睾丸鞘膜及精索转移性腺癌1例

患者,男,32岁.因"发现右阴囊肿块2周"于2006年6月27日人院.患者1年前因右半结肠癌在我院行结肠癌根治术,术后病理检查报告为升结肠腺癌,浸润至浆膜,肠系膜淋巴结转移.体检:右阴囊增大,其内可扪及约7 cm×5 cm大小肿块,表面不规则,质硬,无触痛,透光试验(一),右睾丸附睾触不清,右精索增粗、变硬.B超检查提示右侧阴囊内及阴囊壁肿块.     

二代测序探究甲状腺癌基因突变及临床意义

目的：利用二代测序技术(NGS)对甲状腺乳头状癌（PTC）基因突变类型及频率进行分析,研究基因突变特征,寻找潜在的靶向和免疫治疗靶点。方法：103例PTC患者的石蜡肿瘤组织样本进行DNA提取,对66个PTC高度相关基因全部外显子及部分内含子进行测序,测序结果进行生物信息学分析。统计分析所检测患者的临床病理学资料,分析突变与临床病理间的关系。结果：检测到多个高频率基因突变及多个潜在治疗靶点突变。103例PTC患者共检测到个109个突变,BRAF（丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶）基因突变率最高,为57.3%(59/103);RET基因融合突变率为10.7%(11/103);TERT基因启动子区域突变率为6.8%。BRAF突变组女性多于男性（P=0.002）且颈侧淋巴转移率高（P=0.029）,RET基因融合组颈侧转移率高（P=0.021）且肿瘤大小间存在差异（P=0.003）。结论：通过高通量检测技术发现PTC多个突变形态,对了解突变与病理特点的关系,分析疾病进展的因素,发现潜在治疗靶点有重要意义。     

单细胞测序技术在胃癌研究中的应用

胃癌是一种高异质性肿瘤,传统测序方式通常将胃癌组织或细胞当做整体进行分析,易忽视其中各个细胞亚群的作用。作为一种新兴技术,单细胞测序可在单个细胞水平对基因组、转录组等多组学进行分析,可识别胃癌组织中的罕见细胞亚群,有助于解析胃癌的发生发展轨迹。本文就单细胞测序的优势、流程以及在胃癌研究中的应用进行综述,并探讨其应用前景...     

宏基因组二代测序技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的应用价值

目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术在布鲁菌脊柱炎诊治中的价值。方法 手术治疗36例布鲁菌性脊柱炎患者,收集术前血液标本和术中病灶区组织标本(髓核、软骨终板、黄韧带、纤维环),采用Giemsa染色、试管凝集试验(SAT)、血培养、多重聚合酶链式反应技术(PCR)检测和mNGS评估不同组织样本。另选取30例椎间盘突出患者作为阴性对照组。结果 静脉血的mNGS、SAT、多重PCR检测阳性率比较差异均无统计学意义(P>0.05)。髓核的mNGS与多重PCR检测阳性率比较差异无统计学意义(P>0.05)。软骨终板、黄韧带和纤维环的mNGS检测阳性率均大于多重PCR检测阳性率(P<0.05)。髓核中多重PCR和mNGS检测阳性率均高于静脉血、软骨终板、黄韧带和纤维环(P<0.05)。敏感性、阴性预测值：mNGS均高于Giemsa染色、血培养和SAT(P<0.05);mNGS与多重PCR检测比较差异均无统计学意义(P>0.05)。临床诊断一致性mNGS最好,多重PCR和SAT较好,Giemsa染色一般,血培养较差。结论 mNGS可以作为布鲁菌脊柱炎的有效检...     

二代测序技术在诊断假体周围感染中的应用

[目的]探讨二代测序技术在关节置换术后假体周围感染诊断中的应用价值。[方法]选取2018年1月～2018年12月在本院就诊的人工关节置换术后关节疼痛、红肿、怀疑假体周围感染的患者。依据美国肌肉、骨骼感染病学会(MSIS)诊断标准,最终共计22例患者确诊为人工关节置换术后假体周围感染。其中男10例,女12例;膝关节感染16例,髋关节感染6例。所有22例PJI患者均行关节液二代测序和细菌培养。分别记录二代测序及细菌培养结果,以检测或培养出微生物为阳性,未检测或培养出微生物为阴性,记录阳性例数。分别计算二代测序技术和细菌培养在PJI患者中的阳性检出率以及在髋膝不同部位的阳性检出率,并通过配对卡方检验进行统计学分析。[结果]总计22例PJI患者中,18例患者二代测序检出微生物,二代测序在PJI患者中的阳性检出率为18/22(81.82%);关节液细菌培养阳性9例,关节液细菌培养在PJI患者中的阳性检出率为9/22(40.91%)。配对卡方检验提示两种方法在PJI患者中的检出率差异有统计学意义(P=0.022)。[结论]二代测序技术在PJI患者的诊断中具有更高的细菌检出率,在PJI患者病原微生物学检查中有更大的诊断价值。     

高通量二代测序技术在泌尿生殖道无乳链球菌筛查中的应用

目的探讨高通量二代测序技术(NGS)在泌尿生殖道无乳链球菌(GBS)筛查中的应用价值。方法运用高通量二代测序技术检测58份男性尿道分泌物、30份处女和20份孕妇阴道分泌物中的微生物,同时进行GBS荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)和传统细菌培养鉴定。结果GBS在NGS中的检出率为18.5%(20/108),在FQ-PCR中的检出率为20.4%(22/108),在传统细菌培养鉴定中检出率为4.6%(5/108)。NGS与FQ-PCR两种分子生物学方法在男性尿道分泌物、处女和孕妇阴道分泌物GBS筛查鉴定中符合率为100%、30%和0%。男性尿道分泌物中的菌群数量最多,孕妇阴道分泌物中的菌群数量最少。男女泌尿生殖道均有瑞士乳酸杆菌、惰性乳酸杆菌、copri普雷沃菌、无乳链球菌、婴儿链球菌等相同菌群存在。结论高通量二代测序技术具有高通量、高准确度和高灵敏度的特点,适合微生物菌群及物种的筛选,男、女泌尿生殖道均有无乳链球菌定植,且菌群结构部分相同。     

宏基因组二代测序技术在脊柱感染病原微生物诊断中的应用

【摘要】 目的：探讨宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）技术在脊柱感染疾病中诊断病原微生物的能力和价值。方法：纳入2019年1月～2020年12月收治的46例疑似脊柱感染患者,其中男性26例,女性20例;年龄26～77岁（50.4±15.7岁）。获取患者的血液和病灶组织或脓液标本（CT引导下穿刺活检21例,开放手术25例）,行微生物培养、血清学检测、病理检查和mNGS检测后进行结果的比较分析。结果：46例标本均在48h内获得了mNGS结果,微生物培养、血清学检测、病理检查等传统实验室检测时间1~12d不等。经临床最终诊断共35例为脊柱感染,11例为非脊柱感染。35例脊柱感染患者中,化脓性细菌感染14例,结核感染5例,布鲁菌属感染4例,未明确病原微生物感染12例;11例非脊柱感染患者中,脊柱肿瘤3例,终板Modic改变4例,终板骨折1例,DISH病合并假关节1例,强直性脊柱炎合并假关节2例。通过mNGS检测发现了脆弱拟杆菌、微小微单胞菌、齿垢密螺旋体、贝纳柯克斯体等少见病原微生物。mNGS在种水平与临床最终诊断的一致性为82.61%（19/23）,在属水平的一致性为95.65%（22/23）。微生物培养阳性率为42.86%（15/35）,mNGS检测阳性率为94.29%（33/35）,二者存在统计学差异（P＜0.01）。mNGS检测的敏感度为91.43%,特异度为90.91%,阳性预测值96.97%,阴性预测值76.92%。结论：宏基因组二代测序技术检测病原微生物快速、高效、准确,在脊柱感染疾病的诊疗中有较高的诊断价值。     

宏基因组二代测序技术对骨关节感染诊断的潜在应用价值

目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本,分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养,结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检...     

二代测序技术应用于脑脊液检测在结核性脑膜炎中的早期诊断价值

目的评价二代测序技术应用于脑脊液检测在结核性脑膜炎（TBM）患者中的早期诊断价值。 方法前瞻性纳入2018年2月2日至2018年8月2日于山东省胸科医院就诊的临床怀疑TBM的患者共50例,并跟踪随访其诊疗结局。送检脑脊液标本均进行二代测序,测序所得原始序列与病原微生物数据库进行对比得到最终结果。二代测序结果以检测到结核分枝杆菌复合群唯一比对序列为阳性,未检测到唯一比对序列为阴性。以符合脑脊液结核分枝杆菌培养阳性、涂片阳性、Xpert MTB/RIF检测阳性及结核分枝杆菌核酸检测阳性等4项中至少1项即为确诊TBM患者;临床可疑TBM且抗结核治疗有效为临床诊断患者;有其他病原学依据或临床排除TBM者为非TBM患者。分析二代测序在TBM早期诊断中的敏感性和特异度。 结果确诊为TBM患者22例中Xpert MTB/RIF检测阳性13例,培养阳性6例,结核分枝杆菌核酸PCR检测阳性5例,临床诊断为TBM患者12例,非TBM患者16例。在确诊及临床诊断患者中,二代测序技术检测到结核分枝杆菌复合群系列20例,敏感性为58.8%（20/34）,特异度为100%（16/16）。在确诊患者中,二代测序的敏感性为63.6%（14/22）;在同步进行结核分枝杆菌培养、Xpert MTB/RIF检测与二代测序的50例标本中,以临床诊断为标准,3种方法的特异度均为100%（16/16）;传统方法、Xpert MTB/RIF检测及二代测序的敏感性分别为29.4%（10/34）、38.2（13/24）和58.8（20/34）,前两种检测方法与二代测序敏感性差异均有统计学意义（McNemar检验：χ² = 8.333、P = 0.013,χ² = 8.333、P = 0.065）。传统方法与二代测序联合检测的敏感性高达82.4%（28/34）。 结论二代测序技术能够较快速地检测脑脊液中的结核分枝杆菌复合群,且其敏感性和特异度均较高,可作为TBM的早期诊断指标。二代测序联合传统检测方法可提高检出率。     

宏基因组二代测序在感染性胰腺坏死病原学诊断中应用研究

目的 研究宏基因组二代测序（mNGS）技术在感染性胰腺坏死（IPN）病原学诊断中的价值。方法 前瞻性收集2019年8月至2020年6月间中南大学湘雅医院胰腺外科连续收治的18例怀疑感染的急性坏死性胰腺炎（ANP）病例,同时采血进行mNGS和常规微生物培养,对比这2种病原学检测方法的检验效能。结果 全组病死率为16.7%（3/18）。住院期间确诊IPN 11例（11/18,61.1%）。血mNGS诊断IPN的灵敏度高于血培养,差异具有统计学意义（100.0% vs. 9.0%,P=0.003）,而两者的特异度差异无统计学意义（71.4% vs. 57.1%,P＞0.1）。血mNGS平均检测耗时较血培养明显缩短,差异有统计学意义［（37.70±1.44） h vs.（115.23±8.79）h,P＜0.01］。血mNGS检测费用仅占平均住院总费用的1.3%。结论 mNGS在IPN的早期病原学诊断中具有重要价值,且耗时较短,性价比高,具有良好的应用前景。     

评价全血DNA二代测序共有序列在人类免疫缺陷病毒优势准种研究中的准确性

目的 评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒(HIV)优势准种分析的代表性和准确性.方法 共收集29个HIV感染病例的32份全血样本,其中3个病例在随访期间发生耐药,分别采集治疗前和耐药后的两份样本.提取样本DNA,分别用二代测序和一代测序方法测定HIV pol区扩增产物序列.利用软件Sequencher(4.10.1...     

宏基因组二代测序技术在假体周围感染中寻找病原菌的应用和价值

目的 探讨宏基因组二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)在假体周围感染(prosthetic joint infection,PJI)病原菌检测中的作用和价值.方法 收集2019年1月至2021年1月由西安市红会医院关节外科收治的因PJI或无菌性松动(as...     

应用宏基因组二代测序诊断以皮肤损害为主要表现的利什曼原虫病一例并文献复习

发热是临床最常见的症状之一,有时发热的原因难以查明,致使疾病的诊治陷于困难。本文报道一例晚期T细胞淋巴瘤患者在治疗过程中出现了原发疾病不能解释的发热伴皮肤损害,使用各种传统的检测方法均未能找到发热原因,经验性使用广谱抗菌药物也未能使发热缓解。后经外周血宏基因组二代测序诊断为利什曼原虫病,该患者经过对因治疗后症状缓解。本...     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术在肿瘤重症患者重症肺炎中的诊断价值

目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因二代测序技术(mNGS)在诊断肿瘤重症患者重症肺炎(SP)中的临床应用价值。方法选取2020年7月至2022年8月期间江苏省肿瘤医院重症监护室42例SP患者, 所有患者均进行BALF-mNGS检测和病原微生物培养, 回顾性分析其临床特点、实验室检查、影像学检查及诊治过程, 评价BALF-mNGS在诊断肿瘤重症患者SP的临床应用价值。结果 42例患者中, 传统病原微生物培养阳性24例(57.14%), 其中混合感染6例(14.29%), 共检出31株病原菌;BALF-mNGS检测阳性36例(85.71%), 其中混合感染29例(69.05%), 共检出148株病原菌;BALF-mNGS检测的阳性率与2种及以上病原菌感染检出率均高于传统病原微生物培养[85.71%(36/42)比57.14%(24/42), χ2=8.400, P<0.05;69.05%(29/42)比14.29%(6/42), χ2=25.910, P<0.05]。以传统培养为"金标准", BALF-mNGS检测的敏感度、特异度、阳性预测值及阴性预测值, 结果分别为95.8...     

宏基因组二代测序在鲍曼不动杆菌肺炎混合感染者诊疗中的应用

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术对重症监护病房鲍曼不动杆菌肺炎混合感染者诊疗的应用价值。方法回顾性收集扬州大学附属医院2019年1月至2021年5月同时行肺泡灌洗液mNGS技术和传统病原检测的84例肺炎患者的基本资料、细菌培养以及mNGS检测结果、抗菌药物应用等。根据鲍曼不动杆菌感染的诊断标准和mNGS检测结果,将入组患者分为定植菌组(25例)、单一感染组(29例)和混合感染组(30例)。炎性指标、辛普森菌群多样性指数(SDI)、抗菌药物使用时间、使用强度、费用和总药费为正态分布的计量资料,采用t检验或ANOVA检验分析;患者年龄分布、基础疾病、发热时间分布、不同临床疗效和治疗转归占比均采用[例(%)]表示,组间比较采用卡方检验。结果入组的84例患者传统病原和mNGS检测鲍曼不动杆菌均为阳性,其中25例鲍曼不动杆菌定植和59例鲍曼不动杆菌肺炎患者;男性44例、女性40例,年龄[65.4(62,68)]岁。mNGS检测中,30例[50.85%(30/59)]检出混合感染;传统病原检测中,3例[5.08%(3/59)]检出混合感染,显著低于mNGS检测,差异有统计学意义(χ^(2)=30.667、P<0.001)。mNGS检出混合感染居前3位的病原体分别为人疱疹病毒(7例)、肺炎链球菌(5例)和耶氏肺孢子虫(5例)。定植菌组、单一感染组和混合感染组患者SDI分别为(0.77±0.11)、(0.38±0.16)和(0.34±0.17),差异具有统计学意义(F=65.411、P<0.001)。单一感染组与混合感染组患者白细胞计数(t=2.211、P=0.031)、中性粒细胞比率(t=2.068、P=0.043)、C-反应蛋白(t=2.024、P=0.048)、抗菌药物费用(t=2.279、P=0.026)、抗菌药物使用强度(t=2.161、P=0.035)、住院天数(t=2.664、P=0.010)、总药费(t=2.397、P=0.020)和体温降至正常时间(t=-2.178、P=0.034)差异均有统计学意义。单一感染组患者治疗显效率高于混合感染组(82.76%vs.56.67%,χ^(2)=4.735、P=0.047)。结论肺泡灌洗液mNGS技术在检测鲍曼不动杆菌肺炎混合感染方面优势明显,能够辅助临床优选抗菌药物,促进患者康复。     

宏基因组二代测序技术联合椎间孔镜下扩创治疗腰椎原发性感染

目的 观察宏基因组二代测序技术联合椎间孔镜下扩创治疗腰椎原发性感染的临床疗效。方法 纳入自2019-01—2020-12应用宏基因组二代测序技术联合椎间孔镜下扩创治疗的24例考虑原发性腰椎感染。术中取出炎症病变组织,分别送细菌培养、抗酸染色、X-pert、宏基因组二代测序技术(Metagenomic next-generation sequencingm,mNGS)、病理检查,术后根据致病菌检测结果选用抗生素。将致病菌的检测分为mNGS组和常规组,常规组包含目前常用的检测方法之和,即血培养、组织细菌培养、布鲁氏杆菌试管凝集试验、T-spot、组织病理TB-DNA阳性、X-pert等,mNGS组采用宏基因组二代测序技术。结果 24例中有1例证实为脊柱夏科氏病并予以排除,其余23例均为原发性腰椎感染。术前血培养阳性3例(3/23,13.04%),布鲁氏杆菌试管凝集试验阳性3例(3/23,13.04%),T-spot阳性1例(1/23,4.35%)。术中标本,X-pert阳性1例(1/23,4.35%),组织培养阳性4例(4/23,17.39%),组织病理TB-DNA阳性3例(3/23,13...     

基于二代测序技术分析结肠癌肝转移与卵巢转移之间的分子机制差异

目的:对结肠癌肝转移和肝外卵巢转移的患者进行二代转录组测序,比较转移灶与正常组织RNA表达谱的差异,寻找转移灶的分子差异与作用位点。方法:对1例合并肝与和盆腔转移的回盲部结肠癌患者的结肠上皮与肝、卵巢转移组织进行测序分析,筛选出不同转移灶之间的差异表达基因并进行功能富集分析。结果:与正常组织相比,肝转移灶中差异表达基因12064个,卵巢转移灶中差异表达基因12265个。KEGG功能分析发现转移灶的差异基因主要富集于癌症与PI3K-AKT通路。肝转移灶FZD9、RET、IFNG等基因显著差异表达,卵巢转移灶WNT2、WNT7B、IFNG等基因显著差异表达。结论:转录测序发现该患者转移与正常组织间差异基因主要富集于癌症通路,其中FZD9、IFNG、WNT2等差异表达基因可能与结肠癌转移相关。     

宏基因二代测序协助诊断毛霉菌病一例并文献复习

目的:探讨宏基因二代测序(mNGS)协助诊断侵袭性真菌病的临床应用价值,为临床诊断和治疗毛霉菌病提供病原学依据。方法:通过mNGS技术检测1例患有不明原因肺部感染者的肺泡灌洗液以确定病原体,并根据mNGS检测报告调整其治疗方案。结果:患者间断胸痛、咳嗽5月余,胸部CT示双肺呈多发性阴影伴空洞形成,肺组织活检提示凝固性坏死,常规实验室及病原学检查均未见异常,行多种抗感染治疗方案均未见明显好转,后取肺泡灌洗液送检mNGS提示病原体为总状横梗霉菌,改用两性霉素B行抗感染治疗后,患者感染病灶缩小,症状明显缓解。结论:mNGS是鉴定罕见病原体的重要辅助诊断方法,对协助诊断肺部侵袭性真菌病具有重要意义。     

胃癌术后复发、转移化疗方案合理应用

<正>胃癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,中国是胃癌高发区,根据全国肿瘤登记中心2010年统计结果,全国年新确诊胃癌病例约40万,死于胃癌者约28万人,发病率为23.7/10万,死亡率为16.6/10万,均居恶性肿瘤第3位[1]。由于我国缺乏系统的早诊筛查体系,胃癌病人多于有症状时才就诊,所以确诊时多为中晚期,即使手术切除,术后仍有超过50%的病人出现复发、转移;而发生复发、转移之后,系