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相似文献
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1.
目的 探讨环指蛋白135(RNF135)在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中的表达情况及临床意义。方法 收集2015年1月至2016年12月90例ESCC组织及癌旁组织。从高通量基因表达(GEO)数据库获取ESCC表达的数据集(GSE118037、GSE132867、GSE116958),采用在线工具GEO2R筛选ESCC组织与正常组织中具有差异表达的基因。对差异表达最显著的上调基因RNF135,采用Western blotting检测其在3组癌组织及癌旁组织中的表达,并采用免疫组化法检测RNF135在90例不同级别ESCC组织中的表达情况。采用Kaplan-Meier法分析不同RNF135表达患者的总生存时间(OS)。结果 3个数据集取交集后共筛选出ESCC中的差异表达基因93个,表达上调44个,表达下调49个。选择表达上调最显著的RNF135进行后续研究。Western blotting检测显示,与癌旁组织比较,RNF135在ESCC组织中的表达增加(P<0.01)。免疫组化染色显示,RNF135高表达率为56.7%(51/90),低表达率为43.3%(39/90)。RNF13...  相似文献   

2.
目的基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)生物信息学分析的预后相关的差异表达基因构建膀胱癌预后风险模型并验证。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载膀胱癌scRNA-seq数据集GSE135337、GSE129845, 数据更新时间分别为2022年、2019年;下载常规转录组数据集GSE13507(数据更新时间为2020年)中165例膀胱癌样本的表达谱及其生存信息。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载414例膀胱癌样本和19例癌旁样本的表达谱数据及405例膀胱癌患者的临床信息。采用R 4.1.2软件对GEO数据库中的10例膀胱癌单细胞样本进行质量控制及降维聚类并对其进行细胞注释;采用CellChat分析GEO数据库中单细胞数据的细胞间通信。采用单因素Cox比例风险模型分析筛选与膀胱癌预后相关的差异表达基因, 并使用LASSO-Cox回归分析构建预后风险模型, 计算风险评分。根据中位风险评分, 以TCGA数据集中膀胱癌患者为训练集, 将患者分为低风险组和高风险组;采用GEO数据库GSE13507数据集为验证集进行验证, 通过Kaplan-Meier分析比较训练集、验证集低风险组...  相似文献   

3.
目的基于生物信息学方法筛选急性髓系白血病(AML)发生、发展及预后相关的关键基因, 并对其所涉及的功能进行分析。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载AML患者芯片表达谱GSE84881数据集, 包含19例AML样本和4例正常组织样本。利用GEO在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因。利用DAVID在线网站对差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;使用STRING在线数据库对差异表达基因进行蛋白质互作网络(PPI)分析, 并利用Cytoscape软件筛选得到关键基因;利用加权基因共表达网络分析工具(WGCNA)构建共表达网络得到中心基因。利用联川生物云平台构建韦恩图, 将PPI中的关键基因和中心基因进行交叉, 获得真正的关键基因。从GEO数据库下载并分析人体组织的转录组测序(RNA-seq)数据集GSE2191和GSE90062, 验证筛选出来的关键基因。利用GEPIA数据库中的数据, 采用Kaplan-Meier法分析关键基因对AML总生存(OS)的影响。结果 GSE84881数据集中共识别出247个差异表达基因, 包括112个上调基因和135...  相似文献   

4.
目的:分析结直肠癌组织微卫星不稳定(MSI)状态及其与临床病理参数之间的相关性。方法:利用免疫组化法检测MLH1、MSH2、MSH6、PMS2错配修复蛋白的表达,分析441例结直肠癌组织的MSI状态。结果:免疫组化检测发现,441例结直肠癌中,微卫星稳定(MSS)为375例,MLH1、MSH2、MSH6、PMS2错配修复蛋白任一表达缺失共66例,占14.97%(66/441);其中MLH1、MSH2、MSH6、PMS2单一表达缺失率分别为1.4%(6/441)、0.2%(1/441)、0.7%(3/441)、2.3%(10/441);MLH1和PMS2同时表达缺失率9.1%(40/441),MSH2和MSH6同时表达缺失率1.1%(5/441),MSH6和PMS2同时表达缺失率0.2%(1/441)。结直肠癌患者MSI与MSS在民族、肿瘤部位、分化程度、T分期、N分期、肿瘤大小等临床病理特征方面存在差异,而在性别、年龄、大体类型、病理类型、M分期、临床分期、神经和脉管侵犯方面均无明显差异。结论:新疆少数民族、右半结肠、低分化、T4、N0、肿瘤>5 cm的结直肠癌患者更易发生MSI。  相似文献   

5.
目的基于生物信息学方法筛选胃癌内质网应激(ERS)特征相关差异表达基因并构建预后风险模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取375例胃癌和32例癌旁组织样本的转录组测序数据(RNA-seq)及相应临床信息作为训练集样本;从基因表达综合(GEO)数据库中下载387例胃癌患者数据(GSE84437)作为验证集样本;数据获取时间均为2021年12月25日。从GeneCards数据库中获取785个ERS特征相关基因(ERS-RG)。分析TCGA数据库中胃癌组织与癌旁组织之间差异表达基因。将鉴定出的胃癌差异表达基因与GeneCards数据库中ERS-RG取交集, 得到胃癌ERS特征相关差异表达基因, 对其进行基因本体功能(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用单因素Cox比例风险模型筛选具有预后价值的胃癌ERS特征相关差异表达基因, 进行LASSO回归分析, 构建多基因预后风险模型, 计算预后风险评分。根据预后风险评分的中位数(2.369), 将训练集和验证集中患者分别分为高风险组与低风险组;采用Kaplan-Meier生存分析比较两组患者总生存(OS), 并绘制时...  相似文献   

6.
目的基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌关键基因, 识别可能的微RNA(miRNA)-mRNA作用轴, 探讨相关基因在肾透明细胞癌组织和细胞中的表达。方法选取基因表达综合(GEO)数据库基因表达谱GSE40435、GSE71302数据集, 肾透明细胞癌TCGA-KIRC数据集来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库。采用R软件筛选差异表达的mRNA和miRNA, 并对mRNA进行功能富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质互作分析。采用Oncomir数据库筛选预后相关的差异表达miRNA。采用TargetScan和miRDB靶基因预测工具筛选miRNA可能调控的靶基因。收集2021年6月至12月山西医科大学第一医院收治的34例肾透明细胞癌患者的组织样本及临床资料, 并选择正常肾细胞株293T和肾透明细胞癌细胞株786O。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测基因的相对表达量;蛋白质印迹法、免疫组织化学染色法检测目的蛋白的表达水平;双荧光素酶报告基因实验验证基因间的靶向关系。结果差异分析筛选得到1 351个差异表达mRNA和50个差异表达miRNA。功能富集分析提示肾透明细...  相似文献   

7.
目的:通过对筛查结直肠癌DNA错配修复(mismatch repair,MMR)基因缺失两种最常用的检测方法的分析,寻找更为经济有效的检测策略。方法:分析新疆医科大学第一附属医院2018年9月至2019年9月收治并行手术的结直肠癌患者的肿瘤组织223例,采用免疫组织化学法检测平台检测MLH1、MSH2、PMS2、MSH6的表达缺失情况,PCR-毛细管电泳法检测肿瘤微卫星不稳定(microstatellites instability,MSI)状态。结果:在223例结直肠癌中,27例(12.1%)MMR蛋白表达缺失(MMR deficiency,dMMR),196例(87.9%)MMR蛋白表达完整(MMR proficient,pMMR)。MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的缺失率分别为9.0%(20/223)、1.8%(4/223)、2.7%(6/223)和9.4%(21/223)。包含PMS2和MSH6的2种抗体试验筛查dMMR结直肠癌的灵敏度和特异度与4种抗体试验(MLH1、MSH2、PMS2、MSH6)的灵敏度和特异度均相同。微卫星高度不稳定(MSI-high,MSI-H)2...  相似文献   

8.
目的: 探讨散发性结直肠癌微卫星不稳定(microsatellite instability,MSI)情况及其与错配修复 (mismatch repair,MMR) 蛋白MLH1、MSH2、MSH6、PMS2表达缺失的相关性,并总结MSI散发性结直肠癌的临床病理学特征。方法:多重荧光PCR法检测散发性结直肠癌肿瘤组织DNA的微卫星不稳定性,免疫组化(Immunohistochemistry,IHC)S-P法检测散发性结直肠癌肿瘤组织MLH1、MSH2、MSH6、PMS2蛋白的表达缺失,分析MSI发生与MMR蛋白表达缺失及临床病理特征的相关性。结果:75 例散发性结直肠癌检出MSI 21例(28%),包括 MSI-H 19例、MSI-L 2例,其他54例(72%)为MSS。检出MMR蛋白表达缺失16例(21.33%),其中15例(93.75%)为MSI-H、1例(6.25%)为MSS;MMR蛋白表达59例(78.67%),其中4例(6.78%)为MSI-H、2例(3.39%)MSI-L,其他53例为MSS。MSI组MMR蛋白缺失率(15/21,71.43%)显著高于MSS组(1/54,1.9%)(P<0.01)。MSI与患者年龄,是否黏液腺癌,肿瘤有无远处转移有关(P<0.01),其中MSI-H好发于年龄>50岁、肿瘤无远处转移、MMR蛋白缺失人群,且类型以黏液腺癌为主。结论: 散发性结直肠癌肿瘤组织中MSI发生率高于MMR蛋白缺失率,并且MSI-H的散发性结直肠癌转移风险较低、预后较好。检测MSI 状态对提高结直肠癌的预防、诊断和治疗水平,降低结直肠癌的发病率和病死率有着重要意义。  相似文献   

9.
目的 分析结直肠癌组织中错配修复(MMR)蛋白MutL同系物1(MLH1)、MutS同系物2(MSH2)、MSH6和减数分裂后分离时增加2(PMS2)表达与临床病理特征的关联性,并进一步探讨MMR缺陷(dMMR)结直肠癌组织中4种MMR蛋白之间表达的相关性.方法 回顾性收集2018-03-27-2020-11-27皖南...  相似文献   

10.
目的 从分子层面分析乳腺浸润性导管癌(IDC)的差异表达基因(DEGs),识别潜在致病基因和分子机制.方法 分析来自美国国立生物技术信息中心(NCBI)的公共基因芯片数据库(GEO)的微阵列数据集(GSE29044).GEO2R工具筛选出IDC与正常乳腺组织间DEGs.利用DAVID在线数据库对DEGs进行相关基因功能...  相似文献   

11.
目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因。方法 自基因表达综合(GEO)数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析。结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个。差异基因主要作为细胞组件(CC)中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径(BP)中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能(MF)有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能。后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻...  相似文献   

12.
目的筛选成骨型骨肉瘤与正常成骨细胞的差异表达基因, 寻找成骨型骨肉瘤发生、发展的关键基因。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库获得正常成骨细胞和骨肉瘤组织的基因表达数据集GSE33382, 采用R语言的limma包筛选正常成骨细胞和成骨型骨肉瘤的差异表达基因, 对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用String数据库构建蛋白交互网络, 应用Cytoscape软件的分子复合物检测(MCODE)插件筛选互作网络中的网络模块, 应用Cytoscape软件中的BiNGO模块对MCODE筛选得到的前3个主要模块所包含的差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析。采用MCC算法筛选蛋白互作网络中前10个关键基因。从GEO数据库获得骨肉瘤的基因表达和生存数据集GSE39055, 采用Kaplan-Meier法进行生存分析。选取2005年1月至2015年12月福建医科大学附属第一医院收治的48例成骨型骨肉瘤患者的资料进行验证, 采用免疫组化法测定骨肉瘤组织中STC2蛋白的表达, 结合患者的临床资料进行生存分析。结果从GSE33382数据集...  相似文献   

13.
目的鉴定胃腺癌新的预后标志物和治疗靶点。方法通过Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE33335和GSE63089基因表达数据集, 共含有70例胃腺癌组织和配对的胃正常组织基因芯片数据, 使用R语言分析胃癌组织和胃正常组织间差异表达基因。通过String在线分析工具构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。使用Cytoscape软件和分子复合物检测(MCODE)插件分离出关键基因集。使用在线数据库鉴定分离出与预后相关的关键基因, 分别用数据库信息和南通大学附属医院2019年7—9月收治的32例胃腺癌组织和癌旁正常组织从mRNA和蛋白水平进行验证。结果使用R语言分析显示, 2个数据集中有128个共同差异表达基因, 其中85个基因在胃腺癌组织中表达上调, 43个基因在胃腺癌组织中表达下调。通过String在线工具和Cytoscape软件建立了PPI网络和MCODE模型, 获得27个关键基因, 其中有25个基因与胃腺癌患者的预后有关(P<0.05)。25个与预后相关的基因中, 有14个基因在胃腺癌组织中表达显著, 其中有3个基因[垂体瘤转化基...  相似文献   

14.
目的 检测结直肠癌组织中特异AT序列结合蛋白1(special AT-rich sequence binding protein,SATB1)的表达情况与结直肠癌生物学行为的相关性.方法 采用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)法检测39例结直肠癌及相应癌旁对照组织中SATB1 mRNA的表达,采用免疫组织化学方法检测39例结直肠癌及相应癌旁对照组织中SATB1的表达,分析SATB1基因表达与患者临床病理因素的相关性.结果 癌组织中SATB1蛋白表达阳性率为69.23%(27/39),SATB1 mRNA表达量为(1.178±0 644),均高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05).而SATB1蛋白在结直肠癌组织中的阳性表达率与有无淋巴结转移显著相关(P<0.01),有淋巴结转移其SATB1蛋白阳性表达率为100%,与肿瘤浸润深度和临床TNM分期密切相关(P<0.05).SATB1 mRNA的表达与肿瘤浸润深度、是否淋巴结转移显著相关(P<0.01),与肿瘤临床分期密切相关(P<0.05).结论 SATB1基因在癌组织中的表达较癌旁组织显著增高表明其可能与结直肠癌的发生有关,而SATB1高表达预示结直肠癌恶性程度高临床分期较晚,可能存在淋巴结转移,预后不良,因此检测SATB1表达可作为临床上筛选结直肠癌高危转移患者、制定治疗方案和判断预后的一个新指标,并有望成为新的治疗靶点.  相似文献   

15.
目的通过挖掘癌症基因组图谱数据库(TCGA),探讨在肝细胞癌(HCC)中DNA甲基化与AC004540.4表达及与预后的关系。方法从TCGA数据库获取374例HCC组织和50例癌旁组织的基因表达谱数据,380例HCC组织和50例癌旁组织的甲基化数据。edgeR包筛选差异表达基因,limma包筛选差异甲基化基因,Spearman秩次相关判断两者的相关性。在基因表达综合数据库(GEO)中,GSE101728表达谱芯片、GSE54503甲基化芯片作为外部验证数据集。HCC预后影响因素分析采用Cox回归模型。使用R软件计算AC004540.4与全基因组mRNA的相关系数,对共表达的mRNA进行功能富集分析。结果在TCGA数据库中,HCC和癌旁组织的AC004540.4表达水平中位数(四分位间距)分别为2.322(2.700)和6.129(1.858),差异有统计学意义,Z=-9.287,P<0.001。同时,在HCC和癌旁组织中,AC004540.4启动子甲基化水平中位数(四分位间距)分别为0.412(0.405)和0.195(0.165),差异有统计学意义,Z=-5.651,P<0.001。在GEO数据库中,HCC和癌旁组织的AC004540.4表达水平中位数(四分位间距)分别为3.313(2.410)和10.063(0.818),差异有统计学意义,Z=-3.003,P=0.003。同时,HCC和癌旁组织的AC004540.4启动子甲基化水平中位数(四分位间距)分别为0.346(0.358)和0.113(0.044),差异有统计学意义,Z=-6.549,P<0.001。甲基化位点(cg12492504、cg13268603、cg14592933、cg24755163、cg17035412和cg26526379)的甲基化水平与AC004540.4表达呈中度负相关,rs分别为-0.465、-0.492、-0.447、-0.539、-0.451和-0.456,均P<0.001。Cox多因素分析结果发现,AC004540.4低表达是HCC患者预后的独立危险因素,HR=1.720,95%CI为1.116~2.652,P=0.014。富集分析提示,与AC004540.4共表达基因集主要富集于Wnt蛋白结合、向上调节端粒酶活性等生物学功能,以及调控细胞周期、胆汁分泌等信号通路。结论AC004540.4表达受其甲基化调控,启动子区域高甲基化可能导致转录沉默,并且与HCC患者预后相关,可成为HCC患者诊断和预后判断标志物。  相似文献   

16.
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结肠癌中的表达情况。方法 从公共数据平台Gene Expression Omnibus(GEO)下载结肠癌外显子芯片数据集GSE31737,包含40对结肠癌及癌旁组织。对外显子芯片探针进行重排,筛选出在基因水平特异性匹配lncRNA的探针。用Affymetrix Power Tools分析获得lncRNA表达谱,用LIMMA分析在结肠癌和癌旁组织中差异表达的lncRNA。结果 共有136 053个探针特异性匹配9294个lncRNA,约包含了Ensembl数据库中76%的lncRNA。分析GSE31737发现,与癌旁组织相比,结肠癌组织中共有87个lncRNA差异表达,其中50个高表达,37个低表达。结肠癌与癌旁组织表达值倍数变化>1.5倍的基因共37个。结论 lncRNA表达在结肠癌组织中发生明显变化,有可能成为结肠癌的分子诊断和基因治疗的新靶点。  相似文献   

17.
目的:研究结直肠癌组织中BCAP31的表达情况及其与临床病理特征的关系。方法:利用GEPIA数据库和HPA数据库分析BCAP31在结直肠癌中的表达情况,UALCAN数据库分析BCAP31在结直肠癌中的表达及与结直肠癌临床病理特征的关系,在临床样本中用实时荧光定量PCR法(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)和免疫印迹法(western blot,WB)检测BCAP31在结直肠癌和癌旁组织中mRNA和蛋白的表达情况,卡方检验分析BCAP31 mRNA表达与临床病理特征的相关性。结果:与癌旁组织相比,BCAP31在结直肠癌中高表达(P<0.05),临床相关性分析其表达与淋巴结转移(P<0.05)和TNM分期有关(P<0.05),而与患者的年龄、性别、肿瘤部位、肿瘤分级、T分期和M分期无明显相关性(P>0.05)。结论:BCAP31在结直肠癌中高表达,且与肿瘤的淋巴结转移和TNM分期有关。BCAP31可作为结直肠癌治疗诊断的分子标志物。  相似文献   

18.
Yao CC  Lin CY  Hu MB 《癌症》2004,23(3):310-316
背景与目的:脆性组氨酸三联体(fragilehistidinetriad,FHIT)蛋白表达缺失是胃肠道肿瘤的频发事件,但在大肠癌却有争议;最近研究表明FHIT蛋白表达失活可能是错配修复蛋白,尤其是mutS同种组织蛋白2(mutShomolog2,MSH2)改变的结果。本研究旨在探讨FHIT、MSH2蛋白在散发性结直肠癌(sporadiccolorectalcarcinoma,SCC)组织中的表达情况及其临床意义。方法:采用免疫组化SP法检测手术切除的84例SCC及其对应癌旁正常结直肠组织和23例肠腺瘤组织标本中FHIT、MSH2蛋白的表达。结果:FHIT蛋白在SCC组织、结直肠腺瘤组织、癌旁正常结直肠组织中阳性率分别为48.81%、73.91%和100%,三者的阳性率差异有显著性(P<0.05)。FHIT蛋白表达水平与SCC患者的年龄、性别及肿瘤部位、组织学类型无关(P>0.05),而与肿瘤浸润深度、分化程度、Dukes分期和淋巴结转移有关(P<0.05),在浸润深度越深、分化程度越低、Dukes分期越晚和有淋巴结转移的癌组织中,FHIT蛋白低表达就越明显;而MSH2蛋白表达水平仅与Dukes分期有关(P<0.05)。SCC中FHIT蛋白表达与MSH2蛋白表达呈正相关(r=0.3728,P<0.01)。结论:(1)FHIT蛋白表达水平与SCC的恶性程度有关,可作为预测SCC浸润转移潜能的一项有意义的生物学指标;(2)SCC中FHIT、MSH2蛋白表达二者之间呈正相关。  相似文献   

19.
目的探讨T-框蛋白5(TBX5)基因在结直肠癌组织中的表达, TBX5对结直肠癌细胞侵袭转移能力的影响及机制。方法免疫组化法检测90例结直肠癌组织和癌旁正常黏膜组织中TBX5的表达, 分析TBX5表达与结直肠癌患者临床病理特征及预后的关系。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和Western blot检测不同结直肠癌细胞株中TBX5的表达。合成TBX5高表达质粒, 转染人结直肠癌细胞株HT-29, 细胞计数试剂盒8法检测细胞活性, 细胞划痕实验和Transwell小室侵袭实验检测细胞的迁移侵袭能力, RT-qPCR和Western blot法检测增殖细胞核抗原(PCNA)、基质金属蛋白酶2(MMP-2)、MMP-7、p21、p16、p27、基质金属蛋白酶组织抑制因子1(TIMP-1)的mRNA和蛋白表达情况。结果结直肠癌组织中TBX5蛋白表达的阳性率为24.44%(22/90), 明显低于癌旁组织(65.56%, P<0.001)。结直肠癌组织中TBX5的表达与浸润深度、淋巴结转移及神经侵犯有关(均P<0.05)。结直肠癌组织中TBX5蛋白表达阳性的22例患者生存时间...  相似文献   

20.
郭佩  何宁宁  夏玉军 《癌症进展》2021,19(2):149-153,177
目的 探讨人组织激肽释放酶家族(KLK)在结直肠癌中的表达及其对预后的影响.方法 挖掘ON-COMINE数据库,对各种类型恶性肿瘤中人KLK基因的表达进行分析.挖掘TCGA数据库,分析人KLK基因在结直肠癌组织和正常结直肠组织中的表达情况,进一步挖掘TCGA数据库以及GSE39582系列数据,分析人KLK基因表达与结直...  相似文献   

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