湖北省武汉地区啮齿动物汉坦病毒S基因的特征分析

目的 了解湖北省武汉地区啮齿动物自然感染汉坦病毒（HV）情况以及流行的基因型和亚型。方法 2000-2003年、2009-2011年秋冬季在武汉地区新洲、江夏区野外及居民区采用夹夜法捕鼠。对捕获的动物进行分类鉴定并取肺脏用间接免疫荧光法检测病毒抗原。抗原阳性的样本,采用RT-PCR方法扩增部分S片段核苷酸序列,构建系统发生树并进行基因分型。结果 2000-2003年捕获啮齿类动物437只,HV抗原阳性鼠肺标本24份,病毒携带率为5.49%。2009-2011年捕获啮齿类动物173只,HV抗原阳性鼠肺标本7份,病毒携带率为4.05%。褐家鼠为当地的优势鼠种。22份标本成功地用汉滩病毒（HTNV）、汉城病毒（SEOV）特异引物扩增部分S基因片段并测序。17只（13只褐家鼠,4只黑线姬鼠）鼠肺标本中扩增出SEOV部分S基因片段（nt 588~1147）,分别属于第3亚型和2个新的基因亚型。5只黑线姬鼠的鼠肺标本中扩增出HTNV部分S基因片段（nt615-1141）,分别属于第7亚型和1个新的亚型。结论 武汉地区流行的HV为SEOV和HTNV,并发现新的基因亚型,SEOV可能“溢出”感染黑线姬鼠。     

天台县汉坦病毒宿主动物调查及病毒分离结果

目的了解2011—2018年浙江省天台县汉坦病毒(HV)宿主动物的种群分布、带毒情况和病毒型别,为防制肾综合征出血热(HFRS)提供依据。方法在天台县HFRS监测点采用夹夜法捕获鼠形动物,对鼠种和鼠龄进行鉴定,分析当地鼠种构成和鼠密度。取鼠肺和鼠血,采用免疫荧光法检测HV抗原和抗体,HV抗原阳性鼠肺用HV S片段特异性引物进行RT-PCR核酸检测,并进行分离病毒和鉴定型别。结果 2011—2018年天台县平均鼠密度为4.44%,野外鼠密度为4.94%,居民区鼠密度为2.23%。捕获鼠形动物10种,野鼠优势鼠种为黑线姬鼠,家鼠优势鼠种为褐家鼠。鼠肺HV抗原阳性67份,阳性率为4.13%,其中1份来自褐家鼠,其他66份均来自黑线姬鼠;鼠血抗体阳性79份,阳性率为4.86%,均来自黑线姬鼠。67份HV抗原阳性鼠肺标本经RT-PCR扩增后,阳性34份,阳性率为50.75%。分离到22株HV,其中汉滩型(HTN) 21株,汉城型(SEO) 1株,均分离自黑线姬鼠。结论天台县存在以黑线姬鼠为主要传染源的HFRS疫源地,主要流行型别为HTN型,同时首次在天台县发现黑线姬鼠携带SEO型病毒。     

湖南省啮齿动物携带汉坦病毒的分子流行病学研究

目的研究湖南省啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别。方法采用IFA法检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性标本中HV的部分S和M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在湖南省HV流行的地区共捕获啮齿动物344只,其中6份标本HV抗原阳性,病毒携带率为1.74%。对扩增出的部分S与M片段的核苷酸序列分析表明,5份标本中的病毒为汉城型HV(SEOV),1份为汉滩型HV(HTNV)。用S(620～990 nt)与M片段G2区(2001～2301 nt)核苷酸序列所构建的系统进化树显示,湘乡褐家鼠、黄胸鼠及黄毛鼠携带的病毒均为SEOV的S4亚型;宁远褐家鼠携带的病毒为SEOV的一个新亚型;石门小家鼠携带的病毒为HTNV的H4亚型。结论湖南省为混合型HV疫区,以汉城病毒为主,并具有宿主多样性。     

2007年浙江省鼠类感染汉坦病毒监测及病毒分离

目的了解浙江省鼠类自然感染汉坦病毒（HV）情况和病毒型别,为肾综合征出血热（HFRS）防治提供科学依据。方法采集鼠类肺组织和血清标本,用间接免疫荧光试验检测鼠血清IgG抗体,直接免疫荧光试验检测鼠肺Hv抗原。HV抗原阳性鼠肺接种Vero—E6细胞分离病毒,用HV单克隆荧光抗体鉴定分离株的型别。结果共捕获鼠形动物1129只,其中黑线姬鼠为优势种,鼠肺HV抗原阳性率为3．0％,鼠血标本IgG抗体阳性57份,阳性率8．0％。分离到6株汉滩（HTN）型病毒,其中来自黑线姬鼠5株,褐家鼠1株。结论浙江省存在以黑线姬鼠为主要传染源的HFRS疫源地,HV主要流行型别为HTN型。     

内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析内蒙古牙克石地区莫氏田鼠携带汉坦病毒（HV）的遗传特征及其与汉滩病毒（HTNV）和汉城病毒（SEOV）型HV之间的关系,确定哈巴罗夫斯克病毒（KHAV）的自然宿主。方法 采用RT-PCR检测HV核酸、特异性引物扩增S、M基因并测序及进行序列分析。结果 共捕获52只莫氏田鼠,其中5只为HV核酸阳性,带毒率为9.62%。经PCR扩增,5份HV阳性样本获得全S基因片段,2份阳性样本全M基因片段;S基因片段由1848~1861bp组成,M基因片段由3662bp组成。核苷酸序列同源性分析显示,病毒与KHAV具有高度同源性（S基因片段为92.5%~96.4%,M基因片段为88.9%~95.4%）,与其他型HV的差异较大。将核蛋白（NP）和糖蛋白（GP）氨基酸序列与HTNV和SEOV进行比较,NP具有一致的二级结构,GP存在明显的差异。用全S与全M的核苷酸序列构建系统进化树,这些病毒均与KHAV聚集在一起,构成一个独立的分支。KHAV分为2个小分支,核昔酸差异＞5.3%。结论 内蒙古牙克石地区存在KHAV的流行,莫氏田鼠是KHAV的自然宿主。     

2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型和基因亚型分析

目的 了解2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型别和基因亚型。方法 选取江西省肾综合征出血热疫情发生地区捕鼠,收集鼠肺标本,采用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取阳性鼠肺标本核酸,设计并采用特异性引物分别对病毒的S、M、L 3个基因进行RT - PCR扩增,对扩增产物测序和分析。结果 共捕鼠2 235只,其中汉坦病毒阳性的86只,阳性率3.85%,流行的HV基因型为汉滩型(Hantaan orthohantavirus,HTNV)和汉城型（Seoul orthohantavirus,SEOV）。江西省HTNV之间S、M、L 3个基因核苷酸的同源性为93.4%～100%,与国内外HTNV参考株3个基因核苷酸的同源性为77.3%～88.0%,在3个基因系统进化树上均呈独立分支;M基因系统进化分析发现江西省SEOV分布在S3、S4亚型分支以及1个独立的进化分支,该独立分支的9株SEOV与国内外SEOV M基因核苷酸同源性仅为84.3%～88.7%。结论 江西省啮齿动物流行的HV为HTNV和SEOV 2种基因型别,其中HTNV为新的基因亚型,SEOV存在3个基因亚型:S3、S4和1个新的基因亚型。     

汉坦病毒在锦州市啮齿动物中的携带率及基因序列分析

目的研究锦州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)的感染情况及基因分型。方法采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;阳性样品扩增汉坦病毒M片段并测序;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果 2011—2013年在锦州市出血热疫区,对捕获的977只鼠进行HV抗原检测。共检出HV抗原阳性鼠肺样品43份,病毒携带率为4. 40%。依据病毒分类及命名原则将43份样品分为7个毒株,每个毒株随机选取1份HV抗原阳性样品,对部分M片段进行扩增并测定序列。分析表明7株病毒与汉城病毒(SEOV)有较高的相似性,为95. 6%～100%,而与汉滩型病毒(HTNV)相似性仅为70. 2%～71. 4%,表明7份鼠肺均携带SEOV。结论锦州地区HV优势毒株为SEO型,其主要传染源是褐家鼠,系统进化树显示分离到7株SEO起源相同,均为S3亚型,并有明显的地区聚集性,变异较小,基因型别较为稳定。     

浙江省丽水地区2株汉坦病毒分离株的型别鉴定和基因差异研究

目的 从浙江省丽水地区肾综合征出血热(HFRS)疫区阳性鼠肺标本中分离汉坦病毒(HV),并对丽水分离株进行分子生物学鉴定,分析M和S片段基因序列以确定毒株的型别和基因差异程度.方法 收集宿主动物标本,采用直接免疫荧光检测鼠肺标本HV抗原.将HV抗原阳性的鼠肺标本接种Vero-E6细胞,分离HV.提取病毒总RNA,应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒M和S基因全片段,克隆入质粒载体,纯化后测定序列,并同HV其他病毒株进行比较.结果 成功分离到2株HV,扩增出2株病毒的M和S全片段并测定了序列,经对核苷酸序列分析表明,2株病毒与现有的HTNV有最高的同源性,均为HTNV,但与国内外其他的HTNV核苷酸差异高达13.4%～20.7%和10.3%～16.1%.用M和S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,2毒株分在HTNV发生群,与HTNV的Z10、A9、Z5病毒株亲缘关系最近,但独自构成一进化支.结论 浙江丽水分离株可以定型为HTN型病毒,与国内外其他的HTN型病毒基因差异较大.     

2012年大连地区鼠携带汉坦病毒状况及基因特征分析

目的分析大连地区鼠携带汉坦病毒（HV）情况及基因特征。方法用间接免疫荧光方法检测大连地区2012年采集的鼠肺,用特异性引物扩增阳性标本中M基因片段,测序后进行生物信息学分析,构建系统进化树,以明确其型别和亚型。结果检测鼠肺188份,其中黑线姬鼠3份,褐家鼠185份,检出HV抗原阳性6份,阳性率为3．19％。所携带的病毒均为汉城型病毒（SEOV）,S3亚型。结论大连地区鼠携带HV呈地区聚集性分布,并且可能存在除S3外的其他亚型,后续应系统、连续地开展HV的分子流行病学研究以进一步明确其亚型及分布。     

深圳市2005年鼠间汉坦病毒感染的鼠情监测及病毒株SZ2083的分离鉴定

目的 了解深圳市啮齿动物自然感染汉坦病毒（HV）状况和病毒型别，为制订防制措施提供科学依据。方法 收集宿主动物资料，采用酶联免疫吸附试验和间接免疫荧光试验分别检测鼠血清特异性总抗体和IgG抗体，直接免疫荧光检测鼠肺汉坦病毒抗原。将阳性鼠肺标本接种长爪沙鼠分离HV，阳性鼠肺标本提取病毒RNA，应用型特异性引物进行逆转录-巢式PCR扩增及核苷酸序列测定从而进行分型鉴定。结果 共捕获鼠形动物472只，其中以褐家鼠为优势鼠种，带病毒率为9．96％。鼠血标本总抗体阳性76例，IgG阳性56例。成功分离到1株HV，命名为SZ2083。经逆转录一巢式PCR扩增并进行序列测定显示为汉城（SEO）型。序列比较分析发现SZ2083核苷酸序列与L99同源性为97％，而与HTN76—118株的同源性仅为76％。结论 深圳市存在着以家鼠型为主的肾综合征出血热自然疫源地。     

浙江省龙泉市汉坦病毒宿主动物自然感染状况研究

目的 调查浙江省龙泉市肾综合征出血热(HFRS)疫源地小动物中汉坦病毒(HV)的自然感染情况及其流行的基因型.方法 用鼠笼在龙泉市查田镇、小梅镇、小梅镇黄南村捕鼠.捕获的小动物进行分类鉴定并解剖取肺脏,用间接免疫荧光法(IFA)检测肺组织中HV抗原,用RT-PCR对HV抗原阳性的样本扩增部分S片段核苷酸序列并测序,构建系统发生树进行基因分型.结果 共捕获小动物319只,其中野外312只,室内7只.黑线姬鼠和东方田鼠为野外优势鼠种.肺组织标本中共检测到9份抗原阳性,带病毒率为4.97%,用部分S片段(620～999nt)的核苷酸序列构建系统发生树,结果表明均为汉滩病毒(HTNV),并与Z251分离株的亲缘关系最近.结论 龙泉市野外主要存在以黑线姬鼠为宿主的HTNV感染,且携带率较高.

Abstract：

Objective To investigate the situation of the natural infection of hantaviruses (HV) in small mammals and to provide evidence for the control and prevention of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) in Longquan area,Zhejiang province. Methods Small mammals were captured by night trap, and lung tissue samples were collected and stored in liquid nitrogen. HV antigens were detected by indirect immuno-fluorescence assay (IFA). The partial S genome segment sequences were amplified by RT-PCR. DNAStar program was used for editing and comparing the sequences. Phylogeny was analyzed through PAUP*4.0 software. Results 319 small animals were collected in Longquan, and 9 hantavirus antigen-positive samples were identified. The positive rate of hantavirus in Apodemus agrarius was 4.97% . Phylogenetic tree constructed by partial S segment (620-999 nt) showed that the 9 strains carried by A agrarius from Longquan all belonged to HTNV,and had a closer evolutionary relationship with isolate Z251 from Zhejiang province. Conclusion Our results indicated that the main host was A. agrarius and the infection rate of HTNV was high in Longquan area.     

湖南省2006年肾综合征出血热病原学监测研究

目的 了解湖南省啮齿动物中汉坦病毒带病毒率、基因型别和分布.方法 采用直接免疫荧光(DFA)法检测鼠肺汉坦病毒抗原,从汉坦病毒阳性鼠肺标本中提取病毒RNA,应用汉坦病毒型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、核苷酸序列测定以及基因分型和同源性分析.结果 总鼠密度为3.15%,鼠带病毒率为1.31%,在室内捕获的7只褐家鼠、黑线姬鼠、小家鼠、黄胸鼠鼠肺标本中均发现携带SEO型病毒,在室外捕获的1只黑线姬鼠鼠肺标本则携带HTN型病毒.成功对6份阳性PCR产物进行了序列分析,浏阳市1、2、4、6号标本同源性较高为100%,邵东市的7、8号标本同源性也较高为100%,但两地区间的同源性差异为89.3%,L99株与浏阳分离株的同源性为94.4%,与邵东分离株的同源性为88.3%.结论 湖南省汉坦病毒存在HTN和SEO型,以SEO型为主.     

湖南省2006年肾综合征出血热监测研究

目的掌握湖南省HFRS疫源地范围、类型、人群分布和流行规律以及宿主动物种类、带病毒率等情况,为防制HFRS提供科学依据。方法按照2006年《湖南HFRS监测实施方案》,在全省7个监测点系统开展HFRS的流行病学和病原学监测。采用直接免疫荧光法（DFA）检测宿主动物肺组织汉坦病毒（HV）抗原,了解自然感染汉坦病毒情况,并从HV阳性鼠肺标本中提取病毒RNA,应用HV型特异性引物进行RT-PCR扩增及核苷酸序列测定,并进行基因分型。结果2006年共报告病例560例,发病率0.89/10万。共捕获654只宿主动物,总鼠密度为3.15%,鼠带毒率为1.31%,在浏阳市、邵东县室内捕获的7只褐家鼠、黑线姬鼠、小家鼠、黄胸鼠肺标本中均发现携带汉城型（SEO）病毒,双峰县室外捕获的1只黑线姬鼠肺标本则携带汉坦型（HTN）病毒。结论湖南省为SEO型和HTN型混合型疫区,以SEO型为主。防制HFRS应以灭鼠、免疫高危人群、开展健康教育等的综合防制措施。     

大林姬鼠中汉坦病毒的分离及其S片段的序列分析

目的 分析吉林省大林姬鼠携带的汉坦病毒(HV)在进化过程中的系统发生关系。方法采用病毒分离技术、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、克隆以及测序技术对中国大林姬鼠携带的HV进行研究。结果从4只大林姬鼠Hv抗原阳性的肺组织标本中分离到2株HV(CJ189和CJ193)，对其中CJ193病毒株的S片段进行克隆、测序以及分析，基因分型结果为汉滩型(HTN)汉坦病毒。根据S片段的核苷酸序列同源性分析，CJ193与Aa2499核苷酸序列的同源性最高(94．3％)，而与Ap61、Ap63的同源性最小(83．3％，82．9％)。由全S片段构建的HTN型汉坦病毒的系统发生树表明CJ193与Aa2499等俄罗斯黑线姬鼠携带的HV的亲缘关系最近，其次为中国的HTN型病毒，然后才是Ap61、Ap63等俄罗斯大林姬鼠携带的HV。结论从我国吉林省大林姬鼠分离到的CJ193株是HTN型汉坦病毒的新亚型。     

Dynamics of hantavirus infections in humans and animals in Wuhan city,Hubei, China

Hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) has been a significant public problem since the first cases were reported in 1961 in Wuhan city (capital of Hubei province of China). Epidemiological surveys were carried out to better understand the dynamics of hantavirus infection in humans and animals in Wuhan. During 1961–2011, a total of 21,820 HFRS cases were registered in Wuhan. The two large epidemics had occurred during 1970–1991. They reached peaks in 1973 and 1983, respectively. There have been <10 cases since 2005. The disease occurred in the whole region including the downtown areas, but mainly in two districts. Although in 1980s and 1990s HFRS cases mainly recorded in August and winter, since 2000 the disease has mainly occurred in spring and summer. In this study, hantaviruses were identified in Apodemus mice, Rattus rats, and Mus mice by indirect immunofluorescent-assay and RT-PCR. Serological and genetic analyses showed that Hantaan virus (HTNV) and Seoul virus (SEOV) co-circulated in rodents. Phylogenetic analysis of hantaviral genome sequences revealed a novel genetic lineage of HTNV circulating in rodents in Wuhan. Another lineage of HTNV was closely related to the lineages from the provinces located in the origin and delta of Yangtze River. Remarkably, SEOV variants identified in Wuhan were more closely related to the variants found outside China. Results of the present study showed that HFRS cases in Wuhan are caused by HTNV and SEOV. Phylogenetic analysis of the hantavirus sequences revealed that a novel genetic lineage of HTNV is present in rodents in Wuhan.     

呼和浩特市鼠类携带汉坦病毒的基因分型

目的对呼和浩特市流行的汉坦病毒进行基因分型,为制定肾综合征出血热防制对策提供科学依据。方法对经间接免疫荧光试验初筛为阳性的鼠肺标本用汉坦病毒型特异性引物,以巢式逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增部分M和S基因片段上的目的核苷酸序列,纯化回收测序后,将扩增片段的核苷酸序列与已知病毒的核苷酸序列进行比较,以明确汉坦病毒的基因型及基因亚型。结果呼和浩特市33份阳性鼠肺中,其中32份为褐家鼠肺,1份为小家鼠肺,经巢式RT-PCR扩增,用汉城病毒型特异性引物共扩增出部分S、M片段(G1、G2区)69个,经同源性和系统发生分析,褐家鼠和小家鼠所携带汉坦病毒均为汉城型S1亚型。结论呼和浩特市家鼠中流行的汉坦病毒为汉城型,与流行病学分型一致。