云南草果种质资源的遗传多样性及亲缘关系的SSR分析

目的评价云南草果居群的遗传多样性及亲缘关系。方法运用7对微卫星引物对24个草果居群进行分析;首先应用GenALEx计算遗传多样性参数,并进行PCoA和AMOVA分析;采用NTsys软件绘制居群聚类图;最后利用Structure软件计算出最佳的K值。结果 24个草果居群的Shannon多样性指数(H)的平均值为0.49,期望杂合度(He)的平均值为0.32;遗传分化系数(Fst)为0.090,基因流(Nm)为2.930。24个草果居群的遗传分化有81%存在于居群内,仅有19%存在于居群间;黄花草果23个居群的遗传一致度(I)为0.631 8～0.982 4,遗传距离(D)的范围为0.017 7～0.459 2,而白花草果居群(MG5)与其他23个黄花草果居群一致度均较小,为0.3697～0.6090;而居群聚类分析,在遗传距离0.49处,明显地把白花草果与黄花草果分开;Structure聚类得出K=4时,209份黄花草果资源可被分为4个类群。结论云南黄花草果居群的遗传多样性水平平均偏高;遗传变异主要存在于居群内,而非居群间。根据基因型,黄花草果和白花草果被明显地划分成2类,遗传距离很远;而黄花草果大致被分为4个类群。     

绞股蓝的遗传多样性和群体结构研究

目的研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun的遗传多样性和群体遗传结构,为绞股蓝植物资源的保护和合理利用提供理论依据。方法利用6对SSR引物对绞股蓝28个自然居群426份个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果绞股蓝遗传多样性水平较低:平均多态性位点比率(PPL)为58.33%,Nei’s遗传多样性指数(He)平均为0.18,Shannon指数(I)在0.02~0.50。AMOVA揭示遗传变异主要存在于居群间(居群间变异78.86%,居群内变异21.14%),居群遗传分化(FST=0.673)明显,基因流水平(Nm=0.142)较低。聚类分析表明不同倍性的居群间遗传关系较为明显。结论绞股蓝自然居群遗传多样性较低,群体遗传结构清晰;建议对绞股蓝遗传多样性水平较高的居群进行原地保护,同时对一些包含特有基因型的居群进行原地和迁地重点保护。     

基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究

目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。     

贵州头花蓼遗传多样性的ISSR分析

目的:对贵州头花蓼48个居群的遗传多样性进行分析。方法:采用ISSR分子标记技术研究贵州省48个居群240个个体的遗传多样性。结果:11条引物共检测到8 293个位点,其中7 962个为多态位点。在居群水平上,头花蓼各居群的多态位点百分率(PPB)差异较大(69.78%~93.13%),平均值为79.09%,Nei′s基因多样性指数(He)为0.245 8,Shannon多样性指数(I)为0.396 2,基因分化系数(Gst)为0.722 3,居群内Nei′s基因多样性(Hs)为0.080 4,Shannon′s多样性基因遗传分化系数(Ist)为0.044 2。UPGMA聚类分析显示48个居群可分为3大类,贵州境内西部、西南部与东南部的头花蓼表现为交叉聚类,Meantel检测居群间的遗传距离与地理距离之间无显著的正相关关系(r=0.262 9)。结论:头花蓼种群遗传变异多存在于居群间,居群内的遗传分化较小,居群间存在基因流(Nm)受阻,聚类显示部分迁徙居群没有出现随地理变化的遗传变异趋势。     

基于ISSR标记的麻花艽遗传多样性分析

目的探讨秦艽基原植物之一麻花艽Gentiana straminea的遗传多样性,并构建DNA指纹谱。方法在其自然分布区广泛取样,共涉及西藏、青海、甘肃及四川等地28个居群83份样本,应用ISSR分子标记技术,POPGEN软件分析遗传信息参数,NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果从100条引物中筛出7条多态性好、条带清晰的引物用于ISSR分析。共检测到95个条带,其中多态性条带88个,多态性条带百分率(PPL)为92.63%;麻花艽居群间的期望杂合度(H_e)为0.288 2,多样性信息指数(I_m)为0.437 1,种群间基因分化系数(G_(st))为0.678 3,基因流(N_m)为0.237 1,遗传距离为0.074 3~0.490 0。UPGMA树将麻花艽居群主要分为2大支。结论麻花艽种群遗传多样性水平较高,居群间遗传多样性水平高于居群内;其遗传变异主要存在于居群间;遗传特性与地理分布具有一定相关性。该工作可为麻花艽品种鉴定、物种就地保护、探讨环境等因素对于遗传分化的影响及药材道地性研究提供基础资料。     

广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究

目的基于广西地不容转录组序列开发SSR引物,并用于该物种自然居群遗传多样性的研究。方法从广西地不容转录组测序获得的unigene序列中挖掘SSR位点,采用Oligo 7.0软件设计引物,通过电泳法筛选得到多态性高的SSR引物用于遗传多样性研究。结果从广西地不容转录组20 637条unigene序列中,搜索到6 833个SSR位点,出现频率为33.11%。基于转录组序列设计50对引物,筛选得到10对多态性高的引物。10对引物在5个居群63个样本中共扩增得到83个条带,有效条带百分率为100%,多态性信息量(PIC)为0.6889。在物种水平和居群水平上,Nei基因多样性指数(H)分别为0.725 2和0.613 4,Shannon多样性指数(I)分别为1.576 6和1.220 3,观察杂合度(Ho)分别为0.584 5和0.558 4,期望杂合度(He)分别为0.731 2和0.643 5。居群的遗传分化系数(Fst)为0.146 5,基因流(Nm)为1.456 9。UPGMA聚类分析表明,5个居群可分为3支系。结论开发的SSR标记适用于广西地不容的遗传多样性分析。广西地不容在物种和居群水平上均具较高的遗传多样性,遗传分化主要存在于居群内部。     

苗药大果木姜子的遗传分化及其化学变异的相关性分析

目的:基于苗药大果木姜子原植物米槁的9个居群分析其遗传结构及其与化学成分变化的相关性.方法:采用ISSR分子标记方法研究9个居群的遗传结构,运用GC-MS分析其挥发油主要成分.结果:挥发油主成分分析显示居群间具有显著水平的成分差异,各主成分的变异系数以云南富宁居群为最小,以广西乐业居群最大;ISSR分析表明,在居群水平上米槁的多态位点百分率(P)平均值为42.41%,期望杂合度(H)为0.181 0,Shannon多样性指数(I)为0.2938,居群内Nei's基因多样性(Hs)为0.1889,基因分化系数(Gst)为2.2691.遗传结构与挥发油主成分的相关性分析显示,大果木姜子主成分的化学变异系数与遗传分化的4个指标相关性不显著.结论:大果木姜子原植物种群的遗传变异多存在于居群内,居群间的遗传分化较小.化学成分与遗传多样性相关性不明显,暗示其他因素可能是导致其植物居群间发生化学变异的原因.     

玄参3种栽培类型遗传关系和遗传多样性的SRAP研究

目的:从分子水平上研究玄参3种栽培类型的遗传关系和遗传多样性.方法:对玄参3种不同栽培类型的92个单株进行SRAP分析.运用POPGENE version 1.31软件计算相关参数,采用UPGMA聚类法进行聚类分析.结果:①20个SRAP引物共扩增出227条带,其中有119条呈多态性.②玄参3种不同栽培类型的遗传多样性居中等水平.在物种水平上,多态位点百分率PPB=52.42%,平均每个位点的有效等位基因数N_e=1.281 2,Nei's基因多样性指数H=0.167 1,Shannon's多样性信息指数H_(sp)=0.252 6.在栽培类型水平上,PPB=21.44%,N_e=1.121 6,H=0.072 5,shannon's多样性信息指数H_(pop)=0.108 3.③Nei's基因多样性指数计算的栽培类型间遗传分化系数(0.562 5)与shannon's栽培类型分化系数(0.571 3)基本一致,均说明大部分遗传变异存在于栽培类型间.④栽培类型间基因流为0.388 9,说明栽培类型间基因流动较少,遗传分化程度较高.⑤两两栽培类型间的Nei's遗传一致度(Ⅰ)的范围为0.808 2～0.913 3.根据Nei's遗传距离进行各类型间的UPGMA聚类,基于SRAP分子标记的聚类结果与形态分类基本一致.结论:栽培玄参的遗传多样性居中等水平,且栽培类型间的遗传差异大于栽培类型内的遗传差异.     

濒危药用植物桃儿七野生居群遗传多样性与遗传结构的SCoT分析

目的:揭示珍稀濒危药用植物桃儿七的遗传多样性水平及居群遗传结构特点.方法:采用新型分子标记SCoT对来源于我国的6个桃儿七野生居群共45个个体进行遗传多态性检测.运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类,结合MEGA5软件生成树状图.结果:筛选出的27条引物,共检测到350个位点,其中284个为多态位点,平均每条引物扩增所得多态条带为10.52条.物种水平上,桃儿七6个野生居群的遗传多样性较为丰富,PPB 79.27％,Ne 1.332 7,H 0.210 9,Hspp0.328 6.在居群水平上,遗传多样性水平较低:PPB 10.48％(4.00％～23.71％),Ne 1.0487(1.020 7～1.1037),H 0.029 7(0.012 9 ～0.063 1),Hpop0.046 2(0.019 9 ～0.098 6).Nei's基因多样性指数计算的居群间遗传分化系数Gst=0.841 1与Shannon's居群分化系数(Hsp-Hpop)/H.p=0.849 4基本一致,均说明大部分遗传变异存在于居群间.基因流Nm=0.094 4,表明桃儿七居群间基因交流处于低等水平.Nei's遗传一致度(I)范围为0.570 8～0.978 7.聚类分析将供试居群分为2类,相同地理来源或相似生境的材料具有聚为一类的倾向.结论:供试野生桃儿七具有较丰富的遗传多样性,为有效保护和改良种质资源奠定了一定的基础.     

基于ISSR的甘肃不同产区栽培当归遗传多样性研究

目的研究甘肃不同产区栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记技术对甘肃省41个居群的栽培当归样本进行分析,利用Popgene 32软件分析Nei’s基因多样性指数(H)等遗传信息参数,应用Ntsys软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果 8条引物共检测到154个位点,其中多态性位点119个,多态位点百分率(PPB)为77.27%。栽培当归居群间的H为0.222 9,Shannon’s多样性信息指数(I)为0.337 4,种群间基因分化系数(Gst)为0.683 9,基因流(Nm)为0.2311,遗传距离变化范围0.042 9~0.327 8。结论甘肃栽培当归遗传多样性在物种水平上较高;居群间遗传多样性水平明显高于居群内;居群间遗传分化程度大,且基本无基因交流。     

麦冬不同种群遗传多样性的RSAP分析

利用RSAP标记技术对120份不同地理来源的麦冬种质资源进行多样性分析,结果表明:筛选出的16对引物组合共扩增出326条带,其中318条多态性条带,多态性比率为97.55%,多态性含量PIC在0.87~0.95,平均0.92,表明试供材料间在分子水平上具有丰富的遗传多样性。种群遗传多样性结果表明,20个种群多态性位点比例(PPL)为19.94%~85.58%,Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别在0.082 6~0.210 7,0.120 6~0.328 1,其中浙麦冬遗传多样性最高,矮小山麦冬遗传多样性最低。种群遗传距离在0.024 6~0.286 8,浙江山麦冬和浙江阔叶山麦冬遗传距离最小,福建短葶山麦冬和沿阶草遗传距离最大。20个自然种群间基因分化系数(Gst)为0.430 7,种群间遗传变异占总遗传变异的43.07%,种群内变异为56.93%,基因流(Nm)为0.660 9。UPMGA聚类分析与主坐标分析结果基本一致,120份样本被分成四大类,聚类结果与形态分类基本一致,同时与地理来源也有很高的的一致性。     

苦豆子等位酶遗传多样性研究

目的 探讨苦豆子不同种群的等位酶特性,从生化水平上分析其遗传变异。方法 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,研究来源不同的24个苦豆子（Sophora alopecuroides L.）种群720个样本的遗传多样性,应用POPGEN 32分析数据,UPGMA绘制聚类图。结果 5个酶系统共检测到26个酶位点,多态位点百分数（P）为73.08%,平均期望杂合度（He）为0.337;Shannon信息指数（I）为0.517;各种群间基因分化系数（F_ST）为0.427;基因流（Nm）的平均值为0.687;种群间的遗传一致度为0.581 5~0.926 1,平均为0.769 0。聚类分析显示,种群间存在遗传分化。结论 苦豆子具有较高的遗传多样性,种群间的遗传分化是其遗传多样性的主要来源;各种群间的遗传距离与地理距离间没有明显的关系。     

NaCl胁迫对膜荚黄芪种子萌发和幼苗生理特性的影响

目的 对壮药战骨种质资源的遗传多样性进行研究.方法 采用ISSR分子标记技术分析9个战骨种群的遗传多样性.结果 13条引物共检测到73个位点,其中65个位点具有多态性,多态位点百分率(PPL)为89.04％.战骨总的Nei’s基因多样度指数(H)为0.226 5,Shannon's多样性信息指数(I)为0.357 2,各种群的平均H、I为0.147 6、0.221 9.种群间基因分化系数(Gst)为0.348 4,基因流(Nm)为0.935 1.9个种群可聚类划分为2个大种群组.结论 战骨种群遗传多样性为中等偏低水平;战骨种群的遗传变异主要存在于种群内;战骨的生物学特性和分布区域的片段化是导致种群间出现一定的遗传分化和种群遗传多样性较低的主要原因.     

基于ISSR和SRAP标记的栀子种质遗传多样性研究

目的对栀子遗传多样性进行研究,为栀子资源保护和新品种培育提供依据。方法采用12条ISSR和9对SRAP分子标记,以3个居群21份栀子种质资源为材料,通过多态性检测水平、遗传多样性比较和聚类分析,揭示栀子种质资源遗传多样性。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出125和80条带数,多态性条带数分别为100和74,多态性比率(PPB)分别为80.00%和92.50%,栀子居群的总体物种水平的等位基因观察数(Na)分别为1.461 3和1.579 2,有效等位基因数(Ne)分别为1.307 7和1.342 1,Nei's基因多样性指数(H)分别为0.173 1和0.197 4,Shannon's指数(I)分别为0.254 5和0.295 9;遗传多样性分析结果表明,ISSR和SRAP标记中3个居群之间的遗传多样性(Ht)分别为0.239 1和0.289 9,种间遗传多样性(Hs)分别为0.173 1和0.197 4,基因分化系数(Gst)分别为0.276 2和0.318 9,即72.38%和68.11%的遗传变异在种群内进行,居群间基因流(Nm)分别为1.310 3和1.068 0,证明居群间存在一定的基因流动(Nm1);UPGMA聚类分析表明,ISSR和SRAP标记将栀子资源分为2个类群,且以SRAP分析的聚类结果更符合实际居群。结论取样栀子种质有丰富的遗传多样性,遗传分化主要发生在居群内,SRAP标记更适合用于栀子遗传多样性分析,对栀子资源的保护和育种提供了参考。     

我国肉苁蓉寄主梭梭种质资源多样性的AFLP分析

该研究主要采用AFLP技术结合PopGene32和NTSYSpc2.1软件分析了我国西北地区5省14地103份梭梭的遗传多样性。结果表明：梭梭群体总的多态位点百分率为94.13%,5个省居群平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.308 0,Shannon’s多态性信息指数（I）为0.467 6,说明梭梭种群内遗传多样性较高。基因分化系数（G_st）为0.313 8,即68.62%的遗传变异来自省内,31.38%的遗传变异来自省间。5个省间的基因流（N_m）为1.093 5,其基因流属于风媒异交植物的特征。AMOVA分析表明,梭梭89.34%的遗传变异出现在省内,仅有10.66%的遗传变异发生在省与省之间,进一步分析得知省内的遗传变异主要发生在各采样点居群间（84.80%）。依据Nei’s遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类分析,得知新疆和青海的梭梭样品和其他各省相比其遗传关系较远且各自聚为一支,而甘肃、内蒙古和宁夏产区的样品遗传关系较近聚为一支。总之,我国梭梭种群遗传多样性较高,各地区之间的遗传分化较小,现阶段该物种的种内丰度较高。因此,加强不同地区的梭梭种质繁育和人工种植推广可以有效的保护野生梭梭资源并实现可持续利用。     

川滇地区麻疯树遗传多样性及亲缘关系的cpSSR研究

目的:研究川滇地区麻疯树遗传多样性,探讨居群间亲缘关系,为合理利用麻疯树种质资源及良种选育奠定理论基础。方法:作者运用12对叶绿体微卫星(cpSSR)标记引物对10个麻疯树野生居群进行分析,将扩增出的条带作为原始矩阵,用POPGENE version 1.32软件分析遗传多样性参数,并采用NTSYSpc version 2.10软件进行UPGMA聚类分析,构建系统树状图。结果:共检测到多态性位点22个,多态性位点百分率(P)平均为76.28%。其中,云南双柏(YNSB)居群多态性位点百分率最高,达95.45%;而云南泸水(YNLS)居群多态性位点百分率最低,仅45.45%。Nei’s基因多样性指数He 0.402 0,Shannon信息多样性指数I 0.576 7,有效等位基因数Ae 1.713 6,总基因多样性(HT)0.443 3,基因分化系数Gst 0.080 2,基因流(Nm)3.058 5;居群内基因多样性HS 0.405 1,居群间基因多样性(Dst)0.035 7,表明麻疯树居群内的基因多样性在总居群基因多样性中所占比例较大,麻疯树居群间几乎没有分化;ANOVA分析结果表明,91.02%的变异来源于居群内,8.98%变异来源于居群间,即10个供试麻疯树居群遗传变异主要发生在居群内,居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,这与Nei’s基因分化系数分析结果一致;麻疯树各居群遗传多样性由低到高依次为:云南泸水(YNLS)居群<云南西双版纳(XSBN)居群<四川花棚子(SCHPZ)居群<四川会东(SCHD)居群<四川金河(SCJH)居群<云南普洱(YNPR)居群<四川雷波(SCLB)居群<云南双柏(YNSB)居群<云南法依(YNFY)居群<四川会理(SCHL)居群;10个麻疯树居群的遗传一致度为0.812 7～0.979 8;遗传距离为0.020 4～0.207 3,表明这10个居群间的相似程度较高,遗传距离较小,亲缘关系较近;UPGMA聚类分析显示:10个麻疯树居群可分为两大类,即SCJH居群和SCHPZ居群聚为一类;SCHL居群、SCHD居群、SCLB居群、YNSB居群、YNFY居群、YNPR居群、XSBN居群和YNLS居群聚为另一类。结论:川滇地区麻疯树具有丰富的遗传多样性,但各居群间亲缘关系较近。     

栀子遗传多样性及遗传分化的RAPD分析

 目的应用随机扩增多态性DNA(random amplifed polymorphic DNA,RAPD)标记技术对栀子8个种群遗传多样性和遗传分化进行研究。方法18种随机引物对92个个体进行检测,应用POPGENE软件和AMOVA软件对结果进行处理。结果共得到120个可重复的位点,其中多态位点75个,多态百分率为62.5%。各种群内多态位点百分率在39.17%～68.83%之间,平均为56.98%。河南南阳(POP1)种群最高,其次是江西新干县野生种群(POP7),最低是江西抚州水栀子种群(POP3)。Shannon指数和Nei指数均反映出栀子各种群具有较高的遗传多样性。Shannon指数为0.431 3,各种群Shannon指数在0.2256～0.380 6之间,Nei指数为0.289 2,各种群Nei指数在0.148 2～0.263 0之间。AMOVA揭示种群内遗传多样性占总遗传多样性的76.05%,而种群间遗传多样性只占23.95%。运用POPGENE也得出种群内遗传变异(69.34%)大于种群间(30.66%)的结论。种群间的遗传分化系数为0.306 6。栀子种群间的基因流为1.130 6,遗传相似度平均为0.129 09,遗传距离平均为0.880 72。根据遗传距离聚类分析,河南南阳种群(POP1)与江西樟树新干种群(POP4,POP5,POP6,POP7)聚为一类,湖南种群(POP8)与江西抚州栀子种群(POP2)聚为一类,江西抚州水栀子种群(POP3)与其他各种群间的遗传关系较远。结论目前,虽然野生资源逐年减少以及多年栽培中的品种选育,栀子遗传多样性仍较丰富,且种群内大于种群间,种群间存在较少的遗传分化。     

69份苦玄参种质SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析

目的:采用简单重复序列(SSR)分子标记技术对广西苦玄参主产区69份苦玄参种质样本进行遗传多样性及亲缘关系分析,并筛选与苦玄参苷含量相关联的优良种质基因。为苦玄参种质资源评价、遗传进化分析及分子标记辅助育种等提供依据。方法:基于转录组测序技术,开发20对引物进行批量扩增。利用各标记位点的遗传多态信息,分析69份苦玄参种质的遗传多样性及亲缘关系,并通过一元线性和多元逐步回归分析,筛选与苦玄参苷含量相关联的分子标记。结果:20对SSR引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个,高于有效等位基因数(1.9692个),稀有等位基因率为38.2%,等位基因分布不均匀。等位基因多态率范围为0~59%,平均38.24%,各位点多态率差异较大。各位点多态信息含量(PIC)变化范围为0~0.6211,平均0.3780;Shannon多态性信息指数变化范围为0~1.2401,平均0.7590;Nei’s基因多样性指数(Nei)变化范围为0~0.6823,平均0.4409;以上3个指标最高的为P21,最低为P7,各位点遗传多样性存在较大差异。各位点平均观测杂合度为0.3824,低于平均期望杂合度(0.4425),表现为杂合子缺失;平均遗传分化系数Fst为0.3659;基因流Nm平均值为0.4332,种质遗传分化较大,基因流较小。一元线性回归分析和多元逐步回归分析结果表明,与苦玄参苷IA和IB相关的位点各有5个,其中仅有1个位点与2个成分的含量均相关。结论:20个SSR标记位点遗传多样性存在较大的差异,供试69份种质遗传分化大,基因流较小;从供试20个SSR标记中筛选出9个与苦玄参苷含量相关联的标记位点,试验结果可为苦玄参遗传进化分析及良种选育和繁育等提供依据。