2015-2019年湖北省流行性腮腺炎病例腮腺炎病毒基因特征

目的分析2015-2019年湖北省流行性腮腺炎(流腮)病例的腮腺炎病毒(Mumps virus, MuV)基因特征。方法收集2015-2019年湖北省流腮病例咽拭子标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测MuV核酸、扩增SH基因并进行序列分析;对核酸阳性标本进行MuV分离培养,对分离株进行全基因序列分析。结果共获得22例流腮病例的MuV SH基因序列,其中16例为F基因型(2015年11例、2017年4例、2019年1例),6例为G基因型(均为2019年病例);分离到6株MuV毒株,其中5株为F基因型,1株为G基因型。16株F基因型MuV和6株G基因型MuV的SH基因核苷酸同源性分别为94.9%-100%和99.4%-100%。6株MuV分离株与中国疫苗株S79和Jeryl-lynn株的核苷酸同源性为92.9%-93.1%。结论 2015-2019年湖北省MuV优势基因型为F基因型,2019年首次发现G基因型且为当年流行优势株。需继续开展病原学监测,为流腮防控提供实验室依据。     

福建省2015年一起流行性腮腺炎暴发的病原学分析北大核心

目的分析福建省2015年一起流行性腮腺炎暴发的病原学特征及基因变异情况。方法通过Vero/Slam细胞进行病毒分离;采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增小疏水蛋白基因片段进行病毒鉴定;应用序列分析软件对病毒基因特征进行比较分析。结果成功分离到9株腮腺炎病毒,均属于G基因型。9株分离株核苷酸序列同源性为99.0%-100%,氨基酸序列同源性为98.0%-100%;与国内其他省流行的F基因型代表株核苷酸与氨基酸差异均〉13.0%;与疫苗株的核苷酸及氨基酸平均差异分别为15.3%和34.5%;同2003年流行于英国的G2亚型病毒代表株核苷酸序列同源性最高（96.8-97.2%）。腮腺炎病毒分离株SH基因的核苷酸存在8个特异性突变位点,其中CNT68、ANT199、TNT271是新发现的突变位点;部分氨基酸保守位点也发生了变化。结论此起暴发是由G基因型腮腺炎病毒引起的。     

2011年陕西省流行性腮腺炎病毒株基因型别分析

目的了解陕西省流行性腮腺炎病毒株（mumpsvirus，MuV）的基因型别。方法采集腮腺炎病人咽拭子标本分离病毒，对分离到的MuV小疏水蛋白（smallhydrophobicprotein，SH）基因316个核苷酸片段进行逆转录-聚合酶链反应（reverse transeription-polymerase chain reaction，RT—PCR）扩增，对扩增产物进行序列测定和基因分型。结果从47份腮腺炎病人咽拭子标本中分离出腮腺炎病毒10株，分离率为21．3％，其中5株为F基因型，5株为G基因型。结论F基因型、G基因型两种腮腺炎病毒在陕西省流行。     

2018年广西壮族自治区防城港市流行性腮腺炎疫情K基因型病毒SH基因特征北大核心

目的分析2018年广西壮族自治区防城港市流行性腮腺炎(流腮)疫情中K基因型腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)分离株的SH基因特征。方法从2018年防城港市小学流腮疫情中采集病例血清和口腔拭子,分别采用酶联免疫吸附试验和实时荧光逆转录-聚合酶链反应检测MuV IgM/IgG抗体和核酸,对阳性核酸样本的SH基因进行扩增和测序,分析其基因特征。结果在采集样本的流腮病例中,MuV IgM、IgG抗体阳性率分别为68.2%(15/22)、100%(22/22),MuV核酸阳性率为80.8%(21/26)。选取10株MuV进行SH基因核苷酸序列分析,经鉴定均为K基因型,核苷酸同源性为99.6%-100%;其与2016年中国广西和越南K基因型株、中国S79疫苗株的核苷酸同源性分别为99.0%-99.6%、84.4%-84.8%。MuV分离株的某些氨基酸位点发生了突变。结论2018年广西防城港市流腮疫情为K基因型MuV引起;与越南K基因型MuV亲缘关系密切。需加强中越边境地区含腮腺炎成分疫苗接种和流腮监测处置工作。     

河南省2017-2020年发热伴血小板减少综合征监测分析

目的 了解河南省2017-2020年发热伴血小板减少综合征（SFTS）监测病例的流行病学和病原学特征。方法 利用描述流行病学方法对河南省2017-2020年SFTS病例特征进行分析。采集急性期病例血标本，应用实时荧光RT-PCR法检测新布尼亚病毒核酸。对部分分离到的病毒株扩增S片段基因，进行同源性分析，构建系统进化树。结果 2017-2020年河南省共报告SFTS 1 767例（疑似病例1 000例、确诊病例767例），累计死亡11例（疑似病例3例、确诊病例8例），平均病死率为0.62%（11/1 767）；发病呈逐年下降趋势（趋势χ²=12.018，P=0.001）。病例分布在6个城市28个县（区），信阳市报告1 681例，占病例总数的95.13%（1 681/1 767）。病例主要发生在4-10月，占病例总数的96.10%（1 698/1 767）。男性发病率（0.38/10万）低于女性（0.54/10万）（χ²=54.855，P<0.001）；40~84岁占病例总数的93.44%（1 651/1 767）；农民占病例总数的96.10%（1 698/1 767）。发生家庭聚集性疫情1起。共检测标本1 110份，新布尼亚病毒的平均阳性率为39.19%（435/1 110），不同年份的差异有统计学意义（χ²=25.405，P<0.001）。分离到39株新布尼亚病毒中，S片段核苷酸同源性为94.76%~99.82%。39株病毒株完整S片段遗传进化分析结果显示，34株为A基因型、2株为B基因型，3株为D基因型。结论 2017-2020年河南省SFTS以散发为主，发病呈逐年下降趋势，发病具有明显的地域性和季节性，发病范围不断扩大，女性、≥ 40岁和农民多发，不同年份新布尼亚病毒阳性率差异较大，新布尼亚病毒主要流行型别为A基因型，但仍需持续开展病原学监测。     

福建省发现输入性B3基因型麻疹病毒

目的 分析福建省2018年输入性B3基因型麻疹病毒的病原学特征。方法 采用实时荧光定量RT-PCR筛查和扩增麻疹病毒核酸阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物。对麻疹病毒N基因羧基末端634个核苷酸片段进行扩增测序,比对分析构建基因亲缘性关系树。结果 分离获得2株麻疹病毒株,18条病毒核酸序列。所有福建株在亲缘关系上与WHO B3基因型参考株同属一个分支,其中标本MV18-41和MV18-42与2018年分离于中国香港地区的毒株（HongKong.CHN/35.18）核酸同源性为100.0%;其他毒株序列与2018年分离于日本的毒株（Mvs/Osaka.JPN/38.18/B3）同源性最高（99.9%）。福建株与除B3基因型外,23种WHO不同麻疹基因型参考株之间比较,福建株与B1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源差异性最小,分别为95.1%～95.4%和95.3%;与H1基因型参考株同源差异性最大,其中与中国目前优势流行的参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7核苷酸和氨基酸同源差异分别为88.7%～89.0%和87.3%;在病毒N蛋白羧基末端150个氨基酸位点上,福建株与疫苗株（Shanghai-191）之间存在13个变异位点,但这些位点并未引起该蛋白区域的功能变化。结论 福建省成功分离获得2株B3基因型麻疹毒株,B3基因型麻疹病毒是福建省发现的新基因型麻疹病毒,在补充和丰富福建省麻疹病毒分子流行病学本底资料的同时也进一步警示必需加强输入性病例的监测,才能更好地完成福建省麻疹病毒的控制和消除工作。     

中国2006-2008年流行性腮腺炎病毒的基因特征分析

目的分析中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同）2006～2008年流行性腮腺炎（腮腺炎）病毒（Mumps Virus,MuV）的基因特征。方法针对中国2007～2008年分离到的7株MuV小疏水蛋白（Small Hydro-phobic Protein,SH）基因316个核苷酸片段进行逆转录一聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）扩增,并对该PCR产物进行序列测定,结合从基因库下载的7株2006年中国MuV毒株序列以及世界卫生组织（WHO）MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果通过比较核苷酸和氨基酸同源性和构建亲缘关系树发现,中国2006～2008年14株MuV分离株同属F基因型,但序列相互间存在差异。不同省份、不同年代的MuV毒株在亲缘关系树上呈分散交叉分布,无明显的时间和地理分布倾向。此外,通过分析2006～2008年MuV的组内和组间遗传距离发现,2006～2008年的MuV毒株序列无明显规律性变化。与序列同源性和亲缘关系树分析结果一致。结论中国2006～2008年流行的MuV同属F基因型,是由F基因型MuV的多个传播链引起的。并且1995年和2006～2008年的MuV毒株间序列差异较大,说明1995～2008年中国流行的MuV发生了一定程度的变异。另外,还发现F基因型MuV在SH基因上存在着特异性突变（CNr65、CNt105、GNt137、CNt192、CNt239）,而其它基因型MuV在这些位点上均未发生改变。     

江苏省2011年流行性腮腺炎病毒分子流行病学分析

目的:分离江苏省2011年流行性腮腺炎病毒(Mumps Virus,MuV),并分析其基因特征。方法:对江苏省2011年腮腺炎咽拭子进行病毒分离,对MuV分离株针对SH基因进行PCR扩增,并对该PCR产物进行序列测定,结合从基因库下载的中国MuV毒株序列以及世界卫生组织(WHO)MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果:通过比较核苷酸和氨基酸同源性和构建亲缘关系树发现,江苏省2011年MuV分离株属F基因型,但序列相互间存在差异。此外,通过分析江苏省2011年MuV分离株的遗传距离发现,MuV毒株序列同源性和亲缘关系树分析结果一致。结论:江苏省2011年流行的MuV同属F基因型,是由F基因型MuV的多个传播链引起的。并且2011年的MuV毒株间存在序列差异,说明在江苏省流行的MuV发生了一定程度的变异。     

福建省一起流行性腮腺炎爆发的病毒分离及基因特征分析

目的对福建省一起流行性腮腺炎(腮腺炎)爆发疫情进行病毒分离,了解其基因特征。方法应用非洲绿猴肾细胞分离病毒,逆转录-聚合酶链反应扩增小疏水蛋白(Small Hydrophobic Protein,SH)基因片段,测序并分析其基因特征。结果从爆发点采集的4例标本中,分离到3株腮腺炎病毒,均属于G基因型。此福建株与国内其他省流行的F基因型病毒株核苷酸差异性>9%,与S(上海,Shanghai)79疫苗株SH基因核苷酸差异17.6%,与1999～2005年英国流行的G2基因亚型病毒株核苷酸同源性最高(97.4%～99.8%)。结论此起爆发为G基因型腮腺炎病毒引起,是否为输入性病毒?目前在中国使用的疫苗所产生的抗体能否完全阻断?需进一步加强监测。     

中国2004～2006年流行性腮腺炎流行病学及病原学特征分析

目的了解中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同）2004～2006年流行性腮腺炎（腮腺炎）流行病学和病原学特征,为控制腮腺炎提供依据。方法对疾病监测系统报告的腮腺炎发病资料和中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家麻疹实验室的腮腺炎病毒（Mumps Virus,MuV）监测数据进行描述流行病学分析。结果中国2004～2006年腮腺炎年报告发病率分别为17.45/10万、22.40/10万、20.76/10万,各省（自治区、直辖市）均有病例报告,〈15岁儿童病例数分别占总病例数的89.77%、87.87%、85.15%,其中5～9岁病例数分别占总病例数的49.16%、46.90%、43.26%。中国2004～2006年MuV为F基因型,MuV毒株间的核苷酸同源性为95.4%～100%。结论应加强腮腺炎病毒学、流行病学监测,预防控制腮腺炎的发病和流行。     

福建省2007-2011年流行性腮腺炎流行病及病原特征分析

目的了解福建省2007-2011年流行性腮腺炎（流腮）流行病学特征,为国家扩大免疫规划控制流腮发病,制定防治策略提供科学依据。方法采用描述流行病学方法对福建省2007-2011年中国疾病预防控制信息系统流腮疫情资料进行分析。采集暴发病例咽拭子样本进行细胞培养,用RT-PCR方法鉴定并测序分析腮腺炎病毒SH基因。结果 2007-2011年福建省共报告流腮病例38 151例,呈逐年升高趋势,2011年发病率最高达43.23/10万;全年均有发病,4～7月和11月～次年1月为发病双高峰,病例主要集中在15岁以下,占83.84%;暴发疫情全部发生在中小学,并以乡中小学暴发为主。从2011年一起暴发病例分离到腮腺炎病毒,为G基因型。结论流腮发病规律目前仍未改变每4～5年一次发病高峰的周期性;为控制流腮发病率,在落实常规免疫接种的基础上,建议对重点人群开展第二剂腮腺炎疫苗接种;同时加强流腮流行病学及病原学监测,及时发现处置暴发疫情。     

2004-2007年吉林省流行性腮腺炎流行病学特征分析

目的分析吉林省流行性腮腺炎（简称腮腺炎）流行病学特征,为制定预防、控制腮腺炎措施提供依据。方法用描述流行病学方法对吉林省疾病监测信息报告管理系统报告的2004-2007年腮腺炎病例进行分析。结果吉林省2004-2007年腮腺炎总发病率在4.31/10万～15.89/10万之间;4-6月为发病高峰期;2004-2007年〈15岁儿童发病率为76.17%～84.27%,其中4～9岁儿童发病率为27.04%～41.02%。结论应制定控制腮腺炎规划和免疫策略,重点对儿童采取接种腮腺炎减毒活疫苗或含其成分的联合疫苗等干预措施。     

Mumps-Related Disease Burden in Japan: Analysis of JMDC Health Insurance Reimbursement Data for 2005–2017

BackgroundMumps vaccination coverage is low in Japan, partly because of its voluntary nature. Although pediatric cases of mumps virus infection are captured by the National Epidemiological Surveillance of Infectious Diseases program under the Infectious Disease Law, there are currently no data regarding the occurrence of mumps and its complications in adults.MethodsWe investigated the annual incidence rates of mumps and its complications based on health insurance reimbursement data for 5,209,660 individuals aged 0–64 years for 2005–2017, obtained from JMDC Inc., to estimate the mumps-related disease burden during this period.ResultsThere were three mumps outbreaks (2006, 2010, and 2016) during 2005–2017. The annual incidence of mumps was highest in individuals aged 0–5 years (808–3,792 per 100,000 persons), followed by those aged 6–15 years (658–2,141 per 100,000 persons). The incidence of mumps was higher in females than in males (male/female ratio, 0.90). Among mumps-related complications, the overall incidence (per 1,000 mumps cases) was highest for orchitis (6.6), followed by meningitis (5.8), deafness (1.3), pancreatitis (0.5), and encephalitis (0.3). No cases of oophoritis were noted. The overall incidence of mumps-related complications was 2.5 times higher in males than in females.ConclusionsThis study revealed the disease burden due to mumps and its complications in Japan during 2005–2017. These data suggest the need for mumps-prevention measures in adolescents and adults, as well as in children.Key words: disease burden, mumps, mumps complication     

Mumps resurgence in a highly vaccinated population: Insights gained from surveillance in Canada, 2002–2020

Although mumps vaccination has been routine in Canada for decades, mumps cases and outbreaks continue to occur periodically. Mumps surveillance, including monitoring of the mumps virus genotype associated with disease activity, is important to document baseline activity and to advance further research into vaccine effectiveness. Here we describe a detailed analysis of mumps cases that have been detected in Canada from 2002 to 2020, with a focus on the mumps molecular epidemiology. In total, 7395 cases of mumps were reported to the surveillance system, with outbreaks occurring in the years 2007, 2010 and 2016 to 2018. Adolescents and young adults aged 15 to 29 years had the highest risk of being a case (rate ratios ranging from 1.50 to 2.29), compared to adults aged 30 to 39. Genotypes of mumps viruses were determined in 3225 specimens. Genotype G was predominantly detected (96% of genotyped specimens) and was first reported in 2005. Other genotypes were more likely to be detected in cases that also reported travel (or were linked to imported cases) than the cases with genotype G detected (p < 0.0001). The genotype G viruses had little sequence diversity in the 316 nucleotide window used for genotyping (the small hydrophobic protein gene) and mainly belonged to a single phylogenetic lineage that included the MuVi/Sheffield.GBR/1.05 reference sequence. The analysis of over ten years of data has demonstrated that mumps genotype G, specifically belonging to a single lineage, the Sheffield lineage, is the endemically circulating virus in Canada. This lineage is seen also in other countries using the genotype A vaccine. Mumps remains endemic despite high MMR vaccination coverage which has been sufficient to eliminate circulation of measles and rubella in Canada, raising the hypothesis of the evolution towards a vaccine escape mumps virus.     

Epidemiologic and genetic characteristics of mumps viruses isolated in China from 1995 to 2010

The epidemiologic and genetic characteristics of mumps viruses detected in China from 1995 to 2010 were analyzed in this study. Mumps remains endemic in China with a high overall incidence rate. The incidence of mumps in Western China was higher than that in other regions of the country. Each year, most of mumps cases occurred between April and July, but a small peak also occurred in November and December. Mumps cases primarily affected the under 15 year old age group. Virologic data demonstrated that genotype F was the predominant circulating genotype throughout China for at least 15 years and no other genotype was detected between 1995 and 2010. Analysis of sequence data from the small hydrophobic (SH) gene indicated that multiple transmission chains of genotype F were found in various provinces of China, with no apparent chronologic and geographic restriction. This is the first report describing the epidemiology of mumps and genetic characterization of mumps viruses at the national level in China.     

2005 - 2019年湖北省学校流行性腮腺炎暴发疫情流行特征

目的 分析湖北省学校2005 - 2019年流行性腮腺炎暴发疫情的流行特征,为制定流行性腮腺炎的防控策略提供依据。方法 对2005 - 2019年湖北省流行性腮腺炎暴发疫情进行描述性流行病学分析,对不同地区暴发疫情的罹患率进行聚类分析,对疫情处置效果进行分析。结果 湖北省2005 - 2019年共发生流行性腮腺炎暴发疫情288起,报告病例12 488例,罹患率为3.16%。报告疫情较多的年份为2017、2006和2011年,月份主要集中在3 - 6月及10 - 12月;襄阳市、十堰市报告事件起数最多,武汉市和荆州市的平均罹患率最高,且所有地区疫情暴发场所均以小学为主。目前,疫情主要由属地医疗机构报告发现干预时间中位数为8.8 d,疫情持续时间为27.0 d。结论 小学是湖北省流行性腮腺炎暴发疫情的重点场所,冬春季节应加强疫情防控,及早干预疫情缩短疫情持续时间。     

Analysis of the genetic variability of the mumps SH gene in viruses circulating in the UK between 1996 and 2005

Genetic analysis (genotyping) of mumps viruses has been applied to the molecular epidemiology of mumps for over 10 years in the UK. To explore further the variation of mumps strains over time, in total, 965 sequences of the entire SH gene were analysed and compared, including 954 mumps virus strains collected in the UK between 1996 and 2005 were characterised as genotypes G2 (426), G5 (369), J (157) and F (2), which were compared with 11 F sequences found in China. Phylogenetic trees drawn for G2, G5 and J sequences showed that the diversities were greater between the sequences in earlier years (before 2001/2002) than those in later years and could be divided into two clusters within each of the three genotypes over the 10-year period. One transmission of G2, G5 and a J strain was sustained from earlier years with mutations and eventually became predominant strains. Divergences amongst the same genotype or sub-genotype was up to 4.6% for G2, 5.3% for G5 and 4.9% for J. Mutation rates per site per year based on the 316 nt of SH gene were 0.94, 1.3, 0.96 and 1.86 × 10^?2 for G2, G5, J and F respectively. The ratio of d_N/d_S was 0.556, 0.909, 0.357 and 0.811 calculated based on the sequences of G2, G5, J and F respectively. The results revealed that the possible mumps evolution process based on the SH gene was not driven by positive selection during the 10 years between 1996 and 2005.     

安阳市2005-2019年流行性腮腺炎流行病学特征分析

目的 分析2005-2019年安阳市流行性腮腺炎流行病学特征，预测疾病发病趋势，为流行性腮腺炎的科学防控提供参考依据。方法 运用描述流行病学方法对法定传染病监测系统筛选的安阳市2005-2019年流行性腮腺炎病例和突发公共卫生事件管理信息系统的流行性腮腺炎暴发疫情进行分析，应用时间序列分析方法预测2020年流行性腮腺炎发病趋势。结果 2005-2019年安阳市累计报告流行性腮腺炎病例18796例，年均报告发病率为31.06/10万，各年度流行性腮腺炎报告发病率未见明显变化趋势（APC=0.85%，t=0.407，P=0.691）。发病呈4-6月、11月至次年1月两个高峰，分别占总病例数的31.11%和29.42%；城区发病率67.66/10万，高于农村的17.19/10万；病例主要为5~9岁的学生和幼托儿童，分别占59.62%和24.85%；男女发病比为1.57:1。2005-2019年安阳市累计报告流行性腮腺炎暴发疫情17起，均为校园内暴发。预测2020年流行性腮腺炎发病与2019年同期基本持平。结论 5~9岁学生和幼托儿童是流行性腮腺炎的主要防控人群，2020年发病仍将处于较高水平。需认真落实2剂次麻腮风疫苗常规免疫策略，加强学校等集体单位流行性腮腺炎的监测和防控，对高风险人群可考虑第3剂次含腮腺炎疫苗接种。     

Optimizing molecular surveillance of mumps genotype G viruses

Mumps viruses continue to cause sporadic cases and outbreaks in countries with a high vaccination coverage for mumps. Molecular surveillance of mumps viruses can be supportive to elucidate the origin and transmission routes of mumps virus in case of an outbreak. Currently, molecular surveillance is worldwide primarily focused on sequencing of the small hydrophobic (SH) gene. However, few studies have already shown that additional genes or regions contribute to the resolution of the sequence data in such a way that mumps cases that seem to be linked to the same source on basis of the SH sequence, appear to be linked to another source or chain of transmission. Notably, this sequence information was recently extracted from the hemagglutinin-neuraminidase (HN) and fusion (F) genes (total 3364 nucleotides), or from the sum of the three non-coding regions (NCRs; total 1954 nt) between the nucleocapsid protein, phosphoprotein, matrix protein and F protein, but also from the complete genome. Here, sequence data from NCRs were compared with that of the HN and F gene, using mumps genotype G viruses detected in the Netherlands between 2010 and 2018. Results of this study indicate that NCRs sequence data provided similar or slightly better sequence resolution compared to the HN and F genes for most viruses. For molecular surveillance of currently circulating mumps genotype G viruses is sequencing of SH in combination with NCRs currently a useful approach.