hsa-miR-487b的靶基因预测及生物信息学分析

目的 对hsa-miR-487b进行靶基因的预测及功能分析,为进一步研究其功能提供线索.方法 应用Pubmed和Google检索hsa-miR-487b相关文献,选择miRanda和TargetScan两种方法预测其靶基因,取其交集,合并已经实验证实的靶基因作为进一步生物信息学分析的基因集合,对此基因集合进行功能富集分析(GO分析)和Pathway分析.结果 hsa-miR-487b序列在各物种间高度保守;其预测靶基因富集于细胞增殖、转录调控、细胞内信号传导、膜转运、染色体的结构及修饰、基因表达调控、酪氨酸激酶活性等共16个生物学过程和功能上(P＜0.05),富集于ErbB信号通路、MAPK信号通路、Fc epsilon RI信号通路、癌症信号通路等7个通路,以及甲状腺癌、膀胱癌、子宫内膜癌、结直肠癌、急、慢性白血病这些疾病通路中(P＜0.10).结论 hsa-miR-487b可能参与肿瘤发生及预后的生物学过程,为进一步实验性研究提供了线索.     

生物信息学分析miRNA-152在非酒精性脂肪肝病中的可能作用

【目的】 总结miR-152已有研究结果,并预测其可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究miR-152在非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)形成和相关的调控机制奠定基础。 【方法】 PubMed检索miR-152相关文献,生物信息学预测miR-152的靶基因,并对其进行功能富集分析和信号通路富集分析。 【结果】 miR-152已在多个类型肿瘤、先兆子痫等疾病中有报道,但尚无参与脂肪肝的研究,分析结果显示miR-152靶基因功能集中于器官发育、细胞分化、代谢等多种分子功能和生物学过程;信号通路主要富集于多种肿瘤和细胞骨架蛋白、脂肪细胞因子、胰岛素信号及wnt信号通路中。 【结论】 miR-152在非酒精性脂肪肝病中尚未见报道,其预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,为研究miR-152在非酒精性脂肪肝病中的作用提供了研究思路。     

基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析

目的 利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路。方法 利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO（gene expression omnibus,GEO）数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用PicTar、DIANA-microT-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析（gene ontology analysis）和生物通路富集分析（pathway enrichment analysis）。结果 miR-32在不同物种间高度保守。与癌旁正常组织相比,hsa-miR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常（均有P<0.05）。包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程（均有P<0.05）,涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路（均有P<0.05）。结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关。     

宫颈癌细胞株HeLa与正常宫颈细胞株Ect1/E6E7的微小RNA表达谱的差异

目的探讨宫颈癌细胞株HeLa与正常宫颈细胞株Ect1/E6E7中微小RNA(miRNA)分子表达谱的差异。方法选取HeLa细胞和Ect1/E6E7细胞各3个样本分别作为实验组和对照组,采用miRNA芯片筛选两者之间差异表达的miRNA,样品间表达变化标准以上/下调4倍作为阈值范围,并运用miRWalk软件预测差异表达miRNA可能调控的靶基因,并对这些靶基因进行信号通路的富集分析。结果在HeLa细胞中,上调超过4倍差异表达miRNA分子7个,下调超过4倍差异表达miRNA分子16个(P0.01)。生物信息学分析发现hsa-miR-126-3p的靶基因在肿瘤通路、凋亡通路以及Wnt信号通路上出现聚集;而hsa-miR-25-5p的靶基因肿瘤通路和钙离子信号通路出现聚集;且hsa-miR-205-5p靶基因在TGF-β信号通路和EGFR信号通路出现聚集。结论宫颈癌细胞HeLa与正常宫颈细胞Ect1/E6E7之间存在差异表达miRNA分子,他们可能参与宫颈癌的发生发展机制。     

食管鳞癌长链非编码RNA谱的筛选和共表达关联分析

目的构建食管鳞癌lncRNA差异表达谱,并进行共表达关联分析。方法选取2015年6—9月在安阳市肿瘤医院胸外科行食管癌根治术的6例食管鳞癌患者为研究对象,取食管鳞癌组织及匹配的癌旁正常组织,采用微阵列分析食管鳞癌lncRNA和mRNA差异表达谱,进行共表达关联分析、靶基因预测、转录因子预测,以及基因本体论(GO)、通路(Pathway)和疾病(Disease)富集分析。结果共筛选出差异表达lncRNA 2 052个,其中670个上调,1 382个下调;差异表达mRNA 3 240个,1 732个上调,1 508个下调(差异倍数为2倍以上变化且P0.05)。共表达关联分析显示lncRNA与m RNA可形成复杂的调控网络。靶基因预测结果显示,共有792个差异表达lncRNA通过顺式和反式2种方式调控靶基因,410个lncRNA有cis-调控的靶基因,370个lncRNA有trans-调控的靶基因,12个lncRNA同时有cis-和trans-调控的靶基因。GO分析结果显示,lncRNA可能调控的靶基因主要参与细胞过程、单组织过程和代谢过程等生物过程,黏合、催化活性和分子功能调节剂等分子功能,细胞器、细胞和细胞组分等细胞成分;Pathway分析显示,靶基因主要参与叶酸单碳池、补体和凝血级联和o-糖生物合成等通路。Disease分析显示,靶基因可能参与少淋巴细胞综合征(BLS)1型、进行性肌阵挛性癫痫、口腔和牙齿疾病以及局部常染色体隐性低肥厚症等。转录因子预测结果显示,lncRNA基因可能存在多种转录调控方式。结论 ESCC组织的lncRNA表达谱相较于癌旁正常组织存在明显差异,lncRNA可能参与食管癌的发生发展,从而为食管癌的诊断和治疗提供新的依据。     

人子宫内膜细胞基因表达谱研究

目的通过研究人子宫内膜细胞基因表达谱,分析人子宫内膜特异表达基因的水平及相关信号通路。方法通过新一代测序数字基因表达谱(DGE)方法对人子宫内膜细胞进行转录组测序,与人脐带间充质干细胞基因表达谱对比获得子宫内膜特异表达基因,进行GO注释富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果人子宫内膜细胞表达基因17 485个。其中与人脐带间充质干细胞基因表达谱对比,子宫内膜细胞特异表达基因3 651个。选取转录本定量FPKM值大于10个拷贝的627个子宫内膜特异表达基因,进行GO注释富集分析发现,子宫内膜特异表达基因与细胞外区域的结构和细胞外基质、胶原蛋白代谢、细胞迁移的调控等功能相关; KEGG信号通路富集分析发现,子宫内膜特异表达基因与黏着斑、吞噬泡、脂肪酸代谢、细胞凋亡等信号通路相关。结论获取人原代子宫内膜细胞的基因表达谱,并对其差异基因进行GO注释和KEGG信号通路富集分析,可为进一步研究提高子宫内膜容受性的方法提供可靠依据。     

维甲酸诱导小鼠神经管畸形胚脑中H2BK120ub1的全基因组状态变化

目的 利用染色质免疫共沉淀测序技术 (ChIP-seq ) 分析E10.5 d正常小鼠胚脑组织与维甲酸(RA)诱导神经管缺陷(NTDs)小鼠胚脑组织H2BK120单泛素化(H2BK120ub1)修饰的全基因图谱,以期发现H2BK120ub1修饰与神经管发育通路基因表达的关系,为NTDs的诊断及治疗提供生物学靶点及依据。方法 孕鼠分为随机对照组和 RA诱导的NTDs组,利用ChIP-seq 技术对获得的H2BK120ub1特异结合DNA片段进行序列鉴定,获取比对Reads,进行全基因组的Peak分析、基因注释(GO)以及功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果 E10.5 d正常小鼠脑组织和RA诱导神经管畸形小鼠脑组织两组间有306 个基因有显著的H2BK120ub1差异,根据GO富集的基因个数进行统计:在cellular component中前三位为别为Cell(82个基因), Cell part(82个基因),Organelle part(52个基因);在biological process中前三位为别为celluar process(68个基因),metabolic process(47个基因),biological regulation(40个基因);KEGG通路分析的结果主要富集于刺猬因子(HH) 信号通路、TGF-beta信号通路、Wnt信号通路等参与调控神经管发育的关键信号通路,有显著统计学意义(P<0.05)。结论 H2BK120ub1修饰的差异可作为NTDs的一个潜在的诊断及治疗靶点。     

黄曲霉毒素B 1诱导肝细胞损伤中miRNAs差异表达及其靶基因和转录调控因子分析

目的 通过分析黄曲霉毒素B 1诱导肝细胞损伤中miRNAs的差异表达情况，预测其靶基因和转录调控因子并构建三者间的网络调控图，探讨差异表达miRNAs可能发挥的生物学作用。方法 体外建立肝细胞AFB l暴露模型，通过高通量测序和生物信息学分析差异表达miRNAs及其靶基因与转录调控因子间的关系。结果 本研究得到60个差异表达的miRNAs（28个上调、32个下调），其靶基因KEGG富集后最主要的通路是cAMP信号通路，通过RT-qPCR验证得到5个低表达和3个高表达miRNAs，并将miRNAs靶基因、靶基因互作蛋白、miRNAs转录因子构建TF-miRNA-gene网络图。结论 本研究中差异表达miRNAs在AFB 1致肝细胞损伤中可能通过调控cAMP信号通路影响细胞代谢及表达、诱导细胞的增殖和凋亡，而miRNAs与靶基因和转录调控因子间的确切作用机制尚需进一步研究。     

潜伏结核感染者CD4+T细胞miR-29家族、靶基因IFN-γ的表达及生物信息学分析

目的 探讨潜伏结核感染和活动性肺结核感染对患者外周血CD4+T细胞内miR-29家族及其靶基因IFN-γ表达的影响.方法 于2012年3-12月,在山东省潍坊市某两家医院选取调查对象并分为3组:活动性肺结核组(30例)、潜伏结核感染(LTBI)组(25例)和健康对照组(30名).分离纯化3组受试者外周血中的CD4+T细胞;用核酸杂交与荧光定量PCR检测CD4+T细胞内miR-29a、miR-29b和miR-29c的表达;用定量PCR检测miR-29靶基因IFN-γ的表达;用TargetScan与PicTar联合预测miR-29家族的靶基因;用David数据库和Cytoscape软件对miR-29家族的预测靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析.结果 miR-29a、miR-29b和miR-29c在活动性肺结核组、LTBI组和健康对照组CD4+T细胞中的表达水平均不同(P ＜0.05):miR-29b和miR-29c在活动性肺结核组的表达(561.63±65.36,281.85±42.78)高于健康对照组(260.74±38.69,128.21±19.98),低于LTBI组(2030.29±321.68,620.93±79.14);miR-29a在对照组的表达水平(913.95±104.73)高于活动性结核组(323.37±54.38),低于LTBI组(4782.13±567.81).靶基因IFN-γ在3组之间的表达水平亦不同(P ＜0.05):LTBI组(0.45±0.09)低于健康对照组(1.00),而高于活动性结核组(0.11±0.03).miRNA-29家族的预测靶基因的GO功能富集于细胞外基质结构成分、转录调节活性等分子功能方面;在KEGG的通路数据库中,miR-29家族预测靶基因集合显著富集于局部黏附信号通路、调节细胞骨架与mTOR信号通路等方面.结论 LTBI和活动性结核感染明显增加了患者外周血CD4+T细胞内miR-29家族的表达,降低了其靶基因IFN-γ的表达,从而影响了信号通路等生物学过程.     

亲子依恋对小学高年级儿童心理健康的影响

【目的】 研究亲子依恋与儿童心理健康的关系,以及压力性生活事件对二者关系的调节。 【方法】 使用依恋量表、长处与困难问卷以及压力性生活事件量表对640名3~5年级的小学生进行了集体测量。 【结果】 1)亲子依恋对心理健康有显著预测性(P<0.01),其中对情绪症状和品行问题的预测作用大小依次是父子依恋、母子依恋(β:-0.18~-0.13),而对注意障碍与利他行为的预测作用大小依次是母子依恋、父子依恋和性别(β:-0.15~-0.12;0.11~0.26)。2)压力性生活事件调节了母子依恋与情绪症状(P<0.05)、父子依恋与利他行为的关系(P<0.10),削弱亲子依恋对心理健康的促进作用。 【结论】 应创建良好的亲子关系,同时降低儿童的压力性生活事件,以促进儿童的心理健康。     

留守儿童心理安全感与心理韧性现状及其关系分析

目的 了解留守儿童心理安全感与心理韧性现状及其关系,为提高留守儿童心理健康水平提供有效依据。方法 采用心理安全感量表和心理韧性量表对遵义地区两所中学的267名留守儿童和644名非留守儿童进行测评。结果 留守儿童在心理安全感各维度以及心理韧性的目标专注、情绪控制、家庭支持、人际协助等因子水平较非留守儿童差(P值均<0.05),留守男童在目标专注和积极认知因子上心理韧性水平较留守女童差(P值均<0.05);留守儿童心理韧性与其心理安全感呈显著正相关(r=0.123~0.397,P值均<0.05);心理韧性的个人力和支持力对其心理安全感各维度均具有显著效应,Beta值(绝对值)在0.121~0.440之间,解释因变量变异在21.5%~23.5%之间。 结论 遵义地区留守儿童心理安全感及心理韧性水平有待提高。提升留守儿童心理韧性水平,能有效改善留守儿童的心理安全感现状。     

上海市0~6岁非户籍儿童卫生服务需求和利用分析

【目的】 了解上海市非户籍儿童的保健状况和服务需求,为相关部门制定卫生保健政策提供依据。 【方法】 分别于2006、2009年对上海0~6岁非户籍与户籍儿童就其定期体检、营养知识、卫生服务需求等儿童保健内容进行回顾性调查。 【结果】 非户籍儿童体重低下、生长迟缓的比例比户籍儿童高,且差异有统计学意义(P<0.05);非户籍家长对"定期体检"的认知上升明显,差异有统计学意义(P<0.01);非户籍和户籍家长对儿童保健知识需求的排序相同,为“生长发育”、“营养与喂养”和“智力发育”。 【结论】 为非户籍儿童提供基本卫生保健服务,针对性健康宣传教育,可以促进非户籍儿童的健康发展。     

母乳喂养与神经行为发育的相关研究

【目的】 通过调查儿保门诊婴儿喂养情况,探讨母乳喂养与婴儿神经行为发育相关性。 【方法】 对长沙市妇幼保健院2010年7-12月进行健康体检的274例6~12月龄婴儿进行现况调查,通过问卷调查收集婴儿喂养情况,采用Gesell发育量表对婴儿的神经行为发育进行评估。用ANOVA单因素方差分析及多元逐步回归分析等方法进行统计分析。 【结果】 出生后纯母乳喂养占67.9%,纯母乳喂养6个月以上占13.1%。婴儿发育商比较,女婴发育商高于男婴(P<0.05);纯母乳喂养组高于人工喂养组和部分母乳喂养组,在适应性、大运动能区,差异有统计学意义(P<0.05);多元逐步回归分析显示:纯母乳喂养时间为婴儿发育商的主要影响因素。 【结论】 纯母乳喂养时间的延长有利于婴儿的神经行为发育。     

miR-146a-5p在不明原因复发性流产蜕膜组织中的表达及其意义

目的:探讨miR-146a-5p在不明原因复发性流产(URSA)蜕膜组织中的表达变化并分析其可能作用机制.方法:选取2019年1—12月在成都西囡妇科医院因URSA行清宫术患者(URSA组)及因无生育计划行人工流产术的正常妊娠者(正常妊娠组)各10例,收集2组所有对象的蜕膜组织.比较2组蜕膜组织中miR-146a-5p...