非小细胞肺癌自适应放疗患者血浆外泌体微小RNA差异表达谱和生物信息学分析

摘 要：［目的］ 分析Ⅲ期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)自适应放疗中不同放射敏感性患者的血浆外泌体微小RNA (microRNA,miRNA)差异表达谱,并应用生物信息学分析外泌体miRNA的作用。［方法］ NSCLC患者接受自适应放疗20次时的胸部增强CT进行肿瘤评估,划分为放射敏感组与放射抵抗组,从中筛选出5对进行下一步研究。 通过QIAseq建库方法构建稳定的 miRNA 特异文库,并利用Illumina高通量测序技术检测miRNA差异表达谱。对差异miRNA靶基因进行生物信息学分析,分析其涉及的主要生物学功能及信号通路。［结果］ 与放射敏感患者相比,放射抵抗患者血浆外泌体中共有 142个miRNA异常表达,其中下调 42个,上调 100 个。通过基因本体富集及京都基因与基因组百科全书的通路富集分析,上述差异表达miRNA的靶基因功能主要富集于TGF-β、Hedgehog、mTOR、p53等信号通路,涉及RNA聚合酶、泛素样蛋白转移酶等多种细胞生化代谢途径,并参与细胞黏附、细胞周期、衰老等多种生物学过程。 ［结论］ 不同放射敏感性NSCLC患者血浆外泌体miRNA表达谱发生了明显变化,可能通过TGF-β等信号通路在NSCLC放射敏感性调控中发挥重要作用。     

鼻咽癌患者血清sICAM-1和SAA1及HSP70检测临床意义分析

目的:探讨可溶性细胞间黏附分子-1(sICAM-1)、血清淀粉样蛋白A1 (SAA1)和热休克蛋白70 (HSP70)在鼻咽癌患者血清中的表达水平及其诊断价值.方法:用酶联免疫吸附法(ELISA)对30例鼻咽癌转移患者,27例鼻咽癌未转移患者和30名正常人的血清sICAM-1、SAA1和HSP70进行检测.结果:血清sICAM-1、SAA1和HSP70含量在鼻咽癌组与正常对照组、鼻咽癌淋巴结转移组与无淋巴结转移组之间差异均有统计学意义,P值均＜0.01.血清sICAM-1和HSP70水平在不同TNM分期中差异有统计学意义,随着TNM分期的提高,其血清水平逐步提高,P＜0.01.而且这3种蛋白质在鼻咽癌患者血清中均具有相关性,即在鼻咽癌患者血清中,这3种蛋白质中的某一种蛋白质含量升高,则另外2种蛋白质的含量也会上升,P＜0.01.结论:经双向电泳和质谱鉴定出的蛋白质在3组标本中确实具有差异,且有一定意义.sICAM-1和HSP70的表达随着鼻咽癌的发展逐渐增强,可能反映鼻咽癌的进展.动态检测鼻咽癌患者血清sICAM-1、SAA1和HSP70的水平,可作为鼻咽癌诊断的一个重要指标,有一定的临床价值.     

不同碘水平下血清外泌体miRNA的表达对甲状腺乳头状癌淋巴结转移的早期诊断价值

目的:探讨甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma, PTC)淋巴结转移(lymph node metastasis, LNM)患者在高碘及正常碘水平下的血清外泌体微小RNA(microRNA,miRNA)差异表达谱,为不同碘水平下PTC LNM的早期鉴别诊断提供参考依据。方法:选取高碘及正常碘PTC LNM⁺组与PTC LNM^-组各5例样本,提取血清外泌体miRNA进行高通量测序,筛选不同碘水平下PTC LNM⁺组共有的差异表达miRNA。并进行靶基因预测、GO富集分析和KEGG富集分析。结果:高碘和正常碘PTC LNM⁺组共有的差异表达外泌体miRNA有5个,其中hsa-miR-7113-5p、hsa-miR-873-3p、hsa-miR-548q在不同碘水平下表达情况相反,hsa-miR-616-3p、hsa-miR-5189-5p均表达上调。差异外泌体miRNA调控HIF-1信号通路、神经活性配体-受体的相互作用和GnRH信号通路。结论:血清外泌体hsa-miR...     

60Coγ射线全身照射大鼠尿液的非标记定量蛋白质组学分析

目的:鉴定全身照射大鼠尿液中的异常表达蛋白质,筛选辐射敏感生物标志,并分析其功能和相关生物学过程.方法:以未照射大鼠为阴性对照,分别采用1、5 Gy(剂量率1 Gy/min)的60Coγ射线全身照射30只大鼠,收集照射后第1和第3天的尿液样本,采用非标记(label-free)质谱技术检测样本中所鉴定蛋白的相对表达水平,筛选差异表达蛋白,进一步使用Uniport、DAVID数据库对其进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并使用STRING在线网站构建蛋白-蛋白相互作用网络.结果:本研究各样本共鉴定出1069种蛋白.照射后第1和第3天,与对照组比较1和5 Gy照射组均出现差异表达的蛋白279种,其中190种表达上调,97种表达下调.GO富集分析结果显示差异蛋白主要涉及对药物反应、氧化还原、老化等生物学过程,分布在细胞外泌体、细胞外空间等区域,发挥蛋白质同源二聚化活性、蛋白质结合以及钙离子结合等分子功能.KEGG富集分析结果显示差异蛋白主要涉及抗生素生物合成、谷胱甘肽代谢、碳代谢、代谢途径等多种信号通路.结论:γ射线照射后大鼠尿液蛋白质组学的综合分析表明,Gusb、Reg3g、GCLM、AZGP1蛋白上调和Ly6d蛋白下调可作为辐射敏感候选生物标志.     

ASPM调控鼻咽癌细胞周期及抑制细胞增殖的作用及机制探讨

目的:通过生物信息学分析的方法,探讨异常纺锤体样小头畸形相关蛋白（abnormal spindle-like microcephaly-associated protein,ASPM）在鼻咽癌中的分子功能及作用机制;通过细胞实验,初步验证ASPM在鼻咽癌细胞中的作用。方法:使用R语言的limma包对鼻咽癌的芯片数据集进行基因差异表达分析;使用R语言的clusterProfiler 包进行ASPM相关基因的富集分析;通过流式细胞术、CCK8实验、实时定量PCR及蛋白免疫印迹等方法,研究沉默ASPM表达对鼻咽癌细胞周期及细胞增殖的影响。结果:差异表达分析发现ASPM mRNA水平在鼻咽癌数据集中高表达（P＜0.001）;基因富集分析发现与ASPM相关的基因在鼻咽癌中与细胞周期、DNA复制等信号通路关联;细胞功能实验发现沉默ASPM的表达,鼻咽癌细胞周期停滞于G1期,鼻咽癌细胞增殖减少;沉默ASPM的表达可以影响鼻咽癌细胞周期及增殖标志物的表达。结论:ASPM可能通过调控鼻咽癌细胞周期及DNA复制等信号通路,导致肿瘤发生与进展;沉默鼻咽癌细胞中ASPM mRNA的表达,可以使细胞周期停滞于G1期,细胞增殖减少;ASPM可能作为改善鼻咽癌预后的潜在靶点。     

nm23-H1基因转染前后人高转移大细胞肺癌细胞株的比较蛋白质组学研究

背景与目的肿瘤转移抑制基因nm23-H1基因调控肺癌细胞转移潜能的确切机理尚未明了,本研究旨在探讨人高转移大细胞肺癌细胞株(L9981)和转染nm23-H1基因的人高转移大细胞肺癌细胞株(L9981-nm23-H1)的差异表达蛋白,为阐明肺癌转移的分子机制、发现早期诊断肺癌转移的分子标志和新的治疗靶点提供实验依据。方法应用固相pH梯度双向凝胶电泳分离L9981和L9981-nm23-H1细胞株的总蛋白,对25个差异明显的蛋白质点进行质谱鉴定和生物信息学分析。结果研究观察到nm23-H1基因转染使人L9981细胞株蛋白质组的表达谱发生了明显变化:5个蛋白质表达缺失,9个新的蛋白表达,16个蛋白质表达下调,12个蛋白质表达上调。这些蛋白质主要涉及细胞骨架蛋白、信号转导蛋白、细胞代谢相关蛋白、发育增殖相关蛋白及肿瘤侵袭相关蛋白。结论 nm23-H1基因转染L9981后,蛋白质表达谱发生了显著的变化,这些差异蛋白质可能是逆转肺癌侵袭转移的生化基础,本研究结果可能为阐明肺癌转移的分子机制提供线索。     

不同中医临床证型下行型鼻咽癌组织细胞核蛋白质差异表达的初步研究

目的： 研究下行型鼻咽癌不同中医临床证型患者原发病灶组织细胞核差异表达蛋白质,为中医证型分类的科学性提供依据。方法：采用双向凝胶电泳及基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱法 (MALDI-TOF-MS)对下行型鼻咽癌火毒困结型、气阴两虚型和气血凝结型患者的鼻咽癌组织细胞核蛋白进行分离和表达谱研究,利用生物信息学方法鉴定差异蛋白质。结果：与下行型鼻咽癌气阴两虚型细胞核蛋白点相比,气血凝结型有28个蛋白点表达上调、12个蛋白点表达下调,火毒困结型有9个点表达上调,19个蛋白点表达下调;与下行型鼻咽癌气血凝结型细胞核蛋白点相比,火毒困结型有25个蛋白点表达上调、18个蛋白点表达下调。MALDI-TOF-MS成功鉴定出3个差异蛋白质,来源于气血凝结型鼻咽癌患者的瘤组织细胞不均一性核糖核蛋白H (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H,hnRNP H)和微管蛋白β链1 (tubulin beta-1 chain,TUB1)表达上调,来源于火毒困结型鼻咽癌患者瘤细胞的核蛋白Ⅵ型胶原蛋白α2链 (type Ⅵ collagen alpha 2 chain,COLⅥA2)前体表达下调。结论：下行型气血凝结型鼻咽癌患者的瘤细胞核蛋白hnRNP H和TUB1表达上调,下行型火毒困结型鼻咽癌患者的瘤细胞核蛋白中COLⅥA2前体表达下调。     

人大肠癌细胞株SW620/SW480转移相关蛋白及机制研究

目的:筛选不同转移潜能人大肠癌细胞株的差异信号通路，探讨大肠癌转移的分子机制。方法:利用Full Moon抗体芯片（Phospho Explorer Array PEX100）对31条信号通路、432个信号蛋白的679个磷酸化位点进行高通量检测，分析来自同一病人的原位和转移大肠癌细胞株SW480和SW620信号通路蛋白磷酸化水平的变化谱。通过生物信息学分析，了解大肠癌转移相关信号通路并进行Western-blot检测。结果:SW480和SW620两个细胞株存在169个差异磷酸化蛋白(31个上调，138个下调)。差异表达的蛋白质中，大部分与基因转录、信号转导、细胞凋亡等通路相关。Western-blot证实PI3K-AKT-mTOR信号通路分子在原位和转移性大肠癌中存在明显差异表达。结论:蛋白质芯片方法有助于鉴定大肠癌转移相关的差异蛋白，PI3K-AKT-mTOR细胞信号通路活性的变化可能与大肠癌转移有关。     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对靶基因进行预测,利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析,明确lnc RNA的功能。结果:癌组织和癌旁组织之间差异表达的lnc RNA共318个,与癌旁组织比较,癌组织中193个lnc RNA表达上调,125个lnc RNA表达下调(P<0.01)。富集分析表明共有5个GO类别,其中细胞成分有3个,生物过程有1个,分子功能有1个,均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论:新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lnc RNA的表达水平与癌旁组织有明显差异,差异表达的lnc RNA可能参与食管癌的复杂调控网络,并与肿瘤发生和发展有一定的关系。     

初发与复发鼻咽癌组织中磷酸化蛋白芯片的差异表达分析

[目的]分析复发鼻咽癌和初发鼻咽癌的蛋白质磷酸化表达差异,以期为复发鼻咽癌的发生机制提供分子依据。[方法]选择4例复发鼻咽癌患者和4例初发鼻咽癌患者的组织标本,实验室提取总蛋白,应用磷酸化抗体蛋白质芯片与提取蛋白进行杂交,检测两者之间的差异磷酸化位点。通过phosphosite在线网络数据库分析蛋白质磷酸化位点变化及在信号通路中的作用。[结果]复发鼻咽癌和初发鼻咽癌的蛋白质磷酸化表达不同,共筛选出16个差异磷酸化位点,15个差异蛋白,复发鼻咽癌组织中上调蛋白8个,下调蛋白7个。[结论]初发鼻咽癌和复发鼻咽癌组织之间存在蛋白质磷酸化水平差异,可能与鼻咽癌复发机制有关。     

肝内转移与多中心发生多结节肝癌的比较蛋白质组学分析

背景与目的:多结节肝癌的起源既有单一原发肿瘤的肝内转移,又有各个结节单独存在的多中心性发生。我们对肝内转移组和多中心发生组多结节肝癌组织的全蛋白质表达谱进行比较分析,希望筛选出在多结节肝癌细胞克隆起源过程中发挥重要作用的差异蛋白分子。方法:应用双向凝胶电泳分离肝内转移组及多中心发生组多结节肝癌组织总蛋白,对两组间蛋白差异点应用质谱进行分析及数据库搜索、鉴定。结果:肝内转移组平均检测到(1025±52)个蛋白点(n=3),多中心发生组平均检测到(900±98)个蛋白点(n=3)。筛选出差异蛋白点25个,应用质谱鉴定出其中核纤层蛋白A/C异构体2等20种差异蛋白质。结论:多中心发生组与肝内转移组多结节肝癌的蛋白表达谱存在差异。鉴定出的20个差异表达蛋白可能参与肝癌的发生、发展、侵袭、转移,有可能成为潜在的、有应用价值的多结节肝癌细胞克隆起源鉴别分子标志。     

SELDI-TOF-MS技术筛选鼻咽癌血清肿瘤标志物

摘要：目的筛选鼻咽癌患者血清蛋白差异表达并建立诊断模型,分析不同临床特征患者的血清蛋白质谱差异。方法应用SELDI技术分析102例鼻咽癌患者及118例健康对照的血清样本,Biomarker Wizard和Biomarker Pattern 软件分析两组之间的差异,建立分类树诊断模型并进行盲筛验证;进一步分析鼻咽癌不同临床分型及EB病毒感染状态对患者血清蛋白质表达谱的影响。结果发现鼻咽癌与健康对照之间有25个血清蛋白质谱峰差异有统计学意义（P<0.01), 13个蛋白峰表达下调,12个蛋白峰表达上调。经Biomarker Pattern 软件建立分类树模型,盲法验证其敏感度为97.56％,特异性为88.89％,准确率达92.63％;上行型和下行型鼻咽癌之间发现M/Z为10286Da、7569Da及8149Da的3个血清蛋白质峰差异有统计学意义（P<0.05);EB阳性和EB阴性鼻咽癌间M/Z为9354Da及4596Da的2个血清蛋白质峰差异有统计学意义（P<0.05)。结论SELDI-TOF-MS 技术可筛选出鼻咽癌差异性蛋白并建立鼻咽癌诊断的分类树模型,有望成为鼻咽癌早期诊断的辅助指标;并且用SEDLI技术可以发现一些与鼻咽癌临床特征相关的血清蛋白差异峰。     

基于iTRAQ技术探讨人胃癌细胞乙酰肝素酶调控的信号通路北大核心

目的:探讨人胃癌细胞中乙酰肝素酶(HPSE)调控的差异蛋白和信号通路,为以HPSE为靶点防治胃癌提供依据。方法:利用siRNA干扰技术,在乙酰肝素酶(HPSE)基因高表达的SGC7901细胞中转入干扰HPSE的慢病毒载体(LV-HPSE-RNAi),通过嘌呤霉素筛选出稳定株,利用qPCR和Western blot分别检测HPSE mRNA和蛋白表达;利用细胞划痕实验和Transwell侵袭实验测定细胞的迁移和侵袭能力;利用同位素标记的相对和绝对定量(iTRAQ)联合二维液相色谱串联质谱(2DLC-MS/MS)技术筛查差异蛋白,并进行生物信息学分析,对差异蛋白PKCa应用Western blot进一步验证。结果:人胃癌SGC7901细胞和沉默HPSE表达的ZSGC7901细胞对比检测出98个差异蛋白,并且富集在157条信号通路上。与肿瘤发生发展关系密切的有6条:细胞外基质和受体相互作用、局灶性黏附、PI3K-Akt信号通路、癌途径、癌中microRNAs、Wnt信号通路。且上调的FAK、ITGA、PKCa等蛋白和下调的PKA、CDK6等蛋白在通路中处于重要的位置。Western blot结果证明PKCa在沉默HPSE的ZSGC7901细胞中表现为上调,差异具有统计学意义(P<0.05),与蛋白质组学筛选结果一致。结论:HPSE在人胃癌细胞中调控的蛋白,参与细胞重要生物学过程、参与重要分子功能及重要信号途径,有望可以成为防治胃癌的新靶点。     

RhoGDI2基因抑制膀胱癌转移涉及基因和信号通路的生物信息学分析

 目的 利用生物信息学方法探讨RhoGTP酶GDP解离抑制因子2 （rho GDP dissociation inhibitor 2,RhoGDI2） 基因抑制膀胱癌转移涉及的基因和信号通路。方法 从GEO datasets数据库搜索膀胱癌转移相关的全基因组表达谱芯片数据,使用GEO2R在线工具分析膀胱癌组织中RhoGDI2基因高表达组与低表达组之间的差异表达基因,再筛选出多组表达谱芯片数据中一致性上调或下调的基因,最后使用DAVID在线工具进行差异表达基因信号通路富集。结果 得到RhoGDI2基因在膀胱癌组织中高表达组和低表达组一致性高的差异表达基因,其中A2M、CORO1A、ENC1、FGD3为上调基因中一致性高的差异表达基因。通过基因信号通路富集分析得到膀胱癌组织中RhoGDI2基因调控的主要信号通路为Vav-RhoA-ROCK-MLC和Ras-Raf-MEK。结论 RhoGDI2基因可能通过Vav-RhoA-ROCK-MLC和Ras-Raf-MEK信号通路调节肌丝蛋白、细胞骨架以及细胞的增殖、分化等,进而抑制膀胱癌转移。     

非小细胞肺癌与良性肺结节非标记定量血浆蛋白质组学分析

目的:基于非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）与良性肺结节（benign pulmonary nodules,BPN）患者血浆蛋白质组学分析，寻找良恶性肺结节鉴别诊断相关蛋白标志物。方法:采用非标记定量蛋白质组学技术，以10例BPN患者为对照，对10例肺鳞癌（lung squamous cell carcinoma,LUSC）、10例肺腺癌（lung adenocarcinoma,LUAD）患者进行血浆蛋白质组学分析。对不同比较组间的可定量蛋白进行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。以差异倍数>1.2（上调）或<1/1.2（下调）且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论（gene ontology,GO）分析和主成分分析（principal component analysis,PCA）。结果:LUSC组与BPN组间比较发现380个可定量蛋白，其中20个差异蛋白。GSEA结果显示，可定量蛋白主要富集在肿瘤坏死因子信号通路、代谢途径、碳代谢等通路（P<0.05）。PCA结果显示，差异蛋白可明显区分LUSC与BPN患者。GO分析结果表明，20种差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区，且主要富集于组织重塑的调节、细胞黏附等的生物学过程以及肝素结合、肽链内切酶抑制剂活性等的分子功能。LUAD组与BPN组间比较共得到350个可定量蛋白，包含12个差异蛋白。GSEA分析发现，其显著富集的通路有细胞因子与细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、代谢途径等（P<0.05）。PCA结果同样显示，差异蛋白可明显区分LUAD和BPN患者。GO分析结果表明，该12种差异蛋白主要富集于有机循环复合物应答的生物学过程和芳香酯酶活性的分子功能；细胞定位分析发现，其大多也以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区。结论:良恶性肺结节患者血浆蛋白存在明显差异，可为发现良恶性肺结节鉴别诊断的新型标志物提供线索。     

VEGF蛋白检测对预测鼻咽癌远处转移风险的价值

背景与目的:血管内皮生长因子(vascularendothelialgrowthfactor,VEGF)是最重要的血管生长促进因子,并与多种肿瘤的恶性度及转移关系密切。本研究旨在通过同时检测鼻咽癌组织及血浆中的VEGF蛋白,评价其对预测鼻咽癌远处转移风险的价值。方法:同时收集59例鼻咽癌患者治疗前鼻咽癌组织及血清标本,用免疫组化LSAB法检测鼻咽癌组织中的VEGF蛋白,用ELISA法检测血清中的VEGF蛋白;并随访了解患者的远处转移情况,分析VEGF蛋白水平与患者远处转移的关系。结果:鼻咽癌组织及血清中的VEGF蛋白水平与远处转移均成正相关(均P<0.05)。鼻咽癌组织中VEGF蛋白表达阴性(-)、弱阳性(+)、阳性(++)和强阳性(+++)组患者的3年无转移生存率分别为100%、95.24%、65.19%、58.93%,各组之间有显著性差异(P=0.0193)。血清VEGF蛋白水平<466.78ng/L和≥466.78ng/L组的3年无转移生存率分别为82.57%,59.11%,两组比较有显著性差异(P=0.0211)。多因素分析发现鼻咽癌组织及血清VEGF蛋白水平对鼻咽癌远处转移都是独立的影响因素。结论:鼻咽癌组织及血清中VEGF蛋白检测均可用于判断鼻咽癌患者远处转移风险,二者联合检测可提高预测患者出现远处转移的能力。     

Studies on plasma candidate tumor biomarkers in Uyghur women with cervical carcinoma by 2-D DIGE analysis

目的:血清蛋白组学在肿瘤标志物的筛查研究中被广泛应用,本研究采用双向荧光差异电泳联合质谱技术,寻找与维吾尔族妇女宫颈鳞癌相关的血浆蛋白候选肿瘤标志物.方法:收集维吾尔族妇女宫颈病变血浆标本(慢性宫颈炎患者22例,宫颈癌早期患者26例),制备血浆低丰度蛋白质组样品,通过蛋白质双向荧光差异电泳技术分离与鉴别分析,筛选出慢性宫颈炎与宫颈癌早期患者两组间血浆差异表达的蛋白位点,运用质谱和生物信息学技术对其进行鉴定和功能识别分析.结果:确定了宫颈炎和早期宫颈鳞癌患者的血浆低丰度蛋白质组差异荧光电泳图谱,筛选出43个差异表达蛋白位点,通过质谱技术鉴定出16种蛋白质,在宫颈鳞癌早期患者血浆中有7个蛋白上调表达、9个蛋白下调表达.通过生物信息学分析,差异蛋白涉及的通路主要有补体和代谢相关蛋白和酶类.结论:本研究针对新疆维吾尔族妇女宫颈癌及宫颈炎患者,展开血浆低丰度蛋白组表达水平的研究,鉴定出多种差异表达蛋白质,为宫颈癌的早期诊断及癌变机制研究提供了依据.     

子宫内膜癌淋巴结转移相关基因的生物信息学分析

目的：基于芯片数据分析和生物信息学方法挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的潜在差异表达基因。方法：在GEO数据库中筛选子宫内膜癌淋巴结转移相关的mRNA表达谱芯片数据,分析mRNA表达谱,筛选差异表达基因;通过生物学过程注释、生物信号通路富集、文本挖掘及蛋白/基因相互作用等综合生物信息学方法再次分析,挖掘与子宫内膜癌淋巴结转移相关的信号通路和基因。结果：在GEO 数据库获得GSE2109、GSE39099 芯片数据,将共同差异表达基因及信号通路富集, 获得8 条与子宫内膜癌淋巴结转移显著相关的信号通路（type I interferon、interferon-gamma-mediated、PI3K-Akt、Rap1、TGF-beta、cGMP-PKG、Wnt、Ras）及调控这些信号通路的14 个差异表达基因,其中11 个基因与宫内膜癌淋巴结转移相关并且形成蛋白相互作用网络。PI3K-Akt 信号通路可能是子宫内膜癌淋巴结转移的重要信号通路,基因VEGFC、IRS1 可能是子宫内膜癌淋巴结转移相关的重要候选基因。结论：通过对芯片数据生物信息学分析,筛选出与子宫内膜癌淋巴结转移相关的8条信号通路及11个差异表达基因。     

基于IPA探析COPB2基因对人骨肉瘤细胞的分子调控机制CSCD

目的基于IPA(ingenuity pathway analysis)的生物信息学分析,探析COPB2对人骨肉瘤细胞的分子调控机制。方法RT-qPCR检测COPB2在人骨肉瘤细胞系U-2OS、MG-63、HOS和Saos-2中的表达水平。以U-2OS为研究对象,分为沉默组(KD)和对照组(NC)。绿色荧光蛋白标记的慢病毒感染U-2OS细胞,沉默组含COPB2沉默序列。人基因表达谱芯片检测COPB2沉默后U-2OS细胞基因表达谱变化差异,将检测信息输入IPA软件进行生物信息学分析,包括经典通路、上游调控、疾病功能、调控效应和互作网络等分析。结果COPB2在四种人骨肉瘤细胞系中表达丰度均高。人基因表达谱芯片显示,KD组与NC组相比,1393个基因表达出现显著差异,其中上调基因数831个、下调基因数562个。IPA经典通路分析显示COPB2敲除后,TSP1抑制血管形成通路、急性期反应通路被显著激活,细胞周期蛋白和细胞周期调控通路显著抑制。疾病功能和互作网路分析显示COPB2在骨肉瘤中发挥重要作用,主要影响细胞瘤变、肿瘤细胞侵袭和失巢凋亡等功能。结论COPB2在人骨肉瘤细胞系中高表达,可能通过细胞周期蛋白和细胞周期调控通路参与骨肉瘤的发生发展。COPB2与骨肉瘤细胞瘤变、侵袭力和失巢凋亡相关。     

不同程度放射性肺炎非小细胞肺癌患者血浆外泌体microRNA表达差异分析

摘 要：［目的］ 分析发生不同程度放射性肺炎（radiation pneumonia,RP）的Ⅲ期非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）患者的血浆外泌体microRNA（miRNA）表达差异谱,并应用生物信息学分析差异miRNAs的作用。［方法］ 收集NSCLC患者放疗前血浆,根据放疗完成后发生放射性肺炎程度分为RP≤1级组和RP＞1级组,从中筛选出5对患者。分离血浆中的外泌体,通过二代测序技术对miRNAs进行精准的定量,并进行差异分析。对差异miRNAs进行靶基因预测注释,并进行生物信息学分析,分析其生物学功能及信号通路。［结果］ 与RP＞1级的患者相比,RP≤1级患者血浆外泌体中15个miRNAs有显著表达差异（Log2FC＞3,P＜0.05）。通过生物信息学分析发现,差异靶基因功能主要富集于TGF-β、Hippo、MAPK、mTOR等信号通路,涉及RNA聚合酶、泛素样蛋白转移酶等多种细胞生化代谢途径,并参与细胞衰老、细胞周期、细胞连接等多种生物学过程。［结论］ 发生不同程度放射性肺炎NSCLC患者放疗前血浆外泌体miRNA表达谱有明显差异,可能通过Hippo、TGF-β等信号通路在放射性肺炎的发生发展中发挥生物学调控作用。