基于网络药理学的鱼腥草滴眼液治疗干眼作用机制探讨

目的:探讨鱼腥草滴眼液治疗干眼的成分靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索收集鱼腥草滴眼液中化学成分并筛选活性成分,多个数据库联用检索查询成分和疾病对应的靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,对成分靶点与疾病靶点进行可视化分析;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行分析;运用Bioconductor数据库R语言软件包进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,进一步分析靶点功能及机制通路。结果:共筛选出鱼腥草有效活性成分30个,与干眼的交集靶点128个。根据“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,鱼腥草治疗干眼的主要有效成分有23个,包括癸醛、乙酸龙脑酯、山柰酚、槲皮素、芦丁等。根据PPI网络,鱼腥草治疗干眼的潜在作用靶点度值排名前10的有Jun、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子p65(RelA)、白细胞介素-8(CXCL8)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)、MAPK8和IL-1β。GO分析提示,鱼腥草治疗干眼的关键靶点富集在细胞因子受体结合、受体配体活动、细胞因子活性等功能上;KEGG通路富集分析则显示,鱼腥草治疗干眼涉及了包括糖尿病并发症中的晚期糖基化产物及其受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和IL-17信号通路等在内的多条作用通路。结论:鱼腥草滴眼液主要成分鱼腥草治疗干眼的作用机制可能与抗炎、抑制细胞凋亡等有关。     

基于网络药理学探讨中药升麻透疹功效作用机制

目的:分析升麻治疗麻疹的活性成分,预测其作用靶点及信号通路,并探其透疹功效作用机制。方法:通过TCMSP数据库收集升麻成分并进行ADME筛选,得到升麻中类药性成分,应用Swiss Target Prediction平台获取升麻成分潜在靶点,筛选成分疾病之间共同靶点,构建可视化成分-靶点-信号通路网络,通过DAVID和PANTHER数据库对共同靶点进行GO富集与通路分析。 结果:通过筛选获得7个具有ADME类药性的升麻成分,相应靶标58个,麻疹相关靶点693个,两者间共存在LXRβ羟甾醇受体、tau微管相关蛋白等11个共同靶点,GO功能富集分析表明共同靶点主要参与细胞代谢、细胞增殖、调节转录、催化等生物进程,KEGG通路富集分析得到Hepatitis B、Pancreatic cancer等25条通路。结论:谷甾醇、豆甾醇等7个成分,主要通过作用PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway等炎症相关通路,影响体内IL-2、IL-4等炎症因子水平和相关介质水平,改善麻疹不透的病症,发挥透疹作用。     

基于网络药理学预测射干治疗支气管哮喘作用机制

目的:基于网络药理学预测射干治疗支气管哮喘的作用机制。方法:通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索射干化学成分,Swiss Target Prediction数据库得到射干的预测靶点,通过Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点将射干的预测靶点与哮喘相关靶点进行映射得到射干治疗哮喘的预测靶点。通过Cytoscape(3.6.0)软件,生成射干治疗哮喘的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID网站(基因百科全书)进行KEGG通路分析,运用systems Dock网站对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:射干活性化合物有17种,筛选出射干可能与哮喘相关的靶点74个,关键靶点共16个,包括雌激素受体α(ESR1)、蛋白激酶C-α(PRKCA)、醛糖还原酶(AR)、蛋白激酶C-delta(PRKCD)、蛋白质激酶C-β(PRKCB)等。通过KEGG通路分析得到128条通路,结合文献检索,筛选出治疗哮喘的可能通路为20条,主要分为以下四类,①气道炎症相关通路:PI3K-Akt信号通路、趋化因子信号通路、MAPK信号通路等;②气道平滑肌相关通路:Ras信号通路、Hippo信号通路、钙信号通路等;③血管增生相关通路:VEGF信号通路;④免疫相关通路:T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路。结论:射干通过多靶点、多通路治疗哮喘,其机制可能与气道炎症相关通路、气道平滑肌相关通路、血管增生相关通路、免疫相关通路的作用相关。     

基于网络药理学的雷公藤治疗干燥综合征作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨雷公藤与干燥综合征的关联关系及潜在作用机制.方法:通过检索TCMSP数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出雷公藤中的主要活性成分及作用靶点;检索GE O数据库筛选干燥综合征的预测靶点,并将有效化合物和疾病靶点进行映射;采用Cytoscape软件构建雷公藤化合物-干燥综合征靶点相互作用网络...     

基于网络药理学探讨枸杞子治疗视网膜色素变性的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究枸杞子干预视网膜色素变性(RP)可能的作用机制.方法:检索国家知识基础设施数据库、中国学术期刊数据库、中文科技期刊数据库上正式公开发表的有关中药方剂治疗RP临床疗效的文献,记录其方剂中使用的中药名称及使用频数.运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出枸杞子口服生物利用度≥30％...     

基于网络药理学的四君子汤作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学探讨银屑Ⅰ号治疗银屑病的作用机制

目的应用网络药理学研究方法预测银屑Ⅰ号药物成分的作用靶点,并与银屑病相关靶点进行映射,拓扑出银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络并进行富集分析,探讨银屑Ⅰ号治疗银屑病可能的作用机制。方法应用中药系统药理学(TCMSP)数据库和分析平台及文献检索挖掘出银屑Ⅰ号药物所对应的成分,通过中药成分靶点(HIT)数据库及Swiss靶点预测数据库检索出成分对应的靶点。在疾病靶点数据库(TTD),Drugbank(DBD)数据库及DisGeNet数据库中获取银屑病对应的靶点。使用Cytoscape构建银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络及核心网络,应用ClueGo对靶点进行GO-BP富集分析及KEGG通路分析。结果筛选出银屑Ⅰ号成分—靶点—疾病网络中共42个相关靶点及59个相应化合物,共得出12条主要信号通路,其中血管内皮生长因子(VEGF)信号通路及皮质类固醇反应信号通路在网络中具有串话作用。结论银屑Ⅰ号通过直接或间接作用靶点调控多条信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥银屑病的治疗作用。     

基于网络药理学的中药蒲公英治疗乳腺癌作用机制研究

目的:运用网络药理学筛选蒲公英治疗乳腺癌的有效成分及对应靶点,构建"药物-有效成分-疾病-靶点"网络,探讨蒲公英治疗乳腺癌的作用机制。方法:通过Batman TCM、PubChem及SwissTargePrediction数据库和GeneCards、OMIM数据库筛选蒲公英有效成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学探究杜仲治疗高血压作用机制

目的采用网络药理学方法探究杜仲治疗高血压的作用机制。方法利用TCMSP数据库,对影响杜仲吸收、分布、代谢和排泄行为的活性成分进行筛选,并运用Uniport数据库预测作用靶点,利用GeneCards数据库获取高血压作用靶点;采用Cytoscape3.6.1软件将药物作用靶点和疾病靶点进行映射,运用STRING11.0数据库构建映射靶点蛋白互作网络;最后利用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果通过对杜仲活性成分、作用靶点查找与筛选,获得杜仲有脂醇二葡萄糖苷、槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等27个主要活性成分,作用靶点181个,并绘制出杜仲的活性成分-作用靶点网络图;用GeneCards数据库获取高血压相关靶点703个,经在线工具分析,获取75个杜仲的活性成分与高血压共同作用靶点;GO和KEGG富集分析提示:杜仲参与多种生物学过程调控,其可能通过抑制cAMP活性和钙离子内部流量、调节NO和肾素-血管紧张素系统,舒张血管并增加冠脉流量来发挥降压活性。结论杜仲可通过多成分协同作用,实现多通路、多靶点的降血压作用。     

基于网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制

目的：利用网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对止嗽散的主要成分及作用靶点进行筛选和挖掘;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘喉源性咳嗽的相关靶点;运用STRING数据库构建止嗽散治疗喉源性咳嗽的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;进行拓扑分析并筛选出止嗽散治疗喉源性咳嗽的核心靶点;利用David数据库对药物、疾病交集靶点进行富集分析。结果：止嗽散药物-成分-靶点-疾病网络图包含152个有效成分,相对应靶点155个;喉源性咳嗽相关靶点1 176个。其中β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、豆甾醇、山柰酚等可能是止嗽散治疗喉源性咳嗽的关键成分,涉及TP53、VEGFA、IL6、MAPK、JUN、TNF、EGF等14个核心靶点。基因本体(GO)生物过程分析涉及一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞外间隙、基因表达的正调控、细胞外区、脂多糖介导的信号通路等。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析提示这些靶点参与TNF信号通路、NOD样受体信号通路、FoxO信号通路、To...     

基于网络药理学探究丹参治疗慢性肝炎的作用机制

目的：运用网络药理学的方法预测丹参治疗慢性肝炎的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选丹参的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得慢性肝炎的靶点基因;利用R语言3.6.3截取交集网络获得潜在靶点;使用Cytoscape3.7.2将“中药-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路注释。结果：获得丹参中65个活性化合物、109个不重复的靶标信息、89个慢性肝炎治疗靶点。GO功能富集得到GO条目48个（P<0.05）,其中生物过程(BP)条目1 796个,细胞组分(CC)条目73个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集得到88条信号通路（P<0.05）。结论：丹参中的有效成分异隐丹参酮(Isocryptotanshi-none)、1,2,5,6-tetrahydrotanshinone、丹参醌新酮Ⅰ(MiltiononeⅠ)、二氢丹参内酯(Dihydrotanshinlactone)、4-methylenemiltirone、丹参酮Ⅱa(TanshinoneⅡa)、木犀草素等可能作用于ADRB2、OPRM1、PTGS1、CA2、PTGS2等关键靶点通过调控Hepatitis B、IL-17 signaling pathway、Hepatitis C、T cell receptor signaling pathway、PI3K/AKT signaling pathway等干预了活性氧代谢过程、循环系统血管功能、氧化应激反应、凋亡,从而发挥治疗慢性肝炎的作用。     

基于中药整合药理学平台分析黄连汤治疗胃炎的作用机制

目的:探讨黄连汤治疗胃炎的功效物质基础和可能的作用机制,为该复方的后续应用与研发提供参考。方法:利用中药整合药理学平台预测黄连汤治疗胃炎的主要活性成分和作用靶点,构建黄连汤成分靶标-疾病靶标网络,筛选关键节点进行通路富集分析,探索黄连汤多成分-多靶点-多通路治疗胃炎的可能作用机制。结果:黄连汤预测的175个活性成分与胃炎相关的538个关键靶标相互作用,通过趋化因子、雌激素和T细胞受体等信号通路参与幽门螺旋杆菌感染侵润、胃黏膜损伤、胃黏膜萎缩等胃炎发生与发展过程中病理环节的调控。结论:该研究初步揭示了黄连汤治疗胃炎的潜在活性成分及其可能的作用机制,为该方进一步的药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。     

基于数据挖掘和网络药理学探析中药治疗寒湿型腰痛的核心药物及作用机制

目的：基于数据挖掘分析中药治疗寒湿型腰痛的核心药物，并采用网络药理学探析其作用机制。方法：检索中国知网(CNKI)、万方数据(WANFANG DATA)、维普中文科技期刊数据库(VIP)、中国生物医学文献数据库(CBM)、中国中医药数据库中2012年1月1日至2021年10月31日收录的中药治疗寒湿型腰痛的相关文献，根据纳入和排除标准进行筛选。对纳入文献运用SPSS 25.0、IBM SPSS Modeler 18进行统计分析，探究中药治疗寒湿型腰痛的核心药物。应用TCMSP平台检索核心药物的有效成分及靶点，利用David数据库对核心药物作用靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：通过检索数据库筛选及运用K-core(k核算法)分析得到治疗寒湿腰痛的核心药物为桑寄生、川乌、杜仲、牛膝和甘草。对5味核心药物的潜在靶点进行预测，得到血管内皮生长因子A(VEGFA)、缺氧诱导因子1A(HIF1A)、表皮生长因子受体(EGFR)等10个关键靶点，靶点主要富集在分子功能中的蛋白结合以及等离子体膜、细胞质等细胞组分方面，预测可能作用于癌症通路、神经活性...     

基于网络药理学探讨苍耳子治疗白癜风的作用机制

目的：基于网络药理学分析的方法探讨苍耳子对于白癜风的作用机制及关键靶点。方法：通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）探讨苍耳子的主要活性成分,活性成分靶点基因通过Pub Chem/Uniprot数据库检索;根据Dis Ge NET/Gene Cards数据库检索白癜风相关基因,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,进行关键靶点的基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选获得苍耳子的主要活性成分有6个,检索到白癜风疾病靶点395个,二者共有5个交集基因。结论：苍耳子治疗白癜风主要机制可能是其中的甾醇类化合物作用于氮新陈代谢通路、蛋白多糖和内分泌抵抗通路、松弛素信号通路以及胆汁酸分泌以及雌激素信号通路等信号通路,调控有机物的定位,通过一系列生物学过程来发挥对白癜风的治疗作用。     

基于网络药理学及体外实验验证研究茯苓-白术药对治疗胃癌的作用机制

目的：基于网络药理学及实验验证,探讨茯苓-白术药对治疗胃癌的作用机制。方法：根据口服生物利用度和类药性,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选茯苓-白术药对活性成分,借助Swiss Target Prediction数据库,预测茯苓-白术药对活性成分的潜在靶点。在疾病相关基因数据库（DisGeNET）检索胃癌相关靶点,将2个靶点集导入Cytoscape软件做交集,通过筛选拓扑特征值获取茯苓-白术药对治疗胃癌的核心靶点集,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。并进行基因本体（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后,通过体外实验对有效靶点及通路进行验证。结果：茯苓-白术药对含有36个有效活性成分,PPI网络关键靶点主要为MAPK3、PTGS2、EGFR、MAPK8、MAPK14、PPARG、ESR1等。预测茯苓-白术药对活性成分通过“Viral carcinogenesis”“PI3K-AKT signaling pathway”“Proteoglycans in cancer”等信号通路发挥作用。结论：茯苓-白术药对通过多成分、多靶点、多途径治疗胃癌,可通过靶向于PI3K-AKT信号通路及促分裂原活化的蛋白激酶3蛋白表达参与细胞增殖、侵袭,为进一步研究茯苓-白术药对治疗胃癌奠定了坚实基础。     

基于网络药理学探讨炙甘草汤治疗心律失常的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨炙甘草汤治疗心律失常的作用机制。方法：运用中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM数据库,筛选出炙甘草汤有效成分及其作用靶点。通过GeneCards、OMIM数据库筛选出心律失常的疾病靶点,并与中药靶点合并取交叉靶点,采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并运用Cytoscape 3.7.2筛选关键基因,同时借助CytoNCA插件进行拓扑分析;运用Bioconductor数据库及RX64 4.0.0软件对交集基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用swissdock在线分子对接工具对蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中的核心蛋白与核心化合物分子进行分子对接。结果：筛选出171个化合物及4 090个靶点,得到关于心律失常疾病靶点435个;PPI结果显示,Degree值排名前6的基因分别为：INS、KCNH2、SCN5A、CAV3、GJA1、TNNI3;拓扑分析显示Degree排名前5的基因分别为：EGFR、HSPA8、NTRK1、ESR1、HSP90AA1;分子对接结果显示：炙甘草汤的大多数活性成分和关键靶点的结合率较强,其结合能最低为SCN5A与Lysine、KCNH2与Gamma-Aminobutyric Acid;GO富集分析显示炙甘草汤治疗心律失常与心脏收缩、心脏肌肉收缩、心的过程、横纹肌收缩、心脏收缩调节等有关。KEGG富集分析显示心肌细胞的肾上腺素能信号、肥厚型心肌病、cGMP-PKG信号通路、扩张型心肌病相关。结论：炙甘草汤治疗心律失常具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨.方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰...     

基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病的作用机制

目的：基于网络药理学分析黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病的分子生物学机制。方法：通过中药系统药理数据库和分析平台、疾病靶点数据库分别获取黄芪桂枝五物汤的药物成分、成分靶点及颈椎病疾病靶点并获取交集靶点,使用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质相互作用关系网络并获取关键靶点,应用Cytoscape软件分别构建化合物靶点网络图及蛋白质互相作用关系(protein–protein interaction, PPI)网络,通过DAVID平台进行基因本体功能(gene ontology, GO)和通路分析。结果：筛选出中药活性成分41个,交集靶点187个,其中PPI网络分析中排名靠前的靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC serine/threonine-protein kinase, AKT)1、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase, CASP)3等;GO及通路富集分析结果,关键蛋白富集在细胞核、细胞质、质膜等位置,参与RNA聚合、DNA...     

基于网络药理学探讨行气活血通络方治疗神经根型颈椎病的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨行气活血通络方治疗神经根型颈椎病的作用机制。方法通过TCMSP(中药系统药理学数据库分析平台)、BATMAN-TCM(中药分子机制的生物信息学分析工具)数据库,对行气活血通络方所含活性成分进行筛选并预测作用靶点,利用GeneCards、OMIM(在线人类孟德尔遗传)和DisGeNET(疾病相关的基因与突变位点数据库)数据库检索神经根型颈椎病相关基因,利用韦恩图筛选行气活血通络方中活性成分治疗神经根型颈椎病的作用靶点。利用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络图,利用STRING数据库绘制蛋白互作网络。最后,利用Metascape数据库对靶点进行GO(基因本体)及KEGG(基因组百科全书)通路分析。结果行气活血通络方所含11味中药共筛选出93种活性成分,涉及250个靶点基因,其中有213个基因与神经根型颈椎病相关。网络分析结果表明,此方治疗神经根型颈椎病涉及的生物学过程主要包括毒性反应、无机物反应、细胞对氮化合物的反应等;涉及的分子功能主要包括神经递质受体的活性、激酶结合、G蛋白偶联胺受体活性等。其作用机制可能与AGE-RAGE signaling p...