2000年东莞市麻疹病毒流行株基因型分析

目的 了解东莞市麻疹病毒（measles virus,MV)流行株的基因型。方法 2000年4-7月间东莞市发生有55例患者的麻疹流行,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法直接检测麻疹病人急性期唾液中的麻疹病毒核糖核酸（RNA）的N基因和M基因,对任意选取的5份RT-PCR阳性标本和疫苗株沪-191的N基因扩增片段进行核酸序列测定,并进行序列系统树分析。结果 用RT-PCR方法直接检测的阳性率为87.3%;用血清抗-MV-IgM ELISA方法检测的阳性率为70.9%,抗MV-IgM阴性的病人唾液中有68.8%的标本MV-RNA阳性。序列分析结果表明此流行株的基因型与世界麻疹病毒流行株不同,差异为1.4%-11.7%,可归属于H基因型。结论 2000年东莞市麻疹病毒流行核酸序列完全相同,为H基因型,说明本次流行的麻疹病毒具有同源性,来源于同一传染源。     

浙江省2005年麻疹病毒流行株基因特性分析

目的分析浙江省2005年麻疹病毒流行株的基因特性.方法对暴发疫情中分离的4株麻疹病毒采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增血凝素蛋白（H）和核蛋白（N）基因,纯化产物进行核苷酸序列测定.结果浙江省2005年分离到的4株麻疹病毒流行株均为麻疹H1基因型,属于中国麻疹病毒优势基因型.各分离株之间H基因氨基酸同源性为99.2%～99.7%,N基因氨基酸同源性为99.8%;与中国疫苗株沪191株的H基因和N基因比较,其氨基酸水平上的同源性分别为95.2%～95.5%和95.5%.结论浙江省2005年分离到的麻疹病毒流行株属于同一性状毒株,均为H1基因型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异.     

四川省1株输入性麻疹病毒基因特征分析

目的分析四川省1麻疹病毒分离株的基因特征。方法病毒分离和核苷酸测序后,与麻疹病毒基因型参考株编码核蛋白羧基末端的456个核苷酸序列做进化树分析。结果该病毒分离株（MVi/Sichuan.CHN/7.09/1）与D9基因型参考株聚集在同一进化分枝上,bootstrap值为91%。与D9基因型参考株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.9%和96.6%;与其他22个基因型参考株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.9%～96.2%和90.7%～98.0%。结论现有的麻疹实验室网络数据表明,该病毒分离株为我国大陆首次分离到的D9基因型麻疹病毒,证实为输入性病毒。     

山东省麻疹病毒流行株分子生物学特征分析

目的了解山东省1999~2005年麻疹野病毒的分子生物学特征以及野病毒基因型别的分布和变异趋势。方法用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对分离的麻疹野病毒(36株)的核蛋白N基因C末端456个核苷酸片段扩增后进行序列分析,与中国H1基因型代表株、疫苗株(S191株)及世界卫生组织其它基因型代表株构建基因亲缘性关系树,并进行核苷酸、氨基酸的同源性分析。测定野病毒的血凝及血吸附特性。用酶联免疫吸附试验(ELISA)抗体捕获法检测IgM抗体。结果36株麻疹野病毒均为H1基因型,其核苷酸、氨基酸同源性分别为96.6%~100.0%、96.0%~100.0%,在基因关系树上有两个大的分支,分为H1a、H1b两个基因亚型;与S191株核苷酸、氨基酸同源性分别为91.0%~91.4%、88.7%~89.4%。以H1a亚型为主,在基因关系树上有多个分支;H1b亚型相对弱势,但有两个大的分支(2000年、2005年)。所有野病毒对敏感猴血球均无血凝及血吸附特性。结论山东省1999~2005年流行的麻疹野病毒为H1基因型,有H1a、H1b两个基因亚型。H1a是1999~2005年麻疹流行的优势基因亚型。曾在山东省分离到的A基因型、H1c基因亚型已被阻断。在流行过程中病毒未发现有较大变异,但野病毒间存在一定的遗传距离,呈现多个传播链的流行。病毒的多个传播链被阻断,同一病毒持续流行的情况大为减少。     

合肥地区2017-2018年麻疹病毒基因型特征分析

目的 了解2017-2018年合肥地区麻疹病毒流行株的基因型别特征,为麻疹防控提供依据.方法 采集2017-2018年间麻疹病例的咽拭子标本,抽提RNA,采用RT-PCR方法扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因的羧基端450个核苷酸,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统发生树分析,确定其病毒亚型.结果 共收集20份咽拭子标本,其中20份(2017年15份,2018年5份)标本成功扩增N基因羧基端序列,序列分析及系统发生树结果显示,17株(2017年12份,2018年5份)为H1a基因型,1株为H1型,1株为D8基因型,1株与疫苗株Shanghai191(U03663)高度同源(同源性＞99％).结论 H1a型仍然是合肥市麻疹流行的优势株,偶尔的输入性病例尚未引起新基因型的流行.合肥市需对疑似麻疹病例加强病原学鉴定,及时发现输入性麻疹病例,避免新基因型引起的暴发与流行.     

2012-2015年湖北省麻疹病毒基因测定分析

目的：通过对2012—2015年湖北省麻疹病毒流行株的基因型别和特征进行分析,了解湖北省麻疹病毒流行株基因特点,为制定消除麻疹策略提供依据。方法选取2012—2015年湖北省麻疹病例咽拭子标本126份,提取病毒核酸,对其中86份核酸阳性标本通过RT－PCR扩增麻疹病毒N基因并进行序列测定,对病毒基因型别进行分析。结果通过基因测序定型发现2012—2015年湖北省麻疹病毒基因型主要为 H1a亚型,仅发现一例 D8亚型,2例麻疹病毒疫苗株 A 基因。结论2012—2015年湖北省麻疹病毒主要为H1a基因亚型,首次发现一例麻疹D8基因亚型,存在少数疫苗相关病例。建议进一步加强麻疹病毒基因型别监测,实时了解全省麻疹病毒基因型别变化特征,为中国消除麻疹行动计划提供科学依据。     

新疆和田地区2016年甲型肝炎病毒流行株基因特征

目的了解新疆和田地区甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法收集新疆和田地区2016年甲型肝炎病例急性期血清标本,经核酸提取、逆转录、套式PCR、序列测定,进行HAV基因分型、主要中和抗原位点氨基酸序列分析,并与GenBank中HAV基因型和亚型代表株构建系统进化树,分析核苷酸和氨基酸序列差异或同源性。结果获得和田地区43株2016年IA基因亚型HAV流行株和2株减毒活疫苗株序列。43株流行株在VP1-2A区的核苷酸、氨基酸序列差异分别为0.0%-2.9%、0.0%-1.9%,在VP3-VP1-2A区分别为0.0%-2.2%、0.0%-0.7%;与2株减毒活疫苗株的氨基酸序列差异为0.5%-0.9%。HAV流行株的主要中和抗原位点未发现氨基酸变异,处于负向选择压力;与GenBank中中国新疆、中国四川或日本HAV序列的同源性最高。结论2016年和田地区HAV流行株为基因IA亚型且分为不同基因簇;HAV流行株和减毒活疫苗株的主要中和抗原位点氨基酸序列保守。     

1995～1997年中国部分地区麻疹病毒流行株基因型分析

本文报道以反转录二步多聚酶链反应方法 (RT -PCR)直接测定麻疹病人唾液、尿液标本中的麻疹病毒 (MV)血凝基因 (H)、核衣壳基因 (N)。以RT -PCR产物纯化后进行MV 4 50ntH、2 82ntN基因核苷酸片段测序分析 ,测序结果一致表明 ,1995～ 1997年期间中国部分地区MV流行株存在两种基因型。其中一种基因型只发现 1株 ,与EDw54株相同 ,另一种基因型占流行株的绝大多数 (称新基因型 ) ,与其它国家以前报道的MV流行株基因型的N基因最大差异为 15.4 %与EDw54、疫苗株相差8.8% ;H基因最大差异是 10 .8%。     

海南省1999～2004年流行麻疹野病毒的基因型分析

目的为了确定海南省流行的麻疹野病毒基因型别,从分子水平揭示麻疹的流行病学特点,为控制麻疹策略的制定提供本底资料。方法采用B95a细胞从麻疹爆发和散发病人咽拭子标本中分离麻疹病毒,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行基因分型并测序。结果在57份疑似麻疹病例的咽拭子标本中,分离到14株麻疹病毒,经测序全部为H1基因型。结论引起海南省1999~2004年麻疹爆发和散发的病原为麻疹病毒H1基因型,尚未发现有其它基因型传入引起的麻疹病例。     

2015年黔东南地区麻疹病毒分离株基因特征分析

目的 分析2015年黔东南地区麻疹病毒基因型别和特征。方法 采集疑似麻疹病例临床咽拭子标本,经Real - time RT - PCR初筛为麻疹病毒核酸阳性,使用Vero/SLAM细胞进行病毒分离,对阳性分离物提取病毒RNA,采用RT - PCR方法扩增麻疹病毒N基因羧基末端编码的634个核苷酸片段,并进行测序与分析。结果 35例疑似麻疹病例中检测到4例麻疹病毒阳性核酸,经分离得到2株麻疹病毒。基因亲缘关系显示2株为H1基因型中的H1a基因亚型。2株麻疹病毒株与H1基因型参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7(AF045212)比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.7%和98.0%;与H1a基因亚型参考株Chin9322比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%和99.3%;2株H1a基因亚型与往年及本省流行的麻疹病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.2%～100%和98.0%～100%。结论 黔东南地区2015年分离到的麻疹病毒为H1a基因亚型,与贵州省本土麻疹流行的优势基因亚型一致。     

河北省D8基因型麻疹病毒输入性疫情监测及基因型特征分析

目的:分析河北省D8基因型麻疹病毒输入性疫情流行及基因型特征。方法:对麻疹监测病例的流行特征进行分析,对采集的急性期咽拭子标本进行荧光定量RT-PCR鉴定、病毒分离培养及核苷酸序列测定和分析。结果:监测到输入性D8基因型麻疹病例36例,主要集中在邯郸市的8个县（区）,其中成安县确诊病例数最多,占报告病例数的58.33%...     

中国流行的麻疹病毒基因型和亚型趋势分析

目的分析中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区）1993～2006年本土麻疹病毒基因型和基因亚型的流行趋势。方法依据全国麻疹实验室网络监测数据库、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家麻疹实验室病毒学监测数据库,分析中国麻疹病毒分子流行病学资料。结果1993～2006年,从29个省（自治区、直辖市,下同）分离到748株麻疹病毒,其中743株为H1基因型,1株为H2基因型,1株为A基因型,3株为疫苗相关A基因型。在H1基因型中,684株为H1a基因亚型,50株为H1b基因亚型,9株为H1c基因亚型。从29个省分离到H1a基因亚型（西藏、湖北省未开展）,H1b基因亚型只从10个省分离到,H1c基因亚型在1993～1994年从4个省分离到。自2000年以来,H1a基因亚型逐年成为优势流行亚型,并呈上升趋势;H1b基因亚型逐年转为弱势,其传播于2006年被阻断;而H1c基因亚型的流行自1995年已经消失。结论通过对1993～2006年中国29个省流行的麻疹病毒分子流行病学的系统研究,阐明了在麻疹控制和加速控制阶段中国流行的麻疹野病毒的基因变异规律,以及病毒基因型别在地域和年代上的分布,证实H1基因型是中国近14年麻疹病毒流行的绝对优势本土基因型,其中H1a逐渐成为中国近几年流行的绝对优势基因亚型。     

长春市麻疹病毒流行株M和N基因特征分析

目的:了解2005～2006年长春市麻疹病毒的优势基因型及其核蛋白(N)、基质蛋白(M)基因序列特征.方法:采集2005～2006年长春市暴发和散发麻疹临床病例标本,使用WHO推荐的Vero/SLAM细胞进行麻疹病毒分离.用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒分离株的核蛋白(N)基因羧基端450个核苷酸片段和基质蛋白(M)基因的188个核苷酸片段.对扩增产物的核苷酸序列进行测定和分析.结果:共分离到11株麻疹病毒野毒株.经对分离株的核蛋白(N)碳末端450个核苷酸进行序列测定和亲缘性关系比较,N基因与Hl基因型代表株相比同源性为98.0%～98.4%,和其它已知麻疹病毒的22个基因代表株相比,长春市麻疹毒株在核昔酸水平上最大变异为10.9%.M基因的144 bp中,流行株均有4-11核苷酸不同于疫苗株Changchun-47,其中只有06JL-1毒株的2个碱基突变有意义,引起氨基酸的改变.结论:2005年和2006年流行株的核酸序列有所不同,每个年份内流行株相同,而两年流行株之间有所差别,但是属于HJ基因型.说明长春市近年来麻疹的流行株仍然是Hl基因型.     

2008-2012年江西省麻疹病毒分离株N基因特征分析

摘要:目的　分析江西省麻疹病毒分离株的分子生物学特征,掌握该省目前麻疹病毒流行株的基因特性。方法　采用Vero/SLAM细胞对2008-2012年疑似麻疹患者咽拭子标本进行麻疹病毒分离,分离到的毒株通过RT-PCR方法扩增麻疹病毒核蛋白（Nucleoprotein,N）基因,并对扩增出的核苷酸序列进行测定,与GenBank中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果　2008-2012年江西省麻疹病毒分离株均为麻疹H1基因型,属于我国麻疹病毒的优势株。13株分离株之间N基因氨基酸的同源性为98.1%～100%;与H1基因代表型China93-7的N基因氨基酸同源性为97.5%～98.7%;与中国疫苗株沪191株的N基因氨基酸同源性为95.0%～96.2%。结论　2008-2012年江西省麻疹病毒流行株为H1基因型,说明江西省近年来麻疹的流行株仍然是H1基因型。     

中山市2014年麻疹病毒分子生物学特征分析

目的麻疹病毒学监测数据表明,H1基因型是中国本土优势基因型。本研究分析广东省中山市2014年麻疹病毒分子生物学流行特征,为麻疹消除策略修订或制定提供数据依据。方法采集广东省中山市2014-01-01-2014-12-31全年疑似患者的急性期咽拭子,通过RT-PCR和基因测序分析N基因碳末端450个核苷酸片段;应用BLASTn对序列进行相似性检索,分析麻疹病毒基因特征,并与WHO推荐的参考株进行对比;采用MEGA对麻疹核蛋白核苷酸构建NJ种系进化树。结果广东省中山市麻疹监测网络实验室收检疑似麻疹咽拭子306份,核酸阳性213份,阳性率69.61%。对213份咽拭子核酸阳性样品进行病毒分离,共分离出98株麻疹病毒,病毒分离率46.01%。除zhongshan2014-5为D8基因型外,其他均是H1基因型。zhongshan2014-5与越南病毒株(Viet Nam:Ho Chi Minh CityAB928200)序列同源性100%,属于D8型。结论 H1基因型是中山市2014年流行麻疹病毒的绝对优势基因型,中山市首次发现输入性D8型麻疹病毒感染病例。     

浙江省1999-2008年麻疹病毒流行株磷蛋白基因变异研究

目的 了解浙江省麻疹病毒流行株磷蛋白(P)基因变异规律.方法 采用RT-PCR方法扩增1999-2008年浙江省麻疹病毒流行株P基因全序列,进行序列测定,并与疫苗株Shanghai191及其他麻疹流行株进行比较.结果 1999-2008年浙江省各流行株与疫苗株Shahghai191之间存在59～75个核苷酸的变异(变异率3.9%～4.9%),导致36～42个氨基酸变异(变异率7.1%～8.3%),它们在二级结构上也存在一定的差异.P基因系统进化树显示,其基因分型结果与WHO推荐的核蛋白(N)基因分型结果基本一致.P蛋白氨基酸的平均变异率要大于主要抗原基因N和H基因.结论 1999-2008年浙江省麻疹病毒流行株与疫苗株Shanghai191的P基因存在较大差异.     

1995～1997年辽宁,河南,河北省麻疹病毒流行株基因型分析

以反转录二步多聚酶链反应方法（ＲＴ－ＰＣＲ）直接测定麻疹病人唾液、尿液标本中的麻疹病毒（ＭＶ）血凝基因（Ｈ）、核衣壳基因（Ｎ）。以ＲＴ－ＰＣＲ产物纯化后进行ＭＶ４５０ｎｔＨ、２８２ｎｔＮ基因核苷酸片段测序分析,测序结果一致表明１９９５～１９９７年期间中国部分地区ＭＶ流行株存在２种基因型。其中一种基因型只发现１株,与ＥＤｗ５４株相同,另一种基因型占流行株的绝大多数（称新基因型）,与其它国家以前报道的ＭＶ流行株基因型的Ｎ基因最大差异为１５．４％,与ＥＤｗ５４、疫苗株相差８．８％;Ｈ基因最大差异是１０．８％     

大连市2020年甲型肝炎病毒流行株基因特征

目的 分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus, HAV)流行株基因特征。方法 采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本，提取HAV核酸，采用巢式RT-PCR扩增目的基因，构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树，分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性，确定基因型。结果 从甲肝病例标本中获得54条HAV序列，核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国大陆序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高，为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高，为99.07%-100%。在获得序列中，53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论 大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型，甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。