贵州省一起人间布鲁氏菌病疫情高危人群调查及分离菌遗传特征分析

目的对贵州省威宁县一起人间布鲁氏菌病(布病)疫情中的高危人群进行血清学调查、菌株分离鉴定及遗传特征分析,为布病疫情的防控提供科学依据。方法采用试管凝集试验对疫情中的高危人群进行抗体检测,采用虎红平板试验检测该起疫情中羊群血液布鲁氏菌抗体情况,分离抗体阳性患者病原菌进行培养,应用传统方法和布鲁氏菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)、种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离菌株进行鉴定,利用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA-16)和多位点序列分型(MLST)对菌株进行分子流行病学特征分析。结果 43名高危人群中布鲁氏菌抗体阳性6名,抽取该疫情羊群血液302份经虎红平板试验检测结果显示,阳性64份,阳性率为21.19%。1名抗体阳性者分离出布鲁氏菌可疑菌,鉴定为羊种生物3型布鲁氏菌,MLVA-16结果显示与布鲁氏菌羊种生物3型聚类最近,MLST分析显示分离菌株为ST8型。结论分离自该起疫情的菌株遗传特征和鉴定结果符合羊种生物3型布鲁氏菌,MLST结果为ST8型。尽管抗体阳性并分离出布鲁氏菌,但是无相关症状,均为布鲁氏菌隐性感染者。疑似因贩运羊只引入疫畜而导致布病疫情,应引起医生、卫生及动物检验检疫等相关部门重视。     

62株克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析分子分型研究

目的利用克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法对国内62株克罗诺杆菌进行MLVA分型研究。方法利用文献报道的4个克罗诺杆菌可变串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR、毛细管电泳、基因测序方法,使用BioNumerics软件聚类分析菌株MLVA分型多态性。结果 62株菌分为8个群28个MLVA型别,其中II群的菌株数目占总菌株数目的比例最大(43.5%);菌株流行特征呈同一地区具有多个MLVA型别特点,其中MLVA-5型在多个省份有分布。结论国内克罗诺杆菌存在丰富的基因多态性;需要建立和筛选更适合中国菌株的VNTR位点来进一步优化现行的MLVA策略。     

河北省保定市一起人间布鲁菌病聚集性疫情分离菌株遗传学特征分析

目的:分析河北省保定市1起人间布鲁菌病（简称布病）聚集性疫情的流行病学和分离菌株遗传学特征,为布病疫情防控提供科学依据。方法:采用虎红平板凝集试验和试管凝集试验对2018年保定市1起人间布病疫情中的高危人群（ n=22）进行布鲁菌抗体检测;对布病患者（ n=3）血液进行培养,对分离出的菌株进行传...     

河北省鼠疫耶尔森菌多位点串联重复序列分析

目的对分离自河北省长爪沙鼠鼠疫疫源地的116株鼠疫菌株进行基因分析研究。方法根据鼠疫基因组比对,选择15对引物对测试菌株进行PCR扩增,并对扩增结果进行分析。结果 15对引物对116株实验菌株均得到相应的扩增结果,同一引物测试菌株扩增结果目标条带长度均一致,串联重复序列的重复数相同。不同引物扩增目标条带长度不同,串联重复序列的重复数也不同,如引物M52对所有菌株扩增产物长度均为153 bp,串联重复序列的重复数均为3,而引物M59的扩增产物长度为250 bp,重复数均为7。结论多位点串联重复序列分析(MLVA)证实河北省鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因稳定,鼠疫菌MLVA数据库将对未来的鼠疫菌变异和溯源提供技术支持。     

江西省羊种布鲁氏菌分子流行病学特征分析

目的 掌握江西省羊种布鲁氏菌分子特征,了解分离菌株流行病学间相关性。方法 采用多位点可变数目串联重复序列分析方法（MLVA）对江西省17个县（区） 25株人分离羊种布鲁氏菌进行分析。结果 25株羊种布鲁氏菌聚类可分为24个独立基因型,相似度为67.00%～100.00%,辛普森指数在0.000～0.773之间,MLVA8型有3个基因型,60.00%（15/25）为42型,32.00%（8/25）为43型,8.00%（2/25）为63型。MLVA11型有7个基因型,116、125型为主要基因型,两型菌株占56.00%（14/25）。结论 25株人分离羊种布鲁氏菌基因具有高度遗传多样性,菌株基因型繁多,各菌株间无明显流行病学相关性,表明江西省羊种布鲁氏菌传染来源复杂。     

陕西省布鲁氏菌分离株MLVA分型研究

目的 对陕西省1952—2019年以来保存的布鲁氏菌分离株进行MLVA分型研究,了解陕西省布鲁氏菌遗传变异情况,为制定预防控制策略提供依据。方法 基于MLVA技术对收集的121株布鲁氏菌分离株基因型进行研究,利用Bio Numerics 7.6软件进行聚类分析,计算辛普森指数。结果 基于MLVA-8分型,分为7种,即羊种菌5种（42、43、63、83及115型）,猪种菌1种（6型）及牛种菌1种（38型）,其中羊种42、43型占总数的91.74%;42型在全省10个市区均有分布;榆林、延安均有4种基因型,多样性较其他市区更丰富;基于MLVA-11,分为11种,基于MLVA-16对121株菌种进行聚类分析结果显示,所有菌株分为3个群,96个基因型,呈现基因型别的多样性,辛普森指数在0.000～0.800之间,Panel 1和Panel 2A多样性均明显低于Panel 2B。结论 MLVA技术可用于种属亲缘关系的确立、菌株遗传多样性分析以及分子流行病学溯源调查,陕西省布鲁氏菌MLVA分型显示高度基因多态性,提示陕西省布病流行呈零星和散发特征, 因此,降低传染源在区域之间的频繁流动,是控制布病疫情发生的有效手段。     

2020年陕西省布鲁氏菌MLVA分型研究及流行病学分析

目的了解陕西省布鲁氏菌病发病情况及分离菌株或核酸的基因型,掌握其流行病学及分子遗传特征,为陕西省人间布鲁氏菌病的精准防控提供科学依据。方法登录中国疾病预防控制信息系统收集2020年陕西省人间布鲁氏菌病的发病数据,分析流行特征;应用细菌学及PCR方法对分离菌株或核酸进行鉴定,进一步采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法进行分子分型,利用BioNumerics(Version 7.6)软件对MLVA结果进行分析。结果 2020年陕西省共报告人间布病1 086例,发病率为2.80/10万,涉及86个县(区),流行高峰在3 - 9月(865例),男女性别比为2.68∶ 1.00(791∶ 295),30 ～ 69岁年龄段占79.74%(866例),农民占83.43%(906例)。36株分离菌株生物型鉴定结果显示,4株是羊种变异型,3株是羊种1型,29株是羊种3型。36株分离菌株及7份核酸经BCSP31-PCR均鉴定为布鲁氏菌属,经AMOS-PCR均鉴定为羊种布鲁氏菌。经MLVA-16分型,panel1结果显示有2种基因型:42型(1-5-3-13-2-2-3-2)、63型(1-5-...     

中国鼠疫自然疫源地分型研究Ⅲ．鼠疫耶尔森菌DFR／MLVA主要基因组型生物学特征

鼠疫菌基因组型与鼠疫生态地理景观型及其主要宿主、媒介密切相关,自然组合形成鼠疫生物群落,互相依赖,互相制约,相互适应,同步进化,维持鼠疫自然疫源性和生物群落的延续。鼠疫菌差异区段／多位点串联重复序列(DF形ML讼)基因组型反映了鼠疫自然疫源地生物学特征。其型别对认识鼠疫菌自然疫源地生物学具有重要意义。通过对鼠疫菌基因组型的鉴定,可实现对鼠疫菌的追踪溯源,追溯出所代表的鼠疫主要宿主、主要媒介及其生态地理景观型的生物学特征。因此。鉴定鼠疫菌基因组型、主要基因组型对中国鼠疫预防控制、应急反恐、生物安全、监测预报及软件技术平台体系建设具有实践和理论指导意义。     

中国鼠疫自然疫源地分型研究Ⅲ.鼠疫耶尔森菌DFR/MLVA主要基因组型生物学特征

鼠疫菌基因组型与鼠疫生态地理景观型及其主要宿主、媒介密切相关,自然组合形成鼠疫生物群落,互相依赖,互相制约,相互适应,同步进化,维持鼠疫自然疫源性和生物群落的延续.鼠疫菌差异区段/多位点串联重复序列(DFR/MLVA)基因组型反映了鼠疫自然疫源地生物学特征.     

多位点可变数目串联重复序列分析对致病性钩端螺旋体分型的研究

钩端螺旋体(钩体)病是一种自然疫源性疾病.近年来以可变数目串联重复序列(variable number of tandemrepeats,VNTR)为基础的分型方法,逐渐被应用于分子流行病学研究中.本研究选取我国致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株,初步探讨多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)在钩体病分子流行病学研究中的应用价值.     

云南省鼠疫菌质粒特征及地理分布

目的探讨云南省鼠疫菌质粒分子流行病学意义.方法按Kado和Liu法提取云南省44个县市及中缅边境一带共1020株鼠疫菌的质粒,经琼脂糖凝胶电泳进行检测分析.结果云南省鼠疫菌具有相对分子质量(Mr)分别约3.93、6.05、22.97、35.65、45.35、64.82、74.59、111.36和129.55×106的9种质粒,其中3.93、35.65和111.36×106的3种质粒为云南省鼠疫菌特有.按质粒组成可分为10种不同类型的质粒谱,其中Ⅰ～Ⅴ种类型较为常见,且在分布上具有明显的地区集中现象.结论根据鼠疫菌质粒特征,可将云南省自1982年以来发生鼠疫流行的地区划分为多片相对独立的疫源地.认为80年代重新开始的家鼠鼠疫流行,可能来源于多片潜伏的鼠疫自然疫源地的复燃.     

云南省家、野鼠两型鼠疫菌比较蛋白质组的初步研究

云南省存在家、野鼠两型鼠疫疫源地.已有研究证实,两型鼠疫菌具有不同的生物学特性[1],对人群的危险度也不尽相同.进一步探究二者间的差异,为制定合理的防治策略提供更多依据.蛋白质组分析是一种以双向电泳和飞行质谱鉴定为核心技术的方法,具有高通量、重复性好以及较敏感等优点.在鼠疫菌的蛋白质组分析中,有针对鼠疫菌Ⅲ型分泌系统低钙反应抗原[2,3]、鼠疫菌毒力相关蛋白[4,5]、外膜蛋白和内膜蛋白[6,7],以及针对不同生长条件下蛋白质组差异表达的分析[8].本研究旨在通过对云南家、野鼠两型鼠疫菌的比较蛋白质组分析,寻找二者之间的差异蛋白及探讨其意义.     

宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴定及VNTR分型

 目的 研究宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的多态性和流行特征,揭示该地区结核病的分子流行病学特征,为结核病防治提供科学依据。方法 选择2018年1月-2019年12月具有完整病例信息的结核分枝杆菌298株,进行人型结核分枝杆菌的鉴定,用扩增RD105缺失片段的多重PCR (DTM-PCR)鉴定北京基因型菌株;应用优化的9位点数目可变串联重复序列技术(VNTR)分析北京基因型菌株的多态性。结果 298株结核分枝杆菌中,260株为人型结核分枝杆菌,DTM-PCR鉴定发现北京基因型菌株140株(53.85%),非北京基因型菌株120株(46.15%)。北京基因型菌株耐药率(32.14%)高于非北京基因型菌株耐药率(10.83%),差异有统计学意义(P<0.05)。VNTR-9位点对北京基因型菌株的分辨率为0.998 5,成簇率为12.15%。结论 北京基因型菌株在宜昌地区呈较高流行趋势,且北京基因型菌株耐药率更高。VNTR-9位点基因分型方法用于该地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴别,能准确反映宜昌地区结核分枝杆菌的分子流行病学特征。     

四川省巴塘县首次分离鼠疫菌的遗传学特征

目的 了解分离自四川省巴塘县的首株鼠疫菌的生态型和分子生物学特征,为因地制宜制定鼠疫防制策略提供科学依据.方法 将传统的鼠疫菌生化表型鉴定方法和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的分型方法相结合,确定巴塘县鼠疫菌株的型别,并进行溯源分析.结果 四川省巴塘县鼠疫菌株能够酵解甘油、阿拉伯糖和麦芽糖,且具有硝酸盐还原能力,但不能酵解鼠李糖,符合青藏高原生态型鼠疫菌的表型特征;MLVA型别与分离自青海省和西藏自治区的青藏高原生态型鼠疫菌相同.结论 四川省巴塘县鼠疫菌的生态型为青藏高原型,与该菌株亲缘关系最近的鼠疫菌在青海省和西藏自治区均有分布.巴塘县是一个新发现的青藏高原喜马拉雅旱獭型鼠疫自然疫源地.     

Molecular subtyping of Bacillus anthracis and the 2001 bioterrorism-associated anthrax outbreak,United States

Molecular subtyping of Bacillus anthracis played an important role in differentiating and identifying strains during the 2001 bioterrorism-associated outbreak. Because B. anthracis has a low level of genetic variability, only a few subtyping methods, with varying reliability, exist. We initially used multiple-locus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) to subtype 135 B. anthracis isolates associated with the outbreak. All isolates were determined to be of genotype 62, the same as the Ames strain used in laboratories. We sequenced the protective antigen gene (pagA) from 42 representative outbreak isolates and determined they all had a pagA sequence indistinguishable from the Ames strain (PA genotype I). MLVA and pagA sequencing were also used on DNA from clinical specimens, making subtyping B. anthracis possible without an isolate. Use of high-resolution molecular subtyping determined that all outbreak isolates were indistinguishable by the methods used and probably originated from a single source. In addition, subtyping rapidly identified laboratory contaminants and nonoutbreak-related isolates.     

四川省结核分枝杆菌VNTR分型研究

目的评价不同串联重复序列(VNTR)位点在四川省结核分枝杆菌中的基因多态性,以及不同VNTR位点组合在四川省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析技术(ML-VA)对102株四川省结核分枝杆菌菌株的15个VNTR位点进行分析,基因多态性分析采用Hunter-Gaston指数,聚类分析采用BioNumerics软件。结果 15个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点Mtub21(HGI 0.772)和MIRU26(HGI 0.764)的多态性较高,ETR-C(HGI 0.168)和MIRU23(HGI 0.077)的多态性较差。ETR-B和ETR-C两个位点在对四川省北京基因型结核分枝杆菌进行分型时则不具有多态性。对不同的VNTR位点组合进行比较,随着VNTR位点的增加,VNTR分型方法的分辨能力也有所提高。10个VNTR位点组合的分辨指数与15位点组合的分辨指数相差不大。同一VNTR位点在不同地区北京基因型菌株中的分辨力也存在较大的差异。结论不同VNTR位点在四川省结核分枝杆菌中具有不同的分辨力,并且同一VNTR位点在不同地区的北京家族菌株中的分辨力也不同。10个VNTR位点组合的基因分型方案可用于四川省结核分枝杆菌基因分型的一线方法。本研究的数据结果对挑选适合中国结核分枝杆菌基因分型的VNTR位点组合法具有重要的作用。