基因芯片在肾癌相关基因研究中的应用

目的：通过研究人肾癌组织和癌旁正常组织中差异表达的基因，寻找肾癌相关基因以用于诊断和治疗。方法：以包含8000个cDNA基因表达谱芯片研究1组肾癌组织样本的基因表达谱。按一步法抽提肾癌和对照组癌旁正常组织的总RNA并纯化mRNA；将等量的对照组织和肾癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA-链做探针，混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像，计算分析后比较2种组织中差异表达的基因。结果：共筛选出差异表达基因95条，其中未知基因44条。结论：基因芯片在筛选肾癌相关基因的改变具有快速、高通量、灵敏的特点，肾癌在细胞代谢、信号转录、蛋白合成的相关基因方面有异常表达。     

应用基因芯片技术筛选肝癌相关基因

目的:本研究利用基因芯片技术筛查肝癌组织中特异表达的基因,为深入研究肝癌的发生、发展提供线索,为肝癌的药物治疗提供指导.方法:选取5例人肝癌组织标本和3例人正常肝组织标本,Trizol法提取组织总RNA,RNeasy Mini kit进行纯化.使用One-Cycle cDNA Synthesis Kjt反转录成cDNA,Sample Cleanup Module kit纯化双链cDNA,VT Labeling Kit体外转录合成并纯化生物素标记cRNA,与人基因组U133+2.0基因芯片杂交.Scanner 3000 7G扫描仪获取基因表达的荧光信号强度值,用预先选定的内参照基因进行均衡和修正,Microarray SuiteVersion5.0软件分析杂交信号的强度和比值,应用SAM统计分析结果,按照常规标准q-value(%)＜5%,fold change≥2或≤0.5筛选出表达差异明显的基因.结果:与正常肝组织相比,肝癌组织存在967个共同差异表达的基因,包括562个上调基因,405个下调基因,其中有58个基因变化倍数大于2倍以上,包括35个上调基因和23个下调基因,与肝癌的发病与进展具有一定相关性,其中包括凋亡相关基因、细胞周期调节相关基因、信号传导相关基因、转录调控相关基因等发生异常改变.结论:基因表达谱芯片可以快速筛选与肝癌发生和进展相关的多个环节上起重要作用的基因,对于肝癌的基础研究和药物治疗具有指导作用,为肝癌的临床诊断、预防、易感性预测和治疗提供分子标记和靶基因,为建立个体化治疗方案和预后评估提供帮助.     

应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因

[目的]应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因.[方法]微矩阵表达谱基因芯片(14114种基因)筛选3例食管癌及其对照癌旁组织的差异表达基因,用Northern印迹证实,用末端终止法测序,将测序结果在GenBank数据库进行同源性检索.[结果]检测的3例临床标本中,共有的差异表达基因31条,上调基因10条,下调基因21条,其序列与Genbank数据库比较,从中筛选出2条无明显同源的人类已知基因或片段,即新基因,并列出其序列.[结论]微矩阵表达谱基因芯片可应用于筛选食管癌新的相关基因,其具备高通量、特异性好、快速的特点;食管癌和对照癌旁组织间存在2条新的差异表达基因.     

基因芯片筛选食管鳞癌患者癌及癌旁组织差异表达基因

 目的 探讨食管鳞癌（ESCC）患者癌组织基因表达谱。 方法 取3例无ESCC家族史的癌及癌旁组织等量混合,抽提RNA,将RNA逆转录合成相应cDNA,以Cy5和Cy3标记cDNA作为探针,在含 有14 000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交。用Scanarray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。 结果依Ratio(cy5/cy3)>2.0或<0.5的数据项为差异表达的基因共1 855个。含表达序列标签(EST)844个,下调基因378个,上调基 因466个。在1 011个已知功能的基因中,下调基因560个,上调基因451个。包含各类功能基因。同时与6例具有家族史ESCC组织差异基因进行了初步分析。经与NCBI基因库比对,有8个基因相同,且异常表达这与报道相符。 结论 基因芯片是一高效筛选食管癌相关基因的方法。在ESCC的发生、发展中存在着大量异常表达基因。     

基因芯片筛选食管鳞癌患者癌及切缘组织差异表达基因

[目的]探讨食管鳞癌（ESCC）患者癌组织的基因表达谱,进一步寻找在ESCC及切缘组织中差异表达的基因。[方法]取3例无ESCC家族史患者癌及切缘组织等量混合．抽提RNA,将RNA逆转录合成相应cDNA,以Cy5和Cy3标记cDNA作为探针,在含有14000点人类基因组芯片（BiostarH-140s）上进行杂交。用scanarray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图象．用GenePix Pro3．0软件对扫描图象进行数字化处理和分析．[结果]依Ratio（cy5／cy3）〉2．0或〈0．5的数据项为差异表达的基因分别为1855个。含表达序列标签fESn844个,下调基因378个,上调基因466个。在1011个已知功能的基冈巾,下调基因560个．上调基因451个。包含各类功能基因．同时与6例具家族史ESCC组织差异基因进行了初步分析．结果初步表明有和无家族史患者基因表达谱不完全相同．经与NCBI基因库比对．有8个基因相同,且异常表达与报道相符,[结论]基因芯片是一高效筛选食管癌相关基因的方法。在ESCC的发生、发展中,存在着大量异常表达基因．     

基因芯片筛选软骨肉瘤去分化相关基因初步探讨

目的：探讨用基因芯片技术区分普通型软骨肉瘤与去分化软骨肉瘤组织中基因的差异表达。方法：对病理证实的普通型软骨肉瘤及去分化软骨肉瘤组织,提取细胞mRNA,用寡核苷酸芯片,与正常关节软骨组织杂交后获得荧光信号,计算机软件分析荧光信号结果,并对数据进行归一化处理,分析组间显著变化的基因,然后对其进行聚类和主成份分析,筛选出差异表达的基因。结果：在所检测的人普通型软骨肉瘤与去分化软骨肉瘤组织中,31个基因有表达异常,其中高表达14条,低表达17条。结论：去分化软骨肉瘤与普通型软骨肉瘤间基因表达差异是明显的,这些差异基因主要分布于涉及TGT信号途径、Wnt信号途径、IHH/PThRP轴以及凋亡机制等多方面,且有些基因的作用目前尚不清楚。     

口腔白斑发生相关的肿瘤标志性基因筛选研究

背景与目的:筛查与口腔白斑发生相关的阳性表达基因,为探究口腔白斑的发生机制奠定基础。材料与方法:采用肿瘤基因芯片(OHS-802)检测口腔正常黏膜组织和口腔白斑组织的肿瘤相关基因表达差异,进一步使用RT-PCR法对部分阳性基因进行验证,寻找与口腔白斑恶变发生、发展相关的基因。基因芯片实验采用化学发光检测试剂盒、X线胶片曝光,并用GEArray表达分析配套软件进行完整的芯片数据分析。RT-PCR电泳结果采用凝胶成像系统对部分基因的表达水平进行定量,然后将其与芯片分析的数据结果进行相似性分析。结果:口腔正常黏膜组织和白斑组织间CTNNB1、GDF15、FKBP8、NF1四个基因的RT-PCR结果,在表达水平上和SupperArray芯片检测方法获得结果的差别均具有统计学意义(P<0.05)。SupperArray芯片检测结果提示:口腔白斑发生的分子机制较为复杂,特别是与细胞周期调控相关基因和细胞增殖分化相关基因关系密切。结论:本研究为深入研究口腔白斑的发生机制和标志性基因探针的筛查奠定了研究基础。     

用基因芯片筛选胃黏膜癌变相关基因

Objective： To study the difference of gene expression and screen the carcinogenesis associated gene in gastric mucosa by oligonucleotide microarray. Methods： Using the U133A gene chip to detect the gene expression profile difference between pericancerous mucosa （mucosa inside nearly 2 cm by cancer） and normal section of gastric mucosa. Bioinformatics was used to analyze the detected result on their localization and function in chromosome. Results＂ （1） A total of 150 genes with a difference of more than 3 times in expression levels by comparing the pericancerous mucosa with normal gastric mucosa, of 130 genes were up-regulated （SLR〉I.5）, and 20 were down- regulated （SLR〈 -1.5）. From the gene expression difference was to do the function classification, among those 22 enzyme and 6 enzyme regular genes were most one （18.7%）. The next were 17 nucleic acid binding associated genes （11.3%）. The third were 15 signal transduction associated genes （10%）. Fourth, were 13 protein binding associated genes （8.7%）. Besides the 40 genes were unknown their function, above mentioned 4 groups were 48.7% of the gene total number; （2） The pericancerous mucosa （P） and gastric cancer （T） were simultaneously compared with normal gastric mucosa, which had 71 genes with the same expression difference, of 61 genes were up-regulated （pericancerous SLR〉I.5）, and other 10 genes were down-regulated （pericancerous SLR〈 -1.5）. From their localization on the chromosome, there was simultaneously 71 genes appearance both in the pericancerous mucosa and in gastric cancer. The most one was 11 abnormal genes on the No. 19 chromosome. The next was No. 1, 2, 16 and 17 chromosomes which had 6 genes, respectively. It was not finding an abnormal gene on the No. 5, 14, 22 and Y chromosome. Conclusion： It suggested those genes may be related to the promotion in early gastric carcinogenesis and their progress. Four main groups （enzyme and enzyme regular, nucleic acid binding, signal transduction, protein binding） that associated gene＇s abnormality be played an importance role in studying the carcinogenesis of gastric cancer. The No. 19 and No. 1, 2, 16, 17 chromosomes are important sites of the oncogene transformation.     

基因表达谱芯片筛选鼻咽癌相关基因

背景与目的：基因表达谱芯片是一种高通量,快速的检测基因表达量的手段.本研究利用这种新兴技术来研究鼻咽癌组织与鼻咽慢性炎症组织基因表达差异,以寻找鼻咽癌新的肿瘤相关候选基因和分子标志.方法：采用BioStarH-141s（2004）型含14112点的人类全长基因cDNA表达谱芯片对20例鼻咽癌组织及15例鼻咽慢性炎症组织进行检测,并用生物统计学及生物信息学方法分析它们之间的基因表达差异.结果：和鼻咽慢性炎症组织相比,20例放疗前鼻咽癌组织存在着大量的差异表达基因,涉及基因包括癌基因与原癌基因、免疫相关基因、细胞分裂、分化、增殖和凋亡相关基因、信号与蛋白传递相关基因、DNA结合转录和转录因子,一些生物酶的酶活调节等.结论：用基因表达谱芯片可以筛选出许多不同种类的参与鼻咽癌病变过程的重要基因,这为揭示鼻咽癌复杂的病变机理提供了研究的方向.     

基因芯片与肿瘤研究

基因芯片技术作为近期发展起来的一项新技术,不仅能够研究细胞内所有基因的表达谱,同时还具有多样品并行处理能力、分析速度快、所需样品量少、污染少等优点,为研究肿瘤发生发展过程中的基因表达情况提供了强有力的工具.本文对基因芯片技术在肿瘤研究中的应用,包括基因表达谱的研究、突变基因、变异基因、肿瘤转移基因的检测和药物的筛选等方面做一综述.     

宫颈息肉的临床研究进展

宫颈息肉(endocervical polyp)临床主要表现为阴道出血、白带增多呈黄色、血性白带等,是妇女宫颈病变最常见的疾病之一,发病率为5.1%[1],占所有宫颈病变的4%-10%,高发年龄为30-49岁。大部分起源于宫颈管内,少部分起源于宫颈外口[2],大小为5-50mm不等[3]。宫颈息肉多数发生于宫颈颈管,系子宫颈管黏膜上皮和     

胃癌患者抑郁相关基因的基因芯片研究和通路分析

目的　应用ｃＤＮＡ芯片技术进行胃癌患者抑郁症状相关基因表达谱差异分析及信号转导通路分析,探讨其可能的作用机制。方法　采用Ｚｕｎｇ抑郁量表判定胃癌患者的精神状态,分为两组,抑郁组１０例患者,非抑郁组１０例患者。手术切除原发灶肿瘤,３０ｍｉｎ内液氮保存。Ｔｒｉｚｏｌ一步法提取细胞总ＲＮＡ并纯化ｍＲＮＡ,逆转录法分别标记荧光素Ｃｙ３和Ｃｙ５,合成ｃＤＮＡ探针与人类全基因组芯片杂交,扫描荧光信号图像,分析比较两组差异表达基因,行Ｇｅｎｅ Ｏｎｔｏｌｏｇｙ分类和通路分析。结果　基因芯片筛选出１０８８个基因表达水平发生改变且有统计学意义,包括７８７个上调基因和３０１个下调基因。Ｇｅｎｅ Ｏｎｔｏｌｏｇｙ分类提示显著变化的基因网络是“Ｎｏｔｃｈ信号传导通路”及“神经肌肉突触传递功能”。ＢｉｏＣａｒｔａ通路分析得到通路网络中相关基因的表达改变情况,Ｎｏｔｃｈ通路中５个基因表达上调,为ＮＯＶ、ＣＮＴＮ１、ＹＹ１、Ｍａｍｌ２和Ｓｐｅｎ,５个基因表达显著下调,为ＰＳＥＮ２、ＡＰＨ１Ａ、ＰＳＥＮＥＮ、ＴＰ６３和ＴＬＥ１,神经肌肉突触传递相关基因中２个显著下调,为ＤＴＮＡ和ＫＩＦ１Ｂ。结论　肿瘤相关性抑郁可能与能量代谢、细胞骨架、营养因子以及酶等多层次的基因表达改变有关,其中Ｎｏｔｃｈ信号传导通路和神经肌肉突触传递功能可能发挥了重要作用。     

基因芯片筛选胃癌及肿瘤球细胞差异表达基因

目的：利用基因芯片技术筛选人胃癌细胞HGC-27及其肿瘤球细胞的差异表达基因。方法：无菌条件下体外培养人胃癌细胞HGC-27及其肿瘤球细胞,Trizol试剂提取两种细胞的总RNA并纯化,按Gene-Chip IVT Express Kit说明对总RNA进行杂交,所得荧光信号用Cluster和TreeView软件进行分析和显示。结果：按差异显著性标准（差异为2倍）,以人胃癌细胞为对照,在肿瘤球细胞中有610个基因表达上调,1135个基因表达下调,涉及细胞生长、信号传导、肿瘤形成等多个方面。结论：人胃癌细胞HGC-27与其肿瘤球细胞存在基因表达的差异,肿瘤球细胞与肿瘤的形成相关。     

宫颈上皮内瘤变进展相关基因的生物信息学分析*

目的：基于芯片数据采用生物信息学方法,挖掘与宫颈上皮内瘤变（cervical intraepithelial neoplasia ,CIN）进展相关的信号通路和潜在差异表达基因。方法：在GEO 数据库中筛选CIN 进展相关mRNA 表达谱芯片数据,并通过生物信息学方法进行再次分析。结果：在GEO 数据库获得GSE 63514、GSE 51993 芯片数据,将共同差异表达基因信号通路富集获得Wnt、Endocytosis 、Vibrio cholerae infection与CIN 进展显著相关的3 条信号通路,及调控这些信号通路的14个差异表达基因。通过生物学注释与文本挖掘,发现3 个基因与CIN 进展相关,另有9 个基因与肿瘤的进展和复发相关。通过GeneMania工具分析发现所有筛选的基因都与已知的CIN 相关基因互作形成蛋白互作网络。其中CCND2 和TGFBR2 与多个已知基因存在直接互作。结论：通过对芯片数据再次分析,筛选出3 条信号通路及14个差异表达基因与CIN 进展相关。     

基因芯片筛选同时参与肺腺癌不同癌变进程的分子靶标

目的 探讨同时参与肺腺癌不同癌变进程的基因群，以期进一步筛选出肺腺癌的分子靶标。方法 选取术后临床分期为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期的肺腺癌组织标本共10例为实验组，相应的癌旁组织10例为对照组。与含13824个基因的基因芯片进行杂交，最后结合分期和临床预后对海量数据进行数据挖掘。在不同分期及不同预后的标本中均差异表达的基因即为入选基因。结果 10例肺腺癌标本共差异表达基因119条，其中，含已报道与肺癌相关的基因26条，尚未报道与肺癌相关的基因46条，完全未知功能的新基因47条。结论 119条基因是肺腺癌发生、发展过程中的重要分子标记，是肺腺癌分子靶的候选基因。     

基因芯片筛选同时参与肺腺癌不同癌变进程的分子靶标

目的探讨同时参与肺腺癌不同癌变进程的基因群，以期进一步筛选出肺腺癌的分子靶标。方法选取术后病理分期为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期的肺腺癌组织标本10例为实验组，相应的癌旁组织10例为对照组。抽提总RNA，标记荧光，与含13824个基因的基因芯片进行杂交，计算机分析比较2种组织的差异表达基因。每次实验重复2次，结果取平均值。最后结合分期和临床预后对海量数据进行数据挖掘。那些在不同分期及不同预后的标本中均差异表达的基因即为入选基因。结果10例肺腺癌标本共有差异表达基因119条，涉及细胞生长、信号传导、肿瘤转移、机体免疫及代谢等多个方面。其中，均表达上调的基因共有22条，含已报道与肺癌相关的基因9条，尚未报道与肺癌相关的基因12条，完全未知功能的新基因1条；均表达下调的基因共有97条，包括已报道与肺癌相关的基因17条，尚未报道与肺癌相关的基因34条，完全未知功能的新基因46条。结论这119条基因是肺腺癌发生、发展过程中的重要分子标记，是肺腺癌分子靶的候选基因。     

基因芯片在肿瘤研究中的应用

近年来 ,越来越多的肿瘤生物学家应用基因芯片技术来分析和比较肿瘤组织与相应正常组织间基因表达的差异 ,其目的是发现肿瘤组织中表达的特异基因和药物治疗的靶序列。本文就这一问题作一综述。1　基因芯片技术的基本原理探针DNA是指被有序地点样固定在玻片或硅晶片上的DNA片段     

基因芯片可预知肿瘤的发生

基因芯片技术作为近期发展起来的一项新技术,不仅能够研究细胞内所有基因的表达谱,同时还具有多样品并行处理能力、分析速度快、所需样品量少、污染少等优点,为研究肿瘤发生发展过程中的基因表达情况提供了强有力的工具。     

基因芯片在胃癌基因表达谱中的应用

胃癌的产生是一个多因素、多阶段的复杂过程,且涉及大量肿瘤相关基因的结构改变和表达异常。鉴于基因芯片技术快速、准确、高通量检测基因表达谱的优点,现将该技术应用于胃癌发生、发展以及治疗过程中基因表达谱的研究进展作一综述。     

基因芯片筛选小鼠肝癌淋巴道转移相关基因

背景与目的肿瘤转移是一个多基因参与的复杂过程。由肿瘤转移所导致的恶性肿瘤患者死亡率高、预后差和其发生机制不清,长期以来一直是肿瘤学领域的突出问题。本研究利用基因芯片技术比较高低淋巴道转移能力小鼠肝癌细胞系Hca-F(高转移)和Hca-P(低转移)的基因表达谱,并筛选出与肿瘤淋巴道转移相关的基因。方法分别提取Hca-F和Hca-P细胞的总RNA,反转录合成双链cDNA,通过体外反转录合成生物素标记的cRNA探针,cRNA探针经片段化处理后分别与AffymetrixGeneChip誖MOE430A(包括22690个转录本对应于约14500个小鼠已知基因和4371个EST)杂交,杂交信号经扫描等处理并用生物信息学对检测结果进行分析。结果与Hca-P细胞相比较,Hca-F细胞中有901个(6.2%)基因表达上调幅度≥2倍,有129个(3%)EST上调幅度≥2倍。在公布的差异最显著的33个包括endoglin(EDG;CD105)、Mcam(Muc18;Mel-CAM;CD146)、Cdc42ep5(CEP5;Borg3)、Ptprr(proteintyrosinephosphatase,receptortype,R)、F2r[coagulationfactorⅡ(thrombin)receptor;Par1;ThrR]、D7Ertd458e(necl-5)、NR1D1、Serpinh1(HSP47)、AXL、Mak和Areg(AR)等基因表达中,上调幅度在29.86～13.93倍之间。根据GO(GeneOntology)分类和Treeview分析,这33个基因的功能主要为促血管生成、细胞粘附、信号转导、细胞运动、转录、分子伴侣活性、蛋白激酶活性和受体结合等。结论高通量的基因芯片技术筛选出大量淋巴道转移相关基因,对这些转移相关基因功能的验证有助于找到淋巴道转移的关键(代表)基因/通路,它们可作为肿瘤淋巴道转移诊断的指标和治疗的靶点。