宏基因组二代测序在肺部感染患者病原微生物检测中的应用价值分析

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在肺部感染性疾病诊断中的应用价值。方法选取2019年8月至2020年5月广西医科大学第二附属医院呼吸与危重症医学科收治的肺部感染患者60例作为研究对象,采集患者肺泡灌洗液标本并进行病原微生物mNGS与常规涂片+培养检测,评估mNGS的临床应用价值。结果纳入研究的60例患者中,进行mNGS检测,检出病原微生物的患者共50例,检出率为83.33%;进行常规涂片+培养检测,检出病原微生物的患者共14例,检出率为23.33%。对肺部感染患者,进行mNGS检测的病原微生物总检出率显著高于进行常规涂片+培养检测,差异有统计学意义(P0.05)。结论宏基因组二代测序对肺部感染患者的病原微生物检出率显著高于常规涂片及培养检测,应用价值极高,但检测费用较高,临床上可根据具体情况加以应用。     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及其临床应用

目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术,检测其和传统培养法的区别,探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测,对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息,根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数,用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中,感染组75例(7979%),非感染组16例(1702%),未知组3例(319%)。样本类型中血液占比最多(34/94),其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94),其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ^2=-223.107,P<005)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ^2=3.840,P=005)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t=4.724,P<005)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为-8.848、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<005);检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为-5.585、-7.258、-4.678,P值均<005)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后,显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显,其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高,其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素,有显著的临床价值。     

宏基因二代测序技术在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用

目的 观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果.方法 112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体检测结果调整抗感染方案.比较两组病原体检出率、抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、...     

肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染病原学的应用

目的 了解肺泡灌洗液联合宏基因组下一代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并肺部感染中病原学诊断的应用价值。方法 回顾分析2020年1月-2022年5月确诊为肺部感染的免疫抑制患者71例及非免疫抑制患者167例的临床资料，同时收集患者痰培养/痰涂片、肺泡灌洗液联合mNGS病原学的检出结果，针对肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染患者中的诊断及治疗指导效能进行分析，并绘制ROC曲线。结果 免疫抑制组中肺泡灌洗液联合mNGS检出病原体阳性率高于常规痰培养，差异有统计学意义(P<0.05); CRP、PCT、住院费用、住院天数等指标免疫抑制组均高于非免疫抑制组，淋巴细胞绝对计数低于非免疫抑制组(P<0.001)。将免疫抑制组分为4个亚组，其中肾移植组住院天数及住院费用均高于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);而淋巴细胞绝对计数及中位年龄均低于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);免疫抑制组各亚组间肺泡灌洗液联合mNGS、痰培养与预后之间关系无统计学差异(P>0.05)。肺泡灌洗液联合mNGS阳性患者的预后优于阴性的患者，差异有统计学意义(P<0.00...     

1例宏基因二代测序提示钩端螺旋体感染患者的实验室诊断

目的 对一不明原因发热伴呼吸困难患者进行实验室诊断,探讨钩端螺旋体实验室确诊的检测方法。方法 利用宏基因二代测序技术(mNGS)对一不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)、显微镜凝集试验(MAT)和传统培养方法对患者进行实验室确诊。结果 mNGS对不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析提示患者可能被问号钩端螺旋体感染,Real-time PCR和传统培养方法对患者的肺泡灌洗液、血液和尿液检测均为阴性,血清抗体检测(MAT法)致病性钩端螺旋体澳洲型滴度为1:800。结论 该患者确诊为致病性钩端螺旋体澳洲型感染,mNGS与实验室传统方法的有机结合有助于对不明原因发热伴呼吸困难患者实验室诊断,特别是对钩端螺旋体的实验室诊断具有重要意义。     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

病原体检测对慢性阻塞性疾病并发肺炎的诊断价值

目的 分析慢性阻塞性肺疾病并发社区获得性肺炎(chronic obstructive pulmonary disease complicated with community acquired pneumonia, COPD-CAP)患者的临床特征及多种病原体检测对该疾病的诊断价值。方法 选择2019年1月至2021年1月我院收治的COPD-CAP患者95例为对象,按是否行宏基因测序(metagenome next-generation sequencing, mNGS)病原体检测分为对照组79例,观察组16例。对照组病原体检测采用传统培养,观察组在此基础上采用支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF) mNGS,分析COPD-CAP病原体分布、阳性率及炎症指标情况。结果 COPD-CAP患者病原体检测结果以革兰氏阴性菌为主,其中肺炎克雷伯杆菌22例(23.16%)、铜绿假单胞菌13例(13.68%)、鲍曼不动杆菌11例(11.58%)、嗜麦芽窄食单胞菌7例(7.37%)、大肠杆菌2例(2.11%)。传统培养(痰液、灌洗液、血液培养)病原体...     

宏基因组二代测序诊断惠普尔养障体重症肺炎一例报道并文献复习

惠普尔养障体（TW）重症肺炎是由TW感染引起的罕见病，传统检测方法不易获得其病原学证据，误诊率极高，故其早期诊断与治疗仍面临巨大挑战。宏基因二代测序（mNGS）可检测到传统检测手段无法检测到的罕见病原体，使得TW检出率不断提高。本文报道1例支气管肺泡灌洗液mNGS诊断为TW感染的重症肺炎患者，给予头孢曲松联合复方磺胺甲噁唑治疗，患者病情好转。     

支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法 回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料，其BALF的mNGS均提示真菌，17例为肺曲霉感染，15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性，对比mNGS和常规方法的检测阳性率，评估mNGS对治疗的指导价值。结果 与非肺曲霉感染组相比，肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原，其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉...     

慢性阻塞性肺疾病患者肺泡灌洗液宏基因组测序分析北大核心CSCD

目的评价PMseq病原微生物宏基因组测序检测用于慢性阻塞性肺疾病(COPD)合并肺部感染患者诊断的价值。方法以2019年11月至2022年5月在呼吸科确诊的67例稳定期COPD患者(合并肺部感染47例)为研究对象,同时采用肺泡灌洗液培养和PMseq病原微生物宏基因组测序,对培养及测序鉴定出的病原体进行描述性分析,并对检测结果进行比较分析。结果67例稳定期COPD患者中,宏基因组测序阳性65例、肺泡灌洗液培养阳性28例,差异有统计学意义(χ^(2)=48.11,P<0.01)。其中,宏基因组测序和肺泡灌洗液培养均阳性27例。该27例患者中,宏基因组测序和肺泡灌洗液培养检测结果完全一致8例、部分一致12例、不一致7例(Kappa值=0.46)。28例肺泡灌洗液培养阳性患者中以细菌感染多见,其中链球菌属及奈瑟菌感染分别为19例和17例,肠球菌感染5例,金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌各1例;真菌感染以念珠菌多见(5例),土曲霉菌感染1例。65例高通量测序阳性COPD患者细菌感染以链球菌属为主,真菌感染以曲霉菌为主(5例)。高通量测序患者中,46例为2种及以上病原体感染、21例为单一病原体感染。结论COPD合并肺部感染患者病原体谱广,并存在混合感染。PMseq病原微生物宏基因组测序法敏感、特异,可用于COPD患者感染的病原体精准诊断,值得临床推广应用。     

支气管镜联合不同检测技术在AIDS肺部感染诊断中的应用

目的探讨支气管镜联合不同检测技术,在艾滋病肺部感染病原学诊断中的应用价值。方法收集2010年1-12月北京、河南、广州、广西地区共86例进行支气管镜检查的艾滋病肺部感染（排除肺结核）病人的临床资料,分析镜下表现、肺泡灌洗液病原体培养、肺泡灌洗液病原体-聚合酶链反应（PCR）检测、肺泡灌洗液涂片病理、肺组织活检病理。结果艾滋病肺部感染支气管镜检查镜下表现多为气管、支气管的急性或慢性炎症;肺泡灌洗液培养阳性率为27.9%;肺泡灌洗液的巨细胞病毒（CMV）、肺孢子菌（PCP）、结核分枝杆菌（TB）和嗜肺军团菌（LP）的PCR检测阳性率分别为66.7%和54.9%、0和0。肺泡灌洗液涂片病理检查中,六胺银染色、抗酸染色、PCP和CMV免疫组化阳性率分别为61.9%、0、38.9%、0。肺组织活检病理检查病原体阳性率为87.5%。结论支气管镜在艾滋病肺部感染的诊断中有重要价值,联合使用支气管镜肺泡灌洗液的培养、涂片病理和PCR检测,并进行肺组织活检病理检测,可以提高艾滋病肺部感染病原学诊断水平。     

郑州地区11299例急性呼吸道感染儿童病原体检查结果分析

目的了解郑州地区急性呼吸道感染儿童病原体流行情况。方法取11299名急性呼吸道感染住院患儿的咽分泌物、痰液或肺泡灌洗液,采用基于毛细管电泳的多重PCR法检测12种呼吸道病原体。结果11299例样本中,检测结果为阳性的8742例,阳性率为77.37%,其中,单纯感染6943例(79.42%),混合感染1799例(20.58%)。阳性标本中鼻病毒(HRV)阳性标本最多,2859例,阳性率25.3%;其次为肺炎支原体(MP),2047例,阳性率18.12%。不同性别患儿中,HRV和MP的阳性检出率有统计学意义。结论HRV是郑州地区急性呼吸道感染儿童的最常见病原体。12种呼吸道病原体的阳性率随月份变化呈现不同的特点;甲型流感病毒H1N1型和肺炎衣原体(Ch)的阳性率与患儿年龄无关,其他病原体阳性率与患儿年龄相关。     

环介导恒温扩增芯片法在下呼吸道感染病原体检测中的临床应用

目的分析环介导恒温扩增芯片法(LAMP)在下呼吸道感染病原体检测中的应用价值。 方法选择2018年1月至2018年9月空军军医大学第二附属医院收治的1 092例疑似下呼吸道感染患者,分析支气管肺泡灌洗液病原体检测结果,以细菌培养结果为金标准,评价LAMP检测8种常见下呼吸道感染病原体的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、阳性似然比、阴性似然比。 结果LAMP检测8种病原体的灵敏度差异较大,检测金黄色葡萄球菌灵敏度最高(100%),检测大肠埃希菌灵敏度最低(40%),检测8种病原体的特异度均高于94%。LAMP检测8种病原体的阳性预测值低于65%,阴性预测值高于98%,阳性似然比高于13,阴性似然比各病原体间差异较大,金黄色葡萄球菌阴性似然比最低(0.00),大肠埃希菌阴性似然比最高(0.60)。 结论LAMP在下呼吸道感染病原体检测中有较高的准确性,利于下呼吸道感染的早期诊断和精准治疗,具有临床意义。     

183例前列腺炎患者前列腺液致病菌检测分析

目的分析了解性传播疾病(STD)门诊中前列腺炎患者病原微生物感染情况。方法对经过筛选的183例前列腺炎患者的前列腺液进行细菌病原体检测。结果183例标本中检出STD病原微生物感染144例,检出率78.7%,其中化脓菌感染29例,阳性率33.3%(29/87)。病原体中以支原体居第1位,占45.9%;表皮葡萄球菌居第2位,占20.7%;衣原体居第3位,占18%。2种病原体及以上混合感染26例,占14.9%。结论STD门诊前列腺炎患者与病原微生物感染密切相关。     

支气管肺泡灌洗液送检mNGS对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值

目的探究支气管肺泡灌洗液(BALF)送检宏基因组二代测序(mNGS)对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值。方法本研究为横断面研究。采用单纯随机抽样方法, 收集2020年5月至12月在南京市第二医院行气管镜检查, 影像学不典型且痰结核菌涂片阴性的疑似肺结核患者合计86例的临床资料, 统计分析BALF并行送检mNGS、分枝杆菌培养+鉴定、GeneXpert MTB/RIF分析(Xpert)的结果。结果 86例疑似肺结核患者中, 因数据不完整去除22例, 最终纳入分析64例, 其中诊断活动性肺结核患者44例, 排除肺结核诊断患者20例。在诊断活动性肺结核方面, mNGS的敏感度与Xpert相当(36.36%比34.09%), 高于分枝杆菌培养检测(36.36%比18.18%);并行分枝杆菌培养+Xpert+mNGS的联合诊断可有效提高肺结核病原检测的敏感度(54.55%);同时mNGS还以非靶向方法检测到3例活动性肺结核合并其他病原体的混合感染。对于抗酸杆菌涂片阴性影像学不典型的20例疑似肺结核患者鉴别诊断方面, mNGS检测到13例结核分枝杆菌以外的病原体(13/20, ...     

荧光定量PCR测定支气管肺泡灌洗液中TbDNA诊断肺结核的临床价值

目的探讨纤支镜肺泡灌洗液中结核分枝杆菌DNA在肺结核诊断中的价值。方法对187例初治肺结核患者及41例肺炎患者分别应用荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)技术检测结核分枝杆菌DNA、肺泡灌洗液结核菌培养、纤维支气管镜刷片抗酸染色。结果肺结核患者肺泡灌洗液结核分枝杆菌DNA阳性率为:78.6%、肺泡灌洗液结核菌培养阳性率为28.8%、刷片抗酸染色阳性率为21.9%。肺炎患者肺泡灌洗液结核分枝杆菌DNA、肺泡灌洗液结核菌培养、刷片抗酸染色均阴性。结论荧光定量聚合酶链反应检测肺泡灌洗液结核分枝杆菌DNA,特异性高,用于肺结核诊断可提高肺结核诊断的敏感性和准确性,明显优于纤维支气管镜刷片抗酸染色,亦较肺泡灌洗液结核菌培养诊断灵敏、快速,可作为肺结核诊断较可靠指标。     

支气管肺泡灌洗液肺炎支原体核酸联合血清特异性IgM检测对儿童肺炎支原体感染的诊断价值

目的探讨肺泡灌洗液(BALF)肺炎支原体核酸(MP-DNA)联合血清特异性IgM检测在儿童MP感染诊断中的价值。方法对82例难治性呼吸道感染符合做纤维支气管镜检查患儿留取BALF进行MP-DNA检测,并检测同期患儿血清MP-IgM抗体,对所得结果进行比较。结果 82例呼吸道感染患儿中,肺泡灌洗液MP-DNA阳性42例(51.2%),血清MP-IgM阳性25例(30.5%),两者中任一个阳性的49例(58.5%)。结论肺泡灌洗液MP-DNA检测联合血清特异性IgM检测能提高MP感染的检出率,有一定的实用价值。     

支气管肺泡灌洗液GeneXpert-MTB/RIF检测在活动性肺结核诊断中的效能

目的探讨支气管肺泡灌洗液Xpert-MTB/RIF检测对肺结核早期诊断的价值。方法选择2017年9月～2018年9月在苏州大学附属传染病医院肺科住院,临床诊断肺结核患者共158例,分别对其支气管肺泡灌洗液及痰标本行GeneXpert-MTB/RIF法(简称"Xpert法")检测,同时对其支气管肺泡灌洗液行涂片抗酸染色镜检、MGIT 960培养、荧光定量PCR,并对Xpert法检测法结果进行分析。结果 Xpert法检测支气管肺泡灌洗液阳性率明显高于涂片找抗酸杆菌,差异有统计学意义(P0.05);支气管肺泡灌洗液培养阳性率也明显高于涂片找抗酸杆菌,差异有统计学意义(P0.05);支气管肺泡灌洗液PCR检测结核分枝杆菌DNA阳性率也明显高于涂片找抗酸杆菌,差异有统计学意义(P0.05)。Xpert法检测阳性率明显高于PCR检测结核分枝杆菌DNA,差异有统计学意义(P0.05);上述四项联合检测阳性率明显高于Xpert法、结核培养等,差异有统计学意义(P0.05)。而Xpert法检测阳性率与痰培养阳性率比较,差异无统计学意义(P0.05)。以支气管肺泡灌洗液结核培养为金标准,Xpert法检测敏感度78.75%,特异度为65.38%。支气管镜BALF Xpert法检测阳性率57.0%,痰Xpert法检测阳性率32.3%,支气管肺泡灌洗液Xpert法检测阳性率明显高于痰标本,差异有统计学意义(P0.05)。结论支气管肺泡灌洗液Xpert法检测相比痰检及其他传统检测方法快捷、安全、高敏感性,能很大程度提高结核病及耐药结核的早期诊断率,有极大的临床应用前景。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...