幽门螺杆菌16SrDNA指纹图和PCR-RFLP基因分型研究

目的　探讨我国幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)的基因多态性及其与相关疾病之间的关系。 方法　应用PCR掺入法制备 16SrRNA基因探针 ,建立 16SrDNA指纹图技术和尿素酶C(ureC)基因的PCR -RFLP法 ,并结合统计学软件进行聚类分析 ,对临床分离的 14株Hp进行基因分型。结果　 14株Hp的 16SrDNA指纹图谱显示 10个HaeⅢ杂交带型和 12个HindⅢ杂交带型 ;ureC基因的变异度较小 ,14株Hp中有 12株PCR -RFLP图谱完全一致。通过杂交结果示意图和SPSS10 0软件进行聚类分析 ,HaeⅢ、HindⅢ及两种酶杂交结果的综合 ,均将 14株Hp分为两型。两种方法结果综合进行聚类分析 ,14株Hp在基因水平上分为三型。结论　差异显著的DNA指纹图谱说明了不同Hp菌株间基因组结构的高度变异性。 16SrDNA指纹图谱较ureC基因的PCR -RFLP谱型更敏感地表达Hp各菌株的变异 ,可准确有效地对Hp作出基因分型。未发现Hp菌株间有特异的疾病图谱存在     

PCR检测唾液中幽门螺杆菌的研究

Ｈｐ与胃炎、胃溃疡甚至胃肿瘤等的发病关系密切,国际癌研究协会已于１９９４年将Ｈｐ列为人的Ⅰ类致癌因子。从唾液中直接检测Ｈｐ无创、简便,但现有ＰＣＲ法对唾液中Ｈｐ检测方法繁琐且阳性率低［１］。本文在原实验基础上,经过重新设计引物,反复多次对ＤＮＡ抽提方...     

应用PCR—RFLP分析结核分枝杆菌rpsL基因突变

目的 了解结核分枝杆菌链霉素（ＳＭ）耐药基因突变情况,建立快速检测耐药突变析的方法。方法 通过ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析６２株结核分直菌临床分离株的ｒｐｓＬ基因突变的部位和性质。结果 以Ｈ３７ＲＶ标准株为对照,１３株敏感的ｒｐｓＬ基因有ＭｂｌⅡ酶切位点;３７株耐ＳＭ分离株中,３１株（８３．８％）无ＭｂｌⅡ酶切位点;１２株耐其它抗结核药物株中,也有２株无ＭｂｏⅡ酶切位点。结论 大多数结核发枝杆菌ＳＭ耐药分     

慢性胃炎、胃癌组织中幽门螺杆菌基因分型的临床研究

目的 探讨幽门螺杆菌(HP)基因分型与慢性胃炎、胃癌的关系。方法 应用PCR—RFLP方法对36例慢性胃炎及45例胃癌组织中的幽门螺杆菌菌株进行检测。并用HindⅡ酶切尿毒酶B(UreB)扩增基因产物进行多态性分析。结果 36例慢性胃炎HP阳性24例(66．7％)，45例胃癌组织中HP阳性23例(51．1％)。二者差异无显著性。47例HP阳性标本均显示不同的RFLP图谱。胃癌组织中未发现特异性条带。结论 慢性胃炎、胃癌与HP感染密切相关。HP基因具有多态性，HP菌株存在基因型差异。PCR—RFLP方法可对HP菌株进行鉴定并将其分型。     

应用PCR—RFLP检测胃癌组织中17p^13.3杂合性丢失

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ检测胃癌组织中１７ｐ１３．３杂合性丢失王东旭房殿春罗元辉刘为纹近来研究表明，染色体特定部位的丢失与某些人类肿瘤的发生密切相关。１７号染色体短臂上一区三带三亚带（１７ｐ１３．３）就是一个常见丢失区域，这个区域可能存在一个待定的抑癌基...     

幽门螺杆菌四环素耐药与16SrDNA突变的关系北大核心CSCD

目的了解贵州地区近年来人感染幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)对四环素的耐药性及其16SrRNA基因突变情况,分析两者的相关性。方法采用琼脂稀释法对194株临床Hp菌株进行四环素药物敏感性试验;分析儿童感染株及成人感染株四环素耐药性差异;选取14株Hp四环素耐药株和14株四环素敏感株及质控株Hp26695进行16SrRNA基因片段PCR扩增与测序,与GenBank中Hp相关序列进行比对分析;选取四环素耐药株H64 PCR扩增16SrRNA基因后自然转化入受体菌Hp 26695,并用四环素药物平板(2μg/ml)筛选耐药克隆,对耐药的单克隆菌株进行16SrRNA基因片段PCR扩增与测序,并与供体菌、受体菌、GenBank中Hp ATCC26695的16SrRNA基因进行比对分析。结果 194株Hp中四环素耐药菌株32株,耐药率为16.49%。其中儿童分离菌株四环素耐药率为18.75%(6/32),成人分离株四环素耐药为16.05%(26/162),两组耐药率比较差异无统计学意义(χ~2=0.141,P>0.05)。对随机选择的14株耐药菌、14株敏感菌及质控株Hp26695进行16SrRNA基因片段测序分析,耐药株和敏感株共有突变位点有6个,分别为T809C、811+C、872+C、C989T、T1082C、T1103C;有3株耐药株存在与四环素耐药相关的A926C或A926G单碱基突变。经过自然转化,共培养出9个四环素耐药单克隆。将各单克隆转化菌和供体菌H64及受体菌26695的16SrRNA基因序列与GenBank中Hp ATCC26695比对,9株单克隆转化菌和供体菌H64一致,均存在A926G、T1082C、T1103C突变。此外,受体菌26695、供体菌H64及转化菌株均存在T809C、811+C、872+C碱基突变,有4株转化菌分别存在与供体菌H64不一致T1103C和C724T自发突变。结论本实验分离的贵州地区人感染Hp对四环素的耐药率较全国Hp四环素平均耐药率(8.8%)偏高;贵州地区四环素耐药菌株和敏感菌株16SrDNA均存在突变;T809C、811+C、872+C、T1082C、T1103C为贵州地区Hp常见的自发突变,与四环素耐药无关,而A926G突变与本地区四环素耐药相关;Hp四环素耐药还存在16SrDNA突变之外的机制。     

用PCR—SSCP技术检测并鉴定胃粘膜和唾液中的幽门螺杆菌

运用聚合酶链反应（ＰＣＲ）分别检测来自４８例患者的胃粘膜和唾液标本中的幽门螺杆菌（Ｈｐ）的种系特异性抗原基因，并进一步运用单链构象多态性分析技术（ＳＳＣＰ）鉴定存在于人群之中和同一个体不同部位的Ｈｐ菌株。结果表明：在胃粘膜Ｈｐ阳性的３６例患者中，唾液标本的检出率为７２．２％（２６／３６）。在胃粘膜Ｈｐ阴性的１２例患者中，有２例患者的唾液Ｈｐ呈阳性（１６．７％）。进一步的ＳＳＣＰ分型证实：人群中感染的Ｈｐ菌株可根据其种系特异性抗原基因区分为６种基本带型。而从２６对同时呈阳性的胃粘膜和唾液ＰＣＲ产物经ＳＳＣＰ分型，其中２５例患者呈现相同或相似带型，有１例呈明显差异。上述结果表明同一个体的不同部位存在同种菌株的可能性大，但并不排除混合性感染的可能。     

幽门螺杆菌感染的胃黏膜病变p16基因甲基化变化

幽门螺杆菌 (Ｈｐ)感染是胃癌发生的环境因素之一 ,已被国际癌症研究中心列为第一类致癌因子。但其致癌机制未明 ,更缺乏直接的分子生物学证据 ,为此 ,我们探讨了Ｈｐ感染的胃黏膜病变中抑癌基因 ｐ16甲基化变化。材料与方法一、材料1.标本 :183例患者中 ,5 7例胃癌 (ＧＣ)为本院手术标本(均为非贲门部胃癌 ) ,并经病理证实 ,12 6例为胃镜活检标本 ,作胃黏膜组织学检查 ,其中慢性浅表性胃炎 (ＣＳＧ) 30例 ,慢性萎缩性胃炎 (ＣＡＧ) 2 8例 ,肠化 (ＩＭ ) 32例 ,不典型增生(ＤＹＳ) 36例。Ｈｐ感染由快速尿素酶法和组织学Ｇｉｅｍｓａ染色确…     

幽门螺杆菌vacA基因PCR-RFLP分型

目的为幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,简称Hp)的基因分型提供一种可选择的指标,并通过分型与空泡毒素(vacuolatingcytotoxingeneAproduct,VacA)表达情况分析HpvacA基因的多态性。方法用自行设计的引物对18株Hp的vacA基因进行扩增,用7种限制性内切酶对基因扩增产物进行限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)分析;通过细胞测毒法对18株HpVacA活性进行检测。结果18株Hp的vacA扩增产物为2.75kb左右,但长度有差异;只有HeaⅢ可将vacA基因切出整齐的谱型,18株Hp被分为12种谱型。未发现VacA表达相关的谱型。结论HpvacA基因具有一定的多态性,而vacA基因的PCR产物经HeaⅢ酶切的RFLP分型可作为Hp基因分型的较理想选择指标。为Hp分子流行病学调查提供一种有效方法。     

幽门螺杆菌对克拉霉素的耐药性与23S rRNA基因突变相关性分析

[目的]研究本地区幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,HP）的克拉霉素耐药与23S rRNA基因位点突变的关系,为临床根除HP治疗提供依据.[方法]入选消化性溃疡患者180例,在胃窦小弯侧距幽门2～3cm范围内取1块胃黏膜组织行常规病理检查,在胃窦小弯侧、十二指肠球部、胃体大弯侧各取1块黏膜行HP培养,对HP阳性分离菌株进行药敏实验.选取其中克拉霉素耐药菌株35例及敏感菌株30例,对23S rRNA基因PCR扩增后进行全基因测序对比分析.[结果] 180例中HP阳性率占76.11％,活检组织培养HP阳性率占73.89％.药敏检查结果克拉霉素耐药率为33.08％.HP23S rRNA测序结果显示存在多位点突变,耐药组及非耐药组中T2182C普遍存在,A2143G、A2142G和A2097G在耐药组中多见,A2097C、A2097T仅在敏感组中发现,差异有统计学意义.[结论]本地区HP对克拉霉素耐药率高,克拉霉素耐药菌株A2143G、A2142G和A2097G位点突变高于敏感组,建议根据药敏试验指导根除HP方案.     

人胃粘膜幽门螺杆菌的flaA基因的变异

我们对52例胃粘膜活检标本和18株 Hp 临床分离株进行 Hp 特异的16S rRNA 基因和鞭毛素 A 基因 PCR 扩增和 PCR-RFLP 及 PCR-RFLP-SSCP 分析,以检测 Hp 鞭毛素 A 基因的变异性,进而研究其与 Hp 致病性的关系。结果对43例 Hp( )的 flaA 基因 PCR-RFLP(HindⅢ)大约可分7个型(变异检出率为16.3%),而PCR-RFLP-SSCP 可分37个型(变异检出率为86.0%),两者有非常显著性差异。本研究表明,flaA 基因变异性极大,PCR-RFLP-SSCP 是检测其变异的有效方法。     

幽门螺杆菌根除治疗存在问题的综合分析

目的:进一步提高内科医生对幽门螺杆菌(HP)根除治疗的认识。方法:调查1995～ 1998年4年间治疗HP的处方共计1640张,观察不同年代不合理及合理治疗HP的用药状况,分析合理和不合理治疗方案的医生分布,及两种方案随年代不同的变化情况。同时问卷调查100名医生对HP“根除”或“治愈”概念的了解以间接分析HP治疗后的处理情况。结果:不合理处方480张(29.3% ),其中主要是单一用药,不含铋剂(Bi)或质子泵抑制剂(PPI)的两联疗法或三联疗法。不合理处方中进修非消化科医生(jf)、进修消化科医生(jx)、本院非消化科医生(bf)及本院消化科医生(bx)分别占42.7% 、31.5% 、21.5% 及4 .3% 。bx与前三者比均有显著性差异P<0.05或P<0.01。结论:目前广大基层医生对“根除HP”的认识不足,治疗方法不合理,应提高对合理治疗的方案、疗程及适应证的认识,从而提高治疗质量,减少药物副作用和耐药性的发生。     

胃癌及癌前病变中HP感染与p16、CyclinD1表达的关系

目的：探讨胃癌发生、发展过程中幽门螺杆菌（HP）与p16、CyclinD1基因表达的关系。方法：免疫组化S－P法检测p16、CyclinD1。结果：在癌前病变中,HP阳性组的P16阳性表达率低于HP阴性组（P＜0．01）CyclinD1阳性表达率高于HP阴性组（P＜0．01）;在胃癌中HP阳性组的PH阳性表达率与胃癌的浸润,分化程度有关,且低于HP阴性组（P＜0．05）。CyclinD1阳性表达率在HP阳性和表性组间无差异（＞0．05）。结论：在胃癌前病变阶段,HP可能诱导癌基因PH失活和原癌基因CyclinD1激活,影响了p16和CyclinD1的表达,在胃癌中,HP感染对PH表达缺失仍起着重要作用,但不影响CyclinD1的表达。     

幽门螺杆菌鞭毛基因PCR-RFLP分析及其与胃十二指肠疾病关系的研究

目的探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)鞭毛基因(flaA和flaB)PCR—RFLP分型及其与胃十二指肠疾病的关系一方法用PCR技术分别扩增46株从消化性溃疡(25株)和非消化性溃疡(21株)患者胃黏膜中分离得到的H.pylori flaA和flaB基因，并用HpaⅡ和HindⅢ消化PCR扩增产物，琼脂糖凝胶电泳分离酶切片段，将酶切片段编码后输入SPSS10．0软件进行聚类分析．并比较不同的基因型别在溃疡组和非溃疡组的分布。结果46株H．pylori菌株flaA基因HpaⅡ和HindⅢ酶切后分别产生4种和3种酶切图谱；flaB基因HpaⅡ和HindⅢ酶切后分别产生1种和2种酶切图谱：综合flaA和flaB基因酶切结果，46株菌株可分为四个基因型别：但这四个基因型别在溃疡组和非溃疡组的分布差异无统计学意义(P=0．513)。结论应用PCR—RFLP方法可以将H.pylori fla基因分为不同的基因型别．但胃十二指肠溃疡和非溃疡组的菌株fla基因型别无差别。     

幽门螺杆菌感染及其根除治疗对血清胃泌素水平的影响

为了解幽门螺杆菌相关性胃炎及溃疡病与高胃泌素血症的关系，以及ＨＰ根除治疗对高胃泌素血症的影响，我们对９４例患者，进行空腹胃泌素测定，胃粘膜组织学及ＨＰ培养检查。应用胃病冲剂和三联疗法，进行治疗，疗程２８天。停药１月后重复上述检查。     

应用16S rDNA克隆文库筛查腹泻病暴发病原体及特异毒力基因验证

目的以16S rDNA克隆文库筛查某地腹泻病暴发的病原体,并验证筛查结果的可靠性。方法收集12份暴发期内腹泻患者的粪便标本,抽提粪便中总细菌基因组,随机抽取3例患者,应用中国传染病预防控制国家重点实验室建立的16S rDNA克隆文库方法筛查可能的致腹泻病原菌,根据筛查结果,设计致腹泻病原菌特异性毒力基因的引物进行PCR验证,同时对其它9份粪便标本进行该致病菌的PCR检测,根据致病菌的检出比例,确定可能导致本次腹泻病暴发的病原体。结果用16S rDNA克隆文库在3例患者标本中筛查到2例可能存在志贺菌或大肠杆菌,用针对志贺菌的特异性毒力基因ipaH对该2例患者标本进行PCR检测为阳性。在其它9例腹泻患者粪便标本中6例检测到志贺菌,志贺菌在腹泻病例中的总检出率为66.7%(8/12)。16S rDNA克隆文库筛查结果与志贺菌ipaH基因的验证结果均显示,3号病例的志贺细菌基因组在粪便总细菌基因组中所占的比例比2号病例高,两种检测结果具有一致性。结论志贺菌可能是导致某地本次腹泻病暴发的主要病原体。16S rDNA基因克隆文库法能快速筛查到可能的病原菌,其筛查结果比较可靠,因此,该方法对于不明原因疾病暴发流行的病原体筛查具有指导作用。     

Characterizing the composition of intestinal microflora by 16S rRNA gene sequencing

BACKGROUND This study determined the composition and diversity of intestinal microflora in patients with colorectal adenoma(CRA),which may provide precedence for investigating the role of intestinal microflora in the pathogenesis of colorectal tumors,the composition of intestinal microflora closely related to CRA,and further validating the possibility of intestinal flora as a biomarker of CRA.AIM To study the relationship between intestinal microflora and CRA.METHODS This is a prospective control case study from October 2014 to June 2015 involving healthy volunteers and patients with advanced CRA.High-throughput sequencing and bioinformatics analysis were used to investigate the composition and diversity of intestinal microflora in 36 healthy subjects and 49 patients with advanced CRA.Endpoints measured were operational taxonomic units of intestinal flora,as well as their abundance and diversity(αandβtypes).RESULTS In this study,the age,gender,body mass index,as well as location between controls and patients had no significant differences.The mucosa-associated gut microbiota diversity and bacterial distribution in healthy controls and colorectal adenomas were similar.The operational taxonomic unit,abundance,andαandβdiversity were all reduced in patients with CRA compared to controls.At the phylum level,the composition of intestinal microflora was comparable between patients and controls,but the abundance of Proteobacteria was increased,and Firmicutes and Bacteroides were significantly decreased(P<0.05).The increase in Halomonadaceae and Shewanella algae,and reduction in Coprococcus and Bacteroides ovatus,could serve as biomarkers of CRA.High-throughput sequencing confirms the special characteristics and diversity of intestinal microflora in healthy controls and patients with CRA.CONCLUSION The diversity of intestinal microflora was decreased in patients with CRA.An increase in Halomonadaceae and Shewanella algae are markers of CRA.