基于GEO数据库分析AURKB在膀胱癌中的表达及其临床意义#br# #br#

目的探讨基因表达汇编（GEO）数据库中膀胱癌组织的极光激酶B（AURKB）基因的表达情况及其与膀胱癌临床病理特征和预后的关系。 方法收集NCBI的GEO数据库的膀胱肿瘤公共数据集,下载膀胱癌组织AURKB表达数据和临床病理参数。分析AURKB表达与膀胱癌临床病理特征（性别、年龄、侵袭性、T分期、N分期、M分期和疾病分级）及复发转移和预后的关系,利用基因富集分析（GSEA）法分析受AURKB调控的相关基因。 结果AURKB 在膀胱癌组织中的表达水平为9621±0085,高于正常膀胱组织的7691±0059,差异有统计学意义（P＜005）;膀胱癌组织AURKB表达与性别、侵袭性、T分期、疾病分级和进展有关（P＜005）,与年龄、N分期、M分期和复发无关（P＞005）;AURKB高表达组的5年总生存率和5年肿瘤特异性生存率分别为52226％和70256％,均低于低表达组的70112％和90687％,差异有统计学意义（P＜005）。GSEA结果显示AURKB高表达样本富集了有丝分裂、E2F转录因子、G2M检查点、MYC信号通路、未折叠蛋白反应和有丝分裂纺锤体相关的基因集。 结论AURKB在膀胱癌中高表达,与膀胱癌的多个临床病理特征相关,且有作为判断膀胱癌患者预后的标志物和治疗分子靶标的潜能。     

利用GEO数据集分析USP51在胃癌中的表达及临床意义

目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,只保留临床资料和生存信息完整的患者病例,共收录胃癌患者295例。分析不同USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性,以及对胃癌预后的影响。采用基因集富集分析方法分析和预测受USP51调控的相关基因。结果:USP51表达水平与胃癌患者年龄、T 分期、pTNM分期及Lauren分型均有关（P均<0.05),与胃癌患者性别及N分期无关（P均>0.05）。随着USP51表达程度的增加,胃癌患者总生存时间(overall survival,OS)明显缩短（P＜0.001）。USP51高表达富集了黏着斑通路、钙离子信号通路、细胞黏附分子和细胞外基质等相关的基因通路（P＜0.05,FDR<0.25）。结论:在胃癌中,USP51高表达是一种预后不良因素,推测其可以作为判断胃癌患者预后的有效生物标志物以及治疗靶点。     

基于数据分析的NFASC与胃癌预后的关系及相关机制

目的:探讨NFASC在胃癌中的预后意义及相关机制。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编（Gene Expression Omibus,GEO）数据库中下载GSE62254胃癌数据集,分析NFASC表达与胃癌临床病理学参数的相关性及对预后的影响;利用Cox模型分析影响胃癌患者总生存期的因素并建立预后预测列线图模型;采用基因集富集分析(GSEA)方法预测NFASC参与的信号通路。结果: NFASC高表达的胃癌患者总生存时间（overall survival,OS）更短（P<0.05）,NFASC表达与患者年龄、T分期及Lauren分型相关（P均<0.05）。NFASC高表达富集了TGF-β信号通路、mTOR信号通路、MAPK信号通路和Wnt信号通路等与肿瘤细胞增殖密切相关的通路（P<0.05,FDR<0.25）。结论: NFASC是胃癌的不良预后因素,其表达可能成为胃癌预后预测生物标志物。     

利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义#br#

目的探讨基因表达汇编（GEO）及癌症和肿瘤基因表达图谱（TCGA）数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系。 方法利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数。分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期（OS）的关系;采用基因集富集分析（GSEA）预测SMARCA1相关的基因通路。 结果在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关（P=0022）,而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关（P＞005）。在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关（P＞005）。GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为364个月、894个月和未达（P=0001）;TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为237个月、294个月和562个月（P=0033）。GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了K Ras、Akt、BMI 1和mTOR通路等基因集。 结论胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物。     

利用公共数据集分析RRM2在肺癌中的表达及临床意义

摘 要：［目的］ 本研究通过基因表达汇编（gene expression omnibus,GEO）数据库探索核糖核苷酸还原酶M2（ribonucleotide reductase regulatory subunit M2,RRM2）在肺癌中的表达情况,探讨RRM2在肺癌发生发展过程中的作用。［方法］ 在美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）公共基因芯片数据库中检索并下载肺癌数据集,结合临床信息对芯片数据进行分析。利用基因集富集分析分析RRM2可能参与的信号通路以及生理过程。 ［结果］ RRM2表达水平与性别、吸烟史、分化程度、AJCC T分期、AJCC N分期、病理类型相关（P<0.05）;同时,RRM2表达水平与肺癌患者的总体生存和复发相关（P<0.05）。RRM2高表达的肿瘤样本富集了细胞周期调控、错配修复基因、氧化磷酸化、蛋白酶体、p53信号通路、Toll样受体的基因集。［结论］ RRM2与肺癌患者的临床病理特征相关,可能为潜在的判断肺癌患者预后的指标及治疗肺癌的靶点。     

基于生物信息学分析ITGA2在胰腺癌组织中的表达及机制

目的:探讨整合素亚基α2（integrin alpha-2,ITGA2）在胰腺癌组织中的表达及作用机制。方法:从GEO基因芯片数据库下载GSE28735的芯片数据分析ITGA2的表达;从TCGA数据库搜索有关ITGA2临床样本表达的数据,分析不同ITGA2表达与胰腺癌临床病理参数的相关性;利用GEPIA在线数据库分析ITGA2对胰腺癌预后的影响;最后,运用基因富集分析探究ITGA2在胰腺癌中的可能作用机制。结果:ITGA2基因在胰腺癌组织中的表达量高于癌旁组织（P＜0.000 1）,ITGA2基因的表达与胰腺癌患者年龄、T分期、肿瘤的恶性程度G分级具有相关性（P＜0.05）。ITGA2高表达胰腺癌患者的总体生存期（P＜0.05）和无病生存期（P＜0.05）较差。GSEA结果表明:ITGA2基因主要与顶端连接（P=0.021）、E2F转录途径（P=0.036）、mTORC1信号通路（P=0.018）、糖酵解途径（P=0.032）、PI3K/AKT/mTOR信号通路（P=0.028）、G2/M细胞周期检查点（P=0.034）等信号通路有关。结论:ITGA2在胰腺癌组织中表达上调并且与胰腺癌不良的预后相关,其可以作为胰腺癌有效的预后标志物和潜在治疗靶点。     

TPX2在非肌层浸润性膀胱癌中的表达及其临床意义

目的： 研究Xklp2靶蛋白（TPX2）在非肌层浸润性膀胱癌中的表达及其临床意义。方法： 通过挖掘GEPIA数据库中的研究数据,对TPX2 mRNA在膀胱癌组织中的表达及其与患者生存的关系进行分析;采用免疫组织化学染色检测TPX2蛋白在60例非肌层浸润性膀胱癌石蜡标本组织中的表达,并分析其表达与肿瘤临床病理指标和患者预后的关系。结果： GEPIA数据库分析提示TPX2 mRNA在膀胱癌组织中的表达较正常组织升高（P<0.05）,且TPX2 mRNA高表达组患者的无病生存率较低表达组患者降低（P<0.05）;免疫组织化学染色检测结果显示TPX2蛋白在非肌层浸润性膀胱癌组织中的阳性表达率为75%（45/60）,而在对应的基底组织中,TPX2蛋白表达均为阴性,二者之间的差异具有统计学意义（P<0.01）;且TPX2的表达水平与患者肿瘤数目、肿瘤直径、病理分级及术后复发等病理指标有关（P<0.05）,生存分析提示TPX2高表达的膀胱癌患者的生存期较低表达者短（P<0.05）。结论： TPX2在非肌层浸润性膀胱癌中表达上调,且其表达水平较高的患者预后较差,TPX2可能作为预测非肌层浸润性膀胱癌患者预后的肿瘤标记物。     

GRSF1 在结肠癌组织中的表达及其与预后的关系

目的:本研究旨在讨论富含鸟嘌呤的序列结合因子1（G-rich RNA sequence binding factor 1，GRSF1）在结肠癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。方法:从基因表达综合数据库（GEO，包括GSE39582、GSE110225、GSE113513三个数据集)以及癌症基因组图谱(TCGA)中下载相关数据，收集565例结肠癌组织的基因表达谱以及相关临床数据，利用Graphpad prism 5分析GRSF1在结肠癌与癌旁组织中的表达情况，并将其分为GRSF1低表达组(n=396)及GRSF1高表达组(n=169)。利用IBM SPSS Statistics 25对样本中GRSF1基因表达数据及对应的临床信息进行统计分析。计量资料和计数资料的组间比较分别采用t检验和χ2检验; 生存分析采用 log-rank 检验; 生存资料单因素及多因素分析采用Cox比例风险模型。利用基因集富集分析（gene set enrichment analysis，GSEA）预测GRSF1可能的相关功能及基因通路。结果:TCGA、CPTAC及GEO数据库分析提示，与正常组织相比，结肠癌组织GRSF1的mRNA及蛋白表达水平显著高于癌旁组织（P＜0.000 1）。GRSF1 表达水平与T分期(χ2=5.797,P=0.016)、M分期(χ2=7.365,P=0.007)、N分期(χ2=6.664,P=0.010)、临床TNM分期（χ2=4.264,P=0.039）有关，GRSF1高表达组总生存率及无复发生存率显著高于GRSF1低表达组（P=0.031,P=0.039）。Cox单因素分析结果显示，结肠癌患者预后和GRSF1表达水平(P=0.001)、T分期(P=0.002)、M分期( P=0.000)、N分期(P=0.000)、临床TNM分期（P=0.000）相关; Cox多因素分析结果显示，结肠癌患者预后与GRSF1表达水平(P=0.033)、T分期(P=0.012)、M分期(P=0.000)、临床TNM分期（P=0.023）相关。基因相互作用分析热图提示，与GRSF1正相关的基因中，EIF4E（r=0.854 2）、LARP1B(r=0.847 6)、ABCE1(r=0.843 0)、SRP72(r=0.839 5)、MRPL1(r=0.829 3)关联较为密切(P＜0.000 1,FDR<0.000 1)；与GRSF1负相关的基因中，RAB11B(r=-0.727 4)、E4F1(r=-0.715 7)，KLHL36(r=-0.710 9)、CORO1B(r=-0.709 5)、WDR24(r=-0.704 0)关联较为密切(P＜0.000 1,FDR<0.000 1)。基因富集分析结果显示，GRSF1高表达样本富集于核糖体构成（P=0.000，FDR=0.000）、RNA催化活性（P=0.000，FDR=0.000）、氧化磷酸化（P=0.000，FDR=0.000）等基因集。结论:GRSF1高表达与结肠癌患者预后不良相关，可作为结肠癌患者判断预后、早期诊断的潜在生物标志物以及早期治疗的分子靶点。     

膀胱癌中TFAP2C的表达及预后相关性分析

目的:应用生物信息学方法和实验验证确定转录因子TFAP2C在人类膀胱癌中的作用。方法:通过TCGA、Oncomine、GEPIA、The Human Protein Altas和Kaplan-Meier Plotter等数据库获得膀胱癌患者TFAP2C的转录信息和生存数据,分析TFAP2C在膀胱癌组织中的表达水平及与预后的关系。在si-TFAP2C转染膀胱癌5637细胞后,利用CCK8和划痕实验检验TFAP2C在膀胱癌细胞中的作用。用STRING数据库构建蛋白互作网络,用R软件对网络中的基因进行GO和KEGG富集分析,通过R软件将TFAP2C在TCGA膀胱癌样本中的表达情况进行GSEA富集分析并作免疫细胞浸润相关性分析。结果:TFAP2C在膀胱癌组织中高表达,且其高表达预示着膀胱癌患者的总体生存率较差（P＜0.05）。划痕和CCK8实验证明了TFAP2C可促进膀胱癌细胞的增殖和迁移(P＜0.05)。GSEA结果显示,TFAP2C的高表达样本富集于蛋白质分泌、有丝分裂纺锤体、PI3K/AKT/mTOR信号通路和mTORC1信号通路(FDR<0.1,|NES|>1,P＜0.05)。KEGG信号通路分析显示:TFAP2C与相关基因主要通路富集于ErbB信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性和膀胱癌等(P＜0.05)。GO功能富集分析显示:TFAP2C与相关基因的生物学过程主要富集于转录共激活因子活性、转录辅助调节因子活性和表皮生长因子受体结合等(P＜0.05)。结论:TFAP2C在膀胱癌中起促癌作用,表达水平上调和预后不良有关,TFAP2C可能是判断膀胱癌预后的生物标志物。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

Pharmacogénétique des fluoropyrimidines. La méthylènetétrahydrofolate réductase

Résumé: Lefficacité optimale des fluoropyrimidines nécessite des concentrations élevées en 5-10 méthylènetétrahydrofolate (CH₂FH₄), contrôlées par la méthylènetétrahydrofolate réductase (MTHFR) qui convertit irréversiblement le CH₂FH₄ en 5-méthyltétrahydrofolate (CH₃FH₄). Les polymorphismes 677CT et 1298AC du gène MTHFR sont associés à une baisse dactivité de lenzyme. Les tumeurs «MTHFR mutées» devraient donc être plus sensibles aux fluoropyrimidines que les tumeurs «MTHFR sauvages». Les études expérimentales et cliniques publiées à ce jour tendent à montrer une plus grande sensibilité au 5-FU (associé ou non à lacide folinique) dans les tumeurs MTHFR mutées par rapport aux tumeurs sauvages. Ces résultats montrent la nécessité de poursuivre ces recherches afin de confirmer limpact de ces polymorphismes sur lefficacité des fluoropyrimidines.     

Oncogénétique et psycho-oncologie, une collaboration recommandée...

Résumé: La possibilité depuis 1994, de connaître la probabilité individuelle de développer certains cancers a permis de proposer de nouvelles modalités de prévention, de traitements et contribué au développement actuel de loncogénétique. Une meilleure connaissance des répercussions psychologiques tant pour les patients que pour les apparentés est désormais possible et limplication des psycho-oncologues dans ce cadre de la réalisation des tests prédictifs, recommandée. La mission de «messager» qui incombe au «cas-index» doit faire lobjet dune attention particulière. La complexité de linformation et la dimension paradoxale que peut avoir parfois la communication à propos des choix, rend difficile lévaluation de la qualité du consentement. La situation particulièrement délicate dune aide à la décision à légard de la chirurgie prophylactique, exige une collaboration étroite des généticiens et des psycho-oncologues.Les soins de support en oncologie     

The role of papillomaviruses in human cancers

This review comprehensively evaluates the influence of gene-gene, gene-environment and multiple interactions on the risk of colorectal cancer (CRC). Methods of studying these interactions and their limitations have been discussed herein. There is a need to develop biomarkers of exposure and of risk that are sensitive, specific, present in the pathway of the disease, and that have been clinically tested for routine use. The influence of inherited variation (polymorphism) in several genes has been discussed in this review; however, due to study limitations and confounders, it is difficult to conclude which ones are associated with the highest risk (either individually or in combination with environmental factors) to CRC. The majority of the sporadic cancer is believed to be due to modification of mutation risk by other genetic and/or environmental factors. Micronutrient deficiency may explain the association between low consumption of fruit/vegetables and CRC in human studies. Mitochondrial modulation by dietary factors influences the balance between cell renewal and death critical in colon mucosal homeostasis. Both genetic and epigenetic interactions are intricately dependent on each other, and collectively influence the process of colorectal tumorigenesis. The genetic and environmental interactions present a good prospect and a challenge for prevention strategies for CRC because they support the view that this highly prevalent cancer is preventable.     

Antifungal combination therapy in localized candidosis

A mouse model of localized candidosis in air-filled subcutaneous cysts imitating thrush has been developed. We have now tested various antifungal combinations in this animal model. Flucytosine (5-FC) + amphotericin B (Amph B) showed the highest efficacy, a clear additive or even synergistic effect was seen. The combination of 5-FC + imidazole or triazole derivative was less efficacious, an additive effect was rare. The combination of 5-FC + Amph B was also tested against Candida albicans strains showing various degrees of 5-FC-resistance. A significant reduction in 5-FC-resistant mutants was seen after the treatment with the combination.     

裘法祖教授生平

Prof.Fazu Qiu,member of the Chinese Communist Party,surgery professor of Tongji Hospital,departed in Tongji Hospital,Wuhan,China,at fourteen to nine a.m,June 14,2008,after a disease.He turns 94 this year.He was the senior academician of the Academia Sinica,the illustrious medical scientist of China,and the Honorary Director of Tongji Medical College,as well as Huazhong University of Science & Technology.     

PSA-Test zur Früherkennung des Prostatakarzinoms

Zusammenfassung Prostatakrebs ist hierzulande seit einigen Jahren die häufigste Krebserkrankung bei Männern. Da über die Ätiologie wenig gesichertes Wissen vorliegt und daher kaum Möglichkeiten zur primären Prävention bestehen, konzentrieren sich die Anstrengungen auf die Suche nach wirksamen Verfahren zur sekundären Prävention. Hierbei gilt die Verwendung des PSA-Tests zur Früherkennung des Prostatakarzinoms als derzeit aussichtsreichstes Verfahren. Bevor ein neues Früherkennungsverfahren zur breiten Anwendung empfohlen oder in das gesetzliche Früherkennungsprogramm aufgenommen wird, muss jedoch seine Wirksamkeit in hierfür geeigneten wissenschaftlichen Untersuchungen nachgewiesen werden. Bis jetzt gibt es bereits eine ganze Reihe epidemiologischer Studien zur Effektivität des PSA-Screenings, doch konnte ein Wirksamkeitsnachweis bisher nicht erbracht werden. Zwei große randomisierte Studien in Europa und den USA lassen für die Jahre 2005–08 erste Ergebnisse erwarten. Da epidemiologische Arbeiten belegen, dass durch PSA-Screening eine nicht unerhebliche Überdiagnostik und Übertherapie eintritt, d. h. Schaden angerichtet werden kann, ist das Ergebnis der genannten randomisierten Studien vor weitergehenden Entscheidungen unbedingt abzuwarten. Bis dahin sollte von der Anwendung des PSA-Tests zur Prostatakrebsfrüherkennung unmissverständlich abgeraten werden. Da für den Test bereits ausgiebig Werbung betrieben wurde, kommt einer gründlichen ärztlichen Aufklärung von an dem Test interessierten Personen eine Schlüsselrolle zu.     

Les génériques en cancérologie: à molécule identique, médicaments identiques? Les biosimilaires, des super-génériques?

Résumé: Les biosimilaires vont bientôt voir leur apparition en Europe. Comment un laboratoire peut-il aborder le développement de son dossier dAMM? Quelles sont les bases légales et les recommandations officielles? Comment la similarité et/ou le caractère générique peuvent-ils être démontrés? Les règles sont-elles identiques à celles des produits chimiques conventionnels pour lesquels, notamment en cancérologie, il existe des médicaments génériques? Comment faire pour que la sécurité et lefficacité des médicaments biosimilaires soient assurées pour les patients?     

Dermatomycosis in Dogs

During the routine examination of dogs for cutaneous lesions, 205 dogs were screened for fungi other than dermatophytes. Twenty-two dogs (10.8%) revealed the presence of non-dermatophytic fungi suspicious for representing the etiologic agents of the skin lesions. The fungi isolated were Alternaria sp. (2.9%), Penicillium sp. (2.4%), Aspergillus fumigatus (2.0%), Mucor sp. (1.5%), Cladosporium sp. (1.5%) and Fusarium sp. (0.5%). No dermatophyte was isolated in association with these fungi. The incidence of these infections was found to be greater in warm and humid climate.     

Cancer immunotherapy

Unprecedented progress has seen made in the last decade in the field of cancer immunotherapy. The recent approval of nivolumab （Opdivo）, the first anti-programmed cell death-1 （PD-1） antibody, for metastatic melanoma in Japan, marked a milestone in the rapidly advancing field of cancer immunotherapy. Nivolumab together with ipilimumab （Yervoy）, the anti-cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen-4 （CTLA-4） antibody, are the first 2 drugs in the class of ＂immune checkpoint inhibitors＂ that have delivered impressive responses in patients with metastatic melanoma and renal cell cancer （RCC） as well as a variety of solid tumors.