应用单核苷酸多态性微阵列技术对不明原因智力低下/发育迟缓患儿的遗传学分析

目的 应用单核苷酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphism array, SNP array)及G显带染色体核型分析技术对168例不明原因的智力低下或发育迟缓(mental retardation or developmental delay, MR/DD)患儿进行检测,分析在儿童精神运动发育迟缓、孤独症谱系障碍、先天发育异常中所检测到的拷贝数变异（copy number variations,CNVs）,探讨该技术对不明原因MR/DD患儿的病因诊断的应用价值。方法对初步诊断为MR/DD的168例患儿,应用G显带染色体核型分析及CytoScan 750K芯片检测全基因组CNVs,结合生物信息学分析CNVs。结果168例患儿中使用G显带核型分析检测到14例异常,使用SNP array共检测到26例异常。其中18例共20个CNVs确认为致病性CNVs,13例与已知综合征相关。检测到的可能致病CNVs 4例,临床意义不明变异（varians of unknown clinical significance,VOUS）4例。结论可依据CNVs的大小和类型、遗传模式、基因型与表型之间的关系等来更好地解释SNP array技术所检测到的CNVs结果,为更多的不明原因MR/DD患儿提供明确的病因诊断依据,对深入研究MR/DD病因机制、患儿的预后及遗传咨询有重要的意义。     

染色体微阵列分析技术对智力障碍或全面发育迟缓患儿遗传学病因的诊断价值

目的:探讨染色体微阵列分析（CMA）技术在表现为发育迟缓、智力障碍、孤独症谱系障碍（ASD）、癫痫和多发性先天性异常（MCA）等患儿中的诊断价值。方法:收集2014至2019年在北京大学第一医院收治的1 320例发育迟缓/智力障碍,孤独症、伴或不伴癫痫和MCA患儿,提取外周血DNA,用比较基因组杂交（array-CGH...     

应用单核苷酸多态性微阵列技术进行胚胎植入前遗传学诊断的价值

胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)克服了常规产前诊断技术因终止异常妊娠带给患者身心痛苦的缺陷,在辅助生殖技术中越来越受到重视。目前,PCR和荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)是PGD中广泛应用的方法,但单细胞FISH和PCR存在污染、     

传统的荧光原位杂交与单核苷酸多态性微阵列技术在植入前遗传学诊断中的比较

【目的】对染色体易位携带者的植入前遗传学诊断(PGD),随机的采用传统荧光原位杂交技术结合卵裂球活检并新鲜周期移植的策略,或单核苷酸多态性微阵列技术结合滋养外胚层活检并冷冻周期移植的策略,对两种策略的诊断结果及妊娠结局进行比较,以选择最佳的诊断策略。【方法】回顾性的分析了2012年4月至2014年6月,染色体易位携带者行PGD的183个周期资料,其中91个FISH-PGD周期采用D3卵裂球活检并新鲜周期移植的策略,记为FISH组、92个SNPPGD周期采用滋养外胚层活检并冷冻周期移植的策略,记为SNP组。将两组方法的诊断结果及妊娠结局进行比较。【结果】SNP组的无胚胎移植周期低于FISH组,差异有统计学意义;诊断正常率SNP组为33.8%,高于FISH组,两者间差异有统计学意义;移植周期临床妊娠率方面,SNP组高于FISH组而早期流产/胎停率则低于FISH组。【结论】SNP-PGD的滋养外胚层活检结合冷冻周期移植的策略有助于获得更好的临床妊娠结局。     

单核苷酸多态性微阵列技术在高龄孕妇产前诊断中的应用

目的 探讨染色体核型与单核苷酸多态性微阵列技术(SNP array)在高龄妊娠孕妇胎儿的产前诊断中联合应用的临床价值及染色体变异位点与相应临床表型的关联性。方法 统计2016年1月—2020年12月来广西壮族自治区妇幼保健院遗传门诊就诊的2 642例因高龄妊娠(≥35岁)而行羊膜腔穿刺抽取羊水的孕妇,采用常规的传代细胞培养,行染色体核型分析,G显带;同时并行SNP array技术检测染色体拷贝数变异(copy number variations, CNVs)。结果 共2 642例高龄孕妇羊水样本进行核型分析,检出44例非整倍体染色体异常,其中21-三体综合征最多(65.9%,29/44),其次为18-三体综合征(9.1%,4/44)、13-三体综合征(4.5%,2/44)、性染色体非整倍体嵌合(20.5%,9/44)。SNP array技术还检出20例染色体微缺失或微重复异常,以及104例临床意义未明病例。检测率方面比较,SNP array检测明显高于核型分析技术(P<0.05)。核型分析在年龄段中的比较：35～37岁年龄段异常检出率与38～40岁年龄段;以及38～40岁年龄段与...     

66例不明原因智力障碍/发育迟缓儿童临床和遗传学分析

目的 探讨不明原因智力障碍/发育迟缓(ID/DD)患儿的临床资料及基因检测结果,为进行明确的病因学诊断、评估患者预后提供遗传学咨询。 方法 收集不明原因ID/DD患儿66例,总结分析患儿的智力测评、神经影像学及视频脑电图检查结果等,选择遗传学检测技术包括染色体微阵列分析(CMA)、全外显子组基因测序(WES),明确致病性拷贝数变异及基因突变位点。 结果(1)66例患儿均表现为智力低下,对应年龄阶段发育里程碑事件明显延迟。(2)45例患儿发现遗传变异,检出率为68.2%,其中22例(33.3%)为致病性突变,病因诊断明确。(3)确诊Prader-Willi综合征4例; Williams-Beuren综合征3例; 15q部分三体综合征、智力障碍20型各2例; Angelman综合征、4q末端缺失综合征、Phelan-McDermid综合征、9p三体综合征、智力低下6型、Langer-Giedion 综合征、1p36缺失综合征及婴儿神经轴索营养不良各1例。 结论 CMA作为不明原因ID/DD或先天性畸形等疾病的首选检测技术,结合WES可为ID/DD的确诊提供较可靠的依据,尤其对临床症状和表型不具特异性患者的诊断有重要意义。     

364例孕早中期自然流产组织单核苷酸多态性微阵列分析

目的 探讨单核苷酸多态性微阵列分析技术在早中孕期自然流产中的应用。 方法 选取364例自然流产组织为研究对象,应用单核苷酸多态性微阵列分析技术回顾分析导致自然流产的染色体异常分布。分别按孕周、年龄、流产组织性别分组:孕6~12周组(n=300),孕13~28周组(n=64);孕妇年龄<35岁组(n=292),≥35岁组(n=72);男性组(n=147),女性组(n=217)。比较各组各类染色体异常发生率。 结果 在364例自然流产组织中,检出染色体异常 191例(52.47%)分别为:染色体数目异常177例;致病性染色体微重复微缺失11例;全染色体单亲二倍体3例,病理均为葡萄胎,来自父亲。孕6~12周组染色体数目异常发生率(55.33%)、三体发生率(37.00%)、单体发生率(8.33%)、三倍体发生率(6.00%)与孕6~12周组染色体数目异常发生率(17.19%)、三体发生率(9.38%)、单体发生率(3.13%)、三倍体发生率(0%)比较差异均有统计学意义(P<0.001;P<0.001;P=0.030;P=0.004)。孕13~28周仅检出18三体、21三体、45,XO及嵌合体共13例,占染色体数目异常7.34%(13/177)。孕妇年龄≥35岁组染色体数目异常发生率(63.88%)、三体发生率(51.39%)与<35岁组染色体数目异常发生率(44.86%)、三体发生率(27.40%)比较差异有统计学意义(P=0.048;P=0.005)。男性组与女性组染色体差异率比较差异无统计学意义(P=0.562)。 结论 孕早期、高龄孕妇自然流产组织染色体数目异常率更高;染色体异常是自然流产的主要原因;应用单核苷酸多态性微阵列分析技术能够检出其他方法无法检出的单亲二倍体。     

43例智力低下和发育异常患者的细胞遗传学分析

目的：探讨智力低下和发育异常的遗传学原因。方法：对43例智力低下和发育异常的患者进行外周血染色体分析。结果：发现异常染色体核型14例，异常检出率为32．56％。结论：结果表明染色体异常是导致智力低下和发育异常的重要原因。     

重庆地区1743例智力低下/发育迟缓儿童细胞遗传学分析及意义探讨

目的 了解重庆地区智力低下/发育迟缓儿童染色体异常的主要分布情况,为疾病的病因诊断、遗传咨询提供理论依据.方法 对1743例儿童无菌外周血进行常规接种、培养、制片及G带分析.结果 1743例中检出基因异常共742例,异常检出率42.57%,异常核型共20种,常染色体异常以21-三体综合征为主,性染色体异常以Klinefelter综合征为主.按送检病因分类染色体检出异常相符情况为21-三体综合征80.69%,送检年龄集中在小于1岁组;脆性X综合征2.08%,送检年龄主要是3~5岁儿童;猫叫综合征57.12%(4/7);表型不易识别智力低下/发育迟缓4.95%,送检儿童年龄大部分为3~5岁.结论     

单核苷酸多态性微阵列与染色体核型分析的产前诊断意义比较

目的:分析并比较单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)技术及普通染色体核型分析技术在高危孕妇产前诊断中的意义.方法:以2012年7月至2013年12月在北京大学第三医院妇产科就诊的产前诊断为高危孕妇141例为研究对象,其中脐带穿刺78例,羊膜腔穿刺63例,同时进行SNP array检测和染色体核型分析.结果:染色体核型分析异常率为6.4％,SNP array异常率为11.3％,两种方法联合检测异常率12.1％,两种检测技术检测出的异常核型率比较差异有统计学意义(P =0.039).结论:两种分析技术对异常核型的检出率有明显的差异,染色体核型分析结合SNP array技术能有效提高遗传病的产前诊断检出率.     

单核苷酸多态性微阵列分析对智力障碍和发育迟缓的遗传学诊断价值

目的评估单核苷酸多态性微阵列（SNP array）分析在智力障碍/发育迟缓（ID/DD）遗传学诊断中的应用价值。方法以2013年1月至2018年6月在浙江大学医学院附属妇产科医院因ID/DD行SNP array的145例患者为研究对象，采用CHAS软件与多种数据库对染色体拷贝数变异（CNV）进行分析。结果145例ID/DD患者通过SNP array技术发现致病性CNV 26例，可能致病CNV 6例，意义不明18例，可能良性14例，未见明显异常（包含良性）81例。结论SNP array技术是一种高效和特异的遗传学分析技术，适用于ID/DD的遗传学病因诊断。     

74例鼻骨缺失胎儿单核苷酸多态性微阵列检测结果分析

目的: 评估单核苷酸多态性微阵列分析在胎儿鼻骨缺失遗传学产前诊断中的效用。方法: 以2015年6月至2018年10月在浙江大学医学院附属妇产科医院因鼻骨缺失行染色体核型及单核苷酸多态性微阵列分析的74例孕妇为研究对象,分析胎儿鼻骨缺失及是否合并其他超声检查异常与染色体拷贝数异常的关系。结果: 74例鼻骨缺失的胎儿中共检出染色体异常19例,其中21三体综合征16例,18三体综合征1例,染色体微重复/缺失2例。在46例不合并其他超声检查异常的单纯鼻骨缺失的病例中,21三体综合征3例,染色体微缺失1例。鼻骨缺失合并颈项透明层增厚的胎儿染色体异常的比例高于仅鼻骨缺失组胎儿（χ²=32.27,P < 0.01）。结论: 胎儿鼻骨缺失合并颈项透明层增厚增加染色体异常的风险,应进一步行染色体核型及单核苷酸多态性微阵列分析以排除染色体异常的可能。     

Megsin基因单核苷酸多态性与IgA肾病相关性研究

目的探讨megsin基因单核苷酸多态性（SNP）与IgA肾病的关系.方法用直接测序法广泛筛查megsin基因全部编码区、部分调控区和外显子-内含子连接区,发现11个单核苷酸多态性,挑选8个中高频SNP（频率＞0.05）,选取中国汉族散发性原发性IgA肾病患者210例,同时采用103名健康志愿者作为对照组,利用聚合酶链反应-限制型片断长度多态性（PCR-RFLP）及PCR产物直接测序法进行基因分型,对IgA肾病进行病例对照相关分析.结果外显子1中5＇非翻译区267G/A在IgA肾病发病中有显著意义：IgA肾病组中AG＋AA基因型频率为29.0%（65/210）,明显高于对照组的16.5%（17/103）,P＜0.05;等位基因A频率为14.8%（62/210）,明显高于对照组的8.7%（18/103）,P＜0.05.AG＋AA基因型与GG基因型相比,比数比为2.07,其95%可信区间为1.15～3.74.基因内部各SNP之间连锁不平衡现象非常普遍.结论megsin基因267G/A多态性与IgA肾病易感性相关,提示AG和AA基因型是IgA肾病发病的危险因素.     

SNP-array分析在颈项皮肤皱褶增厚胎儿遗传学诊断中的应用

  目的  探讨胎儿颈部皮肤皱褶(nuchal fold,NF)增厚的产前诊断与遗传咨询。  方法  回顾性分析2018年1月—2019年8月间来广西壮族自治区妇幼保健院产科产检,超声检查提示孕中期16~18孕周NF≥5.0 mm;19~22孕周NF≥6.0 mm的152例NF增厚的孕妇,行羊膜腔穿刺抽取羊水标本,同时行羊水细胞核型分析和染色体微阵列芯片技术(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)检测,统计这些孕妇的临床诊断资料,并分析胎儿染色体核型分析与染色体微阵列芯片检测结果。  结果  152例NF增厚胎儿标本中,检出染色体核型异常19例,检出率为12.5%(19/152)。19例异常核型中21-三体:12例;18-三体:2例;45,X:2例;47,XXX:1例;嵌合体45, -6[28]/46, r(6)(p25q26)[12]:1例;46, XN, del(5)(p14):1例。SNP-array检出33例异常,检出率为21.71%(33/152),SNP-array技术的检出率明显高于核型分析的异常检出率。除了能检出核型分析发现的染色体非整倍体或大片段结构异常外,SNP-array技术还检出染色体核型分析未能检出的14例微缺失,其中4例致病性拷贝数变异,2例可疑致病性拷贝数变异,其余8例为临床意义不明拷贝数变异病例。  结论  对超声筛查为胎儿颈背皮肤皱褶增厚的病例,SNP-array技术诊断可明显提高染色体核型分析未能检测出的染色体亚显微结构的畸变。      

单核苷酸多态性位点rs6983267与溃疡性结肠炎及大肠癌的相关性

目的：探讨rs6983267多态性与散发性大肠癌发病风险的相关性,初步比较rs6983267多态性在溃疡性结肠炎患者和普通人群中的分布差异。方法： 该病例对照研究共纳入186例散发性大肠癌患者、129例溃疡性结肠炎患者和189例对照者,采集外周静脉血并提取基因组DNA,采用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱平台进行基因型分型,采用非条件Logistic回归方法校正年龄、性别,并比较各组间的等位基因和基因型频率分布差异。结果：大肠癌组的G等位基因频率及GG、GT基因型频率均高于对照组,差异具有统计学意义（P<0.001）。溃疡性结肠炎组的G等位基因频率及GG、GT基因型频率均高于对照组,差异具有统计学意义（P=0.041,P=0.006和P＜0.001）。结论： rs6983267多态性与散发性大肠癌的发病风险相关,rs6983267多态性在溃疡性结肠炎患者和普通人群中的分布可能存在差异,且溃疡性结肠炎患者中的G风险等位基因频率可能高于普通人群。     

华南地区人群FAS/FASL基因单核苷酸多态性研究

目的 研究细胞表面诱导凋亡因子(FAS)及其配体(FASL)基因启动子区单核苷酸多态(SNP)FAS-1377G/A、FAS-670A/G和FASL-844T/C在华南地区人群中的分布,并比较他们在不同地区人群之间的分布差异.方法 采用聚合酶链式反应-限制性酶切片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测FAS和FASL基因启动子区多态基因型,比较不同人群间等位基因频率分布差异.结果 华南地区人群FAS-1377位G和A等位基因分布频率分别为48.61%、51.39%;FAS-670位A和G等位基因分布频率分别为59.03%、40.97%;FASL-844位T和C等位基因分布频率分别为27.67%、72.33%.3个多态位点基因型分布均符合哈迪-温伯格定律(Hardy-Weinberg).华南地区人群FAS-1377等位基因频率与不同国家及中国不同地区人群差异均有统计学意义,FASL-844等位基因频率与印度、埃及、伊朗和突尼斯人群差异有统计学意义(P<0.05),而FAS-670A/G未发现显著差异.结论 FAS/FASL基因在华南地区人群中存在FAS-1377G/A、FAS-670A/G和FASL-844C/T多态性,其中,FAS-1377 G/A和FASL-844T/C在不同人群中基因分布频率存在显著性差异.     

ABCG2基因单核苷酸多态性研究进展

ABCG2是一种ATP结合转运蛋白,在人的正常细胞和肿瘤组织中均有表达,具有抑制消化道吸收某些外源性物质,参与形成血脑、胎血屏障等生理功能。同时ABCG2也是新的药物排出泵,是肿瘤多药耐药的重要机制之一。ABCG2基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）可能影响ABCG2蛋白的表达与功能,与疾病的易感性及药动学等相关。ABCG2单核苷酸多态性的研究成为新的研究热点,本文就近年来国内外关于ABCG2基因SNP的研究进行综述。     

MnSOD基因单核苷酸多态性位点rs4880与广东鼻咽癌的相关性

摘要：目的研究MnSOD单核苷酸多态性位点rs4880与广东鼻咽癌发生风险的关系。方法选择105例经病理证实的鼻咽癌患
者为病例组,136例同期经南方医院查体中心证实的健康体检者为对照组,应用PCR法检测MnSOD基因Ala-9Val的多态性分
布,比较不同基因型与鼻咽癌的相关关系。结果中国汉族广东人Ala携带者占19.1%。病例组和对照组3种基因型Val/Val、
Val/Ala、Ala/Ala的频率分别为83.8%、14.3%、1.9%和80.9%、16.9%、2.2%,各基因型在两组间分布无显著性差异。基因型Val/
Ala与鼻咽癌的淋巴结转移显著相关（OR=0.308,95%CI=0.095-0.996）,进一步年龄分层,这种杂合子与肿瘤淋巴结转移的关系
在年长人群（>30岁）中同样存在（OR=0.227,95%CI=0.064-0.804）,但在年青人群（≤30岁）中不存在,然而等位基因Ala的分布
与淋巴结转移无显著关系（OR=1.987,95%CI=0.707-5.583）。各基因型在不同T、M、临床分期和病理分型的鼻咽癌患者的等位
基因表达频率均无明显差异。结论MnSOD基因Ala-9Val多态性可能与地域、种族相关;基因型Val/Ala可能与鼻咽癌淋巴结
转移有关,各基因型与广东地区鼻咽癌易感性无明显相关。