RPL3可作为低级别胶质瘤的预后标志物且与免疫细胞浸润相关

目的 研究核糖体大亚基蛋白3(ribosomal protein L3,RPL3)在低级别胶质瘤(low-grade glioma, LGG)中的表达、潜在的预后价值及其对免疫细胞浸润的影响。方法 提取肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression, GTEx)、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource, TIMER)数据库中LGG相关数据集，应用多种生物信息学分析，探讨RPL3与LGG预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫检查点表达等相关性。结果 与正常组织相比，LGG肿瘤组织中RPL3的mRNA水平和蛋白水平升高。单变量和多变量Cox分析发现，RPL3是LGG的独立预后因素，且RPL3低表达与LGG预后不良相关。RPL3表达与CD8^+<...     

基于数据库分析ASF1B在胃癌中的表达与预后的关系

〔目的〕研究ASF1B基因在胃癌中的表达水平,进而分析ASF1B基因表达水平与预后的关系.〔方法〕从TCGA(the cancer genome atlas)数据库和GEO(Gene ExPession Omnibus)数据库中下载胃癌的RNA?seq和临床数据;分析TCGA数据库中ASF1B在胃癌组织与癌旁组织的差异表达;采用KaPlan?Meier方法分析GEO数据库和TCGA数据库中ASF1B表达量与患者总生存期的关系,并采用COX回归分析基因表达和其他临床相关因素与预后的关系;应用GSEA软件分析ASF1B在胃癌中的作用通路;绘制预后相关列线图并计算C?指数.〔结果〕胃癌组织中ASF1B的表达量显著高于癌旁组织;K?M生存分析显示ASF1B低表达的总生存率较差,多因素COX分析表明ASF1B为患者总体生存率的独立预后因素,验证集显示相似的结果,绘制列线图预测胃癌患者1a、2a、3a的生存率并验证C指数表明模型准确度良好;ASF1B高表达主要在细胞周期、同源重组、错配修复、碱基切除修复等通路存在富集,ASF1B低表达主要在ECM受体相互作用和Hedgehog信号通路上富集.〔结论〕ASF1B低表达水平可作为胃癌患者预后不佳的独立因素,评估ASF1B的表达可能有助于预测患者预后.     

基于肿瘤基因组图谱数据库分析血管活性肠肽受体1基因在肺腺癌组织中的表达及其临床意义

目的 基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析血管活性肠肽受体1(VIPR1)基因在肺腺癌组织中的表达及临床意义.方法 下载TCGA数据库中肺腺癌组织和正常肺组织的转录组数据及临床数据,分析VIPR1在肺腺癌组织和正常肺组织中的表达差异以及高、低表达水平对患者预后、临床病理特征的影响.采用基因集富集分析(GSEA)软件...     

基于肿瘤干性相关基因的肾癌预后模型构建

目的 通过挖掘基因表达汇编(GEO)数据库中肾癌干细胞芯片数据,寻找肾癌细胞干性标志物,并联合癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的肾癌临床及转录组数据构建一种评估肾癌预后的模型.方法 从GEO数据库GSE48550数据集中下载芯片数据,筛选肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞之间的差异表达基因,通过基因本体(GO)和基因集富集分析进行功能及通路分析,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建确定肾癌干细胞核心基因.从TCGA数据库下载肾癌患者年龄、临床分期、预后情况及相关基因的表达水平,通过单因素及多因素Cox回归分析筛选肾癌预后的独立危险因素,构建预测肾癌患者总生存期的列线图模型.结果 通过分析肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞的芯片数据,发现差异表达基因富集在细胞趋化、细胞外基质形成及受体配体活性等模块,炎症反应通路、P53通路及TNF-α/NF-κB通路在肾癌干细胞中显著激活.单因素及多因素Cox回归分析结果表明,年龄、临床分期为肾癌预后的独立危险因素,趋化因子家族中的C-X3-C基序趋化因子配体1(CX3CL1)是肾癌预后的独立保护因素.通过评估模型区分度,发现基于年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的风险模型可准确预测肾癌患者总体生存率,其中C指数为达到0.803.结论 通过GEO和TCGA数据库联合分析筛选肾癌干性相关基因,构建了一种联合患者年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的新模型,新模型可用于评估肾癌患者预后.     

ACSS3基因在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 研究ACSS3(Acyl-coA synthetase super-family 3)基因在胶质瘤中的表达情况及评估其对患者预后的影响。方法 从TCGA(the cancer genome atlas)、CGGA(Chinese glioma genome atlas)、Rembrandt、Gravendeel数据库中下载胶质瘤的基因表达数据和对应的临床表达数据;使用GraphPad prism 8.0 软件做生存分析和临床特征的相关性分析。用Cancer GSEA 在线网站分析ACSS3在胶质瘤和GBM(glioblastoma multiforme)中潜在的生物学功能。结果 ACSS在GBM 中的表达水平显著高于正常组织和较低级别胶质瘤(lower grade glioma, LGG)。另外,ACSS3的表达还和IDH(isocitrate dehydrogenase)和1p19q的状态相关。ACSS3在GBM和较低级别胶质瘤(LGG)中高表达明显地降低了患者的总生存时间。Cancer GSEA分析表明,ACSS在胶质瘤中可能参与了EMT(epithelial-mesenchymal transition)和新陈代谢,在GBM中可能参与了细胞侵袭、缺氧和血管生成等生物学功能。结论 ACSS3是胶质瘤的新型预后标志物和治疗靶标。     

基于铁死亡基因的乳腺癌预后模型构建

目的 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库挖掘与乳腺癌预后相关的铁死亡基因,构建乳腺癌预后模型.方法 下载TCGA数据库中转录组与临床数据,获取与预后相关的在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,利用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归法构建风险评分模型.将TCGA数据库中获取的患者信息作为模型测试集...     

KIFC3基因在结直肠癌中的表达及预后分析

目的比较驱动蛋白家族分子C3(KIFC3)基因在结直肠癌组织中的表达及对预后的影响。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库中收集结直肠癌RNA表达数据,分析KIFC3的表达情况;收集2017年1—6月汕头大学医学院附属第一医院收治的19例结直肠癌切除标本,采用实时荧光定量聚合酶链反应检测癌组织及癌旁正常组织中KIFC3的表达。结合TCGA结直肠癌患者的临床资料,比较各项临床病理特征中KIFC3的表达水平;采用Kaplan-Meier plotter和Cox回归比较KIFC3高表达组与低表达组患者的预后。结果 KIFC3在结直肠癌中的表达显著高于正常组织(3. 39±6. 26比2. 07±4. 93)(P <0. 05)。结直肠癌患者中发生淋巴结转移的KIFC3 mRNA水平高于无转移者(8. 42±0. 97比8. 05±1. 05),肿瘤浸润T_(3～4)期的KIFC3 mRNA水平高于肿瘤浸润T_(1～2)期的患者(8. 30±1. 01比7. 87±1. 03),病理分期Ⅲ～Ⅳ期的KIFC3 mRNA水平高于Ⅰ～Ⅱ期患者(8. 38±0. 95比8. 06±1. 07)(P <0. 01)。KIFC3表达水平越高,结直肠癌患者总生存时间越短(P <0. 05),KIFC3高表达患者的死亡风险约为低表达患者的1. 8倍(HR=1. 808,95%CI 1. 012～3. 229,P=0. 045)。结论 KIFC3在结直肠癌组织中表达升高,KIFC3高表达的结直肠癌患者预后更差。     

ncRNA介导的EphB4上调与低级别胶质瘤不良预后及肿瘤免疫浸润的相关性

目的 探讨促红细胞生成素生成人肝细胞受体B4(erythropoietin-producing human hepatocellular receptors B4,EphB4)在低级别胶质瘤(lower-grade glioma,LGG)组织中的表达、其上游靶点以及与患者预后及肿瘤免疫浸润的相关性,分析其作为治疗靶点的潜在作用。方法 首先应用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库胶质瘤数据分析EphB4在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析EphB4对不同癌症生存期的影响。用R语言和starBase数据库分析EphB4可能上游调节非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA)。用肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库进行EphB4表达与肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物学标志物和免疫检查点相关性分析。结果 UBA6-AS1/hsa-miR-346轴是最有潜力影响LGG中EphB4表达的上游ncRNA相关通路。同时,EphB4水平与LGG肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物学标志物、免疫检查点表达均呈显著正相关。结论 ncRNA介导的EphB4上调与LGG的不良预后和肿瘤免疫浸润相关。     

BRCA1、BRCA2、RAD51和FANCD2在上皮性卵巢癌中的表达及其与临床病理特征的关系

目的:探讨DNA双链断裂的同源重组修复相关的蛋白乳腺癌易感1(BRCA1)、乳腺癌易感2(BRCA2)、DNA修复蛋白RAD51和范可尼贫血D2蛋白(FANCD2)在卵巢癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系。方法:收集上皮性卵巢癌(EOC)患者的临床癌组织样本共84例和正常卵巢组织6例,采用免疫组化法检测BRCA1、BRCA2、RAD51、FANCD2蛋白的表达。通过GEPIA分析TCGA数据库中4种基因在EOC组织中的表达以及它们之间的相关性。使用Ualcan分析TCGA数据库中4种基因在EOC组织中的表达水平与临床病理特征的关系。结果:免疫组化检测结果表明,BRCA2、RAD51和FANCD2蛋白在EOC组织中的阳性表达率显著高于正常卵巢组织(均P<0.05)。经GEPIA对TCGA数据库分析,BRCA1、BRCA2、RAD51和FANCD2的mRNA表达在EOC组织中显著上升,且两两之间均呈明显正相关。经Ualcan对TCGA数据库分析,BRCA1 mRNA在41岁以上的患者中表达显著增高;且4种基因在2级(肿瘤组织学分级)以上的肿瘤中均表达较高,RAD51 mRNA在3...     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

卵巢勃勒纳瘤5例临床病理观察与分析

目的:观察和分析卵巢勃勒纳(Brenner)瘤的临床和病理形态学特点,并阐明其诊断和鉴别诊断要点.方法:对5例卵巢勃勒纳瘤进行临床病理学、组织化学、免疫组织化学观察分析.结果:交界性瘤中可见良性瘤形态,但细胞巢增大、大小不一、排列较紧密、无巢与巢融合、无间质浸润.恶性瘤中可见交界性瘤区域,但不一定有良性瘤区域,且巢大、融合、有"出芽"现象等,并伴坏死、出血,向周围浸润或转移.结论:上皮巢和致密的纤维间质共存是勃勒纳瘤的基本结构成份.上皮巢和巢中上皮细胞形态的差别是鉴别良恶性瘤的要点.     

3903例小儿肿瘤统计分析

本文将中山医科大学及广州市儿童医院近廿五年来住院小儿3,903例肿瘤进行统计分折。其中恶性肿瘤占51％,良性肿瘤49％男女发病率之比为1.36:1。儿童恶性肿瘤以白血病居首位,其次为肾Wilms瘤及非何杰金氏淋巴瘤;良性肿瘤以血管瘤为多见。     

原发性心脏肿瘤的外科治疗

本文报道1978年1月至1991年11月收治的79例原发性心脏肿瘤,其中良性肿瘤76例,恶性肿瘤3例。良性肿瘤中有粘液瘤71例,左右心室脂肪瘤各1例,右心房神经纤维瘤、右心房平滑肌瘤和左心室纤维瘤各1例。恶性肿瘤有恶性粘液瘤、粘液肉瘤和淋巴肉瘤各1例。在体外循环下施行肿瘤切除术77例,部分切除1例,病理活检1例。住院期死亡3例,死亡率3.7%。诊断主要是依据超声心动图和多普勒,非粘液瘤患者有时需作 CT 和/或磁共振显象检查。     

膀胱肿瘤电切术后尿道复发肿瘤

目的:探讨膀胱肿瘤经尿道电切(TURBT)术后尿道复发肿瘤的病因及治疗。方法:回顾性分析7例TURBT术后尿道复发肿瘤的临床资料。1例单纯后尿道肿瘤复发行经尿道肿瘤电切术。6例合并膀胱肿瘤复发,5例行根治性膀胱切除+全尿道切除术,1例行TURBT术及尿道肿瘤电切术。结果:随访6个月⁸年,平均3年2个月。5例全尿道切除患者3例存活至今,2例因肿瘤转移死亡。2例电切患者中1例无瘤生存,1例因膀胱肿瘤复发行根治性膀胱切除+全尿道切除术。结论:TURBT术后复发尿道肿瘤与膀胱肿瘤的分级、分期密切相关,应根据患者身体状况、肿瘤分期及伴发疾病选择不同的治疗方法。     

恶性胸腺瘤29例临床分析

目的通过对２９例恶笥胸腺瘤的临床分析，评估不同分期胸腺瘤与预后的关系。方法：分析１９８５年２月至１９９５年３月本科收治的９５例胸腺瘤患者。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序,再进行生物信息学分析的技术。自2009年Tang等基于高通量测序平台开始单细胞转录组测序之后,该技术发展突飞猛进。由于该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,因此已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病研究。本文将主要综述单细胞转录组测序技术流程和技术发展,及其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境、肿瘤药物等研究中的应用进展。     

133例脑肿瘤中医治疗经验

[目的]探讨中医治疗脑肿瘤有效途径.[方法]对133例临床明确诊断为脑肿瘤手术后或手术+放化疗后患者采用以熄风清热、化痰散结、祛瘀通络为主,佐以滋补肝肾中草药治疗.[结果]对133例各型肿瘤患者进行了随访统计,存活时间最长者已达10年,仍在参加工作,存活时间最短者仅3年2个月.[结论]中草药治疗脑肿瘤病具有延长患者生存期,改善症状,提高生活质量等作用.     

Primary carcinoid tumor of medulla spinalis: case report and review of the literature

Background

Carcinoid tumors are slow growing neuroendocrine tumors which can originate from various sites within the body. A carcinoid tumor originating in the medulla spinalis has not previously been reported in the literature.

Case report

We report a case of a 33-year-old man, presenting with a five-month history of bilateral lower extremity pain, as well as paresthesia, and mild weakness in one lateral lower extremity. A lumbar laminectomy of L3 to L5 and en bloc resection of the tumor was performed. Postoperative histopathology and immunohistochemical analysis of the tumor were consistent with that of a carcinoid tumor. There were no clinical or radiological signs of tumor recurrence or metastasis at the patient’s two year postoperative follow-up.

Conclusions

During the differential diagnosis of medulla spinalis tumors, the possibility of a primary carcinoid tumor originating within the medulla spinalis should be considered. An accurate tumor classification is imperative to ensure that the most effective course of treatment is pursued.

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.1186/s40001-014-0071-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.     

空肠自主神经瘤1例临床病理研究及文献复习

目的：为针对胃肠道自主神经瘤这种少见肿瘤积累临床病理资科。方法：收集1例患者的临床资科，对其肠道切除和肝取材组织进行HE、网织纤维、NF和Synapsin等多种指标的常规、特染及免疫组化染色以及电镜观察。结果：多方面资科说明此例符合胃肠道自主神经瘤诊断。注意到该肿瘤生长虽较慢，但似乎较易转移，这有别于其它目肠道间质瘤。结论：临床上对这种少见恶性肿瘤应尽早发现，及时获得病理诊断结果，而且还有待积累更多的病例资科。     

肿瘤特异性生长因子(TSGF) 检测及临床应用价值

目的 探讨肿瘤特异性生长因子（TSGF）在恶性肿瘤早期的诊断、疗效观察和预后等方面的应用价值。方法 用化学显色方法检测183例健康查体者，104例各种恶性肿瘤患者和32例良性肿瘤患者的血清TSGF含量。结果 恶性肿瘤组TSGF含量明显升高，平均检出阳性率为83．79％，特异性为93．44％，实验有效率为89．89％。与良性肿瘤组和对照组比较有显著性差异（P〈0．01）。对48例恶性肿瘤患者治疗后进行动态观察，发现42例患者血清中TSGF含量明显下降（P〈0．01），另6例病情恶化患者TSGF含量无明显变化。在183例体检人群中发现12例阳性，占6．55％，其中2例被确诊为肿瘤，10例是由炎症所致的假阳性。结论 TSGF具有较高的敏感性、特异性和广谱性，对体检人群的早期诊断及肿瘤患者的诊治、疗效观察有一定的临床应用价值。