纹带棒状杆菌多位点序列分型及应用

目的 建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型（MLST）方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法 筛选出7个管家基因（gyrA、gyrB、hsp65、sodA、secA1、rpoB、16S rRNA）,设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别（ST）采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。结果 所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体（CC）结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论 我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。     

中国德尔卑沙门菌耐药及群体遗传特征初步分析

目的 分析不同来源德尔卑沙门菌的耐药特征、耐药机制及基因组相似性,初步揭示我国德尔卑沙门菌的群体遗传学特征,发现可能的传播规律或潜在传播途径,为加强沙门菌病监测及防控策略制定提供一定参考。方法 对201株德尔卑沙门菌进行16种抗生素的药物敏感性试验,并对所有菌株进行全基因组测序。最后结合公开数据库中的134株德尔卑沙门菌基因组序列,对335株德尔卑沙门菌进行耐药基因型别和多位点序列分型（MLST）分析,并构建基于核心基因组单核苷酸多态性的系统发育树进行遗传进化分析。结果 201株德尔卑沙门菌对16种抗生素呈现不同程度的耐药,总耐药率为97.51%。不同来源（人、动物、食品）的德尔卑沙门菌对不同种类抗生素耐药率差异有统计学意义（均P＜0.05）。335株德尔卑沙门菌携带耐药基因38种,磷霉素类耐药基因fosA7携带率为100.00%,氨基糖苷类耐药基因aac（6''）-Iaa携带率为99.70%。不同种类抗生素耐药基因和耐药表型一致性存在差异,除氨基糖苷类和氯霉素类,其他种类抗生素一致性较好。MLST显示,334株德尔卑沙门菌为ST40型。系统发育树显示存在动物和人、食品和人之间交叉感染的风险以及动物带菌远距离跨省播散的可能,但还需要进一步的流行病学研究。结论 我国德尔卑沙门菌耐药形势严峻,并且存在交叉传播的风险,提示应加强综合监测及风险评估,防止耐药菌株及耐药元件在动物、食品、人链条中的播散。     

2009年云南省柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列分析

目的 分析2009年云南省脑炎患儿粪便标本分离的柯萨奇病毒B3型分离株A103/KM/09全基因序列,了解其遗传特性。方法 设计针对柯萨奇病毒B3型引物,提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列,利用Geneious和Mega 5.05软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析,应用RDP 3和SimPlot 3.5.1重组软件对序列进行重组分析。结果 该分离株全基因组核苷酸序列长度为7389 bP。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Nancy的同源性分别为81.O%和95.7%;与其他柯萨奇病毒B3型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81.0%~88.0%和95.7%~98.0%;进化分析发现CVB3可分为5个分支(I~V),核苷酸之间的差异为16.2%~24.3%;中国分离株属V分支,又可分为A～D亚分支,核苷酸之间的差异为4.3%~11.4%。并发现A103/KM/09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论柯萨奇病毒B3型分为5个基因型,云南分离株A103/KM/09属于V-D亚型,而中国分离株已经发生一定进化。     

北京市2010-2020年多重耐药肯塔基沙门菌流行特征分析

目的 了解北京市肯塔基沙门菌临床分离株的流行情况、耐药水平及分子特征。方法 对2010-2020年分离的22株肯塔基沙门菌采用微量肉汤稀释法进行抗生素药物敏感性检测;全基因组测序进行多位点序列分型、基因组岛和耐药基因识别。采用PFGE分析菌株的分子流行病学特征。结果 22株菌对8~22种抗生素耐药,尤其是对环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素类等都表现为超高水平的多重耐药。21株菌超广谱β-内酰胺酶表型阳性。全基因组序列分析显示,22株肯塔基沙门菌均为ST198,携带SGI1-K基因组岛。所有菌株均有耐药基因tetA、sul1、qacE,喹诺酮耐药决定区gyrA基因存在2个突变位点（S83F、D87 N）、parC基因存在3个突变位点（T57S、S80I、T255S）。β-内酰胺类相关耐药基因（blaCTX-M-55、blaCTX-M-14b、blaTEM-141、blaTEM-206、blaTEM-209、blaTEM-214、blaTEM-1B）、氨基糖甙类耐药相关基因[aac（3）-Id、aac（3）-IId、aac（6''）-Iaa、aadA7、aadA17、aph（3''）-Ia、aph（3''）-Ib、aph（6）-Id、rmtB]以及floR、dfrA14、mphA和qnrS1等基因在不同年代菌株间存在明显差异。PFGE图谱分析显示,22株菌株之间相似性>85%,与全球广泛传播的ST198-X1流行株高度同源,在传播扩散过程中,耐药谱和PFGE图谱都发生了变化,分为两大聚类簇。结论 北京市流行的肯塔基沙门菌为多重耐药的ST198-X1-SGI-1K国际流行株,自2016年以来保持低水平流行,引起散发感染病例和聚集性腹泻事件。对氟喹诺酮类、ESBL和阿奇霉素等耐药严重,应加强多重耐药肯塔基沙门菌的监测。     

重组缩短的葡萄球菌类肠毒素X蛋白克隆表达及催吐活性评价

目的 分析缩短的葡萄球菌类肠毒素X(truncated Staphylococcal enterotoxin-like toxin X,tSElX)氨基酸多态性,对其进行克隆表达纯化并对催吐活性进行评价。方法 将tselx序列与本课题组前期完成测序的145株CC398菌株基因组序列及NCBI数据库进行比对分析。设计引物扩增tselx目的基因,将该片段重组于pMD18-T载体中并进行测序鉴定。经限制性内切酶BamHⅠ和EcoR Ⅰ双酶切后将目的片段构建于质粒pGEX-6P-1及pET-28a(+)中,重组质粒鉴定后,IPTG诱导蛋白表达。将以包涵体形式表达的蛋白进行变性和复性,用亲和层析法和超滤法对表达产物进行纯化。将纯化的tSElX蛋白以250 μg/kg喂饲普通狨猴,观察呕吐反应。结果 tselx基因在我国不同来源(患者、健康人群和动物)的145株CC398菌株均存在。我国菌株编码蛋白的氨基酸序列同源性为100.0%,与4株美国菌株的同源性分别为97.8%(1株)和98.9%(3株)。通过两套表达系统及不同诱导条件,tSElX均以包涵体形式表达。通过变性及复性,获得高纯度的可溶性重组蛋白tSElX。在250 μg/kg剂量下tSElX蛋白不能引起普通狨猴的呕吐反应。结论 tSElX氨基酸序列在CC398菌株中普遍存在,且具有一定保守性。高纯度的可溶性tSElX重组蛋白在250 μg/kg剂量下不具有普通狨猴催吐活性。     

结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣系统基因多态性初步研究

目的 研究结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣(TAC)系统中higA、higB和Rv1957在结核分枝杆菌及其不同亚型菌株中的基因多态性,并探讨其生理意义。方法 选取183株结核分枝杆菌临床菌株,经间隔区寡核苷酸方法进行基因分型,同时分析TAC系统基因higA、higB和Rv1957的PCR扩增及序列,利用I-Mutant 2.0软件预测非同义突变对蛋白结构和功能的影响。结果 183株中138株(75.41%)属北京家族,45株(24.59%)属非北京家族。共149株菌(81.42%)的TAC系统发生突变,包括2种同义突变和6种非同义突变:同义突变发生于higA基因,仅见于北京家族菌株;3个基因均可见非同义突变,其中2种非同义突变仅见于非北京家族菌株,其余4种突变仅见于北京家族菌株。6种非同义突变中有4种突变可能影响蛋白的功能。位于higA基因的CAC121CAT突变位点在单耐链霉素和单耐利福平菌株中的突变频率高于敏感株,且差异有统计学意义(P<0.05)。结论 结核分枝杆菌中的TAC系统具有一定的基因多态性,其中北京家族呈现更高的多态性水平,可能更有利于适应不同的宿主环境。     

手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析

目的 研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法 对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果 序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论 本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化;CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。     

类鼻疽伯克霍尔德菌跨洲际流行株的同源性分析及历史溯源

目的 比较不同年代分离自澳大利亚、中国海南地区7株ST562型类鼻疽伯克霍尔德菌（类鼻疽伯克菌）的同源性,并分析其传播来源。方法 利用生物信息学方法提取ST562型类鼻疽伯克菌澳大利亚临床株MSHR5858、中国海南历史菌株350105基因组中Spe Ⅰ限制性酶切片段指纹谱、多位点可变数目串联重复序列多态性指纹（MLVA-4）等遗传特征,并与近年分离的5株海南ST562型临床株的脉冲场凝胶电泳（PFGE,Spe Ⅰ酶切）、MLVA-4分子分型结果相比较。同时分析MSHR5858与350105在基因组水平的共线性及同源性。结果 5株海南ST562型临床株的PFGE带型相同（相似度>97%）且与澳大利亚临床株MSHR5858的Spe Ⅰ限制性带型一致;澳洲临床株（MSHR5858）与海南历史菌株（350105）基因组中Spe Ⅰ限制片段数分别为31和34,其中31个片段的长度一致。5株海南ST562临床株的MLVA-4型别各不相同,但HPPH43（MLVA-4指纹谱：10,8,10,8）与MSHR5858（10,8,8,6）在2341 k、1788 k两个位点重复数相同;HK003（11,8,15,7）、HK061（11,8,17,7）与历史菌株350105（11,8,11,8）在此二位点重复数也相同。此外,350105与MSHR5858在基因组水平具有良好共线性,共有基因占绝大部分,提示来源一致。结论 分离的7株ST562型类鼻疽伯克菌（包括中国海南临床分离株、历史菌株及澳大利亚临床分离株）遗传特征一致,且ST562型近年流行株与历史菌株350105可能具有同源关系。     

基于全基因组测序的我国耐多药结核分枝杆菌耐药突变特征分析

目的 利用全基因组测序数据分析中国耐多药结核分枝杆菌的耐药相关基因突变谱及主要突变类型与菌株基因型的相关性。方法 查询并下载NCBI数据库中截至2019年8月公开发表的中国结核分枝杆菌全基因组测序数据,利用全基因组数据预测菌株分子药敏结果,统计不同药物耐药相关基因的突变类型,并分析耐药突变类型与菌株基因型的相关性。结果 根据分子药敏结果从2 019株菌株中鉴定出1 024株耐多药菌株,对常用抗结核药物的耐药相关基因主要突变类型分别为katG S315T（73.2%,异烟肼）、rpoB S450L（63.1%,利福平）、rpsL K43R（70.0%,链霉素）、embB M306V（37.4%,乙胺丁醇）、pncA启动子区T（-11）C（7.9%,吡嗪酰胺）、gyrA A90V（32.3%,氟喹诺酮类）、rrs A1401G（67.7%,二线注射类）、fabG1启动子区C（-15）T（87.0%,乙硫异烟胺）、folC I43T（30.4%,对氨基水杨酸）。其中,katG S315T、rpsL K43R、embB M306V、gyrA D94G在L2系菌株中的频率显著高于L4系菌株,folC I43T仅在L2系菌株中发现;katG S315T在古典北京型菌株中比例较高,而rpsL K43R在现代北京基因型菌株中的比例更高,其差异均有统计学意义（均P<0.05）。结论 本研究提供了基于全基因组测序的我国耐多药结核分枝杆菌对多种常用抗结核药的耐药相关基因主要突变类型,为研发敏感、特异的快速分子检测方法提供了依据;同时也发现多种耐药相关基因主要突变类型与菌株基因型有关。     

致腹泻奇异变形杆菌病原学及其分子特征研究

目的 研究致腹泻奇异变形杆菌病原学特征及毒力基因和质粒携带情况,探讨其与耐药性/致病性的关系。方法 对6 株不同来源（食物中毒、外环境及健康人群）的奇异变形杆菌进行生化、药敏和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析;PCR检测常见的毒力基因;提取质粒后电泳并切胶回收质粒进行测序分析。结果 不同来源的奇异变形杆菌生化特征基本相同,且均具有常见的毒力基因ureC、rsmA、hpmA 和zapA。但各菌株PFGE分型和药敏结果不同,其携带质粒情况也各异。对其中2 株菌存在的小质粒测序后发现,该质粒长2 683 bp,主要编码qnrD 基因,与耐喹诺酮类药物相关。结论 采用传统的生化分析及常见的毒力基因鉴定方法,无法区分不同来源的奇异变形杆菌,可利用PFGE和质粒分析。耐药菌株中普遍存在的质粒与菌株的耐药性相关,存在多个质粒的菌株其耐药性更强。     

Comparisons between degree of histological gastritis and DNA fingerprints,cytotoxicity and adhesivity of Helicobacter pylori from different gastric sites

Thirty-six isolates of H. pylori from up to three gastric biopsy sites (antrum, corpus and fundus) from 13 patients in Italy with different degrees of histological gastritis were investigated. All strains were tested for motility, cytotoxicity and degree of adhesion, and were typed by analysis of ribosomal RNA gene patterns (ribopatterns). Seventeen different DNA types (ribotypes) were identified, with each patient possessing H. pylori of one or more unique types. Only two patients had identical H. pylori at three sites. Most patients had H. pylori with different ribotypes or subtypes, but nine strains were not typable. Five patients had the same strain colonizing two of the three sites and atypical strains were mostly from the antrum. A complex pattern of H. pylori colonization in the stomach of some individuals was evident and suggested multiple sources of infection. No consistent associations were detected between degree of gastritis and adherence, cytotoxicity and motility but a 2.56Kb rRNA gene fragment that had a higher frequency in strains associated with severe gastritis than mild gastritis, may provide a useful molecular marker for future pathogenicity studies.     

应用巢式聚合酶链反应在唾液中检出幽门螺杆菌

用互补于幽门螺杆菌(HP)尿素酶A基因的两对引物行巢式聚合酶链反应(N-PCR),检测1株HP标准菌株、20株HP临床分离株均阳性,而12种肠道菌均阴性,特异性100%。该法敏感性好可检测0.1fg细菌DNA.57例因上消化道症状行胃镜检查者,取粘膜分别做细菌培养、尿素酶试验、组织学检查和N-PCR检测,其中27例在行胃镜前收集其唾液标本做N-PCR。19例胃粘膜HP阳性者中有11例唾液中检出HP,而8例胃粘膜HP阴性者中有1例唾液N-PCR阳性。作者认为口腔中确实存在HP,该菌可能通过口—口途径传播。     

昆明地区2018-2020年腹泻患者中艰难梭菌感染特征分析

目的对2018-2020年昆明地区腹泻患者中艰难梭菌感染特征进行分析, 为后续监测和防治提供数据支持。方法收集2018-2020年云南省4家哨点医院腹泻患者粪便标本共388份, 使用实时荧光定量PCR方法进行艰难梭菌粪便毒素基因检测, 对结果阳性的粪便标本进行菌株的分离, 用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定菌株。提取分离菌株的基因组DNA进行多位点序列分型(MLST)。分析毒素阳性和菌株分离阳性与患者的临床特征以及艰难梭菌阳性与其他病原共感染的情况。结果 388份粪便标本中, 艰难梭菌内参tpi基因阳性标本47份, 总阳性率为12.11%。其中, 非产毒艰难梭菌4份(8.51%), 产毒艰难梭菌43份(91.49%)。47份阳性标本分离得到18株艰难梭菌, 阳性标本的分离率为38.30%。其中tcdA、tcdB、tcdC、tcdR和tcdE基因均为阳性的菌株14株。18株艰难梭菌的二元毒素均为阴性。所有分离菌株的MLST结果共形成10种序列型(ST), 其中ST37型5株(27.78%);ST129、ST3、ST54和ST2型各2株;ST35、ST532、ST48、ST27和ST3...     

Determination of the complete genome sequence of infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) Ch20101008 and viral molecular evolution in China

This study determined the complete genomic sequence of the infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) strain Ch20101008 isolated from farmed brook trout (Salvelinus fontinalis) that died from a disease caused by the virus in northeast China. The sequence was determined from 10 overlapping clones obtained through RT-PCR amplification. The whole genome length of Ch20101008 comprised 11,129 nucleotides (nt), and the overall organization was typical of that observed for all other IHNV strains. The phylogenetic analysis results of the 65 IHNV glycoprotein genes and 47 IHNV partial nucleoprotein genes presented five major genogroups (J, U, L, E and M). The J genogroup included the J Nagano and J Shizuoka subgroups. The IHNV Ch20101008 strain belonged to the J Nagano subgroup of the J genogroup and was significantly related to other Chinese IHNV strains. All Chinese IHNV isolates are monophyletic, with a recent common ancestor, except for the BjLL strain. The N, P, M, G, NV and L genes of Ch20101008 were compared with the available IHNV sequences in GenBank. The results indicated that 198 nt were substituted, 53 of which exhibited amino acid change in the Ch20101008 genome. An adenine nucleotide deletion was found at position 4959 of the 5′ UTR of the L gene. In the G gene, specific nucleotides and amino acid variations of the Chinese IHNV strains were observed when compared with 23 isolates from other countries. Of the 15 nucleotide sites that changed, seven resulted in amino acid substitution. The data further demonstrated that the J genogroup IHNV was introduced to and evolved in salmon farm environments in China.     

广东省2013年副溶血弧菌暴发与散发菌株的病原学特征

目的 了解2013年广东省副溶血弧菌暴发与散发分离株的血清型别、抗菌药物耐药性、毒力基因携带情况以及分子分型特征.方法 对36株暴发分离株和43株散发分离株进行血清分型、药敏试验以及耐热直接溶血毒素基因(tdh)、耐热相关溶血毒素基因(trh)、GS-PCR和orf8基因的PCR检测,并进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型.结果 36株暴发分离株全部为O3:K6血清型,43株散发分离株的优势血清型为O3:K6型(23株,53.49%).药敏检测结果显示,对氨苄西林(96.20%)和头孢噻吩(40.50%)的耐药率较高;对复方新诺明和氯霉素则高度敏感,敏感性均为100%.多重耐药分析显示,83.33%(30/36)的暴发分离株同时耐受≥3种抗菌药,37.21%(16/43)的散发分离株同时耐受≥3种抗菌药物.毒力基因PCR检测显示,36株暴发分离株均为tdh⁺tdh^-型菌株.86.05%(37/43)的散发分离株为tdh⁺tdh^-型菌株,11.63%(5/43)为tdh^-tdh⁺型菌株,仅1株为tdh⁺tdh⁺型菌株.暴发分离株全部携带GS-PCR和/或orf8基因,51.16%(22/43)的散发分离株携带GS-PCR和/或orf8基因.PFGE显示,79株副溶血弧菌经NotⅠ酶切后的PFGE图谱可分为3个聚类,32种PFGE型别,相似值为59.8%～100.0%.暴发菌株聚集在同一个聚类中,散发菌株散布在各个聚类中.结论 2013年广东省副溶血弧菌优势血清型为O3:K6型,菌株对多数抗菌药物仍然比较敏感,但存在多重耐药现象,多数菌株携带tdh基因,大部分O3:K6型菌株携带GS-PCR和/或orf8基因;PFGE结果提示广东省副溶血弧菌存在遗传多样性.     

安徽省2株人感染H9N2流感病毒基因特征

目的 分析2015年安徽省2株人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法 对安徽省2015年4月和9月流感监测网络实验室先后发现并确诊的2例H9N2禽流感病毒感染病例及其病毒分离株全基因组序列进行分析,使用Mega 6.0等软件解析2株H9N2毒株全基因组特征。结果 安徽省首次报道人感染H9N2禽流感病毒病例,对病毒分离株分析显示,其HA和NA基因与中国2013年禽间流行的H9N2病毒高度同源,属于A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)支系;而PB2和MP基因属于A/quail/Hong Kong/G1/97支系,与H7N9、H10N8和H6N2具有较高的相似度。氨基酸序列比对发现该2株病毒出现多个人易感倾向位点分子特征:HA蛋白发生Q226L、H183N和E190T突变,且HA裂解位点为PSRSSR\GL排列,NA蛋白茎部发生63~65位氨基酸缺失,M2蛋白S31N突变,以及PA-100A、PA-356R和PA-409N。结论 安徽省首次报道的人感染禽源H9N2流感病毒为H9N2系间重配病毒,存在多个人易感位点。     

Heteroresistance of Helicobacter pylori from the same patient prior to antibiotic treatment

Antibiotic resistance among Helicobacter pylori strains has been increasing worldwide and has affected the efficacy of current treatments. The aim of this study was to evaluate whether treatment failure was due to the presence of antibiotic-susceptible and -resistant H. pylori simultaneously within the same host before eradication. In order to discover H. pylori with antibiotic heteroresistance in the same patient, we examined the antibiotic susceptibility of H. pylori isolated from 412 patients without H. pylori eradication. The E-test was used to determine the minimal inhibitory concentration of these strains. The results showed 19 (4.6%) of patients harbored antibiotic heteroresistant H. pylori, resistant to levofloxacin (5/19), clarithromycin (1/19) and metronidazole (16/19). Among them, three patients’ isolates showed heteroresistance to two antibiotics. The genetic diversity of each isolate was evaluated by random amplified polymorphic DNA PCR and the results showed that only 1 patient’ isolate (5.3%) had a different pattern while the others showed identical or similar fingerprinting patterns. Mutations in the genes responsible for antibiotic resistance were investigated by direct sequencing and compared between strains within each pair. All 5 levofloxacin-resistant isolates had mutations in GyrA at the QRDR region (N87 or D91). Strain 1571R with clarithromycin resistance had a A2042G substitution in its 23S rRNA. There were 15 metronidazole-resistant strains (100%) with isogenic variation of RdxA, and 6 strains (40%) contained FrxA variation (excluded pair 1159). These results suggest that the treatment failure of heteroresistant H. pylori mostly develops from high genomic variation of pre-existing strains through long term evolution rather than mixed infection with different strains.     

新疆艾比湖布尼亚病毒的分离与分子生物学鉴定

目的 发现新疆艾比湖地区潜在流行的蚊媒病毒。方法 采用接种敏感宿主细胞法分离培养病毒;利用反转录聚合酶链和序列聚类分析对病毒株种属进行分子生物学鉴定。结果 从当地优势蚊种凶小库蚊（36.6%）中分离获得一株引起BHK-21细胞病变的病毒,分子生物学鉴定表明该病毒属于布尼亚科正布尼亚属（Orthobunyavirus,Bunyaviridae）成员,暂定名为艾比湖布尼亚病毒。RT-PCR扩增进一步获得长为651 bp和980 bp的病毒基因组S、M节段的部分序列,对上述序列的比对分析显示艾比湖布尼亚病毒与分离自南非的Germiston布尼亚病毒同源关系最为接近,S节段核苷酸和氨基酸序列似然率分别为90.6%和95.0%。M节段变异性高,核苷酸和氨基酸序列似然率仅为78.6%和86.1%。结论 艾比湖布尼亚病毒是国内新发现的一株蚊媒布尼亚病毒。     

Individual hosts carry H. pylori isolates with different cagA features – motifs and copy number

BackgroundH. pylori strains with different genetic contents may infect different or an individual human host. Genetic diversity of cagA is thought to contribute to differences in H. pylori strains pathogenicity. In this study, diversity of cagA genotype, EPIYA motif and copy number was assessed in H. pylori single colonies isolated from individual patients.Materials and methodsGastric biopsies from 14H. pylori-positive dyspeptic patients were cultured on selective brucella blood agar and incubated at 37 °C under microaerobic conditions. Four single colonies were obtained from each biopsy subculture on brucella blood agar under similar incubation condition. Presence of cagA and types of EPIYA motifs was determined by polymerase chain reaction (PCR) and cagA copy number by quantitative real-time (RT) PCR.ResultsSingle colonies of 5 patients showed no variation in cagA genotype, EPIYA motif and copy number. Out of the remaining 9 patients, 1 patient showed presence or absence of cagA gene, 2 patients had mixed EPIYA motifs, 2 patients had different cagA copy number, 1 patient showed absence or presence of cagA and mixed motifs, 2 patients had cagA genes with different nucleotide sequences, 1 patient showed presence or absence of cagA and difference in cagA nucleotide sequence. Four isolates that contained multiple copies of cagA, carried EPIYA-ABC motif.ConclusionGenetic diversity of cagA among single colonies isolated from individual patients represents evidence that gastric mucosa of every individual is colonized with a specific and heterogeneous population of H. pylori. Future studies on patients in different disease groups may elucidate the role of mixed populations of H. pylori in development of gastric diseases.     

Sterilizing immunity against experimental Helicobacter pylori infection is challenge-strain dependent

The development of a murine model of Helicobacter pylori infection through serial in vivo passage of candidate strains has enabled a quantitative assessment of vaccine efficacy. In this study we compare infection with and protection against challenge from both CagA⁺ type I, and CagA⁻ type II in vivo adapted isolates. In vivo passage of a type II H. pylori isolate resulted in a highly infectious strain (X47-2AL), capable of reproducibly infecting mice to high density (10⁷ CFU/g of gastric tissue). Similarly adapted type I strains were found to colonize mice at a significantly lower level (10⁴–10⁵ CFU/g tissue). Mucosal immunization with recombinant urease (rUre) significantly protected animals against both types. Protection against X47-2AL was characterized by a ≥100-fold (or 2 log) reduction in bacterial density. However, the presence of a residual infection highlighted the inability to achieve sterilizing immunity against this strain. The level of protection appeared independent of challenge dose, and was stable for up to 6 months, all animals exhibiting a low-level residual infection that did not recrudesce with time. Similarly immunized mice challenged with isolates representing the residual infection were also protected, confirming that they did not represent a sub-population of H. pylori that could escape immunity. Immunization and challenge studies with type I adapted-isolates, demonstrated a similar 2–3 log reduction in the bacterial burden, but that in this instance resulted in sterilizing immunity. These results suggest varied specificity for the murine host by different Helicobacter strains that can influence the outcome of both infection and immunity.