2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

2017～2019年济宁市甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解济宁市甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)进化变异特征,为科学防控甲型H1N1流感提供依据.方法 选取济宁市2017～2019年度分离的17株甲型H1N1流感病毒毒株,进行HA和NA基因测序,利用DNASTAR 7.0.1软件和MEGA 7.0.14软件分析进化变异特征.结果 2017～20...     

2017年云南省流感病毒监测及甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征分析

目的 了解2017年云南省流感病毒的流行情况和甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）基因分子特征。方法 对2017年云南省流感监测哨点医院采集的21 672份标本使用real - time RT - PCR方法检测流感病毒,核酸阳性标本使用MDCK细胞进行病毒分离,采用血凝素凝集试验及抑制试验进行病毒抗原性分析。选取12株抗原性变异较大的甲型H1N1流感毒株进行基因测序,使用MEGA软件分析其HA基因特征。结果 2017年共检出流感核酸阳性标本2 372份,分离出流感毒株1 180株,全年共有2个流行高峰,H3亚型和甲型H1N1亚型交替成为优势株,BY亚型和BV亚型共同流行。毒株分离高峰与ILI%高峰基本一致。甲型H1N1流感病毒ＨＡ基因无明显变异,疫苗株仍具有保护作用。结论 继续加强监测力度,提高监测敏感性并做到及时预警,控制流感流行风险。     

珠海市2008年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征分析

目的了解2008年珠海地区流行的H1N1亚型流感病毒血凝素重链区HA1基因特征。方法按照时间不同选取7株2008年珠海市分离到的H1N1亚型流感毒株,选取的毒株进行血凝素HA1片段序列测定并推导出其氨基酸序列进行基因进化特性分析。结果H1N1亚型流感毒株为珠海市2008年的优势株,与该年WHO推荐疫苗株比较有多个氨基酸发生了替换,造成抗原性发生一定的变化。结论2008年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年珠海市H1N1亚型流感预防效果并不理想,导致2008年珠海市H1N1亚型的流行强度增加。     

2016 - 2019年包头市甲型H1N1流感病毒基因分析

目的 了解包头市流感病毒的变异情况,评估流行株在致病性、毒性、耐药性方面的改变,以研究结果为依据,为流感防控、指导抗流感药物的选用及筛选新的疫苗代表株提供依据。方法 按分离比例随机抽取2016 - 2019年甲型H1N1疫苗株进行基因测序分析。结果 包头市2016 - 2019的甲型H1N1分离株主要属于6B.1A分支,与疫苗株A/Brisbane/02/2018同源性较高。各年度病毒株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.014,0.016,0.014和0.012。分离株抗原位点集中在 Sa 区的163 - 164位点发生变异。分离株2018 - 1139 - HA.seq发生了H275Y位点变异。结论 包头市2016 - 2018年度内甲型H1N1流感病毒分离株与A/Brisbane/02/2018亚型流感病毒同源性较高。相对A/Brisbane/02/2018疫苗株而言,本次分析的病毒基因并未发生抗原漂移现象,可以初步判定目前推荐的疫苗株对当前流行的甲型H1N1流感具有较好的保护效果。     

长沙市2009年甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性分析

2009年4月21日,美国疾病预防控制中心(CDC)检出2名儿童感染新甲型H1N1流感病毒~[1],该病毒属于正黏病毒科(orthomyxoviridae),甲型流感病毒属(influenza virus A),单股负链RNA病毒,由大小不等的8个独立片段组成,共编码11种蛋白,主要通过飞沫或气溶胶经呼吸道传播,极易造成流行.     

2014 - 2015年度淮安市甲型H3N2流感病毒的流行及血凝素基因特征分析

目的 了解淮安地区甲型H3N2流感病毒的流行特征和基因型别。方法 收集2014年4月 - 2015年3月间2家哨点医院采集的流感样病例咽拭子,利用实时荧光RT - PCR方法进行流感病毒的快速检测,对流感病毒核酸阳性的样本进行流感病毒HA基因扩增、测序。利用Lasergene软件进行序列比对及核苷酸同源性分析,并分析血凝素主要的抗原位点,利用Mega6.0软件构建系统进化树,对该时间段内的H3N2病毒流行情况进行统计分析。结果 H3N2亚型流感病毒淮安株的核苷酸同源性为98.9 %～99.9 %,所收集的淮安株均为H3N2亚型的3C.3a系,在进化关系上与广西株A/Guangxi - Longan/1100/2015和淮安株A/Jiangsu - Qingpu/1660/2015关系较近,H3N2流行主要发生在秋冬季节。结论 与疫苗株相比,淮安地区H3N2病毒发生变异,提示疫苗株免疫效果下降。     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因特征。方法采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例(ILI)标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5 214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%～96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%～98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D...     

2018-2019北京市门头沟区甲型H3N2流感疫情病毒HA基因分析

目的分析2018-2019北京市门头沟区流感疫情中甲型H3N2流感病毒的HA基因特性,了解其与WHO推荐的疫苗株和同时期北京其他地区的毒株匹配情况。方法选取门头沟区2018-11/2019-01多起流感疫情中的13株甲型H3N2流感病毒,进行HA基因扩增和测序,并从全球共享禽流感数据库(GISAID)上下载北京其他地区同时间段H3N2流感病毒HA基因序列,运用MEGA-X软件分析HA的分子特征,并构建系统进化树。结果2018-11/2019-01北京市门头沟区和北京市其他地区的数据显示,H3N2流行株以3C.2a.1b和3C.3a两个亚分支为主。系统进化树分析显示3C.2a.1b亚分支同WHO2018-2019推荐疫苗株3C.2a.1进化距离比较近,但与3C.3a进化距离较远。分子特征显示,没有发现氨基酸序列的丢失与插入。在抗原决定簇区域,3C.2a.1b亚分支和3C.2a.1比对有3处氨基酸位点发生变异;3C.3a亚分支和3C.2a.1比对有10处氨基酸位点发生变异。结论引起流感疫情的毒株3C.2a.1b与2018-2019 WHO推荐疫苗株匹配,3C.3a与2019-2020WHO推荐疫苗株匹配。应加强开展流感分子生物学监测力度。分析病毒基因特性和构建进化树,对流感的防控有重要意义。     

安徽省2013-2018年活禽市场H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因遗传特征

目的  分析2013年-2018年安徽省外环境中H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异特征。 方法  将所有安徽省禽流感外环境监测点搜集的H9N2亚型核酸阳性样本接种鸡胚分离病毒,病毒RNA逆转录为cDNA后用特异性引物进行扩增,聚合酶链式反应产物通过基因测序后获得HA基因序列,应用分子生物学软件进行分析;使用DATAMONKEY在线服务器进行基因选择压力分析,并使用SWISS-MODLE软件构建分子突变三维构象。 结果  获得33株H9N2 AIVs属于h9.4.2.5进化分支,受体结合位点183、226和227位置分别突变为N、L和M,189和190位置存在多样性;2015年以后分离的毒株均携带6个糖基化位点;选择压力分析得出160位置承受较大的正向选择压力,至少呈现7种空间构象。 结论  安徽省外环境中存在的H9N2亚型AIVs具有感染哺乳动物的分子特征并具备抗原漂移能力,需密切关注该病毒的分子变异特征。     

云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒遗传多样性分析

目的 了解云南省边境地区禽流感H5N1亚型病毒遗传多样性.方法 2009-2011年7月在云南省边境地区采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品,经H5/Nl亚型特异性多重RT-PCR检测,阳性样品进行病毒HA基因扩增,克隆至pMD 18-T载体测序,并与已知参考毒株进行序列比对及系统发育分析.结果 36份阳性样品病毒HA基因测序获得15种HA序列,存在2个不同进化分支(2.3.2、2.3.4),2.3.2进一步可划分为3个进化小分支(Ⅱ-1～Ⅱ-3),2.3.4进一步可划分为2个进化小分支(Ⅰ-1和Ⅰ-2).2.3.2Ⅱ-1、Ⅱ-2毒株是新出现的H5N1亚型病毒变异株.结论 2009- 2011年7月云南省边境地区H5N1亚型病毒具有遗传多样性,病毒经历了多分支(2.3.2、2.3.4)至单一支(2.3.2)的进化过程.     

江苏省2009年甲型HIN1流感流行病学及病原学特征分析

目的：探讨2009年度江苏省甲型H1N1流感流行特点及其病原遗传学特征。方法：对2009年6月12日～10月15日在“甲型H1N1流感监测系统”中报告确诊的1888例病人信息进行描述性分析,并对3例输入性病例分离的病毒进行全基因组序列分析。结果：甲型H1N1流感输入后疫情呈现上升趋势,36周达到高峰,随后疫情有所下降;苏南、苏中、苏北地区的确诊病例数占总病例数的构成比分别为48．18％、29．45％、22．14％,全省甲型H1N1流感病例主要集中于学生和青壮年人群。3例输入性病例分离毒株的8个基因片段核苷酸序列同源性高达99％～100％。与参考株相比,分离株A／Naming／1／2009HA蛋白突变的5个氨基酸中有一个位于Ca抗原位点208位氨基酸（R—K）。分离株同时具有人、禽和猪流感病毒的分子特点,不具备高致病性禽流感病毒的分子基础。结论：江苏省甲型H1N1流感输入后疫情发展存在地区差异,学生和青壮年人群是主要的发病群体;随着病毒在人群中的进一步适应和持续存在,除了抗原漂移外,病毒的某些分子特征也可能发生变化,应特别关注这些变化对病毒的传播力和致病性的影响。     

2009-2010年濮阳市新甲型H1N1流感病毒检测分析

目的 在国家流感网络实验室平台框架下,通过对濮阳市2009-2010年流感感染人群流感病毒核酸的实验室检测,了解新甲型H1N1及其它流感病毒在濮阳市感染人群中病毒型别的构成,密切关注新甲型H1N1流感病毒变异情况,及时对病毒变异等重要情况进行分析,向国家流感中心提供重要检测数据,为甲型H1N1流感防控提供科学依据.方法...     

浙江省人禽流感病毒Zhejiang/16/2006株的基因特性分析

目的 分析浙江省首例报道的人禽流感H5N1病毒株A/Zhejiang/16/2006的基因特性与系统进化关系.方法 对A/Zhejiang/16/2006病毒株的全序列8个基因片段作序列测定,并与国内外相关病毒株进行同源性与系统进化比较.结果 A/zhejiang/16/2006的HA序列,与周边国家和地区的H5N1病毒株之间存在11个氨基酸的差异,但这些差异并未影响到相关糖基化位点的稳定;在NA区,1997年以后的毒株均缺少第49～68位的20个氨基酸.总体上中国大陆近年H5N1毒株的8个基因片段与周边国家和地区毒株相比形成另一个分支,并与1996-1997年香港及广东的H5N1毒株之间存在较大差异,但有个别毒株的基因片段在系统进化树上远离当前的毒株而更接近1997年的病毒株.结论 A/zhejiang/16/2006与中国大陆近年的病毒株自成一个体系,与周边国家和地区的H5N1病毒株之间存在一定差异.     

内蒙古2009年流感病原监测及甲型H1N1流感血凝素基因分析

目的 探讨2009年流感流行病毒型别及亚型在内蒙古流感样患者中的流行情况及病毒型内血凝素(HA)基因变异情况.方法 采集流感样病例咽拭子标本,用Real-time PCR进行样本的检验,阳性标本进行鸡胚病毒分离培养,选取代表性毒株做病毒血凝素(HA)基因测序分析.结果 Real-time PCR方法共检测到阳性标本419份,其中甲型H1N1流感182份,占阳性样本总数的43.44％.对419份阳性样本全部进行鸡胚分离培养,获得阳性毒株162株,阳性分离率为38.66％.经鉴定甲型H1N1 155株,占阳性毒株的95.68％;甲型H1N1与季节性H3N2混合2株,季节性H3N2 4株,B型毒株1株.对其中3株甲型H1N1毒株进行HA测序后分析发现病毒分离株与参比毒株的HA基因序列具有高度同源性.结论 2009年在内蒙古地区流行的主要是甲型H1N1病毒,兼有其他亚型出现.甲型H1N1流感与当年的流行株无大的变异发生.     

南通市2009—2010年甲型H1N1流感流行特征分析

[目的] 分析2009-2010年南通市甲型H1N1流感（甲流）的流行特征,为其防控提供依据。[方法] 对中国疾病预防控制信息系统中2009-2010年南通市甲流个案信息和聚集性疫情进行描述性流行病学分析。[结果] 2009年和2010年南通市甲流发病率分别为8.24/10万和1.03/10万。2009年崇川区发病率最高,其次为港闸区和开发区。病例主要集中在0~29岁年龄段,占发病总数的81.56%,学生病例占53.76%。疫情在2009年9月和12月形成2次流行高峰,2010年5月起无病例报告。2009年报告14起聚集性疫情,均发生在校园。[结论] 0~29岁的儿童、青少年是甲流防控的重点人群。对人群易感状态进行持续监测,对病原体变异情况开展常规监测,实现甲流监测体系的高敏感性和高特异性,对进一步防控甲流有重要意义。     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。