登革3型病毒07CHLS001株全基因组序列测定和分析

目的对登革3型病毒浙江分离株07CHLS001进行了全基因组序列测定和分析，为探讨其基因组特征和来源提供依据。方法根据登革3型病毒98TW407株设计22对引物，利用RT-PCR法扩增出07CHLS001株基因组不同区段的eDNA片段，通过序列测定和拼接获得其全基因组序列。结果07CHLS001株基因组全长10707 nt，包含一个开放读码框（95-10 267nt），编码3390个氨基酸。它与登革3型病毒ThD3-1687-98株、98TW407株和80-2株的全基因组序列核苷酸相似性依次为98．7％、98．5％和94．6％。prM／M-E核苷酸序列系统发生树分析表明，07CHLS001与来自泰国的5个株系形成了一个Bootstrap支持率为90％的分枝。结论07CHLS001属于登革3型病毒的亚型Ⅱ。07CHLS001株全序列的测定，对进一步研究该株系的特性有十分重要的意义。     

长沙市4例输入新型冠状病毒Omicron变异株全基因组序列特征分析

目的 分析长沙市境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的全基因组序列特征以及遗传变异情况。方法 采用高通量测序方法对2021年12月的SARS-CoV-2进行全基因组序测序,序列进行比对以及进化分析。结果 本研究获得4株SARS-CoV-2全基因组序列,长度为29 685 bp。毒株核苷酸序列与Wuhan-Hu-1参考株(EPI＿ISL＿402125)相比,同源性为99.6%。与Omicron变异株(EPI＿ISL＿8890653)相比,同源性为99.9%。进化树分析表明毒株序列位于BA.1.1分支,与SARS-CoV-2 Omicron变异株位于同一分支。氨基酸序列位点分析发现毒株具有典型的Omicron序列突变位点。ORF1ab区域发现G5494S,K4346R,T5035I和E6945D突变。S蛋白抗体结合区域发生R346K突变。结论 长沙市输入的Omicron变异株携带已报道可明确导致病毒传播和致病力发生变化的突变位点,应继续加强疫情应对措施。     

福建省1株Salivirus病毒全基因组特征分析

  目的  了解福建地区Salivirus病毒的全基因组特征并对其遗传背景进行分析。  方法  对2018年福建省342份腹泻儿童粪便标本中检测到的1份Salivirus病毒阳性标本进行高通量测序,获得病毒全基因组序列FUAN-01。对FUAN-01全基因组核苷酸序列和VP1区的核苷酸及氨基酸进行遗传进化分析。  结果  FUAN-01全长7907 bp。全基因组与参考株的核苷酸同源性为81.86 % ～98.21 %,与KT182636株的同源性最高,二者ORF区（开放阅读框）编码蛋白存在14个氨基酸位点的差异。VP1区与参考株的核苷酸酸同源性为76.83 % ～97.81 %,与KT182636株的同源性最高;氨基酸同源性为85.27 % ～99.22 %,与KT182636株同源性最高。FUAN-01属于Salivirus A1（SAV-A1）基因型。  结论  首次在福建地区腹泻儿童粪便中发现Salivirus。国内SAV-A1株或由同一来源传入,与欧洲来源的病毒可能存在流行病学关联。需建立可靠的筛查办法,进一步对福建地区Salivirus的病原学及流行病学情况展开研究。     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

2019年广西7份本地感染登革病毒E基因特征分析

目的 了解2019年广西本地感染登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因特性,探索可能的输入来源。方法 采用实时荧光定量PCR（real - time fluorescence quantitative PCR,RT - qPCR）方法对广西本地感染登革热病例急性期血清样本进行病毒核酸检测并分型,扩增登革病毒 E基因后测序,测序结果与不同地区和国家的参考株进行同源性比较和系统进化分析。结果 53份登革热病例血清标本经RT - qPCR分型,结果42份（79.2%,42/53）登革病毒核酸阳性,其中南宁9份、梧州10份、玉林17份、崇左6份,均为DENV - 1型,其余11份为登革病毒核酸阴性,42份DENV - 1型阳性核酸样本经过E基因扩增共得到7份,其中南宁市1份、梧州市1份、玉林市2份、崇左市3份,进化分析结果显示7份样本均为DENV - 1型Genotype Ⅰ基因型,其中DENV1/GXNN/007/2019、DENV1/GXWZ/009/2019、DENV1/GXYL/011/2019、DENV1/GXYL/012/2019与2019年广东株（序列号:MN921500）同源性99.94%～100.00%,DENV1/GXCZ/015/2019、DENV1/GXCZ/016/2019、DENV1/GXCZ/017/2019与 2015年印度尼西亚株（序列号:MG894852）同源性达99.60%,与1945年夏威夷参考株（序列号:AF425619）比较存在12处氨基酸位点变异。结论 2019年广西登革病毒是Genotype Ⅰ基因型,推测病毒从广东和东南亚国家输入导致的本地流行,应加强登革热跨省、跨境传播的防控。     

广州市2001-2015年登革病毒2型E基因进化分析

目的 了解2001-2015年广州市登革病毒2型（DENV2）的流行情况;通过对分离DENV2 E基因的进化树和分子钟分析,掌握毒株的进化情况和趋势。方法 将登革热确诊病例的血清用荧光PCR进行检测,DENV阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,利用Mega 4.0软件构建进化树,采用BEASTv1.8.2绘制分子进化钟。结果 2001-2015年共分离到26株DENV2,从基因型上分类属于全球型和亚洲1型,并与东南亚地区分离到的毒株相似率较高;BEASTv1.8.2计算出广州市DENV2全球型在46年前和35年前进一步出现亚型的分化,广州市DENV2的平均变异率为每年每位点7.1×10^-4。结论 广州市DENV2与东南亚地区的毒株有较高同源性和进化上的联系,广州市DENV的输入压力较大,存在重症登革热暴发的潜在风险。流行于广州市的全球型DENV2可能存在2个不同输入来源,广州市DENV2的变异率与周边地区基本持平。     

广东省流行的3株登革热2型病毒基因组全序列测定及分析

目的测定广东省3株登革热2型病毒的全序列,探讨其来源及基因型。方法运用RT PCR法扩增来自广东省的登革热2型GD09/93、GD05/98和GD19/2001病毒株的全序列,采用遗传距离法构建进化树。结果3株登革热2型病毒的全基因组长度均为10 723 nt,5′及3′端各有一非编码区,结构基因和非结构基因位于基因组97~10 269 nt之间,共编码3391个氨基酸,读码结构完全相同。GD05/98与GD09/93、GD05/98与GD19/2001、GD09/93与GD19/2001之间的碱基序列同源性分别为93.3%、92.4%和97.6%,氨基酸序列同源性分别为96.7%、96.5%和98.5%。结论3株登革热2型病毒均对乳鼠致病,与对乳鼠不致病的参考株（DEN2-04株）比较共有18个氨基酸位点的差异引起极性或电荷变化,PrM-134、NS2A-153、NS4B-102所带电荷的变化对抗原性影响较大。GD05/98株与泰国分离株同为Ⅱ基因型,GD09/93和GD19/2001株与印度尼西亚、澳大利亚、台湾株分在Ⅳ基因型;表明我国登革热2型病毒有不同的基因型,而不同时期也存在同一种基因型传播。     

浙江省野生动物鼬獾狂犬病毒全基因组序列测定分析

目的 测定浙江省分离的2株野生动物鼬獾狂犬病毒株全基因组序列,从分子水平进行遗传变异特征分析,了解狂犬病毒在浙江省的流行和变异情况.方法 RT-PCR测定鼬獾狂犬病毒株全基因组核苷酸序列,并进行基因序列和编码蛋白相似性比较及种系发生分析.结果 测序获得2株鼬獾狂犬病毒全基因组核苷酸序列信息:基因组全长11 923 nts,leader长58 nts,由5个编码区组成:NP(1353 nts)、PP(894 nts)、MP(609 nts)、GP(1575 nts)、LP(6386 nts),N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts;G-L基因间伪基因ψ长423 nts;trailer长70 nts.核酸BLAST及多序列比对显示,浙江省鼬獾狂犬病毒株全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征;鼬獾病毒株负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,编码区基因没有发生重组,编码蛋白仅表现较少的序列变化,多数只发生碱基的替代;中国病毒株之间特别是同种动物狂犬病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,鼬獾狂犬病毒基因组序列相似性在氨基酸水平明显高于核苷酸水平,蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变.结论 鼬獾狂犬病毒与研究中选择的代表性疫苗株或者街毒株的变异位点和变异类型相似,多序列相似性比较和N基因种系发生分析显示,鼬獾狂犬病毒均属于基因1型,具有中国地域性特点,2株野生动物鼬獾狂犬病毒极有可能是存在于自然界中固有的街毒株.     

2020年凉山州彝族地区结核分枝杆菌全基因组序列情况分析

目的 分析凉山州彝族地区获得的30株结核分枝杆菌全基因组序列情况,为凉山州结核病防控工作开展提供科学参考。方法 将凉山州彝族地区昭觉县、越西县、美姑县3县2020年的30株结核分枝杆菌进行全基因组测序,使用结核分枝杆菌全基因组序列分析平台分析其菌型、耐药情况、分型特征等,并使用MEGAX完成菌株的进化树构建。结果30株结核分枝杆菌,18株属于Lineage2（东亚系）,12株属于Lineage4（欧美系）;25株未检测到已知耐药突变,为敏感菌株,5株检测到已知耐药突变,主要为利福平耐药。30菌株的进化树形成2个大簇,分属于L2和L4,L2谱系中有3株菌株全基因组序列具有一致性,L4谱系菌株中有2株菌株的全基因组序列具有一致性,此5例菌株都来自于学生人群。结论 该地区流行的结核分枝杆菌为L2和L4谱系菌株,以L2为主,L4为辅,且近期存在学校结核病聚集性事件,该地应加强学校结核病防控工作,控制结核病近期传播。     

2016年-2018年浙江省义乌市输入1型登革病毒分子溯源分析

目的对2016年-2018年义乌市输入1型登革热病例进行实验室检测与分子溯源分析。方法采集登革热病例急性期血清标本进行NS1抗原和核酸检测,用RT-PCR法扩增包膜蛋白(Envelope protein,E)基因,测定核苷酸序列并进行系统进化分析。结果6例登革热病例NS1抗原和核酸检测结果均为阳性。6株毒株之间的E基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~99.3%和98.8%~100%,系统进化分析显示,E基因序列均属于登革病毒1型的GⅠ亚型,与东南亚2003年-2016年分离病毒株亲缘关系最近。结论2016年-2018年义乌市输入登革病毒1型的亚型主要为GⅠ亚型,输入来源主要为东南亚国家。     

中山市2014－2016年6株Ⅱ型登革病毒E基因分子特征分析

目的 分离鉴定中山市2014－2016年Ⅱ型登革病毒,从分子水平进行分析其地域来源和系统进化情况。方法 选取中山市2014－2016年核酸阳性血清6份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR扩增毒株E基因并进行序列测定,分析其与不同区域流行株和国际标准株的同源性和系统进化情况。结果 成功分离培养出2株2014年登革Ⅱ病毒、2株2015年登革Ⅱ病毒、2株2016年登革Ⅱ病毒。ZS2014-02、ZS2014-03与2014年广州分离株D14115在进化关系上最近,2014年的3株病毒氨基酸和核苷酸同源性均达到91.3%以上;2015年ZS2015-01与广州分离株D14115在进化关系上最近,2015年2株病毒氨基酸和核苷酸同源性分别为98.8%和92.8%;2016年ZS2016-01与2010年巴布新几内亚分离株JN568270.1进化关系较近,2016年2株病毒氨基酸和核苷酸同源性分别为91.4%和88.8%。结论 6株毒株与国际标准株New Guinea C 登革Ⅱ型比较均存在氨基酸位点的差异。2014年2株毒株为广州输入病例,2015年的2株毒株ZS2015-01为广州输入,ZS2015-02为中山市本地二代病例,2016年的ZS2016-01为巴布新几内亚输入,而ZS2016-02为菲律宾输入病例。     

2017 – 2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析

  目的   通过对H3N2流感病毒进行全基因组序列基因特征分析,为H3N2流感的科学防控提供研究数据。  方法   选取2019年广东省广州市13株H3N2流感病毒进行全基因组序列测定,通过生物信息学软件分析各基因特征。  结果   各基因核苷酸同源性最低为94 %,最高为100 %,差异最大为NA基因（94 %～100 %）,差异最小为PA基因（98.9 %～100 %）。各基因核苷酸位点变异率最高为NA基因（8.37 %）,最低为PA基因（2.14 %）,不同基因核苷酸变异率差异具有统计学意义（χ² = 123.503,P = 0.000）。各基因均与疫苗株A/HONG KONG/2671/2019（H3N2）归属于同一进化分支,且来源于门诊监测毒株与暴发疫情毒株进化起源相同。根据流行时间的不同,HA、PB2、PB1、NP、M、NS基因可以继续划分为Group 1 – 3 三个小分支,Group 1 分支流行于2019年1 — 8月,Group 2 分支流行于2019年11 — 12月,Group 3 分支同时包含2019年1 — 8月和2019年11 — 12月流行期的毒株。  结论   2019年广州H3N2流感病毒与疫苗株位属于同一进化分支,不同来源毒株具有相同的进化起源。但全基因组在进化特点、同源性、分子变异率等方面存在基因多样性差异。     

杭州市2018年-2020年登革热暴发疫情流行病学及病原特征分析

目的 研究杭州市2018年-2020年登革热暴发疫情的流行病学及病原特征.方法 应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,挑选11株代表性病毒株进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及构建进化树,采用描述性流行病学方法分析2018年-2020年疫情流行病学特征.结果 2018年-2020共发生7起登革热暴发...     

霍乱弧菌H2C全基因组测序及序列分析

目的 了解霍乱弧菌产毒株的基因序列,为霍乱基因组学研究提供资料,对可能发生的公共卫生突发事件提供保障。方法 利用Illumina Hiseq测序平台对1株霍乱弧菌（Vibrio cholerae）H2C进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释。结果 H2C基因组大小为4.09 Mb,GC含量为47.34%,预测编码基因3 642个。在H2C基因组中注释到3 252个基因具有直系同源蛋白簇分类,共查到111个tRNA和9个rRNA基因。与代谢通路相关基因2 366个,与毒力相关基因417个。通过KEGG定位到RTX、CTX和TCP毒力相关基因簇。结论 霍乱弧菌H2C携带多种毒力相关基因,对该菌致病性及环境适应性起到关键作用。     

2019年潍坊地区一株登革病毒全基因组序列分析

目的 分析2019年潍坊市一株登革病毒(Weifang 2019)全基因组序列及关键性氨基酸位点的突变情况。方法 收集登革病毒感染病例的血清样本,对初检阳性样本进行病毒分离、全基因组测序,构建进化树,对该序列进行核苷酸/氨基酸相似性分析。结果 本研究中,分别以登革病毒1型(DENV-1)参考毒株(NC＿001477.1)和原型株(EU848545.1)为对照,Weifang 2019核苷酸基因组的全序列分别检出94个和95个氨基酸位点突变,其中有57个突变位点一致。其中,3个结构蛋白和7个非结构蛋白均存在突变,蛋白NS5、E和NS1位点突变占比前3位。核苷酸序列和氨基酸序列分析发现Weifang2019与Guangdong 2014(99.5%/99.3%)、Wenzhou 2014(99.6%/99.4%)、Guangdong 2016(99.4%/99.2%)、Henan 2014(99.5%/99.3%)处于同一进化分支,且相似性均大于99%。结论 2019年潍坊地区一株登革病毒Weifang 2019与Guangdong 2014(MN018287.1)、Wenzhou 201...     

浙江省丽水市一例输入性新型冠状病毒核酸复阳病例的全基因组序列特征

目的:了解浙江省丽水市一例输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染核酸复阳病例的基因组序列特征及变异情况。方法:采集该患者的咽拭子和深咳痰液样本,对样本进行病毒核酸提取和实时荧光定量PCR检测,采用高通量测序法对病毒基因组开展测序,对序列进行比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性突变位点。结果:获得长度为29 81...     

输入性新冠病毒奥密克戎XBB.1型全基因组测序及特征

目的 针对江苏口岸1例境外输入性新冠病毒（SARS-CoV-2）感染者咽拭子样本,通过二代测序技术进行全基因组测序及序列分析,掌握输入性SARS-CoV-2基因型及分子特征,为口岸新冠病毒防控提供理论支持。方法 通过荧光定量PCR和二代测序技术对入境感染者咽拭子样本进行新冠病毒核酸检测,对Ct≤32的阳性样本开展全基因组测序。结果 获得1株输入性SARS-CoV-2全基因组序列（GenBank:OQ048285）,基因组全长29 772 bp,基因型为奥密克戎XBB.1型。与参考毒株（GenBank:NC＿045512.2）相比,该毒株有56个碱基位点缺失,有88个位点发生了替换;氨基酸缺失位点有13个,突变位点有63个。结论 奥密克戎XBB.1型是江苏口岸首次检出的输入性新冠病毒基因型,为当地口岸新冠病毒的防控及分子溯源提供重要技术支持。     

2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征分析

目的:分析2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征,探讨广州市登革热的流行特征和病毒传播特点。方法:通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集登革热病例信息,采用荧光定量PCR检测血清标本并测定登革病毒E基因序列,运用MEGA 5.05软件构建最大相似度基因树,使用SPSS 20.0软件进行统计学...