12个单核苷酸多态性位点与儿童急性淋巴细胞白血病易感性的关系

目的：鉴定国外全基因组关联分析（GWAS）报道的13 个儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）易感性单核苷酸多态性（SNPs）位点与中国人群的关系,为我国儿童ALL预测及诊治提供新策略。方法：采用微流体动态芯片（IFC）,通过Fluidigm的JunoTM分析系统,对191例ALL患儿和191例健康志愿者的13个ALL易感性相关候选SNPs位点进行基因分型。对照组进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验后采用χ2检验及logistic回归分析。结果：rs10849033 位点不满足Hardy-Weinberg遗传平衡,将该位点剔除。病例组与对照组风险等位基因频率存在明显差异的位点有位于ARID5B 基因的rs10821936（风险等位基因C频率为0.489,P ＜0.001,OR =1.692,95%CI =1.265～2.264）、rs10994982（风险等位基因A频率为0.598,P =0.016,OR =1.425,95%CI =1.068～1.901）,位于ZNF230 基因的rs7554607（风险等位基因A频率为0.721,P =0.002,OR =1.599,95%CI =1.179～2.169）,位于IKZF1 基因的rs11978267（风险等位基因G频率为0.191,P =0.001,OR =1.965,95%CI =1.301～2.968）、rs4132601（风险等位基因G频率为0.175,P =0.003,OR =1.871,95%CI =1.225～2.857）。结论：ARID5B 基因的rs10821936与rs10994982、ZNF230 基因的rs7554607位点多态性与我国儿童ALL发病相关,IKZF1 基因的rs11978267及rs4132601为我国儿童ALL潜在易感性位点。     

KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性分析

  目的   探讨KRAS基因多态性与云南汉族人群非小细胞肺癌发生发展及病理类型的相关性。  方法   选取455例非小细胞肺癌患者,391例健康对照作为研究对象。采用Taqman探针基因分型法对KRAS基因3’UTR区域3个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点rs12587（G > T） 、rs12245（A > C）、 rs1137282（A > G）进行基因分型。根据分型结果,分析等位基因、基因型及单倍型与非小细胞肺癌发生、病理类型（鳞癌、腺癌）和临床分期（I+II期、III+IV期）的相关性。  结果   rs12587（G > T）位点等位基因G在非小细胞肺癌组的分布频率显著高于对照组（P = 0.008,OR = 1.365,95%CI 1.086～1.716）;在显性模式下携带T等位基因的个体（G/T+T/T）患非小细胞肺癌的风险显著降低（P = 0.011,OR = 0.70 ,95%CI 0.53～0.92）。病例分层分析发现,鳞癌组与对照组的rs12587（G > T）位点等位基因和基因型频率,差异有统计学意义（P < 0.001、P = 0.001）;在显性模式下携带T等位基因的个体（G/T+T/T）患肺鳞癌的风险显著降低（P < 0.001,OR = 0.45 ,95%CI 0.30～0.68）。非小细胞肺癌病例组与对照组rs12245（A > C）位点等位基因分布频率及基因型,差异无统计学意义（P > 0.05）;在显性模式下携带A等位基因的个体（A/T+A/A）患非小细胞肺癌的风险显著降低（P = 0.028,OR = 0.73 ,95%CI 0.55～0.97）。病例分层分析发现鳞癌组与对照组的rs12245（A > C）位点等位基因和基因型频率,差异有统计学意义（P = 0.003、P = 0.001）;在超显性模式下,基因型为A/T的个体患肺鳞癌的风险显著降低（P<0.001,OR = 0.43 ,95%CI 0.28～0.67）。  结论  KRAS基因3’UTR区域SNP位点rs12587（G > T）等位基因G可能是云南汉族人群非小细胞肺癌及鳞癌发生的风险因素。SNP位点rs12245（A > C）等位基因A可能是云南汉族人群非小细胞肺癌发生的保护性因素。     

rs671和rs1801157基因多态性与云南汉族人群心肌梗死的易感性分析

目的对云南高海拔地区汉族人群rs671 和rs1801157 单核苷酸多态性（SNP）进行分析,探讨其与心肌梗死（MI）易感性的关系。方法Sequenom MassArray 系统基因分型方法对500 例云南高海拔地区汉族MI患者和350例对照组患者671和1801157的基因多态性进行检测,结合患者CAD/MI主要独立危险因素（性别、年龄、高血压、糖尿病、脂质浓度、肥胖程度、烟酒史及家族史等）,分析MI 与SNP变化之间的潜在关联性。结果rs671 和rs1801157 基因型在MI组和对照组中达到遗传平衡（P >0.05）。MI 组中rs671AA、AG 及A 等位基因频率与rs1801157的、及等位基因均高于对照组,而rs671的基因型和rs1801157的AA频率、等位基因低于对照组（P <0.05）。加性模型下,rs671 A等位基因能增加MI的患病风险[OR=2.57（95%CI：1.96,3.37）P <0.05],而 1801157基因型G等位基因能增加MI的患病风险[OR=2.68（95%CI：1.84,3.15）P <0.05];在显性模型下,671 A 等位基因能增加 MI 的患病风险[OR=3.69（95%CI：2.68,5.08）P <0.05];在隐性模型下,rs671和 rs1801157 与 MI 无相关,OR=3.86（95%CI：0.88,17.03, P=0.074）和 2.06（95%CI：0.68,4.89, P=0.12）。在非饮酒患者中 671 A 等位基因能增加 MI 的患病风险[OR=1.27（95%CI：1.05,2.93）P =0.032];在饮酒患者中 671A 等位基因不能增加 MI 的患病风险OR=1.58（95%CI：0.84,1.87,P =0.36）,在饮酒与否的患者中 rs1801157 均不增加MI 的患病风险。结论rs671 和rs1801157 位点的多态性变异与MI 遗传易感性相关,rs671A 和rs1801157 等位基因能增加MI 患者的患病风险。     

PD-L1基因多态性与肝癌易感性以及预后之间的关系

目的 研究PD-L1基因多态性与肝癌易感性以及患者预后之间的关系.方法 收集我院123例原发性肝癌患者和141例健康体检者的外周血淋巴细胞,应用直接测序法和PCR-SSCP检测PD-L1基因rs4143185,rs2890658和rs17718883三个位点的单核苷酸多态性.结果 rs2890658位点的AC基因型及rs17718883的CG基因型可以显著降低肝癌的发病风险(OR=0.43,P=0.035;OR=0.01,P＜0.001);而rs4143185的GG基因型可能增加肝癌的发病风险(OR=2.80,P=0.057).rs2890658位点AC+ CC和AA的中位生存时间分别为20个月和17个月(P =0.042);rs4143185位点的GC+ GG和CC中位生存时间分别为21个月和15个月,差异有统计学意义(P ＜0.001);COX回归分析显示rs4143185位点的突变基因型都可以获得好的预后,差异有统计学意义(HR＜1;且P＜0.05).结论 PD-L1基因rs2890658和rs17718883两个位点的SNP与肝癌的易感性有关,而rs2890658和rs4143185位点的SNP可能与肝癌的预后有关.     

多个单核苷酸多态性位点与食管癌和胃癌患病风险的相关性分析

目的 探讨多个单核苷酸多态性与食管癌和胃癌的关系,寻找在中国河南省汉族人群中食管癌和胃癌的共同遗传风险位点.方法 选择河南省肿瘤医院收治的食管癌患者500例,胃癌患者和健康体检者各600例,挑选了7个单核苷酸多态性(SNP)位点,采用Sequenom MassARRAY SNP基因分型技术进行基因分型.通过无条件逻辑回归计算相对优势比(OR)及其95％的置信区间(95％CI).结果 在等位基因模型下,有2个SNP位点与食管癌的患病风险相关,分别是rs4785204(OR=1.43,95％CI:1.12～1.85,P=0.01)和rs4924935位点(OR=o.76,95％CI:0.61～0.99,P=0.04).有4个SNP位点与胃癌的患病风险相关,分别是rs13361707(OR=1.23,95％CI.1.13～1.56,P=0.00)、rs4779584(OR=1.25,95％CI.1.11～1.58,P=0.04)、rs4785204(OR=1.24,95％CI:1.03～1.49,P=0.03)和rs4924935位点(OR=0.76,95％CI:0.60～0.99,P=0.04).在遗传模型分析中,发现有4个位点与食管癌的患病风险明显相关(P＜0.05),分别是rs6687758、rs401681、rs4785204和rs4924935位点;有3个位点与胃癌的患病风险相关(P＜0.05),分别是rs13361707、rs4779584和rs4785204位点.结论 中国河南省汉族人群中多个SNP位点与食管癌和胃癌的遗传易感性有关联,rs4785204和rs4924935位点的遗传变异可能同时在食管癌和胃癌的发生、发展中起到重要作用.     

TAB2基因多态性与中国西南汉族人群隐睾症易感性的相关性研究

  目的  初步探讨TAB2（transforming growth factor-beta activated kinase 1 binding protein 2）基因与中国西南地区汉族人群隐睾症发病的相关性。  方法  选取西南地区259名隐睾患者和355名成年男性健康对照,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法,对TAB2基因的3个标签单核苷酸多态性位点（tag single nucleotide polymorphism, tag SNP）rs237028、rs521845、rs652921进行基因分型,并采用卡方检验分析3个tag SNP位点与隐睾症发病的关系。  结果  本实验的3个tag SNP位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,限制性酶切实验分型结果与Sanger测序结果一致。TAB2 rs237028位点的G等位基因在隐睾组中的频率高于对照组（30.9% vs. 25.6%,P=0.04,OR=1.31,95%CI:1.01～1.70）,在显性遗传模型中AG/GG基因型携带者罹患隐睾症的风险升高（P=0.006,OR=1.57,95%CI:1.14～2.17）。在隐睾组中rs652921位点的TC/CC基因型频率高于对照组,差异有统计学意义（75.3% vs. 67.0%,P=0.03;OR=1.50,95%CI:1.05～2.14）。未观察到rs521845与中国人群隐睾遗传易感性的相关性。  结论  TAB2基因rs237028的AG/GG基因型和rs652921的TC/CC基因型可能与中国西南地区汉族人群罹患隐睾症的风险性增加相关。     

TIM-4基因多态性与儿童哮喘的关联分析

目的研究TIM-4基因rs6874202位点和rs62382402位点单核苷酸多态性和儿童哮喘易感性之间的关系。方法选取浙江台州地区的汉族哮喘患儿169例,平均年龄（5.90±2.54）岁,同期健康体检儿童117例,平均年龄（6.27±2.79）岁。采用DNA直接测序法分析TIM-4基因rs6874202位点和rs62382402位点的多态性。结果哮喘组rs6874202位点的TT+CT基因型频率为47.9%,对照组为34.2%,两组间差异有统计学意义（χ2=5.348,P=0.021,OR=1.772,95%CI 1.089～2.883）;哮喘组T等位基因频率为27.5%,对照组为20.1%,两者比较差异有统计学意义（χ2=4.129,P=0.042,OR=1.510,95%CI 1.013～2.251）。两组间rs62382402位点基因型以及等位基因分布频率的差异均无统计学意义（χ2=2.072、1.873,P>0.05）。结论 TIM-4基因rs6874202位点的单核苷酸多态性和与浙江台州地区儿童哮喘的易感性相关,rs62382402位点的单核苷酸多态性多态性与儿童哮喘的易感性无关。     

锌指蛋白804A基因多态性与精神分裂症及其药物疗效关系的Meta分析

目的 评价锌指蛋白804A( ZNF804A)基因rs1344706和rs4667001位点多态性与精神分裂症的关联性,rs1344706位点多态性与抗精神病药物疗效的相关性.方法 在Medline、CNKI等中英文数据库中检索,获取关于ZNF804A基因多态性与精神分裂症及其药物疗效的文献,筛选文献并对纳入文献进行质量评分和数据提取,使用RevMan 5.1软件进行Meta分析.结果 rs1344706的T等位基因频率在精神分裂症组中高于对照组[OR =1.13,95％CI(1.06 ～ 1.21),P=0.0003];rs4667001的G等位基因频率在精神分裂症组中高于对照组[OR=1.14,95％CI(1.04 ～ 1.26),P=0.005];rs1344706的不同等位基因携带者的第四周PANSS量表减分率差异无统计学意义.结论 ZNF804A基因的rs1344706 T等位基因和rs4667001 G等位基因与精神分裂症易感性相关,rs1344706位点多态性与抗精神分裂症药物疗效无关.     

Ⅰ型干扰素受体1单核苷酸多态性与结核病易感性的关联性

目的 探究Ⅰ型干扰素受体1(typeⅠinterferon receptor 1,IFNAR1)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与结核病易感性的关系。方法 应用病例-对照研究方法,以深圳市第三人民医院1 533例活动性结核病患者(包括1 432例肺结核、101例肺外结核)作为病例组,1 445例健康人群作为对照组。运用MassARRAY飞行时间质谱技术,通过检测Ⅰ型干扰素(interferon,IFN)基因rs72552343、rs2834191、rs1012334、rs17875752、rs2843710、rs1041868位点基因型,分析两组间SNP等位基因频率差异,同时进一步比较肺结核与肺外结核病患者rs72552343 TCC/Del位点等位基因频率差异。结果 用MassARRAY飞行时间质谱技术可以有效地检测6个SNP位点基因型。在6个SNP位点中,发现仅rs72552343 TCC/Del位点等位基因频率在活动性结核组和对照组中差异有统计学意义(P<0.05),结核病患者rs72552343 TCC/Del位点TCC等位基因频率显著增高(OR=0.46;95%CI=0.31~0.70;P=0.0002),其他5个SNP等位基因频率在两组之间差异无统计学意义(P>0.05)。另外,发现肺外结核病患者rs72552343 TCC/Del位点TCC等位基因的频率与肺结核病患者差异无统计学意义(OR=0.88;95%CI=0.20~3.74;P=0.86)。结论 IFN基因rs72552343 TCC/Del位点 SNP与结核易感性相关,其TCC等位基因为结核易感基因,但携带TCC等位基因的个体患活动性肺结核与肺外结核的风险一致。     

生长激素受体基因多态性与特发性矮小遗传易感性的关系

目的探讨人生长激素受体(GHR)基因的单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族人群特发性矮小(ISS)遗传易感性的关系。方法采用病例对照法,在199例ISS患儿(ISS组)和469名身高正常成人(对照组)中,对GHR基因16个SNP位点进行基因分型和比较,筛查阳性SNP位点(特异基因型频率差异有统计学意义),分析阳性SNP位点基因型与ISS发病风险及血清胰岛素样生长因子1(IGF-1)等相关临床变量的关系。结果在ISS组和对照组中,发现3个阳性SNP位点rs6182(P=0.027)、rs4410646(P=0.01)和rs10044169(P=0.024)。①rs6182(G/T):在T显性模式下,TT和GT基因型的ISS发病风险降低(OR=0.624,95%CI:0.402~0.969,P=0.021)。②rs4410646(A/C):在C显性模式下AA基因型的ISS发病风险降低(OR=0.674,95%CI:0.475~0.958,P=0.016);该位点的多因素Logistics回归分析显示,以CC基因型为参照,血清IGF-1与基因型AA(OR=1.011,95%CI:1.002~1.020,P=0.018...     

乳腺癌易感基因相互作用蛋白1基因功能区单核苷酸多态性与宫颈癌的相关性研究

目的：探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1基因（BRIP1）功能区5个单核苷酸多态性（SNP）位点与宫颈癌的相关性。方法严格按照诊断标准,采集无亲缘关系宫颈癌患者309例（病例组）及健康体检者（对照组）315名静脉血,提取基因组DNA,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测5个SNP的基因型,采用SPSS11.5及Haploview4.2软件分析各基因型、等位基因及单倍型频率在两组中的差异。结果宫颈癌组与正常对照组的BRIP1基因rs4986764（外显子18）及rs7213430（3＇非翻译区）位点基因型及等位基因频率分布差异有统计学意义（P〈0.05）。宫颈癌组rs4986764位点C等位基因频率显著高于对照组（P=0.036,OR=1.294,95%=1.017-1.647）;宫颈癌组 rs7213430位点 A 等位基因频率显著高于对照组（P=0.003,OR=1.435,95%CI=1.133-1.818）。连锁不平衡分析发现一个单倍型（rs11079454-rs7213430-rs4986763）高度连锁（D＇〉0.9）,宫颈癌组T-A-C单倍型频率显著高于对照组（P=0.018）。结论 BRIP1基因功能区rs4986764及rs7213430 SNP位点可能与宫颈癌有关,携带有rs4986764 C等位基因及rs7213430 A等位的个体可能更容易患宫颈癌。     

FGFR2rs2981582多态性与青海藏族人群乳腺癌的相关性研究

目的 探讨FGFR2 rs2981582多态性与青海藏族人群乳腺癌的相关性.方法 收集35例青海地区藏族乳腺癌患者和35例青海地区藏族健康人外周血,提取其DNA,用PCR和DHPLC方法对FGFR2基因rs2981582位点进行检测,分析其基因型及等位基因频率在青海藏族乳腺癌患者和正常人群中的分布,探讨其与青海藏族人群乳腺癌的相关性.结果 FGFR2基因rs2981582基因型及等位基因频率在研究组和对照组间有统计学差异（P＜0.05）,且携带T等位基因者乳腺癌发生的危险性增加（OR=2.5,95%CI=1.285-5.015）.结论 FGFR2 rs2981582多态性可能与青海藏族人群乳腺癌存在相关性,且携带T等位基因者乳腺癌发生的危险性增加.     

Tim-4基因rs7700944位点多态性与宁夏回族人群RA的关联性分析

目的对宁夏回族人群Tim-4基因rs7700944位点多态性与类风湿关节炎(RA)的关联性进行分析,旨在为RA的早期预防提供理论依据。方法采用限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对宁夏回族210例RA患者(RA组)和198名健康个体(对照组)Tim-4基因rs7700944位点进行基因型检测及分析。结果在对照组及RA组间,基因型频率(χ2=29.051)及等位基因频率(χ2=14.106)的分布差异均有统计学意义(P<0.01);等位基因A的频率在对照组中显著高于RA组,OR(95%CI)为0.549(0.400～0.752);而等位基因G的频率在对照组中显著低于RA组,OR(95%CI)为1.823(1.330～2.498)(P<0.01)。结论 Tim-4基因rs7700944位点多态性与宁夏回族人群RA的发生具有关联性,其中等位基因G为宁夏回族人群易患RA的危险因子,而等位基因A为保护因子。     

转化生长因子β1基因rs2317130单核苷酸多态性与结核病易感性的关联分析

目的 探究转化生长因子β1（transforming growth factor β1, TGF -β1）基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）与结核病易感性的关系,为结核病的诊断和治疗提供更多的参考依据。方法 通过病例-对照（case-control）研究方法,以深圳市第三人民医院1 533例确诊的活动性结核病患者作为病例组（男980例,女553例）,选取同期在该院体检的1 445例人员作为健康对照组。通过飞行时间质谱仪（TOF-MS）检测TGF-β1基因6个SNP位点rs2317130、rs17516265、rs8110090、rs3087453、rs2278422、rs1800469基因型,通过比较两组间SNP等位基因频率差异,初步筛选出与结核病易感性相关联的SNP位点。用结核分枝杆菌标准株H37Rv刺激不同基因型的健康人外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cell, PBMCs）,ELISA检测上清中TGF-β1含量,进一步验证TGF-β1基因SNP位点与结核易感性的关系。结果 在6个SNP位点中发现仅 rs2317130 C>T 位点等位基因频率在活动性结核组和对照组中差异有统计学（P<0.05）,结核病患者rs2317130 C>T位点C等位基因频率显著增高（OR=1.14;95%CI=1.03~1.26;P<0.01）,其他5个SNP等位基因频率在两组之间差异无统计学意义（P>0.05）。此外,ELISA实验结果表明,rs2317130 SNP位点CC纯合子基因型的患者TGF-β1表达量显著高于其他基因型（CT杂合子和TT纯合子基因型）,TGF-β1表达量上调可加速结核病发展,进一步证实rs2317130位点C等位基因为结核易感基因。结论 TGF-β1基因rs2317130 C>T位点与结核易感性相关,其C等位基因为结核易感基因,即携带C等位基因人群患结核风险升高。     

胃癌中Piwil1基因启动子区rs28416520位点单核苷酸多态性及其临床意义

目的 分析Piwil1基因启动子区域的单核苷酸多态性（SNP）和胃癌的相关性。方法 利用实时定量PCR检测3例胃癌患者肿瘤组织中Piwil1 mRNA的表达,并通过肿瘤转录组测序数据库分析胃癌组织中Piwil1 mRNA的表达水平。采用PCR克隆出Piwil1基因启动子区的序列,直接测序法测定24例胃癌患者和29例健康对照者的基因多态性,并使用SnapGene软件对测序结果进行分析。结果 对Cancer RNA-Seq Nexus数据库查询结果和3例胃癌患者肿瘤组织和癌旁组织的实时定量PCR检测结果进行分析,发现胃癌组织中Piwil1基因表达量较癌旁组织高。检测到Piwil1基因启动子两个CpG区域的7个SNP位点,发现仅有一个SNP位点和胃癌有相关性。CpG 67区域rs28416520位点基因型GG、GA、AA在胃癌组中的频率分别为79.2%、16.7%、4.1%,在健康对照组中分别为37.9%、55.2%、6.9%,胃癌组GG基因型频率显著高于对照组（OR=0.144,95%CI：0.045~0564,χ2=9.071,P<0.01）。胃癌组rs28416520等位基因G的频率显著高于对照组（87.5% vs 65.5%;OR=0.271,95%CI：0.099~0.766, χ2=6.856,P<0.01）。其它6个SNP位点在胃癌组和正常组之间没有显著差异。结论 Piwil1基因启动子 CpG 67区域rs28416520位点基因型GG和等位基因G与胃癌发病风险升高相关,且Piwil1基因在胃癌肿瘤组织中表达升高。     

TAAR6基因多态性与精神分裂症关联性的Meta分析

目的:探讨人群中TAAR6基因多态性与精神分裂症的关联,阐明TAAR6基因与精神分裂症的关系。方法:通过计算机检索PubMed、Cochrance、中国知网(CNKI)和万方数据库,检索TAAR6基因多态性与精神分裂症关联的相关文献。检索时间为1994年1月—2013年5月公开发表的文献。根据纳入标准对相关文献进行筛查,选出合适的文献,提取文献中的数据。以比值比(OR)和95%可信区间(95%CI)为效应指标。采用RevMan 5.1软件对各项研究原始数据进行统计学分析,包括异质性检验、合并效应量以及评估发表偏倚。结果:按照纳入标准共有5篇文献符合条件,共选取了5个位点进行Meta分析,rs8192625位点的等位基因合并OR=0.93,95%CI=0.81~1.07,P=0.32;基因型合并OR=0.88,95%CI=0.76~1.02,P=0.08。rs4305745等位基因合并OR=0.96,95%CI=0.90~1.03,P=0.29;基因型合并OR=1.03,95%CI=0.92~1.14,P=0.62。rs6903874位点的等位基因合并OR=0.95,95%CI=0.86~1.04,P=0.27;基因型合并OR=0.93,95%CI=0.84~1.04,P=0.20。rs6937506位点的等位基因合并OR=0.95,95%CI=0.86~1.04,P=0.27;基因型合并OR=0.93,95%CI=0.83~1.03,P=0.17。rs7772821位点的等位基因合并OR=0.96,95%CI=0.87~1.05,P=0.35;基因型合并OR=0.96,95%CI=0.86~1.07,P=0.47。结论:人群中TAAR6基因5个位点的等位基因和基因型多态性与精神分裂症无关联,提示TAAR6基因多态性可能与精神分裂症无关联。     

PTEN基因多态性与抑郁症风险的相关性研究

正抑郁症患者的临床特征主要包括持续缓慢的思维、抑郁情绪以及认知障碍,对日常生活活动的兴趣下降~([1])。抑郁症的发病机制复杂,与多种因素有关,如年龄、性别、婚姻状况、种族、教育、环境和遗传因素等,其中遗传因素是目前研究者们关注的热点之一。PTEN基因(gene of phosphate and tension homology deleted on chrom-some ten,PTEN)是一种肿瘤抑制