基于生物信息学构建上皮性卵巢癌组织中miRNA-mRNA调控网络

目的 通过生物信息学构建上皮性卵巢（EOC）组织中miRNA-mRNA调控网络,以期为卵巢癌机制学研究提供研究思路。方法 选择GEO数据库中关于上皮性卵巢癌细胞外泌体及裂解物差异表达miRNA数据集GSE197892,选取其交集miRNA及各自表达显著的miRNA作为研究对象。应用在线分析网站预测其靶基因,并对其进行生物信息学分析,同时构建miRNA-mRNA调控网络。结果 外泌体组共筛选出的差异表达miRNA共30个,裂解物组共有32个,两组交集miRNA共有3个。外泌体组可筛选出3个显著差异表达miRNA,裂解物组则有4个。生物信息学分析显示,三组靶基因均于癌症通路中富集程度最高;同时,交集组靶基因于PTEN/Akt、FoxO等信号通路中显著富集;外泌体组靶基因于Hippo、Wnt等信号通路中显著富集;裂解物组靶基因则还显著富集于mTOR、MAPK等信号通路中。调控网络显示外泌体组、裂解物组、交集miRNA及其靶基因之间均有联系,多个靶基因可受多个miRNA的共同调控;同时,miR-214-3p及其靶基因FAT4、TMX4、SEMA4D、IGSF3及RRP7A处于调控网络的核心位置...     

自发性高血压大鼠延髓microRNA差异表达分析

目的　探讨自发性高血压大鼠延髓microRNA（miRNA）差异表达谱及其靶基因生物信息学分析。 方法　采用自发性高血压大鼠模型（SHR组）,同周龄SD大鼠为对照组（Control组）。利用miRNA芯片检测大鼠延髓中miRNAs差异表达谱。 结果　与对照组比较,SHR组尾动脉收缩压显著升高（P＜0.0001）;SHR组延髓组织miRNAs有显著差异表达谱,16个miRNAs表达上调和7个miRNAs表达下调（1.5-fold change cutoff, P<0.05）。qRT-PCR验证结果显示,与对照组比较,SHR组延髓miR-153、miR-193及miR-301a表达显著下降,与芯片结果一致。生物信息学分析显示,差异表达miRNAs可能调控2775个靶基因（target score≥83）。这些靶基因主要富集在12个信号通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶（Phosphatidylinositide3-kinase,PI3K）通路等。 结论　自发性高血压大鼠延髓组织中miR-153、miR-193及miR-301a明显下调,且生物信息学分析提示PI3K通路介导神经炎症可能作为高血压中枢相关差异表达miRNAs调控靶基因介导的主要致病通路。     

寨卡病毒感染人肝癌细胞HepG2后外泌体中差异miRNA分析

目的探索人肝癌细胞HepG2感染寨卡病毒(Zika virus, ZIKV)后的外泌体miRNA的表达差异, 对其靶基因进行预测、分析。方法以感染复数0.5的ZIKV(ZJ03株)感染HepG2, 以超速离心法提取、纯化感染2 d与未感染细胞的外泌体(Exo-ZIKV与Exo-NC)。以透射电镜观察外泌体形态, 纳米粒径分析检测外泌体粒径分布, Western blot检测外泌体标志蛋白质等方法鉴定。提取纯化外泌体小RNA, 进行miRNA测序与分析, 对部分差异表达miRNA采用实时定量PCR验证。生物信息方法分析差异miRNA靶基因。结果在透射电镜下呈杯托状双层膜小囊泡结构;粒径大小分布几乎一致但Exo-ZIKV浓度(5.24×108颗粒/ml )较Exo-NC(3.06×108 paritcle/ml)增多。Western blot检测出Hsp70、CD63和CD9蛋白表达, 测序分析显示共20个差异表达miRNA, 其中12个miRNA表达上调8个miRNA表达下调, 上调miRNA多与抗病毒通路相关, 差异表达miRNA对应的靶基因主要富集在嘧啶与嘌呤代谢等途径中。结论 ZI...     

多囊卵巢综合征相关miRNA调控网络的构建及生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法对多囊卵巢综合征（PCOS）患者卵巢颗粒细胞差异表达的miRNA靶基因进行分析,通过构建miRNA-mRNA调控网络,为PCOS潜在发病机制研究提供新思路。方法 选择PCOS患者卵巢颗粒细胞miRNA表达数据集GES84376作为分析对象,并利用Limma分析差异表达miRNA。利用在线分析网站对差异表达的miRNA靶基因进行预测。应用DAVID网站进行生物信息学分析,并利用SRTING网站及Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络。结果 共筛选出251个miRNAs,其中3个miRNA显著上调（miR-3188、miR-4433及miR-3135b）。富集通路（KEGG）分析显示,miR-3188、miR-4433及miR-3135b的靶基因在mTOR信号通路、MAPK信号通路及PI3K/Akt信号通路中富集程度最高。通过STRING网站进行蛋白互作分析,其互作程度最高的前10位关键基因分别为：MAPK1、MDM2、FRS2、AGT、IGF1R、HDAC1、AGO1、AKT3、MTOR及CREB1。通过构建miRNA-mRNA调控网络图,结果显示...     

室间隔缺损胎儿心室肌组织微小RNAs时序性表达差异研究

目的采用微小RNAs（miRNAs）表达谱芯片分析不同孕龄（孕早期与孕中期）室间隔缺损（VSD）胎儿心室肌组织中时序性表达差异的miRNAs。方法连续性纳入2009年7～12月南京医科大学附属南京妇幼保健院因病理因素流产经解剖证实为VSD且不合并其他畸形的胎儿为VSD组。以同期因生理性难免流产,并经解剖证实无心脏畸形和其他器官畸形的胎儿为对照组,依据孕龄与VSD组1：1匹配。根据孕龄,将VSD组和对照组分别分为孕早期亚组和孕中期亚组。采用Agilent Human2.0 miRNAs表达谱芯片观察胎儿心室肌组织miRNAs表达变化,芯片数据采用生物信息学方法进行分析,包括差异miRNAs筛选,预测miRNAs靶基因Gene Ontology分析,靶基因信号通路分析,并采用实时PCR法验证芯片结果。结果 VSD组和对照组各纳入6例,两组孕早期亚组和孕中期亚组均各3例。①通过差异miRNAs筛选,发现孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组间有33个时序性表达差异的miRNAs。19个miRNAs在孕早期VSD亚组表达上调,在孕中期VSD亚组表达下调;14个miRNAs在孕早期VSD亚组表达下调,在孕中期VSD亚组表达上调。②生物信息学预测到2761个靶基因,大部分miRNAs的靶基因中含有与心脏发育直接相关的关键基因（TBX5、GATA4、TBX1和NKX2-5等）。③靶基因GeneOntology分析表明其中与细胞进程、代谢过程和生物调控相关的靶基因分别占整个靶基因数量的23.5%、18.3%和17.7%。④靶基因信号通路分析发现,WNT信号通路中的靶基因在孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组中存在时序性差异。⑤随机挑选孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组时序性表达差异的4个miRNAs（hsa-miR-19a、hsa-let-7e、hsa-miR-134和hsa-miR-206）进行验证,定量PCR结果显示,孕早期VSD亚组分别上调3.2（hsa-miR-19a）和4.1倍（hsa-let-7e）,下调5.3（hsa-miR-134）和4.4倍（hsa-miR-206）;孕中期VSD亚组分别下调4.8（hsa-miR-19a）和3.4倍（hsa-let-7e）,上调4.5（hsa-miR-134）和3.9倍（hsa-miR-206）。结论时序性表达差异的miRNAs在胎儿VSD畸形的发生中可能起着重要作用,但本研究样本量较小,需要进一步扩大样本量进行验证。这些差异表达miRNAs的预测靶基因与细胞发育、分化和代谢密切相关,含有与心脏发育直接相关的关键基因,部分靶基因为WNT信号通路中的关键因子,提示VSD的发生发展是机体在miRNAs的参与下,在多个层面上使基因表达失控的共同结果。     

高脂饮食诱导胰岛素抵抗小鼠血浆microRNA 表达谱及其与TLR4 的关系

目的:筛选高脂饮食诱导的胰岛素抵抗小鼠,以及应用Toll 样受体4(Toll-like receptor4,TLR4)抑制剂TAK-242 干预的胰岛素抵抗小鼠血浆差异表达的微小RNA(microRNA,miRNA),探讨胰岛素抵抗、TLR4 和差异表达miRNAs 的关系。方法:血浆标本来自前期实验的3 组小鼠,即以普通基础饲料喂养(Low fat diet,LFD)的正常对照组、给予TAK-242 的高脂饮食组(Treated high fat diet,HFD-T)和单纯高脂饮食组HFD-C,应用小鼠miRNA 芯片检测血浆miRNA 表达谱,筛选差异表达的miRNAs;采用实时荧光定量PCR 方法验证芯片结果。应用生物信息学方法,以TLR4 及其信号传导通路为中心,预测差异表达miRNAs 的靶基因,并对靶基因分别进行GO 和KEGG 富集分析,以判定差异miRNAs 主要影响的生物学功能或者通路。结果:miRNA 基因芯片筛查结果显示,单纯高脂饮食组与正常饮食组比对,筛选出差异显著的miRNAs 共计185 种,其中6 种miRNAs 表达上调,179 种miRANs 表达下调;给予TAK-242 的高脂饮食组与正常饮食组比对,筛选出差异显著的miRANs共计171 种,均表达下调;给予TAK-242 的高脂饮食组与单纯高脂饮食组比对,筛选出差异表达的miRNAs 共计13 种,均为下调。生物信息学分析结果显示,以TLR4 为中心挖掘与其互作的蛋白质,共发现有10 种蛋白;在TAK-242 给予的高脂饮食组与单纯高脂饮食组中差异表达倍数均在1 000 以上的4 种miRNAs (mmu-miR-3095-3p、mmu-miR-5113、mmu-miR-709 和mmu-miR-335-3p),可在TLR4 的互作蛋白质或Toll 样受体信号通路中找到其作用的靶基因,发现这些靶基因74% 属于生物过程基因,其中转录调控因子占82%。实时荧光定量PCR 检测mmu-miR-3095-3p、mmu-miR-5113、mmu-miR-709 和mmu-miR鄄335鄄3p水平,变化趋势与芯片结果一致。结论:胰岛素抵抗发生时,血浆miRNAs 表达谱存在改变,此变化与TLR4 及其信号通路相关。该研究结果丰富了胰岛素抵抗发生的机制,为寻找胰岛素抵抗血浆miRNAs 诊断标志物提供了实验依据。     

结肠癌化疗耐药相关miRNA表达谱的初步研究

目的:应用基因芯片技术筛选结肠癌耐药相关微小RNAs (miRNAs),探究miRNAs对化疗耐药的调控机制。方法:采用基因芯片技术分析结肠癌细胞系HCT8及其耐长春新碱细胞系HCT8/v中miRNAs的表达差异,对部分差异表达的miRNAs应用RT-qPCR进行验证,对表达差异显著的miRNAs进行靶基因预测,利用Gene Ontology (GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对预测到的靶基因进行生物信息学分析。结果:筛选出342个差异表达miRNAs,其中190个表达上调,152个表达下调。RT-qPCR验证结果示miR-125-5p、miR-181c-5p和miR-153-3的表达情况和芯片检测结果一致;miR-130a-3p和miR-149-3p的表达与芯片检测结果不一致。GO分析结果显示,耐药相关基因主要富集的旁路是RNA聚合酶II调控区序列特异性DNA结合旁路,主要通过正向调节发挥作用,位置主要是在细胞内有界细胞器上。KEGG分析结果显示,耐药相关基因最为富集的是轴突导向通路、胰岛素信号通路及磷脂酶D信号通路。结论:miRNAs与结肠癌化疗耐药密切相关。对这些miRNAs的研究能使我们对结肠癌的化疗耐药机制有更深入的理解,并为逆转化疗耐药提供新的思路。     

血管肉瘤相关miRNAs的生物信息学预测及分析

目的探讨血管肉瘤相关miRNAs及其靶基因在其恶性生物学行为中的作用。方法从GEO数据库中下载血管肉瘤miRNAs表达谱芯片数据,应用GEO2R筛选出差异表达的miRNAs并进行靶基因预测,对靶基因进行GO及KEGG生物功能富集分析及蛋白互作分析。结果筛选出53个差异表达的miRNAs (P0.05,|log fold-change|≥4),其中上调者51个,下调者2个;GO功能富集分析发现差异表达miRNAs的靶基因主要参与细胞通讯、信号转导等生物学过程;KEGG信号通路富集分析发现靶基因主要参与肿瘤信号通路、代谢通路、环腺苷酸(cAMP)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、PI3K/AKT信号通路、Ras信号通路等重要通路;String蛋白互作分析发现,STAT3、TP53、MAPK1、SRC等在蛋白互作网络中处于核心地位。结论异常表达的miRNAs在血管肉瘤的恶性生物学行为中发挥着关键作用,为进一步探讨血管肉瘤发生、发展的具体分子机制、分子标志物的筛选及靶向药物的开发奠定基础。     

CCl4诱导的小鼠纤维化肝组织微小RNA差异表达谱及初步功能分析

 目的：应用微小RNA(miRNA)芯片技术研究miRNAs在四氯化碳（CCl4）诱导的小鼠纤维化肝脏中的差异表达谱,并基于基因本体论（gene ontology,GO)分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs的主要功能。方法：实验分为正常组及模型组,皮下注射 CCl4复制小鼠肝纤维化模型;应用Agilent 小鼠 miRNA 寡核苷酸基因芯片检测各组肝脏miRNA表达谱。用随机方差模型t检验筛选2组间的差异miRNAs,并预测其靶基因。对靶基因进行GO分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs发挥的主要功能。结果：正常组与模型组间共筛选出39个差异miRNAs,其中模型组较正常组上调的23个,下调的16个。GO分析及信号转导通路分析结果提示差异miRNAs可能调控的靶基因及其参与的生物学功能包括细胞的增殖与活化、细胞凋亡、细胞周期、细胞黏附、细胞迁移、炎症反应、转化生长因子β（TGF-β）/Smads信号转导通路、Wnt受体信号转导通路、蛋白代谢过程的调控等。GO分析发现关键的上调miRNA包括mmu-miR-322、mmu-miR-15b、mmu-miR-195、mmu-miR-200b、mmu-miR-214等,关键的下调miRNA包括mmu-miR-16、mmu-miR-130a、mmu-miR-101b、mmu-miR-30a和mmu-miR-30e等。对显著性GO与显著性信号通路所属的靶基因取交集,对网络中miRNA在网络中的调控地位进行评价,结果发现关键的上调miRNAs包括mmu-miR-200b、mmu-miR-322、mmu-miR-106b、mmu-miR-23a、mmu-miR-15b等,关键的下调miRNAs包括mmu-miR-16、mmu-miR-30e、mmu-miR-30c、mmu-miR-30a、mmu-miR-130a等。结论：纤维化肝组织miRNAs表达较正常肝组织发生明显变化;肝纤维化形成的各个环节,包括细胞的增殖与活化、细胞黏附、细胞凋亡、细胞迁移与分化、物质代谢、TGF-β信号通路等都可能受miRNAs的调控。     

甲状腺癌中miR-222关键靶基因预测及其信号通路分析

目的 利用生物信息学技术预测人类miR-222的靶基因，并分析其可能参与甲状腺癌的生物学过程和信号通路。方法 通过TCGA数据库研究miR-222的表达与甲状腺癌的关系，然后TCGA中表达下调的基因和网站预测的miR-222靶基因进行取交集得到重叠基因，再进行生物信息学分析确定与甲状腺癌相关的关键miR-222靶基因和通路，最后通过GEPIA对靶基因进行表达验证以及miR-222和靶基因的相关性分析。结果 miR-222在甲状腺癌中表达上调，富集分析表明miR-222很有可能参与血管紧张素受体-配体结合的调节，其中一个可能的靶基因是AGTR1，其在甲状腺癌中表达下调，与miR-222的表达呈负相关。结论 上调的miR-222可能以AGTR1为靶标，从而调节甲状腺癌中血管紧张素受体-配体结合发挥作用。     

孕妇循环外泌体miR-122表达在子痫前期诊断中的临床价值

目的 研究母体循环血清外泌体miR-122表达对子痫前期的诊断价值.方法 选取2018年3月至2020年4月在我院妇产科确诊的369例子痫前期孕妇作为研究对象,包括早发型(20～34孕周)子痫前期(EOPE) 249例作为EOPE组,晚发型(＞37孕周)子痫前期(LOPE)120例作为LOPE组.确诊时采集血样提取外泌体,另外分娩后采集胎膜组织.同时选取50例正常孕妇作为正常对照组,分别于20～34孕周和34孕周～分娩前采集静脉血样本以及分娩时的胎膜组织标本用作对照分析.采用实时荧光定量PCR法检测血清外泌体中和胎膜组织中miR-122表达,并采用甲基化特异性PCR检测胎膜组织miR-122甲基化状态.结果 与正常对照组比较,EOPE组和LOPE组孕妇胎膜组织或血清外泌体中miR-122表达量升高,而组织miR-122基因甲基化率则降低(P＜0.05).另外组织miR-122甲基化亚组胎膜组织和血清外泌体miR-122表达量均低于非甲基化亚组(P＜0.05).重度亚组孕妇胎膜组织和血清外泌体miR-122表达量均高于轻度亚组(P＜0.05).经非条件Logistic回归分析,血清外泌体miR-122表达升高是EOPE和LOPE发生的独立危险因素(P＜0.05).经ROC曲线分析,血清外泌体miR-122用于EOPE和LOPE诊断的曲线下面积(AUC)分别为0.918(95％CI:0.812～0.990)、0.868(95％CI:0.776～0.973).同样用于诊断EOPE组和LOPE组重度子痫前组患者的AUC分别为0.923(95％CI:0.817～0.991)、0.782(95％CI:0.639～0.870).结论 EOPE和LOPE孕妇血清外泌体中miR-122表达量普遍增加,这与胎膜组织中miR-122去甲基化有关.血清外泌体miR-122水平有望成为子痫前期诊断和评估疾病严重程度的重要生物标志物.     

RA 患者外周血和关节炎大鼠破骨细胞miRNAs 异常表达谱比较及特征性miRNA 功能分析

目的:筛选类风湿关节炎(RA)患者外周血与关节炎大鼠破骨细胞的miRNAs 异常表达谱,分析RA 的特征性miRNAs 及其功能。方法:采用miRNAs 芯片,筛选RA 患者与正常人外周血、共培养诱生的关节炎大鼠破骨细胞与正常基质细胞的miRNAs 表达谱的差异;Real time PCR 对芯片结果进行验证;生物信息学方法对关键miRNA 进行功能分析。结果:与正常人相比,RA 患者外周血中具有差异表达的miRNAs 有189 个;与单核细胞比较,破骨细胞中具有差异表达的miRNAs 有211 个,其中miR-15b-5p 等10 个miRNAs 在RA 患者外周血及大鼠破骨细胞中均异常表达。Real time PCR 验证结果与芯片检测结果具有一致性。生物信息学分析结果显示特征性miRNA 的靶基因显著富集在VEGF,MAPK 信号通路等信号通路。结论:部分miRNAs 在RA 患者外周血及关节炎大鼠破骨细胞中的异常表达具有一致性,其可能作为RA 的特征性miRNAs,通过调控相关信号通路干预破骨细胞分化等病理过程。     

RA患者外周血和关节炎大鼠破骨细胞miRNAs异常表达谱比较及特征性miRNA功能分析北大核心CSCD

目的:筛选类风湿关节炎(RA)患者外周血与关节炎大鼠破骨细胞的miRNAs异常表达谱,分析RA的特征性miRNAs及其功能。方法:采用miRNAs芯片,筛选RA患者与正常人外周血、共培养诱生的关节炎大鼠破骨细胞与正常基质细胞的miRNAs表达谱的差异;Real time PCR对芯片结果进行验证;生物信息学方法对关键miRNA进行功能分析。结果:与正常人相比,RA患者外周血中具有差异表达的miRNAs有189个;与单核细胞比较,破骨细胞中具有差异表达的miRNAs有211个,其中miR-15b-5p等10个miRNAs在RA患者外周血及大鼠破骨细胞中均异常表达。Real time PCR验证结果与芯片检测结果具有一致性。生物信息学分析结果显示特征性miRNA的靶基因显著富集在VEGF,MAPK信号通路等信号通路。结论:部分miRNAs在RA患者外周血及关节炎大鼠破骨细胞中的异常表达具有一致性,其可能作为RA的特征性miRNAs,通过调控相关信号通路干预破骨细胞分化等病理过程。     

外泌体介导miR-106a转运对胃癌细胞腹膜种植转移的影响

目的探讨肿瘤源性外泌体(tumor-derived exosomes, TDEs)介导miR-106a转运对胃癌细胞腹膜种植的影响及可能机制。方法选择人低分化胃癌细胞系AGS进行培养,从细胞培养上清液中提取外泌体,透射电镜及蛋白质印迹法对外泌体进行鉴定;采用Real-time PCR检测外泌体与细胞内miR-106a的表达差异;将外泌体标记荧光染料PKH26与人腹膜间皮细胞HMrSV5共培养,采用激光共聚焦显微镜观察外泌体的吞噬;增设阴性对照组,划痕实验检测外泌体介导下miR-106a转运对间皮细胞迁移能力的影响,Real-time PCR和Western blot检测miR-106a靶基因Smad7及间质标志物α-SMA的表达。结果透射电镜显示AGS细胞培养上清液中所提取的微囊泡直径30～150 nm,Western blot显示外泌体标记蛋白CD9、CD81均为阳性。Real-time PCR结果显示外泌体miR-106a表达量显著高于细胞内(P0.05)。携带PKH26红色荧光信号的外泌体可被间皮细胞摄取。划痕实验结果显示外泌体处理组间皮细胞迁移能力明显增强(P0.001),Real-time PCR和Western blot检测结果显示靶基因Smad7表达下调,α-SMA表达上调(P0.001)。结论胃癌细胞来源的外泌体可促进腹膜间皮细胞迁移,参与转移前微环境形成,其机制可能与外泌体介导miR-106a转运,转录后抑制Smad7表达并诱导间质转化相关。     

外泌体在骨再生领域的应用进展

外泌体(Exos)是一种由细胞分泌的具有脂质双分子层结构的囊泡,形态似杯状,分子直径在30～140 nm。目前,外泌体在疾病的早期诊断、药物靶向运输、组织再生上已经表现出了强大的潜力。在骨组织工程中,外泌体能够传递特殊的蛋白、miRNAs、生物活性因子等促使间充质干细胞朝着成骨细胞分化,通过激活某些信号通路来上调成骨相关的基因,修复骨缺损和实现骨再生。     

miRNAs可能通过调控MAPK通路参与心室间隔缺损

目的 探讨miRNAs在心室间隔缺损(VSD)中发挥的作用.方法 通过miRNAs表达谱芯片实验分析心室间隔缺损(VSD)组和健康组全血样本中的差异表达miRNAs,通过生物信息数据库miRbase、Targetscan和Miranda进行靶基因测预.通过KEGG和REACTOME通路数据库筛选靶基因信号通路;采用RT...     

急性心肌梗死大鼠缺血心肌中差异microRNA的表达谱分析

 目的：筛选急性心肌梗死（AMI）大鼠缺血心肌中差异表达的microRNAs（miRNAs）,预测其靶基因并分析其可能的生物学功能。方法：结扎冠状动脉左前降支建立雄性Wistar大鼠AMI模型,同时检测其心电图和颈总动脉血压变化,并用TTC法测定心肌梗死面积;假手术（sham）组除不结扎冠状动脉左前降支外,其它实验程序与AMI组相同。心肌缺血4 h后取梗死区心肌组织,提取总RNA进行microRNA芯片杂交检测,并用real-time PCR进行验证;生物信息学方法预测差异miRNAs的靶点并分析其生物学功能。结果：心电图、血压检测及病理切片证实AMI模型制备成功。Microarray检测结果表明,与sham组相比,获得11个与急性心肌梗死相关的miRNAs,其中6个miRNAs上调表达,5个miRNAs下调表达;已知3个miRNAs（rno-miR-181c、rno-miR-146b和rno-miR-208）参与了心血管功能的调节,8个miRNAs（rno-miR-672*、rno-miR-743b、rno-miR-128、rno-miR-138-1*、rno-miR-336、rno-miR-138-2*、rno-miR-325-3p和rno-miR-3572）是否与心血管功能有关尚不清楚,可能是心肌梗死相关的新的生物标志物。预测的miRNA靶基因中的一部分亦与心血管功能相关。结论：本研究获得的与AMI相关的差异miRNAs,可能是急性心肌梗死新的生物标志物和潜在的治疗靶点。     

博来霉素诱导肺纤维化小鼠中差异表达的lncRNA筛选及生物信息学分析

目的:探讨博来霉素(BLM)诱导的肺纤维化小鼠模型肺组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),并对其进行生物信息学分析。方法:将12只6～8周龄的C57BL/6小鼠随机分为对照组和实验组,每组6只,实验组小鼠气管内滴注BLM构建肺纤维化模型,取小鼠肺组织进行芯片微阵列分析,筛选出差异表达的lncRNA,对差异表达的lncRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO(gene ontology)富集与KEGG(Kyoto Encyclope-dia of Genes and Genomes)信号通路分析。结果:与对照组相比,肺纤维化模型组小鼠肺组织识别出差异表达的lncRNA共1 384个,其中表达上调的lncRNA有645个,表达下调的lncRNA有739个,并通过对差异表达lncRNA的靶基因预测,对靶基因进行GO富集与KEGG信号通路分析提示差异表达的lncRNA可能通过钙信号通路、PI3KAKT信号通路、Ras信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路和TGF-β信号通路等对肺纤维化进行调控。结论:基于芯片微阵列分析技术,lncRNA在BLM诱导的肺纤维化模型小鼠与正常小鼠肺组织中的表达存在差异,并在调控肺纤维化过程中可能涉及多个信号通路。     

法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析

目的对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs(miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用。方法我们从GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言limma包筛选特异性miRNAs(P值0.05,|log2Fold Change(FC)|值1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析。结果数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路。结论法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用。     

人疱疹病毒6型感染HSB-2细胞的lncRNA表达谱变化分析

目的运用高通量测序技术检测人疱疹病毒6型(human herpesvirus 6, HHV-6)感染人淋巴细胞系HSB-2后长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)表达谱的改变, 探究lncRNA在HHV-6感染复制中的作用。方法 HHV-6感染HSB-2细胞72 h后, 提取对照细胞和病毒感染细胞的RNA进行测序, 筛选差异表达的lncRNA;通过生物信息学方法对预测的lncRNA靶基因进行GO注释和KEGG信号通路分析, 构建共表达网络图。qRT-PCR检测差异表达lncRNA的变化倍数。结果共筛选到612个显著差异表达lncRNA, 其中420个为表达上调, 192个表达下调。通过对lncRNA靶基因进行GO和KEGG富集分析显示, 差异表达lncRNA的靶基因与表观染色体调控、免疫应答及细胞代谢等生物学过程密切相关。qRT-PCR确定10条上调IncRNAs表达变化趋势与高通量测序数据一致。结论本研究对HHV-6感染HSB-2细胞的lncRNA表达谱进行分析, 为深入探索lncRNA在HHV-6复制增殖及相关疾病中的作用奠定基础。