基于网络药理学探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的作用机制

目的 运用网络药理学技术探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCM-ID数据库和BATMAN-TCM数据库，筛选知柏地黄丸的有效活性成分和作用靶点，利用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库和GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因，并与活性成分作用靶点取交集得到共同靶点；通过String 11.5数据库构建知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的蛋白质互作（PPI）网络，并借助Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件筛选核心靶点；通过Metascape基因功能注释分析工具对交集靶点进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，使用Cytoscape 3.8.2软件构建药物活性成分–靶点–通路相互作用网络，获取核心活性成分。结果 共筛选出知柏地黄丸活性成分80个，与疾病的交集靶点117个，主要涉及肿瘤蛋白p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt、MAPK、核因子-κB（NF-κB）、雌激素等信号通路可能是知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的关键信号通路，由药物活性成分–靶点–通路网络得出槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等是发挥作用的核心活性成分。结论 知柏地黄丸中的槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等核心活性成分，能够作用于TP53、Akt1、TNF、IL-6、ESR1、MAPK1等多个关键靶点，调节PI3K-Akt、MAPK、NF-κB、雌激素等信号通路，发挥治疗乳腺癌内分泌耐药的作用。     

基于网络药理学和分子对接预测覆盆子治疗绝经后骨质疏松的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究覆盆子作用于绝经后骨质疏松的成分、靶点及作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET等数据库并查询文献报道资料收集覆盆子的活性成分及靶点、疾病靶点，采用String数据库和Cytoscape软件对活性成分–靶点和绝经后骨质疏松靶点的蛋白相互作用（PPI）网络进行构建，通过R Studio软件进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析，对预测结果进行分子对接验证。结果 共筛选出覆盆子有效成分16个，其中包括β-谷甾醇、熊果酸、覆盆子素A、谷甾醇、覆盆子素B、鞣花酸、齐墩果酸等为覆盆子作用于绝经后骨质疏松的核心成分，筛选出白蛋白（ALB）、酪氨酸蛋白激酶（SRC）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3）、基质金属蛋白酶9（MMP-9）、雌激素受体α（ESR1）、Harvey肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）等核心靶点，并富集得到多条GO功能和KEGG通路，如化学致癌–受体激活、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）–蛋白激酶B（Akt）信号通路、脂质与动脉粥样硬化、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、癌症中的蛋白多糖等，且分子对接结果良好。结论 覆盆子可能通过多个成分、多个靶点、多条信号通路发挥治疗绝经后骨质疏松的作用。     

网络药理学联合分子对接探索五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探究五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的机制。方法 综合TCMSP、ETCM、BATMA-TCM数据库筛选五灵胶囊的成分和靶点。采用GeneCards、NCBI、DisGeNET数据库收集慢性乙型肝炎的靶点。运用STRING数据库构建五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的蛋白相互作用（PPI）网络图，并采用Cytoscape软件构建活性成分-交集靶点网络图。采用Oebiotech平台进行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。采用分子对接技术对五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的关键成分和核心靶点的结合进行验证。结果 共筛选出异鼠李素、山柰酚、槲皮素、黄芩苷、灵芝酸R、灵芝醇F、赤芝酮A、丹参酮Ⅱ_A、异丹参酮Ⅱ、木犀草素、戈米辛R等主要活性成分。共得到雌激素受体（ESR1）、过氧化物酶体增殖激活受体（PPARG）、人丝裂原激活蛋白激酶14（MAPK14）、一氧化氮合酶（NOS2）等29个五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的靶点。五灵胶囊治疗慢性乙型肝炎的主要途径有乙型肝炎、白细胞介素-17（IL-17）和肿瘤坏死因子（TNF）通路。分子对接结果显示，上述活性成分与其对应的慢性乙型肝炎靶标间均有较高的亲和力。结论 五灵胶囊可能通过异鼠李素、山柰酚、槲皮素等活性成分及ESR1、白细胞介素-1β（IL-1β）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）等核心靶点治疗慢性乙型肝炎。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨当归四逆汤治疗系统性硬化症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索当归四逆汤中的活性成分并以Swiss Target Prediction数据库预测各活性成分的靶点，采用GeneCards数据库收集系统性硬化症疾病靶点，取其中共同靶点作为潜在的作用靶点并导入String数据库建立蛋白相互作用（PPI）网络，以Cytoscape软件进行网络拓扑分析。将PPI靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并以OmicShare平台将结果可视化。构建“通路–靶点”网络并筛选其中关键靶点，并采用CB-Dock平台将作用靶点与活性成分进行分子对接以筛选潜在药效成分。结果 收集得到141个当归四逆汤活性成分及1 047个相关靶点，系统性硬化症疾病靶点1 568个。筛选出潜在作用靶点266个，其中关键靶点6个，分别为蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子受体2（KDR）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、促分裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、血管内皮生长因子A（VEGFA）。主要涉及MAPK信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路的调节。分子对接结果显示，水鬼蕉宾碱、芍药苷、酸枣仁皂苷A等活性成分为治疗中的潜在药效成分。结论 当归四逆汤以多组分、多靶点、多通路干预系统性硬化症，其机制涉及免疫、血管损伤和细胞外基质合成等的调节。     

基于网络药理学的肝力保胶囊保肝作用机制研究

目的 对肝力保胶囊进行网络药理学研究,探讨肝力保胶囊保肝的作用机制。方法 选取肝力保胶囊化学物质组成中的活性成分,采用反向药效团匹配的方法预测活性成分的作用靶点;在此基础上,采用Cytoscape软件和String数据库分别构建肝力保胶囊"活性成分-作用靶点"的分子调控网络及蛋白-蛋白相互作用网络,最后采用DAVID数据库对靶点进行基因功能和信号通路分析。结果 筛选得到活性化合物19个,涉及作用靶点88个。网络分析结果表明,肝力保胶囊主要通过代谢过程、调节细胞死亡和对脂质的应答等生物过程,以及调节肿瘤坏死因子（TNF）、FoxO、Ras、ErbB、低氧诱导因子-1（HIF-1）和Toll样受体（TLR）信号通路来发挥保肝作用。结论 肝力保胶囊保肝作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节细胞死亡、TNF、FoxO、Ras等相关通路发挥作用。     

基于网络药理学分析防风-乌梅药对治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学分析防风-乌梅药对治疗荨麻疹的物质基础及分子机制。方法 根据文献报道,结合口服利用度≥ 30%和类药性分析≥ 0.18,在TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库筛选防风-乌梅药对活性成分及靶点,GeneCards数据库筛选荨麻疹靶点,通过靶点映射确定药对活性成分作用的荨麻疹靶点;借助Cytoscape 3.5.1软件构建活性成分-靶点网络图,STRING平台构建靶蛋白互作网络,应用DAVID数据库对靶点进行KEGG通路分析,利用Cytoscape软件中BiNGO和MCODE插件对靶基因进行GO生物过程富集和聚类分析。结果 从防风-乌梅药对中筛选得到槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、欧前胡素、升麻素等16个活性成分,作用于IL-6、TNF、SRC、EGFR、IL-8、PTGS2等62个荨麻疹相关靶点,调控TNF信号通路、PI3K/Akt信号通路、NF-kB信号通路、低氧诱导因子1信号通路、NOD样受体信号通路等8条信号通路,参与调节炎症反应、肽-酪氨酸磷酸化、蛋白质分解代谢等生物过程。结论 充分揭示了防风-乌梅药对多成分、多靶点、多通路治疗荨麻疹的科学内涵。     

鱼腥草治疗病毒性肺炎作用机制的“成分-靶点-通路”多层次互作网络研究

目的 基于网络药理学方法分析鱼腥草Houttuynia cordata治疗病毒性肺炎的分子生物学机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可行性进行评估。方法 采用在线数据库TCMSP、PubChem Search、Swiss target prediction、Genecards、OMIM获得鱼腥草活性成分、成分靶点及疾病靶点信息。借助Cytoscape3.7.1软件构建鱼腥草活性成分-病毒性肺炎作用靶标网络,将靶蛋白运用String10.0数据库进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,通过DAVID 6.8数据库进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制。结果 从鱼腥草中共筛选出16个主要活性成分,共涉及到311个靶点,与病毒性肺炎相关的靶点64个。从PPI网络分析中发现关键靶点为IL2、TNF、AKT1、JUN、VEGFA、MAPK8、CXCL8、PTGS2等。GO和KEGG通路富集分析发现,鱼腥草治疗病毒性肺炎可能与细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性、磷酸酶结合、蛋白磷酸酶结合、内肽酶活性、生长因子受体结合、肿瘤坏死因子受体超家族结合、丝氨酸型内肽酶活性等73个GO功能有关,涉及到TNF信号通路、IL-17信号通路、C型凝集素受体信号通路、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、甲型流感、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、人巨细胞病毒感染、NOD样受体信号通路等130个信号通路。结论 鱼腥草针对病毒性肺炎具有多成分、多靶点、多机制的显著治疗作用,并且推测能够通过调节与抗炎、抗病毒、免疫调节有关的生物通路对COVID-19进行防御和治疗。     

基于网络药理学探讨参柴颗粒保肝护肝作用的主要成分和靶点

目的 对参柴颗粒进行网络药理学研究,以探讨其保肝护肝的作用机制。方法 利用TCMSP和TCM Database@Taiwan数据库并结合药动学参数对参柴颗粒中的活性成分进行筛选,结合成分及疾病相关数据库（Drugbank、GeneCards、TTD、Pubmed和PharmGKB）对成分相关靶点进行预测,对得到的靶点进行基因功能和通路注释分析,同时构建靶点间的蛋白互作网络,筛选出核心靶点,并构建参柴颗粒成分-靶点-通路网络,探讨参柴颗粒的保肝护肝作用。结果 从参柴颗粒中共预测得到49个化合物,并筛选出了176个成分作用于肝病的相关靶点。其中槲皮素、山奈酚、黄苓苷、豆甾醇、β-谷甾醇、千层纸黄素、芒柄花黄素可能为主要的活性成分,ALB、IL-6、TNF、JUN、AKT1、TP53、VEGFA、MAPK3、SRC、PTGS2可能为保肝护肝作用的主要靶点。KEGG通路富集分析表明、参柴颗粒可能是通过调控靶点作用于肿瘤通路,乙型肝炎,丙型肝炎,非酒精脂肪肝,胰岛素抵抗,TNF、HIF-1、FoxO、PI3K-Akt、ErbB信号通路等通路发挥保肝护肝作用的。参柴颗粒成分-靶点-通路网络表明,参柴颗粒活性成分作用于多个靶点,影响不同的代谢通路、相互作用、相互协调,从而起到对肝脏的保护机制。结论 参柴颗粒可通过多成分-多靶点-多通路的调控网络发挥保肝护肝的功效,对参柴颗粒保肝护肝作用的网络药理学研究期望可以为中医药对肝病治疗的分子机制研究提供参考。     

基于网络药理学与分子对接的加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎恢复期肺脾气虚证的机制研究

目的 探讨加减香砂六君子汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期肺脾气虚证的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选中药活性成分和靶点，利用Gendcars、OMIM数据库筛选疾病靶点，STRING平台对靶点进行PPI网络构建，并进行GO和KEGG分析，利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图，然后通过拓扑学参数分析获得加减香砂六君子汤主要活性成分和靶点，最后将主要活性成分与靶点进行分子对接验证。结果 得到槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素等115个活性成分，PTGS2、NOS2、PPARG、PTGS1、MAPK14等48个靶点，主要涉及IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等155条通路。分子对接显示，槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素与3CL水解酶、ACE2、PTGS2具有较好的结合活性，与第七版推荐抗病毒药物结合能相近。结论 加减香砂六君子汤活性成分可通过与3CL水解酶、ACE2、PTGS2结合，调控IL-17、TNF、T细胞受体、MAPK、VEGF等信号通路来抑制炎症反应，调节机体免疫，减轻肺损伤，促进细胞生长分化和肺血管生成，从而改善患者症状，促进恢复期患者康复，提高机体免疫力，降低疾病复发或再感染的风险。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四逆散治疗Graves病的作用机制

目的 利用网络药理学方法和分子对接技术探索四逆散治疗毒性弥漫性甲状腺肿（Graves）病的潜在活性成分、作用靶点和代谢通路,为四逆散治疗Graves病的临床应用和深入阐明四逆散干预Graves病的作用机制提供理论参考。方法 运用TCMSP平台及查阅文献筛选四逆散的主要活性成分及作用靶点。以“Graves’ disease”为关键词,挖掘GeneCards、CTD、DisGeNET、OMIM、TTD和DrugBank数据库中Graves病的相关靶点。利用Cytoscape软件构建“中药–成分–靶点–疾病”网络,运用String平台构建蛋白互相作用（PPI）网络。运用Metascape平台对共同靶点通过GO数据库和KEGG数据库进行注释和富集分析。在RCSB PDB和PubChem数据库中获得成分和靶点的结构,利用pymol软件和autodock vina软件进行分子对接。结果 四逆散治疗Graves病的主要活性成分可能为槲皮素、山柰酚、芹菜素、异鼠李素、柚皮素、异甘草素、木犀草素、葛根素等,PPI网络中关键靶点为AKT1、TNF、INS、IL6、VEGFA、TP53、JUN、CASP3、IL1B、MAPK3等。GO与KEGG分析主要代谢通路可能有PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、p53信号通路、细胞凋亡、Th17细胞分化、Toll样受体信号通路、甲状腺激素信号通路、VEGF信号通路等。四逆散治疗Graves病的作用机制可能有调节免疫失衡、抑制细胞增殖和促进凋亡、抗氧化应激、抑制甲状腺血管新生和减轻外周组织器官损伤等。分子对接结果显示四逆散主要成分与治疗Graves病的关键靶点结合活性较高且对接构象较稳定。结论 四逆散可能通过多成分、多靶点影响多条代谢通路发挥治疗Graves病的作用,为四逆散治疗Graves病的作用机制实验研究提供参考。     

基于UHPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学的金莲花抗炎药效物质基础及作用机制研究

目的 基于超高效液相色谱–四级杆–飞行时间串联质谱（UHPLC-Q-TOF-MS）法、网络药理学和分子对接验证探讨金莲花抗炎的药效物质及机制。方法 根据质谱信息结合对照品、文献和数据库指认金莲花中化学成分信息;借助Swiss ADME平台及查询文献来筛选金莲花潜在活性成分;通过Swiss Target Prediction数据库预测金莲花活性成分的作用靶点;采用OMIM、GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取炎症的相关靶点;利用Venn图取药物活性成分靶点与疾病靶点交集后,用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI）;用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;借助Cytoscape软件构建“活性成分–炎症靶点–富集通路”网络;采用分子对接技术进行初步验证。结果 从金莲花中共鉴别出38个化合物,包括黄酮类23个,有机酸类10个,香豆素类1个,单糖2个以及苯乙素类2个;网络药理学研究表明,金莲花可能通过鼠尾草素、蓟黄素、香叶木素、阿魏酸、槲皮素和芹菜素等成分,作用于肿瘤坏死因子（TNF...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的潜在作用机制。方法 通过TCMSP、HERB、Drugbank等9个药物靶点数据库检索并收集白藜芦醇的作用靶点;利用DisGeNET、GeneCards、OMIM等6个疾病靶点数据库获得前列腺癌的相应靶点;利用Venny 2.1.0平台获得药物和疾病的交集靶点,然后利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件的Centiscape 2.2插件进行拓扑分析,进一步筛选得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点;再次利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件进行网络的拓扑分析,筛选出核心靶点并绘制蛋白相互作用（PPI）图;利用David数据库进行基因本体论（GO）与京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并使用Rstudio软件对其结果进行可视化;使用AutoDoc 1.5.7软件对白藜芦醇与核心靶点进行分子对接;利用UALCAN数据库验证核心靶基因在前列腺癌组织中的表达情况。结果 共收集到585个白藜芦醇作用靶点和5 331个前列腺癌相关靶点,其中交集靶点441个,进一步筛选后得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点67个,其中核心靶点有肿瘤抑制因子p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、雌激素受体1（ESR1）、转录因子Jun（JUN）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、连环蛋白β1（CTNNB1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）;KEGG富集分析主要得到糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示,白藜芦醇和核心靶点之间均具有良好的结合性;核心基因表达量验证结果表明,TP53和Akt1在前列腺癌组织中表达量较高,STAT3、ESR1、CTNNB1、MAPK1则表达量较低。结论 白藜芦醇可能通过TP53、Akt1、STAT3、ESR1、JUN等靶点调节AGE-RAGE、PI3K/Akt等信号通路发挥抗前列腺癌的作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨山楂改善代谢性高血压的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨山楂改善代谢性高血压(metabolic hypertension,MH)的物质基础及作用机制。方法 利用HERB、ETCM数据库并结合文献调研收集山楂成分；通过SwissTargetPrediction、GeneCards等数据库筛选山楂的全部成分改善MH的靶点；借助Cytoscape软件构建山楂“活性成分-靶点-疾病”网络；利用DAVID进行GO富集及KEGG通路分析；并借助Autodock软件对核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 从山楂中筛选出89个活性成分，作用于84个靶点，其中山楂改善MH的核心活性成分为山楂酸、阿里红酸B、亚麻酸、亚油酸、甲基正壬酮、芹菜素、熊果酸等；核心靶点为CYP19A1、PPARA、ESR1、PTGS2、PPARG、NR3C1、MMP9、TNF等；作用机制主要涉及炎症、糖脂代谢、血管内皮功能等多条信号通路；分子对接显示山楂核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 山楂可能通过多成分调节TNF、IL-17、AGE-RAGE、HIF-1、cGMP-PKG等多条信号通路，进而抑制炎症反应、改善糖脂代谢异常、改善血...     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、转录因子AP-1(JUN)、白细胞介素-1B(IL-1B)、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3(MAPK3)等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）...     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,...     

基于网络药理学与GEO芯片探究痹祺胶囊治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接方法和GEO芯片探究痹祺胶囊治疗类风湿关节炎的网络调控机制.方法 使用TCMSP数据库和SwissTarget Prediction平台收集和筛选痹祺胶囊的活性成分及其作用靶点.使用GEO数据库收集类风湿关节炎差异基因.将痹祺胶囊作用靶点与类风湿关节炎差异表达基因取交集确定痹祺胶囊治疗类风...     

基于网络药理学探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制

目的 通过网络药理学方法筛选金银花-连翘药对中活性成分和IgA肾病靶点,探讨金银花-连翘药对干预IgA肾病的作用机制.方法 采用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索金银花、连翘中活性成分及其作用靶点.通过OMIM、NCBI、GeneCards数据库获取IgA肾病相关基因靶点.利用Venny 2.1软件得到中药活性成分...     

基于网络药理学探讨蒙药苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用机制

目的 运用网络药理学探讨苏龙嘎-4颗粒的多成分、多靶点、多途径的抗腹泻作用机制。方法 通过TCMSP平台、BATMAN-TCM数据库及文献检索收集苏龙嘎-4颗粒中4味中药的全部化学成分和作用靶点，同时利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取腹泻的已知治疗靶点。构建韦恩图，得到苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用靶点。采用Cytoscape 3.7.1软件，将活性成分与潜在靶点构建“药物-成分-靶点”网络；通过String 10.0数据库建立PPI网络，并获得核心靶点。采用R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果 根据数据库检索，结合所制定的筛选标准，得到苏龙嘎-4颗粒34个活性成分和110个靶点，其中74个靶点为苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的潜在靶点。GO生物学过程分析得出87个条目，KEGG通路分析得出117条通路，主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、凋亡通路等。推测苏龙嘎-4颗粒可能通过抗炎、影响细胞凋亡、修复肠粘膜损伤而起到抗腹泻的作用。结论 苏龙嘎-4颗粒的活性成分主要通过CASP-3、EGFR、IL-6、VEGFA、MAPK8等靶点抑制炎症因子的产生阻断炎症反应、影响细胞凋亡的同时对肠粘膜损伤的进行修复，最终发挥抗腹泻的作用。