合肥市某小学急性呼吸道感染疫情的病原学分析

目的分析合肥市某小学一起急性呼吸道感染疫情病原学,为疫情发生的生物学病因提供依据。方法采用实时荧光PCR方法(Real-time PCR)对采集的10份患者咽拭子标本进行流感病毒和腺病毒核酸筛查,检出的腺病毒核酸阳性标本经普通PCR扩增腺病毒六邻体基因片段以进行序列测定,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统进化树分析,以确定其病毒型别。结果 10份咽拭子标本流感病毒核酸检测结果均为阴性,7份标本检出腺病毒核酸,进一步通过基因测序、序列比对、基因进化树分析确定为腺病毒3型。结论依据实验室检测结果并结合流行病学调查和临床症状,确认该起急性呼吸道感染疫情的病原体为人腺病毒3型。     

一起由腺病毒和肠道病毒混合感染引起的发热呼吸道感染暴发疫情的实验室快速诊断

目的对一起婴幼儿不明原因发热呼吸道感染暴发疫情进行实验室快速诊断,探索病因。方法采集患儿咽拭子和痰液标本共19份,对所有标本进行核酸提取、运用荧光PCR和荧光RT-PCR法检测腺病毒等引起急性呼吸道感染的8种18型重要病毒的特异性基因片段。对腺病毒和肠道病毒核酸阳性标本进行序列测定,运用生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 19份标本腺病毒(Adenovirus,Ad V)核酸阳性,11份标本肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸阳性,4份标本鼻病毒(Rhinovirus,RHV)核酸阳性。Ad V的核酸检出阳性率均为100%,标本采集时间最长为发病后10天。EV在发病3天内痰液标本中核酸检出率为83.33%,发病3天后为42.86%。Ad V的基因型别为Ad V-B7型。结论本起发热呼吸道感染暴发疫情由Ad V-B7型和EV混合感染引起,并且Ad V-B7型感染时间长于EV。     

绍兴市5岁以下儿童病毒性腹泻常见病原体分析

目的分析绍兴市5岁以下儿童病毒性腹泻常见病原体,为防制病毒性腹泻提供依据。方法采集2014—2018年于绍兴市妇幼保健院住院的5岁以下腹泻儿童的粪便标本,采用胶体金法检测轮状病毒,采用实时荧光定量PCR方法检测诺如病毒核酸和肠道腺病毒核酸。描述性分析5岁以下腹泻儿童病毒阳性情况。结果共送检粪便样本1 077份,检出病毒阳性402份,阳性率为37.33%;二重感染41份,阳性率为3.81%;未发现三重感染。轮状病毒阳性218份,阳性率为20.24%;诺如病毒阳性155份,阳性率为14.39%,均为GⅡ型;肠道腺病毒阳性70份,阳性率为6.50%。轮状病毒、诺如病毒和肠道腺病毒阳性率均以1岁最高,分别为32.57%、23.43%和8.00%。不同年龄腹泻儿童轮状病毒和诺如病毒阳性率差异均有统计学意义(P0.05),肠道腺病毒阳性率差异无统计学意义(P0.05)。轮状病毒阳性率在1月最高,为50.79%;诺如病毒阳性率在11月最高,为32.67%;肠道腺病毒全年均处于低发流行趋势。结论绍兴市5岁以下腹泻儿童病毒阳性率为37.33%,好发于1岁儿童,以轮状病毒感染为主,不同病原体的流行时间不同。     

经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征分析

目的 研究经游泳池水传播的腺病毒毒株血清型及基因特征.方法 对采用呼吸道病毒多重PCR法检测阳性的16份咽试子样品进行了腺病毒3型、7型及21型的特异性PCR检测,并对其中3份标本进行了腺病毒六联体(hexon)基因和纤毛(fiber)基因的全序列测定,将测定结果与Genbank数据库公开的核酸序列进行同源性比对,绘制进化树.结果 16份腺病毒阳性样品均为腺病毒7型;3份样品间hexon基因和ber基因核酸序列完全一致,同源性为100％;同时,该3份标本的hexon基因和ber基因核酸序列与引起我国陕西省婴儿严重急性下呼吸道感染暴发的腺病毒毒株的核酸序列完全一致,并未发现明显的基因变异情况.结论 本起经游泳池水传播的腺病毒暴发是由腺病毒7型引起,hexon基因和iber基因的核酸序列无变异.     

2011年-2015年南昌市流感监测哨点医院病原学检测结果分析

目的了解2011年-2015年南昌市流感病毒流行情况,为科学制定流感防控策略提供参考依据。方法收集2011年1月-2015年12月南昌市哨点监测医院流感样病例标本,采用实时荧光定量反转录PCR(real-time RTPCR)反应进行病毒核酸检测分型,阳性标本接种MDCK细胞进行病毒分离,血凝抑制实验鉴定。结果共检测流感标本核酸3 856份,阳性标本829份,阳性率为21.5%;其中新甲型H1N1、季节性H3、B型阳性率分别为4.69%、10.8%、5.9%。各年度阳性率差异有统计学意义(χ2=160.38,P0.01)。不同年龄组流感病毒检出结果差异有统计学意义(χ2=12.93,P0.01),其中以5岁~年龄组阳性率最高(25.8%),0岁~年龄组阳性率最低(14.6%)。流感病毒在各监测年度冬春交季有1个流行高峰。结论南昌市2011年-2015年有3种毒株呈现共同或先后交替流行。新型人禽流感病毒的活跃对南昌市流感病毒流行态势造成了一定的影响。     

吉林省2011年-2014年急性上呼吸道感染病原学检测结果分析

目的了解吉林省2011年-2014年引起急性上呼吸道感染的病原学情况,为疾病预防策略制定及临床诊断、指导临床用药提供病原学依据。方法采集吉林省11家医院门诊就诊的上呼吸道感染患者的咽拭子标本共436份,提取核酸后用实时荧光定量PCR或逆转录PCR方法检测可能引起上呼吸道感染的6种常见呼吸道病毒。结果采集436份临床咽拭子标本中,共检测出阳性标本89例,阳性率为20.41%。其中流感病毒阳性率最高,为6.19%,其次为腺病毒(5.73%)、呼吸道合胞病毒(5.50%)、人偏肺病毒(1.83%)、人博卡病毒(1.38%)、副流感病毒(0.92%)。结论2011年-2014年吉林省上呼吸道感染主要以流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒为主。0岁~5岁年龄组上呼吸道病毒的感染率明显高于其他年龄组,值得关注并及时做好相应的防控措施。     

成都市发热呼吸道症候群患者病毒感染调查

目的了解成都市发热呼吸道感染病例常见病毒的感染状况,探讨发热呼吸道症候群的病原谱构成情况。方法 2010-07/2011-03,采集成都市3家哨点医院具备发热、咳嗽以及胸部X线片提示肺部炎性改变等临床症状的呼吸道感染病例标本302份;采用多重RT-PCR方法,对302份呼吸道标本同时进行流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、人偏肺病毒、人博卡病毒、人腺病毒、人鼻病毒和肠道病毒等常见呼吸道病毒核酸检测。结果 302份标本中检出阳性标本72份,核酸阳性率为23.84%（72/302）,其中两种病毒混合感染6份,占阳性标本的8.33%（6/72）;5岁以下儿童患者标本病毒核酸阳性检出率为39.33%（59/150）,其中偏肺病毒的检出率最高;6～18岁患者标本病毒核酸阳性检出率为15.15%（5/33）,其中呼吸道合胞病毒检出率最高;18岁以上患者标本阳性检出率为11.76%（14/119）,其中流感病毒检出率最高。3月份病毒核酸检出率最高为74.36%（29/39）,不同性别患者之间病毒核酸检出率差异无统计学意义。结论成都市发热呼吸道病毒感染病例的病原体以偏肺病毒、鼻病毒和呼吸道合胞病毒为主。     

福州市2014-2017年外环境标本禽流感病毒监测分析

目的了解福州市禽类外环境禽流感病毒污染分布,为人感染禽流感流行预警和疫情防控提供依据。方法应用实时荧光定量PCR技术对2014—2017年间采集的1 612份标本进行A型及H5、H7和H9 3种亚型禽流感病毒核酸检测,分析禽流感病毒污染情况。结果 1 612份标本中,检出595份流感病毒A型核酸阳性标本,阳性率36.9%;各亚型阳性率:H9亚型为16.6%(267份)、H7为9.1%(147份)和H5为2.9%(47份),其他亚型阳性率14.0%(225份);每年第1、4季度流感病毒A型核酸阳性率最高,达21.7%～64.2%和15.4%～50.0%;宰杀或摆放禽肉案板表面标本流感病毒A型核酸阳性率最高,达52.6%。结论福州市禽类外环境中流感病毒A型污染较普遍,以H9亚型阳性率最高,混合型占一定比例,同时存在H5、H7和H9亚型之外的其它亚型,需持续监测。不同季节禽类外环境中流感病毒A型核酸阳性率有所差异,冬春季相对较高,是防控的重点。     

阜阳市2010～2013年流感病原学检测结果分析

目的了解流感病毒感染情况,动态观察流感病毒变异规律。方法使用RT-PCR或Real-time PCR方法对病例咽拭子标本进行流感病毒核酸检测,阳性标本再用MDCK细胞进行病毒分离培养,用红细胞凝集法和红细胞凝集抑制法鉴定病毒。结果 2010年1月～2013年12月共检测流感样病例标本2 723份,流感病毒核酸阳性359份,阳性率为13.18%。其中甲型H1N1、季节性H3、B型、A未分型的流感病毒核酸阳性分别为133份、54份、156份、16份,分别占流感病毒核酸阳性标本的37.05%、15.04%、43.45%、4.46%。5岁以下人群检出率最低,为7.69%。2012～2013年200份核酸阳性标本共分离出69株毒株,分离率为34.5%。结论 2010～2013年阜阳市流感流行以B型流感病毒和甲型H1N1病毒为优势病原,同时有季节性H3型流感病毒的存在。     

江西省一起腺病毒感染的出血性结膜炎疫情的分子流行病学溯源

目的 对江西省某地一起暴发出血性结膜炎人腺病毒进行Hexon基因特征分析,在基因层面对该疫情进行病原溯源,为防控策略提供技术支撑。方法 采集出血性结膜炎患者结膜拭子和咽拭子标本,采集排水口和浮板涂抹拭子标本。采用Real - time RT - PCR方法对所有标本进行人腺病毒（HAdV）和人肠道病毒（HEV）核酸检测,对核酸阳性的标本进行Hexon基因部分片段序列测定,运用Bioedit 7.0和MAGE 6.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 共采集出血性结膜炎5名患者结膜拭子标本4份,咽拭子标本1份,共检出人腺病毒核酸阳性标本4份,阳性率为80%,标本采集时间最长为发病后10 d。采集排水口和浮板涂抹拭子各1份,均为HAdV的核酸阳性。所有标本HEV核酸检测阴性。共获得4条病例标本Hexon基因部分片段序列,经Hexon基因测序鉴定均为HAdV - E4基因亚型。结论 该起出血性结膜炎疫情可能由HAdV - E4基因亚型污染游泳池水引起。     

乌鲁木齐地区腹泻患儿腺病毒感染的检测和分型

目的:了解2011年乌鲁木齐地区腹泻患儿腺病毒(AdV)的感染情况,分析该地区AdV的基因亚型,进行AdV感染分子流行病学调查。方法:采集在新疆维吾尔自治区人民医院住院和门诊≤5岁腹泻患儿粪便标本315份,采用胶体金法检测轮状病毒(RV)抗原,采用聚合酶链反应(PCR)法对上述标本进行AdV检测,并对AdV阳性标本测序明确基因型。结果:315份粪便标本中共检出AdV阳性12例,总阳性率为3.81%,低于RV检出率26.35%,AdV和RV混合感染3例。AdV阳性标本中肠道腺病毒(EAdV,F组)Ad41占2.54%(8/315),其次是非肠道腺病毒(NEAdV)占1.27%(4/315),分别为Ad1、Ad3、Ad5、Ad7、Ad31型。12份阳性标本测序结果提示该地区AdV与参考株的核苷酸序列同源性为73%～99%。结论:乌鲁木齐地区AdV感染呈全年散发流行,未表现出明显的季节性,其主要的流行株为Ad41型。     

武汉市2012-2015年发热呼吸道症候群监测病例病毒检测结果分析

目的 了解武汉地区发热呼吸道症候群的病原谱分布和流行特征,为防控及临床诊疗提供科学依据。方法 用实时荧光聚合酶链式反应法,对2012年3月~2015年2月间收集的576份呼吸道感染病例咽拭子标本进行病毒核酸检测。结果 576份标本中,检出阳性标本248例,阳性检出率为43.1%。男、女病例标本阳性检出率差异无统计学意义（χ2=0.371,P=0.542）。阳性标本中,单一病毒所致感染208例,混合感染40例,病原谱构成以腺病毒、鼻病毒和甲型流感病毒为主,占比分别为19.4%、17.3%和14.1%。呼吸道合胞病毒B型、腺病毒、博卡病毒和混合感染在各年龄段差异有统计学意义（均有P<0.05）,腺病毒、混合感染以2~岁人群为主,博卡病毒只在2岁以下人群中有发现。各病毒流行季节不同,具有季节差异性（χ2=17.427,P=0.001）,春季检出率最低。结论 腺病毒、鼻病毒和甲型流感病毒是武汉地区发热呼吸道症候群的主要病原体,<5岁为主要易感人群。不同流行季节病毒谱也不一致,加强对上述病毒的监测和研究,应作为本辖区呼吸道病毒的防控重点。     

济南市轻重症手足口病患儿肠道病毒71型结构蛋白基因特征分析

目的 比较分析济南市轻重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)结构蛋白基因及氨基酸变异情况。方法 对2017年济南市轻重症手足口病患儿EV71细胞分离株结构蛋白基因序列进行RT-PCR扩增测序,应用EditSeq和MegAlign等软件对结构蛋白基因进行序列拼接及核苷酸、氨基酸同源性比对,应用Mega 5.2软件构建VP1基因系统进化树。结果 轻重症患儿EV71分离株结构蛋白基因核苷酸和氨基酸同源性分别为93.0%～98.8%和99.0%～99.8%,均属于C4a基因亚型。经VP1基因同源性分析,济南市EV71分离株与2017年江苏株（GenBank ID: MG520666,同源性99.3%）、2015年河南株（KU744452,同源性99.2%）、2015年北京株（KU376386,同源性99.2%）及2016年山东潍坊株（MG588036,同源性99.0%）亲缘关系较近。死亡患儿EV71分离株VP1蛋白出现E145Q突变,重症EV71分离株分别出现VP1蛋白A19V、T101I,VP3蛋白M150I突变。结论　济南市轻重症HFMD患儿EV71分离株均属于C4a亚型,与江苏、河南、山东及北京等地的EV71株亲缘关系较近,其VP1蛋白145位氨基酸残基可能是影响病毒毒力的重要位点。     

2017年山东省三个城市食源性腹泻中胃肠炎病毒的病原谱特征分析

目的分析山东省三个城市食源性腹泻病例中胃肠炎病毒病原谱的分布和流行特征。方法于2017年1—12月,以山东省济南、烟台和临沂市的6家哨点医院为研究现场,收集1397例食源性腹泻病例的粪便标本,同时获取其基本信息和临床症状。采用双重荧光定量RT PCR分别检测如病毒基因Ⅰ组(NoV GⅠ)和Ⅱ组(NoV GⅡ)、札如病毒(SaV)和人星状病毒(HAstV),采用单重荧光定量RT PCR检测轮状病毒A组(RVA),采用荧光定量PCR检测肠道腺病毒(EAdV),对病毒的特异性片段进行测序、分型。比较不同特征病例胃肠炎病毒阳性率以及阳性和阴性病例间临床症状的差异。结果年龄M(P25,P75)为23(1,42)岁;以男性为主,占57.48%(803例);≤5岁儿童居多,占36.36%(508例)。胃肠炎病毒阳性率为33.93%(474例),济南、临沂和烟台市分别为32.03%(147/459)、41.54%(189/455)和28.57%(138/483)(P<0.001);NoV GⅡ组的阳性率最高,为16.54%(231例),5月(24.75%,50/202)和6月(19.59%,38/194)出现高峰,以GⅡ.P16/GⅡ.2型(48.28%,56/116)为主。阳性病例中,44.51%(211/474)出现呕吐症状,高于阴性病例(34.13%,315/923),差异有统计学意义(P<0.001)。结论山东省食源性腹泻病例中男性、5岁以下儿童居多;NoV GⅡ流行强度较高,发病高峰为春夏季,病毒性胃肠炎临床症状不典型。     

2017-2018年青岛地区儿童急性上呼吸道感染病毒谱与流行特征

  目的  了解2017年3月-2018年3月青岛地区儿童急性上呼吸道感染病毒谱与流行特征。  方法  随机抽选青岛地区符合国家流感监测方案诊断标准的流感监测病例中的儿童流感样病例（influenza-like illness，ILI）作为研究对象，共检测359例。采集患儿咽拭子，采用多重实时荧光逆转录-聚合酶链反应进行核酸检测的方法，对9种呼吸道病毒进行筛查。  结果  359例标本中200例至少有1种病毒检测结果为阳性，阳性率为55.71%（200/359）。其中，阳性最多的是流感病毒B型（Influenza Virus B，IVB）Yamagata亚型29.50%（59/200），其次是肠道病毒（Human Enterovirus，HEV）15.00%（30/200），呼吸道腺病毒（Adenovirus，AdV）13.50%（27/200），呼吸道合胞病毒A型（Respiratory Syncytial Virus A，RSVA）12.50%（25/200），流感病毒A型（Influenza Virus A，IVA）H1N1亚型10.00%（20/200）等。2例3种病毒混合感染，1例4种病毒混合感染。  结论  2017年3月-2018年3月9种呼吸道病毒在青岛地区均有流行，IVB Yamagata亚型、HEV、AdV、RSVA亚型、IVA H1N1亚型为主要流行病毒。其中流感病毒、HEV、RSV、偏肺病毒（Human metapneumovirus，HMPV）具有明显的季节性分布。9种病毒在各病毒流行月份存在混合感染。     

济南市2011至2014年无偿献血者人类免疫缺陷病毒感染现状分析

目的对济南市2011至2014年无偿献血者中的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染现状进行分析。 方法使用酶联免疫吸附法(ELISA)对济南市2011至2014年124 705份无偿献血者血液标本进行检测,抗HIV反应阳性标本送往济南市疾病控制中心进行确认。 结果124 705份无偿献血者血液标本中256份ELISA法HIV筛查为阳性,占总人数的0.205%。济南市疾病控制中心确认阳性27例,确认阳性率为0.022%,男性明显高于女性,30岁以下高于30岁以上,可能传播途径以同性为主。 结论济南市无偿献血人群中HIV感染率低于全国水平,感染率与性别、年龄有关,同性传播为主。应加强预防艾滋病相关知识宣传以及献血前评估、鉴别,增加志愿者队伍,加强检测力度,提高检测灵敏性及特异性,保障临床用血安全。     

2012-2014年开封地区婴幼儿病毒性腹泻病原学研究

目的 探讨开封地区5岁以下婴幼儿腹泻的流行病学特征和病原学种类。 方法 以2012-2014年开封地区650例5岁以下婴幼儿腹泻患儿为研究对象,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测标本中的轮状病毒(RV)抗原、对抗原阳性的标本进一步采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法进行RV基因分型,所有标本均采用(RT-PCR)法进行星状病毒(AstV)、杯状病毒(HuCV)检测,腺病毒(AdV)采用聚合酶链反应(PCR)法检测。 结果 650例样本中轮状病毒占47.69%(310/650);星状病毒占4.92%(32/650);杯状病毒占21.85%(142/650);腺病毒占2.15%(14/650);混合感染占7.85%(51/650),发病年龄大多在2岁以内。310例RV阳性样本进行G、P分型,结果显示G型102例(32.90%),以G9型比例最高;P型168例(54.19%),以P(8(为主;杯状病毒中诺如2型为主要流行株。 结论 轮状病毒为开封地区5岁以下婴幼儿腹泻的主要病原,G9型和P(8(型为主要血清型;除此之外,杯状病毒亦是不可忽视的病原     

Diversity in the enteric viruses detected in outbreaks of gastroenteritis from Mumbai, Western India

Faecal specimens collected from two outbreaks of acute gastroenteritis that occurred in southern Mumbai, India in March and October, 2006 were tested for seven different enteric viruses. Among the 218 specimens tested, 95 (43.6%) were positive, 73 (76.8%) for a single virus and 22 (23.2%) for multiple viruses. Single viral infections in both, March and October showed predominance of enterovirus (EV, 33.3% and 40%) and rotavirus A (RVA, 33.3% and 25%). The other viruses detected in these months were norovirus (NoV, 12.1% and 10%), rotavirus B (RVB, 12.1% and 10%), enteric adenovirus (AdV, 6.1% and 7.5%), Aichivirus (AiV, 3% and 7.5%) and human astrovirus (HAstV, 3% and 0%). Mixed viral infections were largely represented by two viruses (84.6% and 88.9%), a small proportion showed presence of three (7.7% and 11%) and four (7.7% and 0%) viruses in the two outbreaks. Genotyping of the viruses revealed predominance of RVA G2P[4], RVB G2 (Indian Bangladeshi lineage), NoV GII.4, AdV-40, HAstV-8 and AiV B types. VP1/2A junction region based genotyping showed presence of 11 different serotypes of EVs. Although no virus was detected in the tested water samples, examination of both water and sewage pipelines in gastroenteritis affected localities indicated leakages and possibility of contamination of drinking water with sewage water. Coexistence of multiple enteric viruses during the two outbreaks of gastroenteritis emphasizes the need to expand such investigations to other parts of India.     

2011年济南市手足口病病原学检测结果分析

[目的]了解济南市手足口病病原学特征,为制定防治措施提供科学依据。[方法]对2011年济南市831例临床诊断手足口病病例标本,采用实时荧光RT-PCR法检测人肠道病毒(PE)、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)特异性核酸。[结果]831例手足口病患者标本中,肠道病毒总阳性率为76.05%,其中EV71、CoxA16和其他肠道病毒核酸阳性率分别为40.19%、18.29%和17.57%。肠道病毒阳性率,粪便标本为75.34%,咽拭子为93.75%(P<0.05);3岁最高(83.41%),≥10岁最低(54.55%);男性为77.10%,女性为74.38%(P>0.05);托幼儿童为83.00%,散居儿童为70.60%,学生为52.38%,其他为50.00%;平阴县最高(93.22%),商河县最低(46.88%)。粪便标本阳性率,病后24h内采集的为86.67%,1～3d采集的为83.11%,4～7d采集的为77.52%,8～14d采集的为62.50%,15～21d采集的为51.02%,22～37d采集的为35.71%(P<0.01)。[结论]EV71是济南市2011年手足口病的主要病原体,及时采集标本可以提高阳性检出率。