2011—2021年云南省风疹病毒分子流行病学研究

目的了解云南省流行风疹病毒(RuV)基因型分布及传播模式。方法采集云南省2011—2021年9个州/地级市的风疹暴发和散发病例的咽拭子标本, 对RuV阳性标本进行病毒分离、靶基因的扩增和序列测定, 并与基因型和亚型参考株进行比对确定基因型别, 同时与同期我国其他省份流行的RuV病毒株进行系统发育分析。结果 2011—2021年间在云南省流行的RuV呈现明显的基因多样性, 监测到1E-L1、2B-L1和1E-L2三种基因亚型;发现RuV发生两次基因亚型转换, 包括2012—2013年间1E-L1至2B-L1基因亚型流行的转换, 以及2018年后2B-L1至1E-L2基因亚型的替换, 两次基因亚型转换的时间与云南省2012年以及2018—2019年间风疹暴发流行的时间基本吻合;RuV病毒株氨基酸序列水平高度保守, 重要功能区域均未发生改变。结论云南省RuV的传播模式与全国各省流行趋势基本一致。     

中国新型布尼亚病毒分离株序列基因特征分析

目的分析中国新型布尼亚病毒分离株的基因型分布和进化规律,了解分子流行病学特征。方法利用MEGA6.0软件,对GenBank数据库收录的中国地区分离株的完整S片段基因序列进行分析,构建系统进化树,并分析毒株间的核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到248株中国地区新型布尼亚病毒分离株,主要为人源毒株232株,占93.55%,核酸和氨基酸序列同源性分别为94.9%~96.8%和91.4%~95.2%;系统进化树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占58.06%;5种亚型的核苷酸序列和氨基酸序列同源性为94.9%~96.8%、91.4%~95.2%,同亚型毒株核苷酸序列和氨基酸序列同源性为96.3%~99.1%、96.8%~98.6%。与汉坦病毒属和白蛉病毒属亲缘较远,毒株核苷酸序列同源性分别为39.3%~40.2%和47.3%~48.1%,氨基酸序列同源性13.6%~14.4%和22.5%~23.9%。人源毒株与宿主动物分离株高度同源,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.3%~97.1%和94.0%~95.7%。结论我国近年来新型布尼亚病毒流行毒株以基因亚型C2为主,存在多种基因亚型间循环交替流行。     

新疆和田地区2016年甲型肝炎病毒流行株基因特征

目的了解新疆和田地区甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法收集新疆和田地区2016年甲型肝炎病例急性期血清标本,经核酸提取、逆转录、套式PCR、序列测定,进行HAV基因分型、主要中和抗原位点氨基酸序列分析,并与GenBank中HAV基因型和亚型代表株构建系统进化树,分析核苷酸和氨基酸序列差异或同源性。结果获得和田地区43株2016年IA基因亚型HAV流行株和2株减毒活疫苗株序列。43株流行株在VP1-2A区的核苷酸、氨基酸序列差异分别为0.0%-2.9%、0.0%-1.9%,在VP3-VP1-2A区分别为0.0%-2.2%、0.0%-0.7%;与2株减毒活疫苗株的氨基酸序列差异为0.5%-0.9%。HAV流行株的主要中和抗原位点未发现氨基酸变异,处于负向选择压力;与GenBank中中国新疆、中国四川或日本HAV序列的同源性最高。结论2016年和田地区HAV流行株为基因IA亚型且分为不同基因簇;HAV流行株和减毒活疫苗株的主要中和抗原位点氨基酸序列保守。     

贵州省2019-2021年人源和猪源戊型肝炎病毒基因特征

目的 分析贵州省部分地区人源和猪源戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)流行株基因特征。方法 2019-2021年在贵州省医疗机构收集急性HEV感染者(抗-HEV IgM阳性)血清标本,在屠宰场收集猪胆汁和血清标本,提取HEV核酸,对HEV ORF2区基因进行扩增和测序,构建系统进化树,分析基因型、基因亚型及其核苷酸和氨基酸同源性。结果 从450例急性HEV感染者标本和196份猪标本中共获得53条人源和2条猪源HEV序列。人源序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.39%-100%和95.92%-100%,猪源序列分别为87.40%和100%;人源和猪源HEV均与HEV基因4型参考株的核苷酸同源性最高,分别为89.93%和89.83%。55条HEV序列位于系统进化树的3个分支,其中24条与4b亚型、20条与4a亚型、11条与4d亚型参考株处于同一分支,且核苷酸同源性最高,分别为95.54%、93.10%、95.72%。2条人源序列各发生1个位点的氨基酸替换。结论 2019-2021年贵州省部分地区人群和猪群中HEV优势流行株为基因4型,包括4b、4a和4d亚型,氨基酸...     

大连市2020年甲型肝炎病毒流行株基因特征

目的 分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus, HAV)流行株基因特征。方法 采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本，提取HAV核酸，采用巢式RT-PCR扩增目的基因，构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树，分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性，确定基因型。结果 从甲肝病例标本中获得54条HAV序列，核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国大陆序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高，为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高，为99.07%-100%。在获得序列中，53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论 大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型，甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。     

安徽省肠道病毒71型VP1区基因分析

目的阐述引起安徽省2008年手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）流行的肠道病毒71型（enterovirus71,EV71）基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别（亚型）的核苷酸的同源性分别为：82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为：93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为：96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。     

2009-2012年安徽省人肠道病毒71型的分子流行病学特征

目的 探讨安徽省手足口病患儿中肠道病毒71型(human enterovirus 71,HEV71)的分子流行病学特征.方法 对2009-2012年HEV71所致手足口病患儿的19份咽拭子标本进行HEV71病毒VP1区全基因核苷酸序列测定,其中1份标本来自河南信阳患儿,其余均来自安徽省辖区患儿.所得序列与国内外HEV71毒株的核苷酸序列做比对分析,构建进化树.结果 19株病毒核酸VP1区全基因均为891个核苷酸,编码297个氨基酸.所得序列与A、B、C基因型的核苷酸同源性分别为82.6％～83.6％、83.3％～85.5％、86.7％ ～ 98.9％;氨基酸同源性分别为96.0％ ～97.0％、96.0％ ～97.7％、97.0％ ～ 100.0％.结论 六安市2009-2012年HEV71流行株在种系进化上与我国大陆近几年分离的毒株具有较高的同源性(94.6％～98.9％),同属于C4a基因亚型,与中国大陆前几年分离株C4b基因亚型较近.     

四川省2003～2005年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据。方法用B95a、Vero/Slam细胞从疑似麻疹爆发和散发患者的标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的22株麻疹病毒中扩增出核蛋白(nucleoprotein,N)基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析。结果四川省2003~2005年从6个市(自治州,下同)分离的22株麻疹野病毒全部为H1基因型,除2株为H1b基因亚型外,其余均为H1a基因亚型。22株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.2%~100.0%,氨基酸同源性为95.3%~100.0%。四川省11株麻疹病毒代表株与中国S191疫苗株的核苷酸同源性为90.0%~92.5%,氨基酸同源性为86.7%~91.6%。结论四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒以H1a为绝对优势基因亚型,H1b为弱势基因亚型,未发现H1c基因亚型。其中以H1a基因亚型为主的病毒株引起的多个传播链造成四川省各市的麻疹流行。     

2010一2011年湖南省郴州市手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010-2011年湖南省郴州市手足口病EV71病毒的基因特征,为手足口病的预防控制提供科学依据。方法从2010-2011年郴州市各县（市、区）送检的手足口病肛拭子标本中随机挑选60份标本采用RD细胞进行病毒分离,采用Realtime—RT—PCR方法检测肠道病毒核酸,挑选14株致细胞病变阳性且EV71核酸检测阳性的标本（其中2010年的4株均为郴州市手足口流行夏季高峰期分离株,2011年的毒株主要为冬季高峰期分离株）,采用RT—PCR法扩增出EV71分离株的VP1区片段,随后进行VP1区核苷酸序列测定和分析,并使用生物信息学方法作基因特性分析。结果郴州市14株EV71毒株在生物进化树上与CAa亚型的代表株属同一分支。14株EV71毒株之间核苷酸序列的同源性在96．1％～100．0％之间,氨基酸序列的同源性在99．3％～100．0％之间;与A、B、C各基因型和亚型代表株EV71VP1编码区核苷酸和氨基酸序列同源性分析表明,郴州各分离株与安徽阜阳2008年毒株C4a亚型代表株（EU703812）的同源性最高,其中核苷酸同源性在91．8％-93．3％之间,氨基酸同源性均为99．3％。14株分离株与安徽阜阳2008年毒株（C4a亚型代表株）VP1区段的氨基酸编码序列进行比较,发现K98E、S283T和A293S3处位点变异,重症病例与普通病例的EV71病毒VPI氨基酸变异无明显差异。结论2010-2011年郴州市手足口病的优势毒株EV71属于C4a基因亚型。郴州市各县（市、区）的EV71亲缘关系近,毒株基因较稳定,未发现氨基酸突变位点与病例类型有关联。     

2018-2021年云南省手足口病病例柯萨奇病毒A4型流行株基因特征

目的 分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法 在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定和基因型别鉴定;构建CVA4分离株与基因库中参考株系统进化树,分析核苷酸和氨基酸相似性。结果 从28 565例HFMD病例粪便标本中获得13株CVA4,其中2018年1株、2019年1株、2020年6株、2021年5株;C2基因亚型11株、C4基因亚型2株。C4和C2基因亚型之间核苷酸、氨基酸平均相似性分别为85.77%、93.27%;与原型株HighPoint相比,C2基因亚型核苷酸、氨基酸平均相似性分别为84.51%、93.27%,C4基因亚型分别为84.44%、93.78%。结论 2018-2021年云南省HFMD病例CVA4的优势流行株为C2基因亚型;需继续加强CVA4分子流行病学监测。     

福建省2015年一起流行性腮腺炎暴发的病原学分析北大核心

目的分析福建省2015年一起流行性腮腺炎暴发的病原学特征及基因变异情况。方法通过Vero/Slam细胞进行病毒分离;采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增小疏水蛋白基因片段进行病毒鉴定;应用序列分析软件对病毒基因特征进行比较分析。结果成功分离到9株腮腺炎病毒,均属于G基因型。9株分离株核苷酸序列同源性为99.0%-100%,氨基酸序列同源性为98.0%-100%;与国内其他省流行的F基因型代表株核苷酸与氨基酸差异均〉13.0%;与疫苗株的核苷酸及氨基酸平均差异分别为15.3%和34.5%;同2003年流行于英国的G2亚型病毒代表株核苷酸序列同源性最高（96.8-97.2%）。腮腺炎病毒分离株SH基因的核苷酸存在8个特异性突变位点,其中CNT68、ANT199、TNT271是新发现的突变位点;部分氨基酸保守位点也发生了变化。结论此起暴发是由G基因型腮腺炎病毒引起的。     

敦化市2009-2011年致手足口病流行肠道病毒71型基因特征分析

目的分析吉林省敦化市流行的肠道病毒71型分离株的基因特征。方法对2009-2011年敦化市手足口病来源的3株EV71分离株进行逆转录-聚合酶链反应扩增VP1基因编码区后进行序列测定,并使用Bioedit和Maga4生物信息学软件进行基因特征分析。结果敦化市3株EV71流行株均为C4a基因亚型,3株EV71分离株之间核苷酸同源性为98.6%~98.8%;与吉林省和龙市的流行株核苷酸同源性为98.8%~99.8%,与吉林省其他地区的2株EV71代表株的核苷酸同源性为97.6%~99.3%,与安徽省阜阳市2008年代表株的核苷酸同源性为98.3%~99.3%。敦化市3株EV71分离株之间、与2008年阜阳株以及吉林省2009-2011年3株代表株的氨基酸同源性均达到100%。结论敦化市3株EV71分离株与同为延边州的和龙市的流行株核苷酸同源性最高,与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸也具有较近的同源性。敦化市3株EV71分离株之间以及与中国C4a基因型代表株之间都具有较高的氨基酸同源性。     

湖北省2016-2021年麻疹病毒流行株基因型特征

目的 分析湖北省麻疹病毒流行株基因型特征。方法 收集湖北省2016-2021年麻疹监测病例咽拭子标本，进行麻疹病毒核酸检测、分离培养、N基因C末端基因扩增，构建分离株与基因库(GenBank)中麻疹病毒基因型参考株的系统进化树，分析核苷酸同源性和基因型别。结果 从湖北省2016-2021年麻疹监测病例中共获得335株麻疹病毒流行株，其中H1基因型327株(2016-2018年)、B3基因型5株(2019年)、疫苗株A基因型3株(2016年和2021年)。H1基因型麻疹病毒分离株之间的核苷酸同源性为98.40%-98.90%,与H1基因型参考株的核苷酸同源性为97.30%-97.80%;B3基因型麻疹病毒分离株之间的核苷酸同源性为99.30%-100%,与B3基因型参考株的核苷酸同源性为97.10%-97.60%。结论 2016-2018年湖北省麻疹病毒优势流行株仍为中国本土H1基因型，2019年首次发现B3基因型，2021年仅检测到疫苗株A基因型。需继续加强麻疹病毒基因型监测，及时发现和阻断输入性麻疹传播。     

江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型分子流行病学特征分析

目的 了解江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CA16）流行毒株基因型概况。方法 收集江苏省2012-2014年儿童手足口病标本并送样,进行病毒分离培养获取相应毒株,用CA16特异性引物通过反转录聚合酶链反应技术进行VP1区基因片段扩增和测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,并与CA16参比株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果 分离得到82株CA16毒株,测序结果显示全部属于基因亚型B1,VP1基因分析显示其中9株毒株序列的基因亚型为B1a,另外73株毒株序列的基因亚型为B1b。CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%～100.0%和97.5%～100.0%;与CA16国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别为75.2%～78.2%和90.5%～91.9%。结论 江苏省2012-2014年分离获得CA16毒株属于基因亚型B1,以B1a和B1b两个分支共同进化和流行,其中又以B1b为优势亚型。     

肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 了解2009-2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VP1区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系.方法 从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析.结果 23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8％～93.5％和98.3％ ～99.3％,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变.结论 2009-2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异.     

2018-2019年广西A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性.方法 对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1) pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析.结果 抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49％.广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83％～98.50％,氨基酸同源性为98.19％～99.10％.与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异.广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致.系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支.结论 2018-2019年广西流行的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好.     

2006 - 2015年江西省风疹病毒野毒株基因特性研究

目的 研究江西省近10年风疹病毒野毒株的基因特性,为江西省的风疹防控提供技术支撑。方法 采集江西省2006 - 2015年风疹疑似病例咽拭子标本,用Vero/SLAM细胞对标本进行病毒分离培养,再对细胞分离物进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）对细胞分离物进行风疹病毒核酸鉴定,采用RT-PCR对风疹病毒核酸检测阳性标本扩增病毒糖蛋白E1基因,对其核苷酸序列进行测定,运用生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 江西省2006 - 2015年风疹病毒野毒株分属于2个基因型:1E基因型（14株）和2B基因型（20株）,1E基因型为江西省2005 - 2013年风疹病毒流行唯一基因型,并在2015年被2B基因型替代。1E和2B基因型各毒株之间E1基因核苷酸同源性分别为97.6%～99.9%和99.2%～99.9%,与疫苗株BRDII株核苷酸同源性分别为89.4%～89.9%和92.6%-93.0%,氨基酸同源性为98.8%～99.6%;氨基酸序列相对保守,未发现重要抗原位点的改变。结论 1E基因型和2B基因型为江西省2006 - 2015年风疹病毒流行的基因型,2B基因型为2015年首次在江西省发现,并为当年的绝对优势基因型。     

2008年福建省肠道病毒71型分离株的遗传特征分析

[目的]分析福建省流行的肠道病毒71（Enterovirus71,EV 71）分离株的遗传特征。[方法]对2008年手足口病例（HFMD）EV 71分离株进行RT-PCR扩增全长VP1基因,测序并分析病毒遗传学特征。[结果]从福州、泉州及龙岩3地市散发的手足口病例中分离到8株EV 71,种系发生树显示2008年福建与阜阳分离株和中国大陆1998年以来的病毒株均为C4亚型,至少分为4个谱系（lineages）。8株福建分离株核苷酸与氨基酸同源性分别为97.4%-100%和99.3%-100%,与Genbank安徽阜阳的5株分离株病毒同源性最高,核苷酸与氨基酸序列同源性为97.6%-99.5%和96.4%-99.3%,其中福建株HF08-17、HS08-140与阜阳分离株同源性为99.2%-99.5%,为同一传播链上的病毒;福清市2分离株（HA08-68和HA08-69）以及长汀县3株（HA08-124,HS08-139和HS08-140）病毒间核苷酸差异性为2.1%-2.2%,说明同一地区存在不同传播链。[结论]2008年福建省EV 71分离株均属于C4亚型,C4亚型病毒在中国大陆具有多传播链、广泛快速传播的特点;福建省内存在亲缘关系较近的EV71多传播链病毒同时流行,应加强监测与分析。     

2000—2007年佛山市甲1亚型（H1N1）流感病毒监测情况及其HA1基因的变异

目的分析2000—2007年佛山市甲1亚型（H1N1）毒株流行情况及其HA1基因变异情况。方法用MDCK细胞分离流感病毒，采用血球凝集抑制试验进行型别鉴定，选取每年2～4株甲1亚型毒株的细胞培养物提取病毒核酸，进行HA1基因的逆转录，对其核苷酸和氨基酸序列及亲缘关系进行分析。结果病毒分离结果显示2000—2007年间甲1亚型流感病毒在佛山市人群中的流行是间断性的，只在2000、2001、2005、2006年4个年份分离到甲1亚型流感毒株。毒株的HAl区氨基酸序列与流感疫苗推荐株A／NewCMedonia／20／99和A／Solomon Islands／3／2006相比，同源性分别为97．2％～99．7％和97．2％-98．5％。氨基酸残基平均替换数随年份的推移而增加，只有2006年的毒株在抗原决定簇发生了替换。结论与疫苗株比较，佛山市的甲1亚型流感毒株抗原性已逐渐发生了改变，应密切注意疫苗对毒株的免疫效果。     

辽宁省风疹野病毒基因特征分析

目的 了解辽宁省现阶段流行的风疹野病毒基因特征,为风疹的控制和消除提供科学依据.方法 用Vero/Slam细胞从2007-2008年采集的风疹暴发和散发患者标本中分离到22株风疹野病毒(Rubclla Virus,RV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)针对RV分离株的E 1基因739个核苷酸片段进行PCR扩增,再对扩增产物进行核苷酸序列测定,与世界卫生组织(WHO)RV基因型参考株进行分子流行病学比较分析.结果 核苷酸和氨基酸同源性比对及构建亲缘关系树结果显示,22株RV分离株属1 E基因型,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%～100.0%和99.1%～100.0%;与1 E基因型参考株序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0%～99.1%和99.1%～100.0%结论辽宁省分离的22株RV均为1 E基因型,并且可能是辽宁省现阶段的优势基因型.