人类Y染色体STR位点在群体遗传学中的应用

Y染色体STR位点在群体遗传学研究中是线粒体DNA的有益补充,是研究男性进化历史的绝好工具.本文介绍了Y-STR位点的遗传学特点以及多态性研究进展;总结了应用Y-STR位点进行群体遗传学研究的常用方法:直接比较法、分子变异分析构建系统树、分层聚类分析、主成分分析等;同时指出了应用Y-STR位点用于群体遗传学研究存在的问题和今后的发展方向.     

Profiler plus与Identifflier试剂盒在亲缘关系比对中的可行性分析

目的 探讨Profiler plus试剂盒在DNA数据库建设中应用的适用性以及其9个常染色体短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因座在标准三联体亲缘关系DNA数据库比对中认定亲权的危险性.方法 在一杀人案例中,将死者和胎儿的DNA数据在全省DNA数据库中进行亲缘关系比对获得比中记录43条,组成43个假定的标准三联体家庭.计算其父权指数(paternity index,PI)值与累计父权相对机会(relative chance of paternity,RCP)值;应用Identiflier试剂盒加做到1 5个常染色体STR基因座,观察其排除情况.结果 在43例假定三联体中PI值最低为1 724.318 71138(RCP=99.942 039 69%),最高为55 178.198 764 14(RCP=99.998 187 72%),加做到15个STR基因座后,43例假定三联体中每例至少2个基因座出现排除,最多6个基因座出现排除的现象,平均排除基因座数为3.63个.结论 Profiler plus试剂盒不适合用于DNA数据库建设;其9个STR基因座应用到亲缘关系鉴定中是危险的;单纯利用RCP值来认定亲缘关系是不安全的;建议应用16个或更多的基因座建设DNA数据库,并在亲缘关系鉴定时应用16个以上的基因座进行判定.

Abstract：

Objective To explore the applicability of Profiler plus kit in constructing DNA database and the reliability of 9 short tandem repeats from Profiler plus kit in identifying Mother-Child-Father paternity in DNA database. Methods To collect 43 random persons who are matched with known Decedent(Mother) and embryo( Child )in homicide cases, we constructed 43 fictitious trio families. paternity index ( PI ) and relative chance of paternity (RCP) were computed. We obtained 15 short tandem repeats data with Identiflier kit and studied the situation of exclusion. Results The PI in 43 fictitious trio families is from 1 724. 318 711 38 ( RCP = 99. 942 039 69% ) to 55 178. 198 764 14 ( RCP = 99. 998 187 72% ). The number of exclusion locus is from 2 to 6, the average is 3.63. Conclusions Using Profiler plus kit to construct DNA database is not suitable. Paternity testing with the 9 short tandem repeats locus is not reliable. Confirmation of affinity relationship via using the RCP is not reliable either. It is necessary to establish DNA database through 16 or more loci. We recommend using 16 loci or more in paternity testing.     

Profiler plus与Identiflier试剂盒在亲关系比对中的可行性分析缘

目的探讨Profilerplus试剂盒在DNA数据库建设中应用的适用性以及其9个常染色体短串联重复序列（short tandem repeats,STR）基因座在“标准三联体”亲缘关系DNA数据库比对中认定亲权的危险性。方法在一杀人案例中,将死者和胎儿的DNA数据在全省DNA数据库中进行亲缘关系比对获得比中记录43条,组成43个假定的“标准三联体”家庭。计算其父权指数（paternity index,PI）值与累计父权相对机会（relative chance of paternity, RCP）值;应用Identiflier试剂盒加做到15个常染色体STR基因座,观察其排除情况。结果在43例假定“三联体”中PI值最低为1724．31871138（RCP=99．94203969％）,最高为55178．19876414（RCP=99．99818772％）,加做到15个STR基因座后,43例假定“三联体”中每例至少2个基因座出现排除,最多6个基因座出现排除的现象,平均排除基因座数为3．63个。结论Profiler plus试剂盒不适合用于DNA数据库建设;其9个STR基因座应用到亲缘关系鉴定中是危险的;单纯利用RCP值来认定亲缘关系是不安全的;建议应用16个或更多的基因座建设DNA数据库,并在亲缘关系鉴定时应用16个以上的基因座进行判定。     

Y染色体STR位点及其在人类学研究中的应用

人类Y染色体STR位点由于其独特的遗传学特点在重构父系进化历史等方面有着重要的应用价值。本文就Y染色体STR位点的特性以及它们在人类学研究中的应用作一综述。     

SNPstream基因分型技术在医学遗传学研究中的应用

目的 对SNPstream基因分型技术的原理、操作方法、效果及应用的可行性、性价比及优缺点进行系统评价.方法 根据152个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)上万份样品的SNPstream基因分型结果来分析该技术的可行性、应答率和一致率.用测序法验证SNPstream基因分型的准确性.结果 在152个SNP中有122个可用本方法分型,其中116个分型成功,成功率达95.1％.重复试验显示分型一致率为99％.测序验证显示,当SNPstream基因分型聚类清晰时,准确性可达100％,当聚类不清晰时,准确性可达93.8％.结论 SNPstream基因分型技术具有准确性高、通量灵活、性价比高的特点,在医学遗传学研究中将得到更多的应用.     

单细胞显微捕获技术联合LV-PCR系统在法医学中的应用

目的 显微操作法联合应用安利快得LV-PCR系统,从而建立一套完整的单细胞DNA分型方法。方法 利用显微操作法捕获新鲜口腔上皮细胞,将捕获的细胞直接放置到安利快得玻片反应位点上,加蛋白酶K孵育,然后加入PCR反应混合物进行反应。结果 三个口腔上皮细胞 16次均获得完整分型,一个口腔上皮细胞16次中有14次获得完整分型,2次发生部分位点丢失,将该方法应用于两例模拟案例,取得了满意效果。     

RAPD分析在Hp菌株鉴定中的应用

目的建立一种快速准确地鉴定不同幽门螺杆菌（Ｈｐ）菌株的ＲＡＰＤ分析方法，并评价它在区分Ｈｐ复发和再感染中的应用价值。方法用苯酚－氯仿方法提取ＨｐＤＮＡ，以一个１０ｎｔ的寡核苷酸引物，建立ＨｐＰＣＲ扩增体系，所得ＰＣＲ产物以２％琼脂糖凝胶电泳分析（ＲＡＰＤ分析）。同一菌株验证方法的重复性，对４例十二指肠溃疡伴Ｈｐ感染者三联治疗前后及根除后一年内再现的Ｈｐ菌株进行ＲＡＰＤ分析，鉴别复发和再感染。结果（１）同一Ｈｐ菌株于不同时间进行的２次ＲＡＰＤ分析，所得的ＰＣＲ产物完全一致，说明该方法具有良好的可重复性。（２）５０株不同的Ｈｐ菌株各产生不同的ＲＡＰＤ图谱，可按此图谱的不同将它们区分开来。（３）对４例十二指肠溃疡伴Ｈｐ感染治疗前及治疗后１年再现的菌株的ＲＡＰＤ分析，发现３例患者的菌株具有相同的ＲＡＰＤ图谱，证实为原菌株的复发，而１例患者的菌株则产生不同的ＲＡＰＤ图谱，推测为新菌株的再感染，４例患者随访１年均为十二指肠溃疡复发。结论ＲＡＰＤ分析只需单一的随机引物，方法简单、快速、经济、重复性好，可用于区分不同来源的Ｈｐ菌株，特别对治疗前后再现的菌株复发和再感染的鉴别更具临床应用价值     

地高辛标记探针在单纯疱疹病毒检测及分型中的应用

利用地高辛配基制备单纯疱疹病毒型特异性ＤＮＡ片段探针，对４４株单纯疱疹病毒（ＨＳＶ）临床分离株作了分型鉴定。结果显示２５株为ＨＳＶ－１，１９株为ＨＳＶ－２。比较研究发现，地高辛标记与同位素３２Ｐ中标记探针检测符合率为１００％，地高辛标记探针在灵敏性、特异性方面与同位素探针相同，对ＨＳＶ的分型率均达１００％。由于地高辛标记探针无放射性污染，能长期贮存及多次使用，适合在基层医院推广应用。     

免疫组织化学标记在儿童髓母细胞瘤分子分型中的应用及其临床意义

目的:探讨免疫组织化学标记在儿童髓母细胞瘤分子分型中应用的可行性,分析分子分型相关蛋白的表达与肿瘤临床病理特点及预后的关系.方法:应用组织芯片技术及免疫组织化学Elivision法检测β-catenin,Gli-1,NPR3及KCNA1在40例儿童髓母细胞瘤中的表达,分析根据表达结果行分子分型的可行性及蛋白表达与年龄、性别、肿瘤部位、病理分型及预后的关系.结果:40例肿瘤组织中β-catenin,Gli-1,NPR3及KCNA1的阳性率分别为10％,55％,50％及30％,Gli-1阳性表达与患儿年龄及病理类型相关(P＞0.05).Kaplan-Meier生存分析提示＜3岁年龄组及Gli-1阳性组患儿预后较差(P＜0.05).Cox比例风险回归分析显示患儿年龄、病理分型、Gli-1蛋白及NPR3蛋白表达是儿童髓母细胞瘤的独立预后因子(P＜0.05).22例髓母细胞瘤(medulloblastoma,MB)行分子分型,其中WNT型4例,SHH型10例,3型6例,4型2例,Kaplan-Meier生存分析提示分子分型与预后无关(P＜0.05).结论:p-catenin核阳或核浆阳可作为WNT型髓母细胞瘤的蛋白标志物,Gli-1表达与患儿年龄及病理学类型密切相关,阳性表达提示患儿预后较差,是独立的预后因子之一,但其表达与NPR3及KCNA1的表达有部分重叠,因此尚需结合SHH型、3型及4型髓母细胞瘤的其它分子检测方法进行准确的分子分型.     

半巢式PCR法在鉴定风疹病毒标本基因型中的应用

目的在无法成功分离风疹病毒的前提下鉴定风疹病毒阳性标本的基因型,从而全面完整地了解河北省风疹病毒基因型的特征.方法采用半巢式PCR法,将盲传三代风疹病毒核酸检测为阴性而咽拭子标本风疹病毒核酸检测为阳性的风疹疑似病例咽拭子标本进行核酸扩增、序列测定和分析.结果检测的11份风疹疑似病例咽拭子标本中有6份为2B基因型风疹病毒,5份为1E基因型风疹病毒,11份标本与相应的各基因型参考株同源性高,重要抗原位点未发生变异.结论使用半巢式PCR法能够成功地鉴定出盲传为阴性的风疹病毒基因型,丰富了风疹病毒基因库,并为更全面地了解河北省风疹病毒分子流行病学提供依据.     

分子标记及其在生物遗传多样性研究中的应用

遗传标记(源于DNA序列差异的特征)可以通过很多不同的途径显示出来。随着生化与分子生物技术的发展完善,可以从分子水平上直接显示它的变化-分子标记。分子标记技术具有可靠性,高效性, 因而被广泛应用于多种研究领域。分子标记通常包括同工酶(或蛋白质)和DNA标记。本文综述生化和DNA标记(蛋白/酶,RFLP, RAPD, AFLP, SSR,SNP, SSLP等)技术的原理、发展及应用。     

STR基因分型在葡萄胎及非葡萄胎妊娠流产诊断中的应用北大核心CSCD

目的基于短串联重复序列（short tandem repeat,STR）基因分型技术在葡萄胎与非葡萄胎妊娠鉴别诊断中的应用,侧重探讨其在非葡萄胎妊娠诊断中的应用价值及非葡萄胎妊娠的组织学特征。方法收集北京妇产医院病理科2015年7月至2017年9月临床水肿性流产和/或葡萄胎可疑的流产组织样本656例。应用Simplex OUPTM FFPE DNA组织提取试剂盒提取核酸DNA。基因分型选用PowerPlex 16 HS试剂盒。结果本研究中成功进行STR分析的有649例,包括葡萄胎妊娠215例和非葡萄胎妊娠434例。非葡萄胎妊娠中二倍体流产占大多数（375例,86.4%）,各类三体共计53例（12.2%;包括2-、3-、4-、7-、8-、13-、16-、18-和21-三体）,双雌单雄三倍体2例（0.5%）,包括4例（0.9%）罕见的单亲同二倍体和单亲异二倍体。对组织形态学疑似葡萄胎的196例样本,经过STR分析得以精确诊断并分型。其中,59例葡萄胎低诊断为二倍体流产,28例二倍体流产过诊断为葡萄胎。将各种类型非葡萄胎妊娠的组织形态学特征与部分性葡萄胎对比分析,发现组织学特征基本无差异;此外,p57 kip2蛋白表达在部分性葡萄胎组、三体组及二倍体水肿性流产组中差异无统计学意义（P＝0.247）。结论STR分子分型技术解决了非葡萄胎妊娠与早期葡萄胎的鉴别难题,纠正了形态组织学的错误诊断,避免了非葡萄胎妊娠的过诊断问题,并通过分子分型为指导患者的个体化处置方案提供帮助。     

三维重建及虚拟手术在复杂胫骨平台骨折治疗中的应用

背景：复杂胫骨平台骨折一直是创伤骨科的难题,全面的修复前评估及合理的修复前规划是临床手术的关键。 目的：探讨三维重建及虚拟手术技术在复杂胫骨平台骨折修复前评估和修复前规划中的应用价值。 方法：修复前将30例胫骨平台骨折患者CT扫描图像数据导入Mimics 13.0软件,建立复杂胫骨平台骨折三维数字化模型,对胫骨平台骨折模型进行三维数据测量,按胫骨平台三柱分型进行重新分型,在三维数字化模型上进行开窗、骨块复位、植骨的虚拟手术。 结果与结论：重建的胫骨平台骨折三维数字化模型可准确反映出骨折特点,并可进行任意角度旋转观察,可以准确的进行三柱分型。Mimics13.0软件施行的胫骨平台骨折开窗、复位、植骨的虚拟手术可以逼真模拟临床手术,并且有效估算植骨量。结果证实,三维重建及虚拟手术技术有利于复杂胫骨平台骨折的修复前评估及规划,应该作为修复前准备的常规项目。     

反相斑点杂交技术在解脲脲原体分型中的应用

解脲脲原体（UU）被认为是盆腔及生殖器炎症的主要病原体之一。然而，女性下生殖道内查到UU者，是否皆须按非淋菌性阴道炎进行治疗，近年来一直困扰广大妇产科医生。有学者研究认为UU的感染与其群别和亚型的型别相关，但目前临床中尚缺乏一种简单易行的进行UU分型的方法，为此我们对UU基因型的分型方法进行了一些研究，报道如下。     

九个非DNA联合索引系统短串联重复序列基因座在河北汉族群体的遗传学调查及在亲子鉴定中的应用

目的 调查9个非DNA联合索引系统(DNA combined index system,CODIS)的短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因座在河北汉族人群的等位基因分布,评估其在亲子鉴定中的应用价值.方法 应用 STRtyper 10G试剂盒调查147名河北汉族健康无关个体基因分型,计算...     

基于测序的人类白细胞抗原分型和PCR短串联重复序列技术在人胚胎干细胞鉴定中的应用

目的 探讨基于测序的人类白细胞抗原分型(HLA-sequencing-based typing,HLA-SBT)和PCR短串联重复序列(short tandem repeat,STR)技术在人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)应用前检测中的运用,建立人胚胎干细胞系的基因型档案.方法 人胚胎干细胞系SYSU-I、SYSU-3,分别培养到20代、40代,应用PCR寡核苷酸特异测序探针(sequence specific olignucleotide probe,SSO)技术检测两株细胞系的HLA-A、-B、-DR位点的低分辨分型,再利用HLA-SBT技术检测两株细胞系的HLA-A、-B、-DR位点的高分辨分型.应用PCR-STR技术检测两株细胞系的基因遗传标记.结果 获得两株hESC细胞系的HLA高分辨分型和STR基因型.结论 可以运用HLA-SBT和PCR-STR技术建立人胚胎干细胞应用前的基因型档案.     

基于测序的人类白细胞抗原分型和PCR短串联重复序列技术在人胚胎干细胞鉴定中的应用

目的探讨基于测序的人类白细胞抗原分型(HLA-sequencing-based typing,HLA-SBT)和PCR短串联重复序列(short tandem repeat,STR)技术在人胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)应用前检测中的运用,建立人胚胎干细胞系的基因型档案。方法人胚胎干细胞系SYSU-1、SYSU-3,分别培养到20代、40代,应用PCR寡核苷酸特异测序探针(sequence specific olignucleotideprobe,SSO)技术检测两株细胞系的HLA-A、-B、-DR位点的低分辨分型,再利用HLA-SBT技术检测两株细胞系的HLA-A、-B、-DR位点的高分辨分型。应用PCR-STR技术检测两株细胞系的基因遗传标记。结果获得两株hESC细胞系的HLA高分辨分型和STR基因型。结论可以运用HLA-SBT和PCR-STR技术建立人胚胎干细胞应用前的基因型档案。