rpoB基因突变与结核分枝杆菌利福平耐药相关性研究

目的 探讨临床患者痰标本中分离的结核分枝杆菌rpoB基因突变与利福平耐药之间的关系. 方法 对115株结核分枝杆菌应用L-J药敏培养法,检测对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、氧氟沙星的耐药情况;根据rpoB基因序列设计包含利福平耐药决定区（RRDR）的扩增引物,PCR法进行扩增,运用生物信息学方法对耐药决定区扩增产物序列进行比对分析,对耐药株与非耐药株基因突变率进行统计学分析. 结果 115株结核分枝杆菌经比例法药敏试验,RIF耐药株53株,占所有菌株的46.09％;53株RIF耐药株中39株rpoB基因存在不同位点的变异,突变率为73.58％,突变位点包括531、526、522、516、513、511,最主要的突变位点集中在531位,引起氨基酸呈Ser531Gln、Ser531Leu、Ser531Trp 3种形式改变;RIF敏感株62株,其中有2株检测到rpoB基因的突变,敏感株与耐药株突变率经McNemar统计检验,差异有统计学意义（P＜0.05）. 结论 岳阳地区rpoB基因变异与利福平耐药呈高度相关,rpoB基因最主要的突变位点位于531位和526位.     

合肥地区结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

目的:了解合肥地区结核分枝杆菌利福平(RFP)耐药株rpoB基因突变特点。方法:应用PCR-直接测序法对合肥地区肺结核病人痰液中分离的90株结核分枝杆菌的rpoB基因629 bp(包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)的81 bp)序列进行测定分析。结果:90株结核分枝杆菌中69株对RFP耐药,21株对RFP敏感;69株耐利福平临床分离株中53株发生rpoB基因突变,突变率为76.8%;突变发生在531位丝氨酸的31株,发生率为44.9%,发生在526位组氨酸的8株,发生率为11.6%;还有6株发生了联合突变,发生率为8.7%。21株敏感株中1株rpoB基因发生突变,突变位点是533位亮氨酸。结论:合肥地区结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB基因的RRDR发生了突变,其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点。     

47株结核分枝杆菌利福平耐药决定区基因突变特征的研究

目的了解吉林省结核分枝杆菌的利福平耐药决定区(RRDR)基因突变特征。方法结核分枝杆菌(MTB)分离自2008-2009年吉林省临床肺结核病人的痰液标本,培养方法为改良酸性罗氏(L-J)培养基。分离出的抗酸杆菌经对硝基苯甲酸(PNB)培养基初步鉴定后选出结核分枝杆菌复合群并应用比例法进行药敏试验(DST)。根据DST结果,选择22株利福平耐药株、22株利福平敏感株以及3株临界值标本进行聚合酶链式反应(PCR)扩增rpoB中包含RRDR在内的部分基因,阳性DNA片段通过基因测序以及Bioedit软件分析方法比对基因突变情况。结果 22株利福平耐药株中,16株同时对异烟肼耐药;22株利福平敏感株中,1株异烟肼耐药。利福平耐药菌株中,95%(21/22)的菌株在利福平耐药决定区RRDR发生了基因突变,其中第531位密码子突变频率占50%,第526位占27%,第533位占9%,第516位及513位均为4.5%;22株利福平敏感株中,RRDR区全部无基因突变发生;3株临界值标本中,1株在第531位密码子发生了基因突变,1株在533位发生基因突变,最后1株无突变。结论 RRDR区点突变的发生与利福平耐药高度一致;异烟肼耐药与利福平耐药高度相关。     

宁波地区不同基因型利福平耐药结核分枝杆菌耐药特征

目的 应用全基因组测序技术分析宁波市利福平耐药结核分枝杆菌(RR-TB)耐药特征,为RR-TB感染患者的临床诊疗及疫情防控提供科学依据。方法 选取宁波市耐药肺结核唯一定点诊疗机构(宁波市第二医院)耐药监测期间保存的2018-2019年59株RR-TB临床分离株,提取总DNA后进行全基因组测序。应用Perl脚本处理原始数据,并通过结核分枝杆菌(MTB)耐药基因数据库确定耐药基因相关突变,同时结合表型药敏试验结果综合分析本地区RR-TB临床分离株对异烟肼(INH)、利福平(RIF)、乙胺丁醇(EMB)、链霉素(SM)、阿米卡星(AM)、卷曲霉素(CAP)、左氧氟沙星(LFX)、丙硫异烟胺(PTO)及对氨基水杨酸(PAS)9种抗结核药物的耐药特征。结果 59株RR-TB菌株INH、RIF的耐药率分别为83.05%、100.00%;基于全基因组测序的59株RR-TB菌株共检测到40种耐药相关基因突变类型,其中以katG基因Ser315Thr(62.71%),rpoB基因Ser450Leu(62.71%),rpsL基因Lys43Arg(50.85%)和embB基因Met306Val(30.51%...     

结核分枝杆菌利福平耐药基因突变的研究

目的评价检测rpoB基因突变在结核分枝杆菌耐利福平（I肝）耐药性测定中的应用价值。方法采用DNA序列分析法和聚合酶链反应-单链构象多态性（PER—SSCP）法对91株结核分枝杆菌临床分离株（其中药物敏感株35株，耐RFP或含耐RFP耐多药株56株）rpoB基因核心区域的突变情况进行检测。结果以结核分枝杆菌H37RV为对照，所有35株药物敏感株的rpoB基因均无突变，用DNA序列分析方法检测56株耐药株中53株发生突变，敏感性为94．6％（53／56），其中最常见的突变位点是531位丝氨酸和526位组氨酸。PER—SSCP检测56株耐RFP分离株中，52株rpoB基因SSCP图谱异常，其敏感性为92．9％（52／56）。结论DNA序列分析对判断结核分枝杆菌耐利福平非常有价值。PER—SSCP可初步筛选结核分枝杆菌RFP耐药性。     

唐山地区结核分枝杆菌耐药及基因突变特征

目的 了解唐山地区结核分枝杆菌的耐药特征及其药物靶基因位点突变特征。方法 问卷调查193名研究对象的一般情况和疾病相关情况,并分析其特征与分离菌株药敏类型的相关性;抗酸染色和胶体金法确定结核分枝杆菌感染;采用试剂盒鉴定药敏类型;通过测序鉴定靶基因位点突变情况。结果 不同药敏类型菌株宿主的BMI、职业、居住地和抗生素用药史的差异具有统计学意义（P＜0.05）;193株临床分离株对一线、二线药物耐药率为37.31%和75.65%;耐药率排序前三位的药物为阿莫西林（53.37%）、氯法齐明（39.38%）和对氨基水杨酸（25.39%）;总突变率前三位分别为embB 306位点（80.66%）,ropB 531位点（72.62%）和rpoB 526位点（55.36%）;60%的基因位点只测得一种突变类型。结论 唐山地区结核分枝杆菌耐药率较高,药物靶基因位点突变率与其他研究报道相近但突变类型较为单一。     

PCR-SSCP检测结核分枝杆菌利福平耐药性

目的:建立PCR-SSCP快速检测结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB突变。方法:用比例法筛选出70株耐利福平结核分枝杆菌临床分离株,用PCR-SSCP方法检测菌株ropB基因突变,并与比例法检测结果进行对比。结果:70株耐利福平菌株中,单耐利福平菌株为12株,同时耐福平和异烟肼菌株为58株。扩增菌株rpoB基因,70株结核分枝杆菌临床分离株ropB基因突变率为91.43%(64/70),其中,耐多药菌株ropB基因突变率为91.38%(53/58),单耐利福平菌株ropB基因突变率为91.67%(11/12)。结论:用PCR-SSCP技术检测结核分枝杆菌RFP耐药性所用时间大幅缩短,检测出的结果与传统方法一致率高,但结核分枝杆菌表型耐药菌株,存在rpoB基因位点无突变的现象,是否存在其他耐药位点或耐药机制,值得深入研究。     

用DNA芯片检测结核分枝杆菌耐利福平基因突变的初步研究

目的研制一种新型DNA芯片，用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片，PCR掺入法荧光标记根据结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的目的片断，与DNA芯片杂交，同时以DNA测序法为对照。结果18株结核分枝杆菌临床分离株中，1株敏感株DNA芯片杂交结果与标准株完全相同；17株耐RFP临床分离株中有17株检测到rpoB基因突变，其中14株单位点突变，1株511和516位双位点突变，与测序结果完全一致。另有两株为517和518、526和517位双位点突变，因为芯片上未点517位突变的探针，所以只检测到518和526位的突变，该突变与测序结果完全一致、结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变，可用于临床耐药性的检测，指导临床用药。     

55株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因突变研究

[目的]了解福建省耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因的突变特征。[方法]PCR扩增了55株结核分枝杆菌临床分离株，对包括81个碱基利福平耐药决定区（RRDR）在内的rpoB基因片段进行序列测定。[结果]10株敏感菌株rpoB基因未检测到突变。45株耐多药分离株中有40株rpoB基因存在21种不同类型突变，其中17个点突变，2个插入突变，2个缺失。[结论]88．9％的耐多药菌株检测到rpoB基因的突变，最常见的突变部位分别是531、526和516位密码子，突变率分别是47．1％、19．6％和7．8％。     

反向杂交膜片检测结核菌耐利福平基因突变

目的利用一种新型的反向点杂交膜片,快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变.方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计寡核苷酸探针并固定于尼龙膜上,用生物素标记的引物增扩结核分枝杆菌rpoB基因片断,与膜片上探针杂交,膜片检测结果与常规药敏试验结果和测序结果进行对照.结果对63株临床分离株进行检测,10株利福平敏感株未检测到突变,53株耐利福平株,其中48株检测到突变.灵敏度为90.6%,特异度为100%,阳性预测值100%,阴性预测值66.7%.用反向点杂交膜片检测27份肺结核患者的痰标本,17份非结核的痰液标本.12份耐利福平的痰标本中,11份检测到突变,膜片检测与药敏结果的符合率为92.3%;15份利福平敏感的痰标本中,膜片检测结果有6份出现突变信号;17份非结核病的其他患者的痰液标本中有1份检测到突变.检测痰标本的灵敏度为91.7%,特异度为78.1%,阳性预测值61.1%,阴性预测值96.1%.结论反向点杂交膜片可简便、快速、较准确地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变.     

利用基因芯片检测结核分支杆菌及其利福平耐药性的研究

目的 探讨结核杆菌耐利福平(RFP)检测基因芯片在结核病诊断及其耐药性检测中的应用价值。方法 采用结核杆菌耐RFP芯片对35株RFP耐药的临床分离菌株，102例肺结核患者、27例非结核病的其他患者的痰标本中的结核杆菌及其RFP耐药性进行了检测，基因芯片检测结果与痰涂片、细菌培养及结核杆菌标准化药敏试验结果比较。结果结核杆菌耐RFP检测芯片检测35株耐药株，有33株判定为RFP耐药株，与传统药敏试验结果的符合率为94．29％。对27份其他患者的痰液标本进行结核杆菌检测，特异性为92．59％。对102份结核患者痰标本中结核杆菌进行检测，痰涂片法阳性率35．29％(36／102)，细菌培养法阳性率28．43％(29／102)，基因芯片法阳性率77．45％(79／102)。传统的药敏试验报告102份痰标本仅29份培养出结核分支杆菌，其中8份RFP耐药株，而基因芯片法检测102份痰标本中发现20份耐RFP结核杆菌。主要基因突变位点为531、526和516。结论 采用结核杆菌耐RFP检测芯片检测结核杆菌及RFP耐药性具有快速简便、特异性高的特点。     

结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征初步分析

目的 阐明结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法 对110株结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区（RRDR）81个碱基在内的286bp片段进行聚合酶链反应．单链构象多态性（PCR．SSCP）分析，并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌rpoB基因此扩增区域进行序列测定。其中利福平耐药株73株，非利福平耐药株11株，敏感株26株。结果 PCR—SSCP检测显示利福平耐药株中有47株有突变存在，经直接测序分析其中76．6％的菌株存在rpoB基因的单位点突变，主要集中在531位（61．1％）和526位（25．0％）；联合突变发生率为23．4％。此外，经PCR—SSCP检测，11株非利福平耐药株中2株有突变存在，26株敏感株中1株有突变存在。经直接测序分析突变涉及位点为511位、526位和535位。结论 rpoB基因耐药决定区发生突变是结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因，其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点。     

rpoB Gene mutations in rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis identified by polymerase chain reaction single-stranded conformational polymorphism.

The use of polymerase chain reaction-single-stranded conformational polymorphism (PCR-SSCP) to study rpoB gene mutations in rifampin-resistant (RIFr) Mycobacterium tuberculosis has yielded contradictory results. To determine the sensitivity of this method, we analyzed 35 RIFr strains and 11 rifampin-susceptible (RIFs) strains, using the DNA sequencing of the core region of rpoB for comparison. Of the RIFr, 24 had a PCR-SSCP pattern identical to that of H37Rv; the other 11 had four different patterns. The 11 RIFs had PCR-SSCP patterns identical to that of H37Rv. The sensitivity of the assay was 31.4%; its specificity was 100%. We observed a strong correlation between the degree of resistance and the type of mutation.     

结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药与embB基因突变的相关性研究

目的分析西安地区耐乙胺丁醇(EMB)结核杆菌临床分离株embB基因突变的特点,建立快速检测结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药性的方法。方法应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测104株结核分枝杆菌临床分离株的embB基因。结果以H37Rv标准株为对照,35株药物敏感株的SSCP和RFLP分析结果均与标准株一致,不存在突变;69株耐乙胺丁醇分离株中,39株(56.52%)SSCP泳动与标准株不一致,存在基因异常;19株(27.54%)RFLP分析存在基因异常。结论西安地区结核杆菌临床分离株对乙胺丁醇耐药与embB基因(尤其是306位密码子)突变有关,PCR-SSCP和PCR-RFLP技术可快速、准确地检测结核分枝杆菌对EMB的耐药性。     

结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究

目的 研究农村结核病人中利福平（RIF）耐药结核分枝杆菌（M．TB）临床分离株rpoB基因突变情况。为农村结核病防制提供分子遗传学依据。方法 以标准菌株H37Rv为对照，采用聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR—SSCP）分析技术，对来自苏北2个县2001年的145株M．TB分离株（其中敏感株117株。耐RIF或含RIF耐多药株28株）的rpoB基因突变的发生率进行研究。结果 农村RIF耐药或含RIF耐多药M．TB临床分离株中rpoB基因突变的发生率平均为71．4％，所有受试117株敏感株rpoB基因均无突变。与药敏试验结果对比PCR—SSCP试验的灵敏度为71．4％；其特异度为100％。结论 M．TB耐RIF与rpoB基因突变密切相关，PCR—SSCP方法可检出RIF耐药M．TB的rpoB基因突变。有助于M．TB耐药性的快速检测和耐药性防治。     

结核分枝杆菌的优化PCR检测方法的研究

〔目的〕的建立了检测结核分枝杆菌的高灵敏度和高特异性PCR扩增体系。[方法]以国内结核病人常见病原菌-结核分枝杆菌、牛分枝杆菌特异性抗原Pab编码基因上的419bp段作为扩增靶序列,扩增引物序列为5’-ACC、ACC、GAG、CGG、TTC、CCC、TGA-3’、5’-GAT、CTG、CCG、GTC、GTC、CCA、GGT-3’。〔结果〕变性温度选择69℃-70℃。PCR扩增体系的成份经优化,选择引物浓度为0.30μmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,MgC12浓度为3.5mmol/L。〔结果〕该体系对11株标准菌株和12株临床分离菌株提纯的染色体进行扩增,其中卡介苗、结核分枝杆菌、牛分枝杆菌的扩增为阳性,其他分枝杆菌为阴性。〔结论〕以提纯的染色体DNA作模板,该体系可检出5fg结核杆菌染色体DNA,相当于一个结核分枝杆菌。     

Pyrazinamide resistance associated with pncA gene mutation in Mycobacterium tuberculosis in Japan

Thirty Japanese clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis were analysed by pyrazinamide susceptibility testing and pyrazinamidase assay, as well as polymerase chain reaction for single-strand conformational polymorphism and direct sequencing of the gene encoding pyrazinamidase (pncA). All sensitive isolates showed pyrazinamidase activity and a wild-type pncA gene, but three resistant isolates had pncA gene mutations and lacked pyrazinamidase activity. The latter isolates showed a minimum inhibitory concentration of at least 100 mg/l by the 7H10 agar proportion method and 400 mg/l by the 7H9 liquid medium method. Isolate 28 showed T-to-C change at position 11, leading to Leu4 --> Ser substitution; isolate 29 had an 8-bp deletion from position 382; and isolate 30 had A-to-C change at position 29, leading to Gln10 --> Pro substitution. The deletion has not been described previously. This is the first demonstration of pncA gene mutations in PZA-resistant M. tuberculosis strains isolated from Japanese patients.     

上海市2000-2002年91株结核分枝杆菌分子流行病学分析

目的探讨上海地区结核病分子流行病学特点。方法对从上海市疾病预防控制中心菌株库中随机抽取的2000—2002年各50株耐药和敏感菌株进行间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和分枝杆菌散在分布重复单位（MIRU）基因型分型，并结合流行病学资料进行分析。结果抽样菌株中，具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株在上海地区分布达89％（81／91）。未接种过卡介苗（BCG）的患者中北京基因型菌株占88．5％（54／61），接种过BCG的患者中北京基因型菌株占90％（27／30），差异无统计学意义。北京基因型菌株耐药率为45．7％（37181），低于非北京基因型菌株的耐药率60．0％（6／10），差异无统计学意义。MIRU成簇菌株占所有菌株的62．6％（57／91）。结论北京基因型菌株在上海地区有广泛分布，北京基因型菌株与BCG接种和耐药无关，结核病患者中有部分是由于近期传播而引起的。