单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失

目的:研究细胞基因组范围内的杂合性缺失(LOH),比较白种人和日本人的异同.方法:应用高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片,检测14种白种人和7种日本人胰腺癌细胞株基因组范围内的LOH. 结果:每一种胰腺癌细胞基因组中都有不同程度的LOH,染色体臂9p的LOH频率最高(19/21,90.5%);白种人和日本人胰腺癌细胞株不同染色体臂出现LOH频率不同,白种人中最常见的LOH是9p(14/14,100.0%),17p(13/14,92.9%),18q(13/14,92.9%)等,而日本人出现频率最高的是13q (6/7, 85.7%). 白种人和日本人共同的高频率的(50%以上)LOH出现在染色体臂3p,8p,9p,13q,17p和18q. 结论:胰腺癌出现多处LOH;不同种族LOH出现可能频率不同.     

胶质母细胞瘤染色体lp36杂合性缺失的初步研究

日的探讨1p36上可能存在的与胶质母细胞瘤(GBM)发生有关的肿瘤抑制基因的缺失区域,为发现和定位肿瘤抑制基因提供线索和依据.方法 运用聚合酶链反应(PCR)技术为基础的杂合性缺失分析(LOH)法对12例胶质母细胞瘤染色体1p36上12个微卫星多态标记序列作了较详细研究.结果 12例胶质母细胞瘤至少有一个位点出现杂合性缺失者11例,总缺失率为91.7%(11/12),其中以D1S214-D1S2666位点间区域LOH的频率最高.结论 胶质母细胞瘤染色体1p36发生高频率杂合性缺失,提示位点D1S214-D1S2666缺失区域间可能存在着与GBM发生有关的抑癌基因.     

High frequency loss of heterozygosity on the long arms of chromosomes 13 and 14 in nasopharyngeal carcinoma in Southern China

目的：分析鼻咽癌（NPC）13号染色体长臂（13q）和14号染色体长臂（14q）上21个位点的等位基因杂合子丢失（LOH）,并分析这些位点的LOH与NPC临床病理及EBV感染的关系。方法：用聚合酶链反应（PCR）为基础的微卫星多态性分析技术结合基因扫描和基因绘图技术对60例NPC进行LOH分析。结果：13q染色体发生一个或多个位点LOH频率为78％,高频率LOH（大于30％）位点集中于13q12.3-q14.3和13q32附近。14q染色体发生至少一个位点LOH的频率为80％,高频率丢失位点集中于14q11-q13、1q421-q24和14q32附近。13q31-q32位点的LOH与低滴度血清EBV EA/IgA有关;14q染色体的LOH与NPC细胞的分化差有关。结论：华南地区鼻咽癌在13q和14q染色体发生高频率的LOH,这些缺失区可能存在多个在NPC发生发展过程中起重要作用的肿瘤抑制基因。     

19号染色体微卫星杂合性缺失与原发性胃癌的临床关系

目的:研究19号染色体短臂微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)及杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)与胃癌临床病理特征之间的关系,探讨19号染色体短臂微卫星MSI和LOH的主要临床意义.方法:采用PCR-SSLP-银染方法扩增79例原发性胃癌及正常组织标本中19号染色体短臂不同位置的7个点,PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,运用Genescan软件和Genotyper软件分析MSI和LOH,然后进一步分析微卫星LOH与原发性胃癌的临床关系.结果:79例胃癌患者中,至少有1种微卫星发生LOH,其频率为31.18%(27/79),在所有微卫星中,D19S591和D19S565的LOH发生率分别为60.32%(38/63)和48.15%(26/54),高于其他微卫星的LOH.LOH高频率与原发性胃癌的临床分期及远处转移相关,且随着恶性程度增加LOH频率也增加(P＜0.05),而MSI与胃癌临床病理之间相关性不大.结论:19p高频率的LOH与原发性胃癌的临床分期和远处转移相关,且LOH高频率提示在该区域可能存在肿瘤抑癌基因,其与胃癌的发生及进展相关.     

胶质母细胞瘤染色体1p36杂合性缺失的初步研究

目的探讨1p36上可能存在的与胶质母细胞瘤（GBM）发生有关的肿瘤抑制基因的缺失区域，为发现和定位肿瘤抑制基因提供线索和依据。方法运用聚合酶链反应（PCR）技术为基础的杂合性缺失分析（LOH）法对12例胶质母细胞瘤染色体1p36上12个微卫星多态标记序列作了较详细研究。结果12例胶质母细胞瘤至少有一个位点出现杂合性缺失者11例，总缺失率为91．7％（11／12），其中以D1S214-D1S2666位点间区域LOH的频率最高。结论胶质母细胞瘤染色体1p36发生高频率杂合性缺失，提示位点D1S14-D1S2666缺失区域间可能存在着与GBM发生有关的抑癌基因。     

食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组的变化特征分析

目的 应用SNP芯片检测食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组的DNA拷贝数异常和杂合性缺失(LOH),探讨它们的变化特征.方法 应用Affymetrix GeneChip Human Mapping250K NspArray芯片检测1例原发性食管重度不典型增生和4例原发性早期食管鳞癌病变组织和配对正常食管组织的DNA拷贝数的变化和LOH.结果 食管重度不典型增生只有极少数的DNA片段发生扩增,未发生缺失或LOH.早期食管鳞癌发生DNA扩增的染色体有1p、1q、2p、2q、3q、4q、5p、6p、6q、7q、8q、11p、11q、12p、12q、14q、17q、18p、19q、20q、22q和X;发生DNA缺失的染色体有1p、2q、3p、3q、4p、4q、8p、9p、9q、10q、11p、13q、16p、18q、19p、19q和22q;发生LOH的染色体有3q和9q.其中1p、19q、4q、11p等染色体发生扩增和3q、11p、2q、16p等染色体发生缺失罕见报道.结论 食管重度不典型增生DNA的变异不明显;早期食管鳞癌DNA发生明显的扩增和缺失,但很少发生LOH.250K SNP芯片能够有效地检测食管不典型增生和早期食管鳞癌全基因组范围DNA拷贝数的变化及LOH,分辨率高,定位精确,这些结果为进一步定位筛选和克隆与早期食管鳞癌相关的基因提供了重要的理论信息.     

壶腹周围肿瘤染色体9p21缺失图谱的构建

目的:进一步限定壶腹周围肿瘤染色体9p21区域的缺失范围.方法:选择染色体9p21区域5个微卫星多态性标记,通过聚合酶链反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染法,检测35例壶腹周围肿瘤及其外周血杂合性丢失(LOH)状况.结果:50%(4/8)胰腺癌有至少一个微卫星位点的LOH,其中D9S974(37.5%)和D9S942(28.6%)丢失频率较高,并且有连续性丢失现象.62.5%(5/8)壶腹癌在部分或全部位点出现LOH,其中D9S942(42.9%)丢失频率最高,其次为IFNA(37.5%)和D9S171(37.5%).14.2%(1/7)胰岛素瘤有一个位点LOH.结论:壶腹周围肿瘤染色体9p21最小共同缺失区位于D9S974和D9S942位点之间,其中可能存在一个新的涉及该肿瘤发生的相关抑癌基因.     

食管鳞状细胞癌染色体13q11-12杂合性丢失

目的分析食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)在13号染色体长臂11-12区(13q11-12)上的等位基因杂合性丢失(LOH),以期寻找13q11-12区上可能存在的与食管鳞状细胞癌有关肿瘤抑制基因的缺失区域。方法用9个位于13q11-12区的微卫星标志物,对56例ESCC患者组织切片激光显微切割后,进行PCR-LOH分析;56例ESCC患者包括34例有上消化道癌家族史,22例无上消化道癌家族史。结果56例ESCC患者中,49例(87.5%)显示一个或更多位点LOH;并发现一个LOH高频率区,位于位点D13S787和D13S221之间,物理距离仅有1.83 Mb;在位点D13S1236有上消化道癌家族史组LOH为89%,明显高于无上消化道癌家族史组53%(P=0.031<0.05),差异有显著性意义。结论研究提示染色体13q11-12的LOH可能在食管癌发生、发展中起重要作用;在染色体13q11-12区上,可能存在一个或多个与ESCC发生发展有关的肿瘤抑制基因(TSG)。     

不同解剖部位基底细胞癌的单克隆起源

基底细胞癌的(BCC)是高加索人最常见的皮肤肿瘤。染色体9(9q22.3)的杂合性丢失(LOH)在BCCs中很普遍,这间接提示了它们可能为单克隆起源。尽管BCCs被认为是单克隆肿瘤,但目前在同一患者中不同解剖部位肿瘤的克隆起源尚无研究。在基因型表现为染色体9q22.3LOH的15例女性患者中选择41个不同解剖部位的BCCs,并且用雄激素受体多态位点使X染色体失活。出现30处肿瘤的11例妇女基因型都表现为两个9q标记的其中1个或是雄激素受体有多态现象的杂合子。在7例患者的20处肿瘤中检测有9q的杂合性丢失,并且在同一患者出现的所有肿瘤中都有相同等位…     

乳腺癌组织中染色体8p的杂合性丢失

目的：探讨乳腺癌组织中8号染色体短臂杂合性丢失（LOH）的意义。方法：应用聚合酶链反应技术,检测210例乳腺癌组织中8p上9个及8q上1个座位DNA微卫星多态林记的杂合性丢失。结果：发现在8p11-21.3区域的LOH频率为35％～49％,8p23.1－ter区域的LOH频率为38％～43％,8p22的LOH频率为28％,8q上D8S285的LOH频率仅为24％。结论：研究提示在8p11-21．3及8p23．1－ter区域可能存在与乳腺癌发生发展密切相关的候选抑癌基因。     

Analysis of comparative genomic hybridization and loss of heterozygosity in 43 primary gastric carcinomas

Objective To investigate common chromosomal changes and the LOH frequency of microsatellite loci in primary gastric cancer samples in order to locate the deleted regions in which human gastric cancer related genes might exist.Methods Comparative genomic hybridization (CGH) was used to define global chromosomal aberrations in 43 primary gastric tumors. Based on the results of CGH, analysis of loss of heterozygosity (LOH) was performed in chromosome 19 in which the loss was first discovered in the gastric cancers. The PCR-based approach was used to investigate 22 loci, which are spaced at 1.1 -10. 9 cM intervals throughout chromosome 19. The amplified PCR fragments were subjected to electrophoresis in PAGE gel and analyzed with GenescanTM and GenotyperTM.Results CGH analysis revealed gains in chromosome 3p(8/43), 8q(8/43), 20 [20 (9/43), 20p(7/43), 20q(4/43)], 12q(16/43), 13q(12/43) and losses in 19 [19 (15/43)], 7 [17 (8/43),17p (10/43)], 16 (10/43) and lp (11/43). Among the 43 evaluated samples, the most frequent LOH was detected at locus D19S571 (27. 81% ).Conclusions The tumorigenesis of gastric cancer includes several chromosomal changes. The aberration of chromosome 19 was the first common change founded in gastric cancer. The region near the D19S571 miclht harbor potential clenes related to the tumoriQenesis of Qastric cancer.     

原发性肝癌全基因组杂合性缺失的研究

目的 研究肝癌全基因组等位基因杂合性缺失（ＬＯＨ）及其临床意义。方法 采用３８２对微卫星标志,对６５例肝癌２２条常染色体等位基因ＬＯＨ进行检测。结果 全组平均杂合子６８．１％。ＬＯＨ〉３０％的有１ｑ、３ｑ、４ｑ、８ｐ、１３ｑ、１６ｑ和１７ｐ。ＨＢｓＡｇ阳性者Ｄ４Ｓ２９６４ ＬＯＨ（６６％）较ＨＢｓＡｇ阴性者（３０％）高（Ｐ〈０．０５）;Ｄ３Ｓ３６８１和Ｄ１７Ｓ９３８ ＬＯＨ者术后复发率（９１％、８     

散发性结直肠癌3号染色体等位基因杂合缺失

目的 了解散发性结直肠癌（SCRC）3号染色体等位基因杂合缺失（LOH）发生情况。探讨其与临床病理特征间的关系,并对3号染色体上可能的SCRC相关基因进行初步定位。方法 用覆盖3号染色体的13个微卫星标记对83例散发性结直肠癌进行LOH扫描分析。结果 3号染色体至少有两个位点发生LOH者占39%（29/74）,3p所选4个位点中至少有一个发生LOH者占37%（27/74）,3q所选9个位点中至少有一个发生LOH者占53%（39/74）。整条染色体上以D3S1300（3q14.2)位点LOH率最高,达54%（23/43）。3qLOH在远端结直肠癌较近端高发,3q及D3S1300LOH阳性肿瘤多表现为浸润型生长和局部侵犯,并多发于大于50岁的老年患者。结论 3号染色体存在散在分布及区域性高频等位基因LOH,并与SCRC临床病理资料相关,提示其上SCRC相关基因的存在。高频LOH位点D3S1300的发现,提示3p14.2附近区域的FHIT基因可能作为肿瘤抑制基因在结直肠癌的发生发展中发挥作用。     

乳腺癌病人不同染色体位点上杂合缺失的研究

应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术，并配合限制片段长短的多态现象（ＲＦＬＰ）及ＣＡ重复顺序多态性分析，对１５例乳腺癌病人３号染色体短臂３ｐ２４，７号染色体长臂７ｑ３１，１６号染色体长臂１６ｑ２４，３和１７号染色体短臂１７ｐ１３．１杂合缺失（ＬＯＨ）进行了测定。在上述位点分别发现３６％、３６％、２／４和５／９的信息个体呈现ＬＯＨ。其中３ｐ２４和７ｑ３１位点的ＬＯＨ大多发生在临床ＩＩ、ＩＩＩ期、淋巴转移阳性和雌激素受体阴性的肿瘤中。提示３ｐ２４和７ｑ３１位点ＬＯＨ的测定有可能成为乳腺癌病人预后评价的指标。此外，上述四个位点所呈现的较高的ＬＯＨ阳性率也提示乳腺癌抑癌基因在这些位点存在的可能性。     

中国人喉鳞癌染色体9p21.3-23区域LOH分析

目的：分析染色体9p21.3-23区域等位基因杂合性缺失（loss of heterozygosity,OLH)情况，确定其在中国人喉鳞癌中发生频率和最小缺失区域，为定位克隆喉鳞癌相关抑癌基因提供线索。方法：应用9个微卫星多态性标记对24例喉鳞癌组织及其对应的正常远端肺组织进行了同位素标记的聚合酶链反应和变性凝胶电泳，并探讨各位点LOH与病理分级和病理分期的关系。结果：24例喉鳞癌组织中，共有23例（95.83%)存在至少一个位点的LOH，丢失频率最高的位点位于9p22-23的D9S1782（100%）其次是位于9p22-23的D9S162（85.71%)。结论：在9p21.3-23区域可能存在两个或两个以上的与喉鳞癌发生相关的候选抑癌基因，分别位于9p22-23的D9S1782和D9S162附近。     

食管癌组织中 9p21 的杂合性缺失

目的探讨食管癌组织中９ｐ２１（Ｄ９Ｓ１７１）杂合性丢失在食管癌发生中的作用。方法抽提正常和肿瘤组织中的ＤＮＡ，应用９ｐ染色体微卫星标志，经聚合酶链反应，检测食管癌组织中９ｐ２１的杂合性丢失。结果３２例食管癌组织，１４例出现９ｐ２１位点条带的缺失，杂合性丢失率为４３．７％。杂合性丢失与临床病理之间无明显关系。结论杂合性丢失在高发区食管癌病人中有较高的检出率，表明杂合性缺失与食管癌的形成密切相关。     

原发性乳腺癌10q23区域等位基因缺失对FAK磷酸化影响

目的了解10q23区域的杂合型缺失(loss of heterozygosity,LOH)对原发性乳腺癌FAK磷酸化的影响.方法采用位于10q23的4对微卫星标记物,通过PCR方法检测杂合型缺失;免疫组化方法检测PTEN和Western blot 检测FAK蛋白质表达和磷酸化.结果 44例样本中,14例至少发生一个微卫星标记物的杂合型缺失,LOH发生率为31.82%(14/44).在14例发生LOH的病例中,57.14% (8/14)PTEN蛋白质表达缺失, 64.29%(9/14)发生FAK磷酸化.结论 10q23区域等位基因的缺失降低了PTEN的表达,进而影响FAK磷酸化程度.     

High frequency loss of heterozygosity in the region of the DBH locus in bladder cancer

Ｂｌａｄｄｅｒｃａｒｃｉｎｏｍａｉｓｔｈｅｆｏｕｒｔｈｍｏｓｔｃｏｍｍｏｎｃａｎｃｅｒｗｉｔｈａｒｉｓｉｎｇｉｎｃｉｄｅｎｃｅａｎｄｔｈｅｌｅａｄｉｎｇｃａｕｓｅｏｆｄｅａｔｈｉｎｍｅｎ Ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ 70 %ｏｆｎｅｗｔｕｍｏｒｓａｒｅｓｕｐｅｒｆｉｃｉａｌ,ａｎｄｈａｖｅａｇｏｏｄｐｒｏｇｎｏｓｉｓ Ｔｈｅｒｅｍａｉｎｉｎｇ 30 %ａｒｅｍｕｓｃｌｅ ｉｎｖａｓｉｖｅｗｉｔｈａｐｏｏｒｐｒｏｇｎｏｓｉｓ 1 　Ａｎｕｍｂｅｒｏｆｃｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃａｎｄｍｏｌｅｃｕｌａｒａｎａｌｙｓｅｓｈ…