利用STR基因座多态性鉴定同胞亲缘关系二例

短串联重复序列（short tandem repeat，STR）在人类基因组中分布广泛，具有遗传多态性，可广泛应用于法医个体识别和亲子鉴定。本文运用X染色体和常染色体STR基因座的多态性分型对一位未知女性个体与两家同父同母的同胞姐弟之间是否存在同胞亲缘关系进行鉴定。     

中国辽宁锡伯族群体3个短串联重复位点的遗传多态性分析

背景：对常染色体STR基因座的多态性的研究可为法医学亲权鉴定提供基础数据。 目的：探索辽宁锡伯族D16S539,THO1,D13S317 3个常染色体基因座的遗传多态性,建立锡伯族群体的遗传学基础数据。 方法：采集辽宁省沈阳市新城子区黄家乡锡伯族中小学的150名中小学生口腔黏膜细胞,Chelex 100法提取DNA,进行荧光标记PCR扩增,产物在Li-COR 4300基因分析仪上进行电泳,E-seq分析软件计算扩增产物片段相对大小,进行基因型分型。调查辽宁地区锡伯族群体 3个 STR基因座等位基因频率,进行遗传多态性分析。 结果与结论：辽宁锡伯族群体中3个STR基因座具有遗传多态性,其基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。辽宁锡伯族群体中3个STR基因座的杂合度分布在0.769~0.810;个人识别力分布在0.824~0.929,累积个人识别能力为0.999;多态信息量分布在 0.650~0.790;非父排除率分布在0.565~0.790,累积非父排除率为0.979。说明辽宁锡伯族群体3个常染色体STR基因座有较高的非父排除率和个体识别能力,可为法医学亲子鉴定和个体识别及移植配型等遗传学研究提供依据。     

亲权鉴定中性染色体STR基因座异常分型的研究

目的观察性染色体STR基因座异常分型的特点,探讨其与性染色体遗传疾病的关系。方法对3200例亲权鉴定案例中8356名个体,采用Chelex100法提取DNA,常染色体及性染色体STR基因座复合扩增,荧光检测分型,对性染色体STR基因座的异常分型现象进行研究,并结合外周血细胞染色体核型分析结果对性染色体遗传疾病进行诊断。结果两个个体的牙釉蛋白(Amelogenin)性别基因座中X等位基因与Y等位基因的峰高比为2:1,结合性染色体STR基因座分型结果以及染色体核型分析,分别诊断为Turner综合征和Klinefelter综合征。结论性染色体STR基因座检测对性染色体遗传疾病的筛查方面具有一定应用价值。     

插入缺失位点和miniSTR在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用检测

目的 ：研究插入缺失位点InDel与mini短串联重复序列(STR)遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织应用的价值。方法 ：19份甲醛固定石蜡包埋组织作为疑难检材，应用3种常染色体遗传标记多重扩增系统，即InDel系统(Investigatior^? DIPplex Kit)、miniSTR系统(华夏白金扩增试剂盒)和STR系统(Goldeneye^?20A)，对STR分型不完整或失败的检材，再分别用InDel和miniSTR系统进行DNA分型检测，比较两者的分型质量和检出率。结果 ：19份甲醛固定石蜡包埋组织经Goldeneye 20A试剂盒检测，均分型不完整。应用miniSTR系统检测显示，7份样本的检出率100%，其中，D19S433基因座的检出率为100%,D5S818、D13S817和D1S1656基因座的检出率最小，为36.84%。应用InDel系统检测发现，1份样本InDel位点电泳分型完整，所有样本的位点丢失率均小于50%，其中7份样本的位点丢失率低至10%以下。结论 ：应用遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织这类疑难降解检材进行检测，插入缺...     

DXYS267位点的遗传多态性及伴性遗传单核苷酸变异的应用

目的 调查DXYS267基因座遗传多态性，研究该座位伴性遗传单核苷酸的特征及其法医学应用价值。方法 应用聚合酶链反应和聚丙烯酰胺凝胶电泳对DXYS267进行群体调查，并作Hardy-Wein-berg平衡检验，计算法医学群体遗传学参数。依据该基因座伴性遗传的单核苷酸变异，设计新的引物，选择性扩增Y染色体的DXYS267短串联重复序列。结果 在118名中国汉族无关个体中，共发现6个等位基因，基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡，基因座杂合度为0．6706，个体识别率为0．8433，非父排除率为0．5957。新引物可选择性扩增Y．短串联重复（short tandem repeat，STR）序列，在184名男性无关个体共发现4个等位基因，单倍型多样性值为0．6372。结论 DXYS267属一类X、Y染色体序列同源的STR序列位点，是一个高度多态性的系统。同时利用该位点的伴性单核苷酸变异，选择性扩增Y染色体上的STR序列，用于亲权鉴定和个人识别，尤其是混合斑男性检材的分型和性别鉴定有实用价值。     

X染色体四个STR基因座的遗传多态性及法医学意义

目的 建立X染色体短串联重复序列DXS7133、GATA198A10、DXS9896、DXS6797基因座的复合扩增系统，调查成都汉族人群的遗传多态性并探讨其法医学应用价值。方法 应用PCR和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型技术，并检验各基因座女性基因型频率分布是否符合hardy-Weinberg平衡，计算法医学常用各种概率。结果 DXS7133、GATA198A10、DXS9896、DXS6797基因座在成都地区汉族群体中(男100，女120)分别发现6、6、11、8个等位基因，女性个人识别几率分别达0．7962、0．8021、0．9675和0．9444。X^2检验表明各基因座女性的基因型频率分布符合Hardy-Weinherg平衡。32个亲子鉴定案例调查表明这4个基因座符合X染色体伴性遗传方式，未发现突变。结论 DXS7133、GATA198A10、DXS9896、DXS6797基因座在成都汉族群体中具有较高的遗传多态性，适用于个人识别和女孩的亲权鉴定。     

内蒙古鄂温克族群体X染色体九个短串联重复序列位点的遗传多态性及法医学应用价值评估

目的研究内蒙古鄂温克族人群X染色体上9个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)位点(DXS6789、DXS101、DXS8378、DXS7132、DXS7133、DXS7423、DXS6804、DXS6799、HPRTB)的多态性分布及法医学应用价值。方法采取内蒙古鄂温克民族群体的99名健康无关个体静脉血,提取DNA,经PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染进行等位基因分型;SPSS13.0软件计算各位点基因型频率和等位基因频率,并检验其分布差异有无统计学意义;Genepop软件进行Hardy-Weinberg平衡检验;Fstat软件计算基因多态性、固定指数并检验固定指数偏离平衡值的程度;Powerstat软件计算各种法医学应用指标。结果获得内蒙古鄂温克族人群X染色体上9个STR位点等位基因频率分布的数据;9个X-STR位点中DXS6789、HPRTB位点的多态性和分化程度较低;DXS7132位点在不同民族中基因分布差异无统计学意义。结论9个X染色体STR位点中,DXS101、DXS8378、DXS7132、DXS7133、DXS7423、DXS6804、DXS6799等7个位点有较高的遗传多态性和个体识别率,在个体识别和女孩的亲权鉴定中有应用价值,对疾病相关研究有实际意义。DXS7132位点在不同民族中分布差异无统计学意义,在用X染色体STR位点标记判别鄂温克族与其他民族的差异时应该剔除。     

亲子鉴定中两个STR基因座多步突变分析

目的探讨母女二联体亲子鉴定中STR出现矛盾基因座的原因。方法被鉴定人样本DNA用AGCU EX22荧光检测试剂盒和21+1STR荧光检测试剂盒、STRtyper-10G试剂盒对46个常染色体STR基因座进行检测,并用AGCU X19-STR荧光检测试剂盒检测19个X染色体STR基因座。结果 EX22检测体系中发现D8S1179存在两步突变,21+1体系中发现D3S4529存在三步突变,其他STR基因座检测结果均符合遗传规律。结论亲子鉴定案例中出现的D8S1179和D3S4529基因座不符合属罕见的母源性两位点多步突变。     

96个常染色体SNPs应用于亲权鉴定的研究

目的 探索用常染色体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)进行亲权鉴定的可行性.方法 下载HapMap(r27)的SNPs分型结果,用自行编写的计算机程序提取基因频率在世界11个人群中一致分布于0.30～0.70区间的SNPs,进而选取互不连锁的96个SNPs整合于IlluminaGoldengate微珠芯片中,对3个父-子-母三联体亲权鉴定案例(共9份样品)进行SNPs分型,依分型结果计算出累积亲权指数(cumulative paternity index,CPI)等参数,并与上述案例的短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)分型结果进行对比.结果 案例1的被控父有9个SNPs或7个STRs不符合孟德尔遗传规律;案例2的被控母有13个SNPs或7个STRs不符合孟德尔遗传规律;案例3有1个SNP或0个STR不符合孟德尔遗传规律.以96个SNPs对案例3进行亲权鉴定,其CPI=1207,而以15个STRs对案例3进行亲权鉴定时其CPI=355 869.结论 当应用于亲权鉴定时,单个SNP的亲权排除率值一般不及单个STR的1/3.在排除亲权关系的案例中,就不符合孟德尔遗传规律的遗传标记个数占检测标记总数的比例而言,SNPs系统可能不如STR系统明显.由于SNPs的突变率极低,即使1个SNP位点不符合孟德尔遗传规律也能极大地降低CPI值,故SNPs应用于亲权鉴定时对检测方法有更高的要求.     

PowerPlex~Fusion Kit 24个STRs在河南汉族人群中的遗传多态性研究

目的 调查河南地区汉族人群24个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性研究。方法 本研究所使用的PowerPlexFusion System是美国Promega公司新近推出的一种扩增24个位点的多重复合扩增系统。包括22个常染色体位点1个性别位点Amelogenin及1个男性专有的DYS391位点。使用AB9700 PCR扩增仪和3500Dx遗传分析仪,对河南地区1503名汉族无关个体进行基因组多态性检测,并用Genemapper ID-X软件进行基因分型。结果 22个常染色体STR基因座在1503名河南汉族无关个体中的等位基因频率介于0.0003-0.7200,个体识别能力介于0.4330-0.9870,多态性信息含量值介于0.3800-0.9100,观察杂合度值介于0.6310-0.8720,期望杂合度值介于0.4329-0.9987,非父排除率值介于0.3440-0.7300,经典父权指数值介于0.5000-3.9100。22个常染色体STR基因座中,Penta E的各项多态性指标均为最高,TPOX基因座的各项指标值均为最低。结论 PowerPlexFusion System扩增体系所包含的22个常染色体STR及1个Y-STR在河南汉族中具有极高的遗传多态性、个体识别力和非父排除率,可用于河南汉族群体的亲子鉴定、个体识别以及DNA数据库建设。     

广西毛南族与10个群体的遗传关系

目的:了解广西毛南族15个常染色体短串联重复序列(D2S1338、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11、CSF1PO、TPOX、TH01、vWA、FGA)的遗传多态性,探讨11个群体间的遗传关系。方法:采用PCR-STR及基因扫描识别技术,研究广西毛南族143名无关个体15个常染色体短串联重复序列(STR)位点的等位基因频率的分布特点,计算11个群体间的遗传距离,用Neighbor-Joining法构建了系统发生树,并结合有关资料分析了它们之间的遗传关系。结果:15个STR位点共检出129个等位基因,390个基因型,其基因频率分布在0.0035～0.5385之间;平均杂合度为0.7697,个体识别力除TPOX位点外均大于0.8,累积个体识别力大于0.9999999999,累积非父排除率大于0.99999918;广西毛南族与广西其他几个少数民族之间的遗传距离近,与汉族各群体、维吾尔族群体的遗传距离远。结论:广西毛南族15个STR位点除TPOX位点外均具有高度遗传多态性,是群体遗传学研究和法医学鉴定的可选位点;毛南族与广西少数民族之间的遗传距离近于其与国内其他群体的距离。     

九个X染色体短串联重复基因座复合扩增体系的建立及遗传多态性

目的 发掘更多多态性高的X染色体短串联重复(X-chromsomme short tandem repeats,XSTR)基因座,以解决法医学实践中的特殊案例.方法 建立一组四色荧光复合扩增体系,同时检测DXS7133,DXS981,DXS7424,DXS6789,DXS7132,GATA165B12,DXS101,GATA31E08和DXS10011共9个X-STR基因座,采用ABI PRISM 3100遗传分析仪电泳和GeneMapper ID 3.1软件进行基因分型.结果 用此体系检测华南地区363个无关个体(251名男性,112名女性),9个基因座共检出111个等位基因,女性个体识别率为0.5837～0.9959;三联体非父排除率为0.4072～0.9511;多态性信息含量为0.4481～0.9531.结论 本体系中的基因座多态性高,高多态性的X-STR基因座复合扩增体系能为解决特殊的亲权鉴定案提供快速鉴定技术,是常染色体STR、Y-STR等鉴定方法的良好补充,在法医学实践和临床产前诊断中将有较好的实用价值.     

Id2基因过表达对C57BL/6小鼠免疫表型的影响

目的：建立分化抑制因子2(ID2)过表达和CD45.1,CD45.2嵌合体小鼠模型，探讨ID2过表达(ID2^o/o)对C57BL/6小鼠免疫表型的影响。方法：利用基因编辑技术获得ID2^o/o C57BL/6模型小鼠，采用PCR、琼脂糖凝胶电泳和Western blot对小鼠进行基因型鉴定。Western blot检测ID2^o/o和WT小鼠脾脏细胞中各种ID蛋白(ID1～ID4)表达情况。流式细胞术绝对定量方法检测WT和ID2^o/o小鼠脾脏和外周血细胞中各免疫细胞数量。构建骨髓1∶1竞争性嵌合体小鼠模型，以同样方法检测CD45.1⁺和CD45.2⁺白细胞及相应免疫细胞数量。结果：PCR和Western blot结果表明ID2^o/o小鼠构建成功。在ID2^o/o小鼠脾细胞中，4种ID蛋白的表达量均显著高于WT小鼠。流式细胞分析结果显示，Id2基因过表达使C57BL/6小鼠脾脏和外周血中的中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞...     

X染色体STR荧光复合扩增体系的建立及多态性

目的 研究X染色体STR基因座的遗传多态性,建立群体遗传学数据.方法 利用荧光标记引物复合PCR技术,在同一反应管中同时检测 DXS6801、DXS9902、DXS6809、DXS6803、DXS6804 和DXS6799 6个X-STR 基因座,采用 ABI PRISM 3100 遗传分析仪电泳和 GeneMapper ID 3.1 软件进行基因分型.结果 用此体系同时分析6个 X-STR 基因座,检测264个广东汉族无关个体(男202人;女62人),DXS6801、DXS9902、DXS6809、DXS6803、DXS6804和DXS6799分别检出8、6、11、10、6和9个等位基因,多态性息含量(PIC)为0.662 3～0.837 6,女性个体识别率(PDF)为0.824 2～0.951 1,三联体非父排除率(MEC)为0.594 9～0.817 4.结论 本研究的6个X-STR基因座有高多态性和高个体识别率,在法医学个体识别和女孩的亲权鉴定中有重要应用价值.     

常染色体显性高度近视一家系连锁定位分析

目的 通过连锁定位分析,探讨一个中国原发性高度近视家系的致病基因与已报道高度近视相关连锁位点的关系.方法 选择一个连续3代发病的常染色体显性高度近视家系,选取位于18p11.31,12q21-23,7q36,17q21-23,4q22-27,2q,37.1,7p15.3,15q12-13,10q21.1这9个已报道的常染色体显性高度近视致病基因连锁位点的18个多态性微卫星标记物进行STR基因分型,采用两点法进行连锁分析.结果 本家系受累者皆为高度近视,屈光度从-6.00D到-20.00D不等,符合常染色体显性遗传特征.分析显示此9个遗传标记位点与该家系致病基因均不连锁,比值比均<-1.结论 该家系存在一个新的致病基因连锁位点,需进一步实施全基因组多态性微卫星标记连锁分析以确定该家系致病基因的染色体定位.     

仫佬族15个短串联重复序列的遗传分析

目的 了解广西仫佬族15个常染色体短串联重复序列(D2S1338、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11、CSF1PO、TPOX、TH01、vWA、FGA)的遗传多态性,探讨其与10个群体间的遗传关系.方法 采用聚合酶链反应.短串联重复序列(PER-short tandem repeat, PER-STR)及基因扫描识别技术,研究广西仫佬族183名无关个体15个常染色体STR位点的等位基因频率的分布特点,然后计算11个群体间的遗传距离,用Neighbor-Joining法构建了系统发生树,并结合有关资料分析了它们之间的遗传关系.结果 (1)15个STR位点共检出136个等位基因,422个基因型,等位基因频率分布在0.0027～0.5243之间;平均杂合度为0.7632,个体识别力除TPOX位点外均大于0.8,累积个体识别力大于0.999 999 999 9,累积非父排除率大于0.999 998 469 8.(2)广西仫佬族与广西其它几个少数民族之间的遗传距离近,与汉族各群体、维吾尔族群体的遗传距离远.结论 (1)广西仫佬族15个STR位点除TPOX位点外均具有高度遗传多态性,是群体遗传学研究和法医学鉴定的可选位点.(2)仫佬族与广西各少数民族之间的亲缘关系密切于与各地汉族之间的亲缘关系.     

样本量对等位基因检出数量的影响

以中国37个不同民族9个常染色体STR基因座的群体遗传研究数据资料为例，探讨群体遗传学研究中常染色体STR基因座等位基因检出数量与样本量之间的关系，即样本量对等住基因检出数量的影响。结果显示在一定范围之内，样本量的大小与所观测到的不同基因座等位基因检出数量之间存在正相关关系。当超过一定范围时，样本量的继续增加不再明显影响等位基因的检出数量。杂合度较低的位点随样本量的变化波动较大，杂合度较高的位点随样本量的变化波动较小。     

亲子鉴定中同一染色体3个STR基因座遗传关系分析

目的总结1例三联体亲子鉴定中2号染色体部分缺失案例。方法分别应用CE平台STR检测和Ion S5系统二代测序检测技术,对亲子鉴定案例样本进行检测,并对检验结果分析探讨。结果 STR基因座D2S1338、D2S1776、D2S441不符合遗传关系,其染色体上的位置在65~220Mb之间。父母未检测到该区域缺失,二代测序检测证实女儿缺失了父方来源片段。结论亲子鉴定鉴定过程中,若只有1个或2个STR基因座违反孟德尔遗传规律时,应联合多种检验技术,综合分析以排除或认定亲子关系。     

六色荧光标记同步检测27个STR基因座的法医学应用评估

目的探讨同步检测27个STR基因座多态性及法医学应用价值。方法用Power PlexFusion 6C荧光标记系统对274份广东汉族无关个体的DNA进行PCR扩增,在3130XL遗传分析仪上进行电泳分析。用Gene MapperID-X软件分析基因型,用Power Stats v1.2软件分析群体遗传学参数。并观察该系统对微量及混合检材的检验效果。结果 23个常染色体STR基因座遗传多态性高,在广东汉族人群的累积个人识别率为1-2.3×10-28,累积非父排除率为0.999 999 999。DYS391、DYS570和DYS576的GD值分别为0.481、0.791和0.751,共检出58种单倍型,单倍型多态性为0.337。微量检材STR基因座检出率为93.33%,混合检材Y-STR基因座检出率为96.67%。结论 Power PlexFusion 6C系统遗传多态性高,可以用于亲缘鉴定、个体识别以及数据库建设。     

广西汉族群体与其它群体的群体差异分析

目的 通过群体遗传学调查，获取15个STR基因座在南宁地区汉族群体的群体遗传学和法医学数据，并分析南宁汉族群体与广西其它民族群体的遗传关系。方法 利用复合扩增技术，分析南宁地区汉族样本在15个STR基因座的等位基因和基因型分布。Arlequin 3.1软件分析群体间遗传差异和遗传距离，用邻接法构建13个群体系统树。结果 15个STR基因座的PIC值为0.51-0.84，观察杂合度为0.59-0.88，期望杂合度为0.54-0.89，DP值为0.77-0.96, PE值为0.24-0.77。TH01基因座，南宁汉族群体与广西回族、京族间的群体间非差异exact P值均大于0.05。构建12个群体的系统树。结论 在南宁汉族群， TPOX基因座个人识别能力和非父排除能力较差，其它基因座较好。南宁汉族群体与壮族、侗族遗传距离较近。