云南省2008-2009年HIV-1病毒株亚型分布

目的 了解云南省目前HIV-1流行株的基因型及其地区和人群分布。方法 收集2008-2009年云南省15个地市788例HIV感染者/艾滋病患者（HIV/AIDS）的血浆标本和背景信息,采用RT-PCR法分别扩增HIV-1 gag、pol全长基因（1584 bp和3147 bp）及env基因的C2V3片段（558 bp）,序列编辑后用Genotyping及Mega 5.03软件工具确定病毒基因型,分析HIV-1株的地区和人群分布特征。结果 788例标本获得1728条HIV-1基因序列,其中全长gag基因序列599条、全长pol基因序列564条、env基因C2V3区序列525条,确定617例基因亚型,构成比分别为CRF08 BC（50.2%）、CRF01 AE（25.0%）、未知重组（10.2%）、CRF07_BC（9.2%）、C亚型（2.9%）和B（B''）亚型（2.4%）。HIV-1株在云南省具有地域分布特征,可分为以临沧和昆明为代表的CRF08_BC为主的地区,以德宏和西双版纳为代表的CRF08_BC与CRF01 _AE构成比相近的地区;未知重组型在云南省少数民族中所占比例（17.0%）显著高于汉族（6.7%）;异性性传播感染者和静脉注射吸毒感染者的CRF08 BC亚型均占总数的50.0%以上,但前者CRF01_AE的构成比占约30.0%,后者未知重组型和CRF07 BC的比例分别达到约15。0%。未知重组病毒株呈现两种重组模式,分别为B（B''）/C重组和以CRF01 AE为母株嵌入B（B''）和/或C片段重组,并以前者为主（74.6%）。结论 云南省HIV-1株组成复杂,具有显著的地域、民族和传播途径相关的特征,并出现新型重组病毒株,应密切监测。     

北京市2008年肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析

目的了解北京市2008年手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）流行期间,人肠道病毒71型（Human Enterovirus71,HEV71）分离株的VP1编码区基因特征。方法采集发病1～3d的咽拭子标本33份,采用人横纹肌肉瘤（Human Rhabdomyosarcoma,RD）细胞进行EV分离,用特异引物通过逆转录-聚合酶链反应扩增进行毒株鉴定。对分离到的HEV71进行VP1编码区全长扩增,并对扩增产物采用双脱氧链终止法进行序列测定,Bioedit7.0.5和Mega3.1软件进行序列比对和系统进化树分析。结果从33份咽拭子标本中共分离到16株病毒,经鉴定：HEV7114株,柯萨奇病毒（Coxsackie Virus,CV）A组16型（CVA16）2株,其中1例为HEV71和CVA16混合感染。对10株HEV71进行了VP1编码区全序列测定,10株病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.5%～100%和98.9%～100%;与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.4%～99.1%;与C4基因型代表株的核苷酸序列同源性〉92%。基于HEV71的VP1编码区核苷酸序列构建亲缘性关系树,北京市2008年流行株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型中的C4a分支;且10株病毒处于四个相对独立的进化分支。结论北京市2008年从HFMD患儿分离的HEV71均为C4亚型,且属于2004年以来我国的优势分支——C4a。亲缘性分析提示,此次流行中至少存在4个HEV71传播链。由于近年来HEV71在中国持续大规模流行,迫切需要对HEV71进行连续的分子流行病学监测,及时阐明现阶段流行毒株的基因特征,为疾病预防控制提供病毒学依据。     

云南边境地区HIV-1型和HIV-2型混合感染的流行病学分析

〔目的〕了解云南边境地区和口岸艾滋病流行情况,为边境地区和口岸艾滋病防治工作提供科学依据。〔方法〕对2004～2007年7月间检出的20例HIV-1型和HIV-2型混合感染者的资料进行回顾性流行病学分析。〔结果〕云南边境检出的HIV-1型和HIV-2型混合感染者都是在缅甸和中缅边境地区感染的,云南省边境地区和口岸的HIV-2型是由缅甸传入。〔结论〕中缅边境地区的缅甸籍HIV感染者依然是云南边境地区和口岸艾滋病传播的重要传染源。     

1992—2008年深圳HIV-1CRF01_AE重组株的流行趋势与进化规律

目的 了解HIV-1 CRF01_AE重组株在深圳地区的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集深圳地区1992-2008年HIV确认阳性血液样本489份,应用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)技术,对样本膜蛋白(Env)基因进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定,判定亚型结果.对获得的CRF01_AE...     

2009—2010年珠海口岸入境人员中发热病例流感病毒分子流行病学研究

目的研究2009甲型H1N1流感疫情全球大流行期间珠海口岸入境发热旅客流感病毒的分子流行病学特征。方法选择2009年5月至2010年4月经珠海各口岸入境的976例发热旅客(体温≥37.5℃)为研究对象,采集咽拭子样本并提取病毒核酸,采用3个多重RT-PCR实验进行甲型、乙型和2009新甲型H1N1流感病毒的筛查以及甲型流感病毒的分子分型检测。此外,随机选择8株2009甲型H1N1流感病毒进行HA和NA基因全长RT-PCR扩增和序列分析。采用SPSS17.0软件对流行病学和实验数据进行统计学分析。结果976例发热旅客中检出流感病毒阳性病例331例,其中甲型流感占96.98%(321/331),乙型流感占3.02%(10/331);321例甲型流感病毒分子分型结果为新甲型H1N1流感92例,占28.66%,人季节性H1N1流感65例,占20.25%,人季节性H3N2流感164例,占51.09%。序列分析显示珠海口岸输入性新甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因与甲型流感典型毒株A/California/04/2009(H1N1)的同源性分别达到99.86%和99.89%。结论本研究所阐明的珠海口岸流感病毒的分子流行病学特征对于指导国境口岸流感的防控具有重要参考价值。     

云南瑞丽静脉药瘾人群HIV1感染者毒株env基因V3区序列测定研究

为了解云南瑞丽静脉药瘾人群HIV1感染者毒株的分子流行病学特征 ,运用套式聚合酶链反应 (nestedPCR)对来自云南静脉药瘾人群的 16株HIV1env基因V3区进行扩增 ,并对扩增片段进行DNA序列测定和分析。结果显示 ,与本地区共享序列相比 ,16株HIV1膜蛋白V3区氨基酸序列的株间变异为 0 %～ 2 3% ,平均为 7%。HIV1云南株膜蛋白V3区氨基酸共享序列与HIV1SF2株及美欧株共享序列同源性在 90 %以上 ,而与海地、日本及非洲等地的代表毒株同源性较低。结果表明 ,在进化上这16株HIV1毒株间有非常密切的关系。这一地区的流行毒株在这一时期以美欧株、HIV1SF2株及其衍生株为主。     

2017年山东省戊型肝炎病毒基因型分布及分子流行病学特征

目的分析2017年山东省戊型肝炎病毒(HEV)的基因型分布和分子流行病学特征。方法选取山东省2017年1—12月通过国家法定传染病报告系统报告的戊型肝炎病例为研究对象,对其进行个案调查,并采集其血清标本,共1 045例。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)法复核检测HEV-IgM和HEV-IgG抗体,对HEV-IgM阳性者的血清提取病毒核酸,采用逆转录PCR方法扩增HEV开放式阅读框架2区域内长度为644 bp的核苷酸片段,直接测序后与GenBank下载的参考病毒株序列进行同源性和系统进化分析。结果 HEV-IgM复核检测阳性者638例(61.1%),其中男性病例年龄为(57.9±12.2)岁,阳性率为61.5%(496/807),女性病例年龄为(58.1±15.0)岁,阳性率为59.7%(142/238);复核检测阳性者中共检出163株HEV毒株,检出率为25.6%(163/638),其中,东、中和西部地区检出率分别为23.0%(71/309)、33.6%(72/214)和17.4% (20/115)。检出的163株HEV病毒株均属于基因Ⅳ型,以4d亚型为主,占85.9%(140株),...     

合肥市产超广谱β-内酰胺酶菌株中OXA型ESBLs基因分布

目的了解合肥市部分医院临床分离产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中OXA型ESBLs基因分布情况. 方法标本为安徽省细菌耐药性监控中心所留取1999年9月～2000年9月,合肥市4所医院临床分离的产ESBLs肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌98株;采用聚合酶链反应(PCR)扩增产OXA型ESBLs菌株基因;按Sanger双脱氧末端终止法,用自动测序仪对其进行测序以鉴定基因型. 结果98株产ESBLs菌株中19株携带OXA型ESBLs基因,对其中3株的进行测序,结果分别与OXA-1、OXA-2和OXA-10基因相符. 结论合肥市部分医院产OXA型ESBLs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌检出率较高.     

云南省德宏州2014年HIV-1耐药传播警戒线调查

目的 调查2014年云南省德宏州未经抗病毒治疗的HIV感染者的耐药株传播水平。方法 2014年1-8月在德宏州收集70份新报告的16~25岁HIV-1感染者的血浆样品,对符合耐药警戒线调查要求的58份样品进行HIV-1基因型耐药检测和耐药株传播水平分析。结果 50份样品完成了基因型及耐药鉴定,中国籍占34.0%,缅甸籍占66.0%。通过进化分析对pol区进行分型,主要的基因型包括CRF01_AE、C亚型、URFs、CRF62_BC、CRF08_BC、CRF07_BC、CRF64_BC、B亚型和CRF55_01B,分别占28.0%、20.0%、20.0%、10.0%、8.0%、4.0%、4.0%、4.0%和2.0%。在1个序列中检测到1个针对蛋白酶抑制剂类药物的耐药突变位点(M46I),按照耐药警戒线的统计方法估算耐药株流行率<5%。结论 德宏州16~25岁新报告的HIV-1感染人群中外籍比例较高,HIV新型重组开始传播,但HIV-1耐药性传播尚处于低度水平。     

云南省德宏州2012年HIV-1耐药传播警戒线调查

目的 调查2012年云南省艾滋病高流行区德宏州未经抗病毒治疗的HIV感染者的基因型分布和耐药株传播水平。方法 根据HIV耐药警戒线调查实施方案,对2012年1-8月德宏州符合要求的60份年龄在16～25岁新发现的HIV-1感染者的血浆样本进行HIV-1耐药基因型检测和耐药株传播水平分析。结果 52份样本完成基因型及耐药鉴定,其中中国籍占59.6%,缅甸籍占40.4%。通过进化分析对pol区进行分型,38.5%的样本为独特型重组（URF）,其他依次为C 亚型（34.6%）、CRF01_AE（21.2%）、CRF08_BC（3.8%）和B亚型（1.9%）。在2个序列中各检测到1个针对非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）类药物的耐药突变位点,按照耐药警戒线的统计方法估算耐药株流行率为5%～15%,属于中度水平。结论 德宏州新感染人群中存在复杂的HIV-1基因型,HIV-1耐药株已处于中度流行水平。     

唐山市新诊断未治疗HIV-1感染者中HIV遗传多样性及分子传播网络分析

目的 了解未治疗人群中HIV-1遗传基因多样性和分子传播网络。方法 使用in-house的方法进行HIV-1耐药基因型检测,将获得的199条唐山市HIV-1 pol序列上传至斯坦福大学耐药数据库进行耐药分析;使用Cytoscape＿v3.2.0软件对遗传基因距离≤0.015的序列构建分子传播网络。结果 在获得的199条序列中共有8种基因亚型被确认,其中CRF01＿AE流行率最高,占到43.7%(93/199),其次是CRF07＿BC(30.7%, 61/199)、URFs(10.1%, 20/199)、B (8.5%, 17/199)、CRF55＿01B(2.5%, 5/199)、CRF65＿cpx(0.5%, 1/199)、CRF59＿01B(0.5%, 1/199)和CRF08＿BC(0.5%, 1/199)。传递性耐药(TDR)基因突变发生率为4.5%(9/199),其中非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、蛋白酶抑制剂(PIs)和核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)的TDR基因突变发生率依次为2.0%(4/199)、2.0%(4/199)和0.5%(1/199)。共有25条入网...     

云南省66例孕产妇的HIV-1基因型和耐药传播水平

目的 调查云南省未经抗病毒治疗的人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染孕产妇中的基因型和耐药株传播水平.方法 对2010-2012年在云南省德宏州、红河州、临沧市和大理州收集到的66份HIV阳性、且未接受过抗病毒治疗的孕产妇在实施母婴阻断前的血浆样品,进行HIV-1耐药基因型检测和耐药株传播水平分析.结果 通过进化分析对pol区进行分型,CRF08_BC是主要的基因型占46.97％ (31/66),其他还包括URF(21.21％,14/66)、CRF07_BC(10.61％,7/66)、CRF01_AE(10.61％,7/66)、C亚型(9.09％,6/66)和B亚型(1.52％,1/66).获得的序列中,2个携带有监测相关的耐药突变(surveillance drug resistance mutations,SDRM),传播性耐药的比例为3.03％(2/66).1例孕产妇(YNLCPM02)所生的婴儿被诊断为HIV感染,感染率为1.52％ (1/66).结论 本次调查的孕产妇中CRF08_BC是主要的基因型,HIV-1耐药株处于低度流行水平.为控制耐药传播水平的上升,在加强重点人群艾滋病防治的基础上,应加强规范艾滋病抗病毒治疗及科学管理,同时有计划地开展相关的耐药监测.     

云南省2000-2007年静脉吸毒者、性病就诊者和孕产妇HIV-1新近感染率及流行趋势变化

目的 在云南省艾滋病监测哨点用BED-CEIA方法 开展HIV-1新近感染检测,估箅新近感染率和流行趋势.方法 收集2000-2007年云南省静脉吸毒(IDU)监测哨点、性病门诊监测哨点和孕产妇监测哨点样本,采用连续的横断面调查,对经过血清学检测确认为HIV-1阳性样本再进行BED-CEIA检测.结果 研究样本共计144 780份,检出HIV-1阳性样本4932份,完成BED-CEIA检测4678份,判为新近感染样本723份.相邻两年样本合并分析,2000-2007年IDU监测哨点HIV-1平均感染率在18.2%～26.9%之间,新近感染率分别为14.65%、6.21%、4.06%、2.23%;性病门诊监测哨点HIV-1平均感染率在1.6%～3.2%之间,新近感染率分别为1.46%、0.76%、0.52%、0.33%;孕产妇监测哨点HIV-1平均感染率在0.2%～0.5%之间,新近感染率分别为0.16%、0.11%、0.10%、0.09%.结论 三类监测人群中,IDU、性病门诊就诊者和孕产妇新近感染率有所下降.     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。 方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。 结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ²检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4⁺ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。 结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

用BED-CEIA方法检测推算玉溪市静脉吸毒人群HIV-1新近感染趋势的研究

目的用BED-CEIA方法在玉溪市静脉吸毒人群(IDUs)艾滋病监测哨点中开展HIV-1新近感染检测,估算新近感染率并了解流行趋势。方法采用连续的横断面调查方法,对玉溪市2000～2010年静脉吸毒哨点经过血清学检测确认为HIV-1抗体阳性的样本进行BED-CEIA检测,估算某一年的HIV-1新近感染率,了解新近感染率的变化趋势。结果研究样本共计2987份,检出HIV-1阳性样本483份,完成BED-CEIA检测355份,判为新近感染样本35份。2000～2010年,IDU哨点HIV-1平均感染率12.32%～21.62%,年新近感染率1.20%～8.87%。玉溪市吸毒人群HIV-1发病率从最高年限2000-2001年的8.87%逐渐下降至最低年限2010年的1.20%。结论玉溪市IDU新近感染率有持续下降趋势。     

云南省瑞丽、陇川等地吸毒人群艾滋病病毒感染定群研究

1992年3月在云南省德宏州的瑞丽市、陇川县及潞西县对860名吸毒者及82例配偶进行了KAP调查,并采血作HIV感染检测。调查结果860名吸毒人群中静脉吸毒者有285例,占33.1%,在采集到血样的282例静脉吸毒者中,HIV感染的现患率为49.0%。其中瑞丽市最高,占81.8%(63/77),其次为陇川县,为44.6%(74/166),潞西县最低,为5.1%(2/39)。对75例曾在两年内被采血结果为HIV(-)者,此次血检结果12例为HIV(+),阳转率为16.0%。在静脉吸毒人群中HIV(+)者的82例配偶中,采集到血样62例,其中6例HIV(+),感染率为9.8%,这比两年前的调查结果(感染率为3.1%,2/64)上升6.7%。     

浙江省2009年随访HIV/AIDS的分子流行病学研究

目的分析2009年浙江省随访艾滋病病毒感染者戊滋病患者(HIV/AIDS)分子流行病学特征。方法以浙江省各地市为单位随机抽样确定303例研究对象,收集个案信息、采集样本并提取基因组DNA,用巢式PCR扩增gdg基因片段,测序并进行生物信息学分析。结果序列成功获得率为74.3% (225/303 )。存在7种亚型,分别为CRFO1_AE (58.7% ), CRF07_BC(13.8%),CRF08_BC(9.8%),B''(15.1%>,C(l.8%>,G(o.4%)和未定义Bc重组(新型独特重组型,0.4% ) o HIV BLAST分析显示,毒株同源性最高的报告地涉及国内辽宁、广西、云南、河南等10个省(区)和泰国、越南、印度、南非和利比亚5个国家。CRFO1_AE系统进化树分为4簇,同性传播感染者序列聚集于簇1,但与异性传播感染者混合并存。结论浙江省HIV毒株的多样性和复杂性进一步增加。以流行重组型占显著优势,存在新型独特重组型和新型别,同性传播与异性传播感染者呈交叉渗透趋势。