STR峰高与峰下面积在干细胞移植后状态判断的应用探讨

目的 探讨短串联重复序列（STR）信息位点的峰高与峰下面积在异基因造血干细胞移植后嵌合状态判断中的作用,寻找适合于异基因造血干细胞移植状态判断的指标.方法 分别采集两名无关供者及M2患者及其HLA全相合供者两组血标本,以白细胞含量为依据制备不同比例混合血样,提取DNA,使用STR试剂盒,建立PCR扩增体系,在ABI3100仪上检测扩增片段,筛选得到理想的信息位点,获取其峰高及峰面积进行移植嵌合率的计算.结果 各筛选位点以峰高或面积得出的模拟嵌合率间差异均无统计学意义,且各位点模拟嵌合率与制备的浓度梯度之间的相关系数均在0.9965以上.结论 峰高或峰下面积均可作为嵌合状态的定量监控指标.     

用荧光标记短串连重复复合扩增技术监测骨髓移植存活

目的探讨荧光标记短串联重复(STR)复合扩增技术监测骨髓移植存活的价值,为观测骨髓移植疗效提供可靠方法。方法用荧光标记引物对D12S391、D18S865、D20S161这3个STR位点进行PCR复合扩增,用ABI310遗传分析仪对扩增后产物进行分离和分型,并对56例移植后病人做移植物存活鉴定检测。结果有52例移植后病人的3个STR位点的分型完全表现供者源性,与受者移植前不同;4例表现为供/受体干细胞混合嵌合状态。结论荧光标记STR复合扩增体系特异性强,成本低,个体识别力高,检测灵敏、快速、简便,结合临床判断可作为骨髓移植效果评定的有力指标。     

造血干细胞移植植入存活检定技术的应用性研究

目的 探讨荧光标记短串联重复(STR)复合扩增技术在造血干细胞移植(SCT)存活检定中的应用价值。方法 用荧光标记引物对15个STR位点和1个性别位点牙釉质蛋白基因(amelogenin)进行聚合酶链反应(PCR)复合扩增，再用DNA自动测序仪对PCR产物进行分离及分型，并对30例移植后病人做存活鉴定检测。结果 有20例移植后病人的15个STR位点的分型完全表现供者源性，与受者移植前不同；3例表现为供／受体干细胞混合嵌合状态，7例未表现出供者源性细胞在受者体内的植入。结论 荧光标记STR复合扩增体系特异性强，个体识别力高，检测灵敏、快速、简便，可作为SCT存活的可靠指标。     

短串联重复序列监测异基因造血干细胞移植后的植入状态及其演变过程

目的:监测和观察异基因造血干细胞移植后的植入状态及其演变过程。方法:于2003-01/2004-12在中国造血干细胞库深圳分库采集完成人类白细胞抗原配型的6对供受者标本。采用荧光标记复合扩增短串联重复序列检测技术,对6对供受者标本移植前后的系列血样进行D8S1179,D21S11,D18S51,D5S818,D13S317,D7S820,D3S1358,vWA,FGA共9个短串联重复序列位点和Amelogenin性别位点的检测,找出供受者间的差异基因,通过移植后不同时间段患者基因型的转变情况,判断供者细胞是否植入以及嵌合体类型。结果:供受者6对样本均获得满意的9个短串联重复序列位点和1个性别位点的分型结果。6对移植标本短串联重复序列差异基因由受者型向供者型转化的时间为14～23d。6对样本间存在明显差异。第3对、第5对在第14天已为供者完全嵌合状态,而第1对在第16天、第4对在第18天尚为供受者混合嵌合体。但6对样本都是一个从混合嵌合向完全嵌合发展的良好趋势。结论:①6对移植标本短串联重复序列差异基因由受者型向供者型转化的时间为14～23d,6对样本都有从混合嵌合向完全嵌合发展的良好趋势。②采用荧光标记复合扩增短串联重复序列方法可精确地测量聚合酶链反应产物的数量,描述造血干细胞的植入程度及植入的整个演变过程。     

短串联重复序列监测异基因造血干细胞移植后的植入状态及其演变过程

目的：监测和观察异基因造血干细胞移植后的植入状态及其演变过程。方法：于2003—01／2004—12在中国造血干细胞库深圳分库采集完成人类白细胞抗原配型的6对供受者标本。采用荧光标记复合扩增短串联重复序列检测技术，对6对供受者标本移植前后的系列血样进行DSS1179，1321S11，D18S51，D5S818，D13S317，D7S820，D3S1358，vWA，FGA共9个短串联重复序列位点和Amelogenin性别位点的检测，找出供受者间的差异基因，通过移植后不同时间段患者基因型的转变情况，判断供者细胞是否植入以及嵌合体类型。结果：供受者6对样本均获得满意的9个短串联重复序列位点和1个性别位点的分型结果。6对移植标本短串联重复序列差异基因由受者型向供者型转化的时间为14～23d。6对样本间存在明显差异。第3对、第5对在第14天已为供者完全嵌合状态，而第1对在第16天、第4对在第18天尚为供受者混合嵌合体。但6对样本都是一个从混合嵌合向完全嵌合发展的良好趋势。结论：①6对移植标本短串联重复序列差异基因由受者型向供者型转化的时间为14～23d，6对样本都有从混合嵌合向完全嵌合发展的良好趋势。②采用荧光标记复合扩增短串联重复序列方法可精确地测量聚合酶链反应产物的数量，描述造血干细胞的植入程度及植入的整个演变过程。     

造血干细胞移植后嵌合状态的检测及定量研究进展

异基因造血干细胞移植后嵌合状态的形式有三种:完全供者嵌和状态、混合嵌和状态及完全受者型。微卫星DNA等分子学检测嵌和状态的方法都是利用人类基因组中具有高度多态性的DNA遗传标记来区分个体。定量检测嵌合状态的方法有:凝胶成像密度扫描、DNA测序仪和基因扫描软件程序、多重PCR扩增微卫星标志、高效液相色谱及实时定量PCR等。     

短串联重复序列检测在异基因造血干细胞移植植入状态中的应用

背景:移植后造血干细胞植活的判断主要依赖于体内各种遗传标记,其在敏感性和有效性方面各不相同,故亟待建立一种鉴别力强、敏感性高、不受性别限制的检测方法。目的:观察异基因造血干细胞移植供受者移植前及受者移植后不同时间段的血样DNA短串联重复序列遗传位点检测情况。设计:观察测量实验。单位:深圳市血液中心输血医学研究所免疫遗传重点实验室。对象:选择2004-02/2005-12在深圳市血液中心输血医学研究所免疫遗传实验室配型成功并进行造血干细胞移植的18对供受者血样,18例患者中,男10例,女8例,平均35岁。接受血缘关系供者移植6例,无关供者移植12例。所有受试对象均对检测项目知情同意。方法:采用荧光标记复合扩增短串联重复序列(STR)检测技术,对18例进行造血干细胞移植的血液病患者移植后的系列血样及移植前供、受者的血样进行15个STR位点和1个性别位点的检测,找出供受者间的差异基因,观察移植后供者的STR基因在受者体内的植入情况及变化过程,找出最早检测到供者STR基因的时间及完全嵌合体最早出现的时间。主要观察指标:①观察移植前供受者差异基因。②供者STR基因及完全嵌合体最早出现时间。结果:供受者18对均进入结果分析。①供受者中能区分出彼此差别的平均STR差异位点数为12.4(8～15)个。②患者移植后最早可检测到供者STR基因的平均时间为8(5～14)d,由受者型向完全供者型转化的平均时间为14(9～23)d。植入状态由供受者嵌合型转为完全供者嵌合型。结论:荧光标记复合扩增STR检测方法可精确地描述异基因造血干细胞移植植入状态及其演变过程,可为临床提供一个准确、可靠的实验依据。     

造血干细胞移植后嵌合状态的检测及定量研究进展

异基因造血干细胞移植后嵌合状态的形式有三种：完全供者嵌和状态、混合嵌和状态及完全受者型。微卫星DNA等分子学检测嵌和状态的方法都是利用人类基因组中具有高度多态性的DNA遗传标记来区分个体。定量检测嵌合状态的方法有：凝胶成像密度扫描、DNA测序仪和基因扫描软件程序、多重PCR扩增微卫星标志、高效液相色谱及实时定量PCR等。     

游离缘指甲DNA检测异基因造血干细胞移植后供受者嵌合状态的变化

目的 探讨异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation,allo-HSCT)后用患者指甲游离缘标本进行短片段重复序列(short tandem repeat,STR)基因分型和供受者嵌合率检测的适用性,并观察移植后患者指甲中供受者嵌合状态变化.方法 选取2009年7月至2011年9月在北京市道培医院行allo-HSCT的25例患者及25名供者.采集患者及其供者外周血、骨髓、指甲游离缘和口腔黏膜标本.提取标本中基因组DNA,进行15个STR位点的基因分型和嵌合状态分析.将患者分为2组:第1组包括12例患者,在接受allo-HSCT后1个月内分别同时采集患者的指甲游离缘标本和口腔黏膜标本,并做嵌合状态的比较;第2组包括13例患者,观察患者行allo-HSCT后3个月指甲标本中的嵌合状态,并对其中3例患者进行多次指甲标本采集和嵌合状态检测.结果 在第1组12例患者中,指甲标本均检测为患者自身的STR基因型;在4份口腔黏膜标本中检测到供受者混合嵌合状态,供者STR基因型所占比例分别为16.7％、32.1％、35.8％和60.7％.在第2组13例患者中,5例患者存在供受者细胞的混合嵌合状态,即受者指甲中出现供者的STR基因型,嵌合率在6.7％至82.6％之间.3例行allo-HSCT后多次检测指甲嵌合率的患者中,1例始终未检测到供者基因型的嵌合,另2例患者中检测到持续存在的供者基因型的嵌合.结论 移植后1个月内采集的指甲游离缘标本可用于患者STR基因型鉴定和供受者嵌合率分析,优于口腔黏膜标本.供者的移植物中具有可以分化成为皮肤组织的细胞,部分患者移植后皮肤中可长期存在供者来源细胞的嵌合状态.     

STR-PCR定量检测嵌合体供者嵌合率准确性探讨

目的探讨用荧光标记复合扩增短串联重复序列(STR-PCR)结合序列分析仪毛细管电泳法检测嵌合体供者细胞嵌合率的准确性。方法采集健康献血者外周血按白细胞比例两两混合制备不同供受者比例的体外嵌合体模型,对15个STR位点进行荧光标记复合扩增,扩增产物进行序列分析仪毛细管电泳,计算嵌合率。结果实验测得嵌合率与扩增前样本嵌合率呈显著直线相关,r=0.999 7,最小检出供者细胞嵌合率<1%。供者嵌合率≥5%的嵌合体模型嵌合率的检测值与理论值差别无统计学意义(P>0.05),<5%的模型嵌合率检测值与理论值差别有统计学意义(P<0.05)。结论荧光标记复合扩增STR基因结合序列分析仪毛细管电泳检测嵌合率方法个体识别力高、特异、敏感,当供者嵌合率≥5%时能准确反映异基因造血干细胞移植后患者的嵌合状态。     

一种基于单核苷酸多态性位点的定量检测异基因造血干细胞移植后嵌合率的新方法

目的 建立一种单核苷酸多态性-聚合酶链反应(SNP-PCR)定量检测异基因造血干细胞移植后供受嵌合率的新方法 ,探讨其可行性、准确性及优越性.方法 利用18个SNP位点筛选移植前每一对供、受者,采用实时定量PCR(RQ-PCR)对筛选出的差异位点行嵌合率定量分析,通过倍比稀释、模拟嵌合与微卫星重复序列-PCR(STR-PCR)、性染色体双色荧光原位杂交(XY-FISH)和融合基因的定量检测,比较、验证方法 的准确性及敏感度.结果①利用内参质粒标准品扩增的17次标准曲线,平均斜率为-3.39,平均截距为39.97,相关系数均＞0.995,扩增效率接近理想水平;批内差及批间差分别为0.50%和1.10%,在可控范围;与模拟混合嵌合相关系数在0.99以上;可重复敏感度达0.01%.②40例移植患者中,95%以上可以筛选出供、受者差异SNP位点;SNP-PCR与STR-PCR结果吻合率达96.7%,与XY-FISH结果比较差异无统计学意义(P＞0.05);SNP-PCR与特定白血病融合基因检测结果比较,完全嵌合(CC)标本均未检出肿瘤相关的融合基因,部分嵌合(MC)标本融合基因均为阳性.结论 SNP-PCR检测嵌合率准确、敏感、易行,具有极高的临床应用前景,克服了STR-PCR竞争抑制及扩增平台期偏倚的缺点,可以替代其进行临床常规检测.     

Feasibility of a cost-effective approach to evaluate short tandem repeat markers suitable for chimerism follow-up.

BACKGROUND: Precise chimerism monitoring is important for the prediction of the success of allogeneic bone marrow transplantation (BMT). Most of the current procedures employed for chimerism follow-up with short tandem repeat (STR) markers are either time-consuming, labor-intensive, or use expensive assays, making it burdensome to perform large-scale studies of transplanted patients. AIM: To set-up a simple nonradioactive method to investigate a set of STR markers that could be used in the evaluation of chimerism status after allogeneic BMT. METHOD: Six dinucleotide STRs (D2S123, D5S107, CRTL1, D7S500, D11S1356, and TP53) were analyzed by touchdown (TD)-PCR followed by medium size non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining. The sensitivity of the approach was evaluated by dilution competition assays. Peripheral blood samples were taken from a group of 50 healthy Argentinean donors, two transplanted patients, and their respective bone marrow donors. Buccal mucosa samples were also obtained from the BMT recipients. RESULTS: Four markers, D2S123, D7S500, D11S1356, and TP53, presented the highest heterozygosities (0.67-0.88) under our experimental system. A sensitivity of 0.8-1.6% for chimerism detection was consistently found for the different STR. The usefulness of these STR in chimerism analysis was illustrated with the screening of related siblings analyzing two transplanted patients with persistent mixed chimerism, which were previously studied by fluorescence in situ hybridization (FISH). Similar proportions of mixed chimerism were obtained with STR analysis compared with those estimated by FISH. DISCUSSION: To our knowledge, this was the first study of mixed chimerism using TD-PCR to achieve a highly specific STR amplification. This approach allows simple and accurate chimerism quantification because it avoids slippage of Taq polymerase on repeat stretches and prevents the differential amplification of the shorter allele. STR heterozygosities and the high level of sensitivity of this method demonstrated that this approach is not only very informative in this population, but is also rapid (taking less than 14 hours) and cost-efficient. CONCLUSION: The data confirms that this method is a useful tool applicable to routine large-scale STR genotyping and mixed chimerism analysis in low-complexity laboratories worldwide.     

基于免疫磁珠分选的调节性T细胞亚群嵌合性定量分析

为了探讨免疫分选偶联短串重复序列（STR）方法用于调节性T细胞（Treg）嵌合性定量监测的可行性,以淋巴细胞不同比例混合制备14组人工嵌合体血样,以单个核细胞为起点,以免疫磁珠阴性和阳性选择法获取CD4＋CD25＋Treg细胞,分选后的Treg细胞再进行16位点的STR长度多态性分析。结果显示,从分选后的Treg细胞提取的DNA量能满足STR检测要求,当嵌合体中受体比例≥10%时,16个STR位点均能检出受体和供体特异性等位基因,按照STR峰面积计算的受体比例与理论值相符;当受体比例≤1%时,仅有部分位点能检出受体特异性等位基因,实测嵌合率与理论值存在差异。结论：建立了基于免疫分选的Treg细胞嵌合性定量分析方法,对造血嵌合体的检出灵敏度和准确性在1%-10%,可用于造血干细胞移植术后嵌合体监测。     

Real-time biallelic polymorphism-polymerase chain reaction for chimerism monitoring of hematopoietic stem cell transplantation relapsed patients

BackgroundAn accurate analysis of chimerism kinetics permits early detection of hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) in patients with high risks of graft-versus-host disease or those liable to relapse. Although short tandem repeats-PCR (STR-PCR) is the golden standard for quantitative chimerism analysis in most of the clinical laboratories, it has a relatively low sensitivity of 5% and the detection of low percentage in mixed chimerism is usually delayed. In this study, we developed a real-time PCR for chimerism analysis based on the informative biallelic polymorphisms (BP).MethodsThe allele frequencies of 19 selective biallelic polymorphic markers were analyzed using the genomic DNA from 100 healthy Taiwanese volunteers. The informative biallelic polymorphic markers with high discrimination power in the Taiwanese population were identified. The TaqMan probe-based real-time BP-PCR for amplification of the informative loci was designed and the detection sensitivity was determined. Clinical application of real-time BP-PCR in chimerism monitoring was evaluated and was compared with the conventional STR-PCR by analyzing the DNA samples obtained at different time points post-HSCT from 4 relapsed and 10 non-relapsed patients.ResultsAllele distribution analysis revealed that the loci of S01a, S03, S04a, S05b, S06, S07b, S08b, S09b, S10b and S11a had a relatively high discrimination power and were the informative BP for chimerism monitoring in the Taiwanese population. Real-time BP-PCRs for these 10 BP loci were set up with the detection sensitivity equivalent to 0.003–0.006%. Real-time BP-PCR of the 4 HSCT patients revealed the presence of recipient-specific DNA at early time point than STR-PCR for 3 of the patients, whereas real-time BP-PCR was as effective as STR-PCR in uncovering the sign of relapse for one of the patients. In addition, the baseline value for the patients with no sign of relapse was 0.127 ± 0.193% of recipient DNA.ConclusionWe conclude that real-time BP-PCR is a sensitive and reliable method for chimerism monitoring and is superior to the STR-PCR in identifying patients who are at high risk for relapse after transplantation.     

嵌合体的动态定量检测在异基因造血干细胞移植中的应用

目的　建立荧光标记的多重PCR扩增短串联重复序列 (STR PCR)结合毛细管电泳 ,定量检测供体细胞 (DC)嵌合率的方法 ,并探讨该方法的连续定量检测对异基因造血干细胞移植 (allo HSCT)后转归的预警作用。方法　采集 31例接受骨髓移植 (BMT)或非清髓外周血干细胞移植 (NST)患者移植前、移植后不同时段的外周血或骨髓。DNA样本用ProfilerPlus商品化试剂盒扩增后 ,用ABI 310遗传分析仪进行毛细管电泳 ,确定基因位点及峰面积 ,根据供受体基因型的差异选择嵌合率计算公式。结果　 31例患者中 15例 (48.4 % )为性别相合移植 ,只能通过STR PCR进行嵌合体的定量分析 ;性别不合移植患者用STR PCR和荧光原位杂交两种方法定量测得的DC嵌合率一致 ;31对供受体中能区别出供受差别的STR位点有 6 .7(2～ 10 )个 ,所有患者均在移植后 7天 ( 7天 )出现供体来源的细胞 ,BMT组 7天、 14天和 1个月DC中位数均明显低于NST组 ,而在移植中后期无显著性差异。 2 1天时BMT和NST患者均达稳定嵌合 ,DC在 92 %以上 ;中位随访 17(3.5～ 2 9.0 )个月 ,2 6例患者DC≥90 % ,均获得持久植入 ,至今均为无白血病生存。另有 5例患者出现不稳定混合嵌合 (MC)状态 (DC为2 7.3%～ 6 2 .7% ) ,其中 4例复发 ,1例出现移植物被排斥。上述 5例患者均     

混合脐血成人移植定量监测植入状态的实验研究

为了定量监测和研究双份异基因脐血用于成人白血病患者移植后两份脐血的植入状态、嵌合体类型、供者细胞相对数量的动态变化及演变规律 ,采用荧光标记复合扩增短串联重复 (STR)位点嵌合体定量检测技术 ,对 1例急性髓细胞白血病成人患者移植两份 (脐血 1有核细胞数为 2 .5× 10 7/kg ,脐血 2有核细胞数为 1.5 3× 10 7/kg)HLA各 1个位点不相合的异基因脐血前后的序列血样进行 9个STR位点的检测 ;利用供、受者之间的差异位点定性判断脐血是否植入以及嵌合体类型 ;而后根据 377XLDNA测序仪上荧光扫描后两供者差异基因检出峰的峰面积计算脐血植入后患者体内两份脐血的细胞相对数量 ,定量分析供体细胞植入程度及演变规律 ;并与采用HLA差异基因对植入状态的分析结果进行对比。结果表明 :移植后 15天两份脐血同时植入 ,植入状态为完全双份供者嵌合体 ,患者体内脐血 1的相对细胞数量占 5 1.3% ,脐血 2占 4 8.7% ;30天时脐血 1嵌合体细胞上升为 70 .0 % ,脐血2嵌合体细胞下降为 30 .0 %。 5 2天时只检测到脐血 1的基因 ,植入状态转为完全单份供者嵌合体 ,有核细胞数少的一份脐血被排斥 ,有核细胞数多的一份长期植入。结论 :荧光标记复合扩增STR嵌合体定量检测可精确地描述两份脐血的植入程度及变化过程 ,为临床脐     

Bone marrow transplant engraftment analysis with loss of an informative allele

Short tandem repeats (STRs) are highly polymorphic DNA sequences in the human genome. STR genotype analysis is used for human identity testing and to monitor bone marrow engraftment after allogeneic transplantation. Engraftment analysis requires one or more informative STR loci that distinguish recipient from donor. The following case illustrates that chromosome loss in tumor cells during the course of disease may cause corresponding loss of an STR locus. This circumstance is a potential source of error in the interpretation of engraftment analysis, especially if only one informative allele is used to monitor engraftment.     

STR-PCR分析嵌合体在同种异基因造血干细胞移植中的应用

利用荧光标记的多重PCR扩增短串联重复序列（STR-PCR）结合毛细管电泳检测供者细胞嵌合率（DC）,以探讨该方法的连续检测对异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）后转归的预警作用,采集27例清髓性外周血干细胞移植患者移植前、移植后不同时段的外周血或骨髓,DNA样本用Profiler Plus和Cofiler Plus商品化试剂盒扩增后,用ABI310遗传分析仪进行毛细管电泳,确定基因位点及峰面积,根据基因型的差异选择嵌合率计算公式。结果表明：两种试剂盒测得的DC嵌合率一致;在27对中能区别出供受差别的STR位点,Profiler Plus为6.3（4-9）个,Cofiler Plus为4.9（2-6）个。26例患者均在移植后28天出现供者细胞,1例患者未出现供者细胞。14例患者DC100%,均获得持久植入,至今仍无白血病生存;另有9例患者出现不稳定混合嵌合（MC）状态（DC为0%-90.2%）,其中5例为血液学复发。27例病人中有6例死亡。上述5例复发患者均在出现临床症状前发生DC量下降;供者细胞完全嵌合组移植物抗宿主病（GVHD）的发生率高于MC组。结论：动态检测DC可用于移植动力学研究,对移植物早期植入或被排斥、疾病复发以及GVHD的发生均有预警作用,对早期实施临床干预治疗有重要的指导意义。