人类基因组微卫星DNA多态及其法医学应用

人类基因组是指人类细胞的DNA 分子中所包含的储藏有人体全部遗传信息的一整套基因它包括细胞核所构成的基因组和线粒体DNA 所构成的基因组两部分细胞核基因组规模庞大结构复杂包含了人类基因组的绝大部分基因其DNA 分子总长度可达3 10 6 Kb 基因总数约5 ~10 万个而线粒体基因组是一个结构简单的小基因组DNA 分子总长度约1 6 .6 Kb 基因数仅37 个人类基因组是一个十分稳定的体系不同民族不同群体的个体有相同数目的基因也有基本相同的核苷酸序列正是基因组结构的这种稳定性保证了人类作为一个物种的稳定性和同一物种向的共同性然而人…     

中华按蚊不同地理株基因组DNA的多态性

目的：研究中华按蚊不同地理株基因组ＤＮＡ的多态性。方法：应用ＲＡＰＤ技术，用２０个随机引物（ＯＰＥ０１￣ＯＰＥ２０）对江苏，福建，海南，贵州，陕西５个省区中华按蚊的基因组ＤＮＡ进行了ＰＣＲ扩增。     

筛选适用于小型猪遗传检测的微卫星位点

目的 筛选用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.方法 从资料和GenBank中选取扩增效果好、等位基因多、均匀分布于小型猪18条常染色体和X染色体上的100个微卫星位点,合成引物,对封闭群小型猪基因组进行PCR扩增及条件优化.PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和STR扫描技术进行分析和比较,选择多态性好的位点.结果 筛选出32个分布于不同染色体且等位基因多的微卫星位点.结论 筛选出了应用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.     

一个新的染色体8q24.1带特异性微卫星DNA的筛选和分析

运用人类高分辨染色体显微切割，ＰＣＲ和微克隆技术构建８ｑ２４．１带特异性ｐＵＣ１９文库，筛选出一个含ＣＡ重复的新的多态微卫星ＤＮＡ（（ＣＡ）ｎ）经ＰＣＲ检测人鼠杂种细胞板，证实其来源于人８类染色体，在正常人群检出１１个等位片段，杂合度为０．８４；在１１个家系中进行连锁分析。结果显示，此多态标记与三个已知的位于８ｑ２３－２４．１区域的微卫星ＤＮＡ（Ｄ８Ｓ８５，Ｄ８Ｓ１９９，Ｄ８Ｓ２８１）紧密连锁，其     

树鼩微卫星DNA的多态性研究

目的 探索并建立一种检测树鼩群体遗传多样性的方法.方法 利用聚合酶链反应(PCR)扩增技术对30只树鼩个体的11个微卫星位点进行了遗传检测.结果 所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA位点多态性较差.结论 所研究的树鼩微卫星位点中,有9个符合遗传标记特点,可用于检测树鼩群体的遗传多样性.     

近交系小鼠微卫星位点的多态性观察

目的:观察不同品系小鼠微卫星位点的多态性.方法:取6～10周龄近交系BALB/C、豫医无毛小鼠、C57、CBA及DBA/2小鼠各5只,颈椎脱臼处死后取新鲜的脑组织0.3～0.5 cm3,提取DNA.随机选择位于小鼠2、3、4和16号染色体上的5对微卫星引物(D2Nds3、D3mit17、D3mit18、D4mit2、D16mit4),应用PCR技术对5种近交系小鼠的DNA多态性进行研究.结果:5对引物在近交系小鼠各基因座上均出现一清晰条带,D16mit4、D3mit17、D3mit18具有多态性,D4mit2、D2Nds3不具有多态性.结论:筛选出的引物D16mit4、D3mit17、D3mit18可用于检测近交系小鼠的品系来源和遗传背景,且所检测的小鼠符合近交要求.     

中国大陆日本血吸虫微卫星DNA标记的研究

目的 研究中国大陆日本血吸虫（Schistosoma japonicum）微卫星DNA基因变异。方法 日本血吸虫种群取自中国大陆7个流行省现场：浙江省（嘉善），安徽省（贵池），江西省（永修），湖北省（武汉），湖南省（岳阳），四川省（茅山，天全），云南省（大理）以及菲律宾Sorsogon省。对每一种群20个样本的DNA，用11个日本血吸虫微卫星；M5A，J5N，MFI，CA11-1，S6-1，RRPS，2AAA，S7-1，CGA3，S9-1和MPA分析。结果 中国大陆日本血吸虫不同的种群之间和种群内存在高水平的多态性，进一步证实中国株和菲律宾株分属不同虫株，在中国大陆不同种群间也存在明显遗传变异。结论 证明了用微卫星对日本血吸虫进行种群基因学研究的可行性，并提示中国大陆存在日本血吸虫不同的虫株。     

胰腺癌组织微卫星DNA不稳定与肿瘤临床特征的相关性研究

胰腺癌组织微卫星ＤＮＡ不稳定与肿瘤临床特征的相关性研究李伟王殿昌李卫东王秀琴郝希山战忠利吴ＤＮＡ中微卫星序列的不稳定（ＭＩ）是发生在多种肿瘤细胞基因组中的分子事件之一［１］。我们选择消化道肿瘤尤其是胰腺癌相关基因附近的多态性位点，以ＰＣＲ方法扩增肿...     

中国人原发性食管癌微卫星DNA序列的不稳定性研究

目的检测微卫星DNA序列的不稳定性在中国人原发性食管癌中的表达并探讨其与食管癌临床病理特征之间的关系。方法应用PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳-硝酸银染色技术,检测63例中国人原发性食管癌组织中做卫星DNA序列的不稳定性。结果食管癌中微卫星DNA序列不稳定性的发生率为41．2％;微卫星DNA的不稳定性与肿瘤的病理类型有关,而与临床分期、病理分级、淋巴结转移、癌组织的侵袭性等无关。结论中国人食管癌组织中存在微卫星DNA序列的不稳定性,可能是食管癌发生过程中的早期事件．并且可能更多的参与了食管小细胞癌的发生。     

肺癌线粒体DNA拷贝数改变和微卫星不稳定性

目的 了解和分析肺癌中线粒体基因组拷贝数的改变及微卫星不稳定性(mitochondrial microsatellite instability, mtMSI).方法 采用PCR-单链构象多态性(PCR Single-stranded conformation polymorphism,PCR-SSCP)分析、序列测定和实时荧光定量PCR等方法,对37例肺癌组织线粒体DNA的拷贝数和线粒体DNA控制区内的微卫星不稳进行检测.结果 肺癌组织线粒体DNA的拷贝数/细胞为(395±125),显著低于相对应的正常肺组织(733±196)(P<0.01).37例肺癌样本中共检出mtMSI 12例(32.4%).肺癌组织线粒体基因组拷贝数的改变与控制区内的微卫星不稳定性有关(P＜0.05).结论 肺癌组织中线粒体DNA的拷贝数显著降低,可能与控制区内的微卫星不稳定性有关.     

中华按蚊和嗜人按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异

目的：比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）内转录间隔２区（ＩＴＳ２）序列差异。方法：通过对ＰＣＲ扩增的ｒＤＮＡ ＩＴＳ２片段进行克隆测序，每种蚊测定３个克隆片段序列，比较其差异。结果：中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡ ＩＴＳ２序列长度分别为４６８和４５２ｂｐ，ＧＣ含量分别为４４．８７％和４９．１２％，两序列差异为２８．８％。结论：ｒＤＮＡ ＩＴＳ２序列差异可用于建立中华按蚊和嗜人按蚊的分子     

中华按蚊代谢抗性相关基因多态性分析

目的 测定中华按蚊现场样本的宏基因组,分析代谢解毒酶相关基因的多态性。方法 在山东济宁曹县和北湖区用人帐诱捕采集按蚊,基于形态和分子特征鉴定确认蚊种,进行宏基因组Illumina测序。从NCBI数据库下载属于CYP450s、GSTs和Coe基因家族的中华按蚊8个代谢解毒酶基因序列。应用DNASTAR将宏基因组测序结果与代谢解毒酶相关基因序列进行对比,在SeqMan Pro软件上分别进行读取和SNP分析,根据开放阅读框确定SNP的位置,并判别其为同义突变SNP或非同义突变SNP。结果 分子鉴定的山东济宁曹县和北湖区中华按蚊样本分别为31只和12只,分为2组进行宏基因组测序。Illumina测序每组样本产生的reads数近200 Mb,平均长度101 bp,GC含量平均为41%（曹县）和42%（北湖区）,mapping到8个代谢解毒酶基因序列上的reads数为391~2 810条,每个位点的平均覆盖度的范围为23.72~144.93。本研究中华按蚊8个代谢抗性基因共有135个SNP位点,其中109个导致同义突变,占80.74%,26个非同义突变SNP位点（19.26%）;每Kb的SNPs位点数为8.73~29.94;非同义突变SNPs在密码子的位置主要是第1位,占50.00%（13/26）,第2位和第3位分别占26.92%（7/26）和23.08%（6/26）。结论 Illumina测序获得中华按蚊宏基因组序列中代谢抗性相关基因具有相当程度的多态性,可为进一步研究中华按蚊的抗性分子机制提供重要数据。     

诸氏鲻虾虎鱼多态性微卫星标记的开发及评价

目的 开发诸氏鲻虾虎鱼（Mugilogobius chulae）多态性微卫星标记,为诸氏鲻虾虎鱼的遗传背景评价提供基础数据。方法 采用磁珠富集法,以生物素标记的(AC)15为探针,构建了诸氏鲻虾虎鱼微卫星富集文库。经克隆、筛选、测序后,设计合成微卫星引物,利用野生群体对微卫星引物进行多态性筛选和评价。结果 共获得74个含有微卫星重复单元的序列,根据微卫星序列共设计出33对微卫星引物。利用30个野生诸氏鲻虾虎鱼样本对33对引物的微卫星位点进行了评价,其中有12个位点表现出多态性,平均有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）及多态信息含量（PIC）分别为2.9167、2.2311、0.4583、0.5633和0.4474。结论 本研究为我国本土小型海水鱼类诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记的首次开发,所筛选的微卫星标记将为诸氏鲻虾虎鱼遗传质量控制及监测提供了实验依据。     

赫坎按蚊种团中5种4株的数值分类

本文报告应用系统聚类分析和主成分分析法对赫坎按蚊种团中的中华按蚊4个地理株以及嗜人按蚊、贵阳按蚊、昆明按蚊和凉山按蚊进行分析的结果。并对分析的具体步骤作了简单介绍。     

Larvicidal and repellent potential of Moringa oleifera against malarial vector,Anopheles stephensi Liston (Insecta: Diptera: Culicidae)

Objective

To evaluate the larvicidal and pupicidal potential of the methanolic extracts from Moringa oleifera (M. oleifera) plant seeds against malarial vector Anopheles stephensi (A. stephensi) mosquitoes at different concentrations (20, 40, 60, 80 and 100 ppm).

Methods

M. oleifera was collected from the area of around Bharathiar University, Coimbatore. The dried plant materials were powdered by an electrical blender. From each sample, 100 g of the plant material were extracted with 300 mL of methanol for 8 h in a Soxhlet apparatus. The extracts were evaporated to dryness in rotary vacuum evaporator to yield 122 mg and 110 mg of dark greenish material (residue) from Arcang amara and Ocimum basilicum, respectively. One gram of the each plant residue was dissolved separately in 100 mL of acetone (stock solution) from which different concentrations, i.e., 20, 40, 60, 80 and 100 ppm were prepared.

Results

Larvicidal activity of M. oleifera exhibited in the first to fourth instar larvae of the A. stephensi, and the LC₅₀ and LC₉₀ values were 57.79 ppm and 125.93 ppm for the first instar, 63.90 ppm and 133.07 ppm for the second instar, 72.45 ppm and 139.82 ppm for the third instar, 78.93 ppm and 143.20 ppm for the fourth instar, respectively. During the pupal stage the methanolic extract of M. oleifera showed that the LC₅₀ and LC₉₀ values were 67.77 ppm and 141.00 ppm, respectively.

Conclusions

The present study indicates that the phytochemicals derived from M. oleifera seeds extracts are effective mosquito vector control agents and the plant extracts may be used for further integrated pest management programs.     

Ovicidal and repellent activities of botanical extracts against Culex quinquefasciatus,Aedes aegypti and Anopheles stephensi (Diptera: Culicidae)

Objective

To determine the ovicidal and repellent activities of methanol leaf extract of Ervatamia coronaria (E. coronaria) and Caesalpinia pulcherrima (C. pulcherrima) against Culex quinquefasciatus (Cx. quinquefasciatus), Aedes aegypti (Ae. aegypti) and Anopheles stephensi (An. stephensi).

Methods

The ovicidal activity was determined against three mosquito species at various concentrations ranging from 50-450 ppm under the laboratory conditions. The hatch rates were assessed 48 h after treatment. The repellent efficacy was determined against three mosquito species at three concentrations viz., 1.0, 2.5 and 5.0 mg/cm² under the laboratory conditions.

Results

The crude extract of E. coronaria exerted zero hatchability (100% mortality) at 250, 200 and 150 ppm for Cx. quinquefasciatus, Ae. aegypti and An. stephensi, respectively. The crude extract of C. pulcherrima exerted zero hatchability (100% mortality) at 375, 300 and 225 ppm for Cx. quinquefasciatus, Ae. aegypti and An. Stephensi, respectively. The methanol extract of E. coronaria found to be more repellenct than C. pulcherrima extract. A higher concentration of 5.0 mg/cm² provided 100% protection up to 150, 180 and 210 min against Cx. quinquefasciatus, Ae. aegypti and An. stephensi, respectively. The results clearly showed that repellent activity was dose dependent.

Conclusions

From the results it can be concluded the crude extracts of E. coronaria and C. pulcherrima are an excellent potential for controlling Cx. quinquefasciatus, Ae. aegypti and An. stephensi mosquitoes.     

中缅树鼩微卫星分子标记的筛选

目的筛选中缅树鼩微卫星分子标记,逐步填补中缅树鼩特异性遗传标记的空白。方法建立中缅树鼩基因小片段插入文库,利用5’端地高辛标记的(CA)15探针从约1500个菌落中选出36个阳性克隆。对这些克隆进行测序,发现其中15个含有重复序列,其中1个为重复克隆,1个因两端序列太短而不能设计引物。结果用Primer3软件设计13对引物。PCR结果,13对均有条带。退火温度分布在44～52℃之间。阳性克隆率为2.4%,微卫星克隆率为1%。结论利用地高辛标记探针筛选树鼩微卫星分子标记所得的微卫星克隆率,可达到传统放射性核素标记探针同等的效果,并可避免放射性危害。树鼩微卫星分子标记的筛选将为下一步进行基因组结构的分析、树鼩遗传连锁图谱的构建、分子进化和标记辅助选择等提供大量的微卫星标记。     

Larvicidal efficacy of Ethiopian ethnomedicinal plant Juniperus procera essential oil against Afrotropical malaria vector Anopheles arabiensis (Diptera: Culicidae)

ObjectiveTo screen the essential oil of Juniperus procera (J. procera) (Cupressaceae) for larvicidal activity against late third instar larvae of Anopheles arabiensis (An. arabiensis) Patton, the principle malaria vector in Ethiopia.MethodsThe essential oil of J. procera was evaluated against the larvae of An. arabiensis under the laboratory and semi-field conditions by adopting the World Health Organization standard protocols. The larval mortality was observed for 24 h of post exposure.ResultsThe essential oil of J. procera has demonstrated varying degrees of larvicidal activity against An. arabiensis. The LC₅₀ and LC₉₀ values of J. procera were 14.42 and 24.65 mg/L, respectively under the laboratory conditions, and from this data, a Chi-square value 6.662 was observed to be significant at the P=0.05 level. However, under the semi-field conditions the LC₅₀ and LC₉₀ values of J. procera were 24.51 and 34.21 mg/L, respectively and a Chi-square value 4.615 was significant at the P=0.05 level. The observations clearly showed that larval mortality rate is completely time and dose-dependent as compared with the control.ConclusionsThis investigation indicates that J. procera could serve as a potential larvicidal agent against insect vector of diseases, particularly An. arabiensis. However further studies are strongly recommended for the identification of the chemical constituents and the mode of action towards the rational design of alternative promising insecticidal agents in the near future.     

我国三带喙库蚊的随机扩增多态性DNA研究

目的：探讨我国4省三带喙库蚊的遗传多态性。方法：分别用8种随机引物对采自我国广东、福建、海南和贵州的12只三带喙库蚊的基因组DNA进行聚合酶链反应（PCR）扩增，1.5％琼脂糖凝胶电泳检测结果。用PHYLIP软件包中的NEIGHBOR程序对随机扩增多态性DNA数据进行聚类分析，然后用软件TREEVIEW绘制出系统发育树。结果：8种随机引物共扩增出RAPD片段270个，RAPD谱带均为单型。系统发育树显示，海南的2只三带喙库蚊聚为一枝，而其余标本中同一省份的标本均未能聚为独立的分枝。结论：三带喙库蚊个体间的遗传变异较大；不同省份三带喙库蚊的变异具有交叉。     

用核糖体DNA鉴别PCR区分中华按蚊和嗜人按蚊

目的：建立鉴别中华按蚊和嗜人按蚊的ＰＣＲ检测技术，并对现场标本进行检测。方法：根据中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡ ＩＴＳ２序列差异，设计种特异引物，用ＰＣＲ技术扩增种特异ＤＮＡ片段（中华按蚊４２５ｂｐ，嗜人按蚊２５３ｂｐ），根据扩增片段的长度对两种按蚊进行鉴别。结果：应用该法检测中华按蚊和嗜人按蚊的３个实验室品系共７０例，经卵鉴定的嗜人按蚊野外标本２０例，均显示单一的种特异扩增带。凉山按蚊、贵阳按蚊