COLNING AND ANALYSIS OF THE GENOMIC DNA SEQUENCE OF AUGMENTER OF LIVER REGENNERATION FROM RAT

Objiect:To search for genomic DNA sequence of the augmenter of liver regeneration(ALR) of rat.Methods:Polymerase chain reaction(PCR)with sepcific primers was used to amplify the sequence from the rat genome.Results:A piece of genomic DNA sequence and a piece of pseudogene of rat ALR were identified.The lengths of the gene and pseudogene are 1508 bp and 442 bp,respectivel.The ALR gene of rat includes 3 exons and 2 introns.The 442 bp DNA sequence may represent a pseudogene or a ALR-related petide.Predicted amino acid sequence analysis showed that threre were 14 different amino acid residues between the gene and pseudogene.ALR-related petide is 84 amino acid residues in length and relates closely to ALR protein.Conclusion:There might be a multigene family of ALR in rat.     

大鼠肝再生增强因子的基因克隆

目的 克隆大鼠肝再生增强因子基因编码序列,并在原核细胞表达。方法 按文献报道大鼠肝再生增强因子核苷酸序列合成引物,从2周龄大鼠肝组织提取RNA,利用RT－PCR扩增大鼠肝再生增强因子基因编码区;将PCR扩增片段亚克隆到pBV221质粒,构建原核表达重组载体,导入到大肠杆菌后热诱导表达目的蛋白。结果 从大鼠肝脏的RNA中扩增到长约400bp的肝再生增强因子cDNA编码区基因,序列分析表明与文献报道一致;重组克隆经热诱导表达出分子量约15kD大小的蛋白质,与预期值一致。结论 从2周龄大鼠肝组织中成功克隆肝再生增强因子基因,并获得了原核细胞高效表达。     

肠出血性大肠杆菌O157:H7的紧密黏附素基因eae的测序及生物信息学分析

目的 克隆编码肠出血型大肠杆菌O157:H7的紧密黏附素eae基因,并对其进行测序及生物信息学分析,为研究EHEC与宿主细胞相互作用奠定基础.方法 利用PCR技术扩增eae基因,经过纯化,将其定向插入克隆载体PMD19-T simple vector并进行测序,应用生物信息学软件分析其生物学特性.结果 用PCR方法扩增eae基因,大小为2802 bp,编码934个氨基酸,用DNAstar5.0软件分析紧密黏附素(Intimin)蛋白的生物活性,在202～210、510～520、716～735个氨基酸残基的肽链上,显示该蛋白具有良好的亲水性,在175～220、300～315、550～610、710～780、825～880个氨基酸残基的肽链上具有良好的柔韧性,在220～300、615～710个氨基酸残基的肽链上,显示该蛋白具有良好的抗原性.结论 本研究用PCR法扩增出了O157:H7的eae基因,成功构建了肠出血性大肠杆菌O157:H7紧密黏附素eae基因的重组质粒,并分析了黏附素蛋白的亲水性、柔韧性、抗原性,为进一步研究大肠杆菌O157:H7黏附素的致病机制奠定了基础,为下一步表达出Intimin蛋白,进一步研究该蛋白与宿主细胞的粘附、免疫原性、抗原抗体反应提供了理论依据.     

RT-PCR一步法克隆人肝再生增强因子基因

目的 采用RT－PCR一步法，克隆人肝再生增强因子（hALR）编码序列。方法 按文献报道人肝再生增强因子核苷酸序列合成引物，提取人胎肝组织总RNA，利用一步RT－PCR法扩增人肝再生增强因子编码区基因；将PCR扩增片断克隆到pBV221质粒，构建原核表达载体。结果 获得长约400bp的hALPcDNA编码区基因，序列分析表明与文献报道一致。结论 通过RT－PCR一步法成功克隆人肝再生增强因子基因，为制备人ALR基因工程产品及研究其多种生物学作用奠定了基础。     

单纯疱疹病毒Ⅰ型胸苷激酶基因的扩增、克隆和测序

目的：对单纯疱疹Ⅰ型胸苷激酶基因扩增、克隆和测序．方法：从单纯疱疹病毒Ⅰ型（ＨＳＶ－１）１７ｓｙｎ＋株感染的ＢＨＫ２１细胞上清液中提取ＨＳＶ－１基因组ＤＮＡ，以此为模板，用ＰＣＲ方法扩增胸苷激酶（ＴＫ）．将扩增的片段克隆入载体ｐＵＣ１８中，并进行测序．结果：除终止码外，ＨＳＶ－１ＴＫ基因全部编码区为１１２８ｂｐ，编码３７６个氨基酸，其中含１２个蛋氨酸，４个半胱氨酸．ＴＫ的第２４９和２５０位氨基酸残基分别为Ｌｅｕ和Ｇｌｎ，其相应密码子为ＣＴＧ，ＧＡＧ，构成１个ＰｓｔＩ位点，第３１３和３１４氨基酸残基分别为Ａｓｐ和Ｖａｌ，其相应密码子为ＧＡＣ和ＧＴＣ，构成另一个ＰｓｔＩ位点．结论：本研究扩增出了ＨＳＶ－１ＴＫ基因的全部编码区序列     

大鼠肝脏再生增强因子cDNA的克隆及其序列分析

目的：克隆大鼠肝脏再生增强因子（ALR）cDNA,并对其序列进行分析。方法：建立大鼠2/3肝切除模型,从再生肝组织中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增出大鼠ALRcDNA,亚克隆于pGEM-T载体,并将DNA序列及其推测的氨基酸序列与Genebank作同源性比较。结果和结论：克隆到大鼠ALRcDNA,经核苷酸序列测定证实序列完全正确,其核苷酸序列没有任何突变,它与酵母ERV1cDNA有较高的同源性,核苷酸序列同源性达54.99％,氨基酸序列同源性达47.01％,并发现氨基酸序列中含有锌指蛋白结合区域。     

牛催乳素基因组全序列的克隆及在真核细胞中的表达

目的：构建牛催乳家(bPRL)为目的基因转基因动物—乳腺生物反应器。方法：采用长距离PCR技术，首次从正常牛外周血细胞中克隆到全长9388bp的bPRL基因组序列，利用亚克隆的方法将bPRL基因组DNA克隆到真核表达载体pcD—NA3．1( )上，构建出pcDNA3．1( )/bPRL的重组表达载体，通过脂质体转染至非洲绿毛猴肾细胞株(COS—7)，逆转录—PCR得到长度为804bP扩增片段。结果：序列测定bPRL基因包括全部5个外显子和4个内含子，5’端854bp的上游调控区以及3’端69bP的非翻译区(UTR)。bPRL cDNA包含信号肽在内的全长序列。结论：克隆的bPRL基因组DNA序列在转录水平上具有生物学功能，在体外培养的真核细胞中能够进行正常表达，为进一步建立转基因动物—乳腺生物反应器奠定了坚实的基础。     

弓形虫GRA1基因变异及真核表达载体的构建

目的：构建弓形虫致密颗粒抗原1（ GRA1）基因真核表达质粒。方法：根据GRA1基因已知序列,设计一对引物。用PCR技术从弓形虫RH株基因组DNA中扩增GRA1基因片段,插入pcDNA3质粒,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,经酶切及PCR鉴定、测序。结果：从弓形虫RH株基因组中扩增出775 bp的GRA1基因,测序显示该基因存在一135 bp的插入序列,使得所得PCR产物分子量大于预期值（628 bp）。该插入序列造成GRA1基因移码突变。结论：首次报道了变异的弓形虫RH株GRA1基因并构建了该变异基因的重组表达质粒。     

眼镜蛇血清解毒蛋白基因的分子克隆和序列分析

既往研究中作者发现，眼镜蛇血清解毒蛋白（ＣＳＡＰ）经胰蛋白酶水解后纯化所得的几个肽段中，至少在一３９肽显示其序列与大鼠血清白蛋白相关。为进一步弄清ＣＳＡＰ的毒素结合活性与其相应的分子结构关系，以眼镜蛇肝细胞建立了ｃＤＮＡ文库，借已知的胰蛋白酶水解ＣＳＡＰ所得的肽段氨基酸序列设计了一组ＰＣＲ引物。采用ＰＣＲ扩增方法从文库中筛选得ＣＳＡＰ特异性克隆，测定了ＣＳＡＰ全ｃＤＮＡ序列，然后推导出ＣＳＡＰ氨基酸序列。并得知ＣＳＡＰ为一由６１４个氨基酸残基组成的单一多肽链，分子量６９８００。根据其全序列的结构特征，尤其是其信号肽与已知的几种哺乳动物白蛋白的信号肽序列非常一致，其中半胱氨酸残基的分布规律也与其他血清白蛋白非常相似，可确认ＣＳＡＰ即为眼镜蛇血清白蛋白（ＣＳＡ）。     

人血小板反应素-1活性片段的克隆与序列分析

目的　为研究抗肿瘤基因工程药物的表达奠定基础。方法　根据 Genbank中人血小板反应素 - 1(TSP- 1) m RNA序列 ,设计和合成了两对特异引物 ,利用逆转录聚合酶反应扩增出人 TSP- 1中的两个活性片段 ,大小分别为 72 8bp和 2 5 7bp,分别命名为 TSP- 1- 和 TSP- 1- 。将此片段纯化后插入 PMDT载体。结果　限制酶切分析表明 :这两个片段已插入载体中 ,其大小与预期值相符。序列分析显示 :TSP- 1- 长 72 8bp,编码的多肽长2 12个氨基酸残基 ,推测其相对分子质量为 2 3.6× 10 3;TSP- 1- 长 2 5 7bp,编码的多肽长 86个氨基酸残基 ,推测其相对分子质量为 9.5× 10 3。结论　同源性分析表明 :TSP- 1- 和 TSP- 1- 与 Genbank中的 TSP- 1序列完全相同     

一个含有25 bp内含子的阴道毛滴虫Rab1-like新基因

目的 克隆和鉴定一个新的阴道毛滴虫Rab1-like基因(TvRab1-like)及其内含子.方法 我们从一阴道毛滴虫cDNA表达文库中分离出一个cDNA克隆,它与各物种的Rab家族蛋白有较高的同源性,因此我们进一步用BLASTP、RPS-BLAST、ClustalW和MEGA3等分析软件对该cDNA克隆进行了序列分析和进化树分析;用PCR和RT-PCR等技术分别对该基因组和mRNA进行了扩增和测序分析.结果 序列分析结果表明该cDNA克隆长705 bp,开放阅读框具603 bp,推测肽链含有200个氨基酸.序列比较分析结果提示该cDNA克隆所推测的蛋白质是一个Rab1亚家族的亚型.进化树分析也表明它属于阴道毛滴虫Rab1亚家族.基因组PCR扩增和测序分析表明该基因包含一个25 bp的内含子,该内含子具有阴道毛滴虫和其它真核生物较大内含子所具备的典型的5'GT-AG-3'和分支位点基序.RT-PCR产物及其测序分析表明在该基因的转录本中存在着未剪切和剪切后的mRNA,说明确实有内含子的存在.结论 TvRab1-like基因属于阴道毛滴虫Rab1亚家族,该基因含有一个25 bp的内含子.该内含子是至今发现的最小的阴道毛滴虫基因内含子之一,很可能也是真核生物中最小的内含子.对诸类最低等真核生物内含子的研究将有助于我们理解真核生物内含子的起源和进化.     

5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶的基因组结构分析

目的：了解５，１０亚甲基四氢叶酸还原酶（ＭＴＨＦＲ）基因组外显子／内含子结构，为进一步的研究ＭＴＨＦＲ基因及寻找突变奠定基础。方法：根据报道的人肝ＭＴＨＦＲｍＲＮＡ序列设计引物，分段扩增基因组ＤＮＡ，进行双向测序，确定基因组序列。结果与结论：ＭＴＨＦＲ基因包括１１个外显子和１０个内含子，外显子的长度分别为９９～２５２ｂｐ，内含子长度分别为１９２～９８１ｂｐ。     

共存于载脂蛋白C-Ⅰ基因和伪基因之多态性Ile-11Met

目的：探讨可能存在于载脂蛋白 ＣⅠ（ａｐｏ ＣⅠ） 的基因突变或多态性及其频率和表型。方法：通过基因特异性引物和致突变分离聚合酶链反应（ Ｍ Ｓ Ｐ Ｃ Ｒ） 技术分离和扩增ａｐｏ ＣⅠ基因和伪基因片段,采用固相荧光直读法分别对其进行 Ｄ Ｎ Ａ 序列分析;对来自德国、意大利和日本人群的 Ｄ Ｎ Ａ 库样品进行基因型和表型及其相互关系的对比研究。结果：在受检者中首次发现ａｐｏ ＣⅠ基因一多态性位点,即其编码信号肽第１１ 位密码子的第３ 个核苷酸胞嘧啶突变为鸟嘌啶（ Ｃ→ Ｇ） ,从而导致该位置野生型的异亮氨酸突变为蛋氨酸（ Ｉｌｅ１１ Ｍｅｔ） 。该ａｐｏ ＣⅠ基因多态性的等位基因频率在德国和意大利人群中显著不同（１ ．６５ ％ ｖｓ ２ ．２８ ％ , Ｐ＜ ０ ．０１） ,但在日本人 Ｄ Ｎ Ａ 库中未检出。该多态性还以高频率出现在ａｐｏ ＣⅠ伪基因中,但无论是存在于ａｐｏ ＣⅠ基因或伪基因之多态性 Ｉｌｅ１１ Ｍｅｔ,其杂合子或纯合子携带者的血脂参数与野生型比较均无明显改变。结论　揭示共存于ａｐｏ ＣⅠ基因和伪基因的多态性 Ｉｌｅ１１ Ｍｅｔ 在不同人群中的等位基因频率差异显著,但对血脂代谢无明显影响。     

桂北五步蛇金属蛋白酶原基因800bp片段的克隆和序列分析

目的：扩增桂北五步蛇金属蛋白酶原基因,并对其进行序列分析,方法：从广西桂北山区五步蛇毒腺中抽提蛇毒总RNA,采用一步法（RT－PCR和PCR在同一试管内进行）扩增金属蛋白酶原基因,对其进行电泳检测,得到3条特异的DNA条带,大小分别为1．5kb,1.3kb,和800bp,利用平端连接方法将800bp克隆至pGEM-T载体,挑选白色菌落,用酶切和PCR法对其进行鉴定,提取阳性菌落进行测序并推导编码的氨基酸序列。结果：信号肽和前肽和已报道的皖南五步蛇金属蛋白酶很相似。同源性为97．9％,但仅含有部分金属蛋白酶成熟肽的氨基酸序列。结论：推测此800bp片段为广西五步蛇金属蛋白酶原基因的一部分。     

人神经性耳聋多肽因子样基因克隆和表达分析

目的 克隆一个新的耳聋相关基因。方法 应用生物信息分析技术、ＲＡＣＥ以及ｃＤＮＡ文库筛选。结果 克隆了人的进行性肌萎缩／神经性耳聋多肽因子样基因（ｄｙｓｔｏｎｉａ／ｄｅａｆｎｅｓｓ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｋｅ,ＤＤＰＬ）。ＤＤＰＬ定位在１１ｑ２２．１－２２．２,具有二种不同的组织剪接形式的ｍＲＮＡ（ＧｅｎｅＢａｎｋ接受号：ＤＤＰＬ２ ＡＦ１６５９６７）,分别编码８３个氨基酸及５１个氨基酸。ＤＤＰＬ在     

广东菲牛蛭水蛭素基因的克隆和序列测定

【目的】研究地理因素对水蛭素基因结构变异的影响。【方法】抽提广东菲牛蛭基因组DNA ,根据已发表的水蛭素基因设计一对引物 ,从基因组DNA扩增出一特异性的大约 70 0bp片段 ,再回收、克隆和测序。【结果】广东菲牛蛭水蛭素基因全长为 6 42bp ,基因有 4个外显子 ,被三个内含子隔开。与马尼拉菲牛蛭水蛭素基因Hm1、Hm2 的同源性分别为 90 %与和 88 6 %。【结论】地理因素会影响菲牛蛭水蛭素基因结构的变异。     

鲍曼不动杆菌噬菌体SWH-Ab-1分离鉴定及其重要功能基因的生物信息学分析

目的 分离鲍曼不动杆菌噬菌体,测定其基因组DNA序列,分析预测穿孔素和裂解酶等重要功能基因及其编码蛋白的性质和功能.方法 利用双层琼脂平板法从医院污水中分离鲍曼不动杆菌噬菌体,透射电子显微镜观察噬菌体的形态特征;提取噬菌体基因组DNA,采用Illumina Hiseq2000测序仪进行全基因组测序;利用生物信息学方法对噬菌体基因组DNA序列进行功能编码基因定位、同源性分析以及对噬菌体重要功能基因编码蛋白的结构和生物功能等进行预测.结果 成功从医院污水中分离获得1株鲍曼不动杆菌噬菌体,命名为噬菌体SWH-Ab-1.噬菌体SWH-Ab-1属长尾噬菌体,对鲍曼不动杆菌具有显著裂解性.噬菌体SWH-Ab-1基因组为全长41 567 bp的双链DNA,G+C％含量为39.42％,包含51个预测功能基因,穿孔素基因和裂解酶基因分别位于噬菌体基因组的ORF02(320 ～655 bp)和ORF03(642～1 199 bp)开放阅读框,穿孔素基因序列全长336 bp,共编码111个氨基酸,其编码的HolSA1为疏水性Ⅰ型跨膜蛋白,相对分子质量为11.957 96×103,理论等电点为4.87,可能在脂肪酸代谢、转运载体及信号转导中发挥重要作用.裂解酶基因序列全长558 bp,共编码185个氨基酸,其编码的LysSA1为亲水性蛋白,相对分子质量为21.010 4×103,理论等电点为9.56,无跨膜区,可能参与氨基酸生物合成、脂肪酸代谢、辅因子生物合成等重要生理过程.两种功能蛋白均不存在信号肽序列,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.结论 噬菌体SWH-Ab-1是一种新分离的长尾裂解性噬菌体,其基因组的ORF02和ORF03开放阅读框是穿孔素和裂解酶的编码基因,编码的HolSA1和LysSA1可能组成“二元裂解系统”,协同参与噬菌体对宿主菌的裂解过程.