVB5,其VP1区的核苷酸长度均为735bp,未发现核苷酸插入与丢失。与浙江(Zhejiang,ZJ)/12/02株氨基酸同源性最高为99.6%～100%,与法国等国外毒株的同源性为97.3%～99.6%,而与CVB5原型株的同源性只有96.3%。不同年份、不同地点分离的CVB5在进化树上显示在同一个分支上。结论2008年引起浙江省病毒性脑膜脑炎的CVB5的VP1区变异较小,引起的病毒性脑膜脑炎在局部地区散发,未发生明显的流行。