海南地区484株结核分枝杆菌菌株基因型特征分析

目的 了解海南地区结核分枝杆菌不同基因型流行特征,探讨基因分型用于评价本地区结核病控制中的应用价值。方法 本研究选取海南医学院第二附属医院自2013-2016年所有培养阳性结核分枝杆菌484株,采用SNP和Gao等推荐的12位点可变数目串联重复序列（variable number tandem repeat, VNTR）进行基因分型。结果 2013-2016年期间,484株结核分枝杆菌菌株中,北京基因型菌株279株,占57.6%,非北京基因型菌株205株,占42.4%,北京基因型菌株中包括91株(32.6%)古代北京基因型和188株(67.4%)现代北京基因型。北京基因型所占比例在四年间无显著变化,从2013年的59.6%到2016年的57.6%。采用3个高变VNTR位点基因分型后,成簇菌株数为0。结论 海南地区结核分枝杆菌存在明显的VNTR基因多态性,主要流行株仍以北京基因型为主,北京基因型所占比例在四年期间无显著性变化,且菌株成簇率较低,提示近期传播率低。     

儿童结核病101例临床分离结核分枝杆菌多位点串联重复序列分型

目的 了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合.方法 采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTR analysis,MLVA)分型方法,选择标化的24个VNTR...     

应用VNTR分析方法对院内感染铜绿假单胞菌分子分型的研究

目的 探讨以多位点可变数目串联重复序列(VNTR)分析方法行多重耐药铜绿假单胞菌分子分型的效果。方法 选择2015年5月至2017年5月分离自本院13个病区的多重耐药铜绿假单胞菌78株,提取菌株DNA。在铜绿假单胞菌基因组中随机选择8个位点,以VNTR扩增物扩增菌株DNA,产物毛细管电泳。对扩增产物相对分子质量及菌株在不同位点的VNTR重复数进行计算,并实施聚类分析及同源性分析。结果 8个VNTR位点重复基序大小为7～128 bp,多态性指数为0.47～0.89,分布较为均匀;VNTR分析法将78株多重耐药铜绿假单胞菌分为5个群;6例患者不同分离株在8个位点重复数均一致。结论 在铜绿假单胞菌基因分型及溯源研究中VNTR分析法的应用价值高,可为控制院内感染提供依据及技术方法,需引起关注。     

可变串联重复序列分析在辽宁省结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的 了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析（variable number of tandem repeats,VNTR）的基因多态性及近期传播情况。方法 对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸（p-nitrobenzoic acid, PNB）培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌。采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验。以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型。利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算。采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行χ²检验;当理论频数<5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05。结果 经分析81株菌株可分为3个基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）,菌株数分别为1（1.23%）、4（4.94%）和76（93.83%）,其中最大的基因群为Ⅲ群。成簇率为4.94%（4/81）。近期感染率最小估计值为2.47%（2/81）。24个VNTR位点中有 5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差。结论 初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型（Ⅲ群）。     

辽宁省结核分枝杆菌可变串联重复序列体系的初步建立

目的 通过对24位点可变串联重复序列（Variable number of tandem repeats, VNTR）和日本12位点VNTR(日本JATA12位点)的应用,探索适合辽宁省基因分型的相关位点,初步建立本省的VNTR分型体系。方法 采用实验菌株为省级保存的2011—2013年采集自辽宁省14个市的75株菌株。以PCR为基础选取不同位点的引物28对（其中标准24位点与日本JATA12位点中共有的位点有8对）对相应目的片段进行扩增,最后用琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果 日本JATA12位点不适用于辽宁省的菌株,12 位点中的VNTR2074、VNTR3336和Qub15位点通过多次改变PCR条件进行实践仍未得出准确的条带（杂带过多或无目的条带）。标准的24位点中的全部24个位点均可通过实验得出清晰的条带,说明标准24位点的方法可以用于建立辽宁省结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型体系。75株结核分枝杆菌临床分离株的24个VNTR位点检测结果显示这些菌株均有明显的多态性,24个VNTR 位点的 Hunter-Gaston 指数从 0到 0.75,其中分辨力最高的位点是 MIRU26,分辨力最低的位点是 MIRU2。结论 辽宁省与日本虽同为北京基因型的主要流行地区,但辽宁省流行的北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。24位点MIRU-VNTR基因分型体系适用于本省,目前已初步建立我省VNTR基因分型位点体系,我们将通过进一步的实验精简位点,最终建立最适用于本省的精准VNTR基因分型体系。     

吉林省110株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型

目的：利用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型技术,了解近期吉林省结核分枝杆菌临床分离株基因型分布情况。方法：收集分离自吉林省2011-2012年不同市县来源患者标本的结核分枝杆菌分离株,提取基因组DNA,对12个数目可变串联重复序列（VNTR）位点进行扩增和产物电泳分析,使用Totalab软件对电泳条带进行数据化分析,使用BioNumerics（6.0）软件获得聚类分析结果。结果：对110株结核分枝杆菌临床分离株的12个VNTR位点进行检测,结果显示这些菌株有明显的多态性。12个VNTR位点中Hunter-Gaston指数能达到0.5以上的VNTR位点有9个,位点分辨能力最高的是MIRU26,最低的是MIRU20。基于12个位点的聚类分析,110株分离株可分为6个基因型群,其中分布最多是5群,占34％;其次是1群,占15％。分布最多的5群主要流行于吉林省通化市和松原市等地区。结论：吉林省流行的菌株存在着明显的遗传多态性;不同市县分布的主要基因型群存在差异,表明吉林省内不同地区结核分枝杆菌基因型的流行趋势不同。     

DNA结构多态性在法医血液遗传学中的应用

法医血液遗传学是应用分子遗传学的理论及技术研究并解决司法实践中的血液及其它组织标本的司法鉴定的一门法医学分支学科.其研究范围包括遗传物质的本质、遗传物质的传递及遗传信息的实现,所采用的技术为DNA多态性分析技术,即利用遗传标记的多态性对生物检材进行种类、种属、表型的鉴别及亲子鉴定.遗传标记的发展大致可以分为限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphisms,RFLP )、可变数目串联重复(variable number tandem repeat,VNTR)(主要指小卫星DNA),短串联重复(short tandem repeat,STR)(主要指微卫星DNA)三个阶段.过去常用的遗传标记是红细胞血型、红细胞酶型、血清蛋白型、唾液蛋白型及人类白细胞抗原系统等.     

中国结核分枝杆菌谱系2群体遗传学研究

目的 研究中国流行的结核分枝杆菌谱系2的遗传结构和地理分布,为制定结核病防控策略提供科学依据。方法 采用标准15位点分枝杆菌散在重复单位-数目可变串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）技术对来自全国31省市抽样调查的2 900株结核分枝杆菌谱系2进行基因分型。基于上述菌株15-VNTR数据,采用贝叶斯聚类法STRUCTURE进行群体遗传结构分析;构建邻接（Neighbor-Joining,NJ）树和最小生成树（Minimum Spanning Trees,MST）进行群体遗传分化分析。运用主成分分析（principal component analysis,PCA）验证。结果 STRUCTURE分析显示谱系2可分为4个亚群;MST拓扑结构提示亚群2位于奠基者位置,较古老;其他亚群（亚群1、3、4）位于分枝位置,较现代。亚群2主要分布于西南地区和东北三省;亚群1,3,4主要分布于我国东中部地区,推测由于人口的迁徙,造成菌株间遗传距离较近,由东北地区向东中部地区传播。主成分分析显示4群菌株分化不明显。结论 结核分枝杆菌谱系2可分为4个亚群,各亚群的遗传地理分布不同,上述结果对制定我国精准结核病防控策略将产生积极影响。     

厦门市82株结核分枝杆菌MLVA基因分型分析

目的分析厦门市结核分枝杆菌的分子流行病学特征,为肺结核病控制提供科学的分子流行病学等信息。方法选择15个可变数目串联重复位点（Variable number tandem repeats,VNTR）位点,对来源于厦门市的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用BioNumerics（Version4.5）软件进行聚类分析。结果82株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ等6大基因群,以Ⅰ群为主,包含63（76.8%）个株菌;流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ,常驻人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ;流动人口与常驻人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主。Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无统计学意义（P〉0.05）。结论初步证实厦门市结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,流动人口与常驻人口流行株均以Ⅰ群流行为主,应加强此类菌株流行的监控。     

河南省尉氏县结核分枝杆菌的基因型流行特征及耐药性

目的:探讨河南省尉氏县结核分枝杆菌的可变数目串联重复序列(VNTR)基因型流行特征和耐药情况。方法:河南省尉氏县结核病防治机构分离培养的257株结核分枝杆菌,采用比例法药敏试验检测其耐药情况。应用RD105缺失基因检测法鉴定北京家族基因型菌株,7个结核分枝杆菌VNTR基因位点对结核分枝杆菌进行分型,并对其分型结果进行聚类分析。结果:北京家族基因型占90.7%(233/257);VNTR基因型显示明显的多态性。230个基因型聚类分析主要分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),其中Ⅲ群包含152基因型(59.1%),为优势基因型;耐多药结核分枝杆菌占8.9%(23/257),任意耐药占24.5%(63/257),北京家族基因型与非北京家族基因型菌株以及主要流行(Ⅲ)群与非主要流行群中耐药株分布比较,差异无统计学意义(χ2=2.412、1.954,P>0.05)。结论:河南省尉氏县北京家族基因型结核分枝杆菌为主导流行型;7位点VNTR基因分型存在4个基因群,主要流行群为Ⅲ群;耐药形势仍不容乐观。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定非结核分枝杆菌及药敏试验分析

  目的  研究非结核分枝杆菌(NTM)基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分型结果,比较不同NTM菌种耐药情况,为临床合理用药提供依据。  方法  回顾性分析2019年3月—2021年6月绍兴市区结核病定点医院(绍兴文理学院附属医院)NTM菌株相关资料,将来源为相同患者的菌株资料排除后,剩余128株NTM菌株,用MALDI-TOF MS技术对NTM菌种进行分型,同时进行基因测序分型,以基因测序分型结果为金标准,计算出MALDI-TOF MS技术分型结果的准确率,并对分型后排名前三的NTM进行药敏试验分析。  结果  MALDI-TOF MS技术对NTM分型结果的准确率为98.4%。胞内分枝杆菌对阿米卡星、克拉霉素、利奈唑胺、莫西沙星和利福平的敏感率分别为98.5%、89.4%、86.4%、83.3%和62.1%;鸟分枝杆菌对阿米卡星、克拉霉素、利奈唑胺、莫西沙星和利福平的敏感率分别为100.0%、92.9%、100.0%、82.1%和89.3%;两者对米诺环素的耐药率分别为90.9%、82.1%。堪萨斯分枝杆菌对阿米卡星、克拉霉素、利福平的敏感率分别为100.0%、100.0%、95.2%。  结论  MALDI-TOF MS技术对NTM分型的准确率高,胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌,这3种NTM对阿米卡星和克拉霉素的敏感率高,阿米卡星和克拉霉素可作为临床治疗NTM的首选药物。      

某矿区尘肺结核与单纯肺结核分离株的基因型比较

目的比较某矿区尘肺结核与单纯肺结核分离株的基因型差异。方法42株结核分枝杆菌分离自某矿区的尘肺结核和肺结核患者,其中尘肺结核16株,单纯肺结核26株。采用MIRu技术和BioNumerics3．0聚类分析软件进行基因分型和成簇性分析。结果12个MIRU位点多态性分型结果表明,尘肺结核与单纯肺结核分离株在第26、40MIRU位点的基因多态性较高,聚类分析结果证实两者的分离株具有不同的成簇性特征。结论提示煤工尘肺结核患者中流行的结核杆菌可能具有独立性。     

华东部分农村地区结核分枝杆菌的VNTR-MIRU分子特征

 目的  评价VNTR-MIRU分型方法在结核病流行病学中的应用,并描述华东部分农村地区结核分枝杆菌的基因型分布及成簇特征。方法  对浙江省宁波市鄞州区及江苏省盐城市阜宁县从2009年6月1日至2010年11月31日登记的结核病患者的结核分离菌株采用VNTR-MIRU方法进行分型,通过Hunter-Gaston指数(HGI)及遗传差异值(h)对MIRU位点进行分辨力及遗传差异性评价,同时进行问卷调查以收集患者的社会人口学及临床治疗信息。结果  在297株结核杆菌分离株中发现了281种基因型,近期传播比例为5.4%,MIRU位点组合的分辨力(HGI)为0.9995,7个位点的分辨力大小依次为:VNTR3820>Qub18>Qub11a>MIRU26>Qub11b>Mtub21> Qub26,位点的h大小排序与分辨力的大小排序相同,遗传差异性最大的位点为VNTR3820 (h=0.8794),最小的为Qub26 (h=0.6613)。比较两个研究地区的结核枝杆菌成簇特征,阜宁县菌株成簇率为19%,而鄞州区无菌株成簇,均呈现“唯一”基因型,这种差异的产生很可能与当地的人口迁徙有关。结论  7位点VNTR-MIRU分型法对结核枝杆菌进行分型简便快速,而且具有较高的分辨力,适合于结核的大规模快速检测。我国华东农村地区结核的流行以既往感染复燃为主,并存在一定比例的近期传播。     

结核分枝杆菌基因分型及其耐药性分析

目的探讨四川地区结核患者结核分枝杆菌基因分型及其与耐药性关系。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对124株结核分枝杆菌的6个可变重复位点进行检测,并应用Gel-Proanalyzer3.0软件和BioNumerics（Version3.0）软件对检测结果进行基因型分析,同时分析其基因型与耐药之间的关系。结果124株结核分枝杆菌共分为37个不同的VNTR类型,成簇基因型占74.19%（92/124）,单一基因型占25.81%（32/124）。耐药菌株在成簇类型和单一类型的分布上存在统计学差异。结论四川地区结核患者的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,成簇类型是主要流行菌株,应加强流行结核菌株的监控。     

基于液质联用技术的南北产地桔梗药材皂苷谱差异研究

  目的  通过鉴定9个省(市)的57批桔梗药材中皂苷类成分, 绘制并比较南北产地桔梗药材皂苷谱。  方法  以UPLC-LTQ-Orbitrap-MS和LC-MS/MS法测定桔梗药材中皂苷类成分, 采用主成分分析(PCA)及正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA)处理样品数据。  结果  桔梗药材中共鉴定出48种皂苷, PCA及OPLS-DA均显示南北桔梗药材中皂苷有较好区分, 共发现23种差异皂苷。靶标定量结果显示南桔梗中桔梗皂苷D、去芹糖桔梗皂苷D、远志皂苷D及去芹糖桔梗皂苷D₂含量显著高于北桔梗。  结论  南北桔梗药材在皂苷成分上有着明显差异, 同时建立了快速、稳定的靶标定量方法, 可为桔梗药材质量控制提供参考。      

云南白族民家支系18个常染色体STR位点的遗传多态性

  目的  调查云南白族民家支系2 323个健康无亲缘关系个体18个STR基因座的遗传多态性,计算群体遗传学参数,建立云南白族民家支系群体的遗传学基础数据,为司法鉴定工作中的亲子鉴定和个体识别提供可靠的科学依据。  方法  收集2323份云南白族民家支系人群无关个体样本,采用DNATyperTM19试剂盒,进行直接PCR复合扩增,用AB 3130XL自动遗传分析仪进行毛细管电泳分离,用GeneMapper ID-X 1.5软件对分离的STR进行分型。使用Modified-Powerstats软件统计等位基因频率,进行Hardy-Weinberg平衡（HWE）检验,计算匹配概率等法医学参数。使用Arlequin软件计算Fst和P值。使用Phylip软件计算Nei’s遗传距离。使用SPSS软件进行多维尺度（MDS）分析。应用Mega软件构建相邻连接（NJ）系统发育树。  结果  18个STR基因座中共观察到230个等位基因和1073种基因型。除D13S317基因座不符合Hardy-Weinberg平衡（P = 0.0008）外,其余基因座等位基因频率和基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05/18 = 0.0028）。18个STR基因座的累积个人识别能力（CDP）达0.999999999,累积非父排除概率（CPE）达0.99999994055。Fst值、Nei's遗传距离以及NJ系统发育树的结果均提示,白族民家支系与云南布朗族和云南佤族相距较远,而与大理白族和怒江白族相距较近。  结论  上述18个STR基因座在云南白族民家支系群体中具有高度多态性,可用于司法鉴定和群体遗传结构研究。     

牙周病患者唾液代谢轮廓分析

  目的  利用代谢组学研究方法分析牙周炎患者唾液代谢轮廓，探讨牙周疾病相关代谢模式。  方法  采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）技术结合主成分分析（PCA）法和正交偏最小二乘法-判别分析（OPLS-DA）法，分别对牙龈炎患者、牙周炎患者和健康人群各10例唾液样本进行代谢组学研究，分析代谢轮廓迁移和牙周疾病进程相关性。  结果  牙龈炎患者、牙周炎患者和健康人群的唾液代谢轮廓存在明显差异，其中花生四烯酸、酪胺、L-精氨酸、胸腺嘧啶、N-乙酰氨基半乳糖硫酸盐、前列腺素E2、L-苯丙氨酸和5-氨基咪唑-4甲酰胺核苷酸（AICAR）等8个代谢产物在各组间差异显著。与健康人相比，AICAR在牙龈炎患者和牙周炎患者体内浓度较低，代谢趋势下调，其余代谢物的趋势均上调。  结论  唾液代谢谱随牙周病进程而变化，牙周病相关病原微生物和牙周组织代谢异常是牙周疾病发生发展和预后的机制之一。     

桔梗多糖对嗜黏蛋白阿克曼氏菌生长及代谢的影响

目的 探究桔梗多糖对嗜黏蛋白阿克曼氏菌(Akk菌)生长和代谢的影响。方法 将Akk菌与桔梗多糖进行体外共孵育,测定Akk菌的生长曲线;采用LC-MS/MS法测定Akk菌液中短链脂肪酸(SCFAs)的含量;采用非靶向代谢组学/脂质组学对Akk菌的代谢物进行检测和分析。结果 适量的桔梗多糖可以促进Akk菌的生长,增加Akk菌液中SCFAs的含量,尤其是丁酸;此外,桔梗多糖还可以调节Akk菌液中9类脂质和18种其它代谢物。结论 桔梗多糖可以促进Akk菌的富集并调节其代谢。为桔梗多糖作为Akk菌的益生元提供理论依据。     

牙周炎与慢性阻塞性肺疾病患者的唾液多肽组学分析

  目的  分析牙周炎（periodontitis, PD）与慢性阻塞性肺疾病（chronic obstructive pulmonary disease, COPD）患者唾液中与疾病相关的差异性表达多肽,寻找具有潜在诊断意义的生物标志物,为探讨COPD的早期防治开辟新视角。  方法  筛选PD患者10例（PD组）、PD伴COPD患者10例（PD伴COPD组）及健康对照人群8例（对照组）,收集各组临床资料及唾液样本。应用弱阳离子交换磁珠（weak-cation-exchange magnetic beads, WCX-MB）分离纯化唾液上清样本,应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS）系统获取样本生物学信息,进行多肽差异性质谱分析,筛选出组间差异性多肽,并通过液相色谱-质谱/质谱联用技术（liquid chromatography tandem mass spectrometry, LC-MS/MS）对差异性多肽进行鉴定。  结果  三组样本共检测出77个差异多肽峰,其中PD伴COPD组和PD组间显著性差异多肽峰10个,PD伴COPD组有8个多肽峰（1193.5、1836.2、1735.1、1321.3、1356.8、2086.8、1863.6、2230.9）表达增高,2个多肽峰（1067.3、1124.4）表达减低。其中1193.5、1356.8多肽峰被鉴定为富组蛋白1、颌下腺激素调节蛋白3B及唾液酸性富脯磷蛋白1/2。  结论  本研究通过WCX-MB和MALDI-TOF-MS分析出PD伴COPD患者唾液中存在与疾病相关的差异性表达多肽,筛选出的差异性表达多肽有望成为早期诊断COPD的辅助指标。