血瘀证患者差异基因表达谱研究

目的：应用寡核苷酸基因芯片技术，研究血瘀证患者差异基因表达谱。 方法：16例血瘀证患者经冠状动脉造影诊断后，分为冠心病血瘀证组和非冠心病血瘀证组，每组8例；并选年龄和性别相匹配的8名健康人为健康对照组。抽取静脉血，分离白细胞，抽提RNA，质控芯片（Test3 芯片）对样本质量进行检测，然后与Affymetrix U133 Plus 2．0芯片进行杂交，通过扫描和软件分析，比较冠心病血瘀证组、非冠心病血瘀证组与健康对照组的基因表达谱，筛选血瘀证相关差异基因，并进一步进行基因本体（Gene Ontology，GO）和通路分析．使用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应法对目标基因进行验证。 结果：通过差异基因筛选，与血瘀证相关的差异基因共有48个，其中上调基因26个，下调基因22个；通过GO分析．其中与炎症免疫相关的基因有5个，占10．4％；通路分析结果显示，有意义的10条通路中有5个涉及炎症和免疫反应。经实时荧光定量逆转录聚合酶链反应验证了基因芯片准确可靠。 结论：血瘀证基因表达谱研究显示了炎症和免疫相关基因的比例和显著性优势，说明炎症和免疫反应在一定程度上介导了血瘀证的发生发展。     

巨噬细胞极化相关差异基因的筛选及其在脓毒症中的潜在治疗价值

目的运用生物信息学方法寻找巨噬细胞极化成M1、M2型的差异基因,为临床筛选脓毒症的免疫调节治疗靶点提供理论依据。方法从综合性基因表达(GEO)数据库下载2套基因芯片数据,以在γ-干扰素(IFN-γ)及脂多糖(LPS)作用下极化为M1型巨噬细胞,白细胞介素-4(IL-4)作用下极化为M2型巨噬细胞为条件筛选样本,并提交至GEO2R平台进行在线分析,将筛选出的差异基因取交集作为最终的差异基因。利用DAVID软件对差异基因进行GO富集分析及KEGG信号通路分析,同时在STRING数据库行蛋白质交互作用分析。结果共筛选出1 241个差异基因,其中在M1型巨噬细胞中表达上调而在M2型巨噬细胞中表达下调的基因有591个,在M1型巨噬细胞中表达下调而在M2型巨噬细胞中表达上调的基因有650个。功能富集分析结果显示,在M1型巨噬细胞中表达上调而在M2型巨噬细胞中表达下调的基因主要涉及炎症反应、细胞凋亡等功能,在M1型巨噬细胞中表达下调而在M2型巨噬细胞中表达上调的基因主要涉及能量代谢、氧化磷酸化等生物途径。STRING数据库分析结果显示,NDUFS3、ATP5D、ATP5I、NDUFB10等基因为相对核心的基因。结论本研究通过生物信息学筛选出的巨噬细胞极化核心差异基因,为脓毒症的免疫学治疗提供新的方向。     

炎症通路在强直性脊柱炎发病中作用的转录组学研究

目的：研究强直性脊柱炎（AS）的转录组学以阐释该疾病发病中涉及的关键基因和通路。方法：收集AS患者及健康对照外周血单个核细胞,提取RNA,通过高通量RNA测序的方法得到基因表达谱。采用生物信息学方法,比较AS患者及健康对照者的基因表达情况,选差异基因,并进行GO功能注释、KEGG通路富集分析、蛋白互相作用网络分析（PPI）及表型分析。并用ELISA方法在AS患者和健康对照者外周血中进一步验证通路中涉及的重要细胞因子的水平。结果：AS患者和健康对照者存在153个差异表达基因（DEGs）,其中149个基因上调,4个基因下调,这些基因相互之间密切联系。通过上调基因的生物功能分析后发现,其主要与TNF信号通路、趋化因子信号传导等炎症通路相关。另外,在外周血浆中验证到,AS患者较健康对照者炎症细胞因子IL-2、IL-6、IL-10、TNF-α和IFN-γ的表达水平显著升高（P＜0.05）。结论：TNF、趋化因子信号传导等信号通路以及IL-2、IL-6、IL-10、TNF-α和IFN-γ等炎症因子与AS发病有关。     

基于生物信息学方法分析颈动脉粥样硬化的关键通路和枢纽基因

目的 利用生物信息学分析初步探索颈动脉粥样硬化进展的枢纽基因和关键通路.方法 从GEO数据库获得颈动脉斑块的基因表达谱GSE43292数据集,利用GEO2R分析颈动脉斑块和正常组织的差异基因,利用R语言clusterprofile包对差异基因进行GO富集分析和KEGG功能富集分析.利用STRING工具和Cytoscape构建蛋白互作网络,并筛选关键基因.结果 GEO2R分析GSE43292数据集共含有97个差异基因,包括46个上调基因和51个下调基因;基因富集分析发现差异基因主要富集cAMP信号通路、色氨酸代谢、PPAR信号通路等相关通路.差异基因蛋白互作网络的枢纽基因为CD163、MMP9、CXCL10、CCR1.结论 CD163、MMP9、CXCL10、CCR1为颈动脉斑块形成的枢纽基因,可能为动脉粥样斑块的预后和治疗提供新的分子靶点.     

尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞 白血病表达谱的影响

目的 探索尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞白血病（CML）细胞基因表达谱的影响,阐明酪氨酸 激酶抑制剂（TKI）抑制白血病的分子机制。方法 从在线基因表达数据库中下载表达谱数据集GSE19567, 利用BRB-ArrayTools 软件进行质量控制并筛选差异表达基因（DEGs ）,然后分别对差异基因进行GO 功能 富集分析、KEGG 通路富集分析、pathway 互作网络和基因互作网络分析。结果 共筛选出差异基因519 个, 其中177 个上调表达,342 个下调表达。GO 富集分析发现DEGs 主要涉及小分子代谢、血液凝固、转录调控、 细胞增殖与凋亡调控等生物过程,发挥的分子功能集中在蛋白结合、蛋白二聚化、序列特异性DNA 结合和 ATP 结合等。KEGG 富集分析发现代谢通路、PI3K-Akt 信号通路、Jak-STAT 信号通路和HIF-1 信号通路 等pathway 显著富集。网络分析挖掘出的核心基因有SHMT 2、CBS 、CTH 、HK 2,核心pathway 包括MAPK 信号通路、细胞周期和细胞凋亡等。结论 酪氨酸激酶抑制剂影响了CML 细胞代谢通路和信号转导通路的相 关基因,通过细胞周期阻滞和诱导凋亡等机制抑制白血病,为白血病的靶向治疗提供了基础。     

溃疡性结肠炎中巨噬细胞差异基因及功能分析

目的 研究溃疡性结肠炎（UC）肠道巨噬细胞的基因表达差异和生物学功能。方法 选取2019年1月至12月前往the VA San Diego医疗机构就诊的7例UC患者和7名健康对照者为研究对象。分析直肠黏膜单细胞测序数据,比较巨噬细胞的差异表达基因,进行基因本体（GO）功能富集和京都基因和基因组数据库（KEGG）信号通路富集分析。结果 过滤细胞,确定巨噬细胞群。筛选出UC组和对照组肠黏膜差异基因31个,包括TIMP1、IFITM3、IGHG1等。对差异基因进行GO和KEGG富集分析,发现主要富集于氧化应激生物学过程和IL-17信号通路。结论 肠道巨噬细胞的氧化应激和IL-17信号通路可能参与UC疾病过程。     

上尿路梗阻关键基因和通路的生物信息学分析

目的：应用生物信息学方法筛选上尿路梗阻小鼠模型基因表达谱数据,分析关键基因及通路。方法：从基因表达数据库（GEO）下载GSE36496基因表达谱数据集,利用R包绘制箱式图、PCA图、UMAP图评估数据质量,并筛选上尿路梗阻组及正常组之间的差异基因;通过STRING数据库构建差异基因蛋白互作网络;利用Cytoscape软件筛选关键基因,并利用R包对关键基因进行GO功能和KEGG通路分析。结果：共筛选到142个差异基因（130个上调基因,12个下调基因）和10个关键基因,分别是白细胞介素6(IL6)、CC基序趋化因子受体2(Ccr2)、整合素alpha M(Itgam)、白细胞介素-1β(IL-1β)、CC基序趋化因子受体7(Ccr7)、小鼠含生长因子样模体黏液样激素样受体（Emr1）、生长相关癌基因-α(Cxcl1)、趋化因子CXC配体2(Cxcl2)、趋化因子配体20(Ccl20)、CXC基序趋化因子配体5(Cxcl5)。功能分析显示,关键基因主要参与炎症相关的功能,通路分析显示关键基因主要富集在炎症相关的通路。结论：应用生物信息学技术能有效筛选和分析上尿路梗阻发展过程中的关键基因及潜...     

小鼠烧伤后免疫细胞多功能紊乱的基因表达谱生物信息学分析

目的：探讨小鼠烧伤后外周血免疫细胞基因表达差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨烧伤后免疫细胞功能变化情况,为临床治疗提供新靶点。方法在GEO数据库中下载基因芯片数据（GSE7404,小鼠,25％TBSA,3度）,经过芯片质量评估后,获取差异基因,分别应用go－function数据集及DAVID Bioinformatics Resources 6．7对差异基因进行基因本体、生物学通路分析,获得差异基因相关功能的功能富集类。结果在烧伤后第1天筛选到1825个差异基因,其中上调基因658个,下调基因1167个。 Gene Ontology分析显示小鼠烧伤后免疫细胞与免疫系统过程、细胞过程、代谢过程、应对刺激反应、生物调节及死亡等功能高度相关。KEGG通路分析显示上调基因主要富集到免疫系统、细胞生长与死亡及代谢相关通路;而下调基因则主要与免疫及代谢通路相关。结论烧伤是一个复杂的病理生理过程,会引起多种基因表达调控的改变。基因芯片表达谱的生物信息学分析可以在转录水平反映免疫细胞在烧伤后的分子生物学过程,有助于全面认识烧伤后免疫细胞功能紊乱的发生机制。     

基于mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及功能的初步分析

对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用。采用MnCl2 和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用mRNA-Seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,并对差异基因进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesm, KEGG）和基因本体论（Gene Ontology, GO）通路富集分析及qRT-PCR的验证。通过整合数据库信息和分析获得1637个差异表达基因,其中表达明显上调的基因有912个,表达明显下调的基因有725个,其中与免疫相关差异最显著的10个基因qRT-PCR验证结果与mRNA测序分析趋势一致。GO富集分析表明10个差异基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化及转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3-Akt、NF-κB信号通路。通过mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及其GO和KEGG富集分析,结果表明Mn2+对巨噬细胞具有明显的免疫调节作用。     

乳腺癌他莫昔芬耐药相关基因及通路的筛选

目的:利用美国国家生物技术信息中心基因表达数据库中雌激素受体阳性乳腺癌表达谱芯片进行生物信息学分析,筛选他莫昔芬耐药的关键基因和信号通路。方法:利用基因芯片GSE26459,R软件分析得到差异基因,DAVID 进行Gene Ontology和KEGG富集分析,STRING绘制蛋白作用网络。GSEA富集分析得到耐药相关通路及基因。结合蛋白作用网络筛选目标基因并验证。结果:筛选出差异基因1 516个,上调基因505个,下调基因624个。通路富集分析发现脂肪酸代谢通路、细胞粘附、胰岛素抵抗等信号通路在乳腺癌的他莫昔芬耐药中起重要作用,并在富集通路中筛选出ACSL1等候选目标基因并验证。结论:利用生物信息学有效分析他莫昔芬耐药的基因芯片数据,为他莫昔芬耐药的治疗靶点提供重要依据。     

表皮生长因子受体在中耳胆脂瘤中的表达

目的：探讨表皮生长因子受体（ＥＧＦＲ）在中耳胆脂瘤发生，发展中的作用。方法：运用免疫组化方法检测表皮生长因子受体在１０例正常外耳道上皮及３６例胆脂瘤上皮中的表达情况。结果：１０例正常外耳道上皮全部为阴性，３６例胆脂瘤上皮中２３例出现ＥＧＦＲ阳性表达（阳性率为６３．９％）ＥＧＦＲ阳性表达与中耳胆脂瘤骨质破坏程度呈正相关。结论：ＥＧＦＲ过度表达与胆脂瘤上皮细胞增生及胆脂瘤周围骨质破坏有关，它在胆脂瘤的发生、发展中起着重要作用。     

结直肠癌中O-型糖基化相关差异基因的筛选及分析

目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn（+）细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集（gene set enrichment analysis,GESA）方法行GO基因本体（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）、转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β）和Wnt等经典信号通路上。结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。     

BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析

目的：通过卡介苗（BCG）感染牛肺泡巨噬细胞（BAM）的转录组测序及生物信息学分析,揭示差异表达的基因和长链非编码RNA （lncRNA）,为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据。方法：采用肺脏灌洗离心法收集并培养BAM,分为感染组和未感染组,感染组经BCG感染后12h,利用转录组测序技术（RNA-Seq）检测感染组和未感染组BAM mRNA表达谱及lncRNA表达谱,并进行生物信息学相关分析。结果：与未感染组比较,感染组BAM差异表达的lncRNAs共有119个（P<0.05）,差异表达的mRNA共有1 111个（P<0.05）。在差异表达基因的功能富集分析中,最显著富集项与免疫功能相关（GO：0006955,P<0.05）,共有125个基因,其中有63个基因表达上调,62个基因表达下调,且白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素17（IL-17）和白细胞介素23A （IL-23A）等促炎因子表达上调。lncRNA靶基因预测,差异表达的lncRNA参与转化生长因子β（TGF-β）信号通路及ABC转运体信号通路的调控（P<0.05）。结论：BCG感染BAM后,激发宿主细胞产生强烈的免疫反应,引起lncRNA和mRNA表达谱的改变。     

Clinical characteristics of patients with labyrinthine fistulae caused by middle ear cholesteatoma

Background Labyrinthine fistula (LF) is a very common clinical complication mainly caused by middle ear cholesteatoma.Whether the presence of different degree LF caused by middle ear cholesteatoma aggr...     

慢性中耳炎的CT诊断

目的：探讨CT对慢性中耳炎的诊断价值。方法：回顾性分析经手术病理确诊的慢性中耳炎45例的CT表现特点。结果：14例胆脂瘤型中耳炎CT表现为鼓室、鼓窦内软组织密度影,鼓室扩大,窦入口扩大,鼓室壁破坏、硬化。听小骨移位、骨质吸收、破坏。其它征象包括乙状窦、鼓室盖、水平半规管、面神经管水平段骨质破坏。29例肉芽肿型中耳炎CT表现为中耳腔内的软组织密度影,部分有液平,鼓室壁增生、硬化,骨质破坏少见,听小骨可出现吸收破坏,但程度较轻,一般无移位。2例单纯型中耳炎表现为中耳腔内的软组织密度影,1例有液平,鼓室壁骨质硬化,无骨质破坏。结论：依据鼓室内软组织密度影的形态分布,鼓室壁破坏情况及听小骨改变,通过CT检查可对大部分慢性中耳炎做出明确诊断。     

P16在成人中耳胆脂瘤及中耳癌中的表达

目的探讨P16在成人中耳胆脂瘤上皮及中耳癌中的表达情况、作用及相互关系．方法应用免疫组化SP染色方法检测P15在30例成人中耳胆脂瘤上皮中及15例中耳癌患者肿瘤组织中的表达情况,应用计算机图像分析系统对其阳性表达进行定量分析．结果P16在成人中耳胆脂瘤上皮中阳性表达率分别为46．7％,与外耳道正常皮肤相比表达差异有统计学意义．P6在成人中耳胆脂瘤中的表达与侵袭能力之间无显关性（rs=-3．031,P=0．910）．P16在成人中耳胆脂瘤中阳性细胞主要分布于上皮全层,以基底层和棘层为著,呈高度表达;而在对照组中阳性细胞仅在基底层表达,呈弱表达．P16在中耳癌中的阳性表达为50％,与外耳道正常上皮相比差异有统计学意义,与胆脂瘤相比差异无统计学意义．P16在中耳癌中的阳性细胞与胆脂瘤患者外耳道正常皮肤对照组相比染色呈强阳性,密度高．结论在成人中耳胆脂瘤及中耳癌中P16表达明显增高,说明P16的表达异常,使细胞无限增殖,P16在其中可能起到一个重要的作用.     

中耳胆脂瘤的64层螺旋CT听小骨VR重组及其临床意义

目的探讨中耳胆脂瘤的64层螺旋CT听小骨VR重组的临床意义。方法对7例中耳胆脂瘤患者进行64层螺旋CT检查,将原始数据传至ADW4.3工作站,进行听小骨的VR重组。结果所有患者中,砧骨短脚及锤骨前突破坏2例,锤骨及镫骨完全破坏1例,砧骨及镫骨完全破环1例,仅有部分锤骨破坏3例。结论64层螺旋CT听小骨VR重组可以了解中耳胆脂瘤听小骨破坏的部位及程度,对于确定手术方式和指导治疗是非常有意义的。     

CDK4、P16在中耳胆脂瘤中的表达及意义

目的:观察细胞周期蛋白依赖性激酶CDK4、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子P16在中耳胆脂瘤上皮的表达情况,探讨它们在胆脂瘤发病机制中的作用。方法:采用免疫组织化学技术SABC法检测CDK4、P16在中耳胆脂瘤35例、正常外耳道皮肤20例中的表达,并结合胆脂瘤对听小骨骨质破坏程度,采用SPSS11.5软件进行统计学分析。结果:CDK4、P16均表达于胆脂瘤上皮的棘细胞层、颗粒层和角质层,阳性率分别为68.6%、88.6%,高于对照组(前者P=0.011,后者P=0.02)。二者在胆脂瘤上皮的表达有一定的相关性,P<0.05;与中耳胆脂瘤听小骨骨质破坏程度之间无明显相关性,P>0.05。结论:CDK4与P16在中耳胆脂瘤发生中是共同而非单独起作用的,从细胞周期的角度可反映胆脂瘤上皮细胞过度增殖的同时也增强负调控因子来抑制增殖,使凋亡同时加快而达到新的平衡。但与骨质破坏程度可能无直接关系。