TACC3基因在肝癌中的表达及其与患者的预后关系

背景转录相关酸性卷曲蛋白3 (transforming acidic coiled coil protein 3, TACC3)是TACC家族的重要成员,研究表明, TACC3基因在乳腺癌,非小细胞肺癌,胃癌中高表达,并与预后较差有关.但是其在肝癌中的表达情况及与患者预后的关系鲜见报道.目的通过生物信息学手段探讨TACC3基因在肝癌中的表达及其与患者的预后关系.方法分别检索BioGPS、Oncomine、癌症细胞系百科全书(cancer cell line encyclopedia, CCLE)数据库,挖掘分析TACC3基因在正常人体组织、肝癌组织及肝癌细胞系中的表达情况,应用Kaplan-Meier Plotter、GEPIA等数据库分析TACC3基因对肝癌患者预后的影响.结果 BioGPS数据库分析结果显示TACC3基因在人体各组织中均有表达,肝脏组织中的表达值中位数略高于其他正常组织(8.95 vs 7.1).从Oncomine数据库检索出TACC3基因相关研究290项,显示肝癌组织中TACC3基因高表达4项,低表达1项, Meta分析显示与正常肝组织相比TACC3基因在肝癌组织中呈高表达状态[中位秩(MedianRank)=442.5, P 0.05].CCLE数据库分析显示,在肝癌细胞系中TACC3 mRNA高表达.Kaplan-MeierPlotter及GEPIA数据库生存分析结果显示, TACC3基因高表达组的肝癌患者总体生存时间(OS)和无进展生存时间(PFS)等生存预后指标均较低表达组差(P0.05).结论 TACC3基因在肝癌组织中呈高表达,且TACC3基因高表达与肝癌患者生存预后差有关.     

基于生物信息学分析PDE2A基因在消化系统肿瘤预后及免疫浸润的临床意义

背景 消化系统肿瘤是最常见的恶性肿瘤之一,然而其预后仍不好.探索潜在生物标志物是肿瘤研究的重要方向.我们拟利用生物信息学方法探索消化系统的潜在标志物.目的 探究在消化系统肿瘤中PDE2A表达与免疫浸润相关性,探索PDE2A在消化系统肿瘤中的预后价值.方法 通过HPA、TIMER和UALCAN数据库分析PDE2A在不同消化系统肿瘤中的mRNA及蛋白表达,利用GEPIA数据库探索PDE2A在不同消化系统肿瘤患者预后的影响.通过TIMER数据库探索PDE2A表达与不同消化系统肿瘤免疫浸润相关性.利用cB ioP ortal数据库分析PDE2A在不同消化系统肿瘤的遗传突变信息.通过STRING数据库探索PDE2A的潜在蛋白相互作用网络.结果 PDE2A基因mRNA和蛋白在肝癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌和食管癌组织中表达低于正常癌旁组织.PDE2A高表达的肝癌和胰腺癌患者较PDE2A低表达的患者预后良好. PDE2A表达与肝癌、胃癌、胰腺癌、结肠癌和食管癌不同免疫细胞如CD4+T淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞、B细胞、巨噬细胞和中性粒细胞呈正相关或负相关. PDE2A基因在胃癌、胰腺癌、结肠癌及食管癌中存在错义突变等遗传改变.结论 PDE2A表达与消化系统肿瘤免疫浸润有关. PDE2A高表达的肝癌和胰腺癌患者预后良好. PDE2A基因可能为潜在的消化系统肿瘤免疫治疗靶点和预后标志物.     

基于TCGA数据库胶质母细胞瘤患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型构建

目的 构建基于肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库胶质母细胞瘤（GBM）患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型。方法 通过TCGA数据库获取GBM的高通量测序数据,通过文献检索和搜查FerrDb数据库两种方式获取铁死亡基因,并基于GBM中铁死亡相关差异表达的lncRNA构建GBM预后的多lncRNA模型,分析预后lncRNA与铁死亡基因的共表达关系。结果 共获得与GBM相关的铁死亡基因246个,铁死亡相关lncRNA 2 624个,经差异分析和降维处理,最终得到102个与GBM显著相关的铁死亡基因,并构建了一个包含111个lncRNA的GBM预后模型,其中,69个差异有统计学意义的铁死亡基因与73个GBM预后相关的铁死亡lncRNA之间存在共表达关系。Kaplan-Meier生存曲线显示,在预后模型下,高危者和低危者的总生存率差异有统计学意义（P<0.01）。结论 基于TCGA数据库成功构建GBM患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型,该模型可在一定程度上预测GBM患者的生存率。     

CD27在食管癌中的表达及其潜在基因通路的综合分析

目的 探讨CD27在食管癌中表达差异及其潜在基因调控通路。方法 本研究运用基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA),cBio-Porta 分析CD27在食管癌中的表达差异和突变的情况;运用GEPIA做Kaplan-Meier曲线分析CD27在食管癌和头颈部鳞癌患者预后的价值;运用linkedomics做CD27在食管癌中的功能和通路分析,并做Pearson 相关系数分析。结果 CD27在食管癌中以扩增突变为主,不同水平的CD27在食管癌中的表达对TOR复合体、多种激酶(KIT原癌基因受体酪氨酸激酶、转化生长因子受体1、G蛋白偶联受体激酶3)有潜在的影响;CD27对头颈部鳞癌患者生存有显著影响,虽然对食管癌总生存没有显著影响,但高组的总生存较好。结论 CD27的差异表达可能是食管癌发生发展的关键因素。本研究结果提示CD27的表达程度有可能作为食管癌的生物标志物。     

晚期肝癌免疫微环境CD38表达水平与PD-1抑制剂疗效相关性分析

目的 探索晚期肝癌(HCC)患者CD38表达水平与PD-1抑制剂疗效的相关性。方法 选取2019年1月1日至2020年12月31日辽宁省肿瘤医院接受PD-1抑制剂治疗的晚期肝癌患者60例。采用肝穿刺的方法选取晚期肝癌患者的肿瘤组织，取同期行手术治疗的10份HCC癌旁正常组织作为对照。采用生物信息学分析的方法分析CD38的表达与HCC患者预后的关系；采用免疫组化的方法检测HCC及癌旁正常组织中CD38的表达；对使用PD-1抑制剂治疗的HCC患者进行随访观察，对比CD38的表达水平与患者预后的关系；采用单因素分析的方法筛选出影响晚期HCC患者预后的危险因素。结果 KM-plotter数据库显示在HCC(HR=0.73,95%CI:0.54～0.98,P=0.036)及晚期HCC(HR=0.51,95%CI:0.26～1.00,P=0.045)样本中，CD38表达越高，患者的PFS越长。晚期HCC患者中CD38的表达明显低于癌旁正常组织(χ²=10.126,P=0.006);CD38高表达的患者使用PD-1抑制剂的效果优于CD38低表达的患者(χ²...     

利用GEO数据库分析结肠癌中EZH2及其相关基因的表达与意义

目的探讨果蝇Zeste基因增强子人类同源物（EZH2）在结肠癌的表达情况、评估对结直肠癌患者预后的意义,并分析预测与其相关的基因及细胞通路。 方法通过GEO数据库下载基因芯片GSE17538数据内包含232例结直肠癌病例;结合R2平台,筛选出与EZH2表达显著相关的基因并进行GO和KEGG通路分析;通过Kaplan-Meier法绘制生存曲线,研究EZH2与患者预后、生存之间的关系。 结果232例结肠癌标本中,EZH2的表达与年龄（χ²=4.426,P=0.035）、AJCC分期（χ²=8.259,P=0.041）和分化程度（χ²=7.301,P=0.026）有关,与性别（χ²=0.622,P=0.430）无关。全部检测出与EZH2表达显著相关基因共4 305个（其中正相关2 240个、负相关2 065个）,对GO及KEGG通路分析后发现其中1 509个相关基因涉及细胞周期、RNA的转录、DNA复制等多个肿瘤发生、发展过程。Kaplan-Meier法分析,EZH2的表达与患者的无病生存期有相关性（P<0.05）。 结论推测EZH2可成为研究患者预后的分子标志物,为未来深入研究提供参考。     

肝癌组织中IL-26水平对乙肝相关肝癌术后患者的预后判断价值

背景目前的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)分期系统对肝癌手术切除后患者预后判断并不理想,早期发现和识别这些术后易复发的患者并进行针对性干预至关重要.近年来肝脏免疫与疾病的关系成为研究热点,白细胞介素(interleukin, IL)-26可预测HCC患者的预后,但对于接受HCC手术切除患者的术后5年预后情况尚缺乏研究.目的分析乙肝相关HCC患者肝癌组织中IL-26对接受肿瘤切除治疗患者的预后判断价值.方法收集2006-01/2015-06期间在我院住院并手术治疗的乙肝相关HCC患者术前资料.免疫组化测量切除肝癌组织中IL-26的表达量,并根据测得全部肝癌组织IL-26水平中位数分为IL-26高表达组和IL-26低表达组. Kaplan-Meier法比较两组患者5年的总生存期(overallsurvival,OS)和无进展生存期(progressionfree survival, PFS).结果共纳入131例患者, IL-26高表达组患者的肿瘤5cm(P=0.026)、微血管侵犯(P=0.009)、TNM分期Ⅲ-Ⅳ期(P=0.045)明显多于IL-26低表达组.IL-26高表达(HR=1.667, P=0.022)、肿瘤5 cm (HR=1.096, P=0.002)、微血管侵犯(HR=2.696, P=0.006)是HCC切除患者PFS的影响因素. IL-26高表达(HR=1.643, P=0.041)和微血管侵犯(HR=3.303, P=0.016)是HCC切除患者的OS的独立预后因素. IL-26高表达组患者的PFS、OS较IL-26低表达组差(P 0.05).结论肝癌组织中IL-26表达量与乙肝相关肝癌患者切除术后的生存期和无进展生存期存在相关性.     

ZFYVE28可作为肿瘤预后的生物标志物并抑制肿瘤增殖

目的ZFYVE28(zinc finger FYVE-type containing 28)是EGFR(epidermal growth factor receptor)的负调节因子,ZFYVE28能够促进原癌基因EGFR的胞内降解。然而,ZFYVE28与肿瘤预后及肿瘤增殖之间的相关性仍需要进一步研究。方法通过Oncomine数据库和TIMER数据库分析ZFYVE28在各种类型肿瘤中的表达水平。然后使用PrognoScan,Kaplan-Meier Plotter和GEPIA评估ZFYVE28表达对肿瘤临床预后的影响。接着使用TIMER数据库比较ZFYVE28的表达水平与肿瘤免疫浸润之间的相关性。通过GEPIA分析ZFYVE28与多种受体酪氨酸激酶(RTKs)的表达相关性。最后通过构建荷瘤小鼠模型验证ZFYVE28影响肿瘤增殖的假说。结果通过分析Oncomine数据库和TIMER数据库我们发现ZFYVE28在肿瘤组织中的表达水平显著低于癌旁组织。对Kaplan-Meier Plotter数据库中的Pan-cancer队列的RNA测序数据分析显示,ZFYVE28的高水平表达与更好的总生存期(OS)相关。结合对TCGA数据库和PrognoScan数据库的分析,我们认为ZFYVE28与多种肿瘤的临床预后显著相关。对肿瘤组织进行基因表达相关性分析,发现ZFYVE28的表达水平与多种RTKs的表达显著相关,这些RTKs参与包括细胞增殖在内的众多生物学过程。最后,动物实验的结果证实ZFYVE28能够抑制体内的肿瘤增殖。结论研究表明ZFYVE28与肿瘤患者的临床预后密切相关,并能够影响体内的肿瘤增殖。此外,ZFYVE28可能具有广谱的促RTKs降解的功能,这有待后续机制实验的验证。本研究对ZFYVE28参与肿瘤增殖做了初步探索,并证明了ZFYVE28能够作为肿瘤患者预后的生物标志物。     

基于铁死亡相关基因标签的肝细胞癌预后风险评估模型的建立

目的 通过对TCGA测序数据库的挖掘，筛选肝细胞癌(hepatocellular carainoma, HCC)预后相关铁死亡基因并构建Signature预后风险评估模型。方法 从TCGA数据库获取HCC测序数据，采用R语言进行铁死亡相关基因表达差异性分析，采用Log Rank检验和单变量Cox比例风险回归进行K-M生存分析。基于time ROC分析及LASSO Cox回归，构建Signature预后模型。利用时间依赖ROC曲线与AUC对预后风险模型的预测能力进行评估。结果 初步筛选得到21个差异表达的铁死亡相关基因，经单变量Cox比例风险回归和K-M生存分析，进一步筛选得到7个预后相关的铁死亡相关基因。基于上述预后相关铁死亡差异性基因集进行Signature预后模型的构建，lambda.min=0.0317,Risk score=0.118×FANCD2+0.1514×SLC1A5+0.1632×SLC7A11。利用时间依赖ROC曲线与AUC对预后风险模型的预测能力进行评估，结果显示，1年预测效能AUC=0.773,3年AUC=0.667,5年AUC=0.658。结论 通过对TCGA...     

基于生物信息学分析NUSAP1在胰腺癌中的表达及临床预后分析

目的 研究核仁纺锤体相关蛋白1 (Nucleolar and spindle associated protein 1,NUSAP1)在胰腺癌组织中的表达及临床预后分析。方法 利用GEPIA数据库检索NUSAP1基因在胰腺癌组织和正常组织中的表达水平,TCGA数据库及组织芯片研究及验证NUSAP1在胰腺癌的临床预后分析。结果 GEPIA数据库分析结果显示胰腺癌组织中NUSAP1的表达高于正常对照组(P<0.05)。TCGA数据库结果显示,高表达NUSAP1的胰腺癌患者生存时间较低表达NUSAP1的患者更短(HR=2.02,P<0.05)。在病理分级G3-G4组、残余瘤R1和R2组、胰腺癌治疗进展组中NUSAP1的表达均分别高于病理分级G1-G2组、残余瘤R0组、治疗缓解组(P<0.05)。在死亡组中,NUSAP1的表达高于存活组(P<0.05)。组织芯片免疫组化结果显示,与癌旁组织相比,NUSAP1在胰腺癌中呈高表达(χ²=44.10,P<0.001),NUSAP1高表达的患者生存时间更短,预后越差。单因素回归分析结果显示NUSAP1...     

上皮细胞增殖通路基因对老年非小细胞肺癌患者免疫治疗预后的预测作用

目的探讨上皮细胞增殖(ECP)通路相关基因对老年非小细胞肺癌患者免疫治疗预后及疗效的提示作用。方法 2022年10月回顾性分析POPLAR及OAK临床研究中年龄≥70岁、接受免疫治疗的老年患者106例, 依据突变基因情况将患者分为ECP通路相关基因突变(ECP突变组)25例和相关基因未突变(ECP未突变组)81例。主要研究终点为患者总生存时间(OS)和无进展生存时间(PFS)。分别比较两组患者生存和疗效差异, 并对各临床因素和通路涉及基因进行亚组分析。经Pyclone算法推算各患者主克隆及亚克隆分布并比较生存差异。结果 ECP突变组与ECP未突变组患者比较, mOS缩短(10.9个月比17.1个月, HR=1.84, 95%CI:1.09～3.08, P<0.05), mPFS亦缩短(2.8个月比4.2个月, HR=1.58, 95%CI:1.00～2.51, P<0.05)。在ECP通路各基因中, RB1基因突变对全部患者预后作用显著, 且在ECP突变组患者中, RB1负性预后作用显著, 与ECP未突变组患者比较, mOS缩短(6.9个月比12.6个月, HR=3.14,...     

假基因DUXAP8在肝癌中的表达及其临床意义

目的探讨DUXAP8在肝癌中的表达和临床意义,并探讨可能的作用机制。方法收集TCGA数据库中截至2019年6月的肝癌表达数据及临床资料,筛选出同时满足在癌组织与癌旁组织差异表达且影响患者预后的lncRNA。分析DUXAP8表达水平与肝癌患者临床病理特征以及预后的相关性。利用GO和KEGG通路富集方法分析与DUXAP8相关的基因生物功能及其可能参与的生物过程。利用STRING数据库和Cytoscape进行蛋白质相互作用分析并筛选关键基因,然后对关键基因的表达量及其预后情况进行分析并进行文献检索分析。肝癌组织和癌旁组织DUXAP8表达比较采用Wilcoxon秩和检验和Wilcoxon符号秩和检验。不同临床病理特征的患者DUXAP8表达水平比较采用Wilcoxon秩和检验。利用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并采用log-rank检验进行组间比较;采用Cox回归分析预后影响因素。Pearson相关法分析DUXAP8的相关基因。结果非配对样品及配对样品肝癌组织和癌旁组织中DUXAP8的表达水平存在显著差异(P值均<0.001),肝癌组织中DUXAP8表达明显升高。在不同年龄、T分期的患者中DUXAP8表达差异显著(P值均<0.05),年龄≥60岁或T分期等级为T3或T4,DUXAP8表达量较高。单因素分析显示,临床分期、T分期、DUXAP8表达量与患者总生存期相关(P值均<0.001),多因素Cox回归分析结果显示,临床分期晚[风险比(HR)=1.648,95%可信区间(95%CI):1.330~2.709,P<0.001]、高DUXAP8表达仍是预后差的独立危险因素(HR=1.849,95%CI:1.262~2.713,P<0.01)。DUXAP8高表达的样本中,富集了与维持肿瘤细胞的增殖和细胞周期等相关的基因。TOP2A、KIF2C、TTK、PLK1、CDCA8、CDC20、NCAPG、BUB1B、BUB1和CCNA2为DUXAP8相关靶基因的Hub基因,主要参与细胞有丝分裂和细胞周期等过程,是肝癌患者预后不良的相关因素(P值均<0.05)。结论DUXAP8高表达是肝癌患者预后不良的危险因素,DUXAP8可能通过影响细胞增殖、周期等过程促进肝癌的发生发展。     

TM6SF2在肝细胞癌组织中的表达及其生物信息学功能分析

目的利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌(HCC)组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能。方法利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化。利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析。利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因。利用DAVID6. 8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析。用t检验验证HCC与癌旁组织基因mRNA表达差异。用Spearman相关系数分析基因表达的相关性。采用Kaplan-Meier生存分析计算生存率,采用广义log-rank检验估计生存率的差异。结果与正常肝组织相比,HCC组织中TM6SF2基因mRNA水平呈低表达(|log2FC|cut-off=0. 5,P 0. 01)。相比高表达的患者,TM6SF2低表达可明显降低HCC患者的总体生存时间(χ2=9. 897,P 0. 01)。数据分析显示,在HCC组织中与TM6SF2表达相关基因共49个。GO分析提示,TM6SF2表达相关基因功能富集在脂肪酸合成、脂肪酸连接酶激活、凝血酶调节等生物学过程(P 0. 05)。KEGG pathway分析提示,TM6SF2表达相关基因主要参与了丙氨酸代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆汁分泌等信号通路过程(P 0. 05)。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示,SERPINC1、NR1I2、SERPINA10、SLC10A1等基因与TM6SF2有明显或潜在的相互作用(P 0. 01)。结论肿瘤数据挖掘能迅速获取HCC组织中TM6SF2表达的相关信息,为探索TM6SF2在HCC发生发展中的作用提供生物信息学理论基础。     

基于生物信息学探讨与铜死亡相关的早、晚期动脉粥样硬化的差异基因及潜在标志物

[目的]通过生物信息学的方法筛选出与铜死亡相关的早、晚期动脉粥样硬化的差异基因,探讨其作用机制,并预测其潜在标志物。[方法]从GEO数据库中下载符合早、晚期动脉粥样硬化相关的信息(GSE28829和GSE43292数据集),进行标准化处理等,从文献中获得19个铜死亡相关基因,并对铜死亡相关基因进行差异分析、富集分析、共识聚类算法、主成分分析、免疫细胞浸润和筛选核心基因以找到其作用机制及潜在标志物。[结果]最终筛选出10个铜死亡相关差异基因表达,铜死亡相关差异基因相关性分析显示GLS与DBT呈强正相关(r=0.78,P<0.001),NLRP3与DBT、GLS呈强负相关(r=-0.62,P<0.001);铜死亡相关差异基因的GO富集分析显示,主要与铜离子输运、铜离子稳态等过程有关,且KEGG分析显示主要富集在铂耐药性、矿物质吸收、癌症中的中心碳代谢通路上。通过MCODE插件筛选出核心基因SLC31A1、MTF1、ATP7B和ATP7A 4种;免疫细胞浸润以M2巨噬细胞、M0巨噬细胞、静息CD4⁺T细胞和CD8⁺T细胞为主(P<...     

TFF1在食管癌中表达及其基因调控网络

目的 探讨TFF1在食管癌中的表达及其潜在的基因调控网络。方法 利用癌症基因组图谱数据库的测序数据和基因表达综合数据库,分析了TFF1在食管癌(ESCA)中的表达情况。使用Oncomine TM等分析工具进行表达分析,使用cBioPortal鉴定TFF1突变、突变相关生存曲线及相关功能网络。利用Linked Omics对TFF1基因表达差异进行了鉴定,并对基因本体论和基因与基因组通路使用京都百科全书进行了分析。结果 TFF1在ESCA中过表达,且缺失是ESCA中最常见的TFF1突变类型,TFF1基因的突变也可能显著影响ESCA患者的预后。功能网络分析表明,TFF1可能通过参与NF-kappa B信号通路,Hippo信号通路等在ESCA中发挥作用。结论 数据挖掘有效地揭示了TFF1在ESCA中的表达和潜在的调控网络,为进一步研究TFF1在肿瘤发生中的作用奠定了基础。     

基于生物信息学筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物

目的 基于生物信息学方法筛选与宫颈癌免疫相关的分子标志物。方法 从基因表达汇编(GEO数据库获取24例正常宫颈组织和28例宫颈癌组织数据。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取306例宫颈癌组织和3例正常宫颈组织数据。通过R软件ESTIMATE算法对数据集进行免疫、基质评分,分析评分与宫颈癌预后的关系。根据免疫评分筛选出差异表达基因(DEGs),并通过韦恩图显示其上调、下调情况,取两数据库所得交集。对关键基因进行GO富集分析、KEGG通路分析和基因集富集分析(GSEA)。构建蛋白质互作(PPI)网络。应用GEPIA2和UALCAN在线网站分析关键基因的表达水平并验证其与患者生存预后的关联性。结果基于TCGA数据库数据分析,高免疫评分组患者的生存情况优于低免疫评分组(log-rank检验：χ²=4.400,P=0.035)。基于TCGA数据库数据,根据免疫评分高低进行筛选,共获得了1 063个DEGs,其中包括640个上调基因和423个下调基因。基于GEO数据库数据共筛选出1 903个DEGs,包括了1 698个上调基因和205个下调基因。取两者交集最终得到7个下调...     

系统性红斑狼疮外周血单个核细胞中铁死亡相关关键基因筛选分析

目的通过生物信息学的方法分析系统性红斑狼疮(SLE)患者PBMCs的差异表达基因, 筛选并分析铁死亡相关关键基因, 从转录水平探索铁死亡参与SLE发病的可能机制。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的子数据库基因芯片公共数据库(GEO)检索出符合筛选标准的健康对照组(HC组)和SLE患者(SLE组)的数据集和样本信息, 利用GEO2R、R语言及相关软件包进行分析获得差异表达基因、基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析结果。利用STRING、Cytoscape等工具分析差异基因的蛋白交互作用网络(PPI), 探索关键基因与通路, 寻找潜在作用靶点。此外, 通过实时荧光定量反转录PCR(RT-qPCR)验证关键基因在SLE中的表达。采用Mann-WhitneyU秩和检验比较2组PBMCs中关键基因的表达差异;采用Spearman秩相关分析探索其与SLE疾病活动度的关系。结果研究纳入了6个数据集, SLE组和HC组的差异基因中与铁死亡相关的基因合计166个。差异基因主要在肺泡巨噬细胞、中性粒细胞、CD49+细胞和CD31+细胞等免疫细胞中特异性...     

综合生物信息学分析预测胃癌预后关键基因的研究

目的筛选出与胃癌预后相关的生物标志物并探讨其潜在分子机制。方法从GEO下载GSE19826及GSE79973胃癌数据集,TCGA下载胃癌患者临床资料。然后综合利用R软件、STRING、DAVID、Cytoscape、GEPIA、Oncomine、 cBioPortal、HPA及GSEA等数据库筛选验证出与胃癌预后相关的核心基因并分析其分子机制。结果共筛选287个差异表达基因(133个下调基因和154个上调基因)。经Cytoscape对重要模块提取及GEPIA验证了核心基因LUM、SERPINH1及TIMP1在胃癌中显著高表达,且LUM表达与幽门螺杆菌感染、分期及总生存率相关,可能是胃癌一个独立预后因子。GSEA分析预测LUM表达上调可能激活细胞外基质受体互作、黏着斑、 MAPK或TGF-β等信号促进胃癌发生、发展。结论通过生物信息学分析确定了LUM是与胃癌患者总体生存相关的关键基因,可作为独立预后生物标志物,因此可能成为胃癌新的治疗靶点,但仍需进一步功能验证。     

miR-152-3 p靶蛋白差异表达及调控机制在肝癌复发中的作用

目的比较肝癌复发与预后良好患者癌组织的蛋白表达,分析miR-152-3p相关的靶蛋白差异及调控机制,探讨miR-152-3p在肝癌复发中的作用。方法应用TMT标记全蛋白质组学测序方法和RT-PCR分别检测肝癌切除术后2年复发(n=6)与5年预后良好(n=6)患者肝癌组织的蛋白质表达和miR-152-3p的表达水平;联合六大数据库检索分析miR-152-3p靶基因,并运用Gene Ontology、DAVID和REACTOME数据库进行靶基因筛选、富集注释和信号转导通路富集分析;将筛选的miR-152-3p靶基因进行基因突变频率和生存曲线分析,验证miR-152-3p靶基因在肝癌复发中的作用。计量资料2组间比较采用独立样本t检验。肝脏组织有关基因生存率分析采用Kaplan-Meier分析。结果肝癌切除术后预后良好患者癌组织的miR-152-3p转录表达水平显著高于复发患者癌组织的水平(P<0.05)。蛋白测序结果显示,预后良好患者与复发患者的癌组织存在365个差异表达蛋白,联合肝癌复发数据库分析显示,其中有17个蛋白受miR-152-3p调控。进一步的信号通路分析发现,17个受miR-152-3p调控的靶基因其功能集中于线粒体核糖体翻译调控;多重富集发现靶基因与线粒体呼吸链复合体密切关系的蛋白6个,分别为AKAP1、FOXRED1、MRPL28、MRPL50、SHC1、STAU1。基因突变频率及生存曲线分析发现,线粒体呼吸链相关靶蛋白的功能缺失或减弱会严重影响患者的生存率。结论miR-152-3p在HCC切除术后预后良好和复发患者的癌组织表达差异显著,miR-152-3p在肝癌复发中作用机制可能是通过调控靶基因AKAP1、FOXRED1、MRPL28、MRPL50、SHC1、STAU1作用于线粒体呼吸链,影响细胞氧化呼吸功能导致肝癌复发。     

长链非编码RNA HOTAIR在乳腺癌患者中表达及其临床意义

目的采用生物信息方法探讨长链非编码RNA同源异型框基因翻译基因间RNA(HOTAIR)在乳腺癌患者中的表达及其与患者预后关系。方法检索Oncomie数据库中乳腺癌患者HOTAIR基因表达的相关芯片数据。根据HOTAIR表达水平分为高低表达组,并用Kaplan-Meier Plotter数据库中生存数据构建生存曲线,比较高低表达组总生存期(OS)。采用TCGA数据分析乳腺癌患者HOTAIR基因变异情况。同时选取72例乳腺癌患者,q-PCR检测肿瘤组织中HOTAIR表达情况并与患者预后做相关分析。结果 Oncomine数据库分析显示,HOTAIR在乳腺癌组织中表达水平明显高于正常乳腺组织(P0.05);高低表达组239153_at (HR=1.29,95%CI:0.94～1.76,P0.05)和1557051_s_at(HR=0.92,95%CI:0.67～1.29,P0.05)两个数据集OS差异无统计学意义(P0.05),但数据集239153_at呈现出高表达患者生存期较短的趋势。TCGA数据中HOTAIR在乳腺癌中拷贝数异常率为0.1%,HOTAIR表达水平在各种突变情况下差异无统计学意义(P0.05)。且癌组织显著高于癌旁组织(P0.05),高表达组生存期显著低于低表达组(HR=1.45,9%CI:1.08～2.32,P0.05)。结论 HOTAIR在乳腺癌中高表达,且可能与患者预后相关,可作为乳腺癌患者预后潜在的分子标志物。