常染色体隐性遗传Alport综合征基因突变分析方法研究

目的 通过一例常染色体隐性遗传型Alport综合征患者家系的基因突变分析,探讨常染色体隐性遗传Alport综合征的基因诊断方法.方法 提取该患者外周血细胞的基因组DNA,应用基因组DNA PCR测序法对COL4A3和COL4A4基因各外显子进行突变筛查.对于基因组DNA序列异常者,从外周血细胞和EB病毒转染的细胞中提取总RNA,应用cDNA RT-PCR测序方法分析突变.同时在家系和正常人群中进行验证.结果 使用基因组DNA样本经PCR直接测序法检测到COL4A3基因上两个致病性新突变(IVS 39+1 G＞A剪接突变和c.1729-1737 de19bp缺失突变);经RT-PCR测序方法验证其与基因组DNA样本中检测到的突变一致,并证实剪接突变产生异常的转录产物.结论 基因组DNA PCR测序法和cDNA RT-PCR-测序法均检测到Alport综合征患者COL4A3的致病突变,两种方法结果一致;cDNA RT-PCR测序法因为其相对快捷,并且可以了解突变转录情况而优于经典的基因组筛查突变方法.     

营养不良性大疱性表皮松解症COL7A1基因诊断及产前诊断

目的 分析2个营养不良性大疱性表皮松解症(DEB)家系致病基因COL7A1基因突变位点,并在此基础上探讨COL7A1基因分析用于产前诊断的可行性.方法 应用全基因捕获新一代测序(NGS)对2013年10月和2014年4月在郑州大学第一附属医院就诊的2个DEB家系中2例先证者COL7A1基因进行全基因突变检测,获得变异序列后,针对所检出变异序列进行PCR扩增后Sanger双向测序对2个DEB家系中2例先证者及其父母和100名健康个体的COL7A1基因序列进行突变验证分析,确定致病突变后,对其中1个家系中的高危胎儿进行孕早期产前诊断.结果 共发现4种COL7A1基因突变:c.5230G ＞T (p.E1744X)、c.5932C ＞T (p.R1978X)、c.5605-10 T＞G(IVS66-10 T＞G)、c.8305-1G＞A(IVS110-1G＞A).其中p.E1744X、IVS66-10 T＞G和IVS110-1G＞A为国际首次报道的突变.家系1中先证者携带COL7A1基因p.E1744X和p.R1978X无义突变,父母分别为杂合突变携带者;家系2中先证者携带COL7A1基因IVS66-10T＞G和IVS110-1G ＞A剪接区突变,父母分别为杂合突变携带者;100名健康个体未检测到上述突变.家系1中产前诊断胎儿携带与其先证者相同的突变为受累胎儿,胎儿父母选择治疗性引产术后,取胎儿标本行基因诊断,结果与产前诊断相同.结论 COL7A1基因突变是该2个DEB家系的致病原因,NGS结合Sanger测序方法可以快速且准确地进行该病的基因诊断和产前诊断.     

CLN6基因复合杂合突变导致神经元蜡样脂褐质沉积症一家系遗传学研究

目的: 探讨一个常染色体隐性遗传神经元蜡样脂褐质沉积症（NCL）家系的遗传学原因。方法: 应用目标区捕获高通量靶向测序对先证者进行候选基因突变筛查,并通过PCR测序在先证者及其父母中对突变位点进行验证;RT-PCR及TA克隆测序考察上述两种突变是否影响剪接。结果: 测序结果显示先证者存在CLN6：c.486+2T>C和c.486+4A>T复合杂合突变,分别来自父母双方。RT-PCR及TA克隆测序提示两种突变均可导致两种异常剪接。结论: CLN6：c.486+2T>C和c.486+4A>T复合杂合突变很可能为该NCL家系患者的遗传学病因,新突变基因丰富了CLN6基因突变谱。     

血友病B家系的基因测序与高危胎儿的产前诊断

目的:对3个血友病B家系进行凝血因子Ⅸ(F9)基因突变分析,并对家系中的4个高危胎儿行产前诊断。方法:采用PCR反应和扩增后DNA直接测序技术对3个家系先证者及其家系成员F9基因的8个外显子进行序列分析,确定先证者及携带者的基因型后取羊水或绒毛进行产前诊断。结果:3个家系患者中均检出了F9基因突变,分别为G79R(c.10487G>A)、17788DelG、IVS2+4A>T(c.6493A>T)突变,其中,17788DelG为国内外首次报道的突变。女性携带者中检测出上述位点的杂合突变。家系1和家系2中行产前诊断的男性胎儿未携带F9基因突变,家系3中女性胎儿携带有IVS2+4A>T杂合突变,出生后随访均证实产前诊断的结果。结论:F9基因G79R、17788DelG、IVS2+4A>T是3个血友病B家系的致病性突变,应用基因测序技术可以对血友病B家系行有效的基因和产前诊断。     

一例β-地中海贫血病例中罕见基因突变的鉴定

目的 对海口市人民医院血液科一例47岁男性经临床检查存在贫血、脾大等症状的疑似β地中海贫血的先证者进行病因确诊,并对其家系成员进一步研究分析。方法 采用血常规、脾脏B超、血红蛋白电泳、跨越断点PCR （Gap-PCR）和高通量测序（next generation sequencing, NGS）技术对先证者和5名家系成员进行检测,评估他们贫血、脾脏肿大和基因突变等方面的情况,采用Sanger测序法对高通量测序所检测出的基因突变进行验证,并通过家系连锁分析确定所检测基因突变的遗传方式。结果 先证者同时检测出HBB:c.2T>G和HBB:c.-113A>G两种突变,其中HBB:c.2T>G为常见β突变,HBB:c.-113A>G为新的突变,其母亲及儿子均检出HBB:c.-113A>G杂合突变,其女儿检出HBB:c.2T>G杂合突变,除先证者外其他家系成员并未表现出明显的地贫症状。结论 HBB:c.2T>G杂合复合HBB:c.-113A>G杂合突变会加重β地贫的临床表现,进而表现出脾大症状,该基因突变的发现,丰富了地贫基因突变数据库。全面的检测技术应用于地贫常规检测对临床病人的病因确诊、治疗和遗传咨询都具有重要意义。     

一例β-地中海贫血病例中罕见基因突变的鉴定

目的对海口市人民医院血液科一例47岁男性经临床检查存在贫血、脾大等症状的疑似β地中海贫血的先证者进行病因确诊,并对其家系成员进一步研究分析。方法采用血常规、脾脏B超、血红蛋白电泳、跨越断点PCR(Gap-PCR)和高通量测序(next generation sequencing, NGS)技术对先证者和5名家系成员进行检测,评估他们贫血、脾脏肿大和基因突变等方面的情况,采用Sanger测序法对高通量测序所检测出的基因突变进行验证,并通过家系连锁分析确定所检测基因突变的遗传方式。结果先证者同时检测出HBB:c.2TG和HBB:c.-113AG两种突变,其中HBB:c.2TG为常见β突变,HBB:c.-113AG为新的突变,其母亲及儿子均检出HBB:c.-113AG杂合突变,其女儿检出HBB:c.2TG杂合突变,除先证者外其他家系成员并未表现出明显的地贫症状。结论 HBB:c.2TG杂合复合HBB:c.-113AG杂合突变会加重β地贫的临床表现,进而表现出脾大症状,该基因突变的发现,丰富了地贫基因突变数据库。全面的检测技术应用于地贫常规检测对临床病人的病因确诊、治疗和遗传咨询都具有重要意义。     

一个血小板减少伴桡骨缺失综合征家系的遗传学研究及产前诊断

  目的  对一个血小板减少伴桡骨缺失（TAR）综合征家系进行遗传学病因分析及产前诊断。  方法  采用染色体微阵列分析（CMA）、荧光定量聚合酶链反应（qPCR）和Sanger测序对一个TAR综合征家系进行基因突变分析。提取先证者、父母及姐姐4名家系成员的基因组DNA,行CMA、qPCR和Sanger测序,明确致病突变后对胎儿行产前诊断。  结果  先证者1q21.1存在378 kb杂合缺失,内含RBM8A等基因,RBM8A基因还存在c.-21G>A突变,上述突变分别遗传自父母。产前羊水CMA显示胎儿1q21.1存在378 kb微缺失,基因检测未见RBM8A基因c.-21G>A突变。  结论   RBM8A基因1q21.1杂合性缺失和c.-21G>A是本例TAR综合征家系的遗传学病因,为本家系的遗传咨询及产前诊断提供了依据。     

淋巴水肿-双行睫综合征一家系遗传学及临床表型分析

目的: 探讨一个淋巴水肿-双行睫综合征家系的遗传学原因。方法: 提取先证者（胎儿流产物）DNA行全外显子组测序,初步确定候选致病基因。收集先证者父母及其他家系共8位成员的外周血,通过PCR扩增及Sanger测序等行基因突变检测,并分析其与表型的相关性。结果: 先证者、母亲、外婆、舅舅、外舅公临床表现为双行睫或下肢静脉曲张,均存在FOXC2：c.595dupC杂合移码突变,其他无临床表型的受检者不存在该突变。结论: FOXC2基因c.595dupC杂合突变是该家系的遗传学病因,可导致常染色体显性遗传淋巴水肿-双行睫综合征,孕期表现为胎儿颈部透明带增厚、胎儿水肿,存在自愈可能。     

一个中国Gilbert综合征家系的临床和遗传学特征分析

目的 通过对1个中国Gilbert综合征家系成员临床特征分析,结合致病基因尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶1A1(UGT1A1)基因已知突变位点鉴定,了解该病临床发病特点和分子遗传学基础.方法 在长期追踪先证者基础上,抽取先证者及其家系成员外周血,进行肝脏生化学、病原学和UGT1A1基因突变位点检测,排除相关疾病,PCR扩增启动子和外显子常见突变位点,产物直接测序鉴定基因型.结果 在该家系中,检测到3个突变位点:c.-3279T＞G、TA插入和Gly71Arg,并且C.-3279T＞G和TA插入存在连锁不平衡,其中4例患者中3例为杂合突变,1例为纯合突变,胆红素水平与UGT1A1基因型和表型相关.结论 c.-3279T＞G、TA插入和Gly71Arg突变可能与中国人群Gilbert综合征发生相关,该家系基本符合常染色体隐性遗传方式.     

成骨不全家系Ⅰ型胶原COL1A1基因一个新RNA剪接突变位点的发现

目的:成骨不全(OI)又称脆骨病,是一种少见的遗传性骨病,临床表现主要包括骨密度降低、骨脆病增加、蓝巩膜、牙本质发育不全等,发病率约为1 : 10000报告1个成骨不全(OI)家系并检测Ⅰ型胶原基因(COL1A1和COL1A2)的突变位点.方法:家系患者均具有易骨折和蓝巩膜等特点,诊断为OI.提取外周血基因组DNA,对COL1A1和COL1A2基因的所有启动子、外显子以及外显子-内含子进行DNA测序.基因突变位点的杂合状态通过序列特异引物PCR(PCR-SSP)进行证实.结果:DNA测序显示, 2例OI患者COL1A1基因内含子27的5′端RNA剪接位点发生突变(c.1875+1G>A, 即 IVS 27+1 G>A),该突变与OI临床诊断一致.而家系中9名正常成员和50名健康对照者均未检测到该剪接位点突变.c.1875+1G>A在文献及胶原基因突变数据库均未见,为 OI患者COL1A1基因的新突变位点,PCR-SSP证实了内含子27的杂合性.结论:本研究在一OI中国家系发现了致病基因COL1A1新的RNA剪接位点突变(c.1875+1G>A),详细的分子及临床特征对认识OI患者遗传和表型异质性、进一步研究OI基因型-表型关系有作用.     

单纯型大疱性表皮松解症的角蛋白基因突变分析

目的检测单纯型大疱性表皮松解症(EBS)致病基因角蛋白5(K5)和角蛋白14(K14)基因突变,分析基因型和表型之间的相关性。方法采用PCR和直接测序法对中国汉族人3个EBS家系进行K5基因和K14基因的突变检测,以100例健康人作为正常对照。结果K5基因发现2个突变,一个为移码突变c.1649delG,另一个为错义突变c.508G>A;K14基因发现一个错义突变,为c.1237G>A;在正常对照中未发现上述突变。结论K5或K14基因突变导致该3个家系中患者发病。     

Molecular basis of von Hippel-Lindau syndrome in Chinese patients

Background  Von Hippel-Lindau (VHL) syndrome is an autosomal dominant familial cancer syndrome predisposing the affected individuals to multiple tumours in various organs. The genetic basis of VHL in Southern Chinese is largely unknown. In this study, we characterized the mutation spectrum of VHL in nine unrelated Southern Chinese families.

Methods  Nine probands with clinical features of VHL, two symptomatic and eight asymptomatic family members were included in this study. Prenatal diagnosis was performed twice for one proband. Two probands had only isolated bilateral phaeochromocytoma. The VHL gene was screened for mutations by polymerase chain reaction, direct sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA).

Results  The nine probands and the two symptomatic family members carried heterozygous germline mutations. Eight different VHL mutations were identified in the nine probands. One splicing mutation, NM_000551.2: c.463+1G>T, was novel. The other seven VHL mutations, c.233A>G [p.Asn78Ser], c.239G>T [p.Ser80Ile], c.319C>G [p.Arg107Gly], c.481C>T [p.Arg161X], c.482G>A [p.Arg161Gln], c.499C>T [p.Arg167Trp] and an exon 2 deletion, had been previously reported. Three asymptomatic family members were positive for the mutation and the other five tested negative. In prenatal diagnosis, the fetuses were positive for the mutation.

Conclusions  Genetic analysis could accurately confirm VHL syndrome in patients with isolated tumours such as sporadic phaeochromocytoma or epididymal papillary cystadenoma. Mutation detection in asymptomatic family members allows regular tumour surveillance and early intervention to improve their prognosis. DNA-based diagnosis can have an important impact on clinical management for VHL families. 

     

3个 VHL 综合征家族的基因检测及临床调查

目的：明确 von Hippel-Lindau 综合征(VHL 综合征)家族基因突变及临床表现特点,筛查出家族内基因突变携带者行临床筛查,综合家族发病特点行家族健康指导。方法通过流行病学调查,共3例先证者临床诊断 VHL 综合征。抽取先证者及家族自愿者外周血,应用聚合酶链反应(PCR)体外扩增得到 vhl 基因片段,通过测序得到基因信息;再对家族内具有 vhl 基因突变的携带者进行头颅 MRI、腹部 B 超等对全身多系统行临床筛查;综合家族发病特点给出家族健康指导。结果3例先证者均发现 vhl 基因发生突变,家族1中5例成员基因阳性,突变方式为外显子1 c.330C > A;家族2先证者外显子3488delC;家族3发现7例基因阳性者,突变方式为外显子1 c.233G > A。其中,家族成员1III3、3III1、3III4、3IV3确定为基因突变携带者,临床检查显示其中3例成员已发病,1III3表现为双肾多发囊肿,胰腺多发囊肿;3III1表现为胰腺多发囊肿;3III4表现为视网膜血管母细胞瘤、胰腺多发囊肿,视网膜血管母细胞瘤接受激光治疗。3IV3由于年龄较小,临床检查未见明显异常。所有基因携带者接受规范化随访。结论基因检测可早期确诊 VHL 综合征,临床上对 vhl 基因突变患者需进行严密随访,从而提高患者治疗效果、延长生存期或改善生活质量。     

A novel mitochondrial tRNA gene mutation in a chinese family with dilated cardiomyopathy and sensorineural deafness

Objective： To determine whether a mutation of mitochondrial DNA induces familial dilated cardiomyopathy in Chinese families with cardiomyopathy, and analyzed the correlation between the genotype and phenotype. Methods： Affected members in three Chinese families of the familial dilated cardiomyopathy underwent clinical evaluation and DNA analysis. Polymerase chain reaction and direct DNA sequencing were used to screen for mitochondrial DNA mutation. The type of mtDNA variations and clinical situation were analysed on the patients with mitochondrial DNA mutation. Results： The mitochondrial A3434G mutation was identified in one of the three families,the 3434 th nucleotide A was replaced by G, which led to change of amino acid. No mutations were identified in the clinically unaffected members of the family and all members of the other two families. Conclusion： This study indicates that the mitochondrial A3434G mutation maybe related with familial dilated cardiomyopathy and deafness.     

目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症基因诊断中的应用

 目的  评估目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)基因诊断中的应用价值。方法  采用目标区序列捕获及第二代测序技术对9例经典型PKU患者的苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)基因进行检测;采用Sanger测序技术对患者及其父母基因突变型进行验证。结果  9例患者检测到PAH基因的12种致病性突变,包括7种错义突变(p.I65T、p.F161S、p.Q204C、p.R241C、p.L242F、p.R243Q和p.Q375E),2种无义突变(p.R111X和p.Y356X),3种剪接突变［c.442 1G>A(IVS4 1G>A)、c.1315+6T>A(IVS12+6T>A)和c.1316 2A>C(IVS12 2A>C)］,以及3种非致病性的变异(p.Q232Q、p.V245V和p.L385L),致病性突变均来自患者父母。其中,2个致病性突变未见报道,分别为c.1316 2A>C和p.Q375E(CAA >GAA)。结论  目标序列捕获二代测序可以准确检测出PAH基因突变,对遗传病因明确的疾病具有一定的临床应用价值。     

遗传性对称性色素异常症的基因突变分析

目的检测遗传性对称性色素异常症（DSH）ADAR基因的突变,分析基因型与表型之间的相关性。方法调查中国安徽省汉族人的5个DSH家系、3个散发病例,用直接测序的方法对其进行ADAR基因的突变检测。结果发现了8个杂合突变,其中5个是新发现的（c．982C〉T,c．1491insA,c．2568_2571delTAAC,c．2969C〉G,c．3040G〉T）,3个是曾经报道过的（c．3203—2A〉G,c．3247C〉T,c．3286C〉T）。结论到目前为止,共发现48个DSH的A-DAR基因突变,推测ADAR基因的突变热点可能位于ADEAMc区域。ADEAMc区域是ADAR蛋白发挥腺苷脱氨酶作用的重要区域,但目前尚未发现基因型和表型之间的明确相关性。     

DelD631:多发性内分泌腺瘤病2A型RET原癌基因的一个新突变

目的 检测一个多发性内分泌腺瘤病2A型（MEN2A）家系中RET原癌基因突变情况,以探寻该家系发病的分子机制。方法一个MEN2A家系,包括先证者两代人共22位成员的大家系。提取该家系22位成员外周血基因组DNA,扩增先证者RET原癌基因的外显子10、11,进而对纯化后的PCR产物直接测序,并进一步进行克隆测序,判定变异的位点及编码氨基酸序列的变化,测得突变所在的外显子后,将其余几例患者及其亲属相应外显子的扩增产物进行测序。结果 4例MEN2A患者均存在13631密码子（GAC）的杂合缺失,碱基序列由TGC^∧GACGAGCTG变为TGCGAGCTG,导致代表天冬氨酸的13631的缺失,即delD631;4例患者中Ⅱ6的一级亲属（Ⅲ10）为该基因突变携带者。克隆测序发现的突变点与Cariff医学遗传学院人类基因突变数据库收录的MEN2A相关的RET原癌基因突变比较,确定为新突变点。结论 本研究MEN2A家系存在外显子11的13631杂合缺失突变,是国内外报道的首个RET原癌基因13631缺失突变。临床表现特点：相对于半胱氨酸位点突变,其发病年龄迟,肾上腺嗜铬细胞瘤可早于甲状腺髓样癌发生。     

1552例中重度感音神经性聋患者SLC26A4基因外显子7和8序列测定及热点突变分析

目的 调查全国21个地区聋哑学生SLC26A4基因热点突变及其发病频率,由此分析和推测中国人大前庭水管综合征的流行病学状况。方法调查对象来自全国21个省市自治区的聋哑学校学生1552例,其中汉族1290人,维吾尔族69人,回族37人,蒙古族31人,其他125人来自彝族、壮族、白族、苗族等18个民族,所有受检患者均采集外周血并提取DNA,以序列分析方法检测SLC26A4基因IVS7~A〉G突变及其他位点突变情况。结果 SLC26A4基因外显子7＋8序列分析结果显示1552例来自全国各地的耳聋患者中199例携带外显子7＋8及内含子7的突变,其中83例携带IVS7-2A〉G纯合突变,114例携带IVS7-2A〉G杂合突变,另有2人分别携带此区域内的其他位点突变;IVS7-2A〉G总检出率达到12．7％（197／1552）,其中1290例汉族患者中IVS7-2A〉G检出率达到14．3％,69例维吾尔族患者群中IVS7-2A〉G检出率为0。河北涿州高碑店、河南安阳患者群中的IVS7-2A〉G检出率均明显高于全国平均水平。结论通过SLC26A4基因热点突变的筛查发现在中国由SLC26A4基因突变引起的遗传性耳聋比例较高,揭示SLC26A4基因筛查和诊断在耳聋的病因学诊断中将起重要作用,并且在大规模耳聋患者的病因学筛查方面具有一定的优势。     

COL4A5基因c.4518_c.4519insC新突变所致X连锁显性遗传Alport综合征的分子遗传学及临床分析

目的通过对胶原蛋白Ⅳ型α5链（collagen type Ⅳ α 5 chain,COL4A5）基因进行分析,为1例X-连锁性遗传性Alport综合征家系的分子诊断和遗传咨询提供依据。探讨Alport综合征COL4A5基因移码突变谱及临床表型。方法应用全外显子组测序技术进行基因检测,应用Sanger测序法对候选致病变异进行验证。结果病人肾损害渐进展,出现肉眼血尿、肾病综合征,抗感染治疗后蛋白尿及肉眼血尿可缓解。先证者肾脏病理活检:病理表现为基底膜厚薄不一,致密层增厚,部分呈撕裂状和蛛网状。高通量测序和一代测序结果均提示病人COL4A5基因49号外显子存在c.4518_c.4519 insC（p.Gln1507Profs*14）的杂合变异;病人父母均不携带该变异。结论首次报道了COL4A5基因该位点的新生变异为病人的发病原因,丰富了COL4A5基因变异谱,为该X-连锁性遗传性肾炎家系的分子诊断及产前诊断提供了依据;对指导家族中母亲及女儿再生育,通过产前基因诊断或胚胎植入前遗传学诊断技术,阻断该疾病有重要意义。