应用染色质免疫沉淀技术分析DNMT3b和HDAC1蛋白与SLC22A18基因启动子的结合

目的 建立优化的染色质免疫沉淀技术(ChIP),分析乳腺癌细胞MDA-MB-231中DNA甲基转移酶3b(Dnmt3b)和组蛋白去乙酰化酶1(HDAC1)与SLC22A18基因启动子区的结合情况. 方法 建立并优化ChIP实验技术,运用ChIP技术检测DNA甲基转移酶抑制剂5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-aza-dc)和组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古霉素A(TSA)分别单独和联合作用于人乳腺癌细胞MDA-MB-231后,用Dnmt3b和HDAC1特异性抗体沉淀DNA,聚合酶链式反应(PCR)检测SLC22A18基因5＇端特异性序列,免疫印迹法(Western blotting)检测Dnmt3b和HDAC1蛋白的表达情况. 结果 获得了优化的ChIP实验条件,Dnmt3b和HDAC1抗体沉淀的染色质片段中扩增出SLC22A18基因5＇端特异性序列.5-aza-dc、TSA单独用药可抑制DNMT3b、HDAC1与SLC22A18启动子区特异序列的结合,5-aza-dc和TSA联合作用可以明显抑制DNMT3b、HDAC1与SLC22A18启动子的结合;Western blotting结果表明,5-aza-dc、TSA单独及联合用药不影响DNMT3b和HDAC1蛋白的表达. 结论 DNMT3b和HDAC1在MDA-MB-231细胞内结合于SLC22A18基因启动子的特异区域,参与该基因的表达调控.     

肾细胞癌RASSF1A基因启动子区甲基化状况与表达水平研究

目的检测19例肾细胞癌患者癌组织及癌旁组织Ras相关区域家族蛋白1A（RASSFlA）基因启动子区甲基化情况并检测其mRNA表达水平，探索两者之间的联系。方法收集肾细胞癌患者癌组织及相应癌旁组织19份，分别提取其基因组DNA，以甲基化特异性PCR（Methylation special PCR，MSP）法检测RASSFlA基因启动子区甲基化情况。并以QPCR法检测了RASSFlA基因的mRNA表达水平。结果19例中有lO例肾细胞癌患者癌组织存在高甲基化，mRNA表达水平表达降低，二者之间存在显著负相关性（r=-0．8734，P〈0．01）。结论肾细胞癌中RASSFlA基因启动子区存在高甲基化，并抑制该基因的表达。     

乳腺癌发生过程中NOEY2基因启动子区甲基化及mRNA表达

目的 探讨乳腺癌发生过程中抑癌基因NOEY2启动子区甲基化状态及其对mRNA表达的影响。方法 应用甲基化特异性PCR及双亚硫酸钠基因测序技术检测MCF10模型中乳腺增生细胞系MCF10A、癌前细胞系MCF10AT、导管内癌细胞系MCFIODCIS．com、浸润癌细胞系MCF10CA1a、MCF10CA1d、MCF10CA1h及正常乳腺组织中NOEY2基因启动子区CpG岛Ⅰ甲基化状态,然后用RT-PCR和实时PCR技术检测上述样品的mRNA表达水平。结果 MCF10模型的增生细胞系、癌前细胞系、导管内癌细胞系、浸润癌细胞系均发生该基因启动子区CpG岛Ⅰ高度甲基化;与正常乳腺组织相比,上述细胞系mRNA表达显著减少。结论 NOEY2基因启动子区高度甲基化及相应的mRNA表达减少是乳腺癌发生过程中的早期事件,与乳腺癌发生有关,可能成为早期诊断乳腺癌的潜在分子生物学标记。     

散发性乳腺癌及乳腺不典型导管增生组织BRCA1基因启动子区甲基化分析

目的 了解散发性乳腺癌及癌旁增生组织、乳腺不典型导管增生组织BRCA1基因启动子区甲基化状态,探讨其与乳腺癌发生的关系.方法 采用甲基化特异性PCR(MSP)结合巢式PCR技术,研究23例散发性乳腺癌及其癌旁增生组织、6例乳腺不典型导管增生组织及5例健康成人女性外周血淋巴细胞中BRCA1基因启动子区甲基化状态.结果 5例健康成人女性外周血淋巴细胞均表现BRCA1基因启动子区甲基化阴性;23例原发性乳腺癌组织中,BRCA1基因启动子区CpG岛甲基化率为65.22%(15/23);癌旁增生组织检出CpG岛甲基化者11例,甲基化率为47.83%(11/23),且均为癌组织阳性患者;6例乳腺不典型导管增生组织中,BRCA1基因启动子区CpG岛甲基化阳性者2例,甲基化率为33.33%(2/6);统计学检验结果表明,乳腺癌、癌旁增生组织之间,BRCA1基因启动子区甲基化阳性率无显著差异.结论 BRCA1基因启动子区CpG 岛甲基化是散发性乳腺癌发生过程中的早期事件,可能在乳腺癌发生中和乳腺增生病癌变过程中起重要生物学作用.     

乳腺癌发生模型MCF10各细胞系中APC基因启动子区甲基化及mRNA表达检测

目的探讨乳腺癌发生模型MCF10中抑癌基因APC启动子区甲基化状态及其对mRNA表达的影响。方法应用甲基化特异性聚合酶链反应（MSP）及双亚硫酸钠基因测序技术检测MCF10模型的乳腺增生细胞系MCF10A、癌前细胞系MCF10AT、导管内癌细胞系MCF10DCIS.com、浸润癌细胞系MCF10CA1a、MCF10CA1d、MCF10CA1h及经典乳腺癌细胞系MCF-7和正常乳腺组织中APC基因启动子1A甲基化状态,然后用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和实时PCR技术检测上述样品的mRNA表达水平。结果在MCF10模型的增生细胞系、癌前细胞系、导管内癌细胞系、浸润癌细胞系中,APC基因启动子1A处于低甲基化状态;与正常乳腺组织相比,各细胞系APC基因mRNA表达无明显减少,MCF10AT、MCF10CA1d、MCF10CA1h、MCF10DCIS．com的mRNA表达分别减少0．27、0．96、1．78、2．70、2．03倍,MCF10A和MCF-7分别增加0．02和0．33倍）。结论MCF10模型中乳腺癌的发生发展过程与APC基因启动子区异常甲基化无关。     

乳腺癌发生模型MCF10各细胞系中WT1基因启动子区甲基化及mRNA表达研究

目的通过观察乳腺癌发生模型MCF10中WT1基因启动子区甲基化状态和mRNA表达水平,探讨该基因在乳腺癌发生中的作用。方法应用甲基化特异性PCR及双亚硫酸钠基因测序技术检测MCF10模型的乳腺增生细胞系MCF10A、癌前细胞系MCF10AT、导管内癌细胞系MCF10DCIS．com、浸润癌细胞系（MCF10CAla、MCF10CA1d、MCF10CA1h）、经典乳腺癌细胞系MCF7及正常乳腺组织中WT1基因启动子区甲基化状态,然后用逆转录．聚合酶链反应（RT—PCR）和即时定量PCR技术检测上述样品的mRNA表达水平。结果在MCF10模型的增生细胞系MCF10A、癌前细胞系MCF10AT、导管内癌细胞系MCF10DCIS．com、浸润癌细胞系（MCF10CAla、MCF10CA1d、MCF10CA1h）、经典乳腺癌细胞系MCF7中,WT1基因启动子均处于高度甲基化状态。与正常乳腺组织相比,WT1基因mRNA在MCFl0模型的增生细胞系、癌前细胞系、导管内癌细胞系、浸润癌细胞系和经典乳腺癌细胞系MCF7中的表达均有不同程度的增加（MCF10A、MCF10AT、MCF10CAla、MCF10CA1d、MCF10CA1h、MCF10DCIS、MCF7的WT1基因mRNA表达量分别是正常乳腺组织3．23、1．94、4．20、1．53、4．20、4．35、28．69倍）。结论乳腺癌发生过程中WnmRNA的表达不被启动子甲基化所抑制;可WT1mRNA过表达出现于乳腺癌发生的早期阶段,提示该基因在乳腺癌发生中起作用。     

Dact1基因在结直肠癌组织中的表达及其相关性研究

目的：观测Dact1基因在结直肠癌组织的表达及其启动子甲基化状态,并探讨它们之间的关系及在结直肠癌发生中的作用.方法：采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测结直肠癌组织、癌旁组织各50例及正常对照组织20例Dact1基因mRNA的表达情况,甲基化特异性PCR（MSP）检测Dact1基因启动子甲基化状态.结果：结直肠癌组中,9例Dact1基因mRNA失表达（18%）,20例表达低于正常对照组（40%）;癌旁组织组中,1例Dact1基因mRNA失表达（2%）,3例表达低于正常对照组（6%）;正常对照组中,1例Dact1基因mRNA低表达（5%）.Dact1基因在癌组织、癌旁组织、正常对照组织中的甲基化阳性率分别为46%、12%、5%,癌组织组与癌旁组织组及正常对照组阳性率比较,差异均有统计学意义（P＜0.01）,而癌旁组织组和正常对照组阳性率比较,差异无统计学意义（P＞0.05）.Dact1基因mRNA的失表达（低表达）与其启动子甲基化状态的相关性分析有统计学意义（P＜0.05）.结论：Dact1基因mRNA的失表达（低表达）可能参与了结直肠癌的发生发展,其失表达可能与Dact1启动子区甲基化相关.     

食管鳞癌分泌素-3A1基因启动子甲基化异常

[目的]研究具有抗癌活性的细胞因子分泌素-3A1基因启动子超甲基化所至该基因表达抑制在我国食管鳞癌发生中的作用。[方法] 用RT-PCR 方法检测分泌素-3A1基因在12个食管鳞癌细胞系的表达,并用甲基化特异PCR技术（methylation specific PCR, MSP）检测上述细胞系及37例来自我国河南的原发性食管鳞癌标本分泌素-3A1基因启动子甲基化状态,通过5-aza-dc处理使培养细胞去甲基化,RT-PCR技术检测处理后该基因在Kyse30的重新表达。[结果] 该基因仅在Kyse410、Kyes520和TE8等3个细胞系有表达,5-aza-dc处理可使Kyse30重新表达分泌素-3A1。此外,在18/37（48%）例原发性食管鳞癌细胞有分泌素-3A1基因启动子区域的超甲基化。[结论] 启动子超甲基化造成分泌素-3A1基因在上述食管鳞癌细胞系表达抑制,原发性食管鳞癌细胞分泌素-3A1基因启动子超甲基化提示该基因表达抑制可能与食管鳞癌发生有关。     

DAPK1基因启动子甲基化与乳腺癌临床病理特征的关系

目的：研究乳腺癌组织中死亡相关蛋白激酶（death-associated protein kinase 1,DAPK1）启动子甲基化状态及其与临床病理特征之间的关系,并探讨该甲基化状态与DAPK1 mRNA表达的相关性。方法：应用甲基化特异性PCR法检测人乳腺癌组织和相应癌旁正常乳腺组织中DAPK1启动子甲基化状态,分析其与患者临床病理特征的关系,并结合半定量RT-PCR法的检测结果加以分析。结果：43例乳腺癌标本中DAPK1启动子甲基化阳性率为44.1%（20/43）,DAPK1启动子甲基化状态与年龄、肿瘤大小、组织学分级、TNM分期、ER状态、PR状态、Her2状态无关（P〉0.05）,而与有无淋巴结转移、P53是否阳性有关（P〈0.05）。DAPK1启动子甲基化标本中的DAPK1mRNA表达水平低于未甲基化标本,两者差异具有统计学意义（P〈0.05）。结论：乳腺癌中DAPK1基因启动子区高甲基化与其mRNA失表达有关,在乳腺癌发生、发展中可能起重要作用,有可能作为乳腺癌诊断和预后分析的检测指标之一。     

乳腺癌中p16INK4a和视网膜母细胞瘤基因甲基化状况及其表达

目的 研究乳腺癌及癌旁增生组织中p16INK4a和视网膜母细胞瘤(RB)基因启动子区域的甲基化状况,并探讨基因异常甲基化与蛋白表达及其临床意义.方法 采用甲基化特异性PCR方法 对46例乳腺癌、22例癌旁增生组织及7例正常乳腺组织中p16INK4a和RB基因启动子区域甲基化状况进行检测,并采用免疫组织化学SP法对p16INK4a蛋白表达情况进行相应检测.结果 乳腺癌、癌旁增生组织和正常乳腺组织中p16INK4a基因的甲基化率分别为23.9%(11/46)、18.2%(4/22)、1/7;RB基因的甲基化率分别为10.8%(5/46)、9.1%(2/22)、0(0/7);肿瘤组织、癌旁增生组织和正常乳腺组织中p16INK4a基因、RB基因甲基化率差异均无统计学意义(P>0.05).正常乳腺组织、癌旁增生组织、乳腺癌中p16INK4a蛋白表达阳性率分别为7/7、60.8%(28/46)和81.8%(18/22),三者之间差异无统计学意义(P>0.05);肿瘤组织中p16INK4a蛋白表达与肿瘤分级相关(P<0.05);肿瘤组织中p16INK4a甲基化状况与其蛋白表达、肿瘤分级、ER表达阴性具有相关性(P<0.05),与肿瘤大小、淋巴结转移、年龄均不相关;RB基因甲基化状态与肿瘤分级、肿瘤大小、ER表达及年龄均无相关性,但与淋巴结转移相关(P<0.05).结论 p16INK4a基因异常甲基化可能在乳腺癌发生过程中作用有限,但在肿瘤的演进中发挥作用;RB基因甲基化检测对于分析乳腺癌进展及预后情况可能有一定参考价值;p16INK4a基因甲基化是p16INK4a蛋白失表达的机制之一.     

曲古抑菌素A通过JNK/MAPK信号通路介导乳腺癌MDA-MB-231细胞的凋亡

目的　探讨TSA对乳腺癌MDA-MB-231细胞增殖、凋亡的影响及作用机制。 方法　采用MTT、克隆形成、流式细胞术检测TSA对乳腺癌MDA-MB-231细胞生物学功能的影响;Western Blot 和qRT-PCR 检测细胞增殖、凋亡和MAPK信号通路蛋白及mRNA 的表达水平的影响;抑制JNK通路检测可能的作用机制。 结果　TSA呈剂量依赖性抑制细胞增殖和诱导凋亡,使细胞阻滞于G1期;TSA可上调P21、Caspase-3、Bax、p-JNK蛋白及mRNA表达,下调Cyclin D1、Cdk4、Bcl-2蛋白及mRNA表达;抑制JNK通路后,p-JNK蛋白和细胞总凋亡率降低,Caspase-3、Bax蛋白及mRNA表达减少,Bcl-2蛋白及mRNA表达增多。 结论　TSA通过MAPK信号通路介导JNK的磷酸化,调控乳腺癌MDA-MB-231细胞的凋亡。     

雌激素受体α阴性乳腺癌雌激素受体α基因启动子区CpG岛甲基化和肼苯哒嗪去甲基化作用

目的 检测雌激素受体(ER)α阴性乳腺癌细胞株MDA-MB-231和MDA-MB-435细胞及ERα阴性乳腺癌组织中ERα基因启动子区CpG岛甲基化状态;探索肼苯哒嗪能否作为去甲基化药物恢复ERα基因表达。方法应用特异性聚合酶链反应(MSP)检测乳腺癌细胞株MDA-MB-231和MDA-MB-435细胞和20例ERα阴性乳腺癌组织ERα基因3个启动子区A、B、CpG岛甲基化情况,肼苯哒嗪处理上述两种乳腺癌细胞,逆转录(RT)-PCR检测不同启动子调控下ERα基因异型体(isoform)ERα-A、ERα-B、ERα-C mRNA和ERα基因公共编码区mRNA表达。结果MDA-MB-231和MDA-MB-435细胞启动子区ERα-A、ERα-B均存在CpG岛甲基化,ERα-C无甲基化,20例ERα阴性乳腺癌组织中,13例(65％)ERα-A、10例(50％)ERα-B CpG岛甲基化阳性。其中9例ERα-A、ERα-BCpG岛甲基化均阳性(45％),仅1例(5％)ERα-C存在CpG岛甲基化。肼苯哒嗪处理上述两种细胞后,检测到ERα-A、ERα-B mRNA和公共编码区mRNA表达。结论乳腺癌组织和细胞ERα基因表达沉默可能与ERα基因启动子区A、B甲基化有关,且肿瘤分期愈晚,甲基化程度愈高。肼苯哒嗪能作为去甲基化药物诱导ERα基因表达。     

人肝细胞癌金属蛋白酶组织抑制因子-3的表达及与其基因启动子甲基化的关系

目的 探讨肝细胞癌的发生和门脉浸润机制。方法 20例肝细胞癌患者,每例在手术后分别取原发瘤、门脉瘤栓及远离肝癌之肝组织。用Western印迹法检测金属蛋白酶组织抑制因子(TIMP)的蛋白表达,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测TIMP-3 mRNA的表达,用甲基化特异性PCR检测TIMP-3基因启动子的甲基化。结果 远离肝癌之肝组织中均可见TIMP-3蛋白和mRNA的表达,原发瘤和门脉瘤栓组织TIMP-3蛋白和mRNA表达明显降低,其中分别有5例和6例完全丢失。远离肝癌之肝组织均未发现TIMP-3启动子甲基化。原发瘤中有7例、门脉瘤栓组织中有9例出现甲基化。所有有甲基化的肝癌组织,包括原发瘤和门脉瘤栓,有13例TIMP-3 mRNA和蛋白表达完全丢失,6例表达降低。TIMP-3启动子甲基化和肝细胞癌组织学分级无关(P>0.05)。结论 肝细胞癌的发生和门脉浸润与TIMP-3基因和蛋白缺失或降低相关、而TIMP-3启动子甲基化是其基因和蛋白缺失或降低的原因。     

3-甲基腺嘌呤联合曲古霉素A抑制三阴性乳腺癌细胞生长

目的:探讨自噬特异性抑制剂3-甲基腺嘌呤(3-MA)联合组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古霉素A(TSA)对三阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231生长的影响及其可能的分子机制。方法:MTT法检测TSA对MDA-MB-231细胞活力的抑制作用;划痕实验检测细胞迁移能力的变化;Western blot检测细胞自噬相关蛋白的变化;MTT法检测3-MA联合TSA对细胞活力的影响。结果:TSA可有效抑制乳腺癌MDA-MB-231细胞的生长,并呈剂量和时间依赖性;TSA抑制MDA-MB-231细胞的迁移能力,并诱导细胞发生自噬;3-MA可有效抑制TSA诱导的乳腺癌细胞自噬,并进一步抑制细胞活力,差异有统计学意义。结论:3-MA可明显增加TSA对三阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231的生长抑制作用。     

The correlation between CpG methylation and protein expression of P16 in oral squamous cell carcinomas

We examined the P16 expression by immunohistochemical stain and detected the methylation by methylation specific polymerase chain reaction (MSP) in 48 primary oral squamous cell carcinoma (SCC) tissues. The results showed that 20/48 (41.7%) of cancerous tissues had CpG methylation around the promoter region, but 8/48 (17%) of the nearby non-cancerous tissues also had CpG methylation, around the promoter region. The results from immunohistochemical studies showed that reduced and heterogeneous expression of P16 were found in the tissues, which had CpG methylation around the promoter region. In conclusion, the methylation of P16 in oral SCC occurs in pre-cancerous and cancerous stage, which results in decreasing or abolishing the P16 expression, which is heterogeneous in the cancer cells.     

CD44(+)/CD24(-) cells are transit progenitors and do not determine the molecular subtypes and clinical parameters in breast carcinomas

CD44(+)/CD24(-) cells have been associated with breast cancer stem/progenitor cell features. However, the status of this phenotype cells in normal, benign and malignant breast tissues has not been studied, and the clinical correlation of this subpopulation in breast cancer is not fully understood. The present study sought to identify these cells in a series of normal, benign, and malignant breast tissues and explore their correlation to the molecular subtypes of breast carcinoma and conventional pathological features. Double-staining immunohistochemistry (DIHC) of CD44 and CD24 was performed on 30 normal breast tissues, 30 breast fibroadenomas (FA), 60 breast invasive ductal carcinomas (IDC), and 3 breast cancer cell lines (MCF-7, MDA-MB-468, and MDA-MB-231). In the normal breast tissues and FAs, three phenotypes were observed including CD44(+)/CD24(+), CD44(+)/CD24(-), and CD44(-)/CD24(-) cells. In the IDCs, CD44(-)/CD24(+) cells were detected, in addition to the three aforementioned phenotypes. The strong positive rate (+++, incidence >60%) of CD44(+)/CD24(-) was significantly increased from normal breast tissue, FAs to IDCs (0.0%-->6.7%-->21.7%). However, the CD44(+)/CD24(-) cells didn't correlate with ages of patients, lymph node metastasis, tumor size, molecular subtypes, and the expression of ER, PR, HER-2, PS2, Bcl-2, nm23. The proportion of CD44(+)/CD24(-) cells in MCF-7, MDA-MB-468, and MDA-MB-231 was about 1, 5, and 80%, respectively. The results indicate that the CD44(+)/CD24(-) cells are transit progenitors and have no association with the molecular subtypes and clinicopathological parameters in the IDCs.