青蒿鲨烯合酶基因及其cDNA的克隆与测序

【目的】克隆青蒿鲨烯合酶基因,为基因工程改造青蒿打下基础。【方法】采用聚合酶链反应(PCR)扩增、逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、扩增片段与T-载体连接和克隆片段的序列分析等方法。【结果】通过PCR扩增和RT-PCR扩增,分别获得3590bp及1257bp片段,克隆后经PCR和酶切反应进行了鉴定。初步测序结果与GenBank上已登录的青蒿鲨烯合酶基因序列同源性为99％,氨基酸序列同源性为100％。【结论】成功克隆了青蒿鲨烯合酶基因及其cDNA。     

鸟类发育缺陷增强因子基因的克隆及同源性比较

目的　克隆家鸽、鹌鹑与人类发育缺陷增强因子 (enhancerofrudimentary ,e(r) )基因。方法　依据来源于家鸽的e(r)基因同源EST片段设计引物。提取家鸽与鹌鹑脑组织RNA ,逆转录为cDNA。通过RACE方法克隆家鸽e(r)基因全长序列。依据家鸽序列设计引物 ,通过PCR方法扩增鹌鹑e(r)同源基因的编码区。依据人类e(r)基因序列设计引物 ,利用人类脑组织RNA扩增人类e(r)基因编码区。测定 3种基因的DNA序列 ,并进行同源性比较。结果　自家鸽克隆得到 776bp的e(r)基因全长cDNA序列、自鹌鹑与人类克隆得到 312bp的e(r)基因编码区序列。经同源性比较证实 ,三者序列高度同源 ,其氨基酸序列同源性分别为 99% ,99%和 10 0 %。结论　根据e(r)基因的引物已成功克隆出家鸽、鹌鹑和人类的e(r)基因 ,且同源性很高。     

C57BL／6小鼠ZFP580C端编码基因的克隆及序列分析

【目的】克隆C57BL／6小鼠ZFP580C端编码基因cDNA序列，并进行序列测定和分析。【方法】参照GENBANK公布的C57BL／6小鼠ZFP580eDNA序列（注册号为AK005257），根据ZFP580C端编码基因eDNA序列设计1对引物，采用RT-PCR技术，从C57BL／6小鼠的肾脏组织中扩增ZFP580C端编码基因eDNA序列，回收纯化后与T载体连接，构建重组子pMD18-T-ZFP580，转化大肠杆菌DH5a。阳性克隆以限制性酶切分析与PCR法鉴定后，测定序列并分析。【结果】自C57BL／6小鼠肾脏组织获得总RNA，扩增出255bp的基因片段，成功构建阳性克隆重组子pMD-T-ZFP580，经双酶切和PCR鉴定与预期结果一致。所测定的C57BL／6小鼠ZFP580C端基因eDNA序列与13本RIKEN基因组中心于GENBANK注册（注册号为AK005257）的完全一致，与人ZNF580C端编码基因eDNA序列比较，核苷酸序列同源性为90％；该eDNA序列所编码的氨基酸序列与人ZNT580基因C端比较，同源性为100％，均编码有3个串联重复的C2H2型锌指蛋白主构域。其氨基酸序列与大鼠、犬、牛比较，同源性分别为100％、100％、98％。【结论】成功克隆C57BL／6小鼠ZFP580C端编码基因，该基因在不同种属间高度保守。     

A型流感病毒HA（H1N1）基因真核表达载体的构建及序列分析

【目的】构建A型流感病毒血凝素(hemagglutinin，HA)基因真核表达载体，研究其作为DNA疫苗的免疫效果。【方法】从流感病人体内分离流感病毒(A／Guangdong／376／2001／HlNl)，提取RNA，用特异引物进行RT-PCR，扩增HA基因，先将其克隆到pMDl8-T Vector，进行序列测定和分析；然后将HA基因亚克隆到真核表达载体(pCI-neo)，进行鉴定。【结果】获得一个核苷酸长度为l698bp的基因，编码565个氨基酸；同源性比较结果表明：和A／Hong Kong／113l／98((GenBank／NCBI：AF386775)有98％同源，序列分析表明有10个氨基酸出现变异；酶切和序列测定表明肌基因正确插入pCI-neo载体(HA-pCIN)。【结论】 HA基因真核表达载体的成功构建，可以进一步研究其免疫功能。     

斯氏狸殖吸虫囊蚴半胱氨酸蛋白酶cDNA片段的克隆和序列分析

目的：克隆斯氏狸殖吸虫囊蚴半胱氨酸蛋白酶cDNA片段，获得其序列，并进行序列分析。方法：利用简并引物，进行RT-PCR，扩增斯氏狸殖吸虫囊蚴半胱氨酸蛋白酶cDNA片段。TA克隆装入pUCm-T载体，进行鉴定、测序；利用DNASIS程序推导其所编码的氨基酸序列，并与相关虫种半胱氨酸蛋白酶进行氨基酸序列的同源性分析。结果：RT-PCR扩增出了-500bp左右的cDNA片段，对阳性克隆测序后获得其核酸序列，长498bp。推导出的氨基酸序列长166；氨基酸序列的同源性分析显示，该序列与相关虫种半胱氨酸蛋白酶存在着很高的同源性，组成半胱氨酸催化三联体的半胱氨酸、组胺酸和天冬酰胺残基高度保守。结论：本实验克隆获得了斯氏狸殖吸虫囊蚴半胱近酸蛋白酶cDNA片段。     

细粒棘球蚴抗原B亚单位基因序列分析

【目的】获得细粒棘球蚴抗原B亚单位基因序列 ,并进行序列分析。【方法】从包虫病羊体内获取细粒棘球蚴原头节 ,使用TRIZOL试剂提取总RNA ,逆转录成cDNA。根据E .granulosus抗原B亚单位基因的已知序列设计一对引物 ,采用RT PCR技术扩增出抗原B亚单位基因 ;将PCR产物纯化后用双脱氧链末端终止法进行序列测定 ,并进行序列分析。【结果】用RT PCR成功扩增出细粒棘球蚴抗原B亚单位基因序列 ,测序表明该基因ORF为 2 70bp ,和已发表基因核苷酸序列相比 ,缺失 3个碱基 ,同源性为 84 2 % ,推导编码氨基酸序列同源性为 77 8%。【结论】从E .granulosuscDNA扩增出抗原B亚单位基因 ,该基因编码 8ku亚单位前体蛋白。     

简并引物在克隆盐藻热休克蛋白70基因家族中的应用

目的：利用简并引物扩增盐藻热休克蛋白70(hsp70)家族。方法：根据衣藻、矮牵牛花等真核生物hsp70氨基酸高度保守序列didlgtt，dqgnrttp，payfnds和ATKDAG设计2对简并引物，以盐藻hsp70 cDNA为模板进行巢式PCR扩增，产物经T-A克隆转化至JM109大肠杆菌中，经筛选后测序，将测序结果推导成氨基酸序列进行同源性分析。结果：得到2个分别为372bp和354bp编码126及118个氨基酸残基的部分cDNA片段。推导的氨基酸序列与衣藻、矮牵牛花、番茄、果蝇和酵母hsp70和hsp70b比较有高度同源性。结论：所克隆的序列为盐藻hsp70和hsp70b部分cDNA片段。利用简并引物筛选cDNA文库是克隆基因家族重要的方法。     

恶性疟原虫肝期抗原1基因3′端的克隆及序列分析

【目的】克隆并测定恶性疟原虫海南株 (FCC1/HN)肝期抗原 1基因 (LSA 1) 3′端序列 ,比较FCC1/HN株与国外分离株LSA 13′端序列的差异。【方法】应用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增LSA 13′端序列 ,用T A克隆法将其克隆入pMD18 T载体。阳性克隆的重组质粒经酶切及PCR扩增鉴定后 ,用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定。应用DNASTAR软件进行不同分离株LSA 13′端序列的同源性分析。【结果】PCR扩增得到特异的FCC1/HNLSA 13′端序列。酶切及PCR鉴定获得了正确的 pT LSA 1重组质粒。测序表明 ,所克隆的LSA 13′端大小为 795bp ,编码 2 6 4个氨基酸。序列分析表明 ,我国恶性疟原虫FCC1/HN株与国外的NF5 4、T9/ 96、KEN、PNG及BRA株LSA 13′端编码的氨基酸序列只在 3个位点存在不同。【结论】克隆了恶性疟原虫FCC1/HNLSA 13′端片段。序列测定及同源性分析表明 ,FCC1/HNLSA 13′端序列与其它分离株有高度的同源性。     

大劣按蚊TEP1 cDNA的克隆和生物信息学分析

目的 克隆大劣按蚊(Anopheles dirus)含硫酯键蛋白1(thioester-containing protein 1,TEP1)的cDNA,并分析其序列.方法 根据已报道的冈比亚按蚊等多种昆虫的TEP1氨基酸保守序列设计简并引物,以大劣按蚊血淋巴细胞总RNA为模板,进行RT-PCR扩增.对目的 片段纯化回收,经TA克隆后测定其核苷酸序列.利用DNASIS程序分析该序列,并推导其氨基酸序列,最后利用BLAST和DNASIS等进行不同昆虫TEP1氨基酸序列的比对.结果 RT-PCR扩增出一约770 bp的条带,TA克降后DNA测序发现,阳性克隆的核苷酸序列长774 bp,推导其氨基酸序列长258 aa.生物信息学分析表明,该序列与冈比亚按蚊、阿拉伯按蚊、斯氏按蚊TEP1基因的氨基酸序列同源性分别达72%、72%和59%,与冈比亚按蚊的TEP4氨基酸序列同源性为59%.结论 从大劣按蚊血淋巴细胞中成功克隆出了TEP1的cDNA部分序列.     

浙贝母环阿屯醇合成酶基因5`-RACE快速扩增及序列分析

[目的]克隆浙贝母环阿屯醇合成酶(Cycloartenol synthase,CAS)5`末端cDNA序列。[方法]利用简并引物及RT-PCR方法获得CAS的核心基因,应用cDNA末端快速扩增(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术快速克隆5`末端片段,采用NCBI网站上的Protein Blast软件进行氨基酸同源性比对。[结果]从浙贝母叶片中成功地克隆出一条长691bp的CAS基因5`末端cDNA片段,含起始密码子及163bp的5`延伸区。对5`末端的150个氨基酸同源性分析表明,该片段与C.asiatica,G.glabra,A.thaliana,W.somnifera的CAS同源性分别达72%,66%,71%,71%。[结论]上述结果表明所克隆的片段为浙贝母CAS的5`末端序列,为下一步CAS全长基因的克隆及CAS在浙贝母次生代谢中的功能研究打下基础。     

AdPPO4基因部分序列的cDNA克隆与序列分析

目的克隆大劣按蚊(An dirus)前酚氧化酶(prophenoloxidase,PPO)基因部分序列.方法根据已报道的多种昆虫以及冈比亚按蚊PPO基因编码的保守氨基酸序列设计简并引物,以大劣按蚊幼虫总RNA为模板进行RT-PCR扩增,目的片段经TA克隆后测定其核苷酸序列,然后进行序列查询与比对.结果从大劣按蚊幼虫中获得的PPO4基因(AdPPO4)部分序列长597 bp,编码199个氨基酸;AdPPO4与冈比亚按蚊PPO4基因的核酸和氨基酸序列同源性分别达84%和90%.结论从大劣按蚊幼虫中成功地克隆出了AdPPO4基因的部分序列,与冈比亚按蚊PPO4基因具有很高的同源性.     

一种广州管圆线虫新基因——胶原蛋白全长cDNA的克隆和鉴定

目的克隆和鉴定广州管圆线虫(Angiostrongyluscantonensis)新基因——胶原蛋白(collagen,COL)全长cDNA序列。方法根据表达序列标签(expressionsequencetag,EST)中部分序列和文库载体序列设计引物,采用PCR技术从广州管圆线虫幼虫的cDNA文库中分段扩增cDNA序列,用DNAMAN软件拼接分段扩增的序列以得到全长cDNA序列;利用多种生物信息学软件对cDNA全长序列进行同源性搜索与结构分析。根据cDNA全长序列,设计新的引物从文库中扩出包含胶原蛋白全长开放阅读框(openreadingframe,ORF)的cDNA片段,PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上并测序。重组T载体经双酶切后切下的新基因AcCOL亚克隆到原核表达质粒pET32a( )中。结果克隆一个广州管圆线虫新基因全长cDNA序列;序列比对、蛋白结构域搜索及结构分析结果显示,该新基因所编码的是一种胶原蛋白。构建的新基因重组质粒经双酶切后证明含有与目的片段长度相符的插入片段。结论克隆并鉴定了广州管圆线虫新胶原蛋白编码基因全长,成功构建了该基因的原核表达重组质粒pET32a( )-AcCOL。     

杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段的克隆与分析

目的：获得杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段。方法：根据Dunaliella tertiolecta、衣藻、团藻等生物硝酸盐还原酶(nitrate reductase,NR)高度保守序列EGWWFKP、WNVMGMM设计一对简并引物,以含硝酸盐培养基培养的的盐藻cDNA为模板,进行PCR扩增,产物克隆至T载体后转化大肠杆菌JM109,经筛选后测序,将测序结果推导成氨基酸序列,并与Dunaliella tertiolecta、团藻、衣藻、小球藻等进行同源性分析。结果：在盐藻中所获得的cDNA片段,核苷酸长度为381bp,编码127个氨基酸。推导的氨基酸序列与下列物种的硝酸盐还原酶进行同源性比较：Dunaliellal teriolecta为88．2％同源,团藻为78％,衣藻为67％,小球藻为59％。结论：所克隆的序列为盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段。     

细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因的克隆和序列分析

目的 对细粒棘球蚴谷胱苷肽S-转移酶基因进行克隆和序列分析。方法 从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA，根据国外细粒棘球蚴谷胱苷肽S-转移酶基因的已知序列设计一对引物，采用RT-PCR技术扩增，将PCR产物纯化后，将其克隆到pGEM-T载体后进行序列测定以及生物信息学分析。结果 用RT-PCR成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因，测序表明该基因开放阅读框为660bp，与已发表基因核苷酸序列相比，同源性为99％。结论 成功克隆了细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因序列，为其进一步的研究奠定基础。     

三七法呢基焦磷酸合酶的基因克隆及序列分析

目的对三七法呢基焦磷酸合酶(FPS)进行基因克隆及序列分析。方法采用cDNA末端快速扩增法,以三七根总RNA为模板扩增出三七FPS基因。结果序列分析表明,所克隆的cDNA序列全长1 409 bp,开放阅读框共编码343个氨基酸残基,推测的氨基酸序列与积雪草、灰白银胶菊、黄花蒿的FPS的氨基酸序列同源性最高,分别达95%、87%、86%。结论首次分离并报道了三七FPS cDNA克隆,为进一步研究三萜皂苷生物合成机制及其在提高植物药用价值方面的应用奠定基础。     

细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因分子克隆和序列分析

目的获得细粒棘球蚴（E.granulosus）亲肌肉基因（myophilin）序列并进行序列分析.方法从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA,根据GeneBank公共数据库检索出细粒棘球蚴亲肌肉基因的已知序列设计一对引物,采用RT-PCR技术扩增出细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因,将其克隆到pGEM-T载体,进行序列测定和分析.结果成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株亲肌肉基因,测序表明该基因为573bp;该基因序列与检索基因核苷酸序列相比,同源性为100%,推导编码氨基酸序列同源性为100%.结论测序的亲肌肉基因序列有完整的编码框,可做为包虫病重组抗原的候选基因.     

幽门螺杆菌cagA基因全长克隆及序列分析

目的探索扩增cagA基因全长的PCR方法,克隆中国2株胃癌幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)分离株和1株十二指肠溃疡分离株及国际标准株SS1的cagA基因,初步探讨cagA序列和磷酸化位点变异及其临床意义.方法针对已知cagA基因两侧及cag致病岛右侧反转重复序列设计PCR引物,扩增cagA基因并克隆测序,分析已知cagA序列同源性及其酪氨酸磷酸化位点.结果3株中国Hp分离株cagA氨基酸序列的同源性约为94%(93.9%、94%、94.5%),并都有pY117/118/122和EPIYA-A、B、D 4个酪氨酸磷酸化位点.SS1株cagA与西方菌株同源性大于85%,而与中国菌株的同源性小于80%,具有pY117/118/122和EPIYA-A、B、C 4个酪氨酸磷酸化位点.结论建立的PCR方法可扩增cagA基因全长.CagA序列变异和磷酸化位点具有地区聚类特征,但与Hp感染临床结局无特殊关联.     

日本血吸虫亲免素基因的扩增及序列分析

[目的]研究日本血吸虫亲免素基因编码序列的结构及进行初步的功能预测.[方法]用5'端和3'端锚定PCR从尾蚴文库中扩增,以获取日本血吸虫中国大陆株亲免素基因完整的开放阅读框(open readingframe,ORF);用生物信息学技术确认其是否为亲免素编码基因并进行结构功能的初步分析和预测.[结果]用5'端和3'端锚定PCR从尾蚴文库中获得了亲免素基因5'端和3'端所缺序列,得到的亲免素基因cDNA的总序列长为1 438 bp,其ORF长1 296 bp,编码431个氨基酸.利用生物信息学技术鉴定其为日本血吸虫亲免素基因的完整cDNA序列.并用RT-PCR从日本血吸虫尾蚴mRNA扩增出亲免素基因的ORF.[结论]成功获得了日本血吸虫亲免素编码基因的全长cDNA,为进一步的功能研究打下了基础.