细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-01883的B细胞表位预测、筛选及其血清学诊断价值北大核心CSCD

目的应用计算机软件分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原分子Eg-01883,预测其可能形成的B细胞表位,并探讨其B细胞表位的免疫反应性及诊断价值。方法使用在线软件SOPMA及DNAStar分析Eg-01883的二级结构,采用SWISS-Model预测该蛋白的三级结构。应用在线软件ABCPred和IEDB结合其亲水性、柔韧性、表面可及性、抗原性等二级结构和三级结构对其B细胞表位进行分析预测、并人工合成表位肽段;以完整蛋白rEg-01883免疫小鼠产生的抗血清为一抗,采用间接ELISA方法筛选免疫反应性较强的表位,然后再以感染细粒棘球绦虫的小鼠血清为一抗,ELISA检测其免疫反应性,评价其诊断价值。结果初步筛选出7条抗原指数较高的Eg-01883表位,B细胞表位区域位于1-15、19-34、155-169、180-196、216-232、236-248、271-287位氨基酸。合成上述表位,纯度为99.99%。使用完整蛋白免疫血清筛选出2条反应原性较强的优势表位19-34和180-196,细粒棘球蚴感染小鼠血清能识别这两条B细胞表位,A450值结果分别为0.8218±0.0406和0.6398±0.0447,与对照组A_(450)值0.3312±0.0267和0.2961±0.0284比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论成功筛选到两个潜在的B细胞表位诊断抗原肽,对进一步开发细粒棘球绦虫早期诊断抗原和研究优势表位疫苗具有重要意义。     

细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-01883的B细胞表位预测、筛选及其血清学诊断价值

目的应用计算机软件分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原分子Eg-01883,预测其可能形成的B细胞表位,并探讨其B细胞表位的免疫反应性及诊断价值。方法使用在线软件SOPMA及DNAStar分析Eg-01883的二级结构,采用SWISS-Model预测该蛋白的三级结构。应用在线软件ABCPred和IEDB结合其亲水性、柔韧性、表面可及性、抗原性等二级结构和三级结构对其B细胞表位进行分析预测、并人工合成表位肽段;以完整蛋白rEg-01883免疫小鼠产生的抗血清为一抗,采用间接ELISA方法筛选免疫反应性较强的表位,然后再以感染细粒棘球绦虫的小鼠血清为一抗,ELISA检测其免疫反应性,评价其诊断价值。结果初步筛选出7条抗原指数较高的Eg-01883表位,B细胞表位区域位于1-15、19-34、155-169、180-196、216-232、236-248、271-287位氨基酸。合成上述表位,纯度为99.99%。使用完整蛋白免疫血清筛选出2条反应原性较强的优势表位19-34和180-196,细粒棘球蚴感染小鼠血清能识别这两条B细胞表位,A_(450)值结果分别为0.8218±0.0406和0.6398±0.0447,与对照组A_(450)值0.3312±0.0267和0.2961±0.0284比较差异均有统计学意义(P0.05)。结论成功筛选到两个潜在的B细胞表位诊断抗原肽,对进一步开发细粒棘球绦虫早期诊断抗原和研究优势表位疫苗具有重要意义。     

细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学方法分析并预测细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的结构及抗原表位,为研究细粒棘球绦虫的药物靶点和疫苗开发提供理论依据。方法通过NCBI获取细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的氨基酸序列,采用Protparam预测EgIP2K的理化特性;采用SOPMA预测其二级结构;采用SignalP 4.1 server工具预测信号肽;采用NetPhos预测其磷酸化位点;采用DNAStar软件中的protean程序分析其抗原性指数、亲水性指数及表面可及性指数;采用ABCPred预测潜在的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI和IEDB工具预测蛋白的T细胞抗原表位。结果EgIP2K由492个氨基酸残基组成,相对分子质量为54.8×10^(3),分子式是C_(2397)H_(3791)N_(683)O_(730)S_(29),理论等电点为6.41,不稳定指数值为52.20,为不稳定蛋白;二级结构中α螺旋占36.10%,β折叠占16.46%,β转角占5.89%,无规则卷曲占46.54%;EgIP2K无信号肽序列,可能为非分泌蛋白;EgIP2K含有51个磷酸化位点,其中3个酪氨酸位点、13个苏氨酸位点、35个丝氨酸位点;预测EgIP2K具有B细胞和T细胞抗原表位,并且有3个抗原表位是B、T细胞联合抗原表位,分别位于90-94、411-422、424-438氨基酸区段。结论EgIP2K含有多个潜在的B细胞、T细胞抗原表位,可作为细粒棘球绦虫疫苗候选基因。     

细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶的生物信息学分析

目的利用生物信息学方法分析并预测细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的结构及抗原表位,为研究细粒棘球绦虫的药物靶点和疫苗开发提供理论依据。方法通过NCBI获取细粒棘球绦虫肌醇多磷酸2-激酶(EgIP2K)的氨基酸序列,采用Protparam预测EgIP2K的理化特性;采用SOPMA预测其二级结构;采用SignalP 4.1 server工具预测信号肽;采用NetPhos预测其磷酸化位点;采用DNAStar软件中的protean程序分析其抗原性指数、亲水性指数及表面可及性指数;采用ABCPred预测潜在的B细胞抗原表位;采用SYFPEITHI和IEDB工具预测蛋白的T细胞抗原表位。结果 EgIP2K由492个氨基酸残基组成,相对分子质量为54.8×10~3,分子式是C_(2397)H_(3791)N_(683)O_(730)S_(29),理论等电点为6.41,不稳定指数值为52.20,为不稳定蛋白;二级结构中α螺旋占36.10%,β折叠占16.46%,β转角占5.89%,无规则卷曲占46.54%;EgIP2K无信号肽序列,可能为非分泌蛋白;EgIP2K含有51个磷酸化位点,其中3个酪氨酸位点、13个苏氨酸位点、35个丝氨酸位点;预测EgIP2K具有B细胞和T细胞抗原表位,并且有3个抗原表位是B、T细胞联合抗原表位,分别位于90-94、411-422、424-438氨基酸区段。结论 EgIP2K含有多个潜在的B细胞、T细胞抗原表位,可作为细粒棘球绦虫疫苗候选基因。     

细粒棘球绦虫抗原Fis1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软件预测EgFis1蛋白的信号肽和跨膜结构域;利用SOPMA和SWISS-MODLE预测EgFis1蛋白的二级结构和三级结构;采用IEDB、ABCpred和SYFPEITHI数据库预测EgFis1蛋白的T、B细胞表位。结果细粒棘球绦虫EgFis1是由157个氨基酸组成的等电点为5.86,分子质量单位为16.93ku的蛋白质;不含有信号肽序列,但具有一个跨膜结构域;其二级结构中α-螺旋占比例为48.41%,延伸连占19.11%,β-转角占7.01%,无规则卷曲占25.48%。亲水性较强的区域主要位于12aa-24aa,42aa-52aa,64aa-69aa,81aa-90aa,97aa-105aa,126aa-150aa。Eg-Fis1含有3个优势B细胞表位,7个T细胞表位以及2个T、B联合表位。结论生物信息学方法预测EgFis1蛋白含有4个优势B细胞表位、7个T细胞表位以及2个T、B联合表位,可作为免疫治疗和药物治疗的靶点。     

细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 从NCBI数据库中下载EGR＿09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO 2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR＿09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位。结果 细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C₂₄₄₆H₃₈₉₅N<...     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

肺炎链球菌StkP蛋白B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析

目的 运用生物信息学方法对肺炎链球菌StkP基因编码蛋白的理化性质、结构等进行分析,并预测其潜在的B细胞以及T细胞抗原表位。方法 通过NCBI数据库获取StkP蛋白氨基酸序列的相关信息;运用ProtParam软件分析StkP蛋白的理化性质;采用ProScale软件预测StkP蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;使用SOMPA和SWISS-MODEL在线服务器分析StkP蛋白的二级结构并构建其三级结构;分别采用ABCpred及IEDB软件综合预测其B细胞表位,采用SYFPEITHI软件分析确定其T细胞表位。结果 StkP蛋白由659个氨基酸组成,理论pI值8.61,原子组成为C₃₁₉₇H₅₂₃₄N₈₇₂O₉₉₇S₁₄,不稳定指数为40.13,归类为不稳定蛋白,平均亲水系数(GRAVY):-0.294,属于亲水性蛋白;StkP蛋白的二级结构中α螺旋占33.08%,延伸链占19.58%,β-转角占7.74%,无规卷曲占39.61%。ABCpred及IEDB软件预测StkP蛋白...     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10~3,属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的采用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫表面抗原EpC1的结构和功能等。方法从NCBI数据库中下载EpC1氨基酸序列,采用ProtParam预测蛋白的理化性质,SignalP-5预测信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI、DNASTAR预测其亲疏水性,SOMPA预测二级结构,NetPhos预测磷酸化位点,MotifScan预测修饰位点,Swissmodel预测三级结构,TMHMM分析跨膜区域;运用ABCpred、IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果预测EpC1由174氨基酸序列组成,分子式为C_(884)H_(1403)N_(245)O_(268)S_(9),不稳定指数为46.27,为亲水蛋白,无信号肽和无跨膜区,且定位于细胞膜及细胞质中。二级结构中α螺旋占44.25%,β折叠占14.94%,β转角占5.75%,无规则卷曲占35.06%,EgEpC1具有能与HLA-A*02-01的结合能力,且能被HLA-DRB*0401(DR4Dw4)分子呈递。结论生物信息技术分析EpC1蛋白存在多个B、T细胞表位,含有钙结合结构域,可为该蛋白的基因克隆表达及细粒棘球绦虫感染的防治研究提供理论基础。     

细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白的生物信息学分析及反应原性鉴定北大核心CSCD

目的采用在线生物信息学软件对细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白(EgSorcin)的理化特性、结构和功能进行预测和分析,原核表达细粒棘球蚴sorcin基因,鉴定重组蛋白的反应原性,为研发细粒棘球蚴病新型防控制剂提供依据。方法从GenBank数据库下载EgSorcin的氨基酸序列及其编码基因的核苷酸序列,运用在线生物信息学软件预测EgSorcin蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、T细胞和B细胞抗原表位、二级和三级结构;比对分析不同物种间Sorcin序列的一致性,构建系统发育进化树。提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,RT-PCR扩增egsorcin基因片段,构建重组质粒pET-28a-egsorcin,转化大肠埃希菌,原核表达重组EgSorcin蛋白,利用Western blot鉴定该蛋白的反应原性。结果生物信息学软件预测EgSorcin编码基因长519 bp,编码172个氨基酸残基。该蛋白含有5个EF-Hand结构域,属于EF-Hand蛋白家族;含有10个潜在的B细胞表位、6个CTL细胞表位和11个Th细胞表位;二级结构以α螺旋为主,占58.14%;EgSorcin的三级结构模型为同型二聚体。成功扩增egsorcin基因片段并构建重组质粒pET-28a-egsorcin,利用原核表达系统表达的重组EgSorcin蛋白分子质量约为20 ku,与预期相符。Western blot分析显示,该重组蛋白可与细粒棘球蚴感染羊血清、细粒棘球绦虫感染犬血清反应,而不与健康羊血清、健康犬血清反应。结论EgSorcin蛋白含有5个EF-Hand结构域及多个B、T细胞表位;原核表达的重组EgSorcin蛋白具有良好的反应原性,可能成为潜在的细粒棘球蚴病诊断候选抗原分子。     

细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白的生物信息学分析及反应原性鉴定

目的采用在线生物信息学软件对细粒棘球蚴可溶性耐药相关钙结合蛋白(EgSorcin)的理化特性、结构和功能进行预测和分析,原核表达细粒棘球蚴sorcin基因,鉴定重组蛋白的反应原性,为研发细粒棘球蚴病新型防控制剂提供依据。方法从GenBank数据库下载EgSorcin的氨基酸序列及其编码基因的核苷酸序列,运用在线生物信息学软件预测EgSorcin蛋白的理化性质、保守结构域、翻译后修饰位点、T细胞和B细胞抗原表位、二级和三级结构;比对分析不同物种间Sorcin序列的一致性,构建系统发育进化树。提取细粒棘球绦虫原头蚴总RNA,RT-PCR扩增egsorcin基因片段,构建重组质粒pET-28a-egsorcin,转化大肠埃希菌,原核表达重组EgSorcin蛋白,利用Western blot鉴定该蛋白的反应原性。结果生物信息学软件预测EgSorcin编码基因长519 bp,编码172个氨基酸残基。该蛋白含有5个EF-Hand结构域,属于EF-Hand蛋白家族;含有10个潜在的B细胞表位、6个CTL细胞表位和11个Th细胞表位;二级结构以α螺旋为主,占58.14%;EgSorcin的三级结构模型为同型二聚体。成功扩增egsorcin基因片段并构建重组质粒pET-28a-egsorcin,利用原核表达系统表达的重组EgSorcin蛋白分子质量约为20 ku,与预期相符。Western blot分析显示,该重组蛋白可与细粒棘球蚴感染羊血清、细粒棘球绦虫感染犬血清反应,而不与健康羊血清、健康犬血清反应。结论 EgSorcin蛋白含有5个EF-Hand结构域及多个B、T细胞表位;原核表达的重组EgSorcin蛋白具有良好的反应原性,可能成为潜在的细粒棘球蚴病诊断候选抗原分子。     

艰难梭菌TPI蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法对艰难梭菌TPI蛋白的结构和功能进行分析并预测其优势B细胞以及T细胞抗原表位。方法 在NCBI数据库获取TPI蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam软件分析蛋白的理化性质;通过Signal 6.0 Sercer和TMHMM 2.0 Sercer软件预测蛋白的信号肽及跨膜区;采用SOMPA和SWISS-MODEL软件分析蛋白的二级结构和三级结构;利用软件ABCpred、IEDB和SYFPEITHI预测TPI蛋白的优势T、B细胞表位。结果 TPI蛋白由247个氨基酸组成,理论pI值5.05;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白;不含信号肽序列及跨膜结构域;蛋白的二级结构中α螺旋占52.63%,延伸链占15.38%,β-转角占7.69%,无规卷曲占24.29%;预测该蛋白含有多个优势B细胞及T细胞表位。结论 通过生物学信息的方法预测艰难梭菌TPI蛋白含有多个潜在的B细胞及T细胞抗原表位,为艰难梭菌感染的血清学诊断和亚单位疫苗的研制提供了理论基础。     

猪附红细胞体ORF5蛋白的空间结构与B细胞抗原表位预测

目的预测猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M.suis)ORF5基因编码蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法联合应用生物信息学软件DNAstar与在线分析软件IEDB的B Cell Epitope Prediction Tools预测M.suis ORF5蛋白的二级结构及其亲水性区域、柔韧性区域、抗原指数、表面可及性等结构特征,经综合分析后预测其B细胞优势抗原表位。结果经分析可见,M.suis ORF5蛋白具有较为规则的二级结构,潜在的优势B细胞抗原表位为GGVDGGRD、GMRLPEDSR、EGHPDLESAR氨基酸区段。结论预测出M.suis ORF5蛋白二级结构和B细胞抗原表位,为M.suis免疫原性研究提供新手段,为病原微生物免疫原性研究提供新思路。     

细粒棘球蚴EgG1Y162-2与CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白结构预测及表位分析比较北大核心CSCD

目的采用生物信息学的方法,应用相关软件对EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的氨基酸序列进行分析,了解其理化性质及结构特点,预测并比较其抗原表位,为CTLA-4IgV-EgG1Y62-2蛋白作为包虫病表位疫苗的研究奠定基础。方法利用ProtParam在线软件分析EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的理化性质;运用DNAstar中的protean软件与在线SOPMA软件预测EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的二级结构;应用I-TASSER在线软件预测并比较EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的三级结构,并使用BepiPred1.0,IEDB等软件对其T/B细胞抗原表位进行预测与分析。结果预测EgG1Y162-2蛋白由69个氨基酸组成,为稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占7.69%、30.77%、15.38%和46.15%。预测的3条T细胞优势表位分别是1-18、21-43和47-62位氨基酸,2条B细胞优势抗原表位分别是9-28与57-69位氨基酸;CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白由208个氨基酸组成,稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占13.46%、32.21%、7.69%和46.63%。预测的3条优势T细胞表位分别是143-154、165-177和183-199位氨基酸。2条B细胞优势抗原表位分别为151-167和197-205位氨基酸。结论EgG1Y162-2和CTLA-4IgVEgG1Y162-2蛋白均存在优势T抗原表位与B抗原表位,且T/B联合表位存在高度重合。说明CTLA-4IgV与EgG1Y162-2蛋白通过Linker序列连接后几乎未对EgG1Y162-2蛋白的优势表位产生影响。因此,将CTLA-4IgV基因与特异性抗原EgG1Y162-2基因进行融合表达可能会增强疫苗的免疫效果,这对囊型包虫病多价复合疫苗的研究具有重大意义。     

细粒棘球蚴EgG1Y162-2与CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白结构预测及表位分析比较

目的采用生物信息学的方法,应用相关软件对EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的氨基酸序列进行分析,了解其理化性质及结构特点,预测并比较其抗原表位,为CTLA-4IgV-EgG1Y62-2蛋白作为包虫病表位疫苗的研究奠定基础。方法利用ProtParam在线软件分析EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的理化性质;运用DNAstar中的protean软件与在线SOPMA软件预测EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的二级结构;应用I-TASSER在线软件预测并比较EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的三级结构,并使用BepiPred1.0,IEDB等软件对其T/B细胞抗原表位进行预测与分析。结果预测EgG1Y162-2蛋白由69个氨基酸组成,为稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占7.69%、30.77%、15.38%和46.15%。预测的3条T细胞优势表位分别是1-18、21-43和47-62位氨基酸,2条B细胞优势抗原表位分别是9-28与57-69位氨基酸;CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白由208个氨基酸组成,稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占13.46%、32.21%、7.69%和46.63%。预测的3条优势T细胞表位分别是143-154、165-177和183-199位氨基酸。2条B细胞优势抗原表位分别为151-167和197-205位氨基酸。结论 EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白均存在优势T抗原表位与B抗原表位,且T/B联合表位存在高度重合。说明CTLA-4IgV与EgG1Y162-2蛋白通过Linker序列连接后几乎未对EgG1Y162-2蛋白的优势表位产生影响。因此,将CTLA-4IgV基因与特异性抗原EgG1Y162-2基因进行融合表达可能会增强疫苗的免疫效果,这对囊型包虫病多价复合疫苗的研究具有重大意义。     

多房棘球蚴四跨膜蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的采用生物信息学方法分析多房棘球蚴四跨膜蛋白(EmTspan)的结构与抗原表位。方法从NCBI数据库中下载EmTspan蛋白的氨基酸序列,运用ProtParam、ProtScale、SOSUI、DNASTAR、SignalP、Cell-PLoc、SOMPA、NetPhos、Motif Scan、Phyre 2、TMHMM等生物信息学软件分析蛋白质的理化性质、亚细胞定位、跨膜区域、磷酸化和翻译后修饰位点及二、三级结构,利用ABCpred、IEDB、SYFPEITHI软件分析并预测B细胞、T细胞的抗原表位,通过MEGA-X软件构建Tspan的分子进化树。结果 EmTspan蛋白是由236个氨基酸序列组成,分子式为C_(1163)H_(1853)N_(291)O_(315)S_(21),不稳定指数为32.77,为稳定蛋白;有4个跨膜区,定位于细胞膜;二级结构中,α螺旋占46.19%,β折叠占20.34%,β转角占8.05%,无规则卷曲占25.42%;EmTspan蛋白含有的B细胞、TCL细胞及Th细胞的抗原表位分别为7、15、8个;分子进化分析多房棘球蚴的Tspan和小口膜壳绦虫的Tspan亲缘关系较近。结论生物信息学预测EmTspan蛋白存在多个潜在的B细胞及T细胞表位,抗原性好,可为多房棘球蚴疫苗的研制、免疫诊断等提供理论依据。     

刚地弓形虫动力蛋白轻链8a的生物信息学分析

目的通过生物信息学在线程序及软件分析弓形虫动力蛋白轻链8a(TgDLC8a),预测其结构、免疫原性及抗原性。方法利用生物信息学在线软件ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM Server v.2.0、SignalP-5.0、TargetP1.1、Coils、SOPMA、NetPhos 3.1Server、SWISS-MODEL、SYFPEITHI及DNAMAN软件、DNAStar软件等分析预测TgDLC8a蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、可溶性、柔韧性、表面可及性、二级结构、蛋白翻译后修饰位点、三级结构及B细胞和T细胞抗原表位。结果 TgDLC8a蛋白含有138个氨基酸,分子式为C723H1128N192O195S11,相对分子质量为15.928 74×10~3,理论等电点为8.69,半衰期为30h,不稳定系数为37.09,脂溶性指数为88.33,总平均亲水性系数为0.025,属于疏水性蛋白;该蛋白有跨膜结构域,无信号肽切割位点,亚细胞定位预测可能是分泌蛋白;二级结构中α螺旋和β折叠分别占41.30%和23.91%,β转角和无规则卷曲分别占5.80%和28.99%;三级结构以二聚体的形式存在。该蛋白含有7个磷酸化修饰位点,其中4个丝氨酸磷酸化位点,2个苏氨酸磷酸化位点,1个酪氨酸磷酸化位点;含有7个B细胞抗原表位,7个CTL细胞抗原表位,11个Th细胞抗原表位。结论生物信息学预测TgDLC8a蛋白具有多个潜在的B细胞抗原表位及CTL细胞和Th细胞抗原表位,具有免疫原性和抗原性,可作为为抗弓形虫病疫苗候选蛋白。     

细粒棘球绦虫TAK1基因ORF的克隆及其蛋白生物信息学分析北大核心CSCD

目的克隆细粒棘球绦虫(Eg)TAK1基因的开放阅读框(ORF)全长,预测其编码的蛋白EgTAK1的结构特点和生物学功能。方法从新疆株细粒棘球蚴中扩增EgTAK1-ORF全长,克隆至载体pMD20-T上并测序;从NCBI蛋白质数据库中下载EgTAK1的氨基酸序列,利用生物信息学分析软件分别对EgTAK1的理化性质、磷酸化位点、O-糖基化位点、N-糖基化位点、亲/疏水性、保守结构域、跨膜结构域、信号肽序列进行预测;采用MEGA 7.0软件对不同物种来源的TAK1蛋白进行多序列比对并构建系统进化树。采用实时荧光定量PCR检测细粒棘球绦虫在不同发育阶段TAK1基因mRNA的相对表达量。结果EgTAK1基因ORF全长1116 bp,编码371个氨基酸,理论等电点为5.97,不稳定指数为49.59,属于不稳定蛋白;脂肪系数为87.22,总平均亲水系数为-0.291,为亲水性蛋白;EgTAK1蛋白含有64个磷酸化位点,3个O-糖基化潜在位点,4个N-糖基化位点;EgTAK1蛋白属于蛋白激酶C类似(PKC-like)家族;无跨膜结构和信号肽,亚细胞可能定位于细胞膜、细胞质及细胞核内。该蛋白含有7个优势B细胞抗原表位,具有良好的免疫原性。二级结构包含34.77%的α-螺旋,5.12%的β-转角,40.97%的无规卷曲,19.14%的延伸链。TAK1蛋白同源序列比对中与多房棘球绦虫的TAK1同源性最高为83%。实时荧光定量PCR显示,细粒棘球绦虫在不同发育阶段EgTAK1表达有差异,成虫阶段相对表达量最高。结论基因EgTAK1可能是细粒棘球绦虫发育分化的重要调控基因,预测该基因编码的蛋白含有B细胞抗原表位,有可能成为包虫病免疫学预防及药物研制的靶标抗原。     

细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的生物信息学分析

目的 运用生物信息预测网站及相关工具分析细粒棘球绦虫表面抗原MKK1的理化性质、抗原性等。方法 EgMKK1氨基酸序列经NCBI数据库中下载,采用ProtParam分析蛋白的理化性质,SignalP-5分析信号肽,Euk-mPLoc 2.0进行亚细胞定位,ProtScale、SOSUI及DNASTAR分析亲疏水性,SOMPA分析二级结构,NetPhos分析磷酸化位点,MotifScan分析修饰位点,Swissmodel分析三级结构,TMHMM分析跨膜区域,ABCpred和IEDB预测B细胞抗原表位,SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果 EgMKK1由338氨基酸序列组成,分子式为C₁₆₈₈H₂₆₈₇N₄₇₁O₄₉₇S₁₇,亲水指数为-0.167456,为亲水蛋白;无信号肽,含2个跨膜区,且定位于细胞质及细胞核中。二级结构中α螺旋占43.20%,β折叠占10.95%,β转角占4.14%,无规则卷曲占41.72%。EgMKK1能与HLA-A*02-01结合,且能被HLA-DR...