DNA芯片技术检测结核分枝杆菌耐药基因

目的应用DNA芯片杂交技术快速检测临床分离株中结核分枝杆菌对异烟肼（INH）、利福平（RIF）、链霉素（SM）和乙胺丁醇（EMB）的耐药性,并评价其临床应用价值。方法采用DNA芯片技术,将固定于硝酸纤维素膜上的四种药物常见耐药基因的特异性探针,与结核分枝杆菌临床分离株生物素标记的聚合酶链反应产物进行杂交,共对97株临床分离株进行检测,并将结果与绝对浓度法药敏试验结果进行比较。结果INH、RIF、SM和EMB的耐药基因检出的灵敏度分别为89．6％、98．6％、81．8％和88．2％,特异度分别为93．3％、100％、100％和100％。结论简便快速敏感的DNA芯片杂交方法适用于临床批量结核分枝杆菌耐药性的初筛。     

结核分枝杆菌链霉素耐药基因rpsL的检测

目的探讨结核分枝杆菌(TB)对链霉素(Sm)耐药的分子机制,建立快速检测结核分枝杆菌Sm耐药性的方法。方法应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测80株结核分枝杆菌临床分离株的rpsL基因。结果以H37Rv标准株为对照,21株敏感株中,1株(4.76%) SSCP和RFLP分析存在rpsL基因异常;59株耐药株中,36株(61.02%)SSCP和RFLP分析存在rpsL基因异常。结论结核分枝杆菌对Sm耐药与rpsL基因突变有关,PCR-SSCP和PCR-RFLP技术可快速、准确地检测结核分枝杆菌对Sm的耐药性。     

结核分枝杆菌异烟肼耐药基因katG的检测

目的探讨结核分枝杆菌异烟肼(INH)耐药的分子机制,建立快速检测结核分枝杆菌INH耐药性的方法。方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测105株结核分枝杆菌临床分离株的katG基因,运用DNA测序和生物信息分析比对进行验证。结果以H37Rv标准株为对照,34株敏感株中5株(14.7%)存在KatG基因异常,105株耐药株中55株(52.4%)存在KatG基因异常。结论结核分枝杆菌对INH耐药与KatG基因突变有关,PCR-RFLP技术可快速、准确地检测结核分枝杆菌对INH的耐药性。     

丽水市结核分枝杆菌耐药基因ropB的检测分析

利福平(RFP)是最重要的一线抗结核药物之一,据报道约90%以上RFP耐药株对异烟肼(INH)也耐药,而单耐RFP的菌株很少,故RFP耐药可作为耐多药结核病的标志[1-2]。本研究对丽水市90株结核菌培养物进行了药敏实验和结核分枝杆菌RFP耐药相关基因(ropB)序列的检测,现简要报告如下。1材料...     

应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的研究

在全球范围内,结核分枝杆菌耐药率不断上升,高耐药和耐多药菌株不断出现和传播,对化疗疗效及结核病流行产生很大影响。利福平(RFP)作为1种主要的抗结核药物,对其耐药常常导致化疗失败。     

31株结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因检测及序列分析

目的了解贵阳地区分离的结核分枝杆菌katG基因、inhA启动子和oxyR-aphc间隔区基因突变特征。方法对31株结核分枝杆菌临床分离株（异烟肼耐药株17株,异烟肼敏感株14株）的katG基因、inhA启动子和oxyRaphc间隔区进行DNA片段的PCR扩增,并进行测序分析。结果 17株异烟肼耐药菌株中有16株检出katG基因突变,其中70.5%（12/17）为315位密码子变异,且变异类型均为AGC→ACC,敏感株未发现315位点突变。11株敏感菌和4株耐药菌在463位密码子发生变异,变异类型均为CGG→TGG,变异率分别为78.6%（11/14）和23.5%（4/17）,差异无统计学意义。有12株耐药株的变异类型为katG基因双重位点突变,其中10株为katG315（AGC→ACC）和463（CGG→TGG）位变异,463（CGG→TGG）和299（GGC→AGC）变异及463（CGG→TGG）和419（GAC→CAC）位变异各1株。2株异烟肼耐药菌检出oxyR-aphC启动区G32A突变,其中1株为联合katG463和299位突变。结论贵阳株结核杆菌菌株异烟肼耐药基因突变具有多态性,主要的变异类型为katG315位点突变。     

结核分枝杆菌异烟肼耐药基因与耐药机制研究进展

因耐药甚至耐多药的结核分枝杆菌（Mycobac-terium tuberculosis,MTB）的感染,使原来可治愈的结核病变成难以治疗的致死性疾病。据WHO估计全球有5000万人感染耐药结核杆菌,其中中国最多,占到11％^[1-2],耐药性结核病的暴发流行已成为世界范围内的严重的公共卫生问题。最新研究发现,     

痰耐药结核分枝杆菌embB基因的快速检测及乙胺丁醇耐药机制研究

目的快速检测痰耐药结核分枝杆菌embB基因及了解乙胺丁醇（EMB）耐药的分子机制。方法用PCR方法直接从耐药肺结核患者痰及临床分离菌株扩增embB基因片段,对扩增获得的embB基因片段进行序列测定,比较分析全耐、对EMB敏感的耐多药、对EMB耐药的耐多药、全敏感或标准结核分枝杆菌株之间的基因序列差异。结果于6小时内从耐药肺结核痰中快速检测到embB基因。从所有临床分离菌株均扩增获得847bp片段,序列测定比较发现,全耐菌和对EMB耐药的耐多药菌株均检测有embB基因点突变,突变位点均为第306位密码子ATG突变为ACG,而全敏感株、对EMB敏感的耐多药菌株和标准菌株均未检测到基因突变。结论PCR及序列分析方法可快速、准确检测结核分枝杆菌embB基因及其突变,结核分枝杆菌对EMB的耐药性与embB基因点突变有关。     

基因芯片技术检测贵州省结核分枝杆菌耐药基因KatG和inhA

目的 了解本地区结核分枝杆菌(MTB)异烟肼(INH)相关耐药基因katG和inhA的突变特征,评价基因芯片法对MTB INH耐药性检测的临床应用价值。方法 应用基因芯片法对经PCR-荧光探针法鉴定为MTB阳性的2 738例病人标本进行INH耐药性检测,分析其相关耐药基因katG和inhA的突变特征,同时应用比例法检测上述同期送检的相同病人的同类型标本经罗氏培养MTB阳性菌株的INH耐药性,比较两种方法的检测结果。结果 2 738例MTB核酸阳性标本经基因芯片法检测,INH耐药465例,耐药率16.98%,其中以katG 315(AGC→ACC)突变为主,基因突变率为78.06%,其次为inhA -15(C→T),katG 315(AGC→AAC),突变率分别为16.13%和5.59%。上述病人同期送检的同类型标本有1 493例经罗氏培养MTB阳性,比例法检测,INH耐药255例,耐药率17.08%,对应的基因芯片法检测结果为INH耐药249例,耐药率16.68%。以比例法结果为判断标准,基因芯片法测定INH耐药性的敏感性、特异性、阳性预测值(PPV)、阴性预测值(NPV)及准确性分别为85.49%、97.50%、87.55%、97.03%和95.45%。结论 本地区INH耐药以katG 315(AGC→ACC)和inhA -15(C→T)突变类型为主;基因芯片对MTB INH耐药性检测具有高敏感性、特异性、准确性和快速性,可用于本地区MTB INH耐药性的快速检测。     

结核分枝杆菌耐药机制

耐多药结核病和广泛耐药结核病在人类免疫缺陷病毒感染时代的不断增长是有效结核病控制的主要威胁。来自染色体自发突变的结核分枝杆菌耐药概率很低。疾病治疗过程中由于不稳定的药品供应、不合理的治疗方案以及差的患者依从性等人为选择因素导致临床耐药结核病大量发生。已经阐明主要的一线和二线药物包括利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、氨基糖甙类和氟喹诺酮类的耐药分子机制。结核分枝杆菌菌株耐药性与毒性／传染性之间的关系需要进一步研究。理解结核分枝杆菌耐药机制将有助于快速分子诊断工具的发展并且可能进一步指导结核病治疗的新药的研制。     

华东地区耐药结核分枝杆菌katG基因的变异

目的了解我国华东地区结核分枝杆菌中与异烟肼耐药相关的katG基因的变异情况，提供我国异烟肼耐药相关的基因谱。方法对429株结核杆菌行核酸抽提后先以限制性酶切片段多态性方法检测有无最常见的耐药相关S315T突变，对未发现S315T突变的异烟肼耐药株取部分行katG全基因测序以了解其他位点的变异情况。结果耐药结核分枝杆菌中76．9％（166／216）存在katG基因$315T突变。发现有2株异烟肼高度耐药株中存在katG基因片段的缺失。48株异烟肼耐药株测序结果发现katG基因突变特点如下：突变率较高的有315、463、234位点，其余突变位点较多而分散。315位密码子的突变中除S315T外，S315N突变形式也较常见，占8．7％。结论结核分枝杆菌耐药机制复杂，了解耐药相关基因的变异情况是建立可靠的耐药性分子检测方法的基础。     

结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药相关基因研究进展

吡嗪酰胺是治疗结核病的重要抗结核药物之一,特别是用于耐多药结核病的治疗。近年来结核分枝杆菌对吡嗪酰胺的耐药逐渐增多,其耐药机制尚未明确。本文针对结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药及其与基因变异之间的关系研究进展进行综述,以供研究者参考。     

127株结核分枝杆菌基因分型及耐药相关研究

目的 研究山西省长治及周边地区结核分枝杆菌的基因多态性及基因型与耐药的相关性。方法 收集结核分枝杆菌临床分离株,运用MLVA方法进行基因分型,对8种抗结核药物分别采用比例法进行药敏试验,应用 BioNumerics 5.0软件进行聚类分析。结果 15个位点中Mtub21、MIRU26和ETRE多态性较高 (HGI>0.6),MIRU40、ETRB、MIRU16、ETRD、MIRU23和ETRC位点多态性较低(HGI＜0.3)。127株结核分枝杆菌共分为11个基因群102种基因型,90 株为独特型,基因群中Ⅰ群所占比例最大(80.31%)。127株菌株对一线和二线抗结核药物的总耐药率分别为47.24%和23.62%。一线药物中链霉素(40.94%)的耐药率最高,乙胺丁醇(6.30%)最低。二线药物中左氧氟沙星(14.17%)的耐药率最高,丙硫异烟胺(3.15%)最低。链霉素的单耐药率最高(11.81%);耐多药率为21.26%(27/127);广泛耐多药率为3.15%。Ⅰ群菌株的耐药率与其它菌株的差别无统计学意义。结论 初步证实山西长治及周边地区的结核分枝杆菌具有明显的多态性,Ⅰ群为主要流行群。结核分枝杆菌对二线药物的敏感性高于一线药物。主要流行菌株Ⅰ群菌株与耐药无明显的相关性。     

广东省地区结核分枝杆菌寡核苷酸基因分型及耐药相关性

目的 研究结核分枝杆菌(MTB)不同基因型在广东省各地区的流行情况及其耐药相关性。方法 随机数字法抽取广州市胸科医院2014-2015年临床分离的来自于广东省不同地区的504株结核分枝杆菌菌株,采用比例法进行药物敏感性实验,选用间隔区寡核苷酸分型方法(Spoligotyping)对结核分枝杆菌进行基因分型。基因型耐药率差异比较采用χ²检验。结果 (1)在504株结核分枝杆菌临床分离株中北京家族和非北京家族分别是386株和118株。非北京家族中,T家族高达48株;其余是H3家族、EAI家族、MANU家族、AMBIGO家族、LAM家族以及新发基因型。北京家族构成比在性别、年龄上无统计学差异(P>0.05),但在汕头、汕尾、揭阳、东莞四个地级市的构成比低于广州市,差异有统计学意义(P<0.05)。(2)504株结核分枝杆菌中,453株在SPOIDB 4.0数据库中分为49种寡核苷酸类型归类于30个簇,其主要流行簇依次为:SIT1、SIT53、SIT52、SIT19、SIT523。SIT1基因型的异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、 吡嗪酰胺(PZA)、 阿米卡星(AMK)、左氧氟沙星(LVFX)、耐多药(MDR)、泛耐药(XDR) 的耐药率均高于SIT53、 SIT52、SIT19,而SIT523在 RFP、SM、EMB、MDR的耐药率方面高于SIT1 (3)主要流行基因型北京家族的INH、PZA、AMK的耐药率高于非北京家族,差异有统计学意义(P<0.05),其余药物的耐药性无显著性差异(P>0.05)。结论 广东省结核分枝杆菌呈基因多态性,北京基因型菌株为本省结核分枝杆菌主要流行株,而且与异烟肼、吡嗪酰胺、阿米卡星耐药相关。非北京基因型在潮汕和东莞等华侨之乡比例有所增加。     

郑州地区结核分枝杆菌基因分型及耐药情况探究

<正>结核病是我国多发性的传染疾病之一,是严重危害人类健康的传染性疾病,尤其是在耐药结核分枝杆菌的出现和流行后更是对结核病的预防、治疗和控制带来更多挑战。据统计,世界有1/3人口感染过结核分枝杆菌,我国结核病发生率居世界第二,农村地区结核病患者约占我国总结核病患者的80%~([1])。结核通常感染并破坏人体肺部及淋巴系统,此外中枢神经系统、泌尿系统、循环系统、关节等部位同样也会受到感染,如不及时治疗,病情则越来越严重,严重者则不可     

耐药结核分枝杆菌快速检测方法的研究进展

传统的耐药结核分枝杆菌的诊断依赖药物敏感试验.近年来,随着技术的进步,出现了大量的先进检测手段,在敏感性、特异性、检测周期方面皆优于传统方法.基于核酸扩增的分子生物学技术为临床耐药结核分枝杆菌的快速检测打开了一个广阔的前景.在自动测序分析的帮助下,耐药结核的确诊越来越简便、准确,对结核菌基因中耐药突变位点的快速检测还能够为临床诊疗提供早期的帮助信息,甚至能识别潜在的感染.本文对目前已有的快速检测方法的研究进展进行综述.     

耐药结核分枝杆菌快速检测方法的研究进展

传统的耐药结核分枝杆菌的诊断依赖药物敏感试验.近年来,随着技术的进步,出现了大量的先进检测手段,在敏感性、特异性、检测周期方面皆优于传统方法.基于核酸扩增的分子生物学技术为临床耐药结核分枝杆菌的快速检测打开了一个广阔的前景.在自动测序分析的帮助下,耐药结核的确诊越来越简便、准确,对结核菌基因中耐药突变位点的快速检测还能够为临床诊疗提供早期的帮助信息,甚至能识别潜在的感染.本文对目前已有的快速检测方法的研究进展进行综述.     

耐药结核分枝杆菌快速检测方法的研究进展

传统的耐药结核分枝杆菌的诊断依赖药物敏感试验.近年来,随着技术的进步,出现了大量的先进检测手段,在敏感性、特异性、检测周期方面皆优于传统方法.基于核酸扩增的分子生物学技术为临床耐药结核分枝杆菌的快速检测打开了一个广阔的前景.在自动测序分析的帮助下,耐药结核的确诊越来越简便、准确,对结核菌基因中耐药突变位点的快速检测还能够为临床诊疗提供早期的帮助信息,甚至能识别潜在的感染.本文对目前已有的快速检测方法的研究进展进行综述.     

DNA微阵列芯片法检测耐药结核分枝杆菌的临床应用价值研究

目的 评价DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌及其对异烟肼和利福平耐药的检测效能。 方法 收集2011年1月至2017年5月间在江苏省灌云县疾病预防控制中心登记的814例涂阳肺结核患者的痰标本。利用传统罗氏培养法及比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)和DNA微阵列芯片法,同时对患者的痰标本进行结核分枝杆菌检测,并检测其对异烟肼和利福平的耐药情况;分别以传统罗氏培养及比例法药敏试验为标准,评价DNA微阵列芯片法的检测效能。 结果 DNA微阵列芯片法对涂阳肺结核患者的结核分枝杆菌检出率为86.1%(701/814),高于传统罗氏培养法的82.4%(671/814),差异有统计学意义(χ ²=6.81,P<0.05)。以传统罗氏培养法为标准,DNA微阵列芯片法检测涂阳患者结核分枝杆菌的敏感度和特异度分别为92.4%(620/671)和43.4%(62/143),Kappa=0.39,阳性预测值和阴性预测值分别为88.4%(620/701)和54.9%(62/113)。以药敏试验为标准,对有完整的异烟肼和利福平耐药检测结果的620例患者进行分析,DNA微阵列芯片法检测初治涂阳患者是否对异烟肼与利福平耐药的敏感度分别为78.7%(37/47)和84.6%(22/26),阳性预测值分别为69.8%(37/53)和73.3%(22/30);检测复治涂阳患者是否对异烟肼与利福平耐药的敏感度分别为71.9%(23/32)和89.3%(25/28),阳性预测值分别为85.2%(23/27)和89.3%(25/28)。 结论 DNA微阵列芯片法对结核分枝杆菌的检出率高于传统罗氏培养;对结核分枝杆菌对异烟肼和利福平耐药性检测效果理想,具有较好的应用价值。     

结核分枝杆菌及利福平耐药核酸扩增检测成本分析

目的 比较固体培养、比例法药敏和结核分枝杆菌及利福平耐药核酸扩增（Xpert Mtb/RIF）(简称“Xpert”)检测在中国基层实验室应用的检测成本。 方法 选取4个县（区）级结核病防治机构收集3次固体培养和Xpert检测成本数据,2个省参比实验室收集3次对硝基苯甲酸（PNB）菌群鉴定和比例法利福平药敏试验成本数据。采用要素法计算每种方法单位检测成本,计算每例患者不同检测方法的检测成本。在不同结核病患病率人群中,以固体培养试验为金标准,比较Xpert检测在不同检测效能下检出1例结核病患者的成本。在不同利福平耐药率的可疑人群中,以传统药敏试验为金标准,比较Xpert检测在不同检测效能下检出1例利福平耐药结核病患者的成本。调整Xpert检测设备和试剂价格后,分析Xpert检测的单位成本。 结果 固体培养、菌群鉴定、利福平药敏试验和Xpert检测的单位检测成本分别为47.87、46.73、82.86和118.62元。传统方法检测每例结核病患者所需成本（2份培养,1份传代,1份PNB鉴定试验）为172.57元。传统方法检测每例耐药结核病患者的平均成本（2份固体培养,1份传代,1份PNB鉴定及药敏试验）为208.84元。当Xpert检测结核病或利福平耐药特异度为85%时,如果检测敏感度大于70%,在结核病患病率或利福平耐药结核病患病率1%～70%的任何人群中,Xpert检出1例结核病或利福平耐药结核病患者的成本均低于传统方法。试剂价格变化对于检测成本的影响远远大于设备价格变化的影响。 结论Xpert检测是一种比传统方法更经济并快速的检测方法,适合在中国基层实验室推广。