他汀类药物与骨密度:一项药物靶向孟德尔随机化分析

背景:观察性研究表明他汀类药物可能对骨密度具有保护作用,这使其成为潜在的骨质疏松症治疗药物之一。目的:通过孟德尔随机化方法来评估药物靶点介导的脂质表型与骨密度之间的因果关系。方法:从IEU Open GWAS数据库获取了与他汀类药物相关的单核苷酸多态性以及骨密度相关数据。主要分析方法是逆方差加权法,同时也使用了加权中位数法、简单中位数法、加权中值方法和MR-Egger回归法。使用β值和95%CI来评估他汀类药物与骨密度之间的因果关系;另外,进行敏感性分析以验证结果的可靠性,使用Cochran’s Q检验来评估异质性,使用MR-Egger截距检验是否存在水平多效性。使用留一法分析确定是否有单个或多个单核苷酸多态性影响了结果。结果与结论:他汀类药物作用靶点——3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶介导的低密度脂蛋白胆固醇与足跟定量超声骨密度(β=-0.086,95%CI:-0.117至-0.055,P=5.42×10^(-8))和全身骨密度(β=-0.193,95%CI:-0.288至-0.098,P=7.35×10^(-5))呈显著相关。该研究结果支持了他汀类药物对骨密度的保护作用。这些发现不仅加深了对胆固醇相关基因和骨骼健康关系的理解,还揭示了改善骨密度的潜在治疗靶点。     

基于孟德尔随机化分析躯干及下肢脂肪量与椎间盘退变的因果关系

背景：近期观察性研究发现局部脂肪量对于椎间盘退变评估有重要意义,而肥胖长期被认为是椎间盘退变的危险因素之一,作为肥胖核心因素的脂肪量在既往研究中与椎间盘退变的因果关系尚不明确。目的：探讨不同分布的脂肪量与椎间盘退变的因果关系,以帮助增加对椎间盘退变发病机制的认知及制定预防、治疗及预后的策略。方法：从公开发表的IEU Open GWAS中以强相关性及满足连锁不平衡为条件提取躯干及下肢脂肪量的遗传位点作为工具变量,结合Finn Gen最新第9版数据库中选取椎间盘退变作为结局进行孟德尔随机化分析,通过逆方差加权法、MR-Egger回归、简单中位数法、加权中位数法和加权中值法等回归模型的OR值和95%CI评估躯干及下肢脂肪量与椎间盘退变间的因果关系。使用Cochran’s Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性对暴露和结局因果关系影响的敏感性。结果与结论：(1)逆方差加权法检测结果显示,躯干脂肪量与椎间盘退变发病风险呈正向因果关联(OR=1.25,95%CI:1.15-1.35,P <0.001),双下肢脂肪量与...     

肠道菌群与药物相关性骨坏死:两样本双向孟德尔随机化分析

背景:药物相关性骨坏死是一类应用药物后出现的严重不良反应。大量的证据表明,肠道菌群与药物相关性骨坏死有关。然而,肠道菌群对药物相关性骨坏死的因果关系尚不清楚。目的:采用孟德尔随机化方法来评估肠道菌群与药物相关性骨坏死风险之间的潜在因果关系。方法:使用MiBioGen联盟肠道菌群的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=13266)和芬兰R9数据库中药物相关性骨坏死的GWAS数据(264例药物相关性骨坏死患者和377013例健康对照者)。采用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究肠道菌群与药物相关性骨坏死之间的因果关系。敏感性分析用于检验孟德尔随机化分析结果是否可靠。反向孟德尔随机化以全部肠道菌群作为结局进行效应分析和敏感性分析。结果与结论:①逆方差加权法结果显示,黏胶球形菌门、黏胶球形菌纲、黑色素杆菌纲、嗜胃杆菌目、红螺菌目、食物谷菌目和双歧杆菌属与药物相关性骨坏死呈直接的正向因果关联;甲烷杆菌纲、芽孢杆菌目、甲烷杆菌目、毛螺菌科、甲烷杆菌科、霍尔德曼氏菌属、毛螺菌属(UCG010)、厌氧杆菌和泰泽氏菌属与药物相关性骨坏死呈直接的负向因果关联。②反向孟德尔随机化结果显示,药物相关性骨坏死与梭菌科、消化链球菌科、链球菌科、梭状芽胞杆属和链球菌属呈直接的负向因果关联,与艾森伯格菌属呈直接的正向因果关联。③双向敏感性分析均未发现存在异质性或水平多效性。④结果证实,肠道菌群作为暴露,药物相关性骨坏死作为结局,7种细菌性状对药物相关性骨坏死呈正相关因果关系,9种细菌性状对药物相关性骨坏死呈负相关因果关系;药物相关性骨坏死作为暴露,肠道菌群作为结局,药物相关性骨坏死与5种细菌性状有负相关因果关系,与1种细菌性状有正相关因果关系。改变肠道菌群的多样性和组成,有望改善药物相关性骨坏死的发病与预后,为骨科疾病的研究提供了思路。     

微量营养素与骨坏死的因果关系:来自双向孟德尔随机试验的证据

背景:骨坏死是临床常见的难治性疾病,有观察性研究表明微量营养元素可能对骨坏死的预后存在一定的促进作用,然而微量营养元素与骨坏死具体的因果关联尚未可知。目的:利用大规模人群全基因组关联研究(GWAS)的汇总数据,通过孟德尔随机化的方法探究微量营养元素与骨坏死之间的因果关联,为临床诊疗提供帮助。方法:从IEU OpenGWAS数据库、GWAS catalog数据库、FinnGen数据库提取需要的暴露和结局数据(钙、镁、铁、维生素E、胡萝卜素、视黄醇与骨坏死)。对数据进行双向孟德尔随机化分析,以逆方差加权法(inverse-variance weighted)为主要的研究方法,加权中位数法(weighted median)、简单模式法(simple mode)、加权模式方法(weighted mode)和MR-Egger回归对结果进行补充;然后通过敏感性分析验证数据的可靠性。结果与结论:①结果发现,血清铁浓度与骨坏死存在正相关关系,而其他微量营养元素未发现相关,且所有数据都不存在反向因果关系;②敏感性分析结果表明因果关系稳健;③通过孟德尔随机化方法,此次研究提供了血清铁浓度和骨坏死之间存在因果关系的证据;了解微量营养元素与骨坏死的因果关系,有助于临床上对骨坏死的诊疗,具有重要的临床意义。     

类风湿性关节炎免疫功能异常的研究进展

本文就淋巴细胞、细胞因子、粘附分子、一氧化氮、超抗原、ＨＬＡ及细胞凋亡等与类风湿关节炎（ＲＡ）的关系,探讨有关ＲＡ时免疫功能异常研究进展,旨在为ＲＡ的临床诊治及预防提供新的思路。     

2型糖尿病对各年龄段全身骨密度影响的两样本孟德尔随机化分析

背景：流行病学研究显示2型糖尿病与骨密度存在相关性,但两者间的因果关联以及是否与年龄有关仍是未知。目的：基于孟德尔随机化技术研究2型糖尿病与不分年龄段及各年龄段全身骨密度的相关性。方法：从布里斯托尔大学的IEU GWAS数据库中选择2型糖尿病与各年龄段骨密度的GWAS数据,其中暴露数据集中获取与2型糖尿病具有显著相关性的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)作为工具变量,将各年龄段骨密度选定为结局变量,采用逆方差加权法、加权中位数法以及MR-Egger回归进行2型糖尿病与骨密度的两样本孟德尔随机化分析,以β值来评价2型糖尿病与各年龄段骨密度之间的因果关系。结果与结论：(1)从GWAS汇总数据共提取118个SNP作为工具变量,MR-Egger回归结果显示不存在水平多效性,但存在异质性,因此研究以逆方差加权法结果为准。(2)逆方差加权法结果显示,2型糖尿病可能是骨密度的潜在保护性因素,且与年龄存在相关性[未指定年龄骨密度(β=0.038,95%CI:1.01-1.07,P=0.002),> 60岁骨密度(β=0.052,95%CI:1....     

肥胖和骨质疏松之间的关联:一项两样本双向孟德尔随机化分析

背景:多项临床研究观察表明肥胖与骨质疏松症之间存在密切关系,但肥胖与骨质疏松症之间是否存在遗传因果效应尚不清楚。目的:利用大规模全基因组关联研究的汇总数据,通过孟德尔随机化分析探究肥胖和骨质疏松之间的关联。方法:肥胖数据来自人体特征遗传调查(GIANT)和英国生物样本库(UKBB)的汇总统计数据。骨质疏松症的数据来自从骨质疏松症遗传因素联盟(GeFOS)获得的2种骨密度表型:全身骨密度和跟骨骨密度。逆方差加权法为主要分析方法,基于Egger回归的孟德尔随机化法(Mendelian randomization method based on Egger regression,MR-Egger)和加权中位数法作为补充方法来计算肥胖遗传变异与骨质疏松症之间的因果关联。采用敏感性分析来验证结果的可靠性,利用Cochran’s Q检验分析结果的异质性,利用MR-Egger截距检验分析结果的水平多效性,留一法评估合并的逆方差加权法估计值是否具有潜在影响的单核苷酸多态性。结果与结论:①肥胖对骨质疏松症的影响:除身体质量指数与前臂骨密度外,身体质量指数、腰臀比、经身体质量指数调整的腰臀比与全身骨密度、跟骨骨密度、前臂骨密度、腰椎骨密度及股骨颈骨密度两两之间呈正向因果关系;进一步Meta分析显示,肥胖会增加骨密度的风险(OR=1.08,95%CI:1.05-1.11,P<0.01);②骨质疏松症对肥胖的影响:除了前臂骨密度、腰椎骨密度作为暴露因素对肥胖有因果关系外,其他数据集均显示全身骨密度、跟骨骨密度、股骨颈骨密度与肥胖之间不呈现因果效应;进一步Meta分析显示,骨密度并不会增加肥胖的风险(OR=0.99,95%CI:0.98-1.01,P<0.01)。③结果证实:肥胖与骨质疏松之间存在因果关系,即肥胖可能是骨质疏松症的危险性因素,但未发现骨质疏松症对于肥胖的因果关联。     

类风湿性关节炎患者血清免疫炎症相关蛋白的分析及新风胶囊对细胞因子的调节作用

目的 分析类风湿性关节炎(RA)的免疫炎症蛋白表达谱,并探究新风胶囊对其干预作用。方法 采用RayBiotech抗体芯片检测RA患者与健康对照者血清中关键蛋白的差异表达。应用Pearson相关性分析差异蛋白与实验室指标[类风湿因子(RF)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)、血沉(ESR)、抗环瓜氨酸肽(ACCP)抗体]的相关性。选取80例RA患者随机分为新风胶囊(XFC)组和来氟米特组(LEF)各40例,治疗4周后,观察两组临床疗效、实验室指标、患者感受评分[焦虑自评量表(SAS)、抑郁自评量表(SDS)、简明健康状况调查问卷表(SF-36)]、差异蛋白的变化。结果 与健康对照者相比,RA组中上调的蛋白有24种,下调的蛋白有9种,而白细胞介素2(IL-2)、IL-5、IL-11、IL-17、肿瘤坏死因子β(TNF-β)、细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA4)表达上调,IL-8、程序性死亡蛋白1配体2(PD-L2)、CD86表达下调,其中,差异表达最显著的为IL-11、IL-17、PD-L2。IL-11与hs-CRP(r=0.2412)、ESR呈正相关(r=0.3799), IL-17...     

基于生物信息与机器学习分析类风湿关节炎疾病特征基因与免疫细胞的关系

目的：利用生物信息学与机器学习方法探求类风湿关节炎（RA）的发病机制、特征基因与免疫浸润表现,并寻找特征基因与免疫细胞的相关性。方法：从GEO数据库获取RA相关芯片,利用R语言分析基因差异,并对其进行GO与KEGG富集分析;使用机器学习方法,即LASSO回归与SVM-RFE法筛选疾病特征基因,运用ROC曲线与样本芯片检测特征基因准确性,利用CIBERSORT算法分析RA免疫浸润情况,并分析特征基因与免疫细胞的相关性。结果：GSE12021和GSE55235共获得90个差异基因,包含64个上调和26个下调差异表达基因;GO分析共得到主要条目209个,主要涉及机体白细胞激活、淋巴细胞活化、B细胞受体信号通路等;KEGG分析显示趋化因子信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、PPAR信号通路等通路与RA密切相关;机械学习方法筛选出IGHM、SLAMF8、CXCL10、FNDC4、AIM2、EGR1、AKR1B10等10个关键基因,ROC曲线与样本芯片检测疾病特征基因为IGHM、SLAMF8、CXCL10、AIM2、AKR1B10;免疫浸润结果显示RA滑膜组织与正常组织中的浆细胞...     

类风湿性关节炎新型自身抗原视黄醇结合蛋白1 类似蛋白相关分析研究

目的:类风湿性关节炎(RA)是一种全身性自身免疫性疾病,但其发病原因尚不清楚。因此,迫切需要找到诱发此病的相关抗原,但国内外鲜有关于新的自身抗原的报道,本课题组运用克隆技术发现新型自身抗原。方法:从滑膜细胞中提取mRNA,构建cDNA 文库,取类风湿性关节炎患者关节滑膜液中的抗体作为探针,筛选cDNA 基因库,得到阳性克隆后测序分析,寻找已知相似基因,进而分析蛋白质的构造和Northern 印迹杂交(Northern blotting)。结果:发现新型自身抗原cDNA 克隆,其与视黄醇结合蛋白1(RBP1)有36.5%的氨基酸序列相同,并发现AT-rich interaction domain,chromo domain,A+T-hook 以及TAF homology domain 这些特殊的蛋白质构造。因此将其命名为视黄醇结合蛋白1 类似蛋白(RBP1 like protein,Rbik)。Rbik RNA 不仅表达于滑膜,也表达于心脏、小肠、肌肉等多个器官组织中。结论:此自身抗原的发现可为类风湿性关节炎的实验诊断和治疗提供新的可能指标和靶点。     

少肌症相关表型单变量与双变量GWAS分析比较

目的：探讨少肌症主要表型瘦体重（Lean body mass, LBM）和初潮年龄（Age at menarche,AAM）潜在的多微效基因。方法：随机选择白种人女性1692作为研究样本,随机选择中国女性801名作为验证样本。采用Affymetrix公司的Genome-Wide Human SNP Array 6.0芯片套装,对研究样本和验证样本的909、622 SNP 进行基因分型,然后对四肢LBM 和AAM进行双变量全基因组关联分析。结果：研究发现双变量GWAS鉴定的SNP rs1860547和rs11030746在双变量GWA分析中全基因组水平非常显著,经过验证P＜0.05,在SNP rs1860547上游发现对LBM和AAM具有重要影响的KCNA1和KCNA5基因,在SNP rs11030746下游发现KCNA4基因。单变量GWAS鉴定的SNP rs1860547和rs11030746全基因组水平非常显著,经过验证P＜0.05,在SNP rs1860547上游发现对LBM具有重要影响的KCNA1和KCNA5基因,在SNP rs11030746下游发现KCNA4基因。结论：白种人女性中KCNA1、KCNA4、KCNA5基因可能是LBM和AAM密切相关的多微效基因。     

类风湿性关节炎滑膜组织中PTTG1和MMP—2的表达及意义

目的 检测类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者滑膜被覆细胞及滑膜下组织中垂体肿瘤转化基因1(pituitary tumor transforming gene 1,PTTG1)及MMP-2的表达及分布状况,探讨其在RA发病中的作用.方法 采用免疫组化SP法检测68例RA患者,14例骨性关节炎(osteoarthritis,OA)患者滑膜被覆细胞及滑膜下组织中PTTG1及MMP-2的表达状况.结果 PTTG1在RA组、OA组阳性率分别为64.7%和21.4%;MMP-2在RA组、OA组阳性率分别为73.5%和28.6%,差异具有统计学意义(P<0.05),且PTTG1和MMP-2之间表达具有相关性(rs=0.776,P<0.05).结论 PTTG1和MMP-2在RA组滑膜组织的表达均明显升高,且二者之间的表达具有相关性,从而证实其在RA的发病机制中可能具有一定的作用.     

治疗类风湿性关节炎的新型免疫抑制剂阿贝西普的研究进展

以靶向炎性因子如肿瘤坏死因子（tumour necrosis factor，TNF）、IL-1、IL-6或其受体，为代表的新一代生物调节剂的研发成功和广泛应用极大提高了类风湿性关节炎（rheumatoid arthritis，RA）的治疗水平。然而这类药物常引起严重的毒副作用如严重感染和肿瘤的发生，况且还有大量的RA患者对该类药物并不敏感，因此寻找新的治疗途径和策略已成为目前RA研究的热点和焦点。T淋巴细胞在RA的发病机制中具有重要作用。一旦活化浸润滑膜的T淋巴细胞，     

类风湿性关节炎患者外周血及滑膜液中Ⅱ型胶原反应性B细胞频率分析

以一个ＣＤ４＋Ｔ细胞克隆（ＥＬ－４，克隆ＯＵｒＢＵｒ）和ＰＭＡ、ｒＩＬ－２做为多克隆刺激系统，应用酶联斑点（ＥＬＩＳＰＯＴ）技术从单细胞水平检测了类风湿性关节炎（ＲＡ）、非类风湿性关节炎（Ｎｏｎ－ＲＡ）患者外周血及滑膜液中Ⅱ型胶原特异性抗体产生细胞频率。发现ＲＡ患者外周血及滑膜液中Ⅱ型胶原反应性Ｂ细胞频率明显高于Ｎｏｎ－ＲＡ患者。提示单纯软骨结构的破坏并不能解释Ⅱ型软骨胶原在免疫病理损伤中的作用，因为Ｎｏｎ－ＲＡ患者关节局部也存在着严重的炎症反应。     

动脉粥样硬化进展中差异免疫相关基因与免疫细胞的相关性及潜在干预中药的探索

目的：探讨动脉粥样硬化（AS）进展中差异免疫相关基因（DIRGs）与免疫细胞的相关性及干预DIRGs中药的一般规律。方法：首先,从GEO数据库中获取GSE28829数据集,从ImmPort数据库和MSigDB数据库中下载免疫相关基因。其次,利用limma包筛选GSE28829中早期AS斑块（EAP）和晚期AS斑块（AAP）间的差异表达基因,并与免疫相关基因取交集获取DIRGs;clusterProfiler包对DIRGs进行富集分析;构建DIRGs的蛋白互作网络,筛选网络中Hub基因。然后利用CIBERSORT反卷积法分析22种免疫细胞的浸润模式,筛选差异免疫细胞,并利用Pearson法分析其与Hub基因的相关性。最后,利用Coremine Medical数据库预测干预DIRGs的中药,收集其性味归经信息。结果：共获得63个DIRGs,筛选出10个Hub基因（CD86、TLR2、TYROBP、CCR1、ITGB2、CCL2、CCL4、CSF1R、CXCR4、CTSS）。富集分析结果显示,DIRGs的分子功能、生物学过程和信号通路与免疫调节密切相关。免疫细胞浸润分析结果显示,EAP中调节...     

类风湿性关节炎患者关节滑液和滑膜中γδT 细胞的体外建系及功能研究

目的　探究在类风湿性关节炎（ Ｒ Ａ） 患者的关节滑液和滑膜中选择性存在,且有数量升高的γδ Ｔ 细胞的免疫学功能,以阐述类风湿性关节炎的发病机理。方法　应用固相抗体扩增法,建立关节滑液、滑膜和外周血γδ Ｔ 细胞系,并在此基础上,探讨了γδ Ｔ 细胞的细胞表型、细胞毒活性、增殖活性和细胞因子分泌情况。结果　所获得的滑液、滑膜γδ Ｔ 细胞系,多数以 Ｖδ１ 亚型细胞占优势;呈现出 Ｉ Ｌ２ 和 Ｉ Ｌ１５ 依赖的细胞增殖应答和显著增强的细胞毒活性;γδ Ｔ 细胞对自体和异体滑膜细胞的细胞毒作用无显著差异; Ｍ．ｔｂ（ 结核分枝杆菌） 、 Ｍ．ｔｂ 蛋白等抗原及有丝分裂原的刺激不能有效的提高建系的γδ Ｔ 细胞的细胞毒作用或增殖活性; 与异体滑膜细胞共同培养可以促进滑液γδ Ｔ 细胞的增殖; 细胞因子 Ｉ Ｌ２ 、 Ｔ Ｎ Ｆα的分泌维持在较低的水平。结论　存在于局部关节中的γδ Ｔ 细胞可能通过对滑膜细胞的细胞毒作用参与类风湿性关节炎的发病机制。     

加权基因共表达网络与机器学习算法确定宫颈癌中免疫浸润相关的基因签名与预后分析

目的:本文旨在利用基因共表达与机器学习算法开发和验证与免疫浸润有关的多基因预后签名,以改善宫颈癌(CC)患者的预后预测.方法:从TCGA数据库下载CC患者表达和临床数据并进行预处理.将利用miRWalk2.0的12个数据库得到的靶基因与R语言中分析得到的差异表达基因交集作为候选基因.通过加权基因共表达网络(WGCNA)...     

类风湿性关节炎RF阳性与阴性患者外周血CD4+细胞基因表达的差异

目的:研究RF因子阳性及阴性RA患者之间是否存在基因组学的差异,探询差异存在的基因表达基础.方法:应用基因表达谱方法来检测上述两型患者CD4 淋巴细胞基因表达情况.结果:RF因子阳性与阴性患者之间有55条基因表达差异有统计学意义.结论:RF因子阳性与阴性RA患者之间存在差异表达基因,这些差异基因多与免疫应答相关.     

肌骨超声对类风湿性指关节炎的病理特征及疾病严重程度的诊断价值分析

目的:探讨肌骨超声评价类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)的病理特征及疾病严重程度的临床意义.方法:回顾性分析2020年1月至2022年6月我院收治的90例RA患者(113个受累膝关节)的临床资料,所有患者均于入院后接受肌骨超声(Musculoskeletal ultrasound,MSUS)和核磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging,MRI)检查,以关节镜检查结果为"金标准".根据28关节活动性评分评估患者病情,将患者分为重度活动组、中度活动组、轻度活动组及缓解组.比较两种检查方式对RA的检出率和诊断价值.分析MSUS征象、血流信号与疾病严重程度的相关性.结果:MSUS共检出受累膝关节101个,准确度为89.38％;MRI共检出受累膝关节100个,准确度为88.50％.MSUS对关节积液的检出率高于MRI(P<0.05).MSUS和MRI诊断RA的敏感度、特异度、准确率、Kappa值均较高.不同活动性滑膜厚度、关节腔积液深度、骨侵蚀程度评分及血流信号分级比较,重度活动组>中度活动期>轻度活动组>缓解组(P<0.05).结论:MSUS和MRI对RA均具有较高的诊断价值,但MSUS应用价值更高,MSUS征象和血流信号与RA疾病严重程度联系密切.     

类风湿性关节炎患者抗环瓜氨酸肽抗体检测的临床分析

类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)是一种以关节滑膜慢性炎症为主的致畸性自身免疫性疾病,在出现症状两年内,50%～90%的患者有关节受损的放射学改变[1].