减小Chelex-100体积提取全血DNA的研究

应用Chelex-100法提取全血DNA,由于具有快速、简便、不易污染等特点,并且其DNA纯度可以满足常规PCR需要,因此在分子生物学实验、临床科研与诊断,特别是司法实践中应用广泛。而对于司法实践中经常遇到的提取微量DNA时,按照常规Chelex-100法提取,得到的DNA模板浓度很低,很可能会出现扩增不均衡,甚至扩增失败。     

用Chelex-100方法提取肋软骨DNA105例

目的研究尸体所处环境、死亡时间的条件下,用Chelex-100方法提取肋软骨DNA。方法对案件中不同条件腐败尸体，采用Chelex-100方法提取肋软骨DNA，进行PCR扩增及STR分型。结果提取肋软骨均可获得STR分型。结论肋软骨是法医检案中的一类具有实用价值的检材。     

用Chelex-100快速提取微量血痕中的DNA

目的 观察用Chelex-100从微量血痕中提取DNA的效果。方法 40份血痕纱布,取血痕3 mm×3mm置于1.5 mL离心管中,采用5％Chelex-100加煮沸法,提取血痕纱布中的DNA。提取液经过紫外分光光法测定,测其A260/280的比值,计算提取液DNA的纯度和浓度;DNA提取液经微型琼脂糖凝胶电泳,检测其DNA电泳带。结果 Chelex-100能快速在1 h之内提取微量血痕中的DNA,其提取液DNA纯度:27.5％样品纯度A260/280比值大于1.6,72.5％样品纯度比值在1.08～1.54之间;提取液DNA浓度:80％样品小于100μg/mL,20％样品在100～166μg/mL之间。微型琼脂糖凝胶电泳未观察到DNA条带。结论 用Chelex-100法有助于快速提取微量血痕中的DNA。     

Chelex-100法提取甲醛固定石蜡包埋组织DNA的研究

福尔马林固定石蜡包埋法(formalin fixed and paraffin embedding,FFPE)是临床及医学科研保存样本的标准方法,这些样本在无法获取新鲜或冷冻组织情况下,为后续的分子生物学研究及法庭科学实践提供了丰富的DNA来源.然而,福尔马林的主要成分甲醛会导致组织中蛋白和DNA的交联导致DNA链脆性增加,偏酸性的固定环境及酚/氯仿法繁杂的操作程序也可导致DNA链断裂[1].     

Chelex-100法快速提取革兰氏阳性杆菌基因组DNA

目的探索一种快速、高效提取革兰氏阳性杆菌基因组DNA的方法。方法采用Chelex-100法提取14株革兰氏阳性杆菌的基因组DNA,利用PCR技术扩增16SrRNA基因及4个单拷贝管家基因以评价提取核酸的质量。结果 Chelex-100法能够在20min内从革兰氏阳性杆菌中提取出基因组DNA,所提取的DNA可直接用于PCR扩增。所有菌株的16SrRNA基因及棒状乳杆菌的4个单拷贝管家基因均扩增成功,PCR产物经电泳检测目的条带清晰特异,与预期目的片段长度相符。结论 Chelex-100法具有快速、高效、安全、经济的特点,采用这种方法提取的革兰氏阳性杆菌的基因组DNA可直接作为PCR扩增的模板。     

Chelex-100法提取真核表达质粒pcDNA3-HERG的应用体会

目的探讨Chelex-100法提取先天性长QT综合征相关人类真核表达质粒pcDNA3-HERG的可行性。方法分别用Chelex-100法和碱裂解法提取pcDNA3-HERG质粒,将环状质性DNA酶切为线性,0.8%琼脂糖凝胶电泳后紫外灯下检测质粒提取的有效性。结果用Chelex-100法和碱裂解法提取的pcDNA3-HERG质粒的OD(A260/A280)比较差异无统计学意义[分别为(1.8±0.6),(1.9±0.4),P0.05],经0.8%琼脂糖凝胶电泳后紫外灯下检测均有特定的清晰条带。结论两种方法均能提取纯度较高的大肠杆菌质粒DNA,Chelex-100法简便、省时,值得推广。     

四种微量石蜡组织DNA提取方法的比较

目的:探讨从微量福尔马林固定石蜡包埋组织(formalinfixation and paraffin embeddedtissues,FFPET)中提取DNA的简单而高效的方法。方法:采用Chelex-100提取法、酚氯仿抽提法、单纯消化法、水煮法4种方法提取组织DNA;应用聚合酶链反应扩增100~500bp长度DNA片段,然后进行电泳分析,1年后重复PCR电泳分析。结果:小于200bp长度DNA片段扩增,Chelex-100提取法、单纯消化法阳性率分别为88.8%、78.8%,明显优于酚氯仿抽提法(15.0%)(P<0.01)及水煮法(21.3%)(P<0.01)。随着扩增长度的增加,PCR扩增效率逐渐降低,Chelex-100提取法PCR反应总阳性率为82.5%,单纯消化法为66.5%,水煮法为13.4%,酚氯仿抽提法为13.4%。1年后重复PCR总阳性率分别为80.1%、31.7%、2.5%、9.2%。结论:Chelex-100提取法方便简单,适用于微量石蜡组织DNA扩增分析;单纯消化法及水煮法在一定条件下适用于微量石蜡组织短片段DNA的扩增。     

一种从口腔拭子中提取DNA的简易方法

目的应用简便方法提取口腔拭子中DNA,并用特异引物扩增,评估该方法的应用价值。方法用1×PCR缓冲液、MgCl2及蛋白酶K混合裂解液在PCR仪上对口腔拭子进行消化,并以该产物为模板,应用角蛋白5基因1号外显子及1号染色体上2个微卫星标记特异性引物扩增,目的片段分别用于测序和毛细管电泳。结果通过上述方法可获得用于PCR反应及后续基因测序及微卫星标记毛细管电泳分型的足量DNA。结论利用PCR缓冲液、MgCl2及蛋白酶K混合裂解液从口腔拭子中提取DNA是一种简单、高效、快速、低成本的方法,更是一种无创的采样方法。     

碱裂解法快速提取口腔拭子DNA对CHRNA3基因多态性的研究

目的建立一种快速的从口腔拭子中提取DNA的方法,研究其在尼古丁乙酰胆碱受体α3(CHRNA3)基因多态性分析中的应用。方法以NaOH和乙二胺四乙酸(EDTA)配制碱裂解液,以三羟甲基氨基甲烷-EDTA(TE)为中和液,经加热裂解和中和两步提取口腔拭子DNA。以提取的DNA为模板,用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析对CHRNA3基因的rs6495309进行分型。对不同基因型的样本测序验证。结果 PCR扩增和酶切的靶带清晰,无非特异性条带。酶切结果与测序结果吻合。结论碱裂解法提取口腔拭子DNA具有快速、简便、经济、可靠的特点,可以用于CHRNA3基因多态性的分析。     

Chelex100法从贮存食管拉网脱落细胞涂片中提取DNA并作PCR分析的应用和意义

目的探讨从贮存20年的食管拉网脱落细胞涂片的微量细胞中抽提DNA的方法和可行性;比较p53基因在正常食管上皮和重度不典型增生上皮中的突变差异。方法利用螯合型离子交换树脂Chelex100作为介质,一步法从食管拉网脱落细胞中提取用作PCR分析的DNA,共提取食管正常上皮与重度不典型增生上皮细胞涂片各24例,采用PCR-SSCP分析法进行p53基因第7外显子的突变检测。结果所有48例标本中微量细胞的DNA抽提均获成功;正常食管组p53基因第7外显子均未发生突变,重度不典型增生组5例发生突变,其中3例在10年、12年、14年后转变为食管癌。结论Chelex100法简便、高效,能从微量细胞中抽提DNA,使对20年前食管拉网细胞涂片进行分子水平的检测成为可能;p53基因第7外显子的突变使食管上皮重度不典型增生细胞具有了癌变趋势。     

薄层扫描法测定川贝枇杷含片中西贝碱的含量

目的:研究川贝枇杷含片中西贝碱的含量测定。方法:采用薄层扫描法进行测定。结果:西贝碱在0.26μg～1.60μg之间线性关系良好,相关系数R=0.9998,回收率为95.60%,RSD为1.60%。结论:本法灵敏、简便、准确,可用于本制剂的测定和质量控制指标。     

DNA修复基因XPC单核苷酸多态性与膀胱癌易感性的meta分析

【目的】用Meta分析的方法探讨DNA修复基因XPC单核苷酸多态性与膀胱癌的易感性。【方法】计算机检索Pubmed数据库、Embase数据库、中国生物医学文献数据库（CBM）收集关于DNA修复基因XPCAla499Val及Lys939Gln单核苷酸多态性与膀胱癌易感性的病例对照研究进行Meta分析,以野生基因型为参照,病例组及对照组XPC499Val、939Gln等位基因分布的比值比（OR）为效应指标,应用Meta分析软件Stata9．0对各研究原始数据进行统计处理及异质性检验,计算合并OR值及95％CI。【结果】按照纳入标准,最终进人Meta分析的文献共有7篇。Meta分析结果显示,XPC499Val／Val突变纯合子的个体发生膀胱癌的风险要高于对照组（合并OR=1．31;95％CI：1．06～1．62）。而XPC939Gin／Gin与膀胱癌之间无显著相关性。【结论】XPCAla499Val多态性与膀胱癌易感性之间存在相关,即携带突变型基因纯合子499Val／Val的个体发生膀胱癌的危险性较高。     

口腔拭子在药物性耳聋基因检测中的应用

目的：探讨口腔黏膜上皮细胞基因组DNA在药物性耳聋基因A1555G及C1494T突变检测中的应用,寻求基因检测中更简单快捷并无损的样本来源。方法：采集97例来自温州特殊教育学校非综合征型耳聋学生的口腔拭子和外周血,分别提取基因组DNA,进行浓度与纯度的测定、基因扩增及产物测序,比较2种样本来源及2种方法提取的基因组DNA的浓度、纯度、扩增成功率,并将测序结果与人类线粒体DNA剑桥参考序列进行比对。结果：口腔拭子DNA的手工法提取浓度（42.5±41.7）ng/mL与试剂盒法DNA浓度（44.8±43.4）ng/mL差异无统计学意义（P〉0.05）;手工法DNA纯度（1.45±0.73）低于试剂盒法（1.87±0.87）,两组间差异有统计学意义（P〈0.05）;二者扩增成功率与外周血差异均无统计学意义（P〉0.05）;口腔拭子DNA的药物性耳聋基因扩增产物长短一致,测序结果完全相符,均显示A1555G突变阳性2例,阴性95例;C1494T突变97例均阴性。结论：无损性样本口腔拭子扩增成功率高,诊断结果可靠,可替代外周血作为药物性耳聋基因检测的DNA来源,具有一定的临床应用价值。     

Association between polymorphisms of DNA repair gene XRCC1 and DNA damage in asbestos-exposed workers

INTRODUCTION Asbestos is an important environmental carcinogen and remains the primary occupational concern in many countries. The most important pulmonary disease associated with asbestos fiber exposure is asbestosis (diffuse interstitial pulmonary fibro…     

DNA修复基因单核苷酸多态性与乳腺癌发病风险的相关性

目的: 探讨南京地区DNA修复基因的5个单核苷酸多态性位点(rs1800975?rs11615?rs2228000?rs2228001?rs238406) 与乳腺癌的发病风险?病理特征及激素受体水平的相关性?方法:共纳入乳腺癌病例和健康对照各350例?用MassARRAY时间飞行质谱技术分析5个单核苷酸位点的多态性;免疫组化方法检测雌激素受体(estrogen receptor,ER)?孕激素受体(progesterone receptor,PR)及人类表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor2,HER-2)表达水平?Logistics回归模型分析不同基因型与乳腺癌发生?病理特点和相关激素受体(ER?PR?HER-2)水平的关系?结果: rs11615TC/TT和rs2228000TT基因型与乳腺癌发病明显相关,且亚组分析提示rs1800975AA和GA基因型分别与绝经期乳腺癌?ER阴性乳腺癌发病相关?此外,rs2228000T等位基因与PR?乳腺癌HER-2阳性亚型相关,且rs11615与乳腺癌ER?PR阳性均相关?rs2228001与T3期乳腺癌?PR?HER-2阴性均相关?结论: rs2228000TT和rs11615TC/TT可增加乳腺癌患病风险?对于不同基因位点,肿瘤病理特点及ER?PR?HER-2的表达水平与乳腺癌的发生或预防有关?     

颊脂垫充填上颌骨囊肿术中拔牙创预防口腔上颌窦瘘

目的: 探讨带蒂颊脂垫转移充填上颌骨囊肿在囊肿摘除加上颌窦根治术中拔牙创效果。方法: 对14例上颌骨囊肿患者在囊肿摘除加上颌窦根治术中拔牙创采用通过上颌窦腔的颊脂垫转移充填。结果: 14例手术均成功,半年后复诊其表面黏膜质地、色泽和周围黏膜不易区分,无张口受限和前庭沟变浅等症状出现。结论: 该手术是一种供区隐蔽、方法简单、并发症少的方法。     

金钗石斛及其相似种RAPD优化和DNA多态性分析

目的:以金钗石斛为材料,建立石斛的RAPD优化条件,应用于石斛相似种的DNA多态性分析.方法:分别设置模板DNA,Mg2 ,Taq DNA聚合酶,dNTPs,引物的浓度梯度,优化RAPD反应体系.结果:在25 μl总反应体系中,以上反应物的用量分别为100 ng,3.0 mmol/L,1.0 U,0.2 mmol/L,0.4 μmol/L时所获得的石斛属DNA指纹图谱谱带型清晰、重复性好.其中用S48 扩增的DNA指纹图谱具有更大的相似性,适合于石斛真伪鉴别;而S90 扩增的片段具有明显的多态性,适合于石斛遗传分化研究.结论:优化后的RAPD方法可作为研究石斛属植物的遗传多样性及真伪鉴别的有效方法.     

高保真酶特异性检测大鼠SNP基因型新方法

目的应用高保真酶(Pfu)和3’末端修饰引物在单管双向等位基因特异性扩增(SB-ASA)中区分SNP基因型,建立高保真酶特异性检测SNP基因型的新方法。方法选取近交系大鼠SNP位点,以RS8149053为例,设计两个外部引物和两个等位基因特异性引物,四引物3’末端进行硫代磷酸化修饰,应用高保真聚合酶(Pfu)进行特异性扩增,扩增结果测序验证其可靠性。结果在RS8149053 SNP位点(C/T)上,等位基因型CC扩增出179 bp目的片段,基因型TT扩增出597 bp目的片段,基因型不同则扩增出分子量不同的片段,目的条带测序结果与Rat Genome Database数据库基因型结果一致,高保真酶扩增结果稳定且特异性强。结论高保真酶等位基因特异性扩增技术能有效降低假阳性率,是一种快速、特异的SNP基因分型新方法。