桑黄肌动蛋白基因片段的克隆及序列分析

目的 对桑黄肌动蛋白(Actin)基因进行克隆及序列分析.方法 搜索网上已知数据库中Actin基因,与本实验室测得的桑黄转录组数据进行生物信息学比对,找到转录组数据中与Actin相似性最高的片段,并根据其设计引物,提取桑黄菌丝体总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增Actin基因片段并对PCR产物进行测序.结果 得到一段839 bp的序列,序列分析表明,该片段编码279个氨基酸,与其他物种Actin基因核苷酸序列同源性在87％以上.结论 首次从桑黄中克隆出了Actin基因,为有效利用该基因奠定了基础.     

广佛手rDNA ITS序列测定及特点的初步分析

目的分析广佛手及其近缘种香橼的rDNA ITS序列及其规律。方法采用PCR直接测序技术测定广佛手和香橼rDNA ITS序列并作序列变异分析。结果4个植物样品rDNA ITS序列长度为644-672bp。其中5．8S rDNA长度为165bp，编码区较保守。广佛手和香橼的ITS1和ITS2序列平均遗传距离分别为0．0095和0．0142。结论rDNA ITS序列可为鉴定佛手提供分子参照系统。     

桑黄菌原生质体的分离与再生研究

目的：研究桑黄菌原生质体分离与再生的条件。方法：研究以菌丝体为材料的不同酶解条件对桑黄菌原生质体产量的影响及不同再生条件对桑黄菌原生质体再生率的影响。结果：在1.5%溶壁酶＋0.5%崩溃酶的混合酶系、酶解温度为30 ℃、菌龄为8 d、蔗糖为酶解渗透压稳定剂、酶解时间为3 h的条件下,桑黄菌原生质体分离产量较高,但兼顾菌丝量和原生质体的再生,较适宜的菌龄为10 d,较适宜的酶解渗透压稳定剂是甘露醇。另外用甘露醇作为培养基渗透压稳定剂、用加桑枝的马铃薯葡萄糖再生培养基进行再生,桑黄菌原生质体再生率较高。结论：在综合考虑桑黄菌原生质体的产量与再生的前提下,获得了使桑黄菌原生质体产量与再生率均较高的试验条件。     

牛蒡子及其伪品的ITS序列分子鉴定研究

目的:研究牛蒡子与伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集全国26个不同产地的牛蒡子药材26份和4种伪品毛头牛蒡、大翅蓟、紫穗槐、水飞蓟10份样品进行总DNA的提取,PCR扩增,对扩增产物克隆并测序,计算机软件统计分 析.结果:测得了36份样品的ITS序列全长,分别为牛蒡子641 bp,毛头牛蒡为641 bp;大翅蓟为639 bp;水飞蓟为630～631bp;紫穗槐为625～626 bp,在GenBank中注册,获得登记号.牛蒡子样品间的相似度大于99%,牛蒡子与大翅蓟、水飞蓟、紫穗槐间的相似度低于95%,毛头牛蒡与牛蒡子的相似度为98.29%～99.22%.通过以ITS序列重建系统树进行的聚类分析可以将牛蒡子与伪品有效的区分开.结论:根据ITS序列,能够有效的区分牛蒡子与伪品.     

桑黄鲨烯环氧酶基因克隆与序列分析

目的对参与桑黄三萜合成途径的关键酶鲨烯环氧酶(squalene epoxidase,SE)进行基因全长克隆和生物信息学分析。方法以桑黄总RNA为模板,采用RT-PCR和RACE技术克隆桑黄SE基因的全长c DNA和DNA序列,并通过Ex PASy在线分析等方法对其进行生物信息学分析。结果序列分析表明,SE基因全长2 145 bp,包含6个外显子和5个内含子;所克隆的c DNA全长为1 856 bp,包含1个1 452 bp的开放阅读框,编码483个氨基酸的蛋白,命名为Ib SE1,预测该蛋白的相对分子质量为5.3×104,等电点(p I)为8.41,无信号肽。结论首次克隆并获得桑黄鲨烯环氧酶基因全长序列,为进一步阐明桑黄三萜代谢途径和改善中药材品质奠定基础。     

化橘红rDNA ITS序列特征的初步分析

目的:研究化橘红及其近缘种rDNA ITS区碱基序列的特征及差异。方法:利用PCR产物直接测序,并作序列变异分析。结果:5个植物样品的rDNA ITS序列长度为675bp-683bp,其中5.8S rDNA长度为165bp,编码区较保守。基于K2P参数遗传距离模型构建的化橘红与沙田柚、柑橘rDNA ITS序列遗传距离分别为1.05和2.29。结论:化橘红与其近缘品种rDNA ITS序列有明显的差异。     

甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析

目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法。方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析。结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据。     

不同膨大状态地黄根部内生真菌的分离及鉴定

目的:以野生地黄为对象,分离和鉴定地黄内生真菌,并探讨其内生真菌与地黄连作状态之间的关系。方法:将野生地黄进行不同的移植处理,获得根部膨大状态不同的地黄根系,分离其内生真菌,分别通过棉兰染色法和18S rDNA及ITS序列分析对内生真菌进行形态学和分子鉴定,比较内生菌的差异;并建立地黄块根膨大的水培实验系统,将地黄无菌苗和内生真菌进行共培养,观察内生真菌对地黄生长的影响。结果与结论:共分离到4种内生真菌,从未膨大根系中分离出3种优势菌株Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,从膨大的地黄根中分离到Ⅲ和Ⅳ,经鉴定这4种真菌分别为I轮生菌Verticillium spp,Ⅱ尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum,Ⅲ芳香镰孢菌F.redolens,Ⅳ角担菌属真菌Ceratobasidiumspp.。共培养结果表明内生真菌Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ的过量生长不利于地黄根膨大,而Ⅳ则不影响地黄根部的膨大。     

三裂叶海棠内生真菌的分离,鉴定及活性测定

目的:分离鉴定三裂叶海棠Malus sieboldii中内生真菌,并检验其抗病原真菌,抗肿瘤,抑制蛋白酶活性。方法:传统形态学和现代分子生物学方法鉴定菌种,采用杯碟法,MTT法,和BRpNA法测试真菌活性。结果:内生真菌按形态学归为22类,其中Non-sporulating,Alternaria,Colletotrichum,Aspergillus,Fusarium,Gliocladium,Cunninghamella是主要群落。通过对ITS rDNA测序,确定了有活性Non-sporulating的种属。活性测试结果显示30的菌株对至少1种植物病原菌有活性,菌株3,4分别具有细胞毒和蛋白酶抑制活性。结论:首次对三裂叶海棠的内生真菌进行了系统的分离、鉴定和活性筛选工作,证明三裂叶海棠是一种寄生活性内生真菌的潜在资源。     

猪苓子实体培育猪苓菌丝的环境因素研究

目的:观察人工诱导猪苓子实体培育猪苓菌丝的最佳环境因素,为筛选优良菌种提供依据。方法:用人工诱导的猪苓子实体,采取菌丝分离法接种在适宜的培养基上,观察温度、pH值,光照、培养时间对菌丝形成的影响。结果:沙氏琼脂培养基,温度22℃,pH值5.8,黑暗培养,培养25天时菌丝生长最好。结论:人工诱导的猪苓子实体可以培育优良的猪苓菌种。     

药用真菌桑黄的研究进展

桑黄(phellinus)作为寄生在桑树上的真菌,在2 000多年前就有用作珍贵中药材的记载,在调节机体免疫、延缓衰老和抗肿瘤等方面具有良好的功效。该文综合近几年国内外有关桑黄的分类学问题、活性成分、药效及其作用机制、提取工艺等方面的研究进展进行阐述,并对目前存在的问题及今后的研究方向进行了探讨。     

悬钩子属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的 通过测定和分析15种悬钩子属RubusL.药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础.方法 以叶片基因组DNA和通用引物为材料,用PCR法克隆rDNA ITS全长,并利用生物信息学软件对序列进行分析.结果 15种悬钩子属植物ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为255～258、208～211和164 bp; ITS1和ITS2序列有变异位点138个,其中信息位点41个,序列存在较多的颠换、转换和缺失现象;5.8S序列较为保守,仅含4个变异位点,没有发现信息位点;15种悬钩子属植物的遗传距离为0.139 0～0.008 1,灰毛泡和锈毛莓的遗传距离最小.结论 获得了15种悬钩子属药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础.     

基于转录组测序的山茱萸次生代谢生物合成相关基因的挖掘

为探讨山茱萸中环烯醚萜等次生代谢产物合成的遗传基础,采用新一代高通量测序技术对其果实进行转录组测序,共获得得96 032条unigenes,平均长度590.53 bp;其中共有35 478条unigene能被NR,Swissprot,COG,GO,KOG,Pfam和KEGG等7个公共数据库注释。通过对注释所得的unigene进行KEGG代谢通路的分析发现,共有84个unigene与环烯醚萜类成分的生物合成有关;487条unigene参与山茱萸其他次生代谢相关物质代谢调控。研究发现,共有153条unigene参与山茱萸次生代谢产物的氧化/羟基化;72条unigene参与次生代谢产物的糖基化。该研究首次对山茱萸转录组进行了分析,并获得了山茱萸环烯醚萜类等次生代谢生物合成相关的候选基因,为山茱萸的分子生物学研究提供了丰富的数据资源,也为后续探讨候选基因的功能奠定了基础。     

亳芍内生真菌Alternaria alternate次生代谢产物的研究

目的研究亳芍内生真菌Alternariaalternate的次生代谢产物。方法利用硅胶、SephadexLH-20、反相、中压、高效液相制备等多种色谱法分离化合物,采用波谱方法对化合物进行结构鉴定。结果从内生真菌Alternaria alternate次生代谢产物中分离得到15个化合物,分别鉴定为methyl 4-acetamido-3-hydroxybenzoate(1)、(E)-methyl-5-hydroxy-3-methylpent-2-eno(2)、异苯并呋喃酮A(3)、对羟基苯乙酮(4)、6-hydroxy-isosclerone(5)、talaroflavone(6)、7-hydroxy-2-hydroxymethyl-5-methyl-4H-chromen-4-one (7)、 alternarienonicacid (8)、 7-hydroxy-2,5-dimethy-4H-1-benzopyran-4-one (9)、 5-hydroxy-epialtenuene(10)、交链孢醇(11)、methyl 3-hydroxybenzoate(12)、stemphyperylenol(13)、细格菌素(14)、交链孢烯(15)。结论其中化合物1、3、5～10、12～13为首次从内生真菌Alternaria alternate次生代谢产物中分离得到。     

基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定

目的:通过测定17种药用石斛的rDNA ITS全序列,构建分子系统树,在分子水平对待检种进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.方法:采用改良的CTAB法提取石斛叶片DNA,PCR扩增rDNA ITS区全序列,产物回收纯化后直接测序,运用Bioedit,MEGA 4.0等软件分析石斛属植物的rDNA ITS序列的特征.结果:建立了17种药用石斛rDNA ITS区碱基全序列数据库,其中,ITSl的长度为228～234 bp,GC量为45.7%～53.0%,变异位点167个,占总位点67.34%,信息位点106个,占总位点42.74%;ITS2长度为241～247 bp,GC量为44.8%～55.7%,变异位点165个,占总位点66.27%,信息位点115个,占总位点46.18%.属间的遗传距离为0.295,石斛种间的平均遗传距离为0.142,种内各居群间的平均遗传距离为0.002.结论:利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种rDNA ITS区进行序列测定,可以在分子水平对石斛不同种质进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.     

内生真菌Penicillium dangeardii次生代谢产物研究

对单刀根内生真菌Penicillium dangeardii次生代谢产物的化学成分进行了研究,利用凝胶Sephadex LH-20柱色谱、反相硅胶柱色谱、HPLC制备液相等多种色谱方法从菌液中分离得到了5个化合物,运用质谱、核磁等波谱技术鉴定其结构分别为:N-[9-(β-D-核糖)-9H-嘌呤-6]-L-天冬氨酸(1),3-咖啡酰基奎尼酸(2),4-咖啡酰基奎尼酸(3),5-咖啡酰基奎尼酸(4),3-羟基-苯甲酸-4-O-β-D-吡喃葡萄糖苷(5).     

山药种质资源核糖体rDNA-ITS区序列分析

目的 分析14种山药DioscoreaeRhizoma种质ITS序列,为山药种质资源分子鉴别和进化关系研究提供依据。方法 PCR克隆扩增ITS序列并进行双向测序,Clustal X（v1.83）软件进行序列比对,Mega(V4.1)计算序列核苷酸比例及遗传距离,并构建邻接树（Neighbor-joining,NJ）和最大简约树（Maximum parsimony,MP）。结果 14种山药种质ITS序列全长为558～594 bp,其中ITS1长度为141～165 bp,ITS2长度为146～158 bp;ITS序列存在大量的转换、颠换,转化/颠换比率为5.347,ITS1和ITS2序列均显示102个变异位点;14种山药种质K2-P遗传距离为0～0.517 2;薯蓣Dioscoreaopposita、褐苞薯蓣Dioscoreapersimilis、日本薯蓣Dioscorejaponica关系亲密,组成单一支系;参薯Dioscoreaalata与山薯Dioscoreafordii关系亲密,聚为另一分支,并位于发育树基部。结论 ITS序列系统树为澄清山药类资源进化关系奠定了基础,序列中丰富的变异位点为多基原山药鉴别提供了科学依据。     

堇菜属11种药用植物rDNAITS序列的克隆与分析

目的通过测定和分析11种堇菜属药用植物的核糖体DNA内转录间隔区(r DNA ITS)序列,为该属药用植物的分子鉴定提供依据。方法利用PCR法克隆ITS序列,借助生物信息学工具进行序列分析、遗传距离估算和系统发育树构建。结果 11种堇菜属植物的ITS全长为612~638 bp,ITS1与ITS2的长度为251~265 bp和198~211 bp,5.8 S的长度十分保守,均为163 bp;ITS1、ITS2与5.8 S的信息位点数分别为50、23和3。11种堇菜属植物的遗传距离为0.025~0.137,紫花堇菜与七星莲的遗传距离最大,亲缘关系最远;紫花堇菜和鸡腿堇菜的遗传距离最小,亲缘关系最近。结论克隆到堇菜属11种药用植物的ITS序列,它们的信息位点丰富,可用于分子鉴定。