贵州省2014-2017年H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因的分子特征和感染风险。方法 对2014－2017年贵州省获取的18例确诊人感染H7N9病例和6份环境样本分离的H7N9病毒株的HA和NA基因进行扩增,运用生物信息学软件解析其变异和遗传进化。结果 2014－2015年贵州省2株毒株与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013疫苗株HA和NA基因的同源性最高,分别为98.8%～99.2%和99.2%;2016年2株和2017年14株与A/Hunan/02650/2016疫苗株同源性最高,分别为98.2%～99.3%和97.6%～98.8%;2017年其余6株与A/Guangdong/17SF003/2016疫苗株同源性最高,为99.1%～99.4%和98.9%～99.3%。所有毒株均属于长江三角洲分支,但主要聚集为3个次分支。2017年贵州省西部有6株毒株（含2例人感染病例毒株）裂解位点存在插入突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,具备高致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合关键位点存在A134V、G186V和Q226L突变,NA蛋白颈区“QISNT”均缺失,毒株A/Guizhou-Danzhai/18980/2017发生耐药突变R294K,9株毒株NA蛋白糖基化位点发生NCS42NCT突变。结论 2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因存在遗传差异,关键位点的变异增强了病毒对人体的易感性和毒力,部分毒株发生耐药突变,其感染与致病风险增加。     

H7N9禽流感病毒重组质粒构建及应用

目的构建一种含H7N9禽流感病毒全长血凝素/神经氨酸酶/基质蛋白（HA/NA/M）基因的重组质粒,为核酸检测方法提供一种通用的阳性定量标准品。方法设计H7N9禽流感病毒HA、NA及M抗原基因全长开放阅读框的克隆引物,提取H7N9禽流感病毒总RNA后用实时荧光定量PCR获得相应片段,用3次酶切连接方法,依次插入到pGEM-T easy质粒,进行测序确认;线性化后的重组质粒用T7 RNA聚合酶进行体外转录,RNA转录产物纯化后测定浓度,用实时荧光定量PCR构建标准曲线进行验证。结果HA、NA和M基因扩增片段大小分别约为1.7、1.3、1.1 kb,与预期相符;构建的重组质粒pGEM-HA-NA-M插入片段的测序结果与GenBank 公布序列一致;由重组质粒体外转录获得同时含有H7N9禽流感病毒HA、NA、M全长开放阅读框序列的RNA片段质量浓度为399.5 ng/μL,梯度稀释后用3种实时荧光定量PCR方法均获得了良好的标准曲线。结论成功构建重组质粒pGEM-HA-NA-M,由此质粒体外转录获得的RNA片段可作为H7N9禽流感病毒核酸快速检测方法通用的阳性定量标准品。     

2016年盐城市1例人感染H7N9禽流感病毒HA、NA基因变异分析

目的 了解盐城市禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因分子进化特征,为更好预防和治疗人感染禽流感H7N9病例提供科学依据。方法 通过荧光定量PCR方法对标本进行流感病毒分型检测,对禽流感H7N9病毒荧光PCR阳性的标本,采用一步法RT-PCR方法对H7N9病毒HA基因和NA基因全长编码区进行扩增,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 盐城市禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因有着独特的进化方式,A/JSYC/1/2016(H7N9)病毒株HA裂解位点附近氨基酸序列为PEIPKGR/GL,属于低致病性禽流感病毒。HA基因编码蛋白受体结合位点出现了G186V、Q226L氨基酸位点的变化,增强了病毒对人的感染能力,NA基因编码蛋白主要可能的神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生E120G、R153K、H276Y、R294K的变异。结论 2016年盐城市禽流感H7N9病毒株HA基因和NA基因处于基因点突变的抗原漂移变化中,某些变异位点具备了感染人的某些分子特征。     

北京市某区1例人感染H7N9禽流感病毒的HA和NA基因特征分析

目的 了解北京市某区1例人感染H7N9禽流感病毒基因特征,为禽流感病例的早期发现、疫情控制提供参考。方法 提取病例临床样本病毒核酸,反转录扩增后进行病毒血凝素基因(hemagglutinin, HA)、神经氨酸酶基因(neuraminidase, NA)序列测定。获得的病毒序列与全球流感共享数据库中H7N9禽流感病毒株进行序列分析,比较该病毒与北京市既往发现株和其他省市毒株同源性,构建系统发育树,并对部分耐药位点和糖基化位点进行分析。 结果 北京市某区1例H7N9禽流感病毒为低致病性禽流感。HA、NA与北京既往发现的29株毒株氨基酸同源性为97.2%~100%和96.8%~100%,基于系统进化分析与之最为相近的疫苗株为A/Hunan/02650/2016。HA蛋白受体结合位点发生了G186V、Q226L突变,HA和NA的糖基化位点均未发生变化。 结论 该区出现的H7N9病毒与北京地区既往发现H7N9毒株具有高度同源性,部分氨基酸位点存在变异,但未发生耐药突变。     

2015-2017年贵州省威宁13株H9N2亚型禽流感病毒HA基因序列分析

目的 了解2015-2017年贵州省威宁H9N2亚型禽流感病毒的分子特征,为禽流感病毒的研究与防控提供依据。方法 对选取的13株病毒进行核酸的提取、血凝素基因(hemagglutinin,HA)的扩增和测序,运用生物信息学软件对H9N2禽流感病毒(AIV)HA基因的同源性、遗传进化、受体结合关键位点、致病相关位点和糖基化位点变异情况进行分析。结果 13株H9N2AIV的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.1%~99.9%和95.7%~100%,均属于DK/HK/Y280/97分支。HA基因与致病性高低相关的裂解位点区域2株为PSRSNR↓GLF,11株为PSRSSR↓GLF,均属于低致病性毒株。与传播感染相关的受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征。13株毒株HA均含7个与毒力相关的糖基化位点,218位点均存在一个糖基化位点缺失,313位点均存在一个糖基化位点的增加。结论 贵州省威宁县H9N2AIVs属于DK/HK/Y280/97系,均为低致病性禽流感病毒,存在人易感位点,病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

新型人感染H7N9禽流感病毒病原学研究进展

2013年中国暴发的新型人感染H7N9禽流感引起了全世界的关注。本文通过整理目前已发表在数据库（PubMed）上的新型人感染H7N9禽流感病原学方面文章,对关于该病毒核酸检验、序列分析、溯源研究,以及其致病力、耐药性和传播力研究等方面已经明确的结论进行综述。该病毒核酸可以通过各种数量实时定量PCR方法检测,有较好的敏感度和特异性,能较快获得检测结果,其中逆转录实时荧光定量PCR仍是目前检测的主流方法。该病毒来自于禽类,对禽类属于低致病性病毒,但经过近几年的多次重组事件后,已能和人呼吸道受体α-2,6Gal结合,并可通过直接接触传播感染人类引起较为严重的临床过程。除H7N9之外,其他新重组形成H7亚型,如H7N7,亦具有较高的哺乳动物感染力,因此需加强对禽流感病原监测。相比容易感染青少年的高致病性人禽流感H5N1病毒,新型H7N9病毒更易引起老年人的严重呼吸系统症状。虽然已经出现耐神经氨酸抑制剂毒株,但是该病毒临床仍可用奥司他韦等药物进行治疗,目前已发现其他药物可以抑制耐药与非耐药毒株在体内的复制。如出现聚集性病例,其感染来源可能存在共同暴露史,但亦不能排除存在有限的、非持续的人传人可能。     

2013-2017年苏州市H7N9禽流感病毒流行特征及耐药突变监测分析

目的 分析2013-2017年苏州市人感染H7N9亚型禽流感病毒疫情流行特征,获取神经氨酸酶基因数据进行耐药变异分析。方法 应用实时荧光定量-聚合酶链反应（real-time PCR）方法检测疑似病例咽拭子标本甲/乙型及H7N9亚型流感病毒核酸。H7N9阳性标本送中国疾病预防控制中心所属国家流感中心进行病毒分离和神经氨酸酶基因测序分析。结果 2013年4月~2017年5月间苏州市共报告82例人感染H7N9禽流感实验室确诊病例,苏州人感染H7N9病毒总体病死率为41.46%（34/82）。患者中位年龄为58岁,男女性别比例约为2.9：1（61/21）。85.37%（70/82）的确诊患者发病前有活禽暴露史。序列分析表明神经氨酸酶基因同源性为97.7%~100.0%。A/Suzhou/88/2016（H7N9）和A/Suzhou/54/2016（H7N9）分别发生H274Y及R292K耐药突变。A/Suzhou/63/2016（H7N9）等部分分离株NA蛋白出现42位潜在糖基化位点缺失。结论 H7N9病毒仍在不断进化,直接接触活禽或被病毒污染的环境是人感染H7N9病毒的主要途径;有必要密切监测可能出现的耐药突变及耐药毒株的扩散。     

人感染H7N9禽流感流行病学研究进展

禽流感病毒引起医学界重视始于1957年,我国内地自1977年正式开展禽流感病毒研究。根据禽流感病毒对鸡或火鸡致病性不同,一般将禽流感病毒分为高致病性、中致病性、低／非致病性。高致病性主要指H5和H7亚型中若干毒株,中致病性主要指H9N2和H6N8亚型中一些毒株,其余的均为低／非致病性。     

南宁市1株人感染高致病H7N9禽流感病毒遗传特性分析

目的通过对广西省南宁市2017年首例人感染高致病H7N9禽流感病毒株血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)基因测序,从分子水平分析毒株的溯源及遗传特性。方法通过RT-PCR扩增H7N9禽流感毒株HA基因和NA基因并测序,经NCBI数据库BLAST比对,利用MEGE 5.1等软件构建进化树及统计蛋白关键位点的变异情况。结果系统进化树表明中国H7N9毒株HA基因与NA基因主要为2个类群,长三角分支和珠三角地区分支,南宁毒株A/Nanning/01/2017(H7N9)HA和NA基因均在珠三角分支上,与广东毒株高度同源。病毒HA蛋白裂解位点插入4个氨基酸由PEIPKGR↓GLF突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,含有5个碱性氨基酸,使其具有高致病性禽流感病毒的分子特征;毒力相关位点225由天冬氨酸(D)突变为甘氨酸(G)(D225G),毒力增强;受体结合186位点由甘氨酸(G)突变为缬氨酸(V)(G186V);飞沫传播关键氨基酸位点没有发生突变组合;糖基化位点高度保守。NA蛋白丢失5个氨基酸,毒力可能增强,耐药性位点、糖基化位点均相对保守,未发生突变。结论南宁市人感染H7N9禽流感病毒可能来源于广东省珠三角地区禽类的感染,人传人的可能性不大,对NA抑制剂药类敏感,但毒株已经具有高致病性禽流感病毒的分子特征,毒力增强。南宁市外环境已经检测到H7N9核酸阳性标本,提示需要加强监测有效防控传染源。     

2013 - 2017年山东省人感染H7N9禽流感流行特征分析

目的 分析山东省2013 - 2017年人感染H7N9禽流感流行特征和外环境应急监测结果,探讨影响人感染H7N9禽流感疫情传播的因素。方法 收集2013 - 2017年确诊的人感染H7N9禽流感病例的流行病学和外环境应急监测资料进行描述性研究。结果 研究期间,山东省共报告29例人感染H7N9禽流感病例,死亡12例,病死率41.38%。病例以冬春季节高发,病例年龄中位数为55岁,男女比例为6.25∶1,86.21%的病例有活禽或者活禽市场接触史,活禽市场外环境标本检测阳性率为9.30%。结论 山东省人感染H7N9禽流感冬春季高发,病例呈现高度散发状态,病毒具有一定人传人能力,禽类和活禽市场接触是主要的感染途径,职业人群和农村地区病例有所增多。     

H7N3 live attenuated influenza vaccine has a potential to protect against new H7N9 avian influenza virus

After recent emergence of new avian influenza A(H7N9) viruses in humans many people and Governments are asking about H7 influenza vaccine which could provide cross-protection against new viruses, until H7N9 vaccine is prepared from a relevant strain. Here we scientifically justify that available H7N3 live attenuated influenza vaccine (LAIV) can be protective against H7N9 viruses due to the presence of conserved immune epitopes in its hemagglutinin. We used Immune Epitope Database analysis resource to predict B-cell and CTL epitopes distributed across H7N3 HA molecule and assessed their identity with new H7N9 viruses at near 70% and 60% of the epitopes, respectively. In addition, we tested serum samples of volunteers participated in phase I clinical trial of H7N3 LAIV for the presence of anti-H7N9 hemagglutination-inhibition and neutralizing antibodies and found seroconversions in 44.8% of vaccinated persons, which suggests the potential of H7N3 LAIV to protect against new H7N9 avian influenza viruses.     

安徽省2013-2018年活禽市场H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因遗传特征

目的  分析2013年-2018年安徽省外环境中H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异特征。 方法  将所有安徽省禽流感外环境监测点搜集的H9N2亚型核酸阳性样本接种鸡胚分离病毒,病毒RNA逆转录为cDNA后用特异性引物进行扩增,聚合酶链式反应产物通过基因测序后获得HA基因序列,应用分子生物学软件进行分析;使用DATAMONKEY在线服务器进行基因选择压力分析,并使用SWISS-MODLE软件构建分子突变三维构象。 结果  获得33株H9N2 AIVs属于h9.4.2.5进化分支,受体结合位点183、226和227位置分别突变为N、L和M,189和190位置存在多样性;2015年以后分离的毒株均携带6个糖基化位点;选择压力分析得出160位置承受较大的正向选择压力,至少呈现7种空间构象。 结论  安徽省外环境中存在的H9N2亚型AIVs具有感染哺乳动物的分子特征并具备抗原漂移能力,需密切关注该病毒的分子变异特征。     

我国H7N9禽流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因的分子进化分析

  目的  通过对安徽省安庆市人感染H7N9禽流感外环境标本检测,分析外环境中病毒污染情况,研究判断人感染H7N9的风险,为制定防控措施提供依据。  方法  于2017年1月5日 — 2月22日,采用完全随机抽样的方法,采集安庆市38家农贸市场、4例确诊人感染H7N9禽流感病例居家禽类相关标本共324份,用实时荧光定量RT-PCR方法进行甲型流感病毒通用核酸检测,对阳性标本进一步进行H7N9检测。  结果  安庆市H7N9禽流感病毒阳性率28.40 %,11个县（市、区）中有10个检出H7N9病毒阳性,阳性率90.90 % （10/11）。主城区阳性率37.68 %（26/69）高于非主城区,差异有统计学意义（χ² = 9.23,P < 0.05）;鸡、鸭、鸽子标本中,鸡标本阳性率最高31.75 %（80/252）,差异有统计学意义（χ² = 6.57,P < 0.05）;农贸市场来源的标本阳性率为29.77 %（92/309）,病例家来源的标本阳性率为0,差异有统计学意义（χ² = 6.24,P < 0.05）;不同类型标本中,咽拭子和肛拭子阳性率最高,分别为42.86 %（9/21）和40.00 %（2/5）,其次为饮水和污水;发生人感染病例前外环境标本阳性率38.71 %（12/31）高于发生后,但2者间的差异无统计学意义（χ² = 1.79,P > 0.05）。  结论  安庆市农贸市场存在H7N9禽流感病毒污染。     

中国2013-2017年人感染H7N9禽流感的流行病学特征

目的 对我国人感染H7N9禽流感的流行病学特点进行分析,为H7N9禽流感的预防控制提供依据。方法 以2013年3月至2017年4月公开发表的人感染H7N9禽流感数据为对象,利用Excel 2007软件对数据进行统计学分析,描述其三间分布、暴露史及聚集性。结果 中国共确诊人感染H7N9禽流感病例1 416例,死亡559例,病死率为39.5%,2016年病例最少（127例）,病死率最高（57.5%）;报告病例前三位的省份主要是浙江、广东、江苏;发病年龄M＝55岁,男女性别比为2.3∶1,男性病例远多于女性。66%的病例在发病前确定有活禽相关暴露史,31%的病例暴露情况不详,仅有3%的病例无相关活禽暴露史。共发生35起家庭聚集性病例,共涉及72例病例,占总发病例数的5%。结论 H7N9禽流感疫情有较明显的季节分布及区域分布特点;存在有限的家庭聚集性;感染病例多与禽类接触有关。     

广西南宁市一起家庭聚集性人感染H7N9禽流感疫情的调查

目的 探讨南宁市一起人感染H7N9禽流感的传播模式。方法 应用现场流行病学方法调查2例病例及其82名密切接触者, 对采集的相关标本进行H7N9禽流感病毒核酸检测和病毒分离, 并分析基因序列和进化树同源性。结果 病例A在最后一次暴露于广东中山市活禽市场后4 d于当地发病, 并在发病后第2天返回广西南宁市横县家中。病例B(病例A之子, 5岁)无明确禽类接触史, 但与病例A同居一室密切接触, 4 d后发病。从2例中均分离出H7N9禽流感病毒, 2株病毒基因序列和系统进化树分析具有高度同源性, 且关系最近。指示病例(病例A)的其他81名密切接触者未出现人感染H7N9禽流感病毒症状。结论 二代病例(病例B)可能在无防护情况下密切接触指示病例而感染, 提示H7N9禽流感病毒可通过人-人传播, 但其传染力有限且非持续性。     

2017年江西省人感染H7N9禽流感疫情期间试点地区活禽市场病毒污染现况及干预效果分析

目的 了解2017年上饶市人感染H7N9禽流感疫情期间活禽市场禽流感污染状况,并评价采取休市、清洗消毒等措施后的卫生效果,为今后制定禽流感防控策略提供依据。方法 通过检测病例暴露溯源、活禽市场日常禽流感监测以及不同干预期采集的标本,分析外环境中禽流感病毒污染状况及卫生措施效果。结果 2017年上饶市活禽市场关闭后无新发病例;病例溯源活禽市场A型和H7型的阳性率均高于家禽散养户,差异均有统计学意义(χ2值分别为39.16、31.26,P＜0.05);溯源活禽市场A型和H7型禽流感的阳性率均高于日常监测,差异均有统计学意义(χ2值分别为7.68、10.96,P＜0.05);采取休市2周较休市1周和休市前,A型和H7型的阳性率呈明显下降,且休市1周和2周的风险值呈逐渐下降,其中A型 1周和2周的风险值分别为0.301(0.192～0.472)和0.077(0.048～0.142),均有统计学意义(P＜0.05),H7型在1周和2周的风险值分别为0.251(0.162～0.390)和0.021(0.008～0.055),均有统计学意义(P＜0.05);复市1周内A型和H7型阳性率均处于较低水平,未出现明显上升。结论 采取2周以上的休市措施能有效降低外环境中禽流感病毒污染和人群的暴露风险,全面关闭活禽市场对疫情的控制有十分的重要作用。     

人感染H7N9禽流感的流行特征

目的：对我国发生人感染 H7N9禽流感的流行病学特点进行分析,为H7N9禽流感的预防控制提供依据。方法人感染 H7N9禽流感确诊132例的病例相关数据来源于2013年3－5月中国国家卫生和计划生育委员会网站（http：／／www ．chinapop ．gov ．cn／yjb／h7n9／list ．shtml）和我国台湾地区卫生署疾管局网站（http：／／www ． cdc ．gov ．tw／）,通过Excel 2007软件进行统计分析,总结其发病地点、时间、患者性别和年龄分布、临床症状轻重等因素。结果132例H7N9禽流感确诊病例基本为散发状态,绝大多数发生在华东地区,浙江、上海和江苏3省市较多,各占34．85％、25．00％、20．45％;病例数在前3周呈上升趋势,第3周峰值达47例,随后逐渐下降,至第6周后基本无新增确诊病例;男女性别比为2．34∶1,男性病例远多于女性;年龄分布在4～91岁,以中老年人为主,＞45岁确诊病例占75．76％;确诊病例大部分表现为重症或病死,该两者占76．52％,其中死亡38例,病死率达28．79％。结论人感染H7N9禽流感确诊病例的流行病学特征与其他禽流感例如 H5N1显然不同,具体原因有待于进一步研究确定。     

人感染H7N9禽流感病毒流行特征分析简

目的分析人感染H7N9禽流感病毒患者的发病、诊治和流行情况,自然因素与社会因素对流行3个环节的影响,提出疫情控制措施。方法描述流行病学和分析流行病学方法,收集人感染H7N9禽流感患者三间分布情况及组合等资料,分析流行特点、影响因素和控制措施。结果共收集确诊人感染H7N9禽流感134例病例,死亡43例,分布11个省市,沪皖苏为多,占发病数的79.1%;4月发病108例,占80.6%,3、4月发病占96.3%;收集到年龄、性别、接触史等资料的病例为128例,平均年龄为56.8岁,51岁以上达91例,占71.1%,〉60岁65例,占50.8%;男性发病是女性的2.2倍;入院重症病例占患者的75.6%;收集到86例病例职业信息,农民和退休人员占统计数的61.6%;收集到1737名密切接触者均无发病;气温升高,湿度降低、雨水减少、停止活禽交易等措施,能有效控制疫情。结论人感染H7N9禽流感又是一起新出现的传染病（emerging infectiois diseases;EID）EID的典型案例,传染和流行特征未明,要加强疫情监测,研究自然因素与社会因素的作用,提出防控措施。