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目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻六神胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础和分子机制。方法 借助常用的网络药理学数据库检索六神胶囊中雄黄、人工牛黄、冰片、蟾酥和麝香等的有效活性成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,Cytoscape 3.6.1软件构建中药-有效活性成分-有效靶点网络,通过Metascape平台进行GO富集分析、KEGG和Reactome信号通路分析,将中药有效活性成分-有效靶点网络中排名前20的单体与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)以及SARS-CoV-2 RNA依赖性RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase, RdRp)进行分子对接。结果 中药-有效活性成分-有效靶点网络包含药材5个、化合物132个、靶点2 082个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PLA2G1B、PTGS1等。GO功能富集分析得到GO条目495个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目287个,细胞组成(CC)条目96个,分子功能(MF)条目112个。KEGG通路富集筛选得到107条信号通路(P<0.05),主要涉及免疫和炎症通路,细胞生长、代谢、凋亡相关通路,癌症通路,神经活性配体-受体相互作用等。Reactome通路富集筛选得到85条信号通路(P<0.05),主要涉及G蛋白偶联、白细胞介素信号、受体酪氨酸激酶信号、神经系统、基因转录等通路。分子对接结果显示六神胶囊中麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等核心活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2以及SARS-CoV-2 RdRp的亲和力与临床推荐化学药相似。结论 六神胶囊中的活性成分麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等可能通过与ACE2结合并作用于PTGS2、ESR1、PLA2G1B和PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而起到抑制SARS-CoV-2的作用。 相似文献
2.
目的 利用网络药理学方法和分子对接技术研究川芎治疗肺癌脑转移的潜在分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取川芎的化学成分和作用靶点;通过GeneCards数据库筛选肺癌脑转移的相关靶点;借助Clusterpro-filerR包进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape及STRING数据库构建川芎“活性成分-靶点-疾病”网络、蛋白相互作用网络,根据拓扑学参数筛选川芎治疗肺癌脑转移的核心成分及作用靶点,并将两者进行分子对接;最后,通过川芎处理人肺癌细胞PC9,运用Western blot法检测相关蛋白表达对核心靶点进行初步验证。结果 本研究共筛选出(Z)-藁本内酯、丁苯酞、油酸、杨梅酮等48个有效成分;INS、BDNF、FOS、VEGFA、PTGS2、ESR1、MAPK14、PTGS1等49个靶点蛋白;核受体活性、配体激活、转录因子活性等57个生物学功能;Prolactin signaling pathway、Breastcancer、Etrogen signaling pathway等40条信号通路。分子对接结果显示,杨梅酮、丁苯酞、4-羟基-3丁基苯酞、(Z)藁本内酯、洋川芎内酯-E等成分与BDNF、FOS、PTGS2、MAPK14等7个核心靶点有较强亲和能力。Western blot结果显示,0.1 mol/L和1 mol/L川芎处理肺癌细胞PC9后PI3K的磷酸化水平分别为(86.51±13.09)%、(71.58±5.56)%,AKT的磷酸化水平分别为(87.49±13.09)%、(71.47±13.02)%,VEGF的水平分别为(84.39± 8.95)%、(80.65±10.07)%,且差异均具有统计学意义(P<0.01)。结论 川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移的作用。 相似文献
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目的 基于网络药理学及分子对接探讨乌梅丸改善腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的作用机制。方法 通过中医药系统药理学平台(TCMSP数据库)检索和预测乌梅丸中各药物活性成分及对应靶点,在GeneCard、OMIM等数据库筛选IBS-D靶点,利用相关软件分别构建Venn图、“中药-活性成分-靶点”作用网络及PPI网络,并进行GO、KEGG分析和分子对接及相关结果的可视化。结果 乌梅丸治疗IBS-D的活性成分129个,治疗靶点191个。PPI网络分析得到30个核心靶点,其中包括HSP90AA1、 JUN、RELA、MAPK1、AKT1、ESR1、IL6、FOS、MAPK8、NCOA1等。GO分析显示生物过程有2177条,分子功能有169条,细胞成分有77条。KEGG分析提示IL-17信号通路、TNF信号通路、Toll-like受体信号通路和NF-κB信号通路在乌梅丸治IBS-D过程中起着关键作用。分子对接显示,核心靶点JUN、MAPK1、FOS与部分活性成分结合较为稳定。结论 乌梅丸可能通过活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚与HSP90AA1、JUN、RELA、MAPK1、AKT1、ESR1... 相似文献
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【目的】运用网络药理学及分子对接探讨黄芪散治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)查找黄芪散组方中黄芪、葛根、桑白皮的活性成分和作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查询与T2DM相关的疾病靶点,通过UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名,利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪散活性成分-靶点网络、蛋白相互作用(PPI)网络,并通过Merge功能构建疾病-成分-靶点网络,筛选出黄芪散治疗T2DM的核心靶点,最后通过DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体论(GO)生物过程分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制,并绘制GO和KEGG气泡图进行数据可视化。【结果】研究得到包括槲皮素、山柰酚、刺芒柄花素等在内的38个活性成分和ESR1、JUN、PTGS2、AKT1和MAPK1等75个关键靶点。GO功能富集分析得到113个GO条目(P<0.05),主要包括蛋白酪氨酸激酶活性、生长因子活性和核受体活性等生物过程,KEGG富集得到157条信号通路(P<0.05),主要涉及晚期糖... 相似文献
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目的:网络药理学结合分子对接共同探究小茴香抗肝纤维化作用机制。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选小茴香活性成分;Swiss Target Prediction平台获取活性成分靶点;GeneCards和OMIM数据库收集疾病靶点;活性成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点。运用David数据库进行生物过程分析(GO)和代谢通路分析(KEGG)富集分析。采用AutoDock Vina软件和动物实验对预测结果进行验证。结果:从小茴香中筛选出9个活性成分,抗肝纤维化关键靶点115个。其逆转肝纤维化作用可能与欧前胡素、β-谷甾醇、豆甾醇、茴香脑、茴香醛等核心成分有关,推测小茴香通过PTGS2、ESR1、MTOR、TLR4、PPARA等核心靶点调节IL-17、PI3K-Akt、乙型肝炎、非酒精性脂肪肝、糖尿病并发症AGE-RAGE等信号通路来发挥抗肝纤维化的作用。分子对接结果显示,小茴香核心成分与核心蛋白靶点结合性能较好,表明其生物活性较好。动物实验进一步验证小茴香通过调控PTGS2、ESR1、MTOR、TLR4、PPARA等靶点,减轻炎性反应及减少细胞外基质沉积发挥其抗肝纤维化作用... 相似文献
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目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析并可视化,并用Autodock_vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归... 相似文献
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目的运用网络药理学和分子对接的方法分析“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在作用机制。方法 借助 TCMSP、Drugbank、Uniprot等数据库及参考文献获取中药柴胡-丹参的有效成分及靶标。通过Genecards、Drugbank、OMIM平台检索有关与慢性乙型肝炎疾病相关的靶标,并借助Venny数据库、String数据库和Cytoscape平台构建有效成分-靶点相互作用网络图,运用R语言对其核心靶点进行功能和通路富集分析,预测“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的潜在关键成分与作用靶标,进一步使用Autodock和Pymol软件对其有效成分与慢性乙型肝炎HBcAg、HBeAg、HBsAg进行分子对接,分析其治疗的作用机制及可行性。结果 获得“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎发挥作用的有效活性成分73个,疾病潜在靶点985个。对其“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎的共有化合物-靶点网络图可知,有槲皮素、木樨草素、山柰酚、丹参酮等67个有效活性成分,PTGS2、ADRB2、HSP90AA1、ESR1等88个共有靶点。通过GO和KEGG分析可知,参与了细胞因子受体结合等生物过程及乙型肝炎等信号通路发挥其治疗作用。运用核心成分与靶蛋白对接可知,槲皮素、木樨草素与HBcAg、HBeAg、HBsAg具有较好的亲和力。结论 通过网络药理学和分子对接,充分体现了“柴胡-丹参”药对治疗慢性乙型肝炎“多成分-多靶点-多通路”复杂的作用特点,为进一步的实验和临床提供了理论依据和新的治疗方向。 相似文献
8.
目的 基于网络药理学联合分子对接技术探究香砂六君子汤干预胃癌的网络调控作用机制。方法 收集中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中香砂六君子汤组方药物的有效成分及其靶点,筛选GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中胃癌有关基因,通过两者交集获取香砂六君子汤治疗胃癌的相关靶点,并通过Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选核心蛋白,运用R软件对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 获得香砂六君子汤靶向胃癌的蛋白215个,基于PPI网络分析及节点评分计算,共筛选出JUN、MAPK8、ESR1、EGFR、FOS、RELA等19个核心靶点。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,交集靶点主要富集于对药物反应、对脂多糖反应等生物过程和脂质和动脉硬化,以及肿瘤坏死因子、IL-17等通路。分子对接结果显示,该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论 香砂... 相似文献
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目的:利用网络药理学和分子对接的方法初步探究紫龙金片主要成分治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的可能分子机制。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中检索并提取紫龙金片主要成分(黄芪、当归、龙葵、丹参、半枝莲和郁金)的有效活性成分及相关作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET以及OMIM数据库筛选出NSCLC相关基因作为疾病靶点。将有效成分靶点与疾病靶点取交集,运用STRING数据库构建疾病和药物共同靶点的蛋白-蛋白相互作用网络,使用Cytoscape 3.9.0软件CytoNCA插件筛选并明确紫龙金片主要成分治疗NSCLC的关键作用靶点。利用“clusterProfiler”R包对核心靶点基因进行GO和KEGG富集分析,并构建成分-靶点-通路网络图。最后对核心靶点及其相应成分进行分子对接验证。结果:通过筛选得到的药物有效活性成分175个,作用于860个靶点。药物靶点与疾病靶点的交集靶点共800个。通过Cytoscape 3.9.0软件蛋白互作网络的拓扑分析确定SRC、RELA、ESR1、HSP90AA1、EP300、STAT3、PIK3R1、AR、CREBBP、EGFR、... 相似文献
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目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨丹参治疗黄褐斑的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库获得丹参的活性成分以及潜在靶点基因。应用GeneCards、DisGeNet数据库检索黄褐斑相关作用靶点。应用Venny2.1.0获得丹参治疗黄褐斑的作用靶点。将作用靶点导入STRING数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。应用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用CytoScape 3.8.2软件构建丹参治疗黄褐斑的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,利用PyMOL及AutoDock Vina软件,对重要化合物进行分子对接验证。结果 剔除无对应的靶基因信息后,筛选获得丹参有效活性成分58个,分子靶点105个,获得黄褐斑靶点基因51个。通过Venny处理获得7个共同靶点,分别为血管内皮生长因子A (VEGFA)、前列腺素G/H合酶2 (PTGS2)、雌激素受体1 (ESR1)、雌激素受体2 (ESR2)、孕酮受体(PGR)、诱导型一氧化氮合酶... 相似文献
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目的:建立舒筋通络外用颗粒的质量标准。方法:采用薄层鉴别法对制剂中的当归、桂枝、独活、大黄进行定性鉴别;用高效液相色谱法测定大黄素、大黄酚的含量。结果:薄层色谱可明显地检出当归、桂枝、独活、大黄;高效液相色谱法测得大黄素、大黄酚含量之和为34.50~35.24mg/15g,大黄素在0.010~0.500μg范围内线性关系良好(r=0.9999),平均回收率为102.3%,RSD为0.93%(n=6);大黄酚在0.025~1.250μg范围内线性关系良好(r=0.9999),平均回收率为100.4%,RSD为1.30%(n=6)。结论:本方法简单、准确、专属性好,可用于舒筋通络外用颗粒的质量控制。 相似文献
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目的 基于网络药理学探讨锦灯笼(PCF)在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库(PDB)和小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作(PPI)网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库(DAVID)对交集基因进行基因本体(GO)生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 (TNF)和T细胞受体 (TCR) 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 (AKT1)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 (Caspase-3) 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<-6.0 kcal·mol-1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。 相似文献
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霍磊 《天津医科大学学报》2023,(1):27-30
目的:通过网络药理学及动物实验研究骨碎补-金银花治疗糖尿病足的作用机制。方法:通过TCMSP网站获取骨碎补-金银花的药物成分及作用靶点,将靶点通过uniprot统一基因名称;通过GeneCards查询糖尿病足的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。将交集靶点导入STRING进行分析并使用Cytoscape构建PPI网络图。将交集靶点导入Metascape分析GO富集和KEGG富集。并通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络图。依据Degree分别筛选PPI中前4位基因靶点,并通过动物实验验证骨碎补-金银花干预糖尿病足大鼠动物模型后血清中靶蛋白表达差异。结果:骨碎补-金银花32个有效成分调节148个疾病靶点治疗糖尿病足,其中甾醇、豆甾醇、木樨草素、山奈酚等是核心成分,JUN、TP53、蛋白激酶B(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示,与氧化应激、膜筏、膜微区、质膜筏、激酶结合、蛋白激酶结合等相关。KEGG分析结果提示骨碎补-金银花主要参与MAPK、PI3K/Akt等信号通路。动物实验证实糖尿病足大鼠血清JUN、TP5... 相似文献
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目的 通过对历代古籍中治疗滑胎症方剂的整理、分析,挖掘其中药物的潜在关联规律,为临床用药提供参考依据.方法 将所查阅到的历代中医古籍中治疗滑胎的方剂建立数据库,统计其中所包含药物的分类、功效、性、味、归经等数据,运用Excle 2007、SPSS 22.0、Weka 3.8、Cytoscape 3.6.1及“中医药数据... 相似文献
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目的 建立坎离砂中当归川芎同时鉴别的方法.方法 采用TLC法同时鉴别当归、川芎,展开剂为正己烷-乙酸乙酯-甲酸(5:5:0.4).结果 供试品TLC图谱中,在与当归川芎对照药材及阿魏酸(FA)对照品色谱相应的位置上,显示相同颜色斑点.结论 该方法快速、准确、专属性强、重现性好,可用于坎离砂的质量控制. 相似文献
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目的:研究阿尔兹海默病(Alzheimer disease,AD)治疗常用中药熟地黄、黄芪等几种单味药及中药复方左归丸对β淀粉样蛋白(Aβ)产生及聚集的影响,以探讨中药对AD的保护作用。方法:用Aβ25-35对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞进行损伤,制备AD细胞模型。采用刚果红染色、MTT法检测熟地黄、黄芪、石菖蒲等中药对Aβ聚集的影响;Real—timePCR方法观察这几种中药的药物血清对细胞的β淀粉样蛋白前体(APP)基因、β-分泌酶、γ-分泌酶表达的影响。结果:刚果红染色结果显示,山茱萸、黄芪、当归和左归丸可以抑制Aβ25-35聚合,形成长的淀粉样原纤维;熟地黄、山茱萸、黄芪、当归、左归丸对Aβ所致细胞的损伤均有保护作用,并呈现剂量依赖关系;低浓度的石菖蒲及远志能够保护细胞,但高浓度的石菖蒲和远志对细胞无保护作用。实时定量PCR结果显示,熟地黄、黄芪、左归丸对APP、β-分泌酶及γ-分泌酶的mRNA表达均有不同程度的抑制;当归能抑制β-分泌酶mRNA的表达。结论:熟地黄、山茱萸、黄芪、当归等中药及左归丸对Aβ损伤的神经细胞均有保护作用,其可能是通过抑制APP、β-分泌酶及γ-分泌酶mRNA的表达,从而减少Aβ的产生及聚集、降低Aβ的沉积,以达到防治AD的作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病(MN)的作用,并阐明其机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用(PPI)网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用Bioconductor R软件进行靶点基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、肿瘤蛋白P53 (TP53)和表皮生长因子受体(EGFR);基于分子对接技术... 相似文献
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目的利用分子对接技术阐释补阳还五汤在神经保护方面抗脑缺血损伤的多靶点作用机制。方法以补阳还五汤为研究载体,收集各味中药的成分及其代谢产物,选择通过保护神经元从而发挥抗脑缺血损伤的5个谷氨酸受体的7个活性位点为研究对象,利用分子对接技术筛选上述化学成分的潜在活性成分,并分析其作用机制。结果毛蕊异黄酮、刺芒柄花素、川芎哚和芍药新苷等大多数成分可同时作用于2个或2个以上的谷氨酸受体活性位点,体现补阳还五汤通过多成分作用于多靶点、多位点发挥保护神经元抗脑缺血损伤的作用;且大多数成分来源于君药黄芪,少数成分来源于臣药当归尾和佐药川芎、赤芍、红花,与补阳还五汤君臣佐使的配伍原则一致。结论初步揭示补阳还五汤通过多成分作用于多靶点、多位点发挥保护神经元治疗脑缺血损伤的作用机制,为补阳还五汤的临床应用以及实验研究提供了一定的方向,同时也为研究抗脑缺血损伤中药研发提供借鉴。 相似文献
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目的:建立瘀血痹胶囊质量标准。方法:采用薄层色谱法对瘀血痹胶囊中威灵仙、当归、黄芪进行薄层定性鉴别;采用高效液相色谱法对其中的丹酚酸B进行了含量测定。结果:在薄层色谱中可检出威灵仙、当归、黄芪的特征斑点。丹酚酸B在0.2188~2.1880μg线性关系良好(r=0.9999),方法的平均回收率为100.49%(RSD=1.80%)。结论:本法操作简便、准确、重现性好,能够较好地控制瘀血痹胶囊的质量。 相似文献